Mercurial > repos > chemteam > gmx_setup

comparison test-data/topol.top @ 3:4c48f2526697 draft

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"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit b1b74e91a242f2de250761a79b17d77e68b1045f"
author chemteam
date Fri, 30 Aug 2019 15:06:44 -0400
parents 644ca8dfdf28
children 4da9ee404eab
comparison
equal deleted inserted replaced
2:c124921a9e5f 3:4c48f2526697
1 ; 1 ;
2 ; File 'topol.top' was generated 2 ; File 'topol.top' was generated
3 ; By user: unknown (1000) 3 ; By user: unknown (1000)
4 ; On host: simon-laptop 4 ; On host: simon-notebook
5 ; At date: Thu Aug 16 20:54:28 2018 5 ; At date: Wed Aug 28 14:35:18 2019
6 ; 6 ;
7 ; This is a standalone topology file 7 ; This is a standalone topology file
8 ; 8 ;
9 ; Created by: 9 ; Created by:
10 ; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2018.2 (-: 10 ; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:
11 ; 11 ;
12 ; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2/bin/gmx 12 ; Executable: /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx
13 ; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2 13 ; Data prefix: /home/simon/miniconda3/envs/gmx
14 ; Working dir: /home/simon/moldyn-galaxy/protein/test-data 14 ; Working dir: /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs
15 ; Command line: 15 ; Command line:
16 ; gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh 16 ; gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh
17 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory. 17 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
18 ; 18 ;
19 19
20 ; Include forcefield parameters 20 ; Include forcefield parameters
21 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp" 21 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
25 Protein_chain_A 3 25 Protein_chain_A 3
26 26
27 [ atoms ] 27 [ atoms ]
28 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB 28 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
29 ; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0 29 ; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0
30 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027 ; qtot -0.3 30 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0027
31 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008 ; qtot 0.03 31 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008
32 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008 ; qtot 0.36 32 3 opls_290 1 LYS H2 1 0.33 1.008
33 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008 ; qtot 0.69 33 4 opls_290 1 LYS H3 1 0.33 1.008
34 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011 ; qtot 0.94 34 5 opls_293B 1 LYS CA 1 0.25 12.011
35 6 opls_140 1 LYS HA 1 0.06 1.008 ; qtot 1 35 6 opls_140 1 LYS HA 1 0.06 1.008
36 7 opls_136 1 LYS CB 2 -0.12 12.011 ; qtot 0.88 36 7 opls_136 1 LYS CB 2 -0.12 12.011
37 8 opls_140 1 LYS HB1 2 0.06 1.008 ; qtot 0.94 37 8 opls_140 1 LYS HB1 2 0.06 1.008
38 9 opls_140 1 LYS HB2 2 0.06 1.008 ; qtot 1 38 9 opls_140 1 LYS HB2 2 0.06 1.008
39 10 opls_136 1 LYS CG 3 -0.12 12.011 ; qtot 0.88 39 10 opls_136 1 LYS CG 3 -0.12 12.011
40 11 opls_140 1 LYS HG1 3 0.06 1.008 ; qtot 0.94 40 11 opls_140 1 LYS HG1 3 0.06 1.008
41 12 opls_140 1 LYS HG2 3 0.06 1.008 ; qtot 1 41 12 opls_140 1 LYS HG2 3 0.06 1.008
42 13 opls_136 1 LYS CD 4 -0.12 12.011 ; qtot 0.88 42 13 opls_136 1 LYS CD 4 -0.12 12.011
43 14 opls_140 1 LYS HD1 4 0.06 1.008 ; qtot 0.94 43 14 opls_140 1 LYS HD1 4 0.06 1.008
44 15 opls_140 1 LYS HD2 4 0.06 1.008 ; qtot 1 44 15 opls_140 1 LYS HD2 4 0.06 1.008
45 16 opls_292 1 LYS CE 5 0.19 12.011 ; qtot 1.19 45 16 opls_292 1 LYS CE 5 0.19 12.011
46 17 opls_140 1 LYS HE1 5 0.06 1.008 ; qtot 1.25 46 17 opls_140 1 LYS HE1 5 0.06 1.008
47 18 opls_140 1 LYS HE2 5 0.06 1.008 ; qtot 1.31 47 18 opls_140 1 LYS HE2 5 0.06 1.008
48 19 opls_287 1 LYS NZ 6 -0.3 14.0067 ; qtot 1.01 48 19 opls_287 1 LYS NZ 6 -0.3 14.0067
49 20 opls_290 1 LYS HZ1 6 0.33 1.008 ; qtot 1.34 49 20 opls_290 1 LYS HZ1 6 0.33 1.008
50 21 opls_290 1 LYS HZ2 6 0.33 1.008 ; qtot 1.67 50 21 opls_290 1 LYS HZ2 6 0.33 1.008
51 22 opls_290 1 LYS HZ3 6 0.33 1.008 ; qtot 2 51 22 opls_290 1 LYS HZ3 6 0.33 1.008
52 23 opls_235 1 LYS C 7 0.5 12.011 ; qtot 2.5 52 23 opls_235 1 LYS C 7 0.5 12.011
53 24 opls_236 1 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2 53 24 opls_236 1 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
54 ; residue 2 VAL rtp VAL q 0.0 54 ; residue 2 VAL rtp VAL q 0.0
55 25 opls_238 2 VAL N 8 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5 55 25 opls_238 2 VAL N 8 -0.5 14.0067
56 26 opls_241 2 VAL H 8 0.3 1.008 ; qtot 1.8 56 26 opls_241 2 VAL H 8 0.3 1.008
57 27 opls_224B 2 VAL CA 8 0.14 12.011 ; qtot 1.94 57 27 opls_224B 2 VAL CA 8 0.14 12.011
58 28 opls_140 2 VAL HA 8 0.06 1.008 ; qtot 2 58 28 opls_140 2 VAL HA 8 0.06 1.008
59 29 opls_137 2 VAL CB 9 -0.06 12.011 ; qtot 1.94 59 29 opls_137 2 VAL CB 9 -0.06 12.011
60 30 opls_140 2 VAL HB 9 0.06 1.008 ; qtot 2 60 30 opls_140 2 VAL HB 9 0.06 1.008
61 31 opls_135 2 VAL CG1 10 -0.18 12.011 ; qtot 1.82 61 31 opls_135 2 VAL CG1 10 -0.18 12.011
62 32 opls_140 2 VAL HG11 10 0.06 1.008 ; qtot 1.88 62 32 opls_140 2 VAL HG11 10 0.06 1.008
63 33 opls_140 2 VAL HG12 10 0.06 1.008 ; qtot 1.94 63 33 opls_140 2 VAL HG12 10 0.06 1.008
64 34 opls_140 2 VAL HG13 10 0.06 1.008 ; qtot 2 64 34 opls_140 2 VAL HG13 10 0.06 1.008
65 35 opls_135 2 VAL CG2 11 -0.18 12.011 ; qtot 1.82 65 35 opls_135 2 VAL CG2 11 -0.18 12.011
66 36 opls_140 2 VAL HG21 11 0.06 1.008 ; qtot 1.88 66 36 opls_140 2 VAL HG21 11 0.06 1.008
67 37 opls_140 2 VAL HG22 11 0.06 1.008 ; qtot 1.94 67 37 opls_140 2 VAL HG22 11 0.06 1.008
68 38 opls_140 2 VAL HG23 11 0.06 1.008 ; qtot 2 68 38 opls_140 2 VAL HG23 11 0.06 1.008
69 39 opls_235 2 VAL C 12 0.5 12.011 ; qtot 2.5 69 39 opls_235 2 VAL C 12 0.5 12.011
70 40 opls_236 2 VAL O 12 -0.5 15.9994 ; qtot 2 70 40 opls_236 2 VAL O 12 -0.5 15.9994 ; qtot 2
71 ; residue 3 PHE rtp PHE q 0.0 71 ; residue 3 PHE rtp PHE q 0.0
72 41 opls_238 3 PHE N 13 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5 72 41 opls_238 3 PHE N 13 -0.5 14.0067
73 42 opls_241 3 PHE H 13 0.3 1.008 ; qtot 1.8 73 42 opls_241 3 PHE H 13 0.3 1.008
74 43 opls_224B 3 PHE CA 13 0.14 12.011 ; qtot 1.94 74 43 opls_224B 3 PHE CA 13 0.14 12.011
75 44 opls_140 3 PHE HA 13 0.06 1.008 ; qtot 2 75 44 opls_140 3 PHE HA 13 0.06 1.008
76 45 opls_149 3 PHE CB 14 -0.005 12.011 ; qtot 1.995 76 45 opls_149 3 PHE CB 14 -0.005 12.011
77 46 opls_140 3 PHE HB1 14 0.06 1.008 ; qtot 2.055 77 46 opls_140 3 PHE HB1 14 0.06 1.008
78 47 opls_140 3 PHE HB2 14 0.06 1.008 ; qtot 2.115 78 47 opls_140 3 PHE HB2 14 0.06 1.008
79 48 opls_145 3 PHE CG 14 -0.115 12.011 ; qtot 2 79 48 opls_145 3 PHE CG 14 -0.115 12.011
80 49 opls_145 3 PHE CD1 15 -0.115 12.011 ; qtot 1.885 80 49 opls_145 3 PHE CD1 15 -0.115 12.011
81 50 opls_146 3 PHE HD1 15 0.115 1.008 ; qtot 2 81 50 opls_146 3 PHE HD1 15 0.115 1.008
82 51 opls_145 3 PHE CD2 16 -0.115 12.011 ; qtot 1.885 82 51 opls_145 3 PHE CD2 16 -0.115 12.011
83 52 opls_146 3 PHE HD2 16 0.115 1.008 ; qtot 2 83 52 opls_146 3 PHE HD2 16 0.115 1.008
84 53 opls_145 3 PHE CE1 17 -0.115 12.011 ; qtot 1.885 84 53 opls_145 3 PHE CE1 17 -0.115 12.011
85 54 opls_146 3 PHE HE1 17 0.115 1.008 ; qtot 2 85 54 opls_146 3 PHE HE1 17 0.115 1.008
86 55 opls_145 3 PHE CE2 18 -0.115 12.011 ; qtot 1.885 86 55 opls_145 3 PHE CE2 18 -0.115 12.011
87 56 opls_146 3 PHE HE2 18 0.115 1.008 ; qtot 2 87 56 opls_146 3 PHE HE2 18 0.115 1.008
88 57 opls_145 3 PHE CZ 19 -0.115 12.011 ; qtot 1.885 88 57 opls_145 3 PHE CZ 19 -0.115 12.011
89 58 opls_146 3 PHE HZ 19 0.115 1.008 ; qtot 2 89 58 opls_146 3 PHE HZ 19 0.115 1.008
90 59 opls_235 3 PHE C 20 0.5 12.011 ; qtot 2.5 90 59 opls_235 3 PHE C 20 0.5 12.011
91 60 opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2 91 60 opls_236 3 PHE O 20 -0.5 15.9994 ; qtot 2
92 ; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0 92 ; residue 4 GLY rtp GLY q 0.0
93 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5 93 61 opls_238 4 GLY N 21 -0.5 14.0067
94 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008 ; qtot 1.8 94 62 opls_241 4 GLY H 21 0.3 1.008
95 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011 ; qtot 1.88 95 63 opls_223B 4 GLY CA 21 0.08 12.011
96 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008 ; qtot 1.94 96 64 opls_140 4 GLY HA1 21 0.06 1.008
97 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008 ; qtot 2 97 65 opls_140 4 GLY HA2 21 0.06 1.008
98 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011 ; qtot 2.5 98 66 opls_235 4 GLY C 22 0.5 12.011
99 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2 99 67 opls_236 4 GLY O 22 -0.5 15.9994 ; qtot 2
100 ; residue 5 ARG rtp ARG q +1.0 100 ; residue 5 ARG rtp ARG q +1.0
101 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5 101 68 opls_238 5 ARG N 23 -0.5 14.0067
102 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008 ; qtot 1.8 102 69 opls_241 5 ARG H 23 0.3 1.008
103 70 opls_224B 5 ARG CA 23 0.14 12.011 ; qtot 1.94 103 70 opls_224B 5 ARG CA 23 0.14 12.011
104 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008 ; qtot 2 104 71 opls_140 5 ARG HA 23 0.06 1.008
105 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011 ; qtot 1.88 105 72 opls_136 5 ARG CB 24 -0.12 12.011
106 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008 ; qtot 1.94 106 73 opls_140 5 ARG HB1 24 0.06 1.008
107 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008 ; qtot 2 107 74 opls_140 5 ARG HB2 24 0.06 1.008
108 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011 ; qtot 1.95 108 75 opls_308 5 ARG CG 25 -0.05 12.011
109 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008 ; qtot 2.01 109 76 opls_140 5 ARG HG1 25 0.06 1.008
110 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008 ; qtot 2.07 110 77 opls_140 5 ARG HG2 25 0.06 1.008
111 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011 ; qtot 2.26 111 78 opls_307 5 ARG CD 26 0.19 12.011
112 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008 ; qtot 2.32 112 79 opls_140 5 ARG HD1 26 0.06 1.008
113 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008 ; qtot 2.38 113 80 opls_140 5 ARG HD2 26 0.06 1.008
114 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067 ; qtot 1.68 114 81 opls_303 5 ARG NE 27 -0.7 14.0067
115 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008 ; qtot 2.12 115 82 opls_304 5 ARG HE 27 0.44 1.008
116 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011 ; qtot 2.76 116 83 opls_302 5 ARG CZ 27 0.64 12.011
117 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067 ; qtot 1.96 117 84 opls_300 5 ARG NH1 28 -0.8 14.0067
118 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008 ; qtot 2.42 118 85 opls_301 5 ARG HH11 28 0.46 1.008
119 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008 ; qtot 2.88 119 86 opls_301 5 ARG HH12 28 0.46 1.008
120 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067 ; qtot 2.08 120 87 opls_300 5 ARG NH2 29 -0.8 14.0067
121 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008 ; qtot 2.54 121 88 opls_301 5 ARG HH21 29 0.46 1.008
122 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008 ; qtot 3 122 89 opls_301 5 ARG HH22 29 0.46 1.008
123 90 opls_235 5 ARG C 30 0.5 12.011 ; qtot 3.5 123 90 opls_235 5 ARG C 30 0.5 12.011
124 91 opls_236 5 ARG O 30 -0.5 15.9994 ; qtot 3 124 91 opls_236 5 ARG O 30 -0.5 15.9994 ; qtot 3
125 ; residue 6 CYS rtp CYS2 q 0.0 125 ; residue 6 CYS rtp CYS2 q 0.0
126 92 opls_238 6 CYS N 31 -0.5 14.0067 ; qtot 2.5 126 92 opls_238 6 CYS N 31 -0.5 14.0067
127 93 opls_241 6 CYS H 31 0.3 1.008 ; qtot 2.8 127 93 opls_241 6 CYS H 31 0.3 1.008
128 94 opls_224B 6 CYS CA 31 0.14 12.011 ; qtot 2.94 128 94 opls_224B 6 CYS CA 31 0.14 12.011
129 95 opls_140 6 CYS HA 31 0.06 1.008 ; qtot 3 129 95 opls_140 6 CYS HA 31 0.06 1.008
130 96 opls_214 6 CYS CB 32 0.0975 12.011 ; qtot 3.098 130 96 opls_214 6 CYS CB 32 0.0975 12.011
131 97 opls_140 6 CYS HB1 32 0.06 1.008 ; qtot 3.158 131 97 opls_140 6 CYS HB1 32 0.06 1.008
132 98 opls_140 6 CYS HB2 32 0.06 1.008 ; qtot 3.218 132 98 opls_140 6 CYS HB2 32 0.06 1.008
133 99 opls_203 6 CYS SG 32 -0.2175 32.06 ; qtot 3 133 99 opls_203 6 CYS SG 32 -0.2175 32.06
134 100 opls_235 6 CYS C 33 0.5 12.011 ; qtot 3.5 134 100 opls_235 6 CYS C 33 0.5 12.011
135 101 opls_236 6 CYS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 3 135 101 opls_236 6 CYS O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 3
136 ; residue 7 GLU rtp GLU q -1.0 136 ; residue 7 GLU rtp GLU q -1.0
137 102 opls_238 7 GLU N 34 -0.5 14.0067 ; qtot 2.5 137 102 opls_238 7 GLU N 34 -0.5 14.0067
138 103 opls_241 7 GLU H 34 0.3 1.008 ; qtot 2.8 138 103 opls_241 7 GLU H 34 0.3 1.008
139 104 opls_224B 7 GLU CA 34 0.14 12.011 ; qtot 2.94 139 104 opls_224B 7 GLU CA 34 0.14 12.011
140 105 opls_140 7 GLU HA 34 0.06 1.008 ; qtot 3 140 105 opls_140 7 GLU HA 34 0.06 1.008
141 106 opls_136 7 GLU CB 35 -0.12 12.011 ; qtot 2.88 141 106 opls_136 7 GLU CB 35 -0.12 12.011
142 107 opls_140 7 GLU HB1 35 0.06 1.008 ; qtot 2.94 142 107 opls_140 7 GLU HB1 35 0.06 1.008
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144 109 opls_274 7 GLU CG 36 -0.22 12.011 ; qtot 2.78 144 109 opls_274 7 GLU CG 36 -0.22 12.011
145 110 opls_140 7 GLU HG1 36 0.06 1.008 ; qtot 2.84 145 110 opls_140 7 GLU HG1 36 0.06 1.008
146 111 opls_140 7 GLU HG2 36 0.06 1.008 ; qtot 2.9 146 111 opls_140 7 GLU HG2 36 0.06 1.008
147 112 opls_271 7 GLU CD 37 0.7 12.011 ; qtot 3.6 147 112 opls_271 7 GLU CD 37 0.7 12.011
148 113 opls_272 7 GLU OE1 37 -0.8 15.9994 ; qtot 2.8 148 113 opls_272 7 GLU OE1 37 -0.8 15.9994
149 114 opls_272 7 GLU OE2 37 -0.8 15.9994 ; qtot 2 149 114 opls_272 7 GLU OE2 37 -0.8 15.9994
150 115 opls_235 7 GLU C 38 0.5 12.011 ; qtot 2.5 150 115 opls_235 7 GLU C 38 0.5 12.011
151 116 opls_236 7 GLU O 38 -0.5 15.9994 ; qtot 2 151 116 opls_236 7 GLU O 38 -0.5 15.9994 ; qtot 2
152 ; residue 8 LEU rtp LEU q 0.0 152 ; residue 8 LEU rtp LEU q 0.0
153 117 opls_238 8 LEU N 39 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5 153 117 opls_238 8 LEU N 39 -0.5 14.0067
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156 120 opls_140 8 LEU HA 39 0.06 1.008 ; qtot 2 156 120 opls_140 8 LEU HA 39 0.06 1.008
157 121 opls_136 8 LEU CB 40 -0.12 12.011 ; qtot 1.88 157 121 opls_136 8 LEU CB 40 -0.12 12.011
158 122 opls_140 8 LEU HB1 40 0.06 1.008 ; qtot 1.94 158 122 opls_140 8 LEU HB1 40 0.06 1.008
159 123 opls_140 8 LEU HB2 40 0.06 1.008 ; qtot 2 159 123 opls_140 8 LEU HB2 40 0.06 1.008
160 124 opls_137 8 LEU CG 41 -0.06 12.011 ; qtot 1.94 160 124 opls_137 8 LEU CG 41 -0.06 12.011
161 125 opls_140 8 LEU HG 41 0.06 1.008 ; qtot 2 161 125 opls_140 8 LEU HG 41 0.06 1.008
162 126 opls_135 8 LEU CD1 42 -0.18 12.011 ; qtot 1.82 162 126 opls_135 8 LEU CD1 42 -0.18 12.011
163 127 opls_140 8 LEU HD11 42 0.06 1.008 ; qtot 1.88 163 127 opls_140 8 LEU HD11 42 0.06 1.008
164 128 opls_140 8 LEU HD12 42 0.06 1.008 ; qtot 1.94 164 128 opls_140 8 LEU HD12 42 0.06 1.008
165 129 opls_140 8 LEU HD13 42 0.06 1.008 ; qtot 2 165 129 opls_140 8 LEU HD13 42 0.06 1.008
166 130 opls_135 8 LEU CD2 43 -0.18 12.011 ; qtot 1.82 166 130 opls_135 8 LEU CD2 43 -0.18 12.011
167 131 opls_140 8 LEU HD21 43 0.06 1.008 ; qtot 1.88 167 131 opls_140 8 LEU HD21 43 0.06 1.008
168 132 opls_140 8 LEU HD22 43 0.06 1.008 ; qtot 1.94 168 132 opls_140 8 LEU HD22 43 0.06 1.008
169 133 opls_140 8 LEU HD23 43 0.06 1.008 ; qtot 2 169 133 opls_140 8 LEU HD23 43 0.06 1.008
170 134 opls_235 8 LEU C 44 0.5 12.011 ; qtot 2.5 170 134 opls_235 8 LEU C 44 0.5 12.011
171 135 opls_236 8 LEU O 44 -0.5 15.9994 ; qtot 2 171 135 opls_236 8 LEU O 44 -0.5 15.9994 ; qtot 2
172 ; residue 9 ALA rtp ALA q 0.0 172 ; residue 9 ALA rtp ALA q 0.0
173 136 opls_238 9 ALA N 45 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5 173 136 opls_238 9 ALA N 45 -0.5 14.0067
174 137 opls_241 9 ALA H 45 0.3 1.008 ; qtot 1.8 174 137 opls_241 9 ALA H 45 0.3 1.008
175 138 opls_224B 9 ALA CA 45 0.14 12.011 ; qtot 1.94 175 138 opls_224B 9 ALA CA 45 0.14 12.011
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177 140 opls_135 9 ALA CB 46 -0.18 12.011 ; qtot 1.82 177 140 opls_135 9 ALA CB 46 -0.18 12.011
178 141 opls_140 9 ALA HB1 46 0.06 1.008 ; qtot 1.88 178 141 opls_140 9 ALA HB1 46 0.06 1.008
179 142 opls_140 9 ALA HB2 46 0.06 1.008 ; qtot 1.94 179 142 opls_140 9 ALA HB2 46 0.06 1.008
180 143 opls_140 9 ALA HB3 46 0.06 1.008 ; qtot 2 180 143 opls_140 9 ALA HB3 46 0.06 1.008
181 144 opls_235 9 ALA C 47 0.5 12.011 ; qtot 2.5 181 144 opls_235 9 ALA C 47 0.5 12.011
182 145 opls_236 9 ALA O 47 -0.5 15.9994 ; qtot 2 182 145 opls_236 9 ALA O 47 -0.5 15.9994 ; qtot 2
183 ; residue 10 ALA rtp ALA q 0.0 183 ; residue 10 ALA rtp ALA q 0.0
184 146 opls_238 10 ALA N 48 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5 184 146 opls_238 10 ALA N 48 -0.5 14.0067
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187 149 opls_140 10 ALA HA 48 0.06 1.008 ; qtot 2 187 149 opls_140 10 ALA HA 48 0.06 1.008
188 150 opls_135 10 ALA CB 49 -0.18 12.011 ; qtot 1.82 188 150 opls_135 10 ALA CB 49 -0.18 12.011
189 151 opls_140 10 ALA HB1 49 0.06 1.008 ; qtot 1.88 189 151 opls_140 10 ALA HB1 49 0.06 1.008
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191 153 opls_140 10 ALA HB3 49 0.06 1.008 ; qtot 2 191 153 opls_140 10 ALA HB3 49 0.06 1.008
192 154 opls_235 10 ALA C 50 0.5 12.011 ; qtot 2.5 192 154 opls_235 10 ALA C 50 0.5 12.011
193 155 opls_236 10 ALA O 50 -0.5 15.9994 ; qtot 2 193 155 opls_236 10 ALA O 50 -0.5 15.9994 ; qtot 2
194 ; residue 11 ALA rtp ALA q 0.0 194 ; residue 11 ALA rtp ALA q 0.0
195 156 opls_238 11 ALA N 51 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5 195 156 opls_238 11 ALA N 51 -0.5 14.0067
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203 164 opls_235 11 ALA C 53 0.5 12.011 ; qtot 2.5 203 164 opls_235 11 ALA C 53 0.5 12.011
204 165 opls_236 11 ALA O 53 -0.5 15.9994 ; qtot 2 204 165 opls_236 11 ALA O 53 -0.5 15.9994 ; qtot 2
205 ; residue 12 MET rtp MET q 0.0 205 ; residue 12 MET rtp MET q 0.0
206 166 opls_238 12 MET N 54 -0.5 14.0067 ; qtot 1.5 206 166 opls_238 12 MET N 54 -0.5 14.0067
207 167 opls_241 12 MET H 54 0.3 1.008 ; qtot 1.8 207 167 opls_241 12 MET H 54 0.3 1.008
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209 169 opls_140 12 MET HA 54 0.06 1.008 ; qtot 2 209 169 opls_140 12 MET HA 54 0.06 1.008
210 170 opls_136 12 MET CB 55 -0.12 12.011 ; qtot 1.88 210 170 opls_136 12 MET CB 55 -0.12 12.011
211 171 opls_140 12 MET HB1 55 0.06 1.008 ; qtot 1.94 211 171 opls_140 12 MET HB1 55 0.06 1.008
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213 173 opls_210 12 MET CG 56 0.048 12.011 ; qtot 2.048 213 173 opls_210 12 MET CG 56 0.048 12.011
214 174 opls_140 12 MET HG1 56 0.06 1.008 ; qtot 2.108 214 174 opls_140 12 MET HG1 56 0.06 1.008
215 175 opls_140 12 MET HG2 56 0.06 1.008 ; qtot 2.168 215 175 opls_140 12 MET HG2 56 0.06 1.008
216 176 opls_202 12 MET SD 57 -0.335 32.06 ; qtot 1.833 216 176 opls_202 12 MET SD 57 -0.335 32.06
217 177 opls_209 12 MET CE 58 -0.013 12.011 ; qtot 1.82 217 177 opls_209 12 MET CE 58 -0.013 12.011
218 178 opls_140 12 MET HE1 58 0.06 1.008 ; qtot 1.88 218 178 opls_140 12 MET HE1 58 0.06 1.008
219 179 opls_140 12 MET HE2 58 0.06 1.008 ; qtot 1.94 219 179 opls_140 12 MET HE2 58 0.06 1.008
220 180 opls_140 12 MET HE3 58 0.06 1.008 ; qtot 2 220 180 opls_140 12 MET HE3 58 0.06 1.008
221 181 opls_235 12 MET C 59 0.5 12.011 ; qtot 2.5 221 181 opls_235 12 MET C 59 0.5 12.011
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223 ; residue 13 LYS rtp LYSH q +1.0 223 ; residue 13 LYS rtp LYSH q +1.0
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225 184 opls_241 13 LYS H 60 0.3 1.008 ; qtot 1.8 225 184 opls_241 13 LYS H 60 0.3 1.008
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227 186 opls_140 13 LYS HA 60 0.06 1.008 ; qtot 2 227 186 opls_140 13 LYS HA 60 0.06 1.008
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229 188 opls_140 13 LYS HB1 61 0.06 1.008 ; qtot 1.94 229 188 opls_140 13 LYS HB1 61 0.06 1.008
230 189 opls_140 13 LYS HB2 61 0.06 1.008 ; qtot 2 230 189 opls_140 13 LYS HB2 61 0.06 1.008
231 190 opls_136 13 LYS CG 62 -0.12 12.011 ; qtot 1.88 231 190 opls_136 13 LYS CG 62 -0.12 12.011
232 191 opls_140 13 LYS HG1 62 0.06 1.008 ; qtot 1.94 232 191 opls_140 13 LYS HG1 62 0.06 1.008
233 192 opls_140 13 LYS HG2 62 0.06 1.008 ; qtot 2 233 192 opls_140 13 LYS HG2 62 0.06 1.008
234 193 opls_136 13 LYS CD 63 -0.12 12.011 ; qtot 1.88 234 193 opls_136 13 LYS CD 63 -0.12 12.011
235 194 opls_140 13 LYS HD1 63 0.06 1.008 ; qtot 1.94 235 194 opls_140 13 LYS HD1 63 0.06 1.008
236 195 opls_140 13 LYS HD2 63 0.06 1.008 ; qtot 2 236 195 opls_140 13 LYS HD2 63 0.06 1.008
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238 197 opls_140 13 LYS HE1 64 0.06 1.008 ; qtot 2.25 238 197 opls_140 13 LYS HE1 64 0.06 1.008
239 198 opls_140 13 LYS HE2 64 0.06 1.008 ; qtot 2.31 239 198 opls_140 13 LYS HE2 64 0.06 1.008
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244 203 opls_235 13 LYS C 66 0.5 12.011 ; qtot 3.5 244 203 opls_235 13 LYS C 66 0.5 12.011
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246 ; residue 14 ARG rtp ARG q +1.0 246 ; residue 14 ARG rtp ARG q +1.0
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548 488 opls_140 32 ALA HB2 167 0.06 1.008 ; qtot 3.94 548 488 opls_140 32 ALA HB2 167 0.06 1.008
549 489 opls_140 32 ALA HB3 167 0.06 1.008 ; qtot 4 549 489 opls_140 32 ALA HB3 167 0.06 1.008
550 490 opls_235 32 ALA C 168 0.5 12.011 ; qtot 4.5 550 490 opls_235 32 ALA C 168 0.5 12.011
551 491 opls_236 32 ALA O 168 -0.5 15.9994 ; qtot 4 551 491 opls_236 32 ALA O 168 -0.5 15.9994 ; qtot 4
552 ; residue 33 LYS rtp LYSH q +1.0 552 ; residue 33 LYS rtp LYSH q +1.0
553 492 opls_238 33 LYS N 169 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5 553 492 opls_238 33 LYS N 169 -0.5 14.0067
554 493 opls_241 33 LYS H 169 0.3 1.008 ; qtot 3.8 554 493 opls_241 33 LYS H 169 0.3 1.008
555 494 opls_224B 33 LYS CA 169 0.14 12.011 ; qtot 3.94 555 494 opls_224B 33 LYS CA 169 0.14 12.011
556 495 opls_140 33 LYS HA 169 0.06 1.008 ; qtot 4 556 495 opls_140 33 LYS HA 169 0.06 1.008
557 496 opls_136 33 LYS CB 170 -0.12 12.011 ; qtot 3.88 557 496 opls_136 33 LYS CB 170 -0.12 12.011
558 497 opls_140 33 LYS HB1 170 0.06 1.008 ; qtot 3.94 558 497 opls_140 33 LYS HB1 170 0.06 1.008
559 498 opls_140 33 LYS HB2 170 0.06 1.008 ; qtot 4 559 498 opls_140 33 LYS HB2 170 0.06 1.008
560 499 opls_136 33 LYS CG 171 -0.12 12.011 ; qtot 3.88 560 499 opls_136 33 LYS CG 171 -0.12 12.011
561 500 opls_140 33 LYS HG1 171 0.06 1.008 ; qtot 3.94 561 500 opls_140 33 LYS HG1 171 0.06 1.008
562 501 opls_140 33 LYS HG2 171 0.06 1.008 ; qtot 4 562 501 opls_140 33 LYS HG2 171 0.06 1.008
563 502 opls_136 33 LYS CD 172 -0.12 12.011 ; qtot 3.88 563 502 opls_136 33 LYS CD 172 -0.12 12.011
564 503 opls_140 33 LYS HD1 172 0.06 1.008 ; qtot 3.94 564 503 opls_140 33 LYS HD1 172 0.06 1.008
565 504 opls_140 33 LYS HD2 172 0.06 1.008 ; qtot 4 565 504 opls_140 33 LYS HD2 172 0.06 1.008
566 505 opls_292 33 LYS CE 173 0.19 12.011 ; qtot 4.19 566 505 opls_292 33 LYS CE 173 0.19 12.011
567 506 opls_140 33 LYS HE1 173 0.06 1.008 ; qtot 4.25 567 506 opls_140 33 LYS HE1 173 0.06 1.008
568 507 opls_140 33 LYS HE2 173 0.06 1.008 ; qtot 4.31 568 507 opls_140 33 LYS HE2 173 0.06 1.008
569 508 opls_287 33 LYS NZ 174 -0.3 14.0067 ; qtot 4.01 569 508 opls_287 33 LYS NZ 174 -0.3 14.0067
570 509 opls_290 33 LYS HZ1 174 0.33 1.008 ; qtot 4.34 570 509 opls_290 33 LYS HZ1 174 0.33 1.008
571 510 opls_290 33 LYS HZ2 174 0.33 1.008 ; qtot 4.67 571 510 opls_290 33 LYS HZ2 174 0.33 1.008
572 511 opls_290 33 LYS HZ3 174 0.33 1.008 ; qtot 5 572 511 opls_290 33 LYS HZ3 174 0.33 1.008
573 512 opls_235 33 LYS C 175 0.5 12.011 ; qtot 5.5 573 512 opls_235 33 LYS C 175 0.5 12.011
574 513 opls_236 33 LYS O 175 -0.5 15.9994 ; qtot 5 574 513 opls_236 33 LYS O 175 -0.5 15.9994 ; qtot 5
575 ; residue 34 PHE rtp PHE q 0.0 575 ; residue 34 PHE rtp PHE q 0.0
576 514 opls_238 34 PHE N 176 -0.5 14.0067 ; qtot 4.5 576 514 opls_238 34 PHE N 176 -0.5 14.0067
577 515 opls_241 34 PHE H 176 0.3 1.008 ; qtot 4.8 577 515 opls_241 34 PHE H 176 0.3 1.008
578 516 opls_224B 34 PHE CA 176 0.14 12.011 ; qtot 4.94 578 516 opls_224B 34 PHE CA 176 0.14 12.011
579 517 opls_140 34 PHE HA 176 0.06 1.008 ; qtot 5 579 517 opls_140 34 PHE HA 176 0.06 1.008
580 518 opls_149 34 PHE CB 177 -0.005 12.011 ; qtot 4.995 580 518 opls_149 34 PHE CB 177 -0.005 12.011
581 519 opls_140 34 PHE HB1 177 0.06 1.008 ; qtot 5.055 581 519 opls_140 34 PHE HB1 177 0.06 1.008
582 520 opls_140 34 PHE HB2 177 0.06 1.008 ; qtot 5.115 582 520 opls_140 34 PHE HB2 177 0.06 1.008
583 521 opls_145 34 PHE CG 177 -0.115 12.011 ; qtot 5 583 521 opls_145 34 PHE CG 177 -0.115 12.011
584 522 opls_145 34 PHE CD1 178 -0.115 12.011 ; qtot 4.885 584 522 opls_145 34 PHE CD1 178 -0.115 12.011
585 523 opls_146 34 PHE HD1 178 0.115 1.008 ; qtot 5 585 523 opls_146 34 PHE HD1 178 0.115 1.008
586 524 opls_145 34 PHE CD2 179 -0.115 12.011 ; qtot 4.885 586 524 opls_145 34 PHE CD2 179 -0.115 12.011
587 525 opls_146 34 PHE HD2 179 0.115 1.008 ; qtot 5 587 525 opls_146 34 PHE HD2 179 0.115 1.008
588 526 opls_145 34 PHE CE1 180 -0.115 12.011 ; qtot 4.885 588 526 opls_145 34 PHE CE1 180 -0.115 12.011
589 527 opls_146 34 PHE HE1 180 0.115 1.008 ; qtot 5 589 527 opls_146 34 PHE HE1 180 0.115 1.008
590 528 opls_145 34 PHE CE2 181 -0.115 12.011 ; qtot 4.885 590 528 opls_145 34 PHE CE2 181 -0.115 12.011
591 529 opls_146 34 PHE HE2 181 0.115 1.008 ; qtot 5 591 529 opls_146 34 PHE HE2 181 0.115 1.008
592 530 opls_145 34 PHE CZ 182 -0.115 12.011 ; qtot 4.885 592 530 opls_145 34 PHE CZ 182 -0.115 12.011
593 531 opls_146 34 PHE HZ 182 0.115 1.008 ; qtot 5 593 531 opls_146 34 PHE HZ 182 0.115 1.008
594 532 opls_235 34 PHE C 183 0.5 12.011 ; qtot 5.5 594 532 opls_235 34 PHE C 183 0.5 12.011
595 533 opls_236 34 PHE O 183 -0.5 15.9994 ; qtot 5 595 533 opls_236 34 PHE O 183 -0.5 15.9994 ; qtot 5
596 ; residue 35 GLU rtp GLU q -1.0 596 ; residue 35 GLU rtp GLU q -1.0
597 534 opls_238 35 GLU N 184 -0.5 14.0067 ; qtot 4.5 597 534 opls_238 35 GLU N 184 -0.5 14.0067
598 535 opls_241 35 GLU H 184 0.3 1.008 ; qtot 4.8 598 535 opls_241 35 GLU H 184 0.3 1.008
599 536 opls_224B 35 GLU CA 184 0.14 12.011 ; qtot 4.94 599 536 opls_224B 35 GLU CA 184 0.14 12.011
600 537 opls_140 35 GLU HA 184 0.06 1.008 ; qtot 5 600 537 opls_140 35 GLU HA 184 0.06 1.008
601 538 opls_136 35 GLU CB 185 -0.12 12.011 ; qtot 4.88 601 538 opls_136 35 GLU CB 185 -0.12 12.011
602 539 opls_140 35 GLU HB1 185 0.06 1.008 ; qtot 4.94 602 539 opls_140 35 GLU HB1 185 0.06 1.008
603 540 opls_140 35 GLU HB2 185 0.06 1.008 ; qtot 5 603 540 opls_140 35 GLU HB2 185 0.06 1.008
604 541 opls_274 35 GLU CG 186 -0.22 12.011 ; qtot 4.78 604 541 opls_274 35 GLU CG 186 -0.22 12.011
605 542 opls_140 35 GLU HG1 186 0.06 1.008 ; qtot 4.84 605 542 opls_140 35 GLU HG1 186 0.06 1.008
606 543 opls_140 35 GLU HG2 186 0.06 1.008 ; qtot 4.9 606 543 opls_140 35 GLU HG2 186 0.06 1.008
607 544 opls_271 35 GLU CD 187 0.7 12.011 ; qtot 5.6 607 544 opls_271 35 GLU CD 187 0.7 12.011
608 545 opls_272 35 GLU OE1 187 -0.8 15.9994 ; qtot 4.8 608 545 opls_272 35 GLU OE1 187 -0.8 15.9994
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610 547 opls_235 35 GLU C 188 0.5 12.011 ; qtot 4.5 610 547 opls_235 35 GLU C 188 0.5 12.011
611 548 opls_236 35 GLU O 188 -0.5 15.9994 ; qtot 4 611 548 opls_236 35 GLU O 188 -0.5 15.9994 ; qtot 4
612 ; residue 36 SER rtp SER q 0.0 612 ; residue 36 SER rtp SER q 0.0
613 549 opls_238 36 SER N 189 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5 613 549 opls_238 36 SER N 189 -0.5 14.0067
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616 552 opls_140 36 SER HA 189 0.06 1.008 ; qtot 4 616 552 opls_140 36 SER HA 189 0.06 1.008
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621 557 opls_155 36 SER HG 191 0.418 1.008 ; qtot 4 621 557 opls_155 36 SER HG 191 0.418 1.008
622 558 opls_235 36 SER C 192 0.5 12.011 ; qtot 4.5 622 558 opls_235 36 SER C 192 0.5 12.011
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624 ; residue 37 ASN rtp ASN q 0.0 624 ; residue 37 ASN rtp ASN q 0.0
625 560 opls_238 37 ASN N 193 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5 625 560 opls_238 37 ASN N 193 -0.5 14.0067
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627 562 opls_224B 37 ASN CA 194 0.14 12.011 ; qtot 3.94 627 562 opls_224B 37 ASN CA 194 0.14 12.011
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629 564 opls_136 37 ASN CB 195 -0.12 12.011 ; qtot 3.88 629 564 opls_136 37 ASN CB 195 -0.12 12.011
630 565 opls_140 37 ASN HB1 195 0.06 1.008 ; qtot 3.94 630 565 opls_140 37 ASN HB1 195 0.06 1.008
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632 567 opls_235 37 ASN CG 196 0.5 12.011 ; qtot 4.5 632 567 opls_235 37 ASN CG 196 0.5 12.011
633 568 opls_236 37 ASN OD1 196 -0.5 15.9994 ; qtot 4 633 568 opls_236 37 ASN OD1 196 -0.5 15.9994
634 569 opls_237 37 ASN ND2 197 -0.76 14.0067 ; qtot 3.24 634 569 opls_237 37 ASN ND2 197 -0.76 14.0067
635 570 opls_240 37 ASN HD21 197 0.38 1.008 ; qtot 3.62 635 570 opls_240 37 ASN HD21 197 0.38 1.008
636 571 opls_240 37 ASN HD22 197 0.38 1.008 ; qtot 4 636 571 opls_240 37 ASN HD22 197 0.38 1.008
637 572 opls_235 37 ASN C 198 0.5 12.011 ; qtot 4.5 637 572 opls_235 37 ASN C 198 0.5 12.011
638 573 opls_236 37 ASN O 198 -0.5 15.9994 ; qtot 4 638 573 opls_236 37 ASN O 198 -0.5 15.9994 ; qtot 4
639 ; residue 38 PHE rtp PHE q 0.0 639 ; residue 38 PHE rtp PHE q 0.0
640 574 opls_238 38 PHE N 199 -0.5 14.0067 ; qtot 3.5 640 574 opls_238 38 PHE N 199 -0.5 14.0067
641 575 opls_241 38 PHE H 199 0.3 1.008 ; qtot 3.8 641 575 opls_241 38 PHE H 199 0.3 1.008
642 576 opls_224B 38 PHE CA 199 0.14 12.011 ; qtot 3.94 642 576 opls_224B 38 PHE CA 199 0.14 12.011
643 577 opls_140 38 PHE HA 199 0.06 1.008 ; qtot 4 643 577 opls_140 38 PHE HA 199 0.06 1.008
644 578 opls_149 38 PHE CB 200 -0.005 12.011 ; qtot 3.995 644 578 opls_149 38 PHE CB 200 -0.005 12.011
645 579 opls_140 38 PHE HB1 200 0.06 1.008 ; qtot 4.055 645 579 opls_140 38 PHE HB1 200 0.06 1.008
646 580 opls_140 38 PHE HB2 200 0.06 1.008 ; qtot 4.115 646 580 opls_140 38 PHE HB2 200 0.06 1.008
647 581 opls_145 38 PHE CG 200 -0.115 12.011 ; qtot 4 647 581 opls_145 38 PHE CG 200 -0.115 12.011
648 582 opls_145 38 PHE CD1 201 -0.115 12.011 ; qtot 3.885 648 582 opls_145 38 PHE CD1 201 -0.115 12.011
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