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comparison test-data/base_GMX.itp @ 0:52e64e8cf203 draft

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"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit a68f9fb01e0cfff122aef8ddce5c866c687a4f9a"
author chemteam
date Fri, 28 Feb 2020 03:47:30 -0500
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:52e64e8cf203
1 ; base_GMX.itp created by acpype (v: 2019-03-22T14:36:00UTC) on Fri May 31 15:21:44 2019
2
3 [ atomtypes ]
4 ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
5 c3 c3 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91 0.1094
6 ca ca 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
7 oh oh 0.00000 0.00000 A 3.06647e-01 8.80314e-01 ; 1.72 0.2104
8 hc hc 0.00000 0.00000 A 2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49 0.0157
9 ha ha 0.00000 0.00000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46 0.0150
10 ho ho 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000
11
12 [ moleculetype ]
13 ;name nrexcl
14 base 3
15
16 [ atoms ]
17 ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
18 1 c3 1 JZ4 C4 1 -0.093100 12.01000 ; qtot -0.093
19 2 ca 1 JZ4 C7 2 -0.162000 12.01000 ; qtot -0.255
20 3 ca 1 JZ4 C8 3 -0.095000 12.01000 ; qtot -0.350
21 4 ca 1 JZ4 C9 4 -0.211000 12.01000 ; qtot -0.561
22 5 ca 1 JZ4 C10 5 0.124100 12.01000 ; qtot -0.437
23 6 ca 1 JZ4 C11 6 -0.099000 12.01000 ; qtot -0.536
24 7 ca 1 JZ4 C12 7 -0.098300 12.01000 ; qtot -0.634
25 8 c3 1 JZ4 C13 8 -0.032100 12.01000 ; qtot -0.666
26 9 c3 1 JZ4 C14 9 -0.075400 12.01000 ; qtot -0.742
27 10 oh 1 JZ4 OAB 10 -0.500101 16.00000 ; qtot -1.242
28 11 hc 1 JZ4 H 11 0.032700 1.00800 ; qtot -1.209
29 12 hc 1 JZ4 H1 12 0.032700 1.00800 ; qtot -1.177
30 13 hc 1 JZ4 H2 13 0.032700 1.00800 ; qtot -1.144
31 14 ha 1 JZ4 H3 14 0.133000 1.00800 ; qtot -1.011
32 15 ha 1 JZ4 H4 15 0.132000 1.00800 ; qtot -0.879
33 16 ha 1 JZ4 H5 16 0.132000 1.00800 ; qtot -0.747
34 17 ha 1 JZ4 H6 17 0.134000 1.00800 ; qtot -0.613
35 18 hc 1 JZ4 H7 18 0.055700 1.00800 ; qtot -0.557
36 19 hc 1 JZ4 H8 19 0.055700 1.00800 ; qtot -0.501
37 20 hc 1 JZ4 H9 20 0.041700 1.00800 ; qtot -0.460
38 21 hc 1 JZ4 H10 21 0.041700 1.00800 ; qtot -0.418
39 22 ho 1 JZ4 H11 22 0.418000 1.00800 ; qtot -0.000
40
41 [ bonds ]
42 ; ai aj funct r k
43 1 9 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C4 - C14
44 1 11 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C4 - H
45 1 12 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C4 - H1
46 1 13 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C4 - H2
47 2 3 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C7 - C8
48 2 6 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C7 - C11
49 2 14 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C7 - H3
50 3 4 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C8 - C9
51 3 15 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C8 - H4
52 4 5 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C9 - C10
53 4 16 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C9 - H5
54 5 7 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C10 - C12
55 5 10 1 1.3637e-01 3.2133e+05 ; C10 - OAB
56 6 7 1 1.3984e-01 3.8585e+05 ; C11 - C12
57 6 17 1 1.0860e-01 2.8937e+05 ; C11 - H6
58 7 8 1 1.5156e-01 2.6861e+05 ; C12 - C13
59 8 9 1 1.5375e-01 2.5179e+05 ; C13 - C14
60 8 18 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C13 - H7
61 8 19 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C13 - H8
62 9 20 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C14 - H9
63 9 21 1 1.0969e-01 2.7665e+05 ; C14 - H10
64 10 22 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; OAB - H11
65
66 [ pairs ]
67 ; ai aj funct
68 1 7 1 ; C4 - C12
69 1 18 1 ; C4 - H7
70 1 19 1 ; C4 - H8
71 2 5 1 ; C7 - C10
72 2 8 1 ; C7 - C13
73 2 16 1 ; C7 - H5
74 3 7 1 ; C8 - C12
75 3 10 1 ; C8 - OAB
76 3 17 1 ; C8 - H6
77 4 6 1 ; C9 - C11
78 4 8 1 ; C9 - C13
79 4 14 1 ; C9 - H3
80 4 22 1 ; C9 - H11
81 5 9 1 ; C10 - C14
82 5 15 1 ; C10 - H4
83 5 17 1 ; C10 - H6
84 5 18 1 ; C10 - H7
85 5 19 1 ; C10 - H8
86 6 9 1 ; C11 - C14
87 6 10 1 ; C11 - OAB
88 6 15 1 ; C11 - H4
89 6 18 1 ; C11 - H7
90 6 19 1 ; C11 - H8
91 7 14 1 ; C12 - H3
92 7 16 1 ; C12 - H5
93 7 20 1 ; C12 - H9
94 7 21 1 ; C12 - H10
95 7 22 1 ; C12 - H11
96 8 10 1 ; C13 - OAB
97 8 17 1 ; C13 - H6
98 10 16 1 ; OAB - H5
99 11 8 1 ; H - C13
100 11 20 1 ; H - H9
101 11 21 1 ; H - H10
102 12 8 1 ; H1 - C13
103 12 20 1 ; H1 - H9
104 12 21 1 ; H1 - H10
105 13 8 1 ; H2 - C13
106 13 20 1 ; H2 - H9
107 13 21 1 ; H2 - H10
108 14 15 1 ; H3 - H4
109 14 17 1 ; H3 - H6
110 15 16 1 ; H4 - H5
111 18 20 1 ; H7 - H9
112 18 21 1 ; H7 - H10
113 19 20 1 ; H8 - H9
114 19 21 1 ; H8 - H10
115
116 [ angles ]
117 ; ai aj ak funct theta cth
118 1 9 8 1 1.1151e+02 5.2635e+02 ; C4 - C14 - C13
119 1 9 20 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C4 - C14 - H9
120 1 9 21 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C4 - C14 - H10
121 2 3 4 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C7 - C8 - C9
122 2 3 15 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C7 - C8 - H4
123 2 6 7 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C7 - C11 - C12
124 2 6 17 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C7 - C11 - H6
125 3 2 6 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C8 - C7 - C11
126 3 2 14 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C8 - C7 - H3
127 3 4 5 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C8 - C9 - C10
128 3 4 16 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C8 - C9 - H5
129 4 3 15 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C9 - C8 - H4
130 4 5 7 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C9 - C10 - C12
131 4 5 10 1 1.1990e+02 5.8158e+02 ; C9 - C10 - OAB
132 5 4 16 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C10 - C9 - H5
133 5 7 6 1 1.2002e+02 5.5731e+02 ; C10 - C12 - C11
134 5 7 8 1 1.2077e+02 5.3137e+02 ; C10 - C12 - C13
135 5 10 22 1 1.0858e+02 4.1003e+02 ; C10 - OAB - H11
136 6 2 14 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C11 - C7 - H3
137 6 7 8 1 1.2077e+02 5.3137e+02 ; C11 - C12 - C13
138 7 5 10 1 1.1990e+02 5.8158e+02 ; C12 - C10 - OAB
139 7 6 17 1 1.1988e+02 4.0334e+02 ; C12 - C11 - H6
140 7 8 9 1 1.1207e+02 5.2802e+02 ; C12 - C13 - C14
141 7 8 18 1 1.1047e+02 3.9162e+02 ; C12 - C13 - H7
142 7 8 19 1 1.1047e+02 3.9162e+02 ; C12 - C13 - H8
143 8 9 20 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C13 - C14 - H9
144 8 9 21 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C13 - C14 - H10
145 9 1 11 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C4 - H
146 9 1 12 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C4 - H1
147 9 1 13 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C4 - H2
148 9 8 18 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C13 - H7
149 9 8 19 1 1.0980e+02 3.8744e+02 ; C14 - C13 - H8
150 11 1 12 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H - C4 - H1
151 11 1 13 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H - C4 - H2
152 12 1 13 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H1 - C4 - H2
153 18 8 19 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H7 - C13 - H8
154 20 9 21 1 1.0758e+02 3.2970e+02 ; H9 - C14 - H10
155
156 [ dihedrals ] ; propers
157 ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
158 ; i j k l func phase kd pn
159 1 9 8 7 9 0.00 0.65084 3 ; C4- C14- C13- C12
160 1 9 8 18 9 0.00 0.66944 3 ; C4- C14- C13- H7
161 1 9 8 19 9 0.00 0.66944 3 ; C4- C14- C13- H8
162 2 3 4 5 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C8- C9- C10
163 2 3 4 16 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C8- C9- H5
164 2 6 7 5 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C11- C12- C10
165 2 6 7 8 9 180.00 15.16700 2 ; C7- C11- C12- C13
166 3 2 6 7 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C7- C11- C12
167 3 2 6 17 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C7- C11- H6
168 3 4 5 7 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C9- C10- C12
169 3 4 5 10 9 180.00 15.16700 2 ; C8- C9- C10- OAB
170 4 3 2 6 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C8- C7- C11
171 4 3 2 14 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C8- C7- H3
172 4 5 7 6 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C10- C12- C11
173 4 5 7 8 9 180.00 15.16700 2 ; C9- C10- C12- C13
174 4 5 10 22 9 180.00 3.76560 2 ; C9- C10- OAB- H11
175 5 4 3 15 9 180.00 15.16700 2 ; C10- C9- C8- H4
176 5 7 6 17 9 180.00 15.16700 2 ; C10- C12- C11- H6
177 5 7 8 9 9 0.00 0.00000 0 ; C10- C12- C13- C14
178 5 7 8 18 9 0.00 0.00000 0 ; C10- C12- C13- H7
179 5 7 8 19 9 0.00 0.00000 0 ; C10- C12- C13- H8
180 6 2 3 15 9 180.00 15.16700 2 ; C11- C7- C8- H4
181 6 7 5 10 9 180.00 15.16700 2 ; C11- C12- C10- OAB
182 6 7 8 9 9 0.00 0.00000 0 ; C11- C12- C13- C14
183 6 7 8 18 9 0.00 0.00000 0 ; C11- C12- C13- H7
184 6 7 8 19 9 0.00 0.00000 0 ; C11- C12- C13- H8
185 7 5 4 16 9 180.00 15.16700 2 ; C12- C10- C9- H5
186 7 5 10 22 9 180.00 3.76560 2 ; C12- C10- OAB- H11
187 7 6 2 14 9 180.00 15.16700 2 ; C12- C11- C7- H3
188 7 8 9 20 9 0.00 0.65084 3 ; C12- C13- C14- H9
189 7 8 9 21 9 0.00 0.65084 3 ; C12- C13- C14- H10
190 8 7 5 10 9 180.00 15.16700 2 ; C13- C12- C10- OAB
191 8 7 6 17 9 180.00 15.16700 2 ; C13- C12- C11- H6
192 10 5 4 16 9 180.00 15.16700 2 ; OAB- C10- C9- H5
193 11 1 9 8 9 0.00 0.66944 3 ; H- C4- C14- C13
194 11 1 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H- C4- C14- H9
195 11 1 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H- C4- C14- H10
196 12 1 9 8 9 0.00 0.66944 3 ; H1- C4- C14- C13
197 12 1 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H1- C4- C14- H9
198 12 1 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H1- C4- C14- H10
199 13 1 9 8 9 0.00 0.66944 3 ; H2- C4- C14- C13
200 13 1 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H2- C4- C14- H9
201 13 1 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H2- C4- C14- H10
202 14 2 3 15 9 180.00 15.16700 2 ; H3- C7- C8- H4
203 14 2 6 17 9 180.00 15.16700 2 ; H3- C7- C11- H6
204 15 3 4 16 9 180.00 15.16700 2 ; H4- C8- C9- H5
205 18 8 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H7- C13- C14- H9
206 18 8 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H7- C13- C14- H10
207 19 8 9 20 9 0.00 0.62760 3 ; H8- C13- C14- H9
208 19 8 9 21 9 0.00 0.62760 3 ; H8- C13- C14- H10
209
210 [ dihedrals ] ; impropers
211 ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
212 ; i j k l func phase kd pn
213 2 4 3 15 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C9- C8- H4
214 2 7 6 17 4 180.00 4.60240 2 ; C7- C12- C11- H6
215 3 5 4 16 4 180.00 4.60240 2 ; C8- C10- C9- H5
216 3 6 2 14 4 180.00 4.60240 2 ; C8- C11- C7- H3
217 4 7 5 10 4 180.00 4.60240 2 ; C9- C12- C10- OAB
218 5 6 7 8 4 180.00 4.60240 2 ; C10- C11- C12- C13