view test-data/samse.sam @ 0:d9be5a7e70f5 draft

planemo upload for repository https://github.com/cdeanj/galaxytools/tree/master/tools/snpfinder commit 8b7c17352f46ab4fce3bc13c3e63d4021fe83ae7
author chrisd
date Wed, 23 Mar 2016 18:04:21 -0400
parents
children
line wrap: on
line source

@SQ	SN:chr2:172936693-172938111	LN:1418
@PG	ID:bwa	PN:bwa	VN:0.7.12-r1039	CL:bwa samse ref.fa aln_sa.sai lane1.fq
chr2:172936693-172938111_860_1331_0:0:0_1:0:0_0	0	chr2:172936693-172938111	860	37	70M	*	0	0	CCAGTAGCCTTTCTCCATCATGAAAATGGTTTCATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:70
chr2:172936693-172938111_732_1257_1:0:0_4:0:0_1	0	chr2:172936693-172938111	732	37	70M	*	0	0	CTCTGAACTTTCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTATGA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:1	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:5T64
chr2:172936693-172938111_742_1203_2:0:0_2:0:0_2	16	chr2:172936693-172938111	1134	37	70M	*	0	0	CACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATAAATCAAGGGCAATAAAAAGAAAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:47C8G13
chr2:172936693-172938111_198_767_3:0:0_2:0:0_3	0	chr2:172936693-172938111	198	37	70M	*	0	0	CTGGGAAAAGAAATTAAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCAAGAATATAATAGAAAAGAATTCAAAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:3	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:3	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:15T28T14T10
chr2:172936693-172938111_453_1032_2:0:0_1:0:0_4	0	chr2:172936693-172938111	453	37	70M	*	0	0	TCTAAAGGGCATGTCATCCTTAGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:16G4T48
chr2:172936693-172938111_49_530_3:0:0_2:0:0_5	0	chr2:172936693-172938111	49	37	70M	*	0	0	AAACTCTTTGGGTTATATCTGAGAATCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACATTTTT	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:3	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:3	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:2T22G39G4
chr2:172936693-172938111_148_725_2:0:0_1:0:0_6	16	chr2:172936693-172938111	656	37	70M	*	0	0	CCTCCCTCCAGATCTTTTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATT	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:1	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:15A54
chr2:172936693-172938111_198_788_0:0:0_0:0:0_7	0	chr2:172936693-172938111	198	37	70M	*	0	0	CTGGGAAAAGAAATTTAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCATGAATATAATAGAAATGAATTCAAAA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:70
chr2:172936693-172938111_839_1328_2:0:0_3:0:0_8	16	chr2:172936693-172938111	1259	37	70M	*	0	0	GACTGAACTCTTTACAAAAAAGAGCCACACGCCACACCAACATGCTGGTGTACTCCAGCTAGTACTAGCA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:3	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:3	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:4T40A4A19
chr2:172936693-172938111_892_1355_1:0:0_0:0:0_9	0	chr2:172936693-172938111	892	37	70M	*	0	0	CATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGCTGAGATGTGCTA	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222	XT:A:U	NM:i:1	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:57A12