# HG changeset patch # User chrisd # Date 1468522264 14400 # Node ID 39dc67b8f8478a58775192c669d76f9e12f6b368 planemo upload for repository https://github.com/cdeanj/galaxytools/tree/master/tools/metasnp commit 4d6ab8614d11d40412e9f904797a6a744d436146-dirty diff -r 000000000000 -r 39dc67b8f847 metasnp.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/metasnp.xml Thu Jul 14 14:51:04 2016 -0400 @@ -0,0 +1,68 @@ + + A simple naive metagenomics variant caller + + meta_snp + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 39dc67b8f847 test-data/ref.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/ref.fa Thu Jul 14 14:51:04 2016 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +>chr2:172936693-172938111 +TTATGGCTTTAAAAATATTGTAACAGTGTCTGAATCAAACTTTAGTAAAATCTCTTTGGGTTATATCTGAGAAGCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTAAATTATAGGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCTACTGGGAAAAGAAATTTAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCATGAATATAATAGAAATGAATTCAAAATGCAGTTTTATTTTTGCAAATGGGATGAGTCGATAGATGCACCTCATATTTTTGAACACCTAGGGTTCAACAAATTTACTGGTGGTGCTCTTGCATTTTAACAAAATTTATTCTTCAGTAGAAGGGGGCAGAGAACACTAGATTCTTATTCAAGCATTCTATCGAGCTCTGCATTCATGGCTGTGTCTAAAGGGCATGTCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAATGATAGCTAACTACAGAGGCACATTTGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAACACAGCTGCACATGGGCTTTTGAGCATTTCTGTTGTTCTCCCTGTCTCGCTATTCCTCCCTCCAGATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTATGAATGTAGAAAATTATCACAATTACTCATATAATTGAGCCTCTTTGTAGCAAGTGCAACTCCAGTAGCCTTTCTCCATCATGAAAATGGTTTCATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGATGAGATGTGCTAGGAACAGGCTAGATCAGTAAGGTCACAGTAGGAATAATTAGCTCTGCTATGGAAAGAGCATCTAGGCCTTTTACTGCTACATAAATGTACTGTCCATGGCTTTTAGTCACAAAAAAAACTTACTAACAAATGGAGCTCCCGCCTACTACTTTGAAAAAAAGATTTGTATCAACACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATACATCAAGGGGAATAAAAAGAAAAATCTCACATTCAAGTGGCGGCTGGGTGCTGACCTTTGTTCCCTTTTTTTGTGTACGACTTAACTCTTTACAAAAAAGAGCCACACGCCACACCAACATGCAGGTGAACTCCAGCTAGTACTAGCAAAGCATAGCATTCAGTTGGAAAATTTGATAAATCTCCATGCAGGATAATGCATTTCATTACATATTCACTACATTAATTCTAGCTACATT diff -r 000000000000 -r 39dc67b8f847 test-data/sampe.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sampe.sam Thu Jul 14 14:51:04 2016 -0400 @@ -0,0 +1,22 @@ +@SQ SN:chr2:172936693-172938111 LN:1418 +@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.12-r1039 CL:bwa sampe ref.fa forward.sai reverse.sai lane1.fq lane2.fq +chr2:172936693-172938111_82_621_1:0:0_0:0:0_0 81 chr2:172936693-172938111 552 37 70M = 82 -540 GTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAACACAGCTGCACATGGGCTTT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_82_621_1:0:0_0:0:0_0 161 chr2:172936693-172938111 82 37 70M = 552 540 TGAAGACTTTGAACCAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTAAATTATAGGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:14A55 +chr2:172936693-172938111_127_617_0:0:0_2:0:0_1 99 chr2:172936693-172938111 127 60 70M = 548 491 GGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_127_617_0:0:0_2:0:0_1 147 chr2:172936693-172938111 548 60 70M = 127 -491 TGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAAGTTAATGGTGCAACACAGCTGCACATGGG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:41T5T22 +chr2:172936693-172938111_695_1174_2:0:0_0:0:0_2 83 chr2:172936693-172938111 1105 60 70M = 695 -480 TACTACTTTGAAAAAAAGATTTGTATCAACACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_695_1174_2:0:0_0:0:0_2 163 chr2:172936693-172938111 695 60 70M = 1105 480 ATTTTTTCCCCTTTTTGTCTGTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTCTTGTAAAAGTAATTTTCCTTT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:20C32T16 +chr2:172936693-172938111_675_1201_1:0:0_1:0:0_3 97 chr2:172936693-172938111 675 37 70M = 1132 527 TTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTGT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:68C1 +chr2:172936693-172938111_675_1201_1:0:0_1:0:0_3 145 chr2:172936693-172938111 1132 37 70M = 675 -527 AACACTACAATTTTCCATCTTTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATACATCAAGGGGAATAAAAAGAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:19A50 +chr2:172936693-172938111_133_602_2:0:0_0:0:0_4 99 chr2:172936693-172938111 133 60 70M = 533 470 CTCGCGTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCTACTGGG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2A2C64 +chr2:172936693-172938111_133_602_2:0:0_0:0:0_4 147 chr2:172936693-172938111 533 60 70M = 133 -470 CTACAGAGGCACATTTGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAAC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_268_735_1:0:0_1:0:0_5 83 chr2:172936693-172938111 666 60 70M = 268 -468 CATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0G69 +chr2:172936693-172938111_268_735_1:0:0_1:0:0_5 163 chr2:172936693-172938111 268 60 70M = 666 468 TGCAGATTTATTTTTGCAAATGGGATGAGTCGATAGATGCACCTCATATTTTTGAACACCTAGGGTTCAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:5T64 +chr2:172936693-172938111_380_811_2:0:0_1:0:0_6 99 chr2:172936693-172938111 380 60 70M = 742 432 CTTCAGTAGAAGGGGGCAGAGAACACTAGCTTCTTCTTCAAGCATTCTATCGAGCTCTGCATTCATGGCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:29A5A34 +chr2:172936693-172938111_380_811_2:0:0_1:0:0_6 147 chr2:172936693-172938111 742 60 70M = 380 -432 TCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTAGGAATGTAGAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:57T12 +chr2:172936693-172938111_440_981_0:0:0_0:0:0_7 81 chr2:172936693-172938111 912 37 70M = 440 -542 TCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGATGAGATGTGCTAGGAACAGGCTAGATCAGTAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_440_981_0:0:0_0:0:0_7 161 chr2:172936693-172938111 440 37 70M = 912 542 ATTCATGGCTGTGTCTAAAGGGCATGTCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_59_532_2:0:0_2:0:0_8 83 chr2:172936693-172938111 463 60 70M = 59 -474 ATGGCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTTTCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAATGATAGCTAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:3T29A36 +chr2:172936693-172938111_59_532_2:0:0_2:0:0_8 163 chr2:172936693-172938111 59 60 70M = 463 474 GGTTATATCTGAGAAGCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTCAATTATCGG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:60A6A2 +chr2:172936693-172938111_642_1121_0:0:0_3:0:0_9 83 chr2:172936693-172938111 1052 60 70M = 642 -480 GGTCCATGGCTTTTAGTCACAAAAAAAACTTAATAACAAATGGAGCTCCCCCCTACTACTTTGAAAAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0T31C17G19 +chr2:172936693-172938111_642_1121_0:0:0_3:0:0_9 163 chr2:172936693-172938111 642 60 70M = 1052 480 CCTGTCTCGCTATTCCTCCCTCCAGATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 diff -r 000000000000 -r 39dc67b8f847 test-data/sampe_result --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sampe_result Thu Jul 14 14:51:04 2016 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +Gene Haplotype Pattern Occurrence +chr2:172936693-172938111 1052T->G:1084C->A:1102G->C 1 +chr2:172936693-172938111 1151A->T:743C->G 1 +chr2:172936693-172938111 119A->C:126A->C:466T->G:496A->T 1 +chr2:172936693-172938111 135A->C:138C->G 1 +chr2:172936693-172938111 273T->A:666G->C 1 +chr2:172936693-172938111 409A->C:415A->C:799T->G 1 +chr2:172936693-172938111 589T->G:595T->G 1 +chr2:172936693-172938111 715C->G:748T->A 1 +chr2:172936693-172938111 96A->C 1 diff -r 000000000000 -r 39dc67b8f847 test-data/samse.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/samse.sam Thu Jul 14 14:51:04 2016 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ +@SQ SN:chr2:172936693-172938111 LN:1418 +@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.12-r1039 CL:bwa samse ref.fa aln_sa.sai lane1.fq +chr2:172936693-172938111_860_1331_0:0:0_1:0:0_0 0 chr2:172936693-172938111 860 37 70M * 0 0 CCAGTAGCCTTTCTCCATCATGAAAATGGTTTCATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_732_1257_1:0:0_4:0:0_1 0 chr2:172936693-172938111 732 37 70M * 0 0 CTCTGAACTTTCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTATGA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:5T64 +chr2:172936693-172938111_742_1203_2:0:0_2:0:0_2 16 chr2:172936693-172938111 1134 37 70M * 0 0 CACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATAAATCAAGGGCAATAAAAAGAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:47C8G13 +chr2:172936693-172938111_198_767_3:0:0_2:0:0_3 0 chr2:172936693-172938111 198 37 70M * 0 0 CTGGGAAAAGAAATTAAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCAAGAATATAATAGAAAAGAATTCAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:15T28T14T10 +chr2:172936693-172938111_453_1032_2:0:0_1:0:0_4 0 chr2:172936693-172938111 453 37 70M * 0 0 TCTAAAGGGCATGTCATCCTTAGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:16G4T48 +chr2:172936693-172938111_49_530_3:0:0_2:0:0_5 0 chr2:172936693-172938111 49 37 70M * 0 0 AAACTCTTTGGGTTATATCTGAGAATCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACATTTTT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2T22G39G4 +chr2:172936693-172938111_148_725_2:0:0_1:0:0_6 16 chr2:172936693-172938111 656 37 70M * 0 0 CCTCCCTCCAGATCTTTTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:15A54 +chr2:172936693-172938111_198_788_0:0:0_0:0:0_7 0 chr2:172936693-172938111 198 37 70M * 0 0 CTGGGAAAAGAAATTTAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCATGAATATAATAGAAATGAATTCAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_839_1328_2:0:0_3:0:0_8 16 chr2:172936693-172938111 1259 37 70M * 0 0 GACTGAACTCTTTACAAAAAAGAGCCACACGCCACACCAACATGCTGGTGTACTCCAGCTAGTACTAGCA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:4T40A4A19 +chr2:172936693-172938111_892_1355_1:0:0_0:0:0_9 0 chr2:172936693-172938111 892 37 70M * 0 0 CATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGCTGAGATGTGCTA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:57A12 diff -r 000000000000 -r 39dc67b8f847 test-data/samse_result --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/samse_result Thu Jul 14 14:51:04 2016 -0400 @@ -0,0 +1,9 @@ +Gene Haplotype Pattern Occurrence +chr2:172936693-172938111 114G->T:51T->A:74G->T 1 +chr2:172936693-172938111 1181C->A:1190G->C 1 +chr2:172936693-172938111 1263T->G:1304A->T:1309A->T 1 +chr2:172936693-172938111 213T->A:242T->A:257T->A 1 +chr2:172936693-172938111 469G->T:474T->A 1 +chr2:172936693-172938111 671A->T 1 +chr2:172936693-172938111 737T->A 1 +chr2:172936693-172938111 949A->C 1 diff -r 000000000000 -r 39dc67b8f847 tool_dependencies.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_dependencies.xml Thu Jul 14 14:51:04 2016 -0400 @@ -0,0 +1,19 @@ + + + + + + git clone --recursive https://github.com/cdeanj/meta_snp.git + make + + metasnp + $INSTALL_DIR/bin + + + $INSTALL_DIR/bin + + + + Compiling metasnp requires a C++ compiler + +