# HG changeset patch
# User chrisd
# Date 1458770661 14400
# Node ID d9be5a7e70f59b92bcb790bc113944c5ee951d91
planemo upload for repository https://github.com/cdeanj/galaxytools/tree/master/tools/snpfinder commit 8b7c17352f46ab4fce3bc13c3e63d4021fe83ae7
diff -r 000000000000 -r d9be5a7e70f5 test-data/ref.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ref.fa Wed Mar 23 18:04:21 2016 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+>chr2:172936693-172938111
+TTATGGCTTTAAAAATATTGTAACAGTGTCTGAATCAAACTTTAGTAAAATCTCTTTGGGTTATATCTGAGAAGCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTAAATTATAGGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCTACTGGGAAAAGAAATTTAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCATGAATATAATAGAAATGAATTCAAAATGCAGTTTTATTTTTGCAAATGGGATGAGTCGATAGATGCACCTCATATTTTTGAACACCTAGGGTTCAACAAATTTACTGGTGGTGCTCTTGCATTTTAACAAAATTTATTCTTCAGTAGAAGGGGGCAGAGAACACTAGATTCTTATTCAAGCATTCTATCGAGCTCTGCATTCATGGCTGTGTCTAAAGGGCATGTCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAATGATAGCTAACTACAGAGGCACATTTGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAACACAGCTGCACATGGGCTTTTGAGCATTTCTGTTGTTCTCCCTGTCTCGCTATTCCTCCCTCCAGATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTATGAATGTAGAAAATTATCACAATTACTCATATAATTGAGCCTCTTTGTAGCAAGTGCAACTCCAGTAGCCTTTCTCCATCATGAAAATGGTTTCATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGATGAGATGTGCTAGGAACAGGCTAGATCAGTAAGGTCACAGTAGGAATAATTAGCTCTGCTATGGAAAGAGCATCTAGGCCTTTTACTGCTACATAAATGTACTGTCCATGGCTTTTAGTCACAAAAAAAACTTACTAACAAATGGAGCTCCCGCCTACTACTTTGAAAAAAAGATTTGTATCAACACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATACATCAAGGGGAATAAAAAGAAAAATCTCACATTCAAGTGGCGGCTGGGTGCTGACCTTTGTTCCCTTTTTTTGTGTACGACTTAACTCTTTACAAAAAAGAGCCACACGCCACACCAACATGCAGGTGAACTCCAGCTAGTACTAGCAAAGCATAGCATTCAGTTGGAAAATTTGATAAATCTCCATGCAGGATAATGCATTTCATTACATATTCACTACATTAATTCTAGCTACATT
diff -r 000000000000 -r d9be5a7e70f5 test-data/sampe.sam
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sampe.sam Wed Mar 23 18:04:21 2016 -0400
@@ -0,0 +1,22 @@
+@SQ SN:chr2:172936693-172938111 LN:1418
+@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.12-r1039 CL:bwa sampe ref.fa forward.sai reverse.sai lane1.fq lane2.fq
+chr2:172936693-172938111_82_621_1:0:0_0:0:0_0 81 chr2:172936693-172938111 552 37 70M = 82 -540 GTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAACACAGCTGCACATGGGCTTT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
+chr2:172936693-172938111_82_621_1:0:0_0:0:0_0 161 chr2:172936693-172938111 82 37 70M = 552 540 TGAAGACTTTGAACCAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTAAATTATAGGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:14A55
+chr2:172936693-172938111_127_617_0:0:0_2:0:0_1 99 chr2:172936693-172938111 127 60 70M = 548 491 GGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
+chr2:172936693-172938111_127_617_0:0:0_2:0:0_1 147 chr2:172936693-172938111 548 60 70M = 127 -491 TGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAAGTTAATGGTGCAACACAGCTGCACATGGG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:41T5T22
+chr2:172936693-172938111_695_1174_2:0:0_0:0:0_2 83 chr2:172936693-172938111 1105 60 70M = 695 -480 TACTACTTTGAAAAAAAGATTTGTATCAACACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
+chr2:172936693-172938111_695_1174_2:0:0_0:0:0_2 163 chr2:172936693-172938111 695 60 70M = 1105 480 ATTTTTTCCCCTTTTTGTCTGTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTCTTGTAAAAGTAATTTTCCTTT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:20C32T16
+chr2:172936693-172938111_675_1201_1:0:0_1:0:0_3 97 chr2:172936693-172938111 675 37 70M = 1132 527 TTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTGT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:68C1
+chr2:172936693-172938111_675_1201_1:0:0_1:0:0_3 145 chr2:172936693-172938111 1132 37 70M = 675 -527 AACACTACAATTTTCCATCTTTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATACATCAAGGGGAATAAAAAGAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:19A50
+chr2:172936693-172938111_133_602_2:0:0_0:0:0_4 99 chr2:172936693-172938111 133 60 70M = 533 470 CTCGCGTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCTACTGGG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2A2C64
+chr2:172936693-172938111_133_602_2:0:0_0:0:0_4 147 chr2:172936693-172938111 533 60 70M = 133 -470 CTACAGAGGCACATTTGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAAC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
+chr2:172936693-172938111_268_735_1:0:0_1:0:0_5 83 chr2:172936693-172938111 666 60 70M = 268 -468 CATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0G69
+chr2:172936693-172938111_268_735_1:0:0_1:0:0_5 163 chr2:172936693-172938111 268 60 70M = 666 468 TGCAGATTTATTTTTGCAAATGGGATGAGTCGATAGATGCACCTCATATTTTTGAACACCTAGGGTTCAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:5T64
+chr2:172936693-172938111_380_811_2:0:0_1:0:0_6 99 chr2:172936693-172938111 380 60 70M = 742 432 CTTCAGTAGAAGGGGGCAGAGAACACTAGCTTCTTCTTCAAGCATTCTATCGAGCTCTGCATTCATGGCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:29A5A34
+chr2:172936693-172938111_380_811_2:0:0_1:0:0_6 147 chr2:172936693-172938111 742 60 70M = 380 -432 TCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTAGGAATGTAGAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:57T12
+chr2:172936693-172938111_440_981_0:0:0_0:0:0_7 81 chr2:172936693-172938111 912 37 70M = 440 -542 TCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGATGAGATGTGCTAGGAACAGGCTAGATCAGTAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
+chr2:172936693-172938111_440_981_0:0:0_0:0:0_7 161 chr2:172936693-172938111 440 37 70M = 912 542 ATTCATGGCTGTGTCTAAAGGGCATGTCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
+chr2:172936693-172938111_59_532_2:0:0_2:0:0_8 83 chr2:172936693-172938111 463 60 70M = 59 -474 ATGGCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTTTCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAATGATAGCTAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:3T29A36
+chr2:172936693-172938111_59_532_2:0:0_2:0:0_8 163 chr2:172936693-172938111 59 60 70M = 463 474 GGTTATATCTGAGAAGCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTCAATTATCGG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:60A6A2
+chr2:172936693-172938111_642_1121_0:0:0_3:0:0_9 83 chr2:172936693-172938111 1052 60 70M = 642 -480 GGTCCATGGCTTTTAGTCACAAAAAAAACTTAATAACAAATGGAGCTCCCCCCTACTACTTTGAAAAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0T31C17G19
+chr2:172936693-172938111_642_1121_0:0:0_3:0:0_9 163 chr2:172936693-172938111 642 60 70M = 1052 480 CCTGTCTCGCTATTCCTCCCTCCAGATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
diff -r 000000000000 -r d9be5a7e70f5 test-data/sampe_result
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sampe_result Wed Mar 23 18:04:21 2016 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+Chr,Haplotype,Frequency
+chr2:172936693-172938111,1052T->G:1084C->A:1102G->C:,1
+chr2:172936693-172938111,119A->C:126A->C:466T->G:496A->T:,1
+chr2:172936693-172938111,135A->C:138C->G:,1
+chr2:172936693-172938111,273T->A:666G->C:,1
+chr2:172936693-172938111,409A->C:415A->C:799T->G:,1
+chr2:172936693-172938111,589T->G:595T->G:,1
+chr2:172936693-172938111,715C->G:748T->A:,1
diff -r 000000000000 -r d9be5a7e70f5 test-data/samse.sam
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samse.sam Wed Mar 23 18:04:21 2016 -0400
@@ -0,0 +1,12 @@
+@SQ SN:chr2:172936693-172938111 LN:1418
+@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.12-r1039 CL:bwa samse ref.fa aln_sa.sai lane1.fq
+chr2:172936693-172938111_860_1331_0:0:0_1:0:0_0 0 chr2:172936693-172938111 860 37 70M * 0 0 CCAGTAGCCTTTCTCCATCATGAAAATGGTTTCATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
+chr2:172936693-172938111_732_1257_1:0:0_4:0:0_1 0 chr2:172936693-172938111 732 37 70M * 0 0 CTCTGAACTTTCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTATGA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:5T64
+chr2:172936693-172938111_742_1203_2:0:0_2:0:0_2 16 chr2:172936693-172938111 1134 37 70M * 0 0 CACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATAAATCAAGGGCAATAAAAAGAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:47C8G13
+chr2:172936693-172938111_198_767_3:0:0_2:0:0_3 0 chr2:172936693-172938111 198 37 70M * 0 0 CTGGGAAAAGAAATTAAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCAAGAATATAATAGAAAAGAATTCAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:15T28T14T10
+chr2:172936693-172938111_453_1032_2:0:0_1:0:0_4 0 chr2:172936693-172938111 453 37 70M * 0 0 TCTAAAGGGCATGTCATCCTTAGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:16G4T48
+chr2:172936693-172938111_49_530_3:0:0_2:0:0_5 0 chr2:172936693-172938111 49 37 70M * 0 0 AAACTCTTTGGGTTATATCTGAGAATCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACATTTTT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2T22G39G4
+chr2:172936693-172938111_148_725_2:0:0_1:0:0_6 16 chr2:172936693-172938111 656 37 70M * 0 0 CCTCCCTCCAGATCTTTTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:15A54
+chr2:172936693-172938111_198_788_0:0:0_0:0:0_7 0 chr2:172936693-172938111 198 37 70M * 0 0 CTGGGAAAAGAAATTTAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCATGAATATAATAGAAATGAATTCAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
+chr2:172936693-172938111_839_1328_2:0:0_3:0:0_8 16 chr2:172936693-172938111 1259 37 70M * 0 0 GACTGAACTCTTTACAAAAAAGAGCCACACGCCACACCAACATGCTGGTGTACTCCAGCTAGTACTAGCA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:4T40A4A19
+chr2:172936693-172938111_892_1355_1:0:0_0:0:0_9 0 chr2:172936693-172938111 892 37 70M * 0 0 CATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGCTGAGATGTGCTA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:57A12
diff -r 000000000000 -r d9be5a7e70f5 test-data/samse_result
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samse_result Wed Mar 23 18:04:21 2016 -0400
@@ -0,0 +1,9 @@
+Chr,Haplotype,Frequency
+chr2:172936693-172938111,1181C->A:1190G->C:,1
+chr2:172936693-172938111,1263T->G:1304A->T:1309A->T:,1
+chr2:172936693-172938111,213T->A:242T->A:257T->A:,1
+chr2:172936693-172938111,469G->T:474T->A:,1
+chr2:172936693-172938111,51T->A:74G->T:114G->T:,1
+chr2:172936693-172938111,671A->T:,1
+chr2:172936693-172938111,737T->A:,1
+chr2:172936693-172938111,949A->C:,1
diff -r 000000000000 -r d9be5a7e70f5 tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml Wed Mar 23 18:04:21 2016 -0400
@@ -0,0 +1,19 @@
+
+
+
+
+
+ git clone --recursive https://github.com/ChrisD11/snp_caller.git
+ make
+
+ snp
+ $INSTALL_DIR/bin
+
+
+ $INSTALL_DIR/bin
+
+
+
+ Compiling snp finder requires a C++ compiler
+
+
diff -r 000000000000 -r d9be5a7e70f5 variant_caller.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/variant_caller.xml Wed Mar 23 18:04:21 2016 -0400
@@ -0,0 +1,72 @@
+
+ Identifies snips for both single-end and paired-end data
+
+ snp_caller
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+Usage: snp [options]
+
+Options:
+ -amr_fp amr database path
+ -samse single-end sam file path
+ -sampe paired-end sam file path
+ -b filter on unique alignments
+ ]]>
+
+
+