comparison pipe-t.R @ 23:465e643e1ea1 draft

planemo upload for repository https://github.com/igg-molecular-biology-lab/pipe-t.git commit 4ddffbbbad77ef6dd023dc3311a820413a8fa3c4

22:822dc9b96b3e

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#Filter out the values of the new category
xFilter <- filterCategory(unreliable)

cat("\n Categorization completed! ")

png(x,    # create PNG for the heat map
  width = 10*300,        # 5 x 300 pixels
  height = 10*300,
  res = 300,            # 300 pixels per inch
  pointsize = 8)
 
  plotCtBoxes(xFilter, ylim=c(dcCtmin,dcCtmax), cex.lab=3, cex.axis = 2,stratify=NULL, xlab = "Samples", ylab="Ct", mar = c(8,8,8,8), names=as.character(seq(1, ncol(xFilter), 1)))       # smaller font size
dev.off()

#write.table(exprs(xFilter), file=x, quote=FALSE,  row.names=TRUE, col.names=TRUE,sep = "\t")

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23:465e643e1ea1

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#Filter out the values of the new category
xFilter <- filterCategory(unreliable)

cat("\n Categorization completed! ")
minvalue<-min(exprs(xFilter), na.rm = TRUE)
maxvalue<-max(exprs(xFilter), na.rm = TRUE)
png(x,    # create PNG for the heat map
  width = 10*300,        # 5 x 300 pixels
  height = 10*300,
  res = 300,            # 300 pixels per inch
  pointsize = 8)
 
  plotCtBoxes(xFilter, ylim=c(as.numeric(minvalue), as.numeric(maxvalue)), cex.lab=3, cex.axis = 2,stratify=NULL, xlab = "Samples", ylab="Ct", mar = c(8,8,8,8), names=as.character(seq(1, ncol(xFilter), 1)))       # smaller font size
dev.off()

#write.table(exprs(xFilter), file=x, quote=FALSE,  row.names=TRUE, col.names=TRUE,sep = "\t")

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