annotate test-data/sampe.sam @ 0:d9be5a7e70f5 draft

planemo upload for repository https://github.com/cdeanj/galaxytools/tree/master/tools/snpfinder commit 8b7c17352f46ab4fce3bc13c3e63d4021fe83ae7

@SQ	SN:chr2:172936693-172938111	LN:1418
@PG	ID:bwa	PN:bwa	VN:0.7.12-r1039	CL:bwa sampe ref.fa forward.sai reverse.sai lane1.fq lane2.fq
chr2:172936693-172938111_82_621_1:0:0_0:0:0_0	81	chr2:172936693-172938111	552	37	70M	=	82	-540	GTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAACACAGCTGCACATGGGCTTT	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:70
chr2:172936693-172938111_82_621_1:0:0_0:0:0_0	161	chr2:172936693-172938111	82	37	70M	=	552	540	TGAAGACTTTGAACCAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTAAATTATAGGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:14A55
chr2:172936693-172938111_127_617_0:0:0_2:0:0_1	99	chr2:172936693-172938111	127	60	70M	=	548	491	GGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCT	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:70
chr2:172936693-172938111_127_617_0:0:0_2:0:0_1	147	chr2:172936693-172938111	548	60	70M	=	127	-491	TGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAAGTTAATGGTGCAACACAGCTGCACATGGG	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:41T5T22
chr2:172936693-172938111_695_1174_2:0:0_0:0:0_2	83	chr2:172936693-172938111	1105	60	70M	=	695	-480	TACTACTTTGAAAAAAAGATTTGTATCAACACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCT	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:70
chr2:172936693-172938111_695_1174_2:0:0_0:0:0_2	163	chr2:172936693-172938111	695	60	70M	=	1105	480	ATTTTTTCCCCTTTTTGTCTGTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTCTTGTAAAAGTAATTTTCCTTT	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:20C32T16
chr2:172936693-172938111_675_1201_1:0:0_1:0:0_3	97	chr2:172936693-172938111	675	37	70M	=	1132	527	TTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTGT	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:68C1
chr2:172936693-172938111_675_1201_1:0:0_1:0:0_3	145	chr2:172936693-172938111	1132	37	70M	=	675	-527	AACACTACAATTTTCCATCTTTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATACATCAAGGGGAATAAAAAGAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:19A50
chr2:172936693-172938111_133_602_2:0:0_0:0:0_4	99	chr2:172936693-172938111	133	60	70M	=	533	470	CTCGCGTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCTACTGGG	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:2A2C64
chr2:172936693-172938111_133_602_2:0:0_0:0:0_4	147	chr2:172936693-172938111	533	60	70M	=	133	-470	CTACAGAGGCACATTTGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAAC	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:70
chr2:172936693-172938111_268_735_1:0:0_1:0:0_5	83	chr2:172936693-172938111	666	60	70M	=	268	-468	CATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCT	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:0G69
chr2:172936693-172938111_268_735_1:0:0_1:0:0_5	163	chr2:172936693-172938111	268	60	70M	=	666	468	TGCAGATTTATTTTTGCAAATGGGATGAGTCGATAGATGCACCTCATATTTTTGAACACCTAGGGTTCAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:5T64
chr2:172936693-172938111_380_811_2:0:0_1:0:0_6	99	chr2:172936693-172938111	380	60	70M	=	742	432	CTTCAGTAGAAGGGGGCAGAGAACACTAGCTTCTTCTTCAAGCATTCTATCGAGCTCTGCATTCATGGCT	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:29A5A34
chr2:172936693-172938111_380_811_2:0:0_1:0:0_6	147	chr2:172936693-172938111	742	60	70M	=	380	-432	TCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTAGGAATGTAGAAAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:57T12
chr2:172936693-172938111_440_981_0:0:0_0:0:0_7	81	chr2:172936693-172938111	912	37	70M	=	440	-542	TCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGATGAGATGTGCTAGGAACAGGCTAGATCAGTAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:70
chr2:172936693-172938111_440_981_0:0:0_0:0:0_7	161	chr2:172936693-172938111	440	37	70M	=	912	542	ATTCATGGCTGTGTCTAAAGGGCATGTCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTC	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:70
chr2:172936693-172938111_59_532_2:0:0_2:0:0_8	83	chr2:172936693-172938111	463	60	70M	=	59	-474	ATGGCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTTTCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAATGATAGCTAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:3T29A36
chr2:172936693-172938111_59_532_2:0:0_2:0:0_8	163	chr2:172936693-172938111	59	60	70M	=	463	474	GGTTATATCTGAGAAGCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTCAATTATCGG	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:60A6A2
chr2:172936693-172938111_642_1121_0:0:0_3:0:0_9	83	chr2:172936693-172938111	1052	60	70M	=	642	-480	GGTCCATGGCTTTTAGTCACAAAAAAAACTTAATAACAAATGGAGCTCCCCCCTACTACTTTGAAAAAAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:3	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:3	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:0T31C17G19
chr2:172936693-172938111_642_1121_0:0:0_3:0:0_9	163	chr2:172936693-172938111	642	60	70M	=	1052	480	CCTGTCTCGCTATTCCTCCCTCCAGATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTG	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:70