# HG changeset patch
# User cpt
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+ }
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+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {E. Mijalis, H. Rasche},
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+ }
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+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
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+ author = {E. Mijalis, H. Rasche},
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+ }
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+ @unpublished{galaxyTools,
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+ year = {2019-2021},
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+ }
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+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2019-2021},
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+ author = {C. Maughmer},
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diff -r 06645c14adc0 -r 4100ee965124 cpt_convert_mga/cpt-macros.xml
--- a/cpt_convert_mga/cpt-macros.xml Fri May 20 08:42:49 2022 +0000
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- @unpublished{galaxyTools,
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- }
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- author = {C. Maughmer},
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- }
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diff -r 06645c14adc0 -r 4100ee965124 cpt_convert_mga/cpt_convert_mga_to_gff3.py
--- a/cpt_convert_mga/cpt_convert_mga_to_gff3.py Fri May 20 08:42:49 2022 +0000
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@@ -1,125 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-import sys
-import argparse
-from Bio import SeqIO
-from Bio.SeqFeature import SeqFeature
-from Bio.SeqFeature import FeatureLocation
-from CPT_GFFParser import gffParse, gffWrite, gffSeqFeature
-import logging
-
-logging.basicConfig(level=logging.INFO)
-
-
-def mga_to_gff3(mga_output, genome):
- seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(genome, "fasta"))
-
- current_record = None
- for line in mga_output:
- if line.startswith("#"):
- if line.startswith("# gc = ") or line.startswith("# self:"):
- continue
- chromId = line.strip().replace("# ", "")
-
- if " " in chromId:
- chromId = chromId[0 : chromId.index(" ")]
-
- if chromId in seq_dict:
- if current_record is not None:
- yield current_record
- current_record = seq_dict[chromId]
- else:
- raise Exception(
- "Found results for sequence %s which was not in fasta file sequences (%s)"
- % (chromId, ", ".join(seq_dict.keys()))
- )
-
- else:
- (
- gene_id,
- start,
- end,
- strand,
- phase,
- complete,
- score,
- model,
- rbs_start,
- rbs_end,
- rbs_score,
- ) = line.strip().split("\t")
- start = int(start)
- end = int(end)
- strand = +1 if strand == "+" else -1
-
- # Correct for gff3
- start -= 1
-
- rbs_feat = None
- if rbs_start != "-":
- rbs_start = int(rbs_start)
- rbs_end = int(rbs_end)
- rbs_feat = gffSeqFeature(
- FeatureLocation(rbs_start, rbs_end),
- type="Shine_Dalgarno_sequence",
- strand=strand,
- qualifiers={
- "ID": "%s.rbs_%s" % (current_record.id, gene_id),
- "Source": "MGA",
- },
- phase=phase,
- source="MGA"
- )
-
- cds_feat = gffSeqFeature(
- FeatureLocation(start, end),
- type="CDS",
- strand=strand,
- qualifiers={
- "Source": "MGA",
- "ID": "%s.cds_%s" % (current_record.id, gene_id),
- },
- phase=phase,
- source="MGA"
- )
-
- if rbs_feat is not None:
- if strand > 0:
- gene_start = rbs_start
- gene_end = end
- else:
- gene_start = start
- gene_end = rbs_end
- else:
- gene_start = start
- gene_end = end
-
- gene = gffSeqFeature(
- FeatureLocation(gene_start, gene_end),
- type="gene",
- strand=strand,
- id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
- qualifiers={
- "Source": "MGA",
- "ID": "%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
- },
- phase=phase,
- source="MGA"
- )
-
- gene.sub_features = [cds_feat]
- if rbs_feat is not None:
- gene.sub_features.append(rbs_feat)
- current_record.features.append(gene)
- yield current_record
-
-
-if __name__ == "__main__":
- parser = argparse.ArgumentParser(description="Convert MGA to GFF3", epilog="")
- parser.add_argument(
- "mga_output", type=argparse.FileType("r"), help="MetaGeneAnnotator Output"
- )
- parser.add_argument("genome", type=argparse.FileType("r"), help="Fasta Genome")
- args = parser.parse_args()
-
- for result in mga_to_gff3(**vars(args)):
- gffWrite([result], sys.stdout)
diff -r 06645c14adc0 -r 4100ee965124 cpt_convert_mga/cpt_convert_mga_to_gff3.xml
--- a/cpt_convert_mga/cpt_convert_mga_to_gff3.xml Fri May 20 08:42:49 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,40 +0,0 @@
-
-
-
-
- cpt-macros.xml
- macros.xml
-
-
-
-@GENOME_SELECTOR_PRE@
-
-python $__tool_directory__/cpt_convert_mga_to_gff3.py
-$mga
-@GENOME_SELECTOR@
-> $data
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-**What it does**
-
-Converts an input MetaGeneAnnotator table to the GFF3 format.
-
-
-
diff -r 06645c14adc0 -r 4100ee965124 cpt_convert_mga/macros.xml
--- a/cpt_convert_mga/macros.xml Fri May 20 08:42:49 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,43 +0,0 @@
-
-
-
-
- python
- biopython
- cpt_gffparser
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
- "$gff3_data"
-
-
- genomeref.fa
-
-
- ln -s $genome_fasta genomeref.fa;
-
-
- genomeref.fa
-
-
-
-
-
-
- "$sequences"
-
-
-
-
-
diff -r 06645c14adc0 -r 4100ee965124 cpt_convert_mga/test-data/ConvMga_In.fa
--- a/cpt_convert_mga/test-data/ConvMga_In.fa Fri May 20 08:42:49 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,2300 +0,0 @@
->01
-TACTACTATTACTACTACTAAGTACCTTTGTTATGTACTACTATTACTACTACTATTACT
-ACTACTATTACTATTACTACTACTATTACTACTACTATTACTACTACTATTACTACTACT
-ATTACTACTACTACTAAGTACCTGGGAATTCTTTTACCTCTCTCACTCAGCCTATTACTT
-ATTACCGACTTCCCTAACTACTTATTCTATAGTTATAATATTCATTTATTATACAATACT
-TAAACTATAGTATTCTACTGTTAATCTATGCTGAAGCGGTCTTAATCTATGGTTATTATA
-TAATAATCTTATATAATGGTACATTAATCTAGTATATTACATTAGAATCATTCTAATCTA
-GGATTTTAATCTTTAGACCCTAGGAAAAGTGGTACTAAAATATAAAACCCTATAGGTATG
-GGATTCTTATTTTTAAAATTACTAAAAAGTATTAGGTTTTCCCTAGGGCAAAGTTTTAAT
-GTACTTAAAATAGTAAGTAGCTACTTATCATTTAGGGTTCTATAATTGAGAATATTGAGA
-GATAATCCGCTTCAATTGTAATTAATTGTTGACAACTATGAAGCGGGTATGCTATAATTA
-GGTATAGTCAAATTTAGGAGATGAAATAGATGATTGATATATACTTAGGAGAAGGTTATA
-ATAAAGAATACTTGTCTAAAGCACTCAGATTAATCAATGACCATGCTCCTAGGGAGTTAA
-GTTATGATTTTAATAATGTAGAAGCGGATGTTAATATTCACACAATGTTATATGTTAAAC
-CTGAAGATAGATTTATATATAAGGATATATCCTATTACTTCCCGGGTGATTTAATTATTT
-GTATAGTTGATGATGATGCTATTGTATACCACCAAGGTGAGCAGATTTCAGGTATTAGTA
-TTTTAAGAATACTAGAAGAGATATTTTAAGGAGGATAAGTAATCATGATAGGAATAACAA
-TATTAATTACGATAATGAGTATATCAACTATCTCTATGTATATTTATTTTTTAGTAGACT
-TGATTCAGTCAATCAGATATAATAGTTTTGATAAGGTAATTAACGTCATAACATTTGTAC
-TTATGACAGTTATAATAGCATCAGGTATTTTAGCTATACTTGGAATATAGAGCTCATTTA
-AGAAGCGGTTAAGTAGTTAGAGGGGATTTGTCCTAAAATAGTATACCGCTTCTATATGGA
-AGGCTGAGAGGTCTTAGAATTGAAAGGAGAGATATAATGATTCATATATTTGTAAAAGAG
-GATTATAATAAAGAAACATTAAGGAGTTTACTTGAGTATATTAATGATACTGTAGGTAGG
-GAATTAACTTATGGTATTAATACAGACTATGATAAGGATGTCGTGATTGAAACCGATGAC
-CCTATAGATGAGGAGGATACAATTGAGTTATCAGGTACAAACATGTTCAAGGATGACTTA
-TGTATTCTTATAGAAGAGCTATACTGTAAGGCATTTGTTAATGGTGAACCTGTTATTATA
-CGTAAGTATGTAGAGGAGATGTTATAATGATTATAATATTTTTAACTGAAAAATATGATG
-CCAAGGCTTTAAAGAAAGTATTAGAACATATTGATAATTGTAGTAGTAGAGGTCTTAGCT
-ATTTAATGGGAAAAGGAGAAGCGGATGTATGTATAGAGAAAAATGTATTTAGAGAAAGAG
-ATGATGTAAGGATTAACTCAAACATTATTGATGAAGGTAAACTTTGTATACTAATAAATA
-GACATGGTTTAGAATGTAGCTACTATAGAGGTATATCATGTAATATTGGTTCCTTCGTAA
-AGGAGAGATTATAATGATAGAGATATACCTTAGTGAAAATTATGATAAGAATTTACTAAA
-AGCAGAATTAAAATGGATTAAAGAGACCGCTTCAAGAGAACTAACTTATGATGTTAATAG
-AAGTCCAGGATTGGATGTTTATGTTAATCCCTATAGGTGTACTAAAGACGAAGTTGAAGA
-ATGGAGTACACTTCCTCCATTTGAAGATGATATACTTGTATTTATAGCGGAGACGTGGAT
-ACATGAATATCTTAAGGGTGAATCAATAGGTGTAGATAGTATGGAAGAGTATGTAAAGGA
-GATGTAACTAATGTTTAAGGTATATTATACAGTCTACCATAGAGGTAGTATGAAAACTAT
-TAAGGATAAGCTAGATAGAAGTAGTTTAATATACTTCTTGTATGATACTTGGTATAAAGA
-TATTAGTAACGTATTCCCTAATCACTATAATAAAGAGTTTGGGAGTAAGAGTGATGATAT
-AGATATAGATAAACTTATTGAAGCGGTTAATGAGGAAGGTATATTACTTATCAATAGAGG
-TAATTATGTTACAATAAGAGAATGGTAGGATAGGATAAACTTAGGATAGAAAATAATTTA
-GGATGAGTTACAATAGGATAGGATAGGATAGGGGGTTAAGTTAGGATGGATACTTTAACA
-TACACTATTATTCATAAAGAATCTGATAGGGTAATAGCTAGCGGTTTAAATGAGACAGAA
-ACTATGAACTTAGTTCAAAGGATGATAAATACTAATCTAGTTACTGATATATCATTAGAT
-GATTATAAACGCAGACCACATGGAAAGATAGATGTAGTCAATTTACTAGTAGATATTAGA
-AGACAAGGCGTATTTGATTTCAATCACATTTGGCACGTAGGATAGGAGGGATAGGATGAT
-AGTTATATATACAGATGTTTCTAAGGATTATTTAAAAGACGAGTTCTTACCTTGGCTTAA
-TGAAAGGGATAGATACTTAGAATACTATAAAGATGAATTACCTGAGGATATAGATTCCTC
-TTATATTGTATCAGTTGTATACTGTAAGGATATGGAAGGTCTATTAGAAAGAAAAGACAT
-TGTTCTTGATAATAGTTATAATGAACCTGTAGCTTTATTAGGTGTTCCTGAGTTTTTTGG
-TAATTATAGTAATTATTTCTATTATAGAGGAGAAAGTATTAGTAAACATGACCTAGGAGA
-AATTGTTAGGTTAAAAGCTTGGCAACGTATGGGTGGGGATTGACTAAGTAGCTCTCCCTA
-ATTTCACTAAGTAGCTCCCTAGGAATTGCCTAAGTAGCTCGGTATGATTTTACCCTAAGT
-AGCTCCCTCTGTTTTCTACTAGTTTATTTTAACCGCTTCAGGTGTCTATATATATATAGA
-CGGTTGGAATAATATCAGACCGCAAAAATAAATACACTAGGATATTATTCCTAGTGTATT
-ATATAATTTTTTTATAGAATATTTATAACATTGTATTCAAATTCATTTACTTCATGTTGT
-GATTTAATTAAATTTTTAATTAATCCGTTTTGTGTTTTATACTCTTTTATTAGTTTTTCA
-TTTTCTATAATTAAATTATTAAATTCTTCTTTTGTTGTTTCCTCATCTACATAAAATTTA
-CTTTCATATATTTCATAATATTTTTTATCTGTTCCGCCATCTAAATCATCTGATATTTGA
-TAATTTTTGAATATAATTTCTTTTGTTTCTAATTCATTTACTAATAATTGTGATTTTGCA
-TATTGTAATACATCTTCATTGTCCCACATTGGAATATAGTTTATTTTCATTTAAATCAAA
-TCCTTTTCTTATAATTTTTTTATATAATATTTGTAGAAGCGGTTGGGGTTTGTCCCTTGC
-CTTACTACACTTTATATATTACAGTATAGTTATTCAGAAGTCAATACTTTTGAGTAACTT
-TTTTTAAATTCTTTTTTCTTCTATATAATAGTAGTTTTTAGCCCTAAAAATGTTTTTAAA
-AGAATTTGCATTTTCTTATTGACTTTATTATCATATGGTAGTAATATAAAGGTACAGCAA
-GGGAACAGCAACAAGATATTAGAATTATATAAAAAAATTATTTAATTGGAGATGATTTAA
-ATGGATGTAAAAGAAATTGCAAATACTATAATGGAGTTGTGGCAAATGGACGGCTACAGA
-TGTGCAGAACCTCCATTATATGAAAGCACACTAAACCATACACGCACATATACGGCGTTA
-ATTGTTTCTATTAATGGAAACTATGACACAGTGCAGATGTTCCGCAAAACGCCTATAATG
-AGCATGAGAGGGCAAAGCCAACCGGCTAGCATGTTAGTTAATGTGATTGACGATGTAATT
-ATAATCGTATATGAAAATGTAGTGTACGGAGTTCAAAACAAAGAAATAAAATTTATTGAA
-GAAATTTAAAAATAGGGGTTGCAATCCTCAAGCATCTATAGTAATATAATAGGTGTAGGG
-GATAGCAACACACCTCAAAAAACTTTTTAAAAAAGTTAAAGAAAAGTGTTGACACCTTAC
-AAGATACATGTTATTATTAAGATAACAAATAAGACAAGCCACCTAGCAAATAACGAAATT
-AAATAAAAAAATTATAGAATAGGATTTGATTATTATGACAAACAAAAATTACTTATACGA
-AGAAACTCACACAGTACAAGGGCAAGACATTACGGCTTTCAGAATTCCAAATGACGCAAA
-CGGCAACCCACGTTATGTAGTGCATTTCATGGATTTAGATATTAAACTAGCAGACTATGA
-CAACATCAATAAACTATACGGCTTTAAAAAATATACTGCTAAATGGTTTGGCGGTGGTGT
-AGTATTCCAAAGTTATAATATAGAAGATACATTAAATTTTGCACTAGATAATGTTAAAGA
-AATAGAAGCGGTTAAGAATTAAAACCGCTTCTGAATTAAATAAAAAAATTATATAAAAAG
-GATATGATAATATGAAATTTAAAATAGAAAAAAATAATAGTGATATAAAAACTTTATGGA
-ATTTAGCAAAAAATGGATATATGAGCTATCAAACTGTACACAATATATTTAAAAATGAAT
-CAGATGAATTTATTATATTTAACAGTAAACAAACTTATAATAAATTTATGAAATTAAGAT
-ATAATAGAAGTGCAATACAATAATATAAAAAAAATTATACAATTCCCTAGGATTAGATTT
-CTAGGGATTTTTATTTATTTTAATTTATATAAAAAAATTATTTAATAAATAAATTAGTGT
-AAAATTGACTGTTGACAAGGTTGTATTTTTTATGGTATAATGAAGTGAAGACCTTTTTTA
-GTATAAAAAAATTATTATATAAAAAATTTATATTAAATGGTTTTAAAACCACTCTTTCCC
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-TAGTATACTATAGAAAAAAGAAAAGGTCAACCCTTTTCTTTAATCTTTTTTATATTTTTT
-TATAATTCTTCTAACGGTTATTTCACTTATATTATATTCCTTTGCTAACATAGGTTGAGT
-GTACTTTCTAGGCTTGTATTTGCTTGCTATGGCTTTTCTTTCATCTTCTGTTAATGCATA
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-GCTAATACATTCTAGGTTATCAATACAATTATTTTGTTTGTTACCGTCTATATGGTGTAC
-ATGGTTTGATTTAATAAAATCATTGCCAAAATATTCATATACAAGTCTATGCACCATGTG
-TTTTTTATTATTGACCCTTACGGTTAAATATCCGTCACGGTCTTGATGTACTTTACTCAA
-CCTATCATTTATTTTTACCCTACCTAAATTAGAAACATAAAAATTATATTTATTAAAGTA
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-CCTTTTTTGGTATCACTTCCATTATATAATAATTCGGTCTTAATGTCAATAGATAAATGT
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-TATAAAGGTATACCAAATGAAAGGGATTGAACAAAATGATAAAATTTAAATGGAAAAACA
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-TTGCAACAGTCACACCTAAACTTGTAAACTGGTTTTTACTACTACAAGATAATATAAATA
-TTTTTTTAAGATAACTATTGACAACCTAGAAACAACATGTTAATATTAAGATAACAAATA
-AATCAATAAAGGAAATGATAAAAATGAAAAAAATCACAACAACTTTAAACTTAATCGGCA
-TGAAAAATAATGAAAGGTTTACAGAAGAGTTAAAAAACTACCGTCAAGATGTTACTTTCT
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-TTAATATTAAGATACAAGGTAAGGGAAGCGGTCAACCGCTTCCAACCTAAATAAAAAAAG
-TTTAAAAAAAACTATTGACAGTCACTTGAAACCATGATATTATTAAGATAACAAAAAACA
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-AGCAGAAAACAAAGGGCAAGCAATTTTAAATGGTCGTTACTTTGACGGATATAGTAAAGG
-TGAGCTTGAAGAAAAATATGCAATTGAAATTGATGGCAACAAATTAGTTATGCGTCATTG
-GGGTACACAAACAATTGAGATTGACTTAAGCATAAATGAGATTGTTTCATATTACGGTGA
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-TGACTTTCAAGCCCTACAATGTTATTATTAAATTGTAAGGTAATCAAGCACAACGACAAA
-ATAAACTGAAAAGGAATTGATACAAATGAAATTAATCAATAGAGATAATGAAATCGTAAT
-TAGCATAGCAACACTTGAGAGTGTAAAACAAGCCCTAATTTGGGAGTACATCGACCACTT
-AGATAATAACATCCTAGACAAAGAAATACATGACCAGGAAGCGGTTGTTATTACTTCAGA
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-CATCGGTTGGAAATTAGTTTAGAAAAGGTATTGACATCCTAACATATAGATGGTAATATA
-AGAGTATAGAAAAAATAAAAAAAGAAAAGGATTTGATTATTATGACAAATACAATACAAG
-CATTTTTACAAGGACAAGAAGCAAGCACAGTTAAGGACGTAGCAACTCATGGAGTACAAA
-GCGGAGCAATTGGCAAATTAATCTACACATCAGACGTAGTAAACTTCTTTGATAGTTACG
-AGCAGGACATTGAAGCGGTCATCACTGAATACATTGAAGAGGTTACAGGACAACAATATT
-ATGACTTATTGAACTATGAGCTTATGAGAGACCTCGAGAATTATGCAAATGTAGAATTTG
-AAGACGAAGACGAATATAATAACATTCAATTTGACCTAGCAGAAAACATTGCTTCTGATG
-AGGTTGAAGGATTTGAAGACATGGACGAAGCAGACCGGGCGGAAGCAATCTATGAGGCTA
-TGGATGATGTTGAATTAGAACTACAAGAAACTGACAAGGTTCAATATGTTAATCTAGCGG
-TTGAGATTGTAGCTCAAAGAATGGCACTATAGAAAGCACACAGAGAAGCGGAACAATACA
-GATGAACAATAATACTACTTCATATAGTAATAGCCCATATGGTAGCTTAGAAGAGCTTAG
-AGAAGCTTATGACCTATCGTCATTATCTACTGGTGAGATTAAAGAACTAATACAAACATT
-TGTTTAAATTATTTTATCAAAACGCTTTACAATCTTTTAGTTTGTATGGTATAATGAACT
-TAACAAATTAAAAGAAAAGGAAATGATGAACATGAGAAACTTATTAGAGCAGGAACAATT
-AGAAAAAGATGTAAAAGACATTATTTGGGTATTAGATAGAATGATTGCTAAAGGAGAACA
-ATACACTGAAGCTTACGATATTTTAGTTAACAAATTAGAAAGACAAGAAAAAAGAATCGT
-AGAAATAAAAAAACAAAATGGAATATTTTAAATAACAAATAGAGGGAATAAAATCCCTCT
-TTTATTTTTATCCTATTATATAATTTTTTTATATTATACGGGGGCAGGGGTAAAATGCCA
-CTCAATGGGGGTGGGTCTATATACCCCTATGGTCTACCCAGGTACTTATTTTTTGGGAAA
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-TATATTAAAAGTCAACATTATAACCCCTCCCTGTAAGTCAATAATTTATAGTACAAATAG
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-01 MGA CDS 129575 129754 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_190;Parent=01.gene_190;
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-01 MGA CDS 129769 130032 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_191;Parent=01.gene_191;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 129756 129760 . + 0 ID=01.rbs_gene_191;Source=MGA;Parent=01.gene_191;
-01 MGA gene 130020 130352 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_192;
-01 MGA CDS 130035 130352 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_192;Parent=01.gene_192;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 130020 130024 . + 0 ID=01.rbs_gene_192;Source=MGA;Parent=01.gene_192;
-01 MGA gene 130340 130910 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_193;
-01 MGA CDS 130353 130910 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_193;Parent=01.gene_193;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 130340 130344 . + 0 ID=01.rbs_gene_193;Source=MGA;Parent=01.gene_193;
-01 MGA gene 131110 131280 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_194;
-01 MGA CDS 131122 131280 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_194;Parent=01.gene_194;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 131110 131114 . + 0 ID=01.rbs_gene_194;Source=MGA;Parent=01.gene_194;
-01 MGA gene 131302 131515 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_195;
-01 MGA CDS 131315 131515 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_195;Parent=01.gene_195;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 131302 131306 . + 0 ID=01.rbs_gene_195;Source=MGA;Parent=01.gene_195;
-01 MGA gene 131503 131806 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_196;
-01 MGA CDS 131516 131806 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_196;Parent=01.gene_196;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 131503 131507 . + 0 ID=01.rbs_gene_196;Source=MGA;Parent=01.gene_196;
-01 MGA gene 131883 132206 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_197;
-01 MGA CDS 131898 132206 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_197;Parent=01.gene_197;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 131883 131887 . + 0 ID=01.rbs_gene_197;Source=MGA;Parent=01.gene_197;
-01 MGA gene 132187 133111 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_198;
-01 MGA CDS 132203 133111 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_198;Parent=01.gene_198;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 132187 132191 . + 0 ID=01.rbs_gene_198;Source=MGA;Parent=01.gene_198;
-01 MGA gene 133113 134598 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_199;
-01 MGA CDS 133129 134598 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_199;Parent=01.gene_199;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 133113 133117 . + 0 ID=01.rbs_gene_199;Source=MGA;Parent=01.gene_199;
-01 MGA gene 134664 134922 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_200;
-01 MGA CDS 134677 134922 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_200;Parent=01.gene_200;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 134664 134668 . + 0 ID=01.rbs_gene_200;Source=MGA;Parent=01.gene_200;
-01 MGA gene 134928 135334 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_201;
-01 MGA CDS 134942 135334 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_201;Parent=01.gene_201;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 134928 134932 . + 0 ID=01.rbs_gene_201;Source=MGA;Parent=01.gene_201;
-01 MGA gene 135322 135533 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_202;
-01 MGA CDS 135336 135533 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_202;Parent=01.gene_202;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 135322 135326 . + 0 ID=01.rbs_gene_202;Source=MGA;Parent=01.gene_202;
-01 MGA gene 135586 135910 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_203;
-01 MGA CDS 135599 135910 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_203;Parent=01.gene_203;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 135586 135590 . + 0 ID=01.rbs_gene_203;Source=MGA;Parent=01.gene_203;
-01 MGA gene 135901 136422 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_204;
-01 MGA CDS 135913 136422 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_204;Parent=01.gene_204;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 135901 135905 . + 0 ID=01.rbs_gene_204;Source=MGA;Parent=01.gene_204;
-01 MGA gene 136408 136753 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_205;
-01 MGA CDS 136424 136753 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_205;Parent=01.gene_205;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 136408 136412 . + 0 ID=01.rbs_gene_205;Source=MGA;Parent=01.gene_205;
-01 MGA gene 136746 136953 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_206;
-01 MGA CDS 136759 136953 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_206;Parent=01.gene_206;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 136746 136750 . + 0 ID=01.rbs_gene_206;Source=MGA;Parent=01.gene_206;
-01 MGA gene 136961 137291 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_207;
-01 MGA CDS 136977 137291 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_207;Parent=01.gene_207;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 136961 136965 . + 0 ID=01.rbs_gene_207;Source=MGA;Parent=01.gene_207;
-01 MGA gene 137292 137473 . + 0 Source=MGA;ID=01.gene_208;
-01 MGA CDS 137306 137473 . + 0 Source=MGA;ID=01.cds_gene_208;Parent=01.gene_208;
-01 MGA Shine_Dalgarno_sequence 137292 137296 . + 0 ID=01.rbs_gene_208;Source=MGA;Parent=01.gene_208;
diff -r 06645c14adc0 -r 4100ee965124 cpt_convert_mga_to_gff3.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt_convert_mga_to_gff3.py Mon Jun 05 02:40:41 2023 +0000
@@ -0,0 +1,125 @@
+#!/usr/bin/env python
+import sys
+import argparse
+from Bio import SeqIO
+from Bio.SeqFeature import SeqFeature
+from Bio.SeqFeature import FeatureLocation
+from CPT_GFFParser import gffParse, gffWrite, gffSeqFeature
+import logging
+
+logging.basicConfig(level=logging.INFO)
+
+
+def mga_to_gff3(mga_output, genome):
+ seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(genome, "fasta"))
+
+ current_record = None
+ for line in mga_output:
+ if line.startswith("#"):
+ if line.startswith("# gc = ") or line.startswith("# self:"):
+ continue
+ chromId = line.strip().replace("# ", "")
+
+ if " " in chromId:
+ chromId = chromId[0 : chromId.index(" ")]
+
+ if chromId in seq_dict:
+ if current_record is not None:
+ yield current_record
+ current_record = seq_dict[chromId]
+ else:
+ raise Exception(
+ "Found results for sequence %s which was not in fasta file sequences (%s)"
+ % (chromId, ", ".join(seq_dict.keys()))
+ )
+
+ else:
+ (
+ gene_id,
+ start,
+ end,
+ strand,
+ phase,
+ complete,
+ score,
+ model,
+ rbs_start,
+ rbs_end,
+ rbs_score,
+ ) = line.strip().split("\t")
+ start = int(start)
+ end = int(end)
+ strand = +1 if strand == "+" else -1
+
+ # Correct for gff3
+ start -= 1
+
+ rbs_feat = None
+ if rbs_start != "-":
+ rbs_start = int(rbs_start)
+ rbs_end = int(rbs_end)
+ rbs_feat = gffSeqFeature(
+ FeatureLocation(rbs_start, rbs_end),
+ type="Shine_Dalgarno_sequence",
+ strand=strand,
+ qualifiers={
+ "ID": "%s.rbs_%s" % (current_record.id, gene_id),
+ "Source": "MGA",
+ },
+ phase=phase,
+ source="MGA",
+ )
+
+ cds_feat = gffSeqFeature(
+ FeatureLocation(start, end),
+ type="CDS",
+ strand=strand,
+ qualifiers={
+ "Source": "MGA",
+ "ID": "%s.cds_%s" % (current_record.id, gene_id),
+ },
+ phase=phase,
+ source="MGA",
+ )
+
+ if rbs_feat is not None:
+ if strand > 0:
+ gene_start = rbs_start
+ gene_end = end
+ else:
+ gene_start = start
+ gene_end = rbs_end
+ else:
+ gene_start = start
+ gene_end = end
+
+ gene = gffSeqFeature(
+ FeatureLocation(gene_start, gene_end),
+ type="gene",
+ strand=strand,
+ id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
+ qualifiers={
+ "Source": "MGA",
+ "ID": "%s.%s" % (current_record.id, gene_id),
+ },
+ phase=phase,
+ source="MGA",
+ )
+
+ gene.sub_features = [cds_feat]
+ if rbs_feat is not None:
+ gene.sub_features.append(rbs_feat)
+ current_record.features.append(gene)
+ yield current_record
+
+
+if __name__ == "__main__":
+ parser = argparse.ArgumentParser(description="Convert MGA to GFF3", epilog="")
+ parser.add_argument(
+ "mga_output", type=argparse.FileType("r"), help="MetaGeneAnnotator Output"
+ )
+ parser.add_argument("genome", type=argparse.FileType("r"), help="Fasta Genome")
+ args = parser.parse_args()
+
+ for result in mga_to_gff3(**vars(args)):
+ gffWrite([result], sys.stdout)
diff -r 06645c14adc0 -r 4100ee965124 cpt_convert_mga_to_gff3.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt_convert_mga_to_gff3.xml Mon Jun 05 02:40:41 2023 +0000
@@ -0,0 +1,38 @@
+
+
+
+ cpt-macros.xml
+ macros.xml
+
+
+ '$data' ]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+**What it does**
+
+Converts an input MetaGeneAnnotator table to the GFF3 format.
+
+
+
diff -r 06645c14adc0 -r 4100ee965124 macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Mon Jun 05 02:40:41 2023 +0000
@@ -0,0 +1,74 @@
+
+
+
+ progressivemauve
+
+ bcbiogff
+
+
+
+ 2.4.0
+
+ 10.1371/journal.pone.0011147
+
+
+ 10.1093/bioinformatics/btm039
+
+
+ '$xmfa'
+
+
+
+
+
+ '$sequences'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ '$gff3_data'
+
+
+ #if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+ '${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}'
+ #else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+ genomeref.fa
+ #end if
+
+
+ #if $reference_genome.reference_genome_source == 'history':
+ ln -s '$reference_genome.genome_fasta' genomeref.fa;
+ #end if
+
+
+ #if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+ '${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}'
+ #else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+ genomeref.fa
+ #end if
+
+
diff -r 06645c14adc0 -r 4100ee965124 test-data/ConvMga_In.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ConvMga_In.fa Mon Jun 05 02:40:41 2023 +0000
@@ -0,0 +1,2300 @@
+>01
+TACTACTATTACTACTACTAAGTACCTTTGTTATGTACTACTATTACTACTACTATTACT
+ACTACTATTACTATTACTACTACTATTACTACTACTATTACTACTACTATTACTACTACT
+ATTACTACTACTACTAAGTACCTGGGAATTCTTTTACCTCTCTCACTCAGCCTATTACTT
+ATTACCGACTTCCCTAACTACTTATTCTATAGTTATAATATTCATTTATTATACAATACT
+TAAACTATAGTATTCTACTGTTAATCTATGCTGAAGCGGTCTTAATCTATGGTTATTATA
+TAATAATCTTATATAATGGTACATTAATCTAGTATATTACATTAGAATCATTCTAATCTA
+GGATTTTAATCTTTAGACCCTAGGAAAAGTGGTACTAAAATATAAAACCCTATAGGTATG
+GGATTCTTATTTTTAAAATTACTAAAAAGTATTAGGTTTTCCCTAGGGCAAAGTTTTAAT
+GTACTTAAAATAGTAAGTAGCTACTTATCATTTAGGGTTCTATAATTGAGAATATTGAGA
+GATAATCCGCTTCAATTGTAATTAATTGTTGACAACTATGAAGCGGGTATGCTATAATTA
+GGTATAGTCAAATTTAGGAGATGAAATAGATGATTGATATATACTTAGGAGAAGGTTATA
+ATAAAGAATACTTGTCTAAAGCACTCAGATTAATCAATGACCATGCTCCTAGGGAGTTAA
+GTTATGATTTTAATAATGTAGAAGCGGATGTTAATATTCACACAATGTTATATGTTAAAC
+CTGAAGATAGATTTATATATAAGGATATATCCTATTACTTCCCGGGTGATTTAATTATTT
+GTATAGTTGATGATGATGCTATTGTATACCACCAAGGTGAGCAGATTTCAGGTATTAGTA
+TTTTAAGAATACTAGAAGAGATATTTTAAGGAGGATAAGTAATCATGATAGGAATAACAA
+TATTAATTACGATAATGAGTATATCAACTATCTCTATGTATATTTATTTTTTAGTAGACT
+TGATTCAGTCAATCAGATATAATAGTTTTGATAAGGTAATTAACGTCATAACATTTGTAC
+TTATGACAGTTATAATAGCATCAGGTATTTTAGCTATACTTGGAATATAGAGCTCATTTA
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