# HG changeset patch
# User cpt
# Date 1685932902 0
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cpt-macros.xml Mon Jun 05 02:41:42 2023 +0000
@@ -0,0 +1,115 @@
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+ author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2013-2017},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
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+
+
+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2013-2017},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
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+
+
+
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+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2020-},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+
+
+
+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2013-2017},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {A. Criscione},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2019-2021},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
+
+
+
+
+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {A. Criscione},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2019-2021},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
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+
+
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+
+ 10.1371/journal.pcbi.1008214
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+ @unpublished{galaxyTools,
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+ }
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+
+
+
+
+
+ @unpublished{galaxyTools,
+ author = {C. Maughmer},
+ title = {CPT Galaxy Tools},
+ year = {2017-2020},
+ note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+ }
+
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+
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diff -r 78222649a59a -r 03414db20efc cpt_fasta_remove_id/cpt-macros.xml
--- a/cpt_fasta_remove_id/cpt-macros.xml Fri May 20 08:45:31 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,115 +0,0 @@
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- requests
-
-
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- author = {E. Mijalis, H. Rasche},
- title = {CPT Galaxy Tools},
- year = {2013-2017},
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- }
-
-
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- @unpublished{galaxyTools,
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- }
-
-
-
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- 10.1371/journal.pcbi.1008214
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-
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- 10.1371/journal.pcbi.1008214
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- }
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-
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- 10.1371/journal.pcbi.1008214
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- }
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- @unpublished{galaxyTools,
- author = {C. Maughmer},
- title = {CPT Galaxy Tools},
- year = {2017-2020},
- note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
- }
-
-
-
-
diff -r 78222649a59a -r 03414db20efc cpt_fasta_remove_id/fasta_remove_id.py
--- a/cpt_fasta_remove_id/fasta_remove_id.py Fri May 20 08:45:31 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,28 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-import sys
-import argparse
-import logging
-from Bio import SeqIO
-
-logging.basicConfig(level=logging.INFO)
-log = logging.getLogger()
-
-
-def drop_id(fasta_file=None):
- for rec in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"):
- rec.description = ""
- ind = str(rec.seq).find("##")
- if (
- ind != -1
- ): # This method causes mid-file comments (such as from Apollo sequences) to be appended to the end of the previous sequence
- rec.seq = rec.seq[0:ind]
- yield rec
-
-
-if __name__ == "__main__":
- parser = argparse.ArgumentParser(description="Identify shine-dalgarno sequences")
- parser.add_argument("fasta_file", type=argparse.FileType("r"), help="Genbank file")
-
- args = parser.parse_args()
- for rec in drop_id(**vars(args)):
- SeqIO.write([rec], sys.stdout, "fasta")
diff -r 78222649a59a -r 03414db20efc cpt_fasta_remove_id/fasta_remove_id.xml
--- a/cpt_fasta_remove_id/fasta_remove_id.xml Fri May 20 08:45:31 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,53 +0,0 @@
-
-
- from fasta file
-
- macros.xml
- cpt-macros.xml
-
-
-
-$__tool_directory__/fasta_remove_id.py
-@SEQUENCE@
-> $out
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-**What it does**
-
-From an input FASTA file, removes the "description" field (all characters after
-the first space in the top line until a return) after the FASTA ID (from the >
-to the first space).
-
-This is a permanent removal of the description. It is useful for tools that
-behave in unexpected ways if it is present, e.g. Glimmer/GeneMarkS.
-
-**Example Input/Output**
-
-For an input FASTA file::
-
- >1|random sequence|A: 0.25|C: 0.25|G: 0.25|T: 0.25|length: 288 bp
- acttacgcggagagatgagaccaacgctcgcctaggggcacgcttgtaattgacttatct
- >2|random sequence|A: 0.25|C: 0.25|G: 0.25|T: 0.25|length: 232 bp
- gttggggacccacctatcagggagtgtagtagtataagactgtccaataccccccaacat
-
-The resulting FASTA will contain only IDs without a description::
-
- >1|random
- acttacgcggagagatgagaccaacgctcgcctaggggcacgcttgtaattgacttatct
- >2|random
- gttggggacccacctatcagggagtgtagtagtataagactgtccaataccccccaacat
-
-
-
diff -r 78222649a59a -r 03414db20efc cpt_fasta_remove_id/macros.xml
--- a/cpt_fasta_remove_id/macros.xml Fri May 20 08:45:31 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,85 +0,0 @@
-
-
-
-
- python
- biopython
- cpt_gffparser
-
-
-
-
- "$blast_tsv"
-
-
-
-
-
-
- "$blast_xml"
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
- "$gff3_data"
-
-
-#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
- "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}"
-#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
- genomeref.fa
-#end if
-
-
-#if $reference_genome.reference_genome_source == 'history':
- ln -s $reference_genome.genome_fasta genomeref.fa;
-#end if
-
-
-#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
- "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}"
-#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
- genomeref.fa
-#end if
-
-
-
-
-
-
- "$sequences"
-
-
-
-
-
diff -r 78222649a59a -r 03414db20efc cpt_fasta_remove_id/test-data/T7_RemIDIn.fasta
--- a/cpt_fasta_remove_id/test-data/T7_RemIDIn.fasta Fri May 20 08:45:31 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,667 +0,0 @@
->NC_001604 T7 Phage from CPT test-data sets ID=176f14789ebcc4cd7eb6498d4424b7a1
-TCTCACAGTGTACGGACCTAAAGTTCCCCCATAGGGGGTACCTAAAGCCCAGCCAATCAC
-CTAAAGTCAACCTTCGGTTGACCTTGAGGGTTCCCTAAGGGTTGGGGATGACCCTTGGGT
-TTGTCTTTGGGTGTTACCTTGAGTGTCTCTCTGTGTCCCTATCTGTTACAGTCTCCTAAA
-GTATCCTCCTAAAGTCACCTCCTAACGTCCATCCTAAAGCCAACACCTAAAGCCTACACC
-TAAAGACCCATCAAGTCAACGCCTATCTTAAAGTTTAAACATAAAGACCAGACCTAAAGA
-CCAGACCTAAAGACACTACATAAAGACCAGACCTAAAGACGCCTTGTTGTTAGCCATAAA
-GTGATAACCTTTAATCATTGTCTTTATTAATACAACTCACTATAAGGAGAGACAACTTAA
-AGAGACTTAAAAGATTAATTTAAAATTTATCAAAAAGAGTATTGACTTAAAGTCTAACCT
-ATAGGATACTTACAGCCATCGAGAGGGACACGGCGAATAGCCATCCCAATCGACACCGGG
-GTCAACCGGATAAGTAGACAGCCTGATAAGTCGCACGAAAAACAGGTATTGACAACATGA
-AGTAACATGCAGTAAGATACAAATCGCTAGGTAACACTAGCAGCGTCAACCGGGCGCACA
-GTGCCTTCTAGGTGACTTAAGCGCACCACGGCACATAAGGTGAAACAAAACGGTTGACAA
-CATGAAGTAAACACGGTACGATGTACCACATGAAACGACAGTGAGTCACCACACTGAAAG
-GTGATGCGGTCTAACGAAACCTGACCTAAGACGCTCTTTAACAATCTGGTAAATAGCTCT
-TGAGTGCATGACTAGCGGATAACTCAAGGGTATCGCAAGGTGCCCTTTATGATATTCACT
-AATAACTGCACGAGGTAACACAAGATGGCTATGTCTAACATGACTTACAACAACGTTTTC
-GACCACGCTTACGAAATGCTGAAAGAAAACATCCGTTATGATGACATCCGTGACACTGAT
-GACCTGCACGATGCTATTCACATGGCTGCCGATAATGCAGTTCCGCACTACTACGCTGAC
-ATCTTTAGCGTAATGGCAAGTGAGGGCATTGACCTTGAGTTCGAAGACTCTGGTCTGATG
-CCTGACACCAAGGACGTAATCCGCATCCTGCAAGCGCGTATCTATGAGCAATTAACGATT
-GACCTCTGGGAAGACGCAGAAGACTTGCTCAATGAATACTTGGAGGAAGTCGAGGAGTAC
-GAGGAGGATGAAGAGTAATGTCTACTACCAACGTGCAATACGGTCTGACCGCTCAAACTG
-TACTTTTCTATAGCGACATGGTGCGCTGTGGCTTTAACTGGTCACTCGCAATGGCACAGC
-TCAAAGAACTGTACGAAAACAACAAGGCAATAGCTTTAGAATCTGCTGAGTGATAGACTC
-AAGGTCGCTCCTAGCGAGTGGCCTTTATGATTATCACTTTACTTATGAGGGAGTAATGTA
-TATGCTTACTATCGGTCTACTCACCGCTCTAGGTCTAGCTGTAGGTGCATCCTTTGGGAA
-GGCTTTAGGTGTAGCTGTAGGTTCCTACTTTACCGCTTGCATCATCATAGGAATCATCAA
-AGGGGCACTACGCAAATGATGAAGCACTACGTTATGCCAATCCACACGTCCAACGGGGCA
-ACCGTATGTACACCTGATGGGTTCGCAATGAAACAACGAATCGAACGCCTTAAGCGTGAA
-CTCCGCATTAACCGCAAGATTAACAAGATAGGTTCCGGCTATGACAGAACGCACTGATGG
-CTTAAAGAAAGGTTATATGCCCAATGGCACACTATACGCTGCAAATCGGCGAATAGTGAG
-AACTTGGCGAGAGAACAACCTCGAACGCCGCAAGGACAAGAGAGGGCGGCGTGGCATAGA
-CGAAAGGAAAAGGTTAAAGCCAAGAAACTCGCCGCACTTGAACAGGCACTAGCCAACACA
-CTGAACGCTATCTCATAACGAACATAAAGGACACAATGCAATGAACATTACCGACATCAT
-GAACGCTATCGACGCAATCAAAGCACTGCCAATCTGTGAACTTGACAAGCGTCAAGGTAT
-GCTTATCGACTTACTGGTCGAGATGGTCAACAGCGAGACGTGTGATGGCGAGCTAACCGA
-ACTAAATCAGGCACTTGAGCATCAAGATTGGTGGACTACCTTGAAGTGTCTCACGGCTGA
-CGCAGGGTTCAAGATGCTCGGTAATGGTCACTTCTCGGCTGCTTATAGTCACCCGCTGCT
-ACCTAACAGAGTGATTAAGGTGGGCTTTAAGAAAGAGGATTCAGGCGCAGCCTATACCGC
-ATTCTGCCGCATGTATCAGGGTCGTCCTGGTATCCCTAACGTCTACGATGTACAGCGCCA
-CGCTGGATGCTATACGGTGGTACTTGACGCACTTAAGGATTGCGAGCGTTTCAACAATGA
-TGCCCATTATAAATACGCTGAGATTGCAAGCGACATCATTGATTGCAATTCGGATGAGCA
-TGATGAGTTAACTGGATGGGATGGTGAGTTTGTTGAAACTTGTAAACTAATCCGCAAGTT
-CTTTGAGGGCATCGCCTCATTCGACATGCATAGCGGGAACATCATGTTCTCAAATGGAGA
-CGTACCATACATCACCGACCCGGTATCATTCTCGCAGAAGAAAGACGGTGGCGCATTCAG
-CATCGACCCTGAGGAACTCATCAAGGAAGTCGAGGAAGTCGCACGACAGAAAGAAATTGA
-CCGCGCTAAGGCCCGTAAAGAACGTCACGAGGGGCGCTTAGAGGCACGCAGATTCAAACG
-TCGCAACCGCAAGGCACGTAAAGCACACAAAGCTAAGCGCGAAAGAATGCTTGCTGCGTG
-GCGATGGGCTGAACGTCAAGAACGGCGTAACCATGAGGTAGCTGTAGATGTACTAGGAAG
-AACCAATAACGCTATGCTCTGGGTCAACATGTTCTCTGGGGACTTTAAGGCGCTTGAGGA
-ACGAATCGCGCTGCACTGGCGTAATGCTGACCGGATGGCTATCGCTAATGGTCTTACGCT
-CAACATTGATAAGCAACTTGACGCAATGTTAATGGGCTGATAGTCTTATCTTACAGGTCA
-TCTGCGGGTGGCCTGAATAGGTACGATTTACTAACTGGAAGAGGCACTAAATGAACACGA
-TTAACATCGCTAAGAACGACTTCTCTGACATCGAACTGGCTGCTATCCCGTTCAACACTC
-TGGCTGACCATTACGGTGAGCGTTTAGCTCGCGAACAGTTGGCCCTTGAGCATGAGTCTT
-ACGAGATGGGTGAAGCACGCTTCCGCAAGATGTTTGAGCGTCAACTTAAAGCTGGTGAGG
-TTGCGGATAACGCTGCCGCCAAGCCTCTCATCACTACCCTACTCCCTAAGATGATTGCAC
-GCATCAACGACTGGTTTGAGGAAGTGAAAGCTAAGCGCGGCAAGCGCCCGACAGCCTTCC
-AGTTCCTGCAAGAAATCAAGCCGGAAGCCGTAGCGTACATCACCATTAAGACCACTCTGG
-CTTGCCTAACCAGTGCTGACAATACAACCGTTCAGGCTGTAGCAAGCGCAATCGGTCGGG
-CCATTGAGGACGAGGCTCGCTTCGGTCGTATCCGTGACCTTGAAGCTAAGCACTTCAAGA
-AAAACGTTGAGGAACAACTCAACAAGCGCGTAGGGCACGTCTACAAGAAAGCATTTATGC
-AAGTTGTCGAGGCTGACATGCTCTCTAAGGGTCTACTCGGTGGCGAGGCGTGGTCTTCGT
-GGCATAAGGAAGACTCTATTCATGTAGGAGTACGCTGCATCGAGATGCTCATTGAGTCAA
-CCGGAATGGTTAGCTTACACCGCCAAAATGCTGGCGTAGTAGGTCAAGACTCTGAGACTA
-TCGAACTCGCACCTGAATACGCTGAGGCTATCGCAACCCGTGCAGGTGCGCTGGCTGGCA
-TCTCTCCGATGTTCCAACCTTGCGTAGTTCCTCCTAAGCCGTGGACTGGCATTACTGGTG
-GTGGCTATTGGGCTAACGGTCGTCGTCCTCTGGCGCTGGTGCGTACTCACAGTAAGAAAG
-CACTGATGCGCTACGAAGACGTTTACATGCCTGAGGTGTACAAAGCGATTAACATTGCGC
-AAAACACCGCATGGAAAATCAACAAGAAAGTCCTAGCGGTCGCCAACGTAATCACCAAGT
-GGAAGCATTGTCCGGTCGAGGACATCCCTGCGATTGAGCGTGAAGAACTCCCGATGAAAC
-CGGAAGACATCGACATGAATCCTGAGGCTCTCACCGCGTGGAAACGTGCTGCCGCTGCTG
-TGTACCGCAAGGACAAGGCTCGCAAGTCTCGCCGTATCAGCCTTGAGTTCATGCTTGAGC
-AAGCCAATAAGTTTGCTAACCATAAGGCCATCTGGTTCCCTTACAACATGGACTGGCGCG
-GTCGTGTTTACGCTGTGTCAATGTTCAACCCGCAAGGTAACGATATGACCAAAGGACTGC
-TTACGCTGGCGAAAGGTAAACCAATCGGTAAGGAAGGTTACTACTGGCTGAAAATCCACG
-GTGCAAACTGTGCGGGTGTCGATAAGGTTCCGTTCCCTGAGCGCATCAAGTTCATTGAGG
-AAAACCACGAGAACATCATGGCTTGCGCTAAGTCTCCACTGGAGAACACTTGGTGGGCTG
-AGCAAGATTCTCCGTTCTGCTTCCTTGCGTTCTGCTTTGAGTACGCTGGGGTACAGCACC
-ACGGCCTGAGCTATAACTGCTCCCTTCCGCTGGCGTTTGACGGGTCTTGCTCTGGCATCC
-AGCACTTCTCCGCGATGCTCCGAGATGAGGTAGGTGGTCGCGCGGTTAACTTGCTTCCTA
-GTGAAACCGTTCAGGACATCTACGGGATTGTTGCTAAGAAAGTCAACGAGATTCTACAAG
-CAGACGCAATCAATGGGACCGATAACGAAGTAGTTACCGTGACCGATGAGAACACTGGTG
-AAATCTCTGAGAAAGTCAAGCTGGGCACTAAGGCACTGGCTGGTCAATGGCTGGCTTACG
-GTGTTACTCGCAGTGTGACTAAGCGTTCAGTCATGACGCTGGCTTACGGGTCCAAAGAGT
-TCGGCTTCCGTCAACAAGTGCTGGAAGATACCATTCAGCCAGCTATTGATTCCGGCAAGG
-GTCTGATGTTCACTCAGCCGAATCAGGCTGCTGGATACATGGCTAAGCTGATTTGGGAAT
-CTGTGAGCGTGACGGTGGTAGCTGCGGTTGAAGCAATGAACTGGCTTAAGTCTGCTGCTA
-AGCTGCTGGCTGCTGAGGTCAAAGATAAGAAGACTGGAGAGATTCTTCGCAAGCGTTGCG
-CTGTGCATTGGGTAACTCCTGATGGTTTCCCTGTGTGGCAGGAATACAAGAAGCCTATTC
-AGACGCGCTTGAACCTGATGTTCCTCGGTCAGTTCCGCTTACAGCCTACCATTAACACCA
-ACAAAGATAGCGAGATTGATGCACACAAACAGGAGTCTGGTATCGCTCCTAACTTTGTAC
-ACAGCCAAGACGGTAGCCACCTTCGTAAGACTGTAGTGTGGGCACACGAGAAGTACGGAA
-TCGAATCTTTTGCACTGATTCACGACTCCTTCGGTACCATTCCGGCTGACGCTGCGAACC
-TGTTCAAAGCAGTGCGCGAAACTATGGTTGACACATATGAGTCTTGTGATGTACTGGCTG
-ATTTCTACGACCAGTTCGCTGACCAGTTGCACGAGTCTCAATTGGACAAAATGCCAGCAC
-TTCCGGCTAAAGGTAACTTGAACCTCCGTGACATCTTAGAGTCGGACTTCGCGTTCGCGT
-AACGCCAAATCAATACGACTCACTATAGAGGGACAAACTCAAGGTCATTCGCAAGAGTGG
-CCTTTATGATTGACCTTCTTCCGGTTAATACGACTCACTATAGGAGAACCTTAAGGTTTA
-ACTTTAAGACCCTTAAGTGTTAATTAGAGATTTAAATTAAAGAATTACTAAGAGAGGACT
-TTAAGTATGCGTAACTTCGAAAAGATGACCAAACGTTCTAACCGTAATGCTCGTGACTTC
-GAGGCAACCAAAGGTCGCAAGTTGAATAAGACTAAGCGTGACCGCTCTCACAAGCGTAGC
-TGGGAGGGTCAGTAAGATGGGACGTTTATATAGTGGTAATCTGGCAGCATTCAAGGCAGC
-AACAAACAAGCTGTTCCAGTTAGACTTAGCGGTCATTTATGATGACTGGTATGATGCCTA
-TACAAGAAAAGATTGCATACGGTTACGTATTGAGGACAGGAGTGGAAACCTGATTGATAC
-TAGCACCTTCTACCACCACGACGAGGACGTTCTGTTCAATATGTGTACTGATTGGTTGAA
-CCATATGTATGACCAGTTGAAGGACTGGAAGTAATACGACTCAGTATAGGGACAATGCTT
-AAGGTCGCTCTCTAGGAGTGGCCTTAGTCATTTAACCAATAGGAGATAAACATTATGATG
-AACATTAAGACTAACCCGTTTAAAGCCGTGTCTTTCGTAGAGTCTGCCATTAAGAAGGCT
-CTGGATAACGCTGGGTATCTTATCGCTGAAATCAAGTACGATGGTGTACGCGGGAACATC
-TGCGTAGACAATACTGCTAACAGTTACTGGCTCTCTCGTGTATCTAAAACGATTCCGGCA
-CTGGAGCACTTAAACGGGTTTGATGTTCGCTGGAAGCGTCTACTGAACGATGACCGTTGC
-TTCTACAAAGATGGCTTTATGCTTGATGGGGAACTCATGGTCAAGGGCGTAGACTTTAAC
-ACAGGGTCCGGCCTACTGCGTACCAAATGGACTGACACGAAGAACCAAGAGTTCCATGAA
-GAGTTATTCGTTGAACCAATCCGTAAGAAAGATAAAGTTCCCTTTAAGCTGCACACTGGA
-CACCTTCACATAAAACTGTACGCTATCCTCCCGCTGCACATCGTGGAGTCTGGAGAAGAC
-TGTGATGTCATGACGTTGCTCATGCAGGAACACGTTAAGAACATGCTGCCTCTGCTACAG
-GAATACTTCCCTGAAATCGAATGGCAAGCGGCTGAATCTTACGAGGTCTACGATATGGTA
-GAACTACAGCAACTGTACGAGCAGAAGCGAGCAGAAGGCCATGAGGGTCTCATTGTGAAA
-GACCCGATGTGTATCTATAAGCGCGGTAAGAAATCTGGCTGGTGGAAAATGAAACCTGAG
-AACGAAGCTGACGGTATCATTCAGGGTCTGGTATGGGGTACAAAAGGTCTGGCTAATGAA
-GGTAAAGTGATTGGTTTTGAGGTGCTTCTTGAGAGTGGTCGTTTAGTTAACGCCACGAAT
-ATCTCTCGCGCCTTAATGGATGAGTTCACTGAGACAGTAAAAGAGGCCACCCTAAGTCAA
-TGGGGATTCTTTAGCCCATACGGTATTGGCGACAACGATGCTTGTACTATTAACCCTTAC
-GATGGCTGGGCGTGTCAAATTAGCTACATGGAGGAAACACCTGATGGCTCTTTGCGGCAC
-CCATCGTTCGTAATGTTCCGTGGCACCGAGGACAACCCTCAAGAGAAAATGTAATCACAC
-TGGCTCACCTTCGGGTGGGCCTTTCTGCGTTTATAAGGAGACACTTTATGTTTAAGAAGG
-TTGGTAAATTCCTTGCGGCTTTGGCAGCTATCCTGACGCTTGCGTATATTCTTGCGGTAT
-ACCCTCAAGTAGCACTAGTAGTAGTTGGCGCTTGTTACTTAGCGGCAGTGTGTGCTTGCG
-TGTGGAGTATAGTTAACTGGTAATACGACTCACTAAAGGAGGTACACACCATGATGTACT
-TAATGCCATTACTCATCGTCATTGTAGGATGCCTTGCGCTCCACTGTAGCGATGATGATA
-TGCCAGATGGTCACGCTTAATACGACTCACTAAAGGAGACACTATATGTTTCGACTTCAT
-TACAACAAAAGCGTTAAGAATTTCACGGTTCGCCGTGCTGACCGTTCAATCGTATGTGCG
-AGCGAGCGCCGAGCTAAGATACCTCTTATTGGTAACACAGTTCCTTTGGCACCGAGCGTC
-CACATCATTATCACCCGTGGTGACTTTGAGAAAGCAATAGACAAGAAACGTCCGGTTCTT
-AGTGTGGCAGTGACCCGCTTCCCGTTCGTCCGTCTGTTACTCAAACGAATCAAGGAGGTG
-TTCTGATGGGACTGTTAGATGGTGAAGCCTGGGAAAAAGAAAACCCGCCAGTACAAGCAA
-CTGGGTGTATAGCTTGCTTAGAGAAAGATGACCGTTATCCACACACCTGTAACAAAGGAG
-CTAACGATATGACCGAACGTGAACAAGAGATGATCATTAAGTTGATAGACAATAATGAAG
-GTCGCCCAGATGATTTGAATGGCTGCGGTATTCTCTGCTCCAATGTCCCTTGCCACCTCT
-GCCCCGCAAATAACGATCAAAAGATAACCTTAGGTGAAATCCGAGCGATGGACCCACGTA
-AACCACATCTGAATAAACCTGAGGTAACTCCTACAGATGACCAGCCTTCCGCTGAGACAA
-TCGAAGGTGTCACTAAGCCTTCCCACTACATGCTGTTTGACGACATTGAGGCTATCGAAG
-TGATTGCTCGTTCAATGACCGTTGAGCAGTTCAAGGGATACTGCTTCGGTAACATCTTAA
-AGTACAGACTACGTGCTGGTAAGAAGTCAGAGTTAGCGTACTTAGAGAAAGACCTAGCGA
-AAGCAGACTTCTATAAAGAACTCTTTGAGAAACATAAGGATAAATGTTATGCATAACTTC
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-GATAACGGTCTTACGGATGATGATATTTACACATTACAGTGATATACTCAAGGCCACTAC
-AGATAGTGGTCTTTATGGATGTCATTGTCTATACGAGATGCTCCTACGTGAAATCTGAAA
-GTTAACGGGAGGCATTATGCTAGAATTTTTACGTAAGCTAATCCCTTGGGTTCTCGCTGG
-GATGCTATTCGGGTTAGGATGGCATCTAGGGTCAGACTCAATGGACGCTAAATGGAAACA
-GGAGGTACACAATGAGTACGTTAAGAGAGTTGAGGCTGCGAAGAGCACTCAAAGAGCAAT
-CGATGCGGTATCTGCTAAGTATCAAGAAGACCTTGCCGCGCTGGAAGGGAGCACTGATAG
-GATTATTTCTGATTTGCGTAGCGACAATAAGCGGTTGCGCGTCAGAGTCAAAACTACCGG
-AACCTCCGATGGTCAGTGTGGATTCGAGCCTGATGGTCGAGCCGAACTTGACGACCGAGA
-TGCTAAACGTATTCTCGCAGTGACCCAGAAGGGTGACGCATGGATTCGTGCGTTACAGGA
-TACTATTCGTGAACTGCAACGTAAGTAGGAAATCAAGTAAGGAGGCAATGTGTCTACTCA
-ATCCAATCGTAATGCGCTCGTAGTGGCGCAACTGAAAGGAGACTTCGTGGCGTTCCTATT
-CGTCTTATGGAAGGCGCTAAACCTACCGGTGCCCACTAAGTGTCAGATTGACATGGCTAA
-GGTGCTGGCGAATGGAGACAACAAGAAGTTCATCTTACAGGCTTTCCGTGGTATCGGTAA
-GTCGTTCATCACATGTGCGTTCGTTGTGTGGTCCTTATGGAGAGACCCTCAGTTGAAGAT
-ACTTATCGTATCAGCCTCTAAGGAGCGTGCAGACGCTAACTCCATCTTTATTAAGAACAT
-CATTGACCTGCTGCCATTCCTATCTGAGTTAAAGCCAAGACCCGGACAGCGTGACTCGGT
-AATCAGCTTTGATGTAGGCCCAGCCAATCCTGACCACTCTCCTAGTGTGAAATCAGTAGG
-TATCACTGGTCAGTTAACTGGTAGCCGTGCTGACATTATCATTGCGGATGACGTTGAGAT
-TCCGTCTAACAGCGCAACTATGGGTGCCCGTGAGAAGCTATGGACTCTGGTTCAGGAGTT
-CGCTGCGTTACTTAAACCGCTGCCTTCCTCTCGCGTTATCTACCTTGGTACACCTCAGAC
-AGAGATGACTCTCTATAAGGAACTTGAGGATAACCGTGGGTACACAACCATTATCTGGCC
-TGCTCTGTACCCAAGGACACGTGAAGAGAACCTCTATTACTCACAGCGTCTTGCTCCTAT
-GTTACGCGCTGAGTACGATGAGAACCCTGAGGCACTTGCTGGGACTCCAACAGACCCAGT
-GCGCTTTGACCGTGATGACCTGCGCGAGCGTGAGTTGGAATACGGTAAGGCTGGCTTTAC
-GCTACAGTTCATGCTTAACCCTAACCTTAGTGATGCCGAGAAGTACCCGCTGAGGCTTCG
-TGACGCTATCGTAGCGGCCTTAGACTTAGAGAAGGCCCCAATGCATTACCAGTGGCTTCC
-GAACCGTCAGAACATCATTGAGGACCTTCCTAACGTTGGCCTTAAGGGTGATGACCTGCA
-TACGTACCACGATTGTTCCAACAACTCAGGTCAGTACCAACAGAAGATTCTGGTCATTGA
-CCCTAGTGGTCGCGGTAAGGACGAAACAGGTTACGCTGTGCTGTACACACTGAACGGTTA
-CATCTACCTTATGGAAGCTGGAGGTTTCCGTGATGGCTACTCCGATAAGACCCTTGAGTT
-ACTCGCTAAGAAGGCAAAGCAATGGGGAGTCCAGACGGTTGTCTACGAGAGTAACTTCGG
-TGACGGTATGTTCGGTAAGGTATTCAGTCCTATCCTTCTTAAACACCACAACTGTGCGAT
-GGAAGAGATTCGTGCCCGTGGTATGAAAGAGATGCGTATTTGCGATACCCTTGAGCCAGT
-CATGCAGACTCACCGCCTTGTAATTCGTGATGAGGTCATTAGGGCCGACTACCAGTCCGC
-TCGTGACGTAGACGGTAAGCATGACGTTAAGTACTCGTTGTTCTACCAGATGACCCGTAT
-CACTCGTGAGAAAGGCGCTCTGGCTCATGATGACCGATTGGATGCCCTTGCGTTAGGCAT
-TGAGTATCTCCGTGAGTCCATGCAGTTGGATTCCGTTAAGGTCGAGGGTGAAGTACTTGC
-TGACTTCCTTGAGGAACACATGATGCGTCCTACGGTTGCTGCTACGCATATCATTGAGAT
-GTCTGTGGGAGGAGTTGATGTGTACTCTGAGGACGATGAGGGTTACGGTACGTCTTTCAT
-TGAGTGGTGATTTATGCATTAGGACTGCATAGGGATGCACTATAGACCACGGATGGTCAG
-TTCTTTAAGTTACTGAAAAGACACGATAAATTAATACGACTCACTATAGGGAGAGGAGGG
-ACGAAAGGTTACTATATAGATACTGAATGAATACTTATAGAGTGCATAAAGTATGCATAA
-TGGTGTACCTAGAGTGACCTCTAAGAATGGTGATTATATTGTATTAGTATCACCTTAACT
-TAAGGACCAACATAAAGGGAGGAGACTCATGTTCCGCTTATTGTTGAACCTACTGCGGCA
-TAGAGTCACCTACCGATTTCTTGTGGTACTTTGTGCTGCCCTTGGGTACGCATCTCTTAC
-TGGAGACCTCAGTTCACTGGAGTCTGTCGTTTGCTCTATACTCACTTGTAGCGATTAGGG
-TCTTCCTGACCGACTGATGGCTCACCGAGGGATTCAGCGGTATGATTGCATCACACCACT
-TCATCCCTATAGAGTCAAGTCCTAAGGTATACCCATAAAGAGCCTCTAATGGTCTATCCT
-AAGGTCTATACCTAAAGATAGGCCATCCTATCAGTGTCACCTAAAGAGGGTCTTAGAGAG
-GGCCTATGGAGTTCCTATAGGGTCCTTTAAAATATACCATAAAAATCTGAGTGACTATCT
-CACAGTGTACGGACCTAAAGTTCCCCCATAGGGGGTACCTAAAGCCCAGCCAATCACCTA
-AAGTCAACCTTCGGTTGACCTTGAGGGTTCCCTAAGGGTTGGGGATGACCCTTGGGTTTG
-TCTTTGGGTGTTACCTTGAGTGTCTCTCTGTGTCCCT
diff -r 78222649a59a -r 03414db20efc fasta_remove_id.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/fasta_remove_id.py Mon Jun 05 02:41:42 2023 +0000
@@ -0,0 +1,28 @@
+#!/usr/bin/env python
+import sys
+import argparse
+import logging
+from Bio import SeqIO
+
+logging.basicConfig(level=logging.INFO)
+log = logging.getLogger()
+
+
+def drop_id(fasta_file=None):
+ for rec in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"):
+ rec.description = ""
+ ind = str(rec.seq).find("##")
+ if (
+ ind != -1
+ ): # This method causes mid-file comments (such as from Apollo sequences) to be appended to the end of the previous sequence
+ rec.seq = rec.seq[0:ind]
+ yield rec
+
+
+if __name__ == "__main__":
+ parser = argparse.ArgumentParser(description="Identify shine-dalgarno sequences")
+ parser.add_argument("fasta_file", type=argparse.FileType("r"), help="Genbank file")
+
+ args = parser.parse_args()
+ for rec in drop_id(**vars(args)):
+ SeqIO.write([rec], sys.stdout, "fasta")
diff -r 78222649a59a -r 03414db20efc fasta_remove_id.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/fasta_remove_id.xml Mon Jun 05 02:41:42 2023 +0000
@@ -0,0 +1,52 @@
+
+ from fasta file
+
+ macros.xml
+ cpt-macros.xml
+
+
+ '$out' ]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+**What it does**
+
+From an input FASTA file, removes the "description" field (all characters after
+the first space in the top line until a return) after the FASTA ID (from the >
+to the first space).
+
+This is a permanent removal of the description. It is useful for tools that
+behave in unexpected ways if it is present, e.g. Glimmer/GeneMarkS.
+
+**Example Input/Output**
+
+For an input FASTA file::
+
+ >1|random sequence|A: 0.25|C: 0.25|G: 0.25|T: 0.25|length: 288 bp
+ acttacgcggagagatgagaccaacgctcgcctaggggcacgcttgtaattgacttatct
+ >2|random sequence|A: 0.25|C: 0.25|G: 0.25|T: 0.25|length: 232 bp
+ gttggggacccacctatcagggagtgtagtagtataagactgtccaataccccccaacat
+
+The resulting FASTA will contain only IDs without a description::
+
+ >1|random
+ acttacgcggagagatgagaccaacgctcgcctaggggcacgcttgtaattgacttatct
+ >2|random
+ gttggggacccacctatcagggagtgtagtagtataagactgtccaataccccccaacat
+
+
+
diff -r 78222649a59a -r 03414db20efc macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Mon Jun 05 02:41:42 2023 +0000
@@ -0,0 +1,74 @@
+
+
+
+ progressivemauve
+
+ bcbiogff
+
+
+
+ 2.4.0
+
+ 10.1371/journal.pone.0011147
+
+
+ 10.1093/bioinformatics/btm039
+
+
+ '$xmfa'
+
+
+
+
+
+ '$sequences'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ '$gff3_data'
+
+
+ #if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+ '${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}'
+ #else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+ genomeref.fa
+ #end if
+
+
+ #if $reference_genome.reference_genome_source == 'history':
+ ln -s '$reference_genome.genome_fasta' genomeref.fa;
+ #end if
+
+
+ #if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+ '${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}'
+ #else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+ genomeref.fa
+ #end if
+
+
diff -r 78222649a59a -r 03414db20efc test-data/T7_RemIDIn.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/T7_RemIDIn.fasta Mon Jun 05 02:41:42 2023 +0000
@@ -0,0 +1,667 @@
+>NC_001604 T7 Phage from CPT test-data sets ID=176f14789ebcc4cd7eb6498d4424b7a1
+TCTCACAGTGTACGGACCTAAAGTTCCCCCATAGGGGGTACCTAAAGCCCAGCCAATCAC
+CTAAAGTCAACCTTCGGTTGACCTTGAGGGTTCCCTAAGGGTTGGGGATGACCCTTGGGT
+TTGTCTTTGGGTGTTACCTTGAGTGTCTCTCTGTGTCCCTATCTGTTACAGTCTCCTAAA
+GTATCCTCCTAAAGTCACCTCCTAACGTCCATCCTAAAGCCAACACCTAAAGCCTACACC
+TAAAGACCCATCAAGTCAACGCCTATCTTAAAGTTTAAACATAAAGACCAGACCTAAAGA
+CCAGACCTAAAGACACTACATAAAGACCAGACCTAAAGACGCCTTGTTGTTAGCCATAAA
+GTGATAACCTTTAATCATTGTCTTTATTAATACAACTCACTATAAGGAGAGACAACTTAA
+AGAGACTTAAAAGATTAATTTAAAATTTATCAAAAAGAGTATTGACTTAAAGTCTAACCT
+ATAGGATACTTACAGCCATCGAGAGGGACACGGCGAATAGCCATCCCAATCGACACCGGG
+GTCAACCGGATAAGTAGACAGCCTGATAAGTCGCACGAAAAACAGGTATTGACAACATGA
+AGTAACATGCAGTAAGATACAAATCGCTAGGTAACACTAGCAGCGTCAACCGGGCGCACA
+GTGCCTTCTAGGTGACTTAAGCGCACCACGGCACATAAGGTGAAACAAAACGGTTGACAA
+CATGAAGTAAACACGGTACGATGTACCACATGAAACGACAGTGAGTCACCACACTGAAAG
+GTGATGCGGTCTAACGAAACCTGACCTAAGACGCTCTTTAACAATCTGGTAAATAGCTCT
+TGAGTGCATGACTAGCGGATAACTCAAGGGTATCGCAAGGTGCCCTTTATGATATTCACT
+AATAACTGCACGAGGTAACACAAGATGGCTATGTCTAACATGACTTACAACAACGTTTTC
+GACCACGCTTACGAAATGCTGAAAGAAAACATCCGTTATGATGACATCCGTGACACTGAT
+GACCTGCACGATGCTATTCACATGGCTGCCGATAATGCAGTTCCGCACTACTACGCTGAC
+ATCTTTAGCGTAATGGCAAGTGAGGGCATTGACCTTGAGTTCGAAGACTCTGGTCTGATG
+CCTGACACCAAGGACGTAATCCGCATCCTGCAAGCGCGTATCTATGAGCAATTAACGATT
+GACCTCTGGGAAGACGCAGAAGACTTGCTCAATGAATACTTGGAGGAAGTCGAGGAGTAC
+GAGGAGGATGAAGAGTAATGTCTACTACCAACGTGCAATACGGTCTGACCGCTCAAACTG
+TACTTTTCTATAGCGACATGGTGCGCTGTGGCTTTAACTGGTCACTCGCAATGGCACAGC
+TCAAAGAACTGTACGAAAACAACAAGGCAATAGCTTTAGAATCTGCTGAGTGATAGACTC
+AAGGTCGCTCCTAGCGAGTGGCCTTTATGATTATCACTTTACTTATGAGGGAGTAATGTA
+TATGCTTACTATCGGTCTACTCACCGCTCTAGGTCTAGCTGTAGGTGCATCCTTTGGGAA
+GGCTTTAGGTGTAGCTGTAGGTTCCTACTTTACCGCTTGCATCATCATAGGAATCATCAA
+AGGGGCACTACGCAAATGATGAAGCACTACGTTATGCCAATCCACACGTCCAACGGGGCA
+ACCGTATGTACACCTGATGGGTTCGCAATGAAACAACGAATCGAACGCCTTAAGCGTGAA
+CTCCGCATTAACCGCAAGATTAACAAGATAGGTTCCGGCTATGACAGAACGCACTGATGG
+CTTAAAGAAAGGTTATATGCCCAATGGCACACTATACGCTGCAAATCGGCGAATAGTGAG
+AACTTGGCGAGAGAACAACCTCGAACGCCGCAAGGACAAGAGAGGGCGGCGTGGCATAGA
+CGAAAGGAAAAGGTTAAAGCCAAGAAACTCGCCGCACTTGAACAGGCACTAGCCAACACA
+CTGAACGCTATCTCATAACGAACATAAAGGACACAATGCAATGAACATTACCGACATCAT
+GAACGCTATCGACGCAATCAAAGCACTGCCAATCTGTGAACTTGACAAGCGTCAAGGTAT
+GCTTATCGACTTACTGGTCGAGATGGTCAACAGCGAGACGTGTGATGGCGAGCTAACCGA
+ACTAAATCAGGCACTTGAGCATCAAGATTGGTGGACTACCTTGAAGTGTCTCACGGCTGA
+CGCAGGGTTCAAGATGCTCGGTAATGGTCACTTCTCGGCTGCTTATAGTCACCCGCTGCT
+ACCTAACAGAGTGATTAAGGTGGGCTTTAAGAAAGAGGATTCAGGCGCAGCCTATACCGC
+ATTCTGCCGCATGTATCAGGGTCGTCCTGGTATCCCTAACGTCTACGATGTACAGCGCCA
+CGCTGGATGCTATACGGTGGTACTTGACGCACTTAAGGATTGCGAGCGTTTCAACAATGA
+TGCCCATTATAAATACGCTGAGATTGCAAGCGACATCATTGATTGCAATTCGGATGAGCA
+TGATGAGTTAACTGGATGGGATGGTGAGTTTGTTGAAACTTGTAAACTAATCCGCAAGTT
+CTTTGAGGGCATCGCCTCATTCGACATGCATAGCGGGAACATCATGTTCTCAAATGGAGA
+CGTACCATACATCACCGACCCGGTATCATTCTCGCAGAAGAAAGACGGTGGCGCATTCAG
+CATCGACCCTGAGGAACTCATCAAGGAAGTCGAGGAAGTCGCACGACAGAAAGAAATTGA
+CCGCGCTAAGGCCCGTAAAGAACGTCACGAGGGGCGCTTAGAGGCACGCAGATTCAAACG
+TCGCAACCGCAAGGCACGTAAAGCACACAAAGCTAAGCGCGAAAGAATGCTTGCTGCGTG
+GCGATGGGCTGAACGTCAAGAACGGCGTAACCATGAGGTAGCTGTAGATGTACTAGGAAG
+AACCAATAACGCTATGCTCTGGGTCAACATGTTCTCTGGGGACTTTAAGGCGCTTGAGGA
+ACGAATCGCGCTGCACTGGCGTAATGCTGACCGGATGGCTATCGCTAATGGTCTTACGCT
+CAACATTGATAAGCAACTTGACGCAATGTTAATGGGCTGATAGTCTTATCTTACAGGTCA
+TCTGCGGGTGGCCTGAATAGGTACGATTTACTAACTGGAAGAGGCACTAAATGAACACGA
+TTAACATCGCTAAGAACGACTTCTCTGACATCGAACTGGCTGCTATCCCGTTCAACACTC
+TGGCTGACCATTACGGTGAGCGTTTAGCTCGCGAACAGTTGGCCCTTGAGCATGAGTCTT
+ACGAGATGGGTGAAGCACGCTTCCGCAAGATGTTTGAGCGTCAACTTAAAGCTGGTGAGG
+TTGCGGATAACGCTGCCGCCAAGCCTCTCATCACTACCCTACTCCCTAAGATGATTGCAC
+GCATCAACGACTGGTTTGAGGAAGTGAAAGCTAAGCGCGGCAAGCGCCCGACAGCCTTCC
+AGTTCCTGCAAGAAATCAAGCCGGAAGCCGTAGCGTACATCACCATTAAGACCACTCTGG
+CTTGCCTAACCAGTGCTGACAATACAACCGTTCAGGCTGTAGCAAGCGCAATCGGTCGGG
+CCATTGAGGACGAGGCTCGCTTCGGTCGTATCCGTGACCTTGAAGCTAAGCACTTCAAGA
+AAAACGTTGAGGAACAACTCAACAAGCGCGTAGGGCACGTCTACAAGAAAGCATTTATGC
+AAGTTGTCGAGGCTGACATGCTCTCTAAGGGTCTACTCGGTGGCGAGGCGTGGTCTTCGT
+GGCATAAGGAAGACTCTATTCATGTAGGAGTACGCTGCATCGAGATGCTCATTGAGTCAA
+CCGGAATGGTTAGCTTACACCGCCAAAATGCTGGCGTAGTAGGTCAAGACTCTGAGACTA
+TCGAACTCGCACCTGAATACGCTGAGGCTATCGCAACCCGTGCAGGTGCGCTGGCTGGCA
+TCTCTCCGATGTTCCAACCTTGCGTAGTTCCTCCTAAGCCGTGGACTGGCATTACTGGTG
+GTGGCTATTGGGCTAACGGTCGTCGTCCTCTGGCGCTGGTGCGTACTCACAGTAAGAAAG
+CACTGATGCGCTACGAAGACGTTTACATGCCTGAGGTGTACAAAGCGATTAACATTGCGC
+AAAACACCGCATGGAAAATCAACAAGAAAGTCCTAGCGGTCGCCAACGTAATCACCAAGT
+GGAAGCATTGTCCGGTCGAGGACATCCCTGCGATTGAGCGTGAAGAACTCCCGATGAAAC
+CGGAAGACATCGACATGAATCCTGAGGCTCTCACCGCGTGGAAACGTGCTGCCGCTGCTG
+TGTACCGCAAGGACAAGGCTCGCAAGTCTCGCCGTATCAGCCTTGAGTTCATGCTTGAGC
+AAGCCAATAAGTTTGCTAACCATAAGGCCATCTGGTTCCCTTACAACATGGACTGGCGCG
+GTCGTGTTTACGCTGTGTCAATGTTCAACCCGCAAGGTAACGATATGACCAAAGGACTGC
+TTACGCTGGCGAAAGGTAAACCAATCGGTAAGGAAGGTTACTACTGGCTGAAAATCCACG
+GTGCAAACTGTGCGGGTGTCGATAAGGTTCCGTTCCCTGAGCGCATCAAGTTCATTGAGG
+AAAACCACGAGAACATCATGGCTTGCGCTAAGTCTCCACTGGAGAACACTTGGTGGGCTG
+AGCAAGATTCTCCGTTCTGCTTCCTTGCGTTCTGCTTTGAGTACGCTGGGGTACAGCACC
+ACGGCCTGAGCTATAACTGCTCCCTTCCGCTGGCGTTTGACGGGTCTTGCTCTGGCATCC
+AGCACTTCTCCGCGATGCTCCGAGATGAGGTAGGTGGTCGCGCGGTTAACTTGCTTCCTA
+GTGAAACCGTTCAGGACATCTACGGGATTGTTGCTAAGAAAGTCAACGAGATTCTACAAG
+CAGACGCAATCAATGGGACCGATAACGAAGTAGTTACCGTGACCGATGAGAACACTGGTG
+AAATCTCTGAGAAAGTCAAGCTGGGCACTAAGGCACTGGCTGGTCAATGGCTGGCTTACG
+GTGTTACTCGCAGTGTGACTAAGCGTTCAGTCATGACGCTGGCTTACGGGTCCAAAGAGT
+TCGGCTTCCGTCAACAAGTGCTGGAAGATACCATTCAGCCAGCTATTGATTCCGGCAAGG
+GTCTGATGTTCACTCAGCCGAATCAGGCTGCTGGATACATGGCTAAGCTGATTTGGGAAT
+CTGTGAGCGTGACGGTGGTAGCTGCGGTTGAAGCAATGAACTGGCTTAAGTCTGCTGCTA
+AGCTGCTGGCTGCTGAGGTCAAAGATAAGAAGACTGGAGAGATTCTTCGCAAGCGTTGCG
+CTGTGCATTGGGTAACTCCTGATGGTTTCCCTGTGTGGCAGGAATACAAGAAGCCTATTC
+AGACGCGCTTGAACCTGATGTTCCTCGGTCAGTTCCGCTTACAGCCTACCATTAACACCA
+ACAAAGATAGCGAGATTGATGCACACAAACAGGAGTCTGGTATCGCTCCTAACTTTGTAC
+ACAGCCAAGACGGTAGCCACCTTCGTAAGACTGTAGTGTGGGCACACGAGAAGTACGGAA
+TCGAATCTTTTGCACTGATTCACGACTCCTTCGGTACCATTCCGGCTGACGCTGCGAACC
+TGTTCAAAGCAGTGCGCGAAACTATGGTTGACACATATGAGTCTTGTGATGTACTGGCTG
+ATTTCTACGACCAGTTCGCTGACCAGTTGCACGAGTCTCAATTGGACAAAATGCCAGCAC
+TTCCGGCTAAAGGTAACTTGAACCTCCGTGACATCTTAGAGTCGGACTTCGCGTTCGCGT
+AACGCCAAATCAATACGACTCACTATAGAGGGACAAACTCAAGGTCATTCGCAAGAGTGG
+CCTTTATGATTGACCTTCTTCCGGTTAATACGACTCACTATAGGAGAACCTTAAGGTTTA
+ACTTTAAGACCCTTAAGTGTTAATTAGAGATTTAAATTAAAGAATTACTAAGAGAGGACT
+TTAAGTATGCGTAACTTCGAAAAGATGACCAAACGTTCTAACCGTAATGCTCGTGACTTC
+GAGGCAACCAAAGGTCGCAAGTTGAATAAGACTAAGCGTGACCGCTCTCACAAGCGTAGC
+TGGGAGGGTCAGTAAGATGGGACGTTTATATAGTGGTAATCTGGCAGCATTCAAGGCAGC
+AACAAACAAGCTGTTCCAGTTAGACTTAGCGGTCATTTATGATGACTGGTATGATGCCTA
+TACAAGAAAAGATTGCATACGGTTACGTATTGAGGACAGGAGTGGAAACCTGATTGATAC
+TAGCACCTTCTACCACCACGACGAGGACGTTCTGTTCAATATGTGTACTGATTGGTTGAA
+CCATATGTATGACCAGTTGAAGGACTGGAAGTAATACGACTCAGTATAGGGACAATGCTT
+AAGGTCGCTCTCTAGGAGTGGCCTTAGTCATTTAACCAATAGGAGATAAACATTATGATG
+AACATTAAGACTAACCCGTTTAAAGCCGTGTCTTTCGTAGAGTCTGCCATTAAGAAGGCT
+CTGGATAACGCTGGGTATCTTATCGCTGAAATCAAGTACGATGGTGTACGCGGGAACATC
+TGCGTAGACAATACTGCTAACAGTTACTGGCTCTCTCGTGTATCTAAAACGATTCCGGCA
+CTGGAGCACTTAAACGGGTTTGATGTTCGCTGGAAGCGTCTACTGAACGATGACCGTTGC
+TTCTACAAAGATGGCTTTATGCTTGATGGGGAACTCATGGTCAAGGGCGTAGACTTTAAC
+ACAGGGTCCGGCCTACTGCGTACCAAATGGACTGACACGAAGAACCAAGAGTTCCATGAA
+GAGTTATTCGTTGAACCAATCCGTAAGAAAGATAAAGTTCCCTTTAAGCTGCACACTGGA
+CACCTTCACATAAAACTGTACGCTATCCTCCCGCTGCACATCGTGGAGTCTGGAGAAGAC
+TGTGATGTCATGACGTTGCTCATGCAGGAACACGTTAAGAACATGCTGCCTCTGCTACAG
+GAATACTTCCCTGAAATCGAATGGCAAGCGGCTGAATCTTACGAGGTCTACGATATGGTA
+GAACTACAGCAACTGTACGAGCAGAAGCGAGCAGAAGGCCATGAGGGTCTCATTGTGAAA
+GACCCGATGTGTATCTATAAGCGCGGTAAGAAATCTGGCTGGTGGAAAATGAAACCTGAG
+AACGAAGCTGACGGTATCATTCAGGGTCTGGTATGGGGTACAAAAGGTCTGGCTAATGAA
+GGTAAAGTGATTGGTTTTGAGGTGCTTCTTGAGAGTGGTCGTTTAGTTAACGCCACGAAT
+ATCTCTCGCGCCTTAATGGATGAGTTCACTGAGACAGTAAAAGAGGCCACCCTAAGTCAA
+TGGGGATTCTTTAGCCCATACGGTATTGGCGACAACGATGCTTGTACTATTAACCCTTAC
+GATGGCTGGGCGTGTCAAATTAGCTACATGGAGGAAACACCTGATGGCTCTTTGCGGCAC
+CCATCGTTCGTAATGTTCCGTGGCACCGAGGACAACCCTCAAGAGAAAATGTAATCACAC
+TGGCTCACCTTCGGGTGGGCCTTTCTGCGTTTATAAGGAGACACTTTATGTTTAAGAAGG
+TTGGTAAATTCCTTGCGGCTTTGGCAGCTATCCTGACGCTTGCGTATATTCTTGCGGTAT
+ACCCTCAAGTAGCACTAGTAGTAGTTGGCGCTTGTTACTTAGCGGCAGTGTGTGCTTGCG
+TGTGGAGTATAGTTAACTGGTAATACGACTCACTAAAGGAGGTACACACCATGATGTACT
+TAATGCCATTACTCATCGTCATTGTAGGATGCCTTGCGCTCCACTGTAGCGATGATGATA
+TGCCAGATGGTCACGCTTAATACGACTCACTAAAGGAGACACTATATGTTTCGACTTCAT
+TACAACAAAAGCGTTAAGAATTTCACGGTTCGCCGTGCTGACCGTTCAATCGTATGTGCG
+AGCGAGCGCCGAGCTAAGATACCTCTTATTGGTAACACAGTTCCTTTGGCACCGAGCGTC
+CACATCATTATCACCCGTGGTGACTTTGAGAAAGCAATAGACAAGAAACGTCCGGTTCTT
+AGTGTGGCAGTGACCCGCTTCCCGTTCGTCCGTCTGTTACTCAAACGAATCAAGGAGGTG
+TTCTGATGGGACTGTTAGATGGTGAAGCCTGGGAAAAAGAAAACCCGCCAGTACAAGCAA
+CTGGGTGTATAGCTTGCTTAGAGAAAGATGACCGTTATCCACACACCTGTAACAAAGGAG
+CTAACGATATGACCGAACGTGAACAAGAGATGATCATTAAGTTGATAGACAATAATGAAG
+GTCGCCCAGATGATTTGAATGGCTGCGGTATTCTCTGCTCCAATGTCCCTTGCCACCTCT
+GCCCCGCAAATAACGATCAAAAGATAACCTTAGGTGAAATCCGAGCGATGGACCCACGTA
+AACCACATCTGAATAAACCTGAGGTAACTCCTACAGATGACCAGCCTTCCGCTGAGACAA
+TCGAAGGTGTCACTAAGCCTTCCCACTACATGCTGTTTGACGACATTGAGGCTATCGAAG
+TGATTGCTCGTTCAATGACCGTTGAGCAGTTCAAGGGATACTGCTTCGGTAACATCTTAA
+AGTACAGACTACGTGCTGGTAAGAAGTCAGAGTTAGCGTACTTAGAGAAAGACCTAGCGA
+AAGCAGACTTCTATAAAGAACTCTTTGAGAAACATAAGGATAAATGTTATGCATAACTTC
+AAGTCAACCCCACCTGCCGACAGCCTATCTGATGACTTCACATCTTGCTCAGAGTGGTGC
+CGAAAGATGTGGGAAGAGACATTCGACGATGCGTACATCAAGCTGTATGAACTTTGGAAA
+TCGAGAGGTCAATGACTATGTCAAACGTAAATACAGGTTCACTTAGTGTGGACAATAAGA
+AGTTTTGGGCTACCGTAGAGTCCTCGGAGCATTCCTTCGAGGTTCCAATCTACGCTGAGA
+CCCTAGACGAAGCTCTGGAGTTAGCCGAATGGCAATACGTTCCGGCTGGCTTTGAGGTTA
+CTCGTGTGCGTCCTTGTGTAGCACCGAAGTAATACGACTCACTATTAGGGAAGACTCCCT
+CTGAGAAACCAAACGAAACCTAAAGGAGATTAACATTATGGCTAAGAAGATTTTCACCTC
+TGCGCTGGGTACCGCTGAACCTTACGCTTACATCGCCAAGCCGGACTACGGCAACGAAGA
+GCGTGGCTTTGGGAACCCTCGTGGTGTCTATAAAGTTGACCTGACTATTCCCAACAAAGA
+CCCGCGCTGCCAGCGTATGGTCGATGAAATCGTGAAGTGTCACGAAGAGGCTTATGCTGC
+TGCCGTTGAGGAATACGAAGCTAATCCACCTGCTGTAGCTCGTGGTAAGAAACCGCTGAA
+ACCGTATGAGGGTGACATGCCGTTCTTCGATAACGGTGACGGTACGACTACCTTTAAGTT
+CAAATGCTACGCGTCTTTCCAAGACAAGAAGACCAAAGAGACCAAGCACATCAATCTGGT
+TGTGGTTGACTCAAAAGGTAAGAAGATGGAAGACGTTCCGATTATCGGTGGTGGCTCTAA
+GCTGAAAGTTAAATATTCTCTGGTTCCATACAAGTGGAACACTGCTGTAGGTGCGAGCGT
+TAAGCTGCAACTGGAATCCGTGATGCTGGTCGAACTGGCTACCTTTGGTGGCGGTGAAGA
+CGATTGGGCTGACGAAGTTGAAGAGAACGGCTATGTTGCCTCTGGTTCTGCCAAAGCGAG
+CAAACCACGCGACGAAGAAAGCTGGGACGAAGACGACGAAGAGTCCGAGGAAGCAGACGA
+AGACGGAGACTTCTAAGTGGAACTGCGGGAGAAAATCCTTGAGCGAATCAAGGTGACTTC
+CTCTGGGTGTTGGGAGTGGCAGGGCGCTACGAACAATAAAGGGTACGGGCAGGTGTGGTG
+CAGCAATACCGGAAAGGTTGTCTACTGTCATCGCGTAATGTCTAATGCTCCGAAAGGTTC
+TACCGTCCTGCACTCCTGTGATAATCCATTATGTTGTAACCCTGAACACCTATCCATAGG
+AACTCCAAAAGAGAACTCCACTGACATGGTAAATAAGGGTCGCTCACACAAGGGGTATAA
+ACTTTCAGACGAAGACGTAATGGCAATCATGGAGTCCAGCGAGTCCAATGTATCCTTAGC
+TCGCACCTATGGTGTCTCCCAACAGACTATTTGTGATATACGCAAAGGGAGGCGACATGG
+CAGGTTACGGCGCTAAAGGAATCCGAAAGGTTGGAGCGTTTCGCTCTGGCCTAGAGGACA
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