# HG changeset patch # User cpt # Date 1652417305 0 # Node ID 82ad9fd304941ce4237685c78dce6e7b772f2b37 Uploaded diff -r 000000000000 -r 82ad9fd30494 cpt_fasta_remove_id/cpt-macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_fasta_remove_id/cpt-macros.xml Fri May 13 04:48:25 2022 +0000 @@ -0,0 +1,115 @@ + + + + + python + biopython + requests + + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Ross}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2020-}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + @unpublished{galaxyTools, + author = {A. Criscione}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2019-2021}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {A. Criscione}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2019-2021}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Maughmer}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2017-2020}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Maughmer}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2017-2020}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + diff -r 000000000000 -r 82ad9fd30494 cpt_fasta_remove_id/fasta_remove_id.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_fasta_remove_id/fasta_remove_id.py Fri May 13 04:48:25 2022 +0000 @@ -0,0 +1,28 @@ +#!/usr/bin/env python +import sys +import argparse +import logging +from Bio import SeqIO + +logging.basicConfig(level=logging.INFO) +log = logging.getLogger() + + +def drop_id(fasta_file=None): + for rec in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): + rec.description = "" + ind = str(rec.seq).find("##") + if ( + ind != -1 + ): # This method causes mid-file comments (such as from Apollo sequences) to be appended to the end of the previous sequence + rec.seq = rec.seq[0:ind] + yield rec + + +if __name__ == "__main__": + parser = argparse.ArgumentParser(description="Identify shine-dalgarno sequences") + parser.add_argument("fasta_file", type=argparse.FileType("r"), help="Genbank file") + + args = parser.parse_args() + for rec in drop_id(**vars(args)): + SeqIO.write([rec], sys.stdout, "fasta") diff -r 000000000000 -r 82ad9fd30494 cpt_fasta_remove_id/fasta_remove_id.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_fasta_remove_id/fasta_remove_id.xml Fri May 13 04:48:25 2022 +0000 @@ -0,0 +1,53 @@ + + + from fasta file + + macros.xml + cpt-macros.xml + + + +$__tool_directory__/fasta_remove_id.py +@SEQUENCE@ +> $out + + + + + + + + + + + + + + +**What it does** + +From an input FASTA file, removes the "description" field (all characters after +the first space in the top line until a return) after the FASTA ID (from the > +to the first space). + +This is a permanent removal of the description. It is useful for tools that +behave in unexpected ways if it is present, e.g. Glimmer/GeneMarkS. + +**Example Input/Output** + +For an input FASTA file:: + + >1|random sequence|A: 0.25|C: 0.25|G: 0.25|T: 0.25|length: 288 bp + acttacgcggagagatgagaccaacgctcgcctaggggcacgcttgtaattgacttatct + >2|random sequence|A: 0.25|C: 0.25|G: 0.25|T: 0.25|length: 232 bp + gttggggacccacctatcagggagtgtagtagtataagactgtccaataccccccaacat + +The resulting FASTA will contain only IDs without a description:: + + >1|random + acttacgcggagagatgagaccaacgctcgcctaggggcacgcttgtaattgacttatct + >2|random + gttggggacccacctatcagggagtgtagtagtataagactgtccaataccccccaacat + + + diff -r 000000000000 -r 82ad9fd30494 cpt_fasta_remove_id/macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_fasta_remove_id/macros.xml Fri May 13 04:48:25 2022 +0000 @@ -0,0 +1,85 @@ + + + + + python + biopython + cpt_gffparser + + + + + "$blast_tsv" + + + + + + + "$blast_xml" + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + "$gff3_data" + + +#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached': + "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}" +#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history': + genomeref.fa +#end if + + +#if $reference_genome.reference_genome_source == 'history': + ln -s $reference_genome.genome_fasta genomeref.fa; +#end if + + +#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached': + "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}" +#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history': + genomeref.fa +#end if + + + + + + + "$sequences" + + + + + diff -r 000000000000 -r 82ad9fd30494 cpt_fasta_remove_id/test-data/T7_RemIDIn.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_fasta_remove_id/test-data/T7_RemIDIn.fasta Fri May 13 04:48:25 2022 +0000 @@ -0,0 +1,667 @@ +>NC_001604 T7 Phage from CPT test-data sets ID=176f14789ebcc4cd7eb6498d4424b7a1 +TCTCACAGTGTACGGACCTAAAGTTCCCCCATAGGGGGTACCTAAAGCCCAGCCAATCAC 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+GACCTGCACGATGCTATTCACATGGCTGCCGATAATGCAGTTCCGCACTACTACGCTGAC +ATCTTTAGCGTAATGGCAAGTGAGGGCATTGACCTTGAGTTCGAAGACTCTGGTCTGATG +CCTGACACCAAGGACGTAATCCGCATCCTGCAAGCGCGTATCTATGAGCAATTAACGATT +GACCTCTGGGAAGACGCAGAAGACTTGCTCAATGAATACTTGGAGGAAGTCGAGGAGTAC +GAGGAGGATGAAGAGTAATGTCTACTACCAACGTGCAATACGGTCTGACCGCTCAAACTG +TACTTTTCTATAGCGACATGGTGCGCTGTGGCTTTAACTGGTCACTCGCAATGGCACAGC +TCAAAGAACTGTACGAAAACAACAAGGCAATAGCTTTAGAATCTGCTGAGTGATAGACTC +AAGGTCGCTCCTAGCGAGTGGCCTTTATGATTATCACTTTACTTATGAGGGAGTAATGTA +TATGCTTACTATCGGTCTACTCACCGCTCTAGGTCTAGCTGTAGGTGCATCCTTTGGGAA +GGCTTTAGGTGTAGCTGTAGGTTCCTACTTTACCGCTTGCATCATCATAGGAATCATCAA +AGGGGCACTACGCAAATGATGAAGCACTACGTTATGCCAATCCACACGTCCAACGGGGCA +ACCGTATGTACACCTGATGGGTTCGCAATGAAACAACGAATCGAACGCCTTAAGCGTGAA +CTCCGCATTAACCGCAAGATTAACAAGATAGGTTCCGGCTATGACAGAACGCACTGATGG +CTTAAAGAAAGGTTATATGCCCAATGGCACACTATACGCTGCAAATCGGCGAATAGTGAG +AACTTGGCGAGAGAACAACCTCGAACGCCGCAAGGACAAGAGAGGGCGGCGTGGCATAGA +CGAAAGGAAAAGGTTAAAGCCAAGAAACTCGCCGCACTTGAACAGGCACTAGCCAACACA 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