Mercurial > repos > chemteam > gmx_setup

comparison test-data/lig.itp @ 10:cac1886249a2 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit 71a3084d6e402b31563b1662bb629d5a959ce7b7"
author chemteam
date Wed, 15 Apr 2020 14:36:05 -0400
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
9:ccdf0b30a422 10:cac1886249a2
1 ; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-11-07T23:16:00CET) on Fri Mar 20 14:38:01 2020
2
3 [ atomtypes ]
4 ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
5 C C 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
6 CZ CZ 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
7 CK CK 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
8 CM CM 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
9 CD CD 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
10 NB NB 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
11 N* N* 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
12 DU DU 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000
13 F F 0.00000 0.00000 A 3.11815e-01 2.55224e-01 ; 1.75 0.0610
14 O O 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100
15
16 [ moleculetype ]
17 ;name nrexcl
18 base 3
19
20 [ atoms ]
21 ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
22 1 C 1 G5E C1 1 0.545501 12.01000 ; qtot 0.546
23 2 CZ 1 G5E C2 2 0.075000 12.01000 ; qtot 0.621
24 3 C 1 G5E C3 3 0.508501 12.01000 ; qtot 1.129
25 4 CK 1 G5E C7 4 0.208200 12.01000 ; qtot 1.337
26 5 C 1 G5E C10 5 0.352800 12.01000 ; qtot 1.690
27 6 CM 1 G5E C12 6 0.002500 12.01000 ; qtot 1.693
28 7 CM 1 G5E C13 7 0.233400 12.01000 ; qtot 1.926
29 8 CZ 1 G5E C14 8 -0.087900 12.01000 ; qtot 1.838
30 9 CZ 1 G5E C15 9 0.072000 12.01000 ; qtot 1.910
31 10 CZ 1 G5E C16 10 0.028000 12.01000 ; qtot 1.938
32 11 CD 1 G5E C4 11 -0.048900 12.01000 ; qtot 1.889
33 12 CZ 1 G5E C5 12 -0.123300 12.01000 ; qtot 1.766
34 13 CZ 1 G5E C6 13 -0.161200 12.01000 ; qtot 1.605
35 14 NB 1 G5E N8 14 -0.082600 14.01000 ; qtot 1.522
36 15 NB 1 G5E N9 15 -0.125400 14.01000 ; qtot 1.397
37 16 N* 1 G5E N11 16 -0.261200 14.01000 ; qtot 1.135
38 17 CZ 1 G5E C17 17 -0.043900 12.01000 ; qtot 1.092
39 18 DU 1 G5E S18 18 -0.081400 0.00000 ; qtot 1.010
40 19 F 1 G5E F19 19 -0.100500 19.00000 ; qtot 0.910
41 20 O 1 G5E O20 20 -0.460300 16.00000 ; qtot 0.449
42 21 O 1 G5E O21 21 -0.449300 16.00000 ; qtot -0.000
43
44 [ bonds ]
45 ; ai aj funct r k
46 1 2 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C2
47 1 13 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C1 - C6
48 1 21 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C1 - O21
49 2 3 1 1.4600e-01 3.1782e+05 ; C2 - C3
50 3 11 1 1.4680e-01 3.1045e+05 ; C3 - C4
51 3 20 1 1.2290e-01 4.7698e+05 ; C3 - O20
52 4 11 1 1.4280e-01 3.5129e+05 ; C7 - C4
53 4 14 1 1.3040e-01 4.4267e+05 ; C7 - N8
54 4 16 1 1.3710e-01 3.6819e+05 ; C7 - N11
55 5 15 1 1.3870e-01 3.4886e+05 ; C10 - N9
56 5 16 1 1.3830e-01 3.5480e+05 ; C10 - N11
57 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; C10 - S18
58 6 7 1 1.3500e-01 4.5940e+05 ; C12 - C13
59 6 16 1 1.3650e-01 3.7489e+05 ; C12 - N11
60 6 17 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C12 - C17
61 7 8 1 1.4400e-01 3.3815e+05 ; C13 - C14
62 7 19 1 1.3490e-01 2.9941e+05 ; C13 - F19
63 8 9 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C14 - C15
64 9 10 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C15 - C16
65 10 17 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C16 - C17
66 11 12 1 1.3150e-01 5.0827e+05 ; C4 - C5
67 12 13 1 1.2060e-01 5.0208e+05 ; C5 - C6
68 14 15 1 1.3650e-01 4.2710e+05 ; N8 - N9
69
70 [ pairs ]
71 ; ai aj funct
72 1 11 1 ; C1 - C4
73 1 20 1 ; C1 - O20
74 2 4 1 ; C2 - C7
75 2 12 1 ; C2 - C5
76 3 13 1 ; C3 - C6
77 3 14 1 ; C3 - N8
78 3 16 1 ; C3 - N11
79 4 7 1 ; C7 - C13
80 4 13 1 ; C7 - C6
81 4 17 1 ; C7 - C17
82 4 18 1 ; C7 - S18
83 4 20 1 ; C7 - O20
84 5 7 1 ; C10 - C13
85 5 11 1 ; C10 - C4
86 5 17 1 ; C10 - C17
87 6 9 1 ; C12 - C15
88 6 11 1 ; C12 - C4
89 6 14 1 ; C12 - N8
90 6 15 1 ; C12 - N9
91 6 18 1 ; C12 - S18
92 7 10 1 ; C13 - C16
93 8 16 1 ; C14 - N11
94 8 17 1 ; C14 - C17
95 9 19 1 ; C15 - F19
96 10 16 1 ; C16 - N11
97 11 15 1 ; C4 - N9
98 12 14 1 ; C5 - N8
99 12 16 1 ; C5 - N11
100 12 20 1 ; C5 - O20
101 14 18 1 ; N8 - S18
102 16 19 1 ; N11 - F19
103 17 19 1 ; C17 - F19
104 21 3 1 ; O21 - C3
105 21 12 1 ; O21 - C5
106
107 [ angles ]
108 ; ai aj ak funct theta cth
109 1 2 3 1 1.8000e+02 4.4183e+02 ; C1 - C2 - C3
110 1 13 12 1 1.8000e+02 4.6944e+02 ; C1 - C6 - C5
111 2 1 13 1 1.1532e+02 5.4476e+02 ; C2 - C1 - C6
112 2 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C1 - O21
113 2 3 11 1 1.1558e+02 5.4266e+02 ; C2 - C3 - C4
114 2 3 20 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C2 - C3 - O20
115 3 11 4 1 1.2269e+02 5.3220e+02 ; C3 - C4 - C7
116 3 11 12 1 1.1788e+02 5.4392e+02 ; C3 - C4 - C5
117 4 11 12 1 1.2591e+02 5.3388e+02 ; C7 - C4 - C5
118 4 14 15 1 1.0862e+02 6.1003e+02 ; C7 - N8 - N9
119 4 16 5 1 1.2049e+02 5.5815e+02 ; C7 - N11 - C10
120 4 16 6 1 1.0424e+02 5.9664e+02 ; C7 - N11 - C12
121 5 15 14 1 1.0834e+02 6.1505e+02 ; C10 - N9 - N8
122 5 16 6 1 1.2160e+02 5.8576e+02 ; C10 - N11 - C12
123 6 7 8 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C12 - C13 - C14
124 6 7 19 1 1.1896e+02 5.6149e+02 ; C12 - C13 - F19
125 6 17 10 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C12 - C17 - C16
126 7 6 16 1 1.2120e+02 5.8576e+02 ; C13 - C12 - N11
127 7 6 17 1 1.2000e+02 5.4894e+02 ; C13 - C12 - C17
128 7 8 9 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C13 - C14 - C15
129 8 7 19 1 1.1875e+02 5.5274e+02 ; C14 - C13 - F19
130 8 9 10 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C14 - C15 - C16
131 9 10 17 1 1.8000e+02 5.3137e+02 ; C15 - C16 - C17
132 11 3 20 1 1.2393e+02 5.7823e+02 ; C4 - C3 - O20
133 11 4 14 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N8
134 11 4 16 1 1.2198e+02 5.6568e+02 ; C4 - C7 - N11
135 11 12 13 1 1.8000e+02 4.7447e+02 ; C4 - C5 - C6
136 13 1 21 1 1.2234e+02 5.8409e+02 ; C6 - C1 - O21
137 14 4 16 1 1.1390e+02 5.8576e+02 ; N8 - C7 - N11
138 15 5 16 1 1.1031e+02 6.1337e+02 ; N9 - C10 - N11
139 15 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N9 - C10 - S18
140 16 5 18 1 0.0000e+00 0.0000e+00 ; N11 - C10 - S18
141 16 6 17 1 1.1687e+02 5.8241e+02 ; N11 - C12 - C17
142
143 [ dihedrals ] ; propers
144 ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
145 ; i j k l func phase kd pn
146 1 2 3 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- C4
147 1 2 3 20 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C2- C3- O20
148 1 13 12 11 9 180.00 0.00000 2 ; C1- C6- C5- C4
149 2 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; C2- C1- C6- C5
150 2 3 11 4 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C7
151 2 3 11 12 9 180.00 12.02900 2 ; C2- C3- C4- C5
152 3 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N8
153 3 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C3- C4- C7- N11
154 3 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C3- C4- C5- C6
155 4 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C7- C4- C3- O20
156 4 11 12 13 9 180.00 0.00000 2 ; C7- C4- C5- C6
157 4 14 15 5 9 180.00 16.73600 2 ; C7- N8- N9- C10
158 4 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- N9
159 4 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C7- N11- C10- S18
160 4 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C13
161 4 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C7- N11- C12- C17
162 5 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- C4
163 5 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C10- N11- C7- N8
164 5 16 6 7 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C13
165 5 16 6 17 9 180.00 7.74040 2 ; C10- N11- C12- C17
166 6 7 8 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C13- C14- C15
167 6 16 4 11 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- C4
168 6 16 4 14 9 180.00 7.11280 2 ; C12- N11- C7- N8
169 6 16 5 15 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- N9
170 6 16 5 18 9 180.00 6.06680 2 ; C12- N11- C10- S18
171 6 17 10 9 9 180.00 0.00000 2 ; C12- C17- C16- C15
172 7 6 17 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C12- C17- C16
173 7 8 9 10 9 180.00 0.00000 2 ; C13- C14- C15- C16
174 8 7 6 16 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- N11
175 8 7 6 17 9 180.00 27.82360 2 ; C14- C13- C12- C17
176 8 9 10 17 9 180.00 0.00000 2 ; C14- C15- C16- C17
177 9 8 7 19 9 180.00 0.00000 2 ; C15- C14- C13- F19
178 10 17 6 16 9 180.00 0.00000 2 ; C16- C17- C12- N11
179 11 4 14 15 9 180.00 41.84000 2 ; C4- C7- N8- N9
180 12 11 3 20 9 180.00 12.02900 2 ; C5- C4- C3- O20
181 12 11 4 14 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N8
182 12 11 4 16 9 180.00 16.73600 2 ; C5- C4- C7- N11
183 13 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; C6- C1- C2- C3
184 14 15 5 16 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- N11
185 14 15 5 18 9 180.00 16.73600 2 ; N8- N9- C10- S18
186 15 14 4 16 9 180.00 41.84000 2 ; N9- N8- C7- N11
187 16 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; N11- C12- C13- F19
188 17 6 7 19 9 180.00 27.82360 2 ; C17- C12- C13- F19
189 21 1 2 3 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C2- C3
190 21 1 13 12 9 180.00 0.00000 2 ; O21- C1- C6- C5
191
192 [ dihedrals ] ; impropers
193 ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
194 ; i j k l func phase kd pn
195 3 4 11 12 4 180.00 4.60240 2 ; C3- C7- C4- C5
196 5 4 16 6 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C7- N11- C12
197 6 8 7 19 4 180.00 4.60240 2 ; C12- C14- C13- F19
198 7 17 6 16 4 180.00 4.60240 2 ; C13- C17- C12- N11
199 11 2 3 20 4 180.00 43.93200 2 ; C4- C2- C3- O20
200 11 16 4 14 4 180.00 4.60240 2 ; C4- N11- C7- N8
201 18 16 5 15 4 180.00 4.60240 2 ; S18- N11- C10- N9
202 21 1 13 2 4 180.00 43.93200 2 ; O21- C1- C6- C2