diff test-data/lig.itp @ 0:f261fded9631 draft default tip

planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 1310371ed706e7cf287c848363102f8a476647de
author chemteam
date Mon, 24 Oct 2022 22:35:01 +0000
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+;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
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+
+[ moleculetype ]
+;name            nrexcl
+ base             3
+
+[ atoms ]
+;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
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+
+[ bonds ]
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+
+[ pairs ]
+;   ai     aj    funct
+     1     11      1 ;     C1 - C4    
+     1     20      1 ;     C1 - O20   
+     2      4      1 ;     C2 - C7    
+     2     12      1 ;     C2 - C5    
+     3     13      1 ;     C3 - C6    
+     3     14      1 ;     C3 - N8    
+     3     16      1 ;     C3 - N11   
+     4      7      1 ;     C7 - C13   
+     4     13      1 ;     C7 - C6    
+     4     17      1 ;     C7 - C17   
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+     6     11      1 ;    C12 - C4    
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+    21     12      1 ;    O21 - C5    
+
+[ angles ]
+;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
+     1      2      3      1    1.8000e+02    4.4183e+02 ;     C1 - C2     - C3    
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+    11      4     16      1    1.2198e+02    5.6568e+02 ;     C4 - C7     - N11   
+    11     12     13      1    1.8000e+02    4.7447e+02 ;     C4 - C5     - C6    
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+
+[ dihedrals ] ; propers
+; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
+;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
+     1      2      3     11      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C2-    C3-    C4
+     1      2      3     20      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C2-    C3-   O20
+     1     13     12     11      9   180.00   0.00000   2 ;     C1-    C6-    C5-    C4
+     2      1     13     12      9   180.00   0.00000   2 ;     C2-    C1-    C6-    C5
+     2      3     11      4      9   180.00  12.02900   2 ;     C2-    C3-    C4-    C7
+     2      3     11     12      9   180.00  12.02900   2 ;     C2-    C3-    C4-    C5
+     3     11      4     14      9   180.00  16.73600   2 ;     C3-    C4-    C7-    N8
+     3     11      4     16      9   180.00  16.73600   2 ;     C3-    C4-    C7-   N11
+     3     11     12     13      9   180.00   0.00000   2 ;     C3-    C4-    C5-    C6
+     4     11      3     20      9   180.00  12.02900   2 ;     C7-    C4-    C3-   O20
+     4     11     12     13      9   180.00   0.00000   2 ;     C7-    C4-    C5-    C6
+     4     14     15      5      9   180.00  16.73600   2 ;     C7-    N8-    N9-   C10
+     4     16      5     15      9   180.00   6.06680   2 ;     C7-   N11-   C10-    N9
+     4     16      5     18      9   180.00   6.06680   2 ;     C7-   N11-   C10-   S18
+     4     16      6      7      9   180.00   7.74040   2 ;     C7-   N11-   C12-   C13
+     4     16      6     17      9   180.00   7.74040   2 ;     C7-   N11-   C12-   C17
+     5     16      4     11      9   180.00   7.11280   2 ;    C10-   N11-    C7-    C4
+     5     16      4     14      9   180.00   7.11280   2 ;    C10-   N11-    C7-    N8
+     5     16      6      7      9   180.00   7.74040   2 ;    C10-   N11-   C12-   C13
+     5     16      6     17      9   180.00   7.74040   2 ;    C10-   N11-   C12-   C17
+     6      7      8      9      9   180.00   0.00000   2 ;    C12-   C13-   C14-   C15
+     6     16      4     11      9   180.00   7.11280   2 ;    C12-   N11-    C7-    C4
+     6     16      4     14      9   180.00   7.11280   2 ;    C12-   N11-    C7-    N8
+     6     16      5     15      9   180.00   6.06680   2 ;    C12-   N11-   C10-    N9
+     6     16      5     18      9   180.00   6.06680   2 ;    C12-   N11-   C10-   S18
+     6     17     10      9      9   180.00   0.00000   2 ;    C12-   C17-   C16-   C15
+     7      6     17     10      9   180.00   0.00000   2 ;    C13-   C12-   C17-   C16
+     7      8      9     10      9   180.00   0.00000   2 ;    C13-   C14-   C15-   C16
+     8      7      6     16      9   180.00  27.82360   2 ;    C14-   C13-   C12-   N11
+     8      7      6     17      9   180.00  27.82360   2 ;    C14-   C13-   C12-   C17
+     8      9     10     17      9   180.00   0.00000   2 ;    C14-   C15-   C16-   C17
+     9      8      7     19      9   180.00   0.00000   2 ;    C15-   C14-   C13-   F19
+    10     17      6     16      9   180.00   0.00000   2 ;    C16-   C17-   C12-   N11
+    11      4     14     15      9   180.00  41.84000   2 ;     C4-    C7-    N8-    N9
+    12     11      3     20      9   180.00  12.02900   2 ;     C5-    C4-    C3-   O20
+    12     11      4     14      9   180.00  16.73600   2 ;     C5-    C4-    C7-    N8
+    12     11      4     16      9   180.00  16.73600   2 ;     C5-    C4-    C7-   N11
+    13      1      2      3      9   180.00   0.00000   2 ;     C6-    C1-    C2-    C3
+    14     15      5     16      9   180.00  16.73600   2 ;     N8-    N9-   C10-   N11
+    14     15      5     18      9   180.00  16.73600   2 ;     N8-    N9-   C10-   S18
+    15     14      4     16      9   180.00  41.84000   2 ;     N9-    N8-    C7-   N11
+    16      6      7     19      9   180.00  27.82360   2 ;    N11-   C12-   C13-   F19
+    17      6      7     19      9   180.00  27.82360   2 ;    C17-   C12-   C13-   F19
+    21      1      2      3      9   180.00   0.00000   2 ;    O21-    C1-    C2-    C3
+    21      1     13     12      9   180.00   0.00000   2 ;    O21-    C1-    C6-    C5
+
+[ dihedrals ] ; impropers
+; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
+;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn
+     3      4     11     12      4   180.00   4.60240   2 ;     C3-    C7-    C4-    C5
+     5      4     16      6      4   180.00   4.60240   2 ;    C10-    C7-   N11-   C12
+     6      8      7     19      4   180.00   4.60240   2 ;    C12-   C14-   C13-   F19
+     7     17      6     16      4   180.00   4.60240   2 ;    C13-   C17-   C12-   N11
+    11      2      3     20      4   180.00  43.93200   2 ;     C4-    C2-    C3-   O20
+    11     16      4     14      4   180.00   4.60240   2 ;     C4-   N11-    C7-    N8
+    18     16      5     15      4   180.00   4.60240   2 ;    S18-   N11-   C10-    N9
+    21      1     13      2      4   180.00  43.93200   2 ;    O21-    C1-    C6-    C2