# HG changeset patch # User cpt # Date 1655470764 0 # Node ID 621754dd31f891e3714aeff4f57fc393b881b9f2 Uploaded diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BiopythonTranslator.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BiopythonTranslator.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,130 @@ +from .BiopythonTranslatorBase import BiopythonTranslatorBase + + +class BiopythonTranslator(BiopythonTranslatorBase): + """A translator from SeqRecords to dna_features_viewer GraphicRecord. + + This can be subclassed to create custom "themes" (see the example + ``custom_biopython_translator.py`` in the docs). + + This class is meant to be customized by subclassing and changing the + methods (``compute_feature_label``, etc.) and/or the attributes + (``default_feature_color`` etc). + + Attributes + ---------- + + default_feature_color = "#7245dc" + graphic_record_parameters + Dictionnary containing keyword arguments that will be passed to the + (Circular)GraphicRecord constructor + + ignored_features_types + A list or tuple of strings indicating all the feature types that should + always be ignored (i.e. not included in the graphic record) by the + translator + + label_fields + This list of strings provides the order in which the different + attributes of a Genbank feature will be considered, when automatically + determining the feature label. For instance if the list is + ["label", "source", "locus_tag"] and a feature has no label but has a + "source", the "source" will be displayed in the plots. + + Parameters + ---------- + + features_filters + List of filters (some_biopython_feature) => True/False. + Only features passing all the filters are kept. + This only works if you haven't redefined ``compute_filtered_features`` + + features_properties + A function (feature)=> properties_dict + + """ + + default_feature_color = "#7245dc" + ignored_features_types = () + label_fields = [ + "label", + "name", + "gene", + "product", + "source", + "locus_tag", + "note", + ] + + def __init__(self, features_filters=(), features_properties=None): + self.features_filters = features_filters + self.features_properties = features_properties + + def compute_feature_color(self, feature): + """Compute a color for this feature. + + If the feature has a ``color`` qualifier it will be used. Otherwise, + the classe's ``default_feature_color`` is used. + + To change the behaviour, create a subclass of ``BiopythonTranslator`` + and overwrite this method. + """ + if "color" in feature.qualifiers: + color = feature.qualifiers["color"] + if isinstance(color[0], str): + return "".join(feature.qualifiers["color"]) + else: + return color + else: + return self.default_feature_color + + def compute_feature_fontdict(self, feature): + """Compute a font dict for this feature.""" + return None + + def compute_feature_box_linewidth(self, feature): + """Compute a box_linewidth for this feature.""" + return 0.3 + + def compute_feature_box_color(self, feature): + """Compute a box_color for this feature.""" + return "auto" + + def compute_feature_label_link_color(self, feature): + """Compute the color of the line linking the label to its feature.""" + return "black" + + def compute_filtered_features(self, features): + """Return the list of features minus the ignored ones. + + By the method keeps any feature whose type is not in + ignored_features_types and for which all filter(f) pass + """ + return [ + f + for f in features + if all([fl(f) for fl in self.features_filters]) + and f.type not in self.ignored_features_types + ] + + def compute_feature_label(self, feature): + """Compute the label of the feature.""" + label = feature.type + for key in self.label_fields: + if key in feature.qualifiers and len(feature.qualifiers[key]): + label = feature.qualifiers[key] + break + if isinstance(label, list): + label = "|".join(label) + return label + + def compute_feature_linewidth(self, feature): + """Compute the edge width of the feature's arrow/rectangle.""" + return 1.0 + + def compute_feature_legend_text(self, feature): + return None + + def compute_feature_html(self, feature): + """Gets the 'label' of the feature.""" + return self.compute_feature_label(feature) diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BiopythonTranslatorBase.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BiopythonTranslatorBase.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,119 @@ +from ..biotools import load_record +from ..GraphicRecord import GraphicRecord +from ..CircularGraphicRecord import CircularGraphicRecord +from ..GraphicFeature import GraphicFeature + + +class BiopythonTranslatorBase: + """Base class for all BiopythonTranslators. + + This class needs to be complemented with methods compute_feature_label, + compute_features_color, etc. to be usable. See BiopythonTranslator for + an example of minimal working subclass. + + Parameters + ---------- + + features_filters + List of filters (some_biopython_feature) => True/False. + Only features passing all the filters are kept. + This only works if you haven't redefined ``compute_filtered_features`` + + features_properties + A function (feature)=> properties_dict + + """ + graphic_record_parameters = {} + + def __init__(self, features_filters=(), features_properties=None): + self.features_filters = features_filters + self.features_properties = features_properties + + def translate_feature(self, feature): + """Translate a Biopython feature into a Dna Features Viewer feature.""" + properties = dict( + label=self.compute_feature_label(feature), + color=self.compute_feature_color(feature), + html=self.compute_feature_html(feature), + fontdict=self.compute_feature_fontdict(feature), + box_linewidth=self.compute_feature_box_linewidth(feature), + box_color=self.compute_feature_box_color(feature), + linewidth=self.compute_feature_linewidth(feature), + label_link_color=self.compute_feature_label_link_color(feature), + legend_text=self.compute_feature_legend_text(feature) + ) + if self.features_properties is not None: + other_properties = self.features_properties + if hasattr(other_properties, '__call__'): + other_properties = other_properties(feature) + properties.update(other_properties) + + return GraphicFeature( + start=feature.location.start, + end=feature.location.end, + strand=feature.location.strand, + **properties + ) + + def translate_record(self, record, record_class=None): + """Create a new GraphicRecord from a BioPython Record object. + + Parameters + ---------- + + record + A BioPython Record object or the path to a Genbank or a GFF file. + + record_class + The graphic record class to use, e.g. GraphicRecord (default) or + CircularGraphicRecord. Strings 'circular' and 'linear' can also be + provided. + """ + classes = { + "linear": GraphicRecord, + "circular": CircularGraphicRecord, + None: GraphicRecord, + } + if record_class in classes: + record_class = classes[record_class] + + if isinstance(record, str) or hasattr(record, 'read'): + record = load_record(record) + filtered_features = self.compute_filtered_features(record.features) + return record_class( + sequence_length=len(record), + sequence=str(record.seq), + features=[ + self.translate_feature(feature) + for feature in filtered_features + if feature.location is not None + ], + **self.graphic_record_parameters + ) + + @classmethod + def quick_class_plot(cls, record, figure_width=12, **kwargs): + """Allows super quick and dirty plotting of Biopython records. + + This is really meant for use in a Jupyter/Ipython notebook with + the "%matplotlib inline" setting. + + >>> from dna_features_viewer import BiopythonTranslator + >>> BiopythonTranslator.quick_plot(my_record) + """ + graphic_record = cls().translate_record(record) + ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=figure_width, **kwargs) + return ax + + def quick_plot(self, record, figure_width=12, **kwargs): + """Allows super quick and dirty plotting of Biopython records. + + This is really meant for use in a Jupyter/Ipython notebook with + the "%matplotlib inline" setting. + + >>> from dna_features_viewer import BiopythonTranslator + >>> BiopythonTranslator.quick_plot(my_record) + """ + graphic_record = self.translate_record(record) + ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=figure_width, **kwargs) + return ax diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BlackBoxlessLabelTranslator.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BlackBoxlessLabelTranslator.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +from .BiopythonTranslator import BiopythonTranslator + +class BlackBoxlessLabelTranslator(BiopythonTranslator): + """Translates Biopython records into GraphicRecords where annotations + appear black on a white background with no box. Which can be cleaner.""" + + def compute_feature_box_linewidth(self, feature): + """Return 0 as this translator doesn't show a box.""" + return 0 + + def compute_feature_box_color(self, feature): + """Return white.""" + return "white" \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/__init__.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/__init__.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,4 @@ +from .BiopythonTranslator import BiopythonTranslator +from .BlackBoxlessLabelTranslator import BlackBoxlessLabelTranslator + +__all__ = ["BiopythonTranslator", "BlackBoxlessLabelTranslator"] \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/ArrowWedge.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/ArrowWedge.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,110 @@ +"""Implements the missing Matplotlib ArrowWedge patch class. + +This is a plain arrow curved alongside a protion of circle, like you would +expect a circular genetic feature to look. +""" +import numpy as np +import matplotlib.patches as mpatches + + +class ArrowWedge(mpatches.Wedge): + """Matplotlib patch shaped as a tick fraction of circle with a pointy end. + + This is the patch used by CircularGraphicRecord to draw features. + + Parameters + ---------- + + center + Center of the circle around which the arrow-wedge is drawn. + + radius + Radius of the circle around which the arrow-wedge is drawn. + + theta1 + Start angle of the wedge + + theta2 + End angle of the wedge + + width + Width or thickness of the arrow-wedge. + + direction + Determines whether the pointy end points in direct sense (+1) or + indirect sense (-1) or no sense at all (0) + """ + + def __init__( + self, center, radius, theta1, theta2, width, direction=+1, **kwargs + ): + + self.direction = direction + self.radius = radius + mpatches.Wedge.__init__( + self, center, radius, theta1, theta2, width, **kwargs + ) + self._recompute_path() + + def _recompute_path(self): + """Recompute the full path forming the "tick" arrowed wedge + + This method overwrites "mpatches.Wedge._recompute_path" in the + super-class. + """ + + if self.direction not in [-1, +1]: + return mpatches.Wedge._recompute_path(self) + + theta1, theta2 = self.theta1, self.theta2 + arrow_angle = min(5, abs(theta2 - theta1) / 2) + normalized_arrow_width = self.width / 2.0 / self.radius + if self.direction == +1: + angle_start_arrow = theta1 + arrow_angle + arc = mpatches.Path.arc(angle_start_arrow, theta2) + outer_arc = arc.vertices[::-1] * (1 + normalized_arrow_width) + inner_arc = arc.vertices * (1 - normalized_arrow_width) + arrow_vertices = [ + outer_arc[-1], + np.array( + [np.cos(np.deg2rad(theta1)), np.sin(np.deg2rad(theta1))] + ), + inner_arc[0], + ] + else: + angle_start_arrow = theta2 - arrow_angle + arc = mpatches.Path.arc(theta1, angle_start_arrow) + outer_arc = ( + arc.vertices * (self.radius + self.width / 2.0) / self.radius + ) + inner_arc = ( + arc.vertices[::-1] + * (self.radius - self.width / 2.0) + / self.radius + ) + arrow_vertices = [ + outer_arc[-1], + np.array( + [np.cos(np.deg2rad(theta2)), np.sin(np.deg2rad(theta2))] + ), + inner_arc[0], + ] + p = np.vstack([outer_arc, arrow_vertices, inner_arc]) + + path_vertices = np.vstack([p, inner_arc[-1, :], (0, 0)]) + + path_codes = np.hstack( + [ + arc.codes, + 4 * [mpatches.Path.LINETO], + arc.codes[1:], + mpatches.Path.LINETO, + mpatches.Path.CLOSEPOLY, + ] + ) + path_codes[len(arc.codes)] = mpatches.Path.LINETO + + # Shift and scale the wedge to the final location. + path_vertices *= self.r + path_vertices += np.asarray(self.center) + self._path = mpatches.Path(path_vertices, path_codes) diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/CircularGraphicRecord.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/CircularGraphicRecord.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,171 @@ +"""Implements the CircularGraphicRecord class. +""" + +import matplotlib.patches as mpatches +import numpy as np + +from ..GraphicRecord import GraphicRecord +from .ArrowWedge import ArrowWedge + + +class CircularGraphicRecord(GraphicRecord): + """Set of Genetic Features of a same DNA sequence, to be plotted together. + + Parameters + ---------- + + sequence_length + Length of the DNA sequence, in number of nucleotides + + features + list of GraphicalFeature objects. + + top_position + The index in the sequence that will end up at the top of the circle + + feature_level_height + Width in inches of one "level" for feature arrows. + + annotation_height + Width in inches of one "level" for feature annotations. + + labels_spacing + Distance in basepairs to keep between labels to avoid "quasi-collisions" + + **kw + Other keyword arguments - do not use, these parameters are allowed for + making it easier to use GraphicRecord and CircularGraphicRecord + interchangeably. + + """ + + default_elevate_outline_annotations = True + min_y_height_of_text_line = 0.1 + + def __init__( + self, + sequence_length, + features, + top_position=0, + feature_level_height=0.2, + annotation_height="auto", + labels_spacing=12, + **kw + ): + + self.radius = 1.0 + self.sequence_length = sequence_length + self.features = features + self.top_position = top_position + self.feature_level_height = feature_level_height + self.annotation_height = annotation_height + self.labels_spacing = labels_spacing + + def initialize_ax(self, ax, draw_line, with_ruler): + """Initialize the ax with a circular line, sets limits, aspect etc. + """ + + if draw_line: + circle = mpatches.Circle( + (0, -self.radius), self.radius, facecolor="none", edgecolor="k" + ) + ax.add_patch(circle) + ax.axis("off") + if with_ruler: + # only display the xaxis ticks + ax.set_frame_on(False) + ax.yaxis.set_visible(False) + ax.xaxis.tick_bottom() + else: + # don't display anything + ax.axis("off") + + ax.set_xlim(-1.1 * self.radius, 1.1 * self.radius) + ax.set_ylim(-self.radius, 3 * self.radius) + ax.set_aspect("equal") + + def finalize_ax( + self, + ax, + features_levels, + annotations_max_level, + auto_figure_height=False, + ideal_yspan=None, + annotations_are_elevated=True + ): + """Final display range and figure dimension tweakings.""" + annotation_height = self.determine_annotation_height( + annotations_max_level + ) + ymin = -2 * self.radius - self.feature_level_height * ( + features_levels + 1 + ) + ymax = ( + self.feature_level_height * (features_levels + 1) + + annotation_height * (annotations_max_level + 1) + ) + if ideal_yspan is not None: + ymax = max(annotation_height * ideal_yspan + ymin, ymax) + xmin = -self.radius - self.feature_level_height * (features_levels + 1) + xmax = -xmin + ax.set_xlim(xmin, xmax) + ax.set_ylim(ymin, ymax) + ratio = 1.0 * (ymax - ymin) / (xmax - xmin) + + if auto_figure_height: + figure_width = ax.figure.get_size_inches()[0] + ax.figure.set_size_inches(figure_width, figure_width * ratio) + + def plot_feature(self, ax, feature, level): + """Plot an ArrowWedge representing the feature at the giben height + level. + + + """ + a_start = self.position_to_angle(feature.start) + a_end = self.position_to_angle(feature.end) + a_start, a_end = sorted([a_start, a_end]) + r = self.radius + level * self.feature_level_height + patch = ArrowWedge( + center=(0, -self.radius), + radius=r, + theta1=a_start, + theta2=a_end, + width=0.7 * self.feature_level_height, + direction=feature.strand, + edgecolor=feature.linecolor, + linewidth=feature.linewidth, + facecolor=feature.color, + zorder=1, + ) + ax.add_patch(patch) + + def position_to_angle(self, position): + """Convert a sequence position into an angle in the figure.""" + a = 360.0 * (position - self.top_position) / self.sequence_length + return 90 - a + + def coordinates_in_plot(self, position, level): + """Convert a sequence position and height level to (x, y) coordinates. + """ + r = self.radius + level * self.feature_level_height + angle = self.position_to_angle(position) + rad_angle = np.deg2rad(angle) + return np.array( + [r * np.cos(rad_angle), r * np.sin(rad_angle) - self.radius] + ) + + def determine_annotation_height(self, max_annotations_level): + """Auto-select the annotations height. + + Annotation height is 0.2 at most, or else whatever will make + the figure a 5*radius tall rectangle where the circular plasmid + occupies the bottom-2 5th and the annotations occupy the top-3 5th. + """ + return min(0.25, 3.0 * self.radius / (1.0 + max_annotations_level)) + + def compute_padding(self, ax): + "" + ax_width = ax.get_window_extent(ax.figure.canvas.get_renderer()).width + xmin, xmax = ax.get_xlim() + return 3 * self.labels_spacing * (xmax - xmin) / (1.0 * ax_width) \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/__init__.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/__init__.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,3 @@ +from .CircularGraphicRecord import CircularGraphicRecord + +__all__ = ["CircularGraphicRecord"] diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicFeature.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicFeature.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,162 @@ +from copy import deepcopy + +class GraphicFeature: + """Genetic Feature to be plotted. + + Parameters + ---------- + + start, end + Coordinates of the feature in the final sequence. + + strand + Directionality of the feature. can be +1/-1/0 for direct sense, + anti-sense, or no directionality. + + label + Short descriptive text associated and plotted with the feature + + color + Color of the feature, any Matplotlib-compatible format is accepted, + such as "white", "w", "#ffffff", (1,1,1), etc. + + linecolor + Color of the feature's border, any Matplotlib-compatible format is + accepted, such as "white", "w", "#ffffff", (1,1,1), etc. + + linewidth + Width of the line (=edge) surrounding the graphic feature, in pixels. + + thickness + Vertical span of the feature + + box_color + Color of the label box. Set to None for no box around the label. + Leave to "auto" for a box color that is a lightened version of the + feature's color. + + data + Any other keyword is kept into the feature.data[] dictionary. + + fontdict + A Matplotlib fontdict for the font to be used in the label, e.g. + ``size=11``, ``weight='bold'``, ``family='Helvetica'``, etc. + + open_left, open_right + Set to True if this feature does not end on the right or left because it + is a cropped version of a bigger feature. + + box_linewidth + Width of the line delimiting the text box when the annotation is outside + the graphic feature. Set to 0 for no box borders + + box_color + Background color of the annotation's text box. If left to "auto" the + color will be a lighter version of the feature's color. + + label_link_color + Color of the line linking the text annotation to its respective graphic + feature. Set to auto for the line to automatically be a darker version + of the feature's color. + """ + + feature_type = "feature" + + def __init__( + self, + start=None, + end=None, + strand=None, + label=None, + color="#000080", + thickness=14, + linewidth=1.0, + linecolor="#000000", + fontdict=None, + html=None, + open_left=False, + open_right=False, + box_linewidth=1, + box_color="auto", + legend_text=None, + label_link_color="black", + **data + ): + self.start = start + self.end = end + self.strand = strand + self.label = label + self.color = color + self.linecolor = linecolor + self.data = data + self.thickness = thickness + self.linewidth = linewidth + self.box_linewidth = box_linewidth + self.box_color = box_color + self.label_link_color = label_link_color + self.fontdict = dict( + [("fontsize", 11)] + list((fontdict or {}).items()) + ) + self.html = html + self.open_left = open_left + self.open_right = open_right + self.legend_text = legend_text + + def split_in_two(self, x_coord=0): + """Return two features by cutting this feature at x_coord.""" + copy1 = deepcopy(self) + copy2 = deepcopy(self) + copy1.end = x_coord + copy2.start = x_coord + 1 + return copy1, copy2 + + def crop(self, window): + """Return a the fragment of the feature that is in the window. + + If there is no overlap between the feature location and the window, + None is returned. + """ + s, e = window + if (s > self.end) or (e < self.start): + return None + copy = deepcopy(self) + if s > self.start: + copy.start = s + copy.open_left = True + if e < self.end: + copy.end = e + copy.open_right = True + return copy + + def overlaps_with(self, other): + """Return whether the feature's location overlaps with feature `other` + """ + loc1, loc2 = (self.start, self.end), (other.start, other.end) + loc1, loc2 = sorted(loc1), sorted(loc2) + loc1, loc2 = sorted([loc1, loc2], key=lambda loc: loc[0]) + return loc1[1] > loc2[0] + + @property + def length(self): + """Return the length of the feature (end-start)""" + return abs(self.end - self.start) + + @property + def x_center(self): + """Return the x-center of the feature, (start+end)/2""" + return 0.5 * (self.start + self.end - 1) + + @staticmethod + def from_biopython_feature(feature, **props): + """Create a GraphicalFeature from a Biopython.Feature object.""" + return GraphicFeature( + start=feature.location.start, + end=feature.location.end, + strand=feature.location.strand, + **props + ) + + def __repr__(self): + return ("GF(%(label)s, %(start)d-%(end)d " % self.__dict__) + ( + ")" if self.strand is None else "(%d))" % self.strand + ) diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/BokehPlottableMixin.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/BokehPlottableMixin.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,174 @@ +try: + from bokeh.plotting import figure, ColumnDataSource + from bokeh.models import Range1d, HoverTool + + BOKEH_AVAILABLE = True +except ImportError: + BOKEH_AVAILABLE = False + +try: + import pandas as pd + + PANDAS_AVAILABLE = True +except ImportError: + PANDAS_AVAILABLE = False + +import matplotlib.pyplot as plt + + +class BokehPlottableMixin: + def bokeh_feature_patch( + self, + start, + end, + strand, + figure_width=5, + width=0.4, + level=0, + arrow_width_inches=0.05, + **kwargs + ): + """Return a dict with points coordinates of a Bokeh Feature arrow. + + Parameters + ---------- + + start, end, strand + + """ + hw = width / 2.0 + x1, x2 = (start, end) if (strand >= 0) else (end, start) + bp_per_width = figure_width / self.sequence_length + delta = arrow_width_inches / bp_per_width + if strand >= 0: + head_base = max(x1, x2 - delta) + else: + head_base = min(x1, x2 + delta) + result = dict( + xs=[x1, x1, head_base, x2, head_base, x1], + ys=[e + level for e in [-hw, hw, hw, 0, -hw, -hw]], + ) + result.update(kwargs) + return result + + def plot_with_bokeh(self, figure_width=5, figure_height="auto", tools="auto"): + """Plot the graphic record using Bokeh. + + Examples + -------- + + >>> + + + """ + if not BOKEH_AVAILABLE: + raise ImportError("``plot_with_bokeh`` requires Bokeh installed.") + if not PANDAS_AVAILABLE: + raise ImportError("``plot_with_bokeh`` requires Pandas installed.") + + # Set up default tools + if tools == "auto": + tools = [HoverTool(tooltips="@hover_html"), "xpan,xwheel_zoom,reset,tap"] + + # FIRST PLOT WITH MATPLOTLIB AND GATHER INFOS ON THE PLOT + ax, (features_levels, plot_data) = self.plot(figure_width=figure_width) + width, height = [int(100 * e) for e in ax.figure.get_size_inches()] + plt.close(ax.figure) + if figure_height == "auto": + height = int(0.5 * height) + else: + height = 100 * figure_height + height = max(height, 185) # Minimal height to see all icons + + max_y = max( + [data["annotation_y"] for f, data in plot_data.items()] + + list(features_levels.values()) + ) + + # BUILD THE PLOT () + plot = figure( + plot_width=width, + plot_height=height, + tools=tools, + x_range=Range1d(0, self.sequence_length), + y_range=Range1d(-1, max_y + 1), + ) + plot.patches( + xs="xs", + ys="ys", + color="color", + line_color="#000000", + source=ColumnDataSource( + pd.DataFrame.from_records( + [ + self.bokeh_feature_patch( + feature.start, + feature.end, + feature.strand, + figure_width=figure_width, + level=level, + color=feature.color, + label=feature.label, + hover_html=( + feature.html + if feature.html is not None + else feature.label + ), + ) + for feature, level in features_levels.items() + ] + ) + ), + ) + + if plot_data != {}: + plot.text( + x="x", + y="y", + text="text", + text_align="center", + text_font_size="12px", + text_font="arial", + text_font_style="normal", + source=ColumnDataSource( + pd.DataFrame.from_records( + [ + dict( + x=feature.x_center, + y=pdata["annotation_y"], + text=feature.label, + color=feature.color, + ) + for feature, pdata in plot_data.items() + ] + ) + ), + ) + plot.segment( + x0="x0", + x1="x1", + y0="y0", + y1="y1", + line_width=0.5, + color="#000000", + source=ColumnDataSource( + pd.DataFrame.from_records( + [ + dict( + x0=feature.x_center, + x1=feature.x_center, + y0=pdata["annotation_y"], + y1=pdata["feature_y"], + ) + for feature, pdata in plot_data.items() + ] + ) + ), + ) + + plot.yaxis.visible = False + plot.outline_line_color = None + plot.grid.grid_line_color = None + plot.toolbar.logo = None + + return plot diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/GraphicRecord.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/GraphicRecord.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,199 @@ +from ..biotools import find_narrowest_text_wrap + +from Bio.Seq import Seq +from Bio.SeqRecord import SeqRecord +from Bio.SeqFeature import FeatureLocation, SeqFeature +from Bio.Alphabet import DNAAlphabet + +from .MatplotlibPlottableMixin import MatplotlibPlottableMixin +from .BokehPlottableMixin import BokehPlottableMixin + + +class GraphicRecord(MatplotlibPlottableMixin, BokehPlottableMixin): + """Set of Genetic Features of a same DNA sequence, to be plotted together. + + Parameters + ---------- + + sequence_length + Length of the DNA sequence, in number of nucleotides + + features + list of GraphicalFeature objects. + + feature_level_height + Width in inches of one "level" for feature arrows. + + annotation_height + Width in inches of one "level" for feature annotations. + + first_index + Indicates the first index to plot in case the sequence is actually a + subsequence of a larger one. For instance, if the Graphic record + represents the segment (400, 420) of a sequence, we will have + ``first_index=400`` and ``sequence_length=20``. + + plots_indexing + Indicates which standard to use to show nucleotide indices in the plots. + If 'biopython', the standard python indexing is used (starting at 0). + If 'genbank', the indexing follows the Genbank standard (starting at 1). + + labels_spacing + Number of pixels that will "pad" every labels to force some horizontal + space between two labels or between a label and the borders of a feature. + + ticks_resolution + Leave to "auto" for an auto-selected number of ticks on the ruler, or set + to e.g. 50 for a tick every 50 nucleotide. + + Attributes + ---------- + + default_font_family + Default font to use for a feature that doesn't declare a font. + + default_ruler_color + Default ruler color to use when no color is given at plot() time. + + default_box_color + Default box color for non-inline annotations. If set to None, no + boxes will be drawn unless the features declare a box_color. + If "auto", a color (clearer version of the feature's color) will be + computed, for all features also declaring their box_color as "auto". + + default_elevate_outline_annotations + Value to use for elevate_outline_annotations when no specific value is + given at ``graphic_record.plot(...)`` time. Set to true to have all + text annotations appears above all features, or false else. + """ + + default_font_family = None + default_ruler_color = "grey" + default_box_color = "auto" + min_y_height_of_text_line = 0.5 + + def __init__( + self, + sequence_length=None, + sequence=None, + features=(), + feature_level_height=1, + first_index=0, + plots_indexing="biopython", + labels_spacing=8, + ticks_resolution='auto' + ): + if sequence_length is None: + sequence_length = len(sequence) + self.features = features + self.sequence_length = sequence_length + self.feature_level_height = feature_level_height + self.sequence = sequence + self.first_index = first_index + self.plots_indexing = plots_indexing + self.labels_spacing = labels_spacing + self.ticks_resolution = ticks_resolution + + @property + def last_index(self): + return self.first_index + self.sequence_length + + @property + def span(self): + """Return the display span (start, end) accounting for first_index.""" + return self.first_index, self.last_index + + def to_biopython_record(self, sequence): + """ + Example + ------- + from Bio import SeqIO + gr_record = GraphicRecord(features=features, sequence_length=len(seq), + sequence=seq) + bio_record = gr_record.to_biopython_record() + with open("example.gb", "w+") as f: + SeqIO.write(record, f, "genbank") + """ + features = [ + SeqFeature( + FeatureLocation(f.start, f.end, f.strand), + type=f.feature_type, + qualifiers={"label": f.label}, + ) + for f in self.features + ] + if not isinstance(sequence, Seq): + sequence = Seq(sequence, alphabet=DNAAlphabet()) + return SeqRecord(seq=sequence, features=features) + + def crop(self, window): + start, end = window + first_index = self.first_index + if (start < first_index) or (end > self.last_index): + raise ValueError("out-of-bound cropping") + new_features = [] + for f in self.features: + cropped_feature = f.crop(window) + if cropped_feature is not None: # = has ovelap with the window + new_features.append(cropped_feature) + + return GraphicRecord( + sequence=self.sequence[start - first_index : end - first_index] + if self.sequence is not None + else None, + sequence_length=end - start, + features=new_features, + feature_level_height=self.feature_level_height, + first_index=start, + plots_indexing=self.plots_indexing, + labels_spacing=self.labels_spacing, + ticks_resolution=self.ticks_resolution + ) + + def determine_annotation_height(self, levels): + """By default the ideal annotation level height is the same as the + feature_level_height.""" + # TODO: Improve me! ideally, annotation width would be linked to the + # height of one line of text, so dependent on font size and ax + # height/span. + return self.feature_level_height + + def coordinates_in_plot(self, x, level): + """Convert a sequence position and height level into a (x, y) position. + """ + return (x, level * self.feature_level_height) + + def split_overflowing_features_circularly(self): + """Split the features that overflow over the edge for circular + constructs (inplace).""" + new_features = [] + for f in self.features: + if f.start < 0 < f.end: + f1, f2 = f.split_in_two(-1) + f1.start, f1.end = ( + f1.start + self.sequence_length, + f1.end + self.sequence_length, + ) + new_features += [f1, f2] + elif f.start < self.sequence_length < f.end: + f1, f2 = f.split_in_two(self.sequence_length - 1) + f2.start, f2.end = ( + f2.start - self.sequence_length, + f2.end - self.sequence_length, + ) + new_features += [f1, f2] + else: + new_features.append(f) + self.features = new_features + + def _format_label(self, label, max_label_length=50, max_line_length=40): + if len(label) > max_label_length: + label = label[: max_label_length - 1] + "…" + if len(label) > max_line_length: + label = find_narrowest_text_wrap(label, max_line_length) + return label + + def compute_padding(self, ax): + ax_width = ax.get_window_extent(ax.figure.canvas.get_renderer()).width + xmin, xmax = ax.get_xlim() + return self.labels_spacing * (xmax - xmin) / (1.0 * ax_width) diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/MatplotlibPlottableMixin.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/MatplotlibPlottableMixin.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,651 @@ +"""Useful functions for the library""" + +import colorsys + +import matplotlib.pyplot as plt +import matplotlib.patches as mpatches +from matplotlib.patches import Patch +import matplotlib.ticker as ticker + +from ..compute_features_levels import compute_features_levels +from ..GraphicFeature import GraphicFeature +from matplotlib.colors import colorConverter +from .MultilinePlottableMixin import MultilinePlottableMixin +from .SequenceAndTranslationMixin import SequenceAndTranslationMixin + + +class MatplotlibPlottableMixin( + MultilinePlottableMixin, SequenceAndTranslationMixin +): + """Class mixin for matplotlib-related methods.""" + + default_elevate_outline_annotations = False + default_strand_in_label_threshold = None + + def initialize_ax(self, ax, draw_line, with_ruler, ruler_color=None): + """Initialize the ax: remove axis, draw a horizontal line, etc. + + Parameters + ---------- + + draw_line + True/False to draw the horizontal line or not. + + with_ruler + True/False to draw the indices indicators along the line. + + """ + ruler_color = ruler_color or self.default_ruler_color + start, end = self.span + plot_start, plot_end = start - 0.8, end - 0.2 + if draw_line: + ax.plot([plot_start, plot_end], [0, 0], zorder=-1000, c="k") + + if with_ruler: # only display the xaxis ticks + ax.set_frame_on(False) + ax.yaxis.set_visible(False) + ax.xaxis.tick_bottom() + if ruler_color is not None: + ax.tick_params(axis="x", colors=ruler_color) + else: # don't display anything + ax.axis("off") + + ax.set_xlim(plot_start, plot_end) + if self.first_index != 0: + ax.ticklabel_format(useOffset=False, style="plain") + fmt = lambda x, p: "{:,}".format(int(x)) + ax.xaxis.set_major_formatter(ticker.FuncFormatter(fmt)) + if self.ticks_resolution == "auto": + ax.xaxis.set_major_locator(ticker.MaxNLocator(integer=True)) + else: + locator = ticker.MultipleLocator(self.ticks_resolution) + ax.xaxis.set_major_locator(locator) + + def finalize_ax( + self, + ax, + features_levels, + annotations_max_level, + auto_figure_height=False, + ideal_yspan=None, + annotations_are_elevated=True, + ): + """Prettify the figure with some last changes. + + Changes include redefining y-bounds and figure height. + + Parameters + ========== + ax + ax on which the record was plotted + + features_levels + + annotations_max_level + Number indicating to the method the maximum height for an + annotation, so the method can set ymax accordingly + + auto_figure_height + If true, the figure'height will be automatically re-set to a nice + value (counting ~0.4inch per level in the figure). + + ideal_yspan + if provided, can help the method select a better ymax to make sure + all constraints fit. + + """ + + # Compute the "natural" ymax + annotation_height = self.determine_annotation_height(None) + features_ymax = self.feature_level_height * (features_levels + 1) + annotations_ymax = annotation_height * annotations_max_level + if annotations_are_elevated: + ymax = features_ymax + annotations_ymax + else: + ymax = max(features_ymax, annotations_ymax) + 1 + ymin = min(ax.get_ylim()[0], -0.5) + + # ymax could be even bigger if a "ideal_yspan" has been set. + if (ideal_yspan is not None) and not (auto_figure_height): + ymax = max(ideal_yspan + ymin, ymax) + ax.set_ylim(ymin, ymax) + if auto_figure_height: + figure_width = ax.figure.get_size_inches()[0] + ax.figure.set_size_inches(figure_width, 1 + 0.4 * ymax) + ax.set_xticks( + [ + t + for t in ax.get_xticks() + if t <= self.last_index and t >= self.first_index + ] + ) + if self.plots_indexing == "genbank": + ax.set_xticklabels([int(i + 1) for i in ax.get_xticks()]) + return ideal_yspan / (ymax - ymin) + + @staticmethod + def _get_ax_width(ax, unit="inch"): + """Return the ax's width in 'inches' or 'pixel'.""" + transform = ax.figure.dpi_scale_trans.inverted() + bbox = ax.get_window_extent().transformed(transform) + width = bbox.width + if unit == "pixel": + width *= ax.figure.dpi + return width + + def plot_feature(self, ax, feature, level, linewidth=1.0): + """Create an Arrow Matplotlib patch with the feature's coordinates. + + The Arrow points in the direction of the feature's strand. + If the feature has no direction (strand==0), the returned patch will + simply be a rectangle. + + The x-coordinates of the patch are determined by the feature's + `start` and `end` while the y-coordinates are determined by the `level` + """ + x1, x2 = feature.start, feature.end + if feature.open_left: + x1 -= 1 + if feature.open_right: + x2 += 1 + if feature.strand == -1: + x1, x2 = x2, x1 + x1, x2 = x1 - 0.5, x2 - 0.5 + + is_undirected = feature.strand not in (-1, 1) + head_is_cut = (feature.strand == 1 and feature.open_right) or ( + feature.strand == -1 and feature.open_left + ) + if is_undirected or head_is_cut: + head_length = 0.001 + else: + width_pixel = self._get_ax_width(ax, unit="pixel") + head_length = ( + 0.5 * width_pixel * feature.length / self.sequence_length + ) + head_length = min(head_length, 0.6 * feature.thickness) + + arrowstyle = mpatches.ArrowStyle.Simple( + head_width=feature.thickness, + tail_width=feature.thickness, + head_length=head_length, + ) + y = self.feature_level_height * level + patch = mpatches.FancyArrowPatch( + [x1, y], + [x2, y], + shrinkA=0.0, + shrinkB=0.0, + arrowstyle=arrowstyle, + facecolor=feature.color, + zorder=0, + edgecolor=feature.linecolor, + linewidth=feature.linewidth, + ) + ax.add_patch(patch) + return patch + + def autoselect_label_color(self, background_color): + """Autselect a color for the label font. + + In the current method the label will be black on clear backrgounds, + and white on dark backgrounds. + """ + r, g, b = colorConverter.to_rgb(background_color) + luminosity = 0.299 * r + 0.587 * g + 0.114 * b + return "black" if (luminosity >= 0.5) else "white" + + def annotate_feature( + self, + ax, + feature, + level, + inline=False, + max_label_length=50, + max_line_length=30, + padding=0, + indicate_strand_in_label=False, + ): + """Create a Matplotlib Text with the feature's label. + + The x-coordinates of the text are determined by the feature's + `x_center` while the y-coordinates are determined by the `level`. + + The text is horizontally and vertically centered. + + The Arrow points in the direction of the feature's strand. + If the feature has no direction (strand==0), the returned patch will + simply be a rectangle. + + The x-coordinates of the patch are determined by the feature's + `start` and `end` while the y-coordinates are determined by the `level` + """ + x, y = self.coordinates_in_plot(feature.x_center, level) + label = feature.label + if indicate_strand_in_label: + if feature.strand == -1: + label = "⇦" + label + if feature.strand == 1: + label = label + "⇨" + + if not inline: + label = self._format_label( + label, + max_label_length=max_label_length, + max_line_length=max_line_length, + ) + nlines = len(label.split("\n")) + fontdict = dict(**feature.fontdict) + if "family" not in fontdict and (self.default_font_family is not None): + fontdict["family"] = self.default_font_family + if inline and ("color" not in fontdict): + color = self.autoselect_label_color(background_color=feature.color) + fontdict["color"] = color + box_color = feature.box_color + if box_color == "auto": + box_color = self.default_box_color + bbox = None + if (box_color is not None) and not inline: + bg_color = change_luminosity(feature.color, min_luminosity=0.95) + bbox = dict( + boxstyle="round", + fc=bg_color if box_color == "auto" else box_color, + ec="0.5", + lw=feature.box_linewidth, + ) + text = ax.text( + x, + y, + label, + horizontalalignment="center", + verticalalignment="center", + bbox=bbox, + fontdict=fontdict, + zorder=2, + ) + x1, y1, x2, y2 = get_text_box(text) + x1 -= padding + x2 += padding + overflowing = (x1 < feature.start) or (x2 > feature.end) + return text, overflowing, nlines, (x1, x2), (y2 - y1) + + def place_annotation( + self, + feature, + ax, + level, + annotate_inline, + max_line_length, + max_label_length, + indicate_strand_in_label=False, + ): + """"Place an annotation in the figure. Decide on inline vs. outline. + + Parameters + ---------- + + feature + Graphic feature to place in the figure + + ax + Matplotlib ax in which to place the feature. + + level + level at which the annotation should be placed + + annotate_inline + If true, the plotter will attempt to annotate inline, and fall back + to outline annotation. + + max_line_length + If an annotation label's length exceeds this number the label will + wrap over several lines. + + max_label_length, + If an annotation label's length exceeds this number the label will + be cut with an ellipsis (...). + + indicate_strand_in_label + If True, then the label will be represented as "<= label" or + "label =>" with an arrow representing the strand. + """ + padding = self.compute_padding(ax) + if annotate_inline: + # FIRST ATTEMPT TO ANNOTATE INSIDE THE FEATURE. CHECK FOR OVERFLOW + text, overflowing, lines, (x1, x2), height = self.annotate_feature( + ax=ax, + feature=feature, + level=level, + inline=True, + padding=padding, + max_label_length=max_label_length, + max_line_length=max_line_length, + indicate_strand_in_label=indicate_strand_in_label, + ) + + # IF OVERFLOW, REMOVE THE TEXT AND PLACE IT AGAIN, OUTLINE. + if overflowing: + text.remove() + text, _, lines, (x1, x2), height = self.annotate_feature( + ax=ax, + feature=feature, + level=level, + inline=False, + padding=padding, + max_label_length=max_label_length, + max_line_length=max_line_length, + indicate_strand_in_label=indicate_strand_in_label, + ) + return text, overflowing, lines, (x1, x2), height + else: + return self.annotate_feature( + ax=ax, feature=feature, level=level, padding=padding + ) + + def plot( + self, + ax=None, + figure_width=8, + draw_line=True, + with_ruler=True, + ruler_color=None, + plot_sequence=False, + annotate_inline=True, + max_label_length=50, + max_line_length=30, + level_offset=0, + strand_in_label_threshold="default", + elevate_outline_annotations="default", + x_lim=None, + figure_height=None, + sequence_params=None, + ): + """Plot all the features in the same Matplotlib ax + + Parameters + ---------- + + ax + The Matplotlib ax on which to plot the graphic record. If None is + provided, a new figure and ax is generated, the ax is returned at + the end. + + figure_width + Width of the figure (only if no ax was provided and a new figure is + created) in inches. + + draw_line + If True, a base line representing the sequence will be drawn. + + with_ruler + If true, the sequence indices will be indicated at regular intervals. + + plot_sequence + If True and the graphic record has a "sequence" attribute set, the + sequence will be displayed below the base line. + + annotate_inline + If true, some feature labels will be displayed inside their + corresponding feature if there is sufficient space. + + level_offset + All features and annotations will be pushed up by "level_offset". Can + be useful when plotting several sets of features successively on a + same ax. + + elevate_outline_annotations + If true, every text annotation will be above every feature. If false, + text annotations will be as close as possible to the features. + + strand_in_label_pixel_threshold + Number N such that, when provided, every feature with a graphical + width in pixels below N will have its strand indicated in the label + by an a left/right arrow + + x_lim + Horizontal axis limits to be set at the end. + + sequence_params + parameters for plot_sequence + """ + + if elevate_outline_annotations == "default": + default = self.default_elevate_outline_annotations + elevate_outline_annotations = default + if strand_in_label_threshold == "default": + default = self.default_strand_in_label_threshold + strand_in_label_threshold = default + + features_levels = compute_features_levels(self.features) + + for f in features_levels: + features_levels[f] += level_offset + max_level = ( + 1 + if (features_levels == {}) + else max(1, max(features_levels.values())) + ) + auto_figure_height = (ax is None) and (figure_height is None) + if ax is None: + height = figure_height or max_level + fig, ax = plt.subplots(1, figsize=(figure_width, height)) + + def strand_in_label(f): + """Anything under 0.1 inches in the figure""" + if strand_in_label_threshold is None: + return False + width_pixel = self._get_ax_width(ax, unit="pixel") + f_pixels = 1.0 * width_pixel * f.length / self.sequence_length + return f_pixels < strand_in_label_threshold + + self.initialize_ax(ax, draw_line=draw_line, with_ruler=with_ruler) + if x_lim is not None: + ax.set_xlim(*x_lim) + overflowing_annotations = [] + renderer = ax.figure.canvas.get_renderer() + bbox = ax.get_window_extent(renderer) + ax_height = bbox.height + ideal_yspan = 0 + + # sorting features from larger to smaller to make smaller features + # appear "on top" of smaller ones, in case it happens. May be useless + # now. + sorted_features_levels = sorted( + features_levels.items(), key=lambda o: -o[0].length + ) + for feature, level in sorted_features_levels: + self.plot_feature(ax=ax, feature=feature, level=level) + if feature.label is None: + continue + ( + text, + overflowing, + nlines, + (x1, x2,), + height, + ) = self.place_annotation( + feature=feature, + ax=ax, + level=level, + annotate_inline=annotate_inline, + max_line_length=max_line_length, + max_label_length=max_label_length, + indicate_strand_in_label=strand_in_label(feature), + ) + line_height = height / nlines + n_text_lines_in_axis = ax_height / line_height + min_y_height = self.min_y_height_of_text_line + feature_ideal_span = min_y_height * n_text_lines_in_axis + ideal_yspan = max(ideal_yspan, feature_ideal_span) + if overflowing or not annotate_inline: + # trick here: we are representing text annotations as + # GraphicFeatures so we can place them using + # compute_features_levels(). + # We are also storing all the info necessary for label plotting + # in these pseudo-graphic-features. + overflowing_annotations.append( + GraphicFeature( + start=x1, + end=x2, + feature=feature, + text=text, + feature_level=level, + nlines=nlines, + color=feature.color, + label_link_color=feature.label_link_color, + ) + ) + + # There are two ways to plot annotations: evelated, all above all the + # graphic feature. Or at the same levels as the graphic features ( + # every annotation above its respective feature, but some annotations + # can be below some features). + if elevate_outline_annotations: + + base_feature = GraphicFeature( + start=-self.sequence_length, + end=self.sequence_length, + fixed_level=0, + nlines=1, + is_base=True, + ) + overflowing_annotations.append(base_feature) + annotations_levels = compute_features_levels( + overflowing_annotations + ) + else: + for f in self.features: + f.data.update(dict(nlines=1, fixed_level=features_levels[f])) + annotations_levels = compute_features_levels( + overflowing_annotations + self.features + ) + annotations_levels = { + f: annotations_levels[f] for f in overflowing_annotations + } + + max_annotations_level = max([0] + list(annotations_levels.values())) + annotation_height = self.determine_annotation_height(max_level) + annotation_height = max( + self.min_y_height_of_text_line, annotation_height + ) + labels_data = {} + for feature, level in annotations_levels.items(): + if "is_base" in feature.data: + continue + text = feature.data["text"] + x, y = text.get_position() + if elevate_outline_annotations: + new_y = (max_level) * self.feature_level_height + ( + level + ) * annotation_height + else: + new_y = annotation_height * level + text.set_position((x, new_y)) + fx, fy = self.coordinates_in_plot( + feature.data["feature"].x_center, feature.data["feature_level"] + ) + + # PLOT THE LABEL-TO-FEATURE LINK + link_color = feature.label_link_color + if link_color == "auto": + link_color = change_luminosity(feature.color, luminosity=0.2) + ax.plot([x, fx], [new_y, fy], c=link_color, lw=0.5, zorder=-10) + labels_data[feature.data["feature"]] = dict( + feature_y=fy, annotation_y=new_y + ) + + if plot_sequence: + self.plot_sequence(ax, **(sequence_params or {})) + + self.finalize_ax( + ax=ax, + features_levels=max([1] + list(features_levels.values())), + annotations_max_level=max_annotations_level, + auto_figure_height=auto_figure_height, + ideal_yspan=ideal_yspan, + annotations_are_elevated=elevate_outline_annotations, + ) + return ax, (features_levels, labels_data) + + def plot_legend( + self, ax, allow_ambiguity=False, include_edge=True, **legend_kwargs + ): + handles = [] + features_parameters = {} + for feature in self.features: + text = feature.legend_text + if text is None: + continue + parameters = dict( + label=text, facecolor=feature.color, edgecolor="black", + ) + if include_edge: + parameters.update( + dict( + linewidth=feature.linewidth, + edgecolor=feature.linecolor, + ) + ) + if text in features_parameters: + previous_parameters = features_parameters[text] + if (not allow_ambiguity) and any( + [ + parameters[k] != previous_parameters[k] + for k in parameters + ] + ): + raise ValueError( + "Cannot generate an unambiguous legend as two" + ) + continue + features_parameters[text] = parameters + handles.append(Patch(**parameters)) + ax.legend(handles=handles, **legend_kwargs) + + +def change_luminosity( + color, luminosity=None, min_luminosity=None, factor=None +): + """Return a version of the color with different luminosity. + + Parameters + ---------- + color + A color in any Matplotlib-compatible format such as "white", "w", + (1,1,1), "#ffffff", etc. + luminosity + A float in 0-1. If provided, the returned color has this level of + luminosity. + factor + Only used if `luminosity` is not set. Positive factors increase + luminosity and negative factors decrease it. More precisely, the + luminosity of the new color is L^(-factor), where L is the current + luminosity, between 0 and 1. + """ + r, g, b = colorConverter.to_rgb(color) + h, l, s = colorsys.rgb_to_hls(r, g, b) + new_l = l + if luminosity is not None: + new_l = luminosity + if factor is not None: + new_l = l ** (-factor) + if min_luminosity is not None: + new_l = max(new_l, min_luminosity) + + return colorsys.hls_to_rgb(h, new_l, s) + + +def get_text_box(text, margin=0): + """Return the coordinates of a Matplotlib Text. + + `text` is a Matplotlib text obtained with ax.text(). + This returns `(x1,y1, x2, y2)` where (x1,y1) is the lower left corner + and (x2, y2) is the upper right corner of the text, in data coordinates. + If a margin m is supplied, the returned result is (x1-m, y1-m, x2+m, y2+m) + """ + renderer = text.axes.figure.canvas.get_renderer() + bbox = text.get_window_extent(renderer) # bounding box + __x1, y1, __x2, y2 = bbox.get_points().flatten() + bbox = bbox.transformed(text.axes.transData.inverted()) + x1, __y1, x2, __y2 = bbox.get_points().flatten() + return [x1, y1, x2, y2] diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/MultilinePlottableMixin.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/MultilinePlottableMixin.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,153 @@ +import matplotlib.pyplot as plt +from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages +import numpy + + +class MultilinePlottableMixin: + def plot_on_multiple_lines( + self, + n_lines=None, + nucl_per_line=None, + plot_sequence=False, + figure_width="auto", + **plot_params + ): + """Plot the features on different lines (one Matplotlib ax per line) + + Parameters + ---------- + + n_lines + Number of lines on which the record will be plotted. A number of + nucleotides per line can be provided instead (see below). + + nucl_per_line + Number of nucleotides to be represented on every line (determines + the number of lines ``n_lines``). + + plot_sequence + Whether to plot the nucleotide sequence on each line + + figure_width + Width of the figure in inches. Leave to auto for a width of either 10 + (if not sequence is plotted) or 0.15*nucl_per_line inches + (if a sequence is plotted). + + **plot_params + Parameters from ``graphic_record.plot()`` to be used in the plotting + of the individual lines. This includes ``draw_line``, ``with_ruler``, + ``annotate_inline``, ``plot_sequence``, + ``evelate_outline_annotations``, ``strand_in_label_pixel_threshold`` + + Returns + ------- + + figure, axes + The matplotlib figure and axes generated. + """ + + if n_lines is None: + n_lines = int(numpy.ceil(self.sequence_length / nucl_per_line)) + else: + nucl_per_line = self.sequence_length // n_lines + 1 + + if figure_width == "auto": + if plot_sequence: + figure_width = 0.15 * nucl_per_line + else: + figure_width = 10 + + figures_heights = [] + + def plot_line(line_index, ax=None): + first, last = self.first_index, self.last_index + line_start = first + line_index * nucl_per_line + line_virtual_end = first + (line_index + 1) * nucl_per_line + line_end = min(last, line_virtual_end) + line_record = self.crop((line_start, line_end)) + line_ax, _ = line_record.plot( + figure_width=figure_width, + x_lim=(line_start, line_virtual_end), + ax=ax, + plot_sequence=plot_sequence, + **plot_params + ) + return line_ax + + for line_index in range(n_lines): + line_ax = plot_line(line_index) + figures_heights.append(line_ax.figure.get_figheight()) + plt.close(line_ax.figure) + fig, axes = plt.subplots( + n_lines, + 1, + gridspec_kw={"height_ratios": figures_heights}, + figsize=(figure_width, 0.9 * sum(figures_heights)), + ) + if n_lines == 1: + axes = [axes] + for line_index, ax in enumerate(axes): + plot_line(line_index, ax=ax) + fig.tight_layout() + return fig, axes + + def plot_on_multiple_pages( + self, + pdf_target, + n_lines=None, + nucl_per_line=None, + lines_per_page=5, + figure_width="auto", + **plot_params + ): + """Plot the features on different lines on different pages of a PDF. + + This function returns None + + Parameters + ---------- + + pdf_target + Either a path to a PDF, or a file(-like) handle. + + n_lines + Number of lines on which the record will be plotted. A number of + nucleotides per line can be provided instead (see below). + + nucl_per_line + Number of nucleotides to be represented on every line (determines + the number of lines ``n_lines``). + + lines_per_page + Number of lines on each page + + plot_sequence + Whether to plot the nucleotide sequence on each line + + figure_width + Width of the figure in inches. Leave to auto for a width of either 10 + (if not sequence is plotted) or 0.15*nucl_per_line inches + (if a sequence is plotted). + + **plot_params + Parameters from ``graphic_record.plot()`` to be used in the plotting + of the individual lines. This includes ``draw_line``, ``with_ruler``, + ``annotate_inline``, ``plot_sequence``, + ``evelate_outline_annotations``, ``strand_in_label_pixel_threshold`` + """ + nucl_per_page = nucl_per_line * lines_per_page + number_of_pages = int(numpy.ceil(self.sequence_length / nucl_per_page)) + with PdfPages(pdf_target) as pdf: + for page_index in range(number_of_pages): + first, last = self.first_index, self.last_index + page_start = first + page_index * nucl_per_page + page_end = first + (page_index + 1) * nucl_per_page + page_end = min(last, page_end) + page_record = self.crop((page_start, page_end)) + fig, axes = page_record.plot_on_multiple_lines( + nucl_per_line=nucl_per_line, + figure_width=figure_width, + **plot_params + ) + pdf.savefig(fig) + plt.close(fig) diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/SequenceAndTranslationMixin.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/SequenceAndTranslationMixin.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,145 @@ +from ..biotools import extract_graphical_translation + + +class SequenceAndTranslationMixin: + def plot_sequence( + self, ax, location=None, y_offset=1, fontdict=None, guides_intensity=0 + ): + """Plot a sequence of nucleotides at the bottom of the plot. + + Parameters + ---------- + + ax + Which axes the translation should be plotted to + + location + location of the segment to translate, either (start, end) or + (start, end, strand) + + y_offset + Number of text levels under the plot's base line where to draw the + nucleotides. Should be 1 if the nucleotide sequence is to be plotted + directly under the main line. + + fontdict + Matplotlib fontdict for the text, e.g. + ``{'size': 11, 'weight':'bold'}`` + + background + tuple (color1, color2) of alternate colors to plot behind each + nucleotide position to guide vision. Leave to None for no background. + + guides_intensity + Intensity of the vertical guides marking the different nucleotides + (0 = no guides) + """ + if self.sequence is None: + raise ValueError("No sequence in the graphic record") + if location is None: + location = self.span + location_start, location_end = location + fontdict = dict(size=11) + fontdict.update(fontdict or {}) + for i, nucleotide in enumerate(self.sequence): + index = i + location_start + if location_start <= index <= location_end: + ax.text( + index, + -0.7 * self.feature_level_height * y_offset, + nucleotide, + ha="center", + va="center", + fontdict=fontdict, + ) + if guides_intensity: + color = (0, 0, 0, guides_intensity) + for i in range(location_start, location_end + 1): + ax.axvline(i - 0.5, linewidth=0.1, color=color, zorder=-10000) + ymin = ax.get_ylim()[0] + if ymin < -500: + ymin = 0 + ax.set_ylim(bottom=min(ymin, -y_offset * self.feature_level_height)) + + def plot_translation( + self, + ax, + location=None, + y_offset=2, + fontdict=None, + guides_intensity=0.5, + translation=None, + long_form_translation=True, + ): + """Plot a sequence of amino-acids at the bottom of the plot. + + Parameters + ---------- + + ax + Which axes the translation should be plotted to + + location + location of the segment to translate (start, end) + + y_offset + Number of text levels under the plot's base line where to draw the + amino acid names. Should be 2 if the nucleotide sequence is also + plotted at level 1. + + fontdict + Matplotlib fontdict for the text, e.g. + ``{'size': 11, 'weight':'bold'}`` + + background + tuple (color1, color2) of alternate colors to plot behind each + amino acid position to guide vision. Leave to None for no background. + + translation + Sequence of amino acids either as a string ``'MAKG...'`` or as a list + ``['Met', 'Ala', ...]`` + + + """ + start, end = location[0], location[1] + strand = location[2] if (len(location) == 3) else 1 + s, e = self.span + start = max(start, s + ((start - s) % 3)) + end = min(end, e - ((end - e) % 3)) + if translation is None: + new_loc = start - self.first_index, end - self.first_index, strand + translation = extract_graphical_translation( + self.sequence, + location=new_loc, + long_form=long_form_translation, + ) + texts = [ + ((start + 3 * i, start + 3 * (i + 1)), aa) + for i, aa in enumerate(translation) + ] + + y = -0.7 * y_offset * self.feature_level_height + ymin = ax.get_ylim()[0] + ax.set_ylim(bottom=min(ymin, -y_offset * self.feature_level_height)) + fontdict = fontdict or {} + guides_color = (0, 0, 0, guides_intensity) + for i, ((start, end), text) in enumerate(texts): + ax.text( + 0.5 * (start + end - 1), + y, + text, + ha="center", + va="center", + fontdict=fontdict, + ) + if guides_intensity: + ax.axvline( + start - 0.5, + linewidth=0.1, + color=guides_color, + zorder=-10000, + ) + if guides_intensity: + ax.axvline( + end - 0.5, linewidth=0.1, color=guides_color, zorder=-10000 + ) diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/__init__.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/__init__.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,3 @@ +from .GraphicRecord import GraphicRecord + +__all__ = ['GraphicRecord'] diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/README.md --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/README.md Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +# Code organization + +This document walks you trough the Geneblocks code. Please request changes if anything is unclear. + +- **GraphicFeature.py** implements a class for defining a *GraphicFeature*, which is an annotation (start, end, strand, label) with graphical properties (color, line width, font family...) + +- **GraphicRecord/** implements the *GraphicRecord* class, which can plot a set of *GraphicFeatures* using Matplotlib or Bokeh. To keep file sizes acceptable, many methods are implemented in separate files (*bokeh_plots.py*, *matplotlib_plots.py*) and added to *GraphicRecord* via class mixins. + +- **CircularGraphicRecord/** implements the *GraphicRecord* class, which inherits from *GraphicRecord* but draws features circularly using custom Matplotlib patches called "arrow-wedge" (defined in file *ArrowWedge.py*). + +- **compute_features_levels.py** implements the algorithm for deciding the levels on which the different features (and annotations) are drawn + +- **biotools.py** implements generic biology-related methods (reverse_complement, annotation of Biopython records, etc.) diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/__init__.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/__init__.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,22 @@ +""" dna_features_viewer/__init__.py """ + +from .GraphicRecord import GraphicRecord +from .CircularGraphicRecord import CircularGraphicRecord +from .GraphicFeature import GraphicFeature +from .BiopythonTranslator import ( + BiopythonTranslator, + BlackBoxlessLabelTranslator, +) +from .biotools import load_record, annotate_biopython_record + +from .version import __version__ + +__all__ = [ + "GraphicRecord", + "CircularGraphicRecord", + "GraphicFeature", + "BiopythonTranslator", + "BlackBoxlessLabelTranslator", + "annotate_biopython_record", + "__version__", +] diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/biotools.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/biotools.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,170 @@ +import textwrap +from Bio.Seq import Seq +from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation +from Bio.PDB.Polypeptide import aa1, aa3 +from Bio import SeqIO + +try: + from BCBio import GFF +except ImportError: + + class GFF: + def parse(*a): + """Not available. Please install bcbio-gff.""" + raise ImportError( + "Please install the bcbio-gff library to parse GFF data" + ) + + +def complement(dna_sequence): + """Return the complement of the DNA sequence. + + For instance ``complement("ATGCCG")`` returns ``"TACGGC"``. + + Uses BioPython for speed. + """ + return str(Seq(dna_sequence).complement()) + + +def reverse_complement(sequence): + """Return the reverse-complement of the DNA sequence. + + For instance ``complement("ATGCCG")`` returns ``"GCCGTA"``. + + Uses BioPython for speed. + """ + return complement(sequence)[::-1] + + +aa_short_to_long_form_dict = { + _aa1: _aa3[0] + _aa3[1:].lower() + for (_aa1, _aa3) in zip(aa1 + "*", aa3 + ["*"]) +} + + +def translate(dna_sequence, long_form=False): + """Translate the DNA sequence into an amino-acids sequence MLKYQT... + + If long_form is true, a list of 3-letter amino acid representations + is returned instead (['Ala', 'Ser', ...]). + """ + result = str(Seq(dna_sequence).translate()) + if long_form: + result = [aa_short_to_long_form_dict[aa] for aa in result] + return result + + +def extract_graphical_translation(sequence, location, long_form=False): + """Return a string of the "graphical" translation of a sequence's subsegment. + + Here "graphical" means that the amino acid sequence is always given + left-to-right, as it will appear under the sequence in the plot. This matters + when the location is on the -1 strand. In this case, the amino-acids are + determined by (part of) the reverse-complement of the sequence, however + the sequence returned will be the mirror of the translated sequence, as + this is the left-to-right order in which the codons corresponding to the + amino-acids appear in the sequence. + + Parameters + ---------- + sequence + An "ATGC" string. + + location + Either (start, end) or (start, end, strand), with strand in (0, 1, -1). + + long_form + if True, a list of 3-letter amino acid representations is returned instead + (['Ala', 'Ser', ...]). + + """ + if len(location) == 3: + start, end, strand = location + else: + start, end = location + strand = 1 + subsequence = sequence[start:end] + if strand == -1: + subsequence = reverse_complement(subsequence) + translation = translate(subsequence, long_form=long_form) + if strand == -1: + translation = translation[::-1] + return translation + + +def load_record(path): + """Load a Genbank file """ + if isinstance(path, str): + # Input is a file path + if path.lower().endswith('.gff'): + return list(GFF.parse(path))[0] + else: + return SeqIO.read(path, "genbank") + else: + # Input is a file-like object + try: + return SeqIO.read(path, "genbank") + except: + path.seek(0) + return list(GFF.parse(path))[0] + + +def annotate_biopython_record( + seqrecord, + location="full", + feature_type="misc_feature", + margin=0, + **qualifiers +): + """Add a feature to a Biopython SeqRecord. + + Parameters + ---------- + + seqrecord + The biopython seqrecord to be annotated. + + location + Either (start, end) or (start, end, strand). (strand defaults to +1) + + feature_type + The type associated with the feature + + margin + Number of extra bases added on each side of the given location. + + qualifiers + Dictionnary that will be the Biopython feature's `qualifiers` attribute. + """ + if location == "full": + location = (margin, len(seqrecord) - margin) + + strand = location[2] if len(location) == 3 else 1 + seqrecord.features.append( + SeqFeature( + FeatureLocation(location[0], location[1], strand), + qualifiers=qualifiers, + type=feature_type, + ) + ) + + +def find_narrowest_text_wrap(text, max_line_length): + """Wrap the text into a multi-line text minimizing the longest line length. + + This is done by first wrapping the text using max_line_length, then + attempt new wraps by iteratively decreasing the line_length, as long as the + number of lines stays the same as with max_line_length. + """ + narrowest_wrap = textwrap.wrap(text, max_line_length) + narrowest_width = max([len(l) for l in narrowest_wrap]) + for line_length in range(max_line_length - 1, 0, -1): + wrap = textwrap.wrap(text, line_length) + if len(wrap) <= len(narrowest_wrap): + width = max([len(l) for l in wrap]) + if width < narrowest_width: + narrowest_wrap = wrap + narrowest_width = width + else: + break + return "\n".join(narrowest_wrap) diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/compute_features_levels.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/compute_features_levels.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,75 @@ +"""Implements the method used for deciding which feature goes to which level +when plotting.""" + +import itertools +import math + + +class Graph: + """Minimal implementation of non-directional graphs. + + Parameters + ---------- + + nodes + A list of objects. They must be hashable + edges + A list of the form [(n1,n2), (n3,n4)...] where (n1, n2) represents + an edge between nodes n1 and n2 + """ + + def __init__(self, nodes, edges): + self.nodes = nodes + self.neighbors = {n: [] for n in nodes} + for n1, n2 in edges: + self.neighbors[n1].append(n2) + self.neighbors[n2].append(n1) + + +def compute_features_levels(features): + """Compute the vertical levels on which the features should be displayed + in order to avoid collisions. + + `features` must be a list of `dna_features_viewer.GraphicFeature`. + + The method used is basically a graph coloring: + - The nodes of the graph are features and they will be colored with a level + - Two nodes are neighbors if and only if their features's locations overlap + - Levels are attributed to nodes iteratively starting with the nodes + corresponding to the largest features. + - A node receives the lowest level (starting at 0) that is not already + the level of one of its neighbors. + """ + edges = [ + (f1, f2) + for f1, f2 in itertools.combinations(features, 2) + if f1.overlaps_with(f2) + ] + graph = Graph(features, edges) + levels = { + n: n.data.get("fixed_level", None) + for n in graph.nodes + } + + def collision(node, level): + """Return whether the node placed at base_level collides with its + neighbors in the graph.""" + line_factor = 0.5 + nlines = node.data.get("nlines", 1) + for neighbor in graph.neighbors[node]: + neighbor_level = levels[neighbor] + if neighbor_level is None: + continue + neighbor_lines = neighbor.data.get("nlines", 1) + min_distance = line_factor * (nlines + neighbor_lines) + if abs(level - neighbor_level) < min_distance: + return True + return False + + for node in sorted(graph.nodes, key=lambda f: -f.length): + if levels[node] is None: + level = 0 + while collision(node, level): + level += 0.5 + levels[node] = level + return levels diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/version.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/version.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ +__version__ = "3.0.1" diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/linear_genome_plot.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/linear_genome_plot.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,281 @@ +#!/usr/bin/env python +from Bio import SeqIO +from dna_features_viewer import BiopythonTranslator, GraphicRecord +from matplotlib import rc_context +import matplotlib +import matplotlib.pyplot as plt +from itertools import cycle +import re +import sys +import argparse + +class CPTTranslator(BiopythonTranslator): + """ + This is a customized translator from the dna_features_viewer module to fit Galaxy + """ + + global custom_feature_colors + global box_status + global label_fields + global custom_name_colors + global ignored_features_types + global ignored_gene_labels + global ignored_feature_labels + + def compute_feature_color(self, feature): + if feature.type == "CDS": + if "product" in feature.qualifiers: + color_specific = any(re.search(("(\\b"+str(item)+"\\b)"),feature.qualifiers["product"][0]) for item in custom_name_colors.keys()) or any(re.search((item),feature.qualifiers["product"][0]) for item in custom_name_colors.keys()) + if color_specific: + try: + return custom_name_colors[feature.qualifiers["product"][0]] + except KeyError: + for item in custom_name_colors.keys(): + if item in feature.qualifiers["product"][0]: + custom_name_colors[feature.qualifiers["product"][0]] = custom_name_colors[item] + return custom_name_colors[feature.qualifiers["product"][0]] + #print(feature.qualifiers["product"][0]) + else: + try: + return custom_feature_colors[feature.type] + except KeyError: + return BiopythonTranslator.compute_feature_color(self, feature) + else: + if feature.type not in ignored_features_types: + try: + return custom_feature_colors[feature.type] + except KeyError: + return BiopythonTranslator.compute_feature_color(self, feature) + + def compute_feature_label(self, feature): # remove the chop_blocks + self.label_fields = label_fields + if feature.type == "CDS": + if "product" in feature.qualifiers: + if ignored_gene_labels: # product name drop + verify_chops = any(re.search(("(\\b"+str(item)+"\\b)"),feature.qualifiers["product"][0]) for item in ignored_gene_labels) or any(re.search((item), feature.qualifiers["product"][0]) for item in ignored_gene_labels) + if verify_chops: + return None + else: + return BiopythonTranslator.compute_feature_label(self, feature) + else: + return BiopythonTranslator.compute_feature_label(self, feature) + elif feature.type in ignored_feature_labels: + return None + else: + return BiopythonTranslator.compute_feature_label(self, feature) + + def compute_filtered_features(self, features): + return [ + feature for feature in features if feature.type not in ignored_features_types + ] + + def compute_feature_legend_text(self, feature): + return feature.type + + def compute_feature_box_color(self, feature): + if feature.type == "CDS": + return "white" + + def compute_feature_label_link_color(self, feature): + return "black" + + def compute_feature_box_linewidth(self, feature): + if box_status: + return 0.5 + else: + return 0 + +def parse_gbk(file): + """ simple function to parse out the feature information AND products """ + + record = SeqIO.read(file,"genbank") + count = 0 + feature_types = {} + product_names = [] + for feat in record.features: + if feat.type not in feature_types: + feature_types[feat.type] = 1 + else: + feature_types[feat.type] += 1 + if "product" in feat.qualifiers: + product_names.append(feat.qualifiers["product"][0]) + + return feature_types, product_names, record + +if __name__ == "__main__": + parser = argparse.ArgumentParser(description="Linear Genome Plot") + # Input and Parameters + parser.add_argument("input_file",type=argparse.FileType("r"),help="genbank or gff3 file") + parser.add_argument("--plot_width",type=int,default=20) + #parser.add_argument("--plot_height",type=int,default=4) + parser.add_argument("--title",type=str,default="genome plot") # NEED TO ADD TO XML + parser.add_argument("--common_features_excluded", default="", help="common features to be excluded") + parser.add_argument("--features_excluded",default="",help="features to be excluded from plot, separate by commas") + parser.add_argument("--common_ignore_feature_labels", default="", help="common feature labels to be excluded") + parser.add_argument("--ignored_feature_labels",default="",help="ignore labeling of specific features") + parser.add_argument("--common_ignore_product_labels", default="", help="common product names to not label") + parser.add_argument("--ignore_labeling",default="",help="labeling for specific products to ignore, separate by commas") + parser.add_argument("--feature_label_order",default="locus_tag",help="label order, where the first choice is the first feature listed to pull name labels from") # NEED TO ADD TO XML + parser.add_argument("--label_box",action="store_true",help="Use to have label box around feature labels") + parser.add_argument("--label_algo",action="store_true",help="use dna features spacing algo for label placement (in or above feature)") + #parser.add_argument("--level_offset",type=int,default=0,help="All features and annotations will be pushed up by the input amount. Useful for when plotting several sets of features successively on the same axis.") # Will exclude for now + #parser.add_argument("--custom_region",action="store_true",help="cropped region for plot") + parser.add_argument("--sz",type=int,help="beginning location for crop") + parser.add_argument("--ez",type=int,help="end location for crop") + parser.add_argument("--st",type=int,help="start site of translation") + parser.add_argument("--et",type=int,help="end site of translation") + parser.add_argument("--translation_on",action="store_true",help="plot the translation sub-axis") + parser.add_argument("--feature_id",nargs="*",action="append",help="feature label to have custom color") # NEED TO ADD TO XML + parser.add_argument("--feature_id_color",nargs="*",action="append",help="feature's accompanying color") + parser.add_argument("--gene_id",nargs="*",action="append",help="gene/cds label to have custom color") + parser.add_argument("--gene_id_color",nargs="*",action="append",help="gene/cds's accompanying color") + parser.add_argument("--multiline",action="store_true",help="Plot multiline plot") + parser.add_argument("--nucl_per_line",type=int,help="nucleotides per line of multiline") + # Output + parser.add_argument("--file_stats",type=argparse.FileType("w"),default="out_stats.txt",help="output stat file") + #parser.add_argument("--tmp_img",dest="tmp_img",type=argparse.FileType("wb"),default="out_tmp.svg") + parser.add_argument("--out_img",dest="out_img",type=argparse.FileType("wb"),default="out_img.svg",help="svg genome plot") + args = parser.parse_args() + + + ## Part I ; Parse and send output of features count and the list of product names + feature_counts, products, genome = parse_gbk(args.input_file) + with args.file_stats as f: + f.writelines("---::: FILE BREAKDOWN :::---\n\n") + f.writelines("------::: Feature Count :::------\n") + for feature, count in feature_counts.items(): + f.writelines(f"Feature: {feature} ::::: Count: {count}\n") + f.writelines("------::: Product Names :::------\n") + if products != []: + for product in products: + f.writelines(f"Product Name: {product}\n") + else: + f.writelines("No Annotated Product Names Found") + + ## Part II ; Prep Global Variables + ## Make K:V pairs for Feature Colors + if args.label_box: + box_status = True + else: + box_status = False + + if args.feature_id: + feature_ids = [f for listed_obj in args.feature_id for f in listed_obj] + feature_ids_colors = [f for listed_obj in args.feature_id_color for f in listed_obj] + custom_feature_colors = dict(zip(feature_ids,feature_ids_colors)) + else: + custom_feature_colors = {} + + ## Make K:V pairs for Name Colors (as above) + if args.gene_id: + gene_ids = [g for listed_obj in args.gene_id for g in listed_obj] + gene_ids_colors = [g for listed_obj in args.gene_id_color for g in listed_obj] + custom_name_colors = dict(zip(gene_ids,gene_ids_colors)) + else: + custom_name_colors = {} + + ## Ignored Features + #ignored_features_types = str.split(args.features_excluded,",") + if args.common_features_excluded: + ignored_features_types = str.split(args.common_features_excluded, ",") + if args.features_excluded: + ignored_features_types += str.split(args.features_excluded,",") + elif args.features_excluded: + ignored_features_types = str.split(args.features_excluded,",") + else: + ignored_features_types = False + + print(ignored_features_types) + + ## product labels + if args.common_ignore_product_labels: + ignored_gene_labels = str.split(args.common_ignore_product_labels,",") + if args.ignore_labeling: + ignored_gene_labels += str.split(args.ignore_labeling,",") + elif args.ignore_labeling: + ignored_gene_labels = str.split(args.ignore_labeling,",") + else: + ignored_gene_labels = False + + print(ignored_gene_labels) + + if args.feature_label_order != ['']: + label_fields = str.split(args.feature_label_order,",") + + #if ignored_gene_labels == ['']: + # ignored_gene_labels = False + + ## Ignored Labeling + if args.common_ignore_feature_labels: + ignored_feature_labels = str.split(args.common_ignore_feature_labels,",") + if args.ignored_feature_labels: + ignored_feature_labels += str.split(args.ignored_feature_labels,",") + elif args.ignored_feature_labels: + ignored_feature_labels = str.split(args.ignored_feature_labels,",") + else: + ignored_feature_labels = False + + print(ignored_feature_labels) + ## Print Statements for Debugging + #print(custom_feature_colors) + #print(custom_name_colors) + #print(ignored_features_types) + #print(ignored_gene_labels) + #print(label_fields) + + ## Part III ; PLOT + # Housekeeping + rc_context({"font.family": ["monospace"],}) # courier-like + matplotlib.use('Agg') # I think this has to be used... + + if args.label_algo: + lab_algo = True + else: + lab_algo = False + + translator = CPTTranslator() + graphic_record = translator.translate_record(genome) + + with open("tmp.svg", "wb") as img: + img.truncate(0) + img.close() + + if args.sz and not args.multiline: # if user is wanting to look at a subset region of the genome + zoom_start, zoom_end = args.sz, args.ez + cropped = graphic_record.crop((zoom_start,zoom_end)) + ax, _ = cropped.plot(figure_width=args.plot_width, annotate_inline=lab_algo,figure_height=None) + if args.translation_on: + crop_seq = (args.st - 1, args.et) + cropped.plot_translation(ax, location=crop_seq, fontdict={'size':8, 'weight':'bold'},y_offset=1) + ax.set_title(args.title) + # Galaxy specific shenanigans + tmp_fig = "./tmp.svg" + plt.savefig(tmp_fig) + plt.close() + elif args.multiline: + if args.sz: + zoom_start, zoom_end = args.sz, args.ez + else: + zoom_start, zoom_end = 1, graphic_record.sequence_length + cropped = graphic_record.crop((zoom_start,zoom_end)) + ax, _ = cropped.plot_on_multiple_lines( + figure_width=args.plot_width, + annotate_inline=lab_algo, + figure_height=None, + nucl_per_line=args.nucl_per_line, + plot_sequence=False + ) + #ax.set_title(args.title) + tmp_fig = "./tmp.svg" + plt.savefig(tmp_fig) + plt.close() + else: + ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=args.plot_width, annotate_inline=lab_algo) + ax.set_title(args.title) + tmp_fig = "./tmp.svg" + # Galaxy specific shenanigans + plt.savefig(tmp_fig) + plt.close() + with open("tmp.svg", "rb") as img: + for line in img: + args.out_img.write(line) diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/linear_genome_plot.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/linear_genome_plot.xml Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,289 @@ + + Linear Genome Plot + + macros.xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + https://doi.org/10.1101/2020.01.09.900589 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Ross}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2020-}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/macros.xml Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,19 @@ + + + + + python + biopython + cpt_gffparser + pandas + matplotlib + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/test-data/Mu50-profile.xml.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/test-data/Mu50-profile.xml.xml Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,8 @@ + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 621754dd31f8 cpt_linear_genome_plot/test-data/Mu50.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_linear_genome_plot/test-data/Mu50.sam Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,50001 @@ +@SQ SN:S.aureusMu50-plasmid-AP003367.gbk LN:25107 +r1.1 4 * 0 0 * * 0 0 GTTACCTCTTGCTCTAGTCTGATTCTAAACCTTTTTTTAGTTCTTTCGCTTAATAAGTTACCTCTAATTCAGCAAAACGCTACTCGATCATTGTAAAAAACATCTTTCCCATTGGGTCTTTTGTATTGATATTCATATCAATAATTTGTAATTCAATACTTATTATTTTCTAACCATTGGGCTAAATCTATCAGTTGCTTAGTAGTCCTGCCTAATCTATCTAGCTTGAAATAACTAAAGTGTCGCCTTCACGTAAATAATCTAAACTATTTATCTAGTTC * +r2.1 4 * 0 0 * * 0 0 TAAAAAAGAAAGTCTTTCCGTTTTTCTTAATAGTTATTAGGTTATTTCCGTATTGATCTGTTATAGAGCCATACACGGTATTATTGTCTTTATTTTTTATTCAATATTACTTTTAATTTTTTGTATTTGCTCATTGTATTGTTCTTGATTTTCTTTACTTTTAACTAAATAACACAAAGTTTTTAGCATCATTTTCAGATAAAGTTTCTTCTTTATTAGTATAACTTTTTAGCAATACTATTGTAGTCACTTATGTCTGTACTAATTTTTCAAATTCTTTAACGTTGTCCTTTAGCATTATTCAAACTGATTAAATAG * +r3.1 4 * 0 0 * * 0 0 GGTACGAAGATATATTAAATTGATTTTTGAATTTTTGAAAAAAGAAAGAAATAGCTAATGCAGTTACTTTTAGACCCTCATAAAAATAATCCAAGAGACAATAAGGGCATACCAAAAAATCTGGGTTTTAGAATTATTGAAGTATTGCCAGAACATGAATTACACGAGGGCAAAAAAGAAGATTGTTATTTAATGGAATATAGATATGATGATAATGCCACAAATGTTAAGGCAATGAAAATATTTAACTTGAGCATTACTTTGATAATTTCAAAGTAGATAG * +r4.1 4 * 0 0 * * 0 0 TAATCATCTAAATTAGTTAAGTTATAATCAAATTCAGAATCATACTAGTACTTATAATATGTGGTGTTTGATATTTTTTCGTTAGAATCGTCTAAATCATAAACTGGTTGAGTATACACTTCGTTATAGAAATTATTTTCTACTAGACGTAAACTTACCTACTATCGCTTTTTATTAGTACATATCTCTTTGATCATTCATTTGTTTATCACTTGCTGGCACAAAATAAAATTCAGAATTTAGTTCATAATCGGTGTTGTTCAAAAATTTCCTCGGGGTGTAA * +r5.1 4 * 0 0 * * 0 0 TATAAATGTTTTCTTTAAACCAAAGCTAATTTACCACATTGGGTTAAGTTTCTTATTATTAAAGAAGAACTTTGTATGATTTCAACTGCTTACTATCTTCTCATTTGGTTATTTCTCTCTTGTTTCTTCTTCTTTTTCTAGATGATTAATATTGTTTTGCTTTTCAGTTTCGTTCGCATAGTACATAAGAAAGTCACTAGCATTTATCGTTGGTAAATTAATGTGATTAGTTTGTTCATTTTCATGTTCAATACGATTGTCATGTATCATTTCTATCTACG * +r6.1 4 * 0 0 * * 0 0 AGAATAATTGTATAACACAATACAGCCATTTAAATTTCGCAAGATTTTTTGTTGTAATATGTAAAAAAAATAGATTATAATCCTTATAGACCGATCGCACGGTCTATAAGGATTGGAGGGGAACTTAAATGATTTCATTTTTTACAAAAACTACTGATATGATGACATCAAAAAAAAGATGGACTGCACTAGTAGTATTAGCTGTTAGTTTGTTTGTTGTTACAATAGGATATGACAATATTAATTATGGCTTTACCGGAATTAGTAAGAGAGTTAGAGCCTTC * +r7.1 4 * 0 0 * * 0 0 AAATGAGAGAATAATTTTCTAAATTCATTACGCTTTTGGGTATCGAAAAATCACTAAGATGTATATCGAGTAATTTTTTCAAAAAAAACATCAATTTTGCTCTTGTGCTCTTTGAGCCAAACGTCGCAAACTTTTCCAACTTCTCTATTAGATATTACTTTAATAAGGTTTGGGTCTATATATTGAAGAGTGTCTTCTTCAATAGAAATATTTAAATAATCAGTTGATTAGCATCATGATTGAATTTGGTACATACTAGTGTCACTCATA * +r8.1 4 * 0 0 * * 0 0 TCATGTAACTTAAAAAATAGATGAAAGTTGCTACTTAGTGCTCCTAAAAATATAGTTATAGTTAAGTTCTACATCAAATATTTTAAAAATATCTGCTCTATTCATCAGTTAATCACTCCTTTCAAGGTTTATTAATACTAATAAATTATTAGATATAGGTATATCATATTATTAATTTAAGAAAATTGTCTTTATAATTTTACTTAATAATAAAAAAGTAGAACCATTTAAATTAATGGTTCTACTTTTTTAACTAGTTACTAATTTTAAAAATAAACGTAATCTACAATATCTAAAAATATATGTTTAGTAC * +r9.1 4 * 0 0 * * 0 0 TATTGGTTATGCTCGTGTATCTACCAGAGATCAAAGTTTAGATTTACAAATAGACGCTTTTGAGTAATTTTCGGTTGTGAGAAAATATTTAGCGAAAAACGTTAGTGGGCGTAAAGTAAATAGAACTGAACTAGATAAATGTTTAGATTATTTACTGAAGGCGACACTTTAGTTATTTTACAAGCGTAGATAGATTAGGCAGGACTACTAAGCAACTGATAGATTTAGCCCAATGGTTAGAAATAATAATTATTGAATTACAAATTATTGATATGAATATCAA * +r10.1 4 * 0 0 * * 0 0 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Mol. Biol. 317 (3), 337-359 (2002) + PUBMED 11922669 +REFERENCE 2 (bases 1 to 36717) + TITLE Direct Submission + JOURNAL Submitted (05-MAY-2009) National Center for Biotechnology + Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA +REFERENCE 3 (bases 1 to 36717) + AUTHORS Morgan G, Hatfull G, Hendrix R. + TITLE Direct Submission + JOURNAL Submitted (13-AUG-1998) Pittsburgh Bacteriophage Institute and + Department of Biological Sciences, University of Pittsburgh, + Pittsburgh, PA 15260, USA +REFERENCE 4 (bases 1 to 36717) + AUTHORS . + TITLE Direct Submission + JOURNAL Exported Wednesday, Jun 3, 2020 from SnapGene 5.1.3 + https://www.snapgene.com +COMMENT SGRef: number: 1; type: "Journal Article"; journalName: "J. 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IPR004189, IPR015378 which are Mu-type HTH + domain, Mu DNA binding I gamma subdomain, and transposase + domains" + /db_xref="GeneID:2636292" + /protein_id="NP_050607.1" + /translation="MELWVSPKECANLPGLPKTSAGVIYVAKKQGWQNRTRAGVKGGKA + IEYNANSLPVEAKAALLLRQGEIETSLGYFEIARPTLEAHDYDREALWSKWDNASDSQR + RLAEKWLPAVQAADEMLNQGISTKTAFATVAGHYQVSASTLRDKYYQVQKFAKPDWAAA + LVDGRGASRRNVHKSEFDEDAWQFLIADYLRPEKPAFRKCYERLELAAREHGWSIPSRA + TAFRRIQQLDEAMVVACREGEHALMHLIPAQQRTVEHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFN + GDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTRG + AANKWLTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWTSVVAGKGWGQAKPVERAFGVGG + LEEYVDKHPALAGAYTGPNPQAKPDNYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMC + GGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNV + YYNMALMNAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECLAPVAFNDAAAGREYRR + RQKQLKSATKAAIKAQKQMDALEVAELLPQIAEPAAPESRIVGIFRPSGNTERVKNQER + DDEYETERDEYLNHSLDILEQNRRKKAI" + gene 3346..4296 + /locus_tag="Mup04" + /label=Mup04 + /db_xref="GeneID:2636257" + RBS 3346..3350 + /locus_tag="Mup04" + CDS 3358..4296 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup04" + /product="AAA-ATPase DNA transposition protein" + /label=Mup04 + /note="B or MuB or ATP-dependent target DNA activator B; + see PMIDs 1646076, 11060014, 23776210, 12791691 and many + more; contains InterPro domains IPR003593 and IPR009084 + for AAA+ ATPase domain and B transposition protein + C-terminal region" + /db_xref="GeneID:2636257" + /protein_id="NP_050608.1" + /translation="MNISDIRAGLRTLVENEETTFKQIALESGLSTGTISSFINDKYNG + DNERVSQMLQRWLEKYHAVAELPEPPRFVETQTVKQIWTSMRFASLTESIAVVCGNPGV + GKTEAAREYRRTNNNVWMITITPSCASVLECLTELAFELGMNDAPRRKGPLSRALRRRL + EGTQGLVIIDEADHLGAEVLEELRLLQESTRIGLVLMGNHRVYSNMTGGNRTVEFARLF + SRIAKRTAINKTKKADVKAIADAWQINGEKELELLQQIAQKPGALRILNHSLRLAAMTA + HGKGERVNEDYLRQAFRELDLDVDISTLLRN" + gene 4299..4539 + /locus_tag="Mup05" + /label=Mup05 + /db_xref="GeneID:2636299" + RBS 4299..4303 + /locus_tag="Mup05" + CDS 4315..4539 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup05" + /product="protein kil" + /label=Mup05 + /note="Mup05 also known as cim for control of immunity; + see PMIDs 6234699, 2531953, 6237246" + /db_xref="GeneID:2636299" + /protein_id="NP_050609.1" + /translation="MARNIKMATDAQNWLQARGSHVNESYLGVARPILEITYPPVELVK + NAVRIMEHKSGVARSVWTARLNGCQIIWR" + gene 4532..4772 + /locus_tag="Mup06" + /label=Mup06 + /db_xref="GeneID:2636264" + RBS 4532..4535 + /locus_tag="Mup06" + CDS 4542..4772 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup06" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup06 + /note="gp6; previously called E5" + /db_xref="GeneID:2636264" + /protein_id="NP_050610.1" + /translation="MCIKAEKYIEWVKHCQCHGVPLTTYKCPGCGEQIMTQCSPEKEIR + DSLTCCPWCSAVFFKQVKGAKVKASAVIQNQ" + gene 4772..5047 + /locus_tag="Mup07" + /label=Mup07 + /db_xref="GeneID:2636268" + RBS 4772..4775 + /locus_tag="Mup07" + CDS 4784..5047 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup07" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup07 + /note="gp7; previously called E6" + /db_xref="GeneID:2636268" + /protein_id="NP_050611.1" + /translation="MAKVIIEIKNTVSGIKGRNLRTSIAVDGSAELDGDEGTLAGMVAL + LVLNKSQKIINESAHEAIEILKNDGVITSGRVTEMAVEKTCH" + gene 5049..5481 + /locus_tag="Mup08" + /label=Mup08 + /db_xref="GeneID:2636279" + RBS 5049..5052 + /locus_tag="Mup08" + CDS 5062..5481 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup08" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup08 + /note="gp8; previously called E7" + /db_xref="GeneID:2636279" + /protein_id="NP_050612.1" + /translation="MNVKIRNEIQALIRIQERNNNGGELREFICAREVDGYGEKTYLIT + FDHYSICARYCGESISRAIASGDAFNVDLWEYVMDREYICASDPEAREMWQRIWRDYRL + MAKGWARCCYSSLALKAVQLSLRHIPASLREPLLY" + gene 5484..5781 + /locus_tag="Mup09" + /label=Mup09 + /db_xref="GeneID:2636278" + RBS 5484..5486 + /locus_tag="Mup09" + CDS 5494..5781 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup09" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup09 + /note="gp9; previously called E8" + /db_xref="GeneID:2636278" + /protein_id="NP_050613.1" + /translation="MVTDMKCNRKRWSREDREFIEANVGKMTVEEMAEKLKVATTALRA + HARRHGISLCVYRISEHDKYLCRELYKEGLDIHVIARKMELSNRAVSSIVYSGY" + gene 5787..6325 + /locus_tag="Mup10" + /label=Mup10 + /db_xref="GeneID:2636288" + RBS 5787..5791 + /locus_tag="Mup10" + CDS 5801..6325 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup10" + /product="host nuclease inhibitor Gam" + /label=Mup10 + /note="inhibition of exonuclease digestion of Mu DNA; see + PMIDs 2945162 and 12524520" + /db_xref="GeneID:2636288" + /protein_id="NP_050614.1" + /translation="MAKPAKRIKSAAAAYVPQNRDAVITDIKRIGDLQREASRLETEMN + DAIAEITEKFAARIAPIKTDIETLSKGVQGWCEANRDELTNGGKVKTANLVTGDVSWRV + RPPSVSIRGMDAVMETLERLGLQRFIRTKQEINKEAILLEPKAVAGVAGITVKSGIEDF + SIIPFEQEAGI" + gene 6412..6954 + /locus_tag="Mup11" + /label=Mup11 + /db_xref="GeneID:2636297" + RBS 6412..6415 + /locus_tag="Mup11" + CDS 6424..6954 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup11" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup11 + /note="gp11; combines what was previously E10, E11, + andE12; those seqeuces either have frameshift sequencing + errors or there is strain variation" + /db_xref="GeneID:2636297" + /protein_id="NP_050615.1" + /translation="MVDAKILNGVSTLLRAYGRLTCGVLAEKMNMLPSSMVYFLRDAVD + AGVLTECNGFYDVPRPRPTPPVRRNATEQPAVDDAVWCNWRRSLPWVEGNTIPALAKEF + ATGVLTCESVHIVAEVDNRMCEQGMPRFVMAYIDIRLGRFICSSSVWNITDHVLRYLIL + DCSPAPAAVQEVA" + gene 6941..7484 + /locus_tag="Mup12" + /label=Mup12 + /db_xref="GeneID:2636294" + RBS 6941..6947 + /locus_tag="Mup12" + CDS 6954..7484 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup12" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup12 + /note="gp12; previously called E13" + /db_xref="GeneID:2636294" + /protein_id="NP_050616.1" + /translation="MFFKTSNPAALLAWDQFMADCLKLREEARHLDKVLGCGCRSVFST + SIGGRYFHGVNFPGNERPFSRELWTVQRPASGNSCRPRTSRIPAHLREQARELAKIWQE + NIPVTYARTDALLPALGLDFSATIFGPLQWFRVGDVIYVMTGMTPAQGRMTEILSDEFI + RAQKQAEVNNGKQ" + gene 7460..7653 + /locus_tag="Mup13" + /label=Mup13 + /db_xref="GeneID:2636290" + RBS 7460..7465 + /locus_tag="Mup13" + CDS 7471..7653 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup13" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup13 + /note="gp13; previously called E14" + /db_xref="GeneID:2636290" + /protein_id="NP_050617.1" + /translation="MENNKTSYSWLGKFTTVKQECPTCGNESPEYLKECPHCGGLKCNH + CDMGDDTACMNCEGE" + gene 7644..7957 + /locus_tag="Mup14" + /label=Mup14 + /db_xref="GeneID:2636262" + RBS 7644..7647 + /locus_tag="Mup14" + CDS 7655..7957 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup14" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup14 + /note="gp14; previously called E15 which has an different + earlier start site" + /db_xref="GeneID:2636262" + /protein_id="NP_050618.1" + /translation="MNNETKFTPLNIDNVMAEKGMLERVRAIVEYGIKHNLTAREVRDI + INREMNRLETVVALQNETAREEYIRRRLGLSDQDIVTDAHVFEAFEIRQHLGLTN" + gene complement(7896..8171) + /locus_tag="Mup15" + /label=Mup15 + /db_xref="GeneID:2636284" + CDS complement(7896..8162) + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup15" + /product="uncharacterized protein" + /note="overlaps a potential coding sequence on opposite + strand" + /note="gp15" + /label=Mup15 + /db_xref="GeneID:2636284" + /protein_id="NP_050619.1" + /translation="MENNVQPYDVAGYAIASALVRLLVKKAIITAEEGKAIFSSSAEIL + KDAPAMRTSRREKLQLSKIMEDIISSLDPDADGSQKPQTHERQ" + gene 7943..8127 + /locus_tag="Mup15r" + RBS 7943..7945 + /locus_tag="Mup15r" + CDS 7960..8127 + /locus_tag="Mup15r" + /product="hypothetical protein" + /note="unsure, but this is a plus strand protein between + 14 and 16 that could replace the 15 that overlaps 14 in + the opposite orientation" + /transl_table=11 + /translation="MSSMIFDSCSFSRRLVLIAGASFKISAEELKMALPSSAVMIAFF + TRRRTSADAIA" + RBS complement(8168..8171) + /locus_tag="Mup15" + gene 8221..8784 + /locus_tag="Mup16" + /label=Mup16 + /db_xref="GeneID:2636256" + RBS 8221..8226 + /locus_tag="Mup16" + CDS 8233..8784 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup16" + /product="protein GemA" + /label=Mup16 + /note="gp16; also called E16 and GemA for gene expression + modulation; see PMIDs 2543906 and 11278077" + /db_xref="GeneID:2636256" + /protein_id="NP_050620.1" + /translation="MSRTSLIKLIHVARRELQLDDDTYRAFLMQKTGKISCRELTVTQL + EQVLGAMKERGFKKQNKYPRRRFKGHVTPREKVYKIWQQMAEDGFITDGGDVALDKYVQ + RLTAKRNGGQGVSTLAWCHGDTLLTVLETLKQWHIRCIREAFSRHGLPLPVSPSGRELR + GYDAMTAAYAHARKTRRMAQ" + gene 8768..9170 + /locus_tag="Mup17" + /label=Mup17 + /db_xref="GeneID:2636272" + RBS 8768..8772 + /locus_tag="Mup17" + CDS 8781..9170 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup17" + /product="middle operon regulator Mor" + /label=Mup17 + /note="Mor, positive regulator of the middle operon, also + called E17 and formerly gemB; see PMIDs 2173258, 8790343 + and 9454718 and structures in PMIDs 14729670 and 21859715" + /db_xref="GeneID:2636272" + /protein_id="NP_050621.1" + /translation="MTEDLFGDLQDDTILAHLDNPAEDTSRFPALLAELNDLLRGELSR + LGVDPAHSLEIVVAICKHLGGGQVYIPRGQALDSLIRDLRIWNDFNGRNVSELTTRYGV + TFNTVYKAIRRMRRLKYRQYQPSLL" + gene 9235..9466 + /locus_tag="Mup18" + /label=Mup18 + /db_xref="GeneID:2636281" + RBS 9235..9238 + /locus_tag="Mup18" + CDS 9248..9466 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup18" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup18 + /note="E18" + /db_xref="GeneID:2636281" + /protein_id="NP_050622.1" + /translation="MGKGWNASFHLGRRERLRQEVLHRVAGGPRPAPRDYTGHDGTHGS + YYMKGWQSVDMPEILHHCLLYREKHYV" + gene 9448..9821 + /locus_tag="Mup19" + /label=Mup19 + /db_xref="GeneID:2636295" + RBS 9448..9451 + /locus_tag="Mup19" + CDS 9459..9821 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup19" + /product="pinholin" + /label=Mup19 + /note="E19; N-in C-in 4 transmembrane domain protein + predicted by Phobius and TMHMM" + /db_xref="GeneID:2636295" + /protein_id="NP_050623.1" + /translation="MSERSARQWPDFLSVVLLALLLWISLFCGWRALMFCCASVFSVAL + CVAADCLDALIMSCRVPEHFARFVWPLTWLGSLSGLGLAVMATSQLKTGPEHVIWALAG + LLTFWLSFRFRARLFG" + gene 9816..9950 + /locus_tag="Mup20" + /label=Mup20 + /db_xref="GeneID:2636298" + RBS 9816..9819 + /locus_tag="Mup20" + CDS 9831..9950 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup20" + /product="antiholin" + /label=Mup20 + /note="gp20; N-in C-out 1 transmembrane domain predicted + by Phobius and TMHMM" + /db_xref="GeneID:2636298" + /protein_id="NP_050624.1" + /translation="MYRKFSDECFGPSTLINAIKVIALVVLITISAVVYLSVC" + gene 9953..10385 + /locus_tag="Mup21" + /label=Mup21 + /db_xref="GeneID:2636301" + RBS 9953..9957 + /locus_tag="Mup21" + CDS 9963..10385 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup21" + /product="transcription regulator C" + /label=Mup21 + /note="C late protein transcriptional activator; contains + InterPro domain IPR014875 for the Mor transcription + activator" + /note="/color=192 192 192" + /db_xref="GeneID:2636301" + /protein_id="NP_050625.1" + /translation="MQHDLFEHDPAIRQLIGHIDNIPAPELESRWPRSVVDLIDVLENE + LKRQNVSNPRELARKQAVALSCFLGGRQFYIPCGDTILTALRDDLLYCQFNGRNMEELR + RQYRLSQPQIYQIIARQRKLHTRRHQPDLFSPETPK" + gene 10469..10995 + /locus_tag="Mup22" + /label=Mup22 + /db_xref="GeneID:2636261" + RBS 10469..10471 + /locus_tag="Mup22" + CDS 10477..10995 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup22" + /product="SAR endolysin" + /label=Mup22 + /note="Lys gp22; catalytic residues E37, D46, T52; + N-terminal signal-arrest-release domain; see PMID 4576742; + contains InterPro domain IPR002196 for lysozyme of the + Glycoside hydrolase family 24" + /db_xref="GeneID:2636261" + /protein_id="NP_050626.1" + /translation="MMAGIPKKLKAALLAVTIAGGGVGGYQEMTRQSLIHLENIAYMPYR + DIAGVLTVCVGHTGPDIEMRRYSHAECMALLDSDLKPVYAAIDRLVRVPLTPYQKTALA + TFIFNTGVTAFSKSTLLKKLNAGDYAGARDQMARWVFAAGHKWKGLMNRREVEMAIWNI + RGADDLRQ" + gene 10970..11365 + /locus_tag="Mup23" + /label=Mup23 + /db_xref="GeneID:2636265" + RBS 10970..10973 + /locus_tag="Mup23" + CDS 10979..11365 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup23" + /product="i-spanin" + /label=Mup23 + /note="gp23 inner membrane spanin subunit; 1 transmembrane + domain N-in C-out" + /db_xref="GeneID:2636265" + /protein_id="NP_050627.1" + /translation="MTFASKSLLLAAVFTAVLSGGLWHRLDSTRHDNQTLRRELQTEQQ + ARHTAEWLLHGQEQTMQVFSAIRAANRAARLADETEHHDAKEKITTAITGDNCSTRPVP + AVAADRLRELEKRTRAIGGDPARN" + gene 11091..11567 + /locus_tag="Mup23a" + misc_feature 11159 + /locus_tag="Mup23" + /label=possible alternate start site for gp23 + /note="possible alternate start site for gp23" + RBS 11213..11215 + /locus_tag="Mup23a" + CDS 11226..11567 + /codon_start=1 + /locus_tag="Mup23a" + /transl_table=11 + /product="o-spanin" + /label=gp23a + /note="outer membrane spanin subunit; lipoylation site + predicted at C29 with lipobox LTGC predicted by PROSITE + PS51257" + /translation="MMQKKKLQPPLLVTIAALVLCLPLLLTGCGNSKNAPVPSVVILPE + IDTELTEATPVPPMPQPLTWGASLLWNADLLMALGQCNRDKASVREQEIRRKEIYERRP + EPGGGAAAR" + gene 11511..11718 + /locus_tag="Mup24" + /label=Mup24 + /db_xref="GeneID:2636252" + RBS 11511..11514 + /locus_tag="Mup24" + CDS 11524..11718 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup24" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup24 + /note="gp24; HHPred hit with 93 probability over all of + query and most of target to PDB entry 2KGO E. coli YbiL + UniProt P41039" + /db_xref="GeneID:2636252" + /protein_id="NP_050628.1" + /translation="MNEDQNRAVALLLAELWQGDTRDIPRPAAYDPPVLCAGCGRELRP + DVLRQQPMANYCHWCRGAE" + gene 11707..12017 + /locus_tag="Mup25" + /label=Mup25 + /db_xref="GeneID:2636263" + RBS 11707..11710 + /locus_tag="Mup25" + CDS 11718..12017 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup25" + /product="releasin" + /label=Mup25 + /note="gp25; contains InterPro domain IPR020269 domain of + unknown function 2730; N-out C-in 1 transmembrane domain + predicted by TMHMM" + /db_xref="GeneID:2636263" + /protein_id="NP_050629.1" + /translation="MDLISVLALWPYLLPVVAGGAVWAMRRSFASTERVERLENRMTEM + ETRYASIPGTEDVHEMRLRIAELSGDIRVLSQRVQSFSHQLELLLENAVNRSNS" + gene 12004..12304 + /locus_tag="Mup26" + /label=Mup26 + /db_xref="GeneID:2636255" + RBS 12004..12007 + /locus_tag="Mup26" + CDS 12014..12304 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup26" + /product="winged HTH domain-containing protein" + /label=Mup26 + /note="gp26; contains InterPro entry IPR036390 for Winged + helix DNA-binding domain superfamily" + /db_xref="GeneID:2636255" + /protein_id="NP_050630.1" + /translation="MINDILTEDRRLVILRSLMDCNNEANESILQDCLDAYGHNVSRDV + VRGQIDWLAEQQLVTVENLRGFYVVTLTSRGQDVAEGRARVAGVKRPRPRA" + gene 12306..12891 + /locus_tag="Mup27" + /label=Mup27 + /db_xref="GeneID:2636271" + RBS 12306..12310 + /locus_tag="Mup27" + CDS 12316..12891 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup27" + /product="terminase small subunit" + /label=Mup27 + /note="gp27 or D" + /db_xref="GeneID:2636271" + /protein_id="NP_050631.1" + /translation="MDRKTRGRASKVDLLPENVRKTLHEMLRDKAIPQARILEEINALI + EDAGLPDEMKLSRSGLNRYATNVEQVGHNLRQMREMTSALTAELGDKPMGETTKLILEM + ARSQLFKAMMRQIENPESDVDIDLLKNAMLAAQRLESTAMSSHRREKEIRQAFAEEAAN + AVSEELRGQDGISEELEQRIRDVLLGKA" + gene 12890..14554 + /locus_tag="Mup28" + /label=Mup28 + /db_xref="GeneID:2636303" + RBS 12890..12892 + /locus_tag="Mup28" + CDS 12899..14554 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup28" + /product="terminase large subunit" + /label=Mup28 + /note="gp28; formerly known as E; contains InterPro entry + G3DSA:3.40.50.300 for P-loop containing nucleotide + triphosphate hydrolases" + /db_xref="GeneID:2636303" + /protein_id="NP_050632.1" + /translation="MNTRENNLKALHAPRKINLREEAGLLGVDIVTDIGEAQPRNEPVF + LGYQRRWFEDESQICIAEKSRRTGLTWAEAGRNVMTAAKPKRRGGRNVFYVGSRQEMAL + EYIAACALFARAFNQLAKADVWEQTFWDSDKKEEILTYMIRFPNSGFKIQALSSRPSNL + RGLQGDVVIDEAAFHEALDELLKAAFALNMWGASVRIISTHNGVDNLFNQYIQDAREGR + KDYSVHRITLDDAIADGLYRRICYVTNQPWSPEAEKAWRDGLYRNAPNKESADEEYGCI + PKKSGGAYLSRVLIEAAMTPARDIPVLRFEAPDDFESLTPQMRHGIVQDWCEQELLPLL + DALSPLNKHVLGEDFARRGDLTVFVPLAITPDLRKRECFRVELRNVTYDQQRQILLFIL + SRLPRFTGAAFDATGNGGYLAEAARLIYGPEMIDCISLTPAWYQEWMPKLKGEFEAQNI + TIARHQTTLDDLLHIKVDKGIPQIDKGRTKDEGGKGRRHGDFAVALCMAVRASYMNGFV + IDEDSIQALPPRHRGDDVDNDDFDDYHQFERGGW" + gene 14543..16092 + /locus_tag="Mup29" + /label=Mup29 + /db_xref="GeneID:2636304" + RBS 14543..14547 + /locus_tag="Mup29" + CDS 14554..16092 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup29" + /product="portal protein" + /label=Mup29 + /note="gp29 or H" + /db_xref="GeneID:2636304" + /protein_id="NP_050633.1" + /translation="MGRILDISGQPFDFDDEMQSRSDELAMVMKRTQEHPSSGVTPNRA + AQMLRDAERGDLTAQADLAFDMEEKDTHLFSELSKRRLAIQALEWRIAPARDASAQEKK + DADMLNEYLHDAAWFEDALFDAGDAILKGYSMQEIEWGWLGKMRVPVALHHRDPALFCA + NPDNLNELRLRDASYHGLELQPFGWFMHRAKSRTGYVGTNGLVRTLIWPFIFKNYSVRD + FAEFLEIYGLPMRVGKYPTGSTNREKATLMQAVMDIGRRAGGIIPMGMTLDFQSAADGQ + SDPFMAMIGWAEKAISKAILGGTLTTEAGDKGARSLGEVHDEVRREIRNADVGQLARSI + NRDLIYPLLALNSDSTIDINRLPGIVFDTSEAGDITALSDAIPKLAAGMRIPVSWIQEK + LHIPQPVGDEAVFTIQPVVPDNGSQKEAALSAEDIPQEDDIDRMGVSPEDWQRSVDPLL + KPVIFSVLKDGPEAAMNKAASLYPQMDDAELIDMLTRAIFVADIWGRLDAAADH" + gene 16061..17392 + /locus_tag="Mup30" + /label=Mup30 + /db_xref="GeneID:2636300" + RBS 16061..16065 + /locus_tag="Mup30" + CDS 16073..17392 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup30" + /product="minor head protein" + /label=Mup30 + /note="gp30 or F; contains InterPro domain IPR006528 phage + SPP1_gp7 phage head morphogenesis protein SPP1 gp7 family; + see PMID 1385991 and 8599204" + /db_xref="GeneID:2636300" + /protein_id="NP_050634.1" + /translation="MPQQTIDLAYAARLPPKEAVAYFRAKGYNITWNWYEQLADAHARA + FTVAKATRMDVLTTIREEVERAVSEGITREEFTRTLAPRLQKLGWWGKQIIVDAEGNAK + EIELGSPRRLATIYNVNTRTAYGAGRYAQMMNTADLYPYWQYVAVMDGRTRPEHARLHN + MVFQYDDIFWQTHYPPNGWNCRCRVRALSAARMKELGLQVSYGASFMNTREVDAGTDES + TGEIFRTSSTTFDNGRVKMTPDVGWSYNPGSAAFGTDQALIRKLVEVRDAQLREQVVQT + LNNSRERQLAFSLWLKRLAGSRQTGHEIRALGFMTGSVAEAVYQRTGNMPARLLVMNGK + SLATTADAALKPEDLQRLPSLMAKPQAVLWDRENHQLLYVVATRDGTARIVVRTSQTVG + RQNDRADVLVSISRVSAQSLEAAIADGMIDVLEGHVEVNK" + gene 17377..17859 + /locus_tag="Mup31" + /label=Mup31 + /db_xref="GeneID:2636282" + RBS 17377..17382 + /locus_tag="Mup31" + CDS 17389..17859 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup31" + /product="capsid morphogenesis protein" + /label=Mup31 + /note="gp31 or G; contains InterPro domain IPR006522 Phage + virion morphogensis protein" + /db_xref="GeneID:2636282" + /protein_id="NP_050635.1" + /translation="MSLDMNVAVDVRRIQLALDELGTVTRDRAIPRVMAAALLSSTEQA + FERQADPDTGKGWEAWSDSWLAWRQDHGFVPGSILTLHGDLARSITTDYGQDYALIGSP + KIYAAIHQWGGTPDMAPRPAGVPARPYMGLDKTGEQEIFDAIRKRVSAALRQ" + misc_feature 17879..17880 + /label=gyrase cut site + /note="gyrase cut site" + gene 18044..19141 + /locus_tag="Mup32" + /label=Mup32 + /db_xref="GeneID:2636253" + RBS 18044..18046 + /locus_tag="Mup32" + CDS 18056..19141 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup32" + /product="capsid maturation protease" + /label=Mup32 + /note="I; contains InterPro domain IPR012106 Protease, Mu + phage/prophage I type; gene has potential internal start + site for p20 (Z) the postulated scaffold protein -- a + structural feature also found in bacteriophage lambda" + /db_xref="GeneID:2636253" + /protein_id="NP_050636.1" + /translation="MKKHAIGIAALNALSIDDDGWCQLLPAGHFSARDGRPFDVTGGQG + WFIDGEIAGRLVEGVRALNQDVLIDYEHNQLRKDKGLPPEQLVAAGWFNADEMQWREGE + GLFIHPRWTAAAQQRIDDGEFGYLSAVFPYDTATGAVLQIRLAALTNDPGATGMKKLTA + LAADLPDILQQENKPMNETLRKLLARLGVTVPENADITDEQATAALTALDTLEINAGKV + AALSAELEKAQKAAVDLTKYVPVESYNALRDELAQATAQSATASLSAVLDKAEQEGRIF + KSERTYLEQLGGQIGVAALSAQLEKKQPIAALSAMQTTTAKIPSQEKTAVAVLSADEQA + AVKALGITEAEYLKMKQEQEK" + gene 18576..19141 + /locus_tag="Mup33" + /label=Mup33 + /db_xref="GeneID:2636276" + RBS 18576..18580 + /locus_tag="Mup33" + CDS 18590..19141 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup33" + /product="scaffolding protein Z" + /label=Mup33 + /note="Z, also called p20; see PMIDs 3904174 and 11922669; + start site internal to gene I" + /db_xref="GeneID:2636276" + /protein_id="NP_050637.1" + /translation="MNETLRKLLARLGVTVPENADITDEQATAALTALDTLEINAGKVA + ALSAELEKAQKAAVDLTKYVPVESYNALRDELAQATAQSATASLSAVLDKAEQEGRIFK + SERTYLEQLGGQIGVAALSAQLEKKQPIAALSAMQTTTAKIPSQEKTAVAVLSADEQAA + VKALGITEAEYLKMKQEQEK" + gene 19125..20055 + /locus_tag="Mup34" + /label=Mup34 + /db_xref="GeneID:2636267" + RBS 19125..19128 + /locus_tag="Mup34" + CDS 19138..20055 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup34" + /product="major capsid protein" + /label=Mup34 + /note="gp34 or T; startsite confirmed by amino acid + sequencing" + /db_xref="GeneID:2636267" + /protein_id="NP_050638.1" + /translation="MIVTPASIKALMTSWRKDFQGGLEDAPSQYNKIAMVVNSSTRSNT + YGWLGKFPTLKEWVGKRTIQQMEAHGYSIANKTFEGTVGISRDDFEDDNLGIYAPIFQE + MGRSAAVQPDELIFKLLKDGFTQPCYDGQNFFDKEHPVYPNVDGTGSAVNTSNIVEQDS + FSGLPFYLLDCSRAVKPLIFQERRKPELVARTRIDDDHVFMDNEFLFGASTRRAAGYGF + WQMAVAVKGDLTLDNLWKGWQLMRSFEGDGGKKLGLKPTHIVVPVGLEKAAEQLLNREL + FADGNTTVSNEMKGKLQLVVADYL" + gene 20106..20532 + /locus_tag="Mup35" + /label=Mup35 + /db_xref="GeneID:2636251" + RBS 20106..20111 + /locus_tag="Mup35" + CDS 20122..20532 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup35" + /product="head-to-tail connector complex protein" + /label=Mup35 + /note="gp35; see PMID 29767456; structure of homolog + HI1506 from FluMu of H. influenzae structure solved in + PMID 17400915" + /db_xref="GeneID:2636251" + /protein_id="NP_050639.1" + /translation="MSGTSLNSQRLDTSRITCTAIIKCLRPVYRRAGIAFTRGENTVEV + TEEQLAIIRADSVLSVVSASSAETLAEAGGLDVLGVGDLNTRIRATVAGLDKANPEHFT + AGGEPKVKAVSAALGEPVSSAQIKAALAEADA" + gene 20518..20954 + /locus_tag="Mup36" + /label=Mup36 + /db_xref="GeneID:2636296" + RBS 20518..20521 + /locus_tag="Mup36" + CDS 20529..20954 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup36" + /product="head-to-tail connector complex protein" + /label=Mup36 + /note="gp36 or J; see PMID 3904174 and structure in PMID + 29767456" + /db_xref="GeneID:2636296" + /protein_id="NP_050640.1" + /translation="MNYATVNDLCARYTRTRLDILTRPKTADGQPDDAVAEQALADASA + FIDGYLAARFVLPLTVVPSLLKRQCCVVAWFYLNESQPTEQITATYRDTVRWLEQVRDG + KTDPGVESRTAASPEGEDLVQVQSDPPVFSRKQKGFI" + gene 20943..21502 + /locus_tag="Mup37" + /label=Mup37 + /db_xref="GeneID:2636286" + RBS 20943..20946 + /locus_tag="Mup37" + CDS 20954..21502 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup37" + /product="tail terminator protein" + /label=Mup37 + /note="gp37 or K; see PMID 3904174, 29767456, and + 19426744" + /db_xref="GeneID:2636286" + /protein_id="NP_050641.1" + /translation="MLEETEAALLARVRELFGATLRQVEPLTGTWTNEDVHRLFLAPPS + VFLAWMGCGEGRTRREVESRWAFFVVAELLNGEPVNRPGIYQIVERLIAGVNGQTFGPT + TGMRLTQVRNLCDDNRINAGVVLYGVLFSGTTPLPSVVDLDSLDDYERHWQTWKFPDET + PEFAAHINVNQEKDHDAEN" + gene 21474..21692 + /locus_tag="Mup38" + /label=Mup38 + /db_xref="GeneID:2636273" + RBS 21474..21477 + /locus_tag="Mup38" + CDS 21489..21692 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup38" + /product="putative sheath terminator protein" + /label=Mup38 + /note="gp38" + /db_xref="GeneID:2636273" + /protein_id="NP_050642.1" + /translation="MLKIKPAAGKAIRDPLTMKLLASEGEEKPRNSFWIRRLAAGDVVE + VGSTENTADDTDAAPKKRSKSK" + gene 21676..23176 + /locus_tag="Mup39" + /label=Mup39 + /db_xref="GeneID:2636269" + RBS 21676..21679 + /locus_tag="Mup39" + CDS 21689..23176 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup39" + /product="tail sheath" + /label=Mup39 + /note="gp39 or L; startsite confirmed by amino acid + sequencing in PMID 9714755; contains InterPro domains + IPR035326, IPR035089, IPR020287 which are phage tail + sheath domains" + /db_xref="GeneID:2636269" + /protein_id="NP_050643.1" + /translation="MSDISFNAIPSDVRVPLTYIEFDNSNAVSGTPAPRQRVLMFGQSG + SKASAAPNVPVRIRSGSQASAAFGQGSMLALMADAFLNANRVAELWCIPQGNGTGNAAV + GEISLSGTAGENGSLVTYIAGQRLAVSVAAGATGAALADLLVARIKGQPDLPVTAEVRA + DSGDDDTHADVVLSAKFTGALSAVDVRWNYYAGETTPYGIITAFKAASGKNGNPDISAS + IAGMGDLQYKYIVMPYTDEPNLNLLRTELQERWGPVNQADGFAVTVLSGTYGDISTFGV + SRNDHLISCMGIAGAPEPSYLYAATLCAVASQALSIDPARPLQTLTLPGRMPPAVGDRF + TWSERNALLFDGISTFNVNDGGEMQIERMITMYRTNKYGDSDPSYLNVNTIATLSYLRY + SLRTRITQKFPNYKLASDGTRFATGQAVVTPSVIKTELLALFEEWENAGLVEDFDTFKE + ELYVARNKDDKDRLDVLCGPNLINQFRIFAAQVQFIL" + gene 23176..23542 + /locus_tag="Mup40" + /label=Mup40 + /db_xref="GeneID:2636260" + RBS 23176..23180 + /locus_tag="Mup40" + CDS 23186..23542 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup40" + /product="tail tube protein" + /label=Mup40 + /note="M; startsite amino acids determined by protein + sequencing from bands of pure tails in PMID: 9714755; also + see PMID 29767456; contains InterPro domain IPR019596 + bacteriophage Mu GpM tail tube" + /db_xref="GeneID:2636260" + /protein_id="NP_050644.1" + /translation="MAGNQRQGVAFIRVNGMELESMEGASFTPSGITREEVTGSRVYGW + KGKPRAAKVECKIPGGGPIGLDEIIDWENITVEFQADTGETWMLANAWQADEPKNDGGE + ISLVLMAKQSKRIA" + gene 23543..23986 + /locus_tag="Mup41" + /label=Mup41 + /db_xref="GeneID:2636287" + gene 23543..24116 + /locus_tag="Mup41a" + /label=Mup41a + /db_xref="GeneID:2636287" + RBS 23543..23546 + /locus_tag="Mup41" + RBS 23543..23546 + /locus_tag="Mup41a" + CDS 23552..23986 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup41" + /product="tail assembly chaperone" + /label=Mup41 + /note="in the structurally homologous position, the + protein in bacteriophage P2 (and lambda) contains a + programmed translational frameshift which is verified in + PMID 15469818; contains InterPro domain IPR019289 for + phage tail assembly chaperones" + /db_xref="GeneID:2636287" + /protein_id="NP_050645.1" + /translation="MDEMNLGPEAQELHDSIVAEIQSGVLKLKDGLPFGTGDETEMQYD + VTLRELTAGDMIDAQAAAEKLVMSKEGPVLVSSPSRMGLEMLRRQIASVGCIKGPLSMA + LIRKLSVDDFQRLSLATEMYDMAVAASLTQERGRVAAVPE" + CDS join(23552..23965,23964..24116) + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup41a" + /product="tail assembly chaperone frameshift product" + /label=Mup41a + /ribosomal_slippage + /note="verified -2 translational frameshift in PMID + 15469818" + /db_xref="GeneID:2636287" + /protein_id="NP_050645.1" + /translation="MDEMNLGPEAQELHDSIVAEIQSGVLKLKDGLPFGTGDETEMQYD + VTLRELTAGDMIDAQAAAEKLVMSKEGPVLVSSPSRMGLEMLRRQIASVGCIKGPLSMA + LIRKLSVDDFQRLSLATEMYDMAVAASLTQERGREWLRCRNDIEKAATAIGVILKSGPE + WALSLPLSRFFRHCQQAKTLSQYHR" + gene 24120..26203 + /locus_tag="Mup42" + /label=Mup42 + /db_xref="GeneID:2636275" + RBS 24120..24123 + /locus_tag="Mup42" + CDS 24131..26203 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup42" + /product="tape measure protein" + /label=Mup42 + /note="gp42; based on position and weak similarity with + other tape measure proteins, as well as InterPro IPR013491 + the Caudovirus N-terminal tape measure domain" + /db_xref="GeneID:2636275" + /protein_id="NP_050646.1" + /translation="MTGKRLKASVIIDLNGNLSRRSRQYSNQINALSRSGQSSLRALRM + EVVRVSGAIDRMGSLSTRTFRMLSAGALGIAGVGYTANKLFIGAAAQREQQIIAMNSLY + 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N-terminus; also a baseplate hub protein see PMID + 27555589; on injection and circularization see PMIDs + 3023361, 11894948, 6306260" + /db_xref="GeneID:2636283" + /protein_id="NP_050647.1" + /translation="MFEDALNAVNAVRDKTGGGRKTTGKGTFRNVPFLVIEEQKQAGGR + RLVKREYPLRDTGGVNDLGKKLRSRTFSACILNSNAETARDEAGALMDALDAPGSGELV + HPDFGTVDVMVDSWECRTKADELNYYAFTVTVYPSLQDTAPDAETDTSAAVPAQAVAVT + GSLGDTLSSVWQTVKDGTAAATAVMEAVTGVIDDISDAVDNLGVTQTVSGLMGSLSAMK + GSVTSLINQPAMLASSLMGALSGVSSLCDTRTAFSTWNRLAQRFERRHAATAGRQGTIT + TSYNSPVAEKNIATLNYVMLAAAQTYRAEAASQALTAALDFSRRMDNAARAPVLDAPST + TTGTASGASSTSATVTQGQLQLTAITPDGGFSQVSFSDSGTATPPVFESVSDIEKTTAM + LGAALDSVILTASEQGFSTDSVQLTQLRLLVVADLEKRGLQLAGSESHHLPETLPAMVA + LYRFTGNSRNWQRLARRNGISNPLFVPGGVSIEVINE" + gene 27678..28827 + /locus_tag="Mup44" + /label=Mup44 + /db_xref="GeneID:2636285" + RBS 27678..27682 + /locus_tag="Mup44" + CDS 27688..28827 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup44" + /product="baseplate hub protein" + /label=Mup44 + /note="Mup44 or P; see PMIDs 16125724 and 27555589" + /db_xref="GeneID:2636285" + /protein_id="NP_050648.1" + /translation="MSNTVTLRADGRLFTGWTSVSVTRSIESVAGYFELGVNVPPGTDL + SGLAPGKKFTLEIGGQIVCTGYIDSRRRQMTADSMKITVAGRDKTADLIDCAAVYSGGQ + WKNRTLEQIARDLCAPYGVTVRWELSDKESSAAFPGFTLDHSETVYEALVRASRARGVL + MTSNAAGELVFSRAASTATDELVLGENLLTLDFEEDFRDRFSEYTVKGYARANGAEGDD + IDAKSIVSRKGTATDSDVTRYRPMIIIADSKITAKDAQARALREQRRRLAKSITFEAEI + DGWTRKDGQLWMPNLLVTIDASKYAIKTTELLVSKVTLILNDQDGLKTRVSLAPREGFL + VPVESDRKNRKGGDSNGGIDALVEDYYRRHPEKTPPWKE" + gene 28800..29408 + /locus_tag="Mup45" + /label=Mup45 + /db_xref="GeneID:2636280" + RBS 28800..28803 + /locus_tag="Mup45" + CDS 28815..29408 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup45" + /product="baseplate spike protein" + /label=Mup45 + /note="gp45; maybe P2 gene V homolog; see PMIDs 22922659 + and 27555589" + /db_xref="GeneID:2636280" + /protein_id="NP_050649.1" + /translation="MERVNDSALNRLLTPLMRRVRLMLARAVVNVINDGRKVQNLQVGL + 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/locus_tag="Mup49" + /label=Mup49 + /db_xref="GeneID:2636293" + RBS 31447..31450 + /locus_tag="Mup49" + CDS 31458..32972 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup49" + /product="tail fiber S" + /label=Mup49 + /note="S; responsible for host range see PMID 6250048 and + 31209305 for structure" + /db_xref="GeneID:2636293" + /protein_id="NP_050653.1" + /translation="MFYIDNDSGVTVMPPVSAQRSAIVRWFSEGDGNNVITWPGMDWFN + IVQAELLNTLEEAGIQPDKTKLNQLALSIKAIMSNNALLIKNNLSEIKTAGASAQRTAR + ENLDIYDASLNKKGLVQLTSATDSPSETLAATAKAVKIAMDNANARLAKDRNGADIPNK + PLFIQNLGLQETVNRARNAVQKNGDTLSGGLTFENDSILAWIRNTDWAKIGFKNDADSD + TDSYMWFETGDNGNEYFKWRSKQSTTTKDLMNLKWDALSVLVNAIVNGEVISKSANGLR + IAYGNYGFFIRNDGSNTYFMLTNSGDNMGTYNGLRPLWINNATGAVSMGRGLNVSGDTL + SDRFAINSSNGMWIQMRDNNAIFGKNIVNTDSAQALLRQNHADRKFMIGGLGNKQFGIY + MINNSRTANGTDGQAYMDNNGNWLCGAQVIPGNYANFDSRYVRDVRLGTQSLTGGLSRD + YKAPSGHVITGFHTNGDWEMQGGDDKVYIRPVQKNINGTWYNVASA" + misc_feature 31458..31966 + /locus_tag="Mup49" + /note="encodes amino terminal end of tail 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gataacccca agtgcgcaat aacttgctct + 721 cgttctttgg tgggcatcga catcacatcg tattcaacag ctttcccccc cttgacacct + 781 tccttttttt gcttcgtcca gccttgaaca tttgctcgat agtgaacacc agcaacagat + 841 ccaggcatac catcagcagc cataatttct tgcggcgaac accaaattga cttttcagta + 901 ttattctttt ctataaagtt acttttcaaa atttaaactc cttatttatc aacgcgttaa + 961 tcagtaatca aaggaattta ccaaaaagca gctttacaaa aagcttttca gtaattatct + 1021 ttttagtaag ctagctaagt ttttacactt agttaaattg ctaactttat agattacaaa + 1081 acttaggagg gtttttaaat gtgttccaac gaaaaggccc gtgattggca tcgtgcggat + 1141 gtgattgcgg gacttaagaa aagaaagctc tctttatcag ctctttcccg gcagtttggt + 1201 tatgcgccaa ctacattagc taatgcgcta gaacgacact ggccaaaggg tgagcagatt + 1261 attgctaacg ccttagaaac taaaccggaa gtaatctggc ctagccgata tcaagcaggt + 1321 gaataacatg gaactttggg tatcaccgaa agagtgtgcg aatcttcctg gtttgccgaa + 1381 aacatcggct ggtgtgattt atgttgctaa aaagcaagga tggcaaaacc gcactagagc + 1441 aggtgtcaaa ggtggtaaag caattgaata caatgcgaac tctttacctg ttgaagcgaa + 1501 agcggcgtta ttgctgagac aaggagagat tgaaacaagc ctggggtatt ttgaaatcgc + 1561 ccgccccacg ctggaagccc atgattatga tcgtgaggca ctgtggagca aatgggataa + 1621 cgccagcgat tcccagcgca gacttgctga aaaatggttg cctgcggttc aggctgcaga + 1681 cgaaatgctg aaccagggga tttcaacgaa aacggctttt gcgaccgttg cagggcatta + 1741 ccaggtcagc gcatccactt tgcgggacaa gtattaccag gtacagaagt ttgcgaagcc + 1801 tgactgggcg gctgcacttg ttgatggacg tggagcatcc cgtcgcaatg ttcacaaaag + 1861 tgaatttgac gaggatgcct ggcagtttct gattgcagat tatctgcgac cggaaaaacc + 1921 cgctttccgc aaatgttatg agcgtctgga actggcagcc cgcgagcatg gctggagtat + 1981 tccctcccgt gccacggcct ttcgccggat tcagcaactg gacgaggcaa tggttgttgc + 2041 ctgtcgtgaa ggtgaacatg cactgatgca tctgataccg gcacagcagc gaactgtgga + 2101 acacctggac gccatgcagt ggatcaacgg cgacggttat ctgcataacg tctttgtacg + 2161 ctggtttaac ggtgatgtga tccgtccgaa aacatggttc tggcaggatg tgaaaacccg + 2221 aaaaattctg ggctggcgct gcgatgtgag cgagaacatt gattcaattc gcctctcgtt + 2281 catggatgtt gtgactcgct acggtatccc ggaggatttt cacatcacca ttgataacac + 2341 ccgtggtgct gcgaataaat ggctgacggg aggcgcgccc aatcgctacc gctttaaggt + 2401 aaaagaggac gatccaaaag gactgttttt actgatgggg gcgaaaatgc actggacaag + 2461 cgttgttgcc ggtaaaggct ggggccaggc aaaacctgtt gaacgtgctt tcggtgttgg + 2521 tgggcttgag gaatacgttg ataagcatcc ggcactggct ggcgcatata cggggccaaa + 2581 tccgcaggca aaacctgata actatggcga ccgcgctgtt gatgcagagc tgtttctgaa + 2641 aacccttgcc gaaggtgtgg cgatgttcaa tgccagaaca ggccgtgaaa cagaaatgtg + 2701 cgggggcaaa ctctcgtttg atgatgtttt cgagcgtgaa tacgccagaa cgattgtgcg + 2761 taagccaacc gaagaacaaa aacggatgct gttactgcct gccgaggcgg tgaacgtttc + 2821 acgcaaaggc gagtttacgc ttaaagttgg cggctccctt aaaggcgcga aaaacgttta + 2881 ttacaacatg gcattaatga atgccggcgt gaaaaaagtt gtggtcaggt ttgatccgca + 2941 gcagctacac agcacggttt attgctacac cctggacggt cggtttatct gtgaagcgga + 3001 atgtctggca cctgttgcat ttaatgatgc tgcggcaggc cgtgaatatc gccgccgcca + 3061 gaaacaactg aaatctgcga cgaaagcagc cattaaggcg cagaaacaaa tggacgcgct + 3121 ggaagttgct gaactgctgc cgcagatagc 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cgggcacatg ccagaaggca cggaatatca + 5641 ttgtgtgtat accgaatcag tgaacacgac aaatatttat gtcgtgaact ttataaagaa + 5701 ggactggata ttcatgttat tgcccgaaag atggaattaa gcaatcgagc tgtatccagc + 5761 attgtataca gcggatatta attaacagga gctttaattt atggctaaac cagcaaaacg + 5821 tatcaagagt gccgcagcgg cttatgtgcc acaaaaccgc gatgcggtga ttaccgatat + 5881 taaacgcatc ggggatttac agcgcgaagc atcacgtctg gaaacggaaa tgaatgatgc + 5941 catcgcggaa attacggaga aatttgcggc ccggattgca ccgattaaaa ccgatattga + 6001 aaccctttca aaaggcgttc agggatggtg tgaagcgaac cgcgacgaac tgacgaacgg + 6061 cggcaaagtg aagacggcga atcttgtcac cggtgatgta tcgtggcggg tccgtccacc + 6121 atcagtaagt attcgtggta tggatgcagt gatggaaacg ctggagcgtc ttggcctgca + 6181 acgctttatt cgcacgaagc aggaaatcaa caaggaagcg attttactgg aaccgaaagc + 6241 ggtcgcaggc gttgccggaa ttacagttaa atcaggcatt gaggattttt ctattattcc + 6301 atttgaacag gaagccggta tttaatacca ccattaatat ttaattaatt cacattcttt + 6361 taattatggc gcgatacgtc aggagattgc tcgcgcctga aacagattac tgaggaataa + 6421 aacatggttg 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