# HG changeset patch # User chrisd # Date 1467171106 14400 # Node ID fa1aae53a2f38f63f4880c48bb4f083af17690f8 # Parent 72901052a829e1c23b104f8d4d1777aa6c6fd836 planemo upload for repository https://github.com/cdeanj/galaxytools/tree/master/tools/gene_fraction commit b9f62f2ab10f5ff1c56edb895323820df36bdd0e-dirty diff -r 72901052a829 -r fa1aae53a2f3 coverage_sampler.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/coverage_sampler.xml Tue Jun 28 23:31:46 2016 -0400 @@ -0,0 +1,80 @@ + + A simple tool for calculating the amount of a gene that is covered by a sample of alignments + + csa + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +Usage: csa [options] + +Options: + -ref_fp STR/FILE ref file path + -sam_fp STR/FILE sam file path + -min INT starting sample level + -max INT ending sample level + -skip INT amount of sample levels to skip + -t INT gene fraction threshold + -samples INT iterations per sample level + -out_fp STR/FILE output file path + 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