0
+ − 1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN"
+ − 2 "http://www.w3.org/TR/html4/transitional.dtd">
+ − 3
+ − 4 <html>
+ − 5 <head>
+ − 6 <link rel="stylesheet" type="text/css" href="logo.css" >
+ − 7 <title>CodonLogo - Examples</title>
+ − 8 <meta name="author" content="Gavin E. Crooks" >
+ − 9 <meta name="author" content="Steven E. Brenner" >
+ − 10 <meta name="ID" content="$ID:" >
+ − 11
+ − 12 <style type="text/css">
+ − 13 img {
+ − 14 display: block;
+ − 15 margin-left: auto;
+ − 16 margin-right: auto }
+ − 17
+ − 18 </style>
+ − 19 </head>
+ − 20
+ − 21 <body>
+ − 22
+ − 23 <table width="80%" border = '0' cellspacing='0' cellpadding='1' align="center">
+ − 24 <tr><td >
+ − 25 <h1> CodonLogo 1.0: Examples</h1>
+ − 26
+ − 27 </td><td align = "right">
+ − 28 ·
+ − 29 <a href="./">about</a> ·
+ − 30 <a href="create.cgi">create</a> ·
+ − 31 <a class="selected" href="examples.html">examples</a> ·
+ − 32 <a href="manual.html">manual</a> ·
+ − 33 <br>
+ − 34
+ − 35 </td></tr>
+ − 36
+ − 37
+ − 38 <tr><td colspan="2" class="discourse" >
+ − 39
+ − 40 <ul>
+ − 41 <li> <a href="#CAP">CAP HTH motif</a> </li>
+ − 42 <li> <a href="#trans">Transcription Factors</a> </li>
+ − 43 <li> <a href="#promoters"><i>E. coli</i> Promoters</a> </li>
+ − 44 <li> <a href="#globins">Globins</a> </li>
+ − 45 <li> <a href="#HTH">HTH motif</a> </li>
+ − 46 <li> <a href="#splice">Splice Signals</a> </li>
+ − 47 </ul>
+ − 48 <p>
+ − 49 The <strong>Edit Logo</strong> buttons will transfer the relevant
+ − 50 sequence data to the <a class="in" href="create.cgi">Logo creation form</a>.
+ − 51 There you can examine the sequence data and recreate the logo for
+ − 52 yourself.
+ − 53 <!--Additional examples can be found at the
+ − 54 <a href="http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/sequencelogo.html">Sequence Logo
+ − 55 Gallery</a>.-->
+ − 56 </p>
+ − 57
+ − 58
+ − 59 <!--<hr >
+ − 60 <a name="CAP"></a>
+ − 61 <a name="CAP_HTH"></a>
+ − 62 <h2>Catobolite Activator Protein (CAP)</h2>
+ − 63
+ − 64 <img alt="Catobolite Activator Protein (CAP) Logo" src="examples/cap_hth.png">
+ − 65 <p>
+ − 66 The helix-turn-helix motif from the CAP family of homodimeric DNA
+ − 67 binding proteins. CAP (Catabolite Activator Protein, also known as
+ − 68 CRP for cAMP Receptor Protein) is a transcription promoter that binds
+ − 69 at more than 100 sites within the <i>E. coli</i> genome. Residues 1-7
+ − 70 form the first helix, 8-11 the turn and 12-20 form the DNA recognition
+ − 71 helix. The glycine at position 9 appears to be
+ − 72 critical in forming the turn. Positions 4, 8, 10, 15 and 19 are
+ − 73 partially or completely buried, and therefore tend to be populated by
+ − 74 hydrophobic amino acids, which are colored black. Positions 11-14, 17
+ − 75 and 20 interact directly with bases in the major groove
+ − 76 and are critical to the sequence specific binding of the
+ − 77 protein. The data for this logo consists of 100 sequences from the
+ − 78 full Pfam alignment of this family (Accession number
+ − 79 PF00325). A few sequences with rare insertions were removed for
+ − 80 convenience.
+ − 81 </p>-->
+ − 82
+ − 83 <!--
+ − 84 # Pfam 7.1 crp
+ − 85 # Accession number: PF00325
+ − 86 # Bacterial regulatory proteins, crp family
+ − 87 #
+ − 88 # Description
+ − 89 # Numerous bacterial transcription regulatory
+ − 90 # proteins bind DNA via a helix-turn-helix (HTH)
+ − 91 # motif. These proteins are very diverse, but
+ − 92 # for convenience may be grouped into subfamilies on
+ − 93 # the basis of sequence similarity. One such
+ − 94 # family groups together a range of proteins, including
+ − 95 # anr, crp, clp, cysR, fixK, flp, fnr, fnrN, hlyX and
+ − 96 # ntcA [MEDLINE:91064083], [MEDLINE:93181282],
+ − 97 # [MEDLINE:91008963]. Within this family, the HTH motif is situated
+ − 98 # towards the C-terminus.
+ − 99 # This is the full Pfam alignment, less a couple of inserts
+ − 100 # 102 sequences.
+ − 101 #
+ − 102 # http://pfam.wustl.edu/cgi-bin/getdesc?name=crp
+ − 103 #
+ − 104 # Introduction to protein structure, 1st edition, contains
+ − 105 # some more information.
+ − 106 # First number is sequence number is -5
+ − 107 # First Helix: 1-7, Turn: 8-11, 2nd (DNA recognition) 12-20
+ − 108 #
+ − 109 -->
+ − 110
+ − 111 <!--
+ − 112 <form method="post" action="create.cgi">
+ − 113 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
+ − 114 <input type="hidden" name="logo_title" value="The DNA-binding helix-turn-helix motif of the CAP family" >
+ − 115 <input type="hidden" name="first_index" value="-5" >
+ − 116 <input type="hidden" name="logo_start" value="1" >
+ − 117 <input type="hidden" name="logo_end" value="20" >
+ − 118 <input type="hidden" name="show_xaxis" value="true" >
+ − 119 <input type="hidden" name="show_yaxis" value="true" >
+ − 120 <input type="hidden" name="show_errorbars" value="true" >
+ − 121 <input type="hidden" name="show_fineprint" value="true" >
+ − 122 <input type="hidden" name="scale_width" value="true" >
+ − 123 <input type="hidden" name="sequences" value=">Q9EXQ1/196-227
+ − 124 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKLGVL
+ − 125 >Q46158/72-92
+ − 126 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
+ − 127 >Q46157/72-92
+ − 128 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
+ − 129 >Q46159/72-92
+ − 130 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
+ − 131 >Q47948/72-92
+ − 132 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
+ − 133 >FNR_HAEIN/196-227
+ − 134 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKLGVI
+ − 135 >ETRA_SHEPU/193-224
+ − 136 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGLI
+ − 137 >FNR_SALTY/193-224
+ − 138 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML
+ − 139 >Q9LA24/207-238
+ − 140 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML
+ − 141 >Q9AQ50/193-224
+ − 142 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML
+ − 143 >FNR_ECOLI/193-224
+ − 144 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML
+ − 145 >HLYX_ACTPL/192-223
+ − 146 LTMT.-RGDIGNYLGLTIETISRLLGRFQKSGMI
+ − 147 >O31204/192-223
+ − 148 LTMT.-RGDIGNYLGLTIETISRLLGRFQKSGMI
+ − 149 >Q9L801/192-223
+ − 150 LTMT.-RGDIGNYLGLTIETISRLLGRFQKSGMI
+ − 151 >Q9KS27/193-224
+ − 152 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSEIL
+ − 153 >Q9CMY2/212-243
+ − 154 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRLQKMGIL
+ − 155 >Q44500/188-219
+ − 156 LAMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFSRFQQNELI
+ − 157 >ANR_PSEAE/188-219
+ − 158 LAMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFTRFQQNGLI
+ − 159 >O85222/188-219
+ − 160 LSMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFTRFQQNELI
+ − 161 >FNRA_PSEST/188-219
+ − 162 LPMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFTRFQQNGLL
+ − 163 >BTR_BORPE/186-217
+ − 164 VRMS.-REEIGNYLGLTLETVSRLFSRFGREGLI
+ − 165 >Q9JQQ8/187-218
+ − 166 LRMS.-REEIGSYLGLKLETVSRTLSKFHQEGLI
+ − 167 >O69245/180-211
+ − 168 LPMC.-RRDIGDYLGLTLETVSRALSQLHTQGIL
+ − 169 >Q9AMR4/161-192
+ − 170 LPMS.-RRDIADYLGLTVETVSRAVSQLHTDGVL
+ − 171 >FIXK_BRAJA/185-216
+ − 172 LPMS.-RQDIADYLGLTIETVSRTFTKLERHGAI
+ − 173 >AADR_RHOPA/187-218
+ − 174 LPMG.-RQDIADFLGLTIETVSRTFTKLEREKLI
+ − 175 >FIXK_RHIME/159-190
+ − 176 LPMS.-RQDIADYLGLTIETVSRVVTKLKERSLI
+ − 177 >FIXK_AZOCA/196-227
+ − 178 LAMS.-RQDIADFLGLTIETVSRTLTYLEEQGTI
+ − 179 >Q9AA54/164-195
+ − 180 VPMS.-RQDMADYLGLTIETVSRTLTSLQDEGLI
+ − 181 >Q988V4/163-194
+ − 182 LPMS.-RMDIGDYLGLTIETVSRVFTRLKDKGVI
+ − 183 >Q53170/175-206
+ − 184 LPMT.-RLDVADYLGMTIETVSRTITKLAGSGVI
+ − 185 >Q989I4/189-220
+ − 186 LPLT.-RADISDFLGLTNETVSRQLTRLRADGVI
+ − 187 >Q988R0/189-220
+ − 188 LPLT.-RADIADFLGLTIETVSRQLTRLRTDGLI
+ − 189 >O06655/187-218
+ − 190 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRKLTKLRKSGVI
+ − 191 >O86069/185-216
+ − 192 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQLTRLRKEGVI
+ − 193 >O86067/187-218
+ − 194 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQMTRLRKWGVI
+ − 195 >Q52775/187-218
+ − 196 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQMTRLRKSGVI
+ − 197 >FX24_RHILV/187-218
+ − 198 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQMTRLRKIGVI
+ − 199 >FNRL_RHOSH/187-218
+ − 200 LPLT.-REEMADYLGLTLETVSRQVSALKRDGVI
+ − 201 >Q51677/188-219
+ − 202 LPLT.-REAMADYLGLTLETVSRQMSALKREGVI
+ − 203 >O33961/187-218
+ − 204 LPLT.-REAMADYLGLTLETVSRQMSALKRDGVI
+ − 205 >O87372/155-185
+ − 206 -SIS.-RADMADFLGLTTETVSRLLSAFHREQLI
+ − 207 >P95599/188-221
+ − 208 LRVSmNRQDIADHLGLTIETLAHTVTKLASRNIV
+ − 209 >Q52823/185-216
+ − 210 VPMS.-RQDIADHLGLTIETVSRTLTKLASRNVV
+ − 211 >Q9FDG3/192-223
+ − 212 VPMN.-RQDIADHLGLTIETVSRTITKLAARNIV
+ − 213 >O84975/207-238
+ − 214 LRMS.-REDIASYLGLRLETVCRSVARLRAQDVV
+ − 215 >Q53240/186-217
+ − 216 FPIT.-RQNISEMTGTTLHTVSRLLSAWEREGIV
+ − 217 >O52578/162-191
+ − 218 --IS.-RQDIAEMTGTTLHTVSRILSAWEQLGFV
+ − 219 >Q9KWP8/153-184
+ − 220 FPIT.-KQDIAEMTGTTLHTVSRILTGWEAQGFV
+ − 221 >O66781/189-220
+ − 222 LPLT.-RQDIAEMTGTTVETTIRVMSKWKKQGII
+ − 223 >Q982N1/28-58
+ − 224 -PIA.-RGEIASRVGLTVQTVSTIVRELEEQGYI
+ − 225 >P96094/179-210
+ − 226 LPAK.-KAMIAARLGLTPETFSRVLKRLREEHLI
+ − 227 >FLP_LACCA/168-199
+ − 228 VPMA.-WTQLADYLGTTPETVSRTLKRLAEEKLI
+ − 229 >Q97IX9/173-206
+ − 230 INMElSITYLADMLGSKRETVSRQLKLLTEKNLV
+ − 231 >Q9CE44/171-202
+ − 232 IPMK.-LKELANYIGTSPETISRKIKVFEENKII
+ − 233 >Q9S392/178-209
+ − 234 IPMK.-MKDLATFIGTTPETISRKFKILEEKGFI
+ − 235 >Q9S393/178-209
+ − 236 IPMT.-LKDLSAFIGTTPETISRKLRLLEEKGLV
+ − 237 >Q98GX3/209-240
+ − 238 LPLS.-QAELADVLGLSVVHMNRVIGALRKVGVV
+ − 239 >Q9XDD3/182-213
+ − 240 CPLT.-QGELADALGLTPIHINRMLRELREDNLL
+ − 241 >NTCA_ANASP/172-203
+ − 242 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLREKKMI
+ − 243 >NTCA_SYNP7/171-202
+ − 244 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRESKLI
+ − 245 >NTCA_SYNY3/174-205
+ − 246 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLREGNMI
+ − 247 >P94611/175-206
+ − 248 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRQEEMI
+ − 249 >Q9L627/170-201
+ − 250 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRQDEMI
+ − 251 >Q9AG80/172-203
+ − 252 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRQDKMI
+ − 253 >O30778/173-204
+ − 254 LRLS.-HQAIAEAIGSTRVTITRLLGDLRNSGLV
+ − 255 >Q9KI45/189-220
+ − 256 FPLT.-HAQIGSAIGSTRVTVTRLMGKLRQRGLI
+ − 257 >CYSR_SYNP7/152-183
+ − 258 IPLT.-HQVIAELSGSTRVTTTRLLGEFRQAGRI
+ − 259 >CYSR_SYNY3/160-191
+ − 260 VRLT.-HQMLANAIGTTRVTVTRLLGEFQTQGKV
+ − 261 >Q55322/177-208
+ − 262 LRLT.-HQEMASALSTTRVTVTRVIGLLRDEGWL
+ − 263 >Q9RTV7/201-231
+ − 264 -RIS.-HQDLAHSVGSTRETITKLLGDFRTRGLL
+ − 265 >Q9TLZ6/157-188
+ − 266 IYIS.-QHDIASILSTTRSTITRLINQLRKDNII
+ − 267 >FNR_BACSU/174-205
+ − 268 IVLT.-NQDLAKFCAAARESVNRMLGDLRKKGVI
+ − 269 >O86128/173-204
+ − 270 IVLT.-NQDLAKFCAAARESINRMLSDLRKNGVI
+ − 271 >Q9KG81/173-204
+ − 272 IVLT.-NQELANFCAAARESVNRMLGELRKLGVI
+ − 273 >CRP_PASMU/165-196
+ − 274 IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRILKMLEDQHLI
+ − 275 >Q48301/170-201
+ − 276 IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRILKMLEDQHLI
+ − 277 >CRP_HAEIN/180-211
+ − 278 IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRIIKMLEDQNLI
+ − 279 >Q51859/180-211
+ − 280 IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRIIKMLEDEGLI
+ − 281 >Q9F435/166-197
+ − 282 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGHILKMLEDQNLI
+ − 283 >CRP_ECOLI/166-197
+ − 284 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLI
+ − 285 >CRP_SALTY/166-197
+ − 286 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLI
+ − 287 >O07097/166-197
+ − 288 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLI
+ − 289 >Q9ALY5/166-197
+ − 290 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEEQNLI
+ − 291 >O34015/166-197
+ − 292 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEEQNLI
+ − 293 >Q9KNW6/166-197
+ − 294 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEEQNLI
+ − 295 >CLP_XANCP/186-217
+ − 296 LRVS.-RQELARLVGCCAQMAGRVLKKLQADGLL
+ − 297 >Q9PD39/185-216
+ − 298 LRVS.-RQELARLVGCSREMAGRVLKKLQADGLL
+ − 299 >Q9S6B5/186-217
+ − 300 LRVS.-RQELARLVGCSREMAGRVLKKLQADGLL
+ − 301 >P71977/33-62
+ − 302 --LS.-QAEIGERVGMARSTVSRILNALEDEGLV
+ − 303 >O28174/36-67
+ − 304 VKIS.-SKELAEHIGQSLQTAARKLKELEDEGLI
+ − 305 >Q9CB91/174-204
+ − 306 -DLT.-QEEIAQLVGASRETVNKALADFAHRGWI
+ − 307 >O69644/174-204
+ − 308 -DLT.-QEEIAQLVGASRETVNKALADFAHRGWI
+ − 309 >Q9XA42/174-204
+ − 310 -DLT.-QEELAQLVGASRETVNKALADFAQRGWL
+ − 311 >Q97TL8/136-167
+ − 312 INCT.-HEDIGKAVGVSRVTVSRTLNKFSQYQWI
+ − 313 >Q99YT6/175-206
+ − 314 FQLT.-TTDIAQISGTTRETVSHVLRDLKKQELI
+ − 315 >Q9RRX0/176-209
+ − 316 LNLKlNQEDIARMVGATRETVSHSLSRLKKGGAI
+ − 317 >Q9K5F3/178-209
+ − 318 CPIT.-AAEIAKISGTSRETVSAVLKKLRCEGVI
+ − 319 >P73234/185-215
+ − 320 -NLP.-HRETAMLSGVTRETVTRTLGKLEKKGLI
+ − 321 >P74171/182-212
+ − 322 -NLP.-HRELSSISGLARETVTRCLTKLEKRGLI
+ − 323 >Q981X4/78-109
+ − 324 AKVT.-HDQIAAMVGSTRQWVTMMMKRFQKEGLV
+ − 325 " >
+ − 326 </form>-->
+ − 327
+ − 328
+ − 329
+ − 330 <!--<!--<img alt="CAP Binding Site Logo"
+ − 331 src="examples/cap_dna.png" >
+ − 332 <p>
+ − 333 The two DNA recognition helixes of the CAP homodimer insert
+ − 334 themselves into consecutive turns of the major groove. Several
+ − 335 consequences can be observed in this CAP binding site logo. The logo
+ − 336 is approximately palindromic, which provides two very similar
+ − 337 recognition sites, one for each subunit of the dimer.
+ − 338 However, the binding
+ − 339 site is not perfectly symmetric, possible due to the
+ − 340 inherent asymmetry of the operon promoter region.
+ − 341 The displacement of the two parts is 11 base pairs, or approximately
+ − 342 one full turn of the DNA helix. Additional interactions between the
+ − 343 protein and the first and last two bases occur within the DNA minor
+ − 344 groove, where it is difficult for the protein to distinguish A from T,
+ − 345 or G from C.
+ − 346 The data for this logo consists of 59 binding sites determined by
+ − 347 <a href="#footprinting">DNA footprinting</a>.
+ − 348 <cite>
+ − 349 Robison, K., McGuire, A. M., Church, G. M. A comprehensive library of
+ − 350 DNA-binding site matrices for 55 proteins applied to the
+ − 351 complete <i>Escherichia coli</i> K12 genome. Journal of Molecular Biology
+ − 352 (1998) 284, 241-254.
+ − 353 </cite>
+ − 354 </p>
+ − 355
+ − 356 <form method="post" action="create.cgi">
+ − 357 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
+ − 358 <input type="hidden" name="first_index" value="-10" >
+ − 359 <input type="hidden" name="show_xaxis" value="true" >
+ − 360 <input type="hidden" name="show_yaxis" value="true" >
+ − 361 <input type="hidden" name="show_errorbars" value="true" >
+ − 362 <input type="hidden" name="show_fineprint" value="true" >
+ − 363 <input type="hidden" name="scale_width" value="true" >
+ − 364 <input type="hidden" name="logo_title" value="58 CAP Binding Sites" >
+ − 365 <input type="hidden" name="sequences" value="
+ − 366 >aldB -18->4
+ − 367 attcgtgatagctgtcgtaaag
+ − 368 >ansB 103->125
+ − 369 ttttgttacctgcctctaactt
+ − 370 >araB1 109->131
+ − 371 aagtgtgacgccgtgcaaataa
+ − 372 >araB2 147->169
+ − 373 tgccgtgattatagacactttt
+ − 374 >cdd 1 107->129
+ − 375 atttgcgatgcgtcgcgcattt
+ − 376 >cdd 2 57->79
+ − 377 taatgagattcagatcacatat
+ − 378 >crp 1 115->137
+ − 379 taatgtgacgtcctttgcatac
+ − 380 >crp 2
+ − 381 gaaggcgacctgggtcatgctg
+ − 382 >cya 151->173
+ − 383 aggtgttaaattgatcacgttt
+ − 384 >cytR 1 125->147
+ − 385 cgatgcgaggcggatcgaaaaa
+ − 386 >cytR 2 106->128
+ − 387 aaattcaatattcatcacactt
+ − 388 >dadAX 1 95->117
+ − 389 agatgtgagccagctcaccata
+ − 390 >dadAX 2 32->54
+ − 391 agatgtgattagattattattc
+ − 392 >deoP2 1 75->97
+ − 393 aattgtgatgtgtatcgaagtg
+ − 394 >deoP2 2 128->150
+ − 395 ttatttgaaccagatcgcatta
+ − 396 >fur 136->158
+ − 397 aaatgtaagctgtgccacgttt
+ − 398 >gal 56->78
+ − 399 aagtgtgacatggaataaatta
+ − 400 >glpACB (glpTQ) 1 54->76
+ − 401 ttgtttgatttcgcgcatattc
+ − 402 >glpACB (glpTQ) 2 94->116
+ − 403 aaacgtgatttcatgcgtcatt
+ − 404 >glpACB (glpTQ) 144->166
+ − 405 atgtgtgcggcaattcacattt
+ − 406 >glpD (glpE) 95->117
+ − 407 taatgttatacatatcactcta
+ − 408 >glpFK 1 120->142
+ − 409 ttttatgacgaggcacacacat
+ − 410 >glpFK 2 95->117
+ − 411 aagttcgatatttctcgttttt
+ − 412 >gut (srlA) 72->94
+ − 413 ttttgcgatcaaaataacactt
+ − 414 >ilvB 87->109
+ − 415 aaacgtgatcaacccctcaatt
+ − 416 >lac 1 (lacZ) 88->110
+ − 417 taatgtgagttagctcactcat
+ − 418 >lac 2 (lacZ) 16->38
+ − 419 aattgtgagcggataacaattt
+ − 420 >malEpKp1 110->132
+ − 421 ttgtgtgatctctgttacagaa
+ − 422 >malEpKp2 139->161
+ − 423 TAAtgtggagatgcgcacaTAA
+ − 424 >malEpKp3 173->195
+ − 425 TTTtgcaagcaacatcacgAAA
+ − 426 >malEpKp4 205->227
+ − 427 GACctcggtttagttcacaGAA
+ − 428 >malT 121->143
+ − 429 aattgtgacacagtgcaaattc
+ − 430 >melR 52->74
+ − 431 aaccgtgctcccactcgcagtc
+ − 432 >mtl 302->324
+ − 433 TCTTGTGATTCAGATCACAAAG
+ − 434 >nag 156->178
+ − 435 ttttgtgagttttgtcaccaaa
+ − 436 >nupG2 97->119
+ − 437 aaatgttatccacatcacaatt
+ − 438 >nupG1 47->69
+ − 439 ttatttgccacaggtaacaaaa
+ − 440 >ompA 166->188
+ − 441 atgcctgacggagttcacactt
+ − 442 >ompR 161->183
+ − 443 taacgtgatcatatcaacagaa
+ − 444 >ptsH A 316->338
+ − 445 Ttttgtggcctgcttcaaactt
+ − 446 >ptsH B 188->210
+ − 447 ttttatgatttggttcaattct
+ − 448 >rhaS (rhaB) 161->183
+ − 449 aattgtgaacatcatcacgttc
+ − 450 >rot 1 (ppiA) 182->204
+ − 451 ttttgtgatctgtttaaatgtt
+ − 452 >rot 2 (ppiA) 129->151
+ − 453 agaggtgattttgatcacggaa
+ − 454 >tdcA 60->82
+ − 455 atttgtgagtggtcgcacatat
+ − 456 >tnaL 73->95
+ − 457 gattgtgattcgattcacattt
+ − 458 >tsx 2 146->168
+ − 459 gtgtgtaaacgtgaacgcaatc
+ − 460 >tsx 1 107->129
+ − 461 aactgtgaaacgaaacatattt
+ − 462 >uxuAB 165->187
+ − 463 TCTTGTGATGTGGTTAACCAAT
+ − 464 " >
+ − 465 </form>
+ − 466
+ − 467 <hr ><a name="trans"></a>
+ − 468 <h2><i>E. coli</i> Transcription Factor Binding Sites</h2>
+ − 469
+ − 470 <p>
+ − 471 The following logos (along with the <a href="#CAP">CAP logo</a> above) display
+ − 472 a selection of <i>E. coli</i> transcription factor binding sites determined
+ − 473 by DNA footprinting. This data has been collated in the
+ − 474 <a href="http://arep.med.harvard.edu/dpinteract/">DPInteract</a>
+ − 475 database and has been used to
+ − 476 <a href="http://arep.med.harvard.edu/ecoli_matrices/">search for
+ − 477 additional binding sites</a> within the <i>E. coli</i> genome.
+ − 478 </p>
+ − 479 <p>
+ − 480 <a name="footprinting"></a>
+ − 481 <cite>
+ − 482 Robison, K., McGuire, A. M., Church, G. M. A comprehensive library of
+ − 483 DNA-binding site matrices for 55 proteins applied to the
+ − 484 complete <i>Escherichia coli</i> K12 genome. Journal of Molecular Biology
+ − 485 (1998) 284, 241-254.
+ − 486 </cite>
+ − 487 </p>
+ − 488
+ − 489 <a name="LexA"></a>
+ − 490 <img alt ="" src="examples/lexA.png" ><br >
+ − 491 <form method="post" action="create.cgi">
+ − 492 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
+ − 493 LexA repressor is closely related to CAP, and has similar DNA protein
+ − 494 interactions.
+ − 495 <input type="hidden" name="logo_title" value="19 LexA Binding Sites" >
+ − 496 <input type="hidden" name="first_index" value="-9" >
+ − 497 <input type="hidden" name="show_xaxis" value="true" >
+ − 498 <input type="hidden" name="show_yaxis" value="true" >
+ − 499 <input type="hidden" name="show_errorbars" value="true" >
+ − 500 <input type="hidden" name="show_fineprint" value="true" >
+ − 501 <input type="hidden" name="scale_width" value="true" >
+ − 502 <input type="hidden" name="sequences" value="
+ − 503 >dinD 32->52
+ − 504 aactgtatataaatacagtt
+ − 505 >dinG 15->35
+ − 506 tattggctgtttatacagta
+ − 507 >dinH 77->97
+ − 508 tcctgttaatccatacagca
+ − 509 >dinI 19->39
+ − 510 acctgtataaataaccagta
+ − 511 >lexA-1 28->48
+ − 512 tgctgtatatactcacagca
+ − 513 >lexA-2 7->27
+ − 514 aactgtatatacacccaggg
+ − 515 >polB(dinA) 53->73
+ − 516 gactgtataaaaccacagcc
+ − 517 >recA 59->79
+ − 518 tactgtatgagcatacagta
+ − 519 >recN-1 49->69
+ − 520 tactgtatataaaaccagtt
+ − 521 >recN-2 27->47
+ − 522 tactgtacacaataacagta
+ − 523 >recN-3 9-29
+ − 524 TCCTGTATGAAAAACCATTA
+ − 525 >ruvAB 49->69
+ − 526 cgctggatatctatccagca
+ − 527 >sosC 18->38
+ − 528 tactgatgatatatacaggt
+ − 529 >sosD 14->34
+ − 530 cactggatagataaccagca
+ − 531 >sulA 22->42
+ − 532 tactgtacatccatacagta
+ − 533 >umuDC 20->40
+ − 534 tactgtatataaaaacagta
+ − 535 >uvrA 83->103
+ − 536 tactgtatattcattcaggt
+ − 537 >uvrB 75->95
+ − 538 aactgtttttttatccagta
+ − 539 >uvrD 57->77
+ − 540 atctgtatatatacccagct" >
+ − 541 </form>
+ − 542
+ − 543 <a name="hns"></a>
+ − 544 <!--<img alt ="" src="examples/hns.png" >-->
+ − 545 <!--<form method="post" action="create.cgi">
+ − 546 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
+ − 547 H-NS: Histone like, nucleoid-associated DNA-binding protein.
+ − 548 <input type="hidden" name="logo_title" value="15 hns Binding Sites" >
+ − 549 <input type="hidden" name="first_index" value="-1" >
+ − 550 <input type="hidden" name="logo_start" value="1" >
+ − 551 <input type="hidden" name="show_xaxis" value="true" >
+ − 552 <input type="hidden" name="show_yaxis" value="true" >
+ − 553 <input type="hidden" name="show_errorbars" value="true" >
+ − 554 <input type="hidden" name="show_fineprint" value="true" >
+ − 555 <input type="hidden" name="scale_width" value="true" >
+ − 556 <input type="hidden" name="sequences" value="
+ − 557 >hns1
+ − 558 tAGGCTGATTT
+ − 559 >hns2
+ − 560 gAAAATTATTT
+ − 561 >hns3
+ − 562 gGGAGTTATTC
+ − 563 >hns4
+ − 564 aCAAATTATTT
+ − 565 >hns5
+ − 566 gCAACAGAGTA
+ − 567 >hns6
+ − 568 aCGCCTGAATA
+ − 569 >hns7
+ − 570 tCGAGAAAGTT
+ − 571 >hns8
+ − 572 tCGCCGGAATT
+ − 573 >hns9
+ − 574 tGGCATGAATA
+ − 575 >hns10
+ − 576 aTAAAGGAATC
+ − 577 >hns11
+ − 578 cTAATTTAATT
+ − 579 >hns12
+ − 580 gCAATTAAATT
+ − 581 >hns13
+ − 582 tGACATGAATC
+ − 583 >hns14
+ − 584 cTGGCTAATTT
+ − 585 >hns15
+ − 586 aCAACTGAATT" >
+ − 587 </form>
+ − 588
+ − 589
+ − 590 <a name="dnaA"></a>-->
+ − 591 <!--<img alt="" src="examples/dnaA.png" >-->
+ − 592 <!--<form method="post" action="create.cgi">
+ − 593 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
+ − 594 DNA biosynthesis initiation binding protein.
+ − 595 <input type="hidden" name="logo_title" value="8 dnaA Binding Sites" >
+ − 596 <input type="hidden" name="logo_end" value="14" >
+ − 597 <input type="hidden" name="show_xaxis" value="true" >
+ − 598 <input type="hidden" name="show_yaxis" value="true" >
+ − 599 <input type="hidden" name="show_errorbars" value="true" >
+ − 600 <input type="hidden" name="show_fineprint" value="true" >
+ − 601 <input type="hidden" name="scale_width" value="true" >
+ − 602 <input type="hidden" name="sequences" value="
+ − 603 >dnaA_1 rpoH-1
+ − 604 aatttattcacaagc
+ − 605 >dnaA_2 rpoH-2
+ − 606 attttatccacaagt
+ − 607 >dnaA_3 nrd
+ − 608 gagttatccacaaag
+ − 609 >dnaA_4 oriC-R1
+ − 610 ttgttatccacaggg
+ − 611 >dnaA_5 oriC-R2
+ − 612 ggggttatacacaac
+ − 613 >dnaA_6 oriC-R3
+ − 614 ttctttggataacta
+ − 615 >dnaA_7 oriC-R4
+ − 616 gagttatccacagta
+ − 617 >dnaA_10 dnaA
+ − 618 gatttatccacagga" >
+ − 619 </form>
+ − 620 -->
+ − 621
+ − 622 <!-- <a name="argR"></a> -->
+ − 623 <!--<img alt ="" src="examples/argR.png" >-->
+ − 624 <!--<form method="post" action="create.cgi">
+ − 625 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
+ − 626 Arginine Repressor.
+ − 627 <input type="hidden" name="logo_title" value="17 ArgR Binding Sites" >
+ − 628 <input type="hidden" name="first_index" value="-8" >
+ − 629 <input type="hidden" name="show_xaxis" value="true" >
+ − 630 <input type="hidden" name="show_yaxis" value="true" >
+ − 631 <input type="hidden" name="show_errorbars" value="true" >
+ − 632 <input type="hidden" name="show_fineprint" value="true" >
+ − 633 <input type="hidden" name="scale_width" value="true" >
+ − 634 <input type="hidden" name="sequences" value="
+ − 635 >argA-1 32->50
+ − 636 acagaataaaaatacact
+ − 637 >argA-2 11->29
+ − 638 ttcgaataatcatgcaaa
+ − 639 >argD-1 51->69
+ − 640 agtgattttttatgcata
+ − 641 >argD-2 30->48
+ − 642 tgtggttataatttcaca
+ − 643 >argECBH-1 26->44, argC 110->128
+ − 644 tatcaatattcatgcagt
+ − 645 >argECBH-2 47->65, argC 89->107
+ − 646 tatgaataaaaatacact
+ − 647 >argF-1 48->66
+ − 648 aatgaataattacacata
+ − 649 >argF-2 27->45
+ − 650 agtgaattttaattcaat
+ − 651 >argG-1 73->91
+ − 652 attaaatgaaaactcatt
+ − 653 >argG-2 52->70
+ − 654 tttgcataaaaattcagt
+ − 655 >argG-3 192->210
+ − 656 tgtgaatgaatatccagt
+ − 657 >argI-1 46->64
+ − 658 aatgaataatcatccata
+ − 659 >argI-2 25->43
+ − 660 attgaattttaattcatt
+ − 661 >argR-1 45->63
+ − 662 tttgcataaaaattcatc
+ − 663 >argR-2 24->42
+ − 664 tatgcacaataatgttgt
+ − 665 >carAB-1 32->50
+ − 666 tgtgaattaatatgcaaa
+ − 667 >carAB-2 11->29
+ − 668 agtgagtgaatattctct" >
+ − 669 </form>
+ − 670
+ − 671
+ − 672
+ − 673 <hr >
+ − 674 <a name="promoters"></a>
+ − 675 <h2><i>E. coli</i> Promoters (Transcription Start Signals)</h2>
+ − 676
+ − 677 <p>
+ − 678 <img alt="" src="examples/ecoli10.png"><br >
+ − 679 In prokaryotes the DNA sequence just upstream of the transcription start point
+ − 680 contains two important conserved regions. The first such region is centered
+ − 681 at around 35bp upstream and is involved in the initial recognition of the
+ − 682 gene by RNA polymerase. -->
+ − 683 <!--The consensus sequence is TTGACAT, but the logo
+ − 684 indicates that a great deal of variation occurs. -->
+ − 685 <!--The second region, sometimes
+ − 686 referred to as the Pribnow box, is centered at about 10bp upstream. The typical
+ − 687 separation between the -35 and -10 sites is 15-18 bp.
+ − 688 See
+ − 689 <a class="out" href="http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/papers/baseflip/">baseflip:
+ − 690 Strong Minor Groove Base Conservation in Sequence Logos
+ − 691 implies DNA Distortion or Base Flipping during Replication and
+ − 692 Transcription Initiation</a> for more information. This sequence data was kindly provided by Prof. Julia Brettschneider <juliab@stat.berkeley.edu>
+ − 693 </p>-->
+ − 694
+ − 695 <!--
+ − 696 <form method="post" action="create.cgi">
+ − 697 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
+ − 698 The -10 region of 350 E. coli promoters
+ − 699 <input type="hidden" name="logo_title" value="-10 region of 3E. coli promoters" >
+ − 700 <input type="hidden" name="first_index" value="-21" >
+ − 701 <input type="hidden" name="logo_start" value="0" >
+ − 702 <input type="hidden" name="logo_end" value="7" >
+ − 703 <input type="hidden" name="show_xaxis" value="true" >
+ − 704 <input type="hidden" name="show_yaxis" value="true" >
+ − 705 <input type="hidden" name="show_errorbars" value="true" >
+ − 706 <input type="hidden" name="show_fineprint" value="true" >
+ − 707 <input type="hidden" name="scale_width" value="true" >
+ − 708 <input type="hidden" name="sequences" value="> The -10 hexamers of 350 E.coli promoters
+ − 709 gatgacgtggtttacgaccccaTTTAGTagtcaaccgcagtgagtgagtc
+ − 710 >
+ − 711 ttgaaaccagacgtttcgccccTATTACagactcacaaccacatgatgac
+ − 712 >
+ − 713 ctggcggcgtagcgatgcgctgGTTACTctgaaaacggtctatgcaaatt
+ − 714 >
+ − 715 tgacttttagcgcccatatctcCAGAATgccgccgtttgccagaaattcg
+ − 716 >
+ − 717 gatttacgtcatcattgtgaatTAATATgcaaataaagtgagtgaatatt
+ − 718 >
+ − 719 agaatacagcttattgaataccCATTATgagttagccattaacgcgtcca
+ − 720 >
+ − 721 cgacgacggtttacgctttacgTATAGTggcgacaattttttttatcggg
+ − 722 >
+ − 723 ctgacgctttttatcgcaactcTCTACTgtttctccatacccgttttttt
+ − 724 >
+ − 725 atccgtttttgtatccagtaacTCTAAAagcatatcgcattcatctggag
+ − 726 >
+ − 727 ttttttattgaatgtagaatttTATTCTgaatgtgtgggctctctatttt
+ − 728 >
+ − 729 tattctgaatgtgtgggctctcTATTTTaggattaattaaaaaaatagag
+ − 730 >
+ − 731 tcttttcacctttcctcctgttTATTCTtattaccccgtgtttatgtctc
+ − 732 >
+ − 733 attgcttaagcaagatcggacgGTTAATgtgttttacacattttttccgt
+ − 734 >
+ − 735 gcgccacactaaggtaattcctTATGCTggcaatgtcgtgaccagtgata
+ − 736 >
+ − 737 tgcagcctgtgctcagcgcgtgTTTCATacgcaagtgcgtatcggcgcgc
+ − 738 >
+ − 739 tgcattcgctgccgcataccatTATTCTtgatctgacggaagtctttttg
+ − 740 >
+ − 741 ggacataaggtgaatactttgtTACTTTagcgtcacagacatgaaattgg
+ − 742 >
+ − 743 ttattgagctttccggcgagagTTCAATgggacaggttccagaaaactca
+ − 744 >
+ − 745 ttaaaaattgttaacaattttgTAAAATaccgacggatagaacgacccgg
+ − 746 >
+ − 747 taacacctcgtcaaaatcctgcTATTCTgcccgttgcggtactgggcatt
+ − 748 >
+ − 749 tctattttatattattccctgtTTTAATtaactctatcagggatggttta
+ − 750 >
+ − 751 gacagaggccctcaatccaaacGATAAAgggtgatgtgtttactgatatg
+ − 752 >
+ − 753 tgctatctcgctgacggacaggCAAATTgatgaccagcttttaaaccgac
+ − 754 >
+ − 755 tttgacatttcttttgcactggTAAACTaaatcacttttttttgtcccag
+ − 756 >
+ − 757 ttttctcgcgtccgcgatagcgTAAAATagcgccgtaacccccaggtcct
+ − 758 >
+ − 759 aatttctacctgtttaagcatcTCTGGTagacttcctgtaattgaatcga
+ − 760 >
+ − 761 tgcagtgctcatagcggtcattTATGTCagacttgtcgttttacagttcg
+ − 762 >
+ − 763 aacatatctcgcaagcctgtctTGTGTTgacaacattttctgctaaccct
+ − 764 >
+ − 765 ctctccctgacgcgggataaagTGGTATtctcaaacatatctcgcaagcc
+ − 766 >
+ − 767 tatatctttaacaatctcaggtTAAAAActttcctgttttcaacgggact
+ − 768 >
+ − 769 gttgcaaatgaataattacacaTATAAAgtgaattttaattcaataagtg
+ − 770 >
+ − 771 tgaacgtccaatcaataaccgcTTTAATagataaacaccgctgatgaatg
+ − 772 >
+ − 773 ttgctttttatcttcagatgaaTAGAATgcggcggattttttgggtttca
+ − 774 >
+ − 775 gtcataaggtaaaagtctcattTATGATgagttccattggatttacttat
+ − 776 >
+ − 777 ttaccttatgacaatcggcgagTAGTCTgcctctcattccagagacagac
+ − 778 >
+ − 779 tacactttatgcttccggctcgTATGTTgtgtggaattgtgagcggataa
+ − 780 >
+ − 781 cgcaaaacctttcgcggtatggCATGATagcgcccggaagagagtcaatt
+ − 782 >
+ − 783 taaagttgtcacggccgagactTATAGTcgctttgtttttattttttaat
+ − 784 >
+ − 785 ttcattcttgaatatttattggTATAGTaaggggtgtattgagattttca
+ − 786 >
+ − 787 atctcttggccttgctggtcgtTATCCTgcaagctatcactttattggct
+ − 788 >
+ − 789 taaatctgtcataaatctgacgCATAATgacgtcgcattaatgatcgcaa
+ − 790 >
+ − 791 tgcagggagagcgccccggcacTAGACTacccgcctcttattttagtctg
+ − 792 >
+ − 793 acatatttttgtgagcaatgatTTTTATaataggctcctctgtatacgaa
+ − 794 >
+ − 795 ttacagtaatgtaaccttcccgTAAAATgcccacacactttaaacgccac
+ − 796 >
+ − 797 tagcgtaacaacaaaagattgtTATGCTtgaaatatggtgatgccgtacc
+ − 798 >
+ − 799 tcccttgtccccatctctcccaCATCCTgtttttaaccttaaaatggcat
+ − 800 >
+ − 801 tgaggcaatcgcctgttggtggTATCGTttatcgctttttcaaaaaattc
+ − 802 >
+ − 803 gattgcagaaatatattgataaTATTATtgataactatttgcatttgcaa
+ − 804 >
+ − 805 aaatgcaaatagttatcaataaTATTATcaatatatttctgcaatcaatg
+ − 806 >
+ − 807 tgctggaaaattaatgtgctttTATAGTggcgcttattgttgtcaatatt
+ − 808 >
+ − 809 attatcactcccttttactggcTAAACCagaaaacttattttatcattca
+ − 810 >
+ − 811 tcacacactctgtagcagatgaTCTAACaatctgattacagaacatcggc
+ − 812 >
+ − 813 tgtcagcctgtcccgcttataaGATCATacgccgttatacgttgtttacg
+ − 814 >
+ − 815 tttcatttaggcgtggcaattcTATAATgatacgcattatctcaagagca
+ − 816 >
+ − 817 acagttattagtggtagacaagTTTAATaattcggattgctaagtacttg
+ − 818 >
+ − 819 acaaacattaccaggaaaagcaTATAATgcgtaaaagttatgaagtcggt
+ − 820 >
+ − 821 tgtaatgattttgtgaacagccTATACTgccgccaggtctccggaacacc
+ − 822 >
+ − 823 tgggcagcttcttcgtcaaattTATCATgtggggcatccttaccgctctg
+ − 824 >
+ − 825 ctttaaaaactgcccctgacacTAAGACagtttttaaaggttccttcgcg
+ − 826 >
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+ − 1410
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+ − 1413 <hr >
+ − 1414 <a name="globins"></a>
+ − 1415 <h2>Globins</h2>
+ − 1416 <img alt="" src="examples/globins.png" ><br >
+ − 1417 The end of the B helix through the beginning of the D helix of 34 globins. This
+ − 1418 sequence data was taken from
+ − 1419 <a href="http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/paper/logopaper/">Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences</a>.<br ><br >
+ − 1420 <form method="post" action="create.cgi">
+ − 1421 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
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+ − 1430 >Lamprey GLOBIN V - SEA LAMPREY
+ − 1431 PIVDTGSVA-P------------------LSAAEKTKIRSAWAPVYSTY---ETSGVDILVKFFTSTPAAQEFFPKFKGL
+ − 1432 TT-----ADQLKKSA---DVRWHA-ERIINAVNDAVASMDDTEKMS--MKL-RDLSGKH----AKSFQV-----DPQYFK
+ − 1433 VLAAVI-AD-TVAAGD--AGFEKLMSM------I---CILLR----S-----A-----Y------------
+ − 1434 >Hagfish GLOBIN III - ATLANTIC HAGFISH
+ − 1435 PITDHGQPP-T------------------LSEGDKKAIRESWPQIYKNF---EQNSLAVLLEFLKKFPKAQDSFPKFSAK
+ − 1436 KS-------HLEQDP---AVKLQA-EVIINAVNHTIGLMDKEAAMK--KYL-KDLSTKH----STEFQV-----NPDMFK
+ − 1437 ELSAVF-VS-TMG-GK--AAYEKLFSI------I---ATLLR----S-----T-----YDA----------
+ − 1438 >Frog HEMOGLOBIN BETA CHAIN - EDIBLE FROG
+ − 1439 ----------GS-----------------------DLVSGFWGKV--DA---HKIGGEALARLLVVYPWTQRYFTTFGNL
+ − 1440 GSADAIC-----HNA---KVLAHG-EKVLAAIGEGLKHPENLKAHY--AKL-SEYHSNK----LHVDPANFRLLGNVFIT
+ − 1441 VLARHF-QH-EFTPELQ-HALEAHFCA------V---GDALA----K-----A-----YH-----------
+ − 1442 >African Elephant HEMOGLOBIN BETA CHAIN - AFRICAN ELEPHANT
+ − 1443 ----------VN-----------------LTAAEKTQVTNLWGKV--NV---KELGGEALSRLLVVYPWTRRFFEHFGDL
+ − 1444 STAEAVL-----HNA---KVLAHG-EKVLTSFGEGLKHLDNLKGTF--ADL-SELHCDK----LHVDPENFRLLGNVLVI
+ − 1445 VLARHF-GK-EFTPDVQ-AAYEKVVAG------V---ANALA----H-----K-----YH-----------
+ − 1446 >Goat HEMOGLOBIN BETA-A CHAIN - GOAT
+ − 1447 ----------M------------------LTAEEKAAVTGFWGKV--KV---DEVGAEALGRLLVVYPWTQRFFEHFGDL
+ − 1448 SSADAVM-----NNA---KVKAHG-KKVLDSFSNGMKHLDDLKGTF--AQL-SELHCDK----LHVDPENFKLLGNVLVV
+ − 1449 VLARHH-GS-EFTPLLQ-AEFQKVVAG------V---ANALA----H-----R-----YH-----------
+ − 1450 >Primate HEMOGLOBIN BETA CHAIN - HUMAN, CHIMPANZEES, AND GORILLA
+ − 1451 ----------VH-----------------LTPEEKSAVTALWGKV--NV---DEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDL
+ − 1452 STPDAVM-----GNP---KVKAHG-KKVLGAFSDGLAHLDNLKGTF--ATL-SELHCDK----LHVDPENFRLLGNVLVC
+ − 1453 VLAHHF-GK-EFTPPVQ-AAYQKVVAG------V---ANALA----H-----K-----YH-----------
+ − 1454 >Gibbon HEMOGLOBIN BETA CHAIN - COMMON GIBBON (TENTATIVE SEQUENCE)
+ − 1455 ----------VH-----------------LTPEEKSAVTALWGKV--NV---DEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDL
+ − 1456 STPDAVM-----GNP---KVKAHG-KKVLGAFSDGLAHLDNLKGTF--AQL-SELHCDK----LHVDPENFRLLGNVLVC
+ − 1457 VLAHHF-GK-EFTPQVQ-AAYQKVVAG------V---ANALA----H-----K-----YH-----------
+ − 1458 >Dog HEMOGLOBIN BETA CHAIN - DOG AND COYOTE
+ − 1459 ----------VH-----------------LTAEEKSLVSGLWGKV--NV---DEVGGEALGRLLIVYPWTQRFFDSFGDL
+ − 1460 STPDAVM-----SNA---KVKAHG-KKVLNSFSDGLKNLDNLKGTF--AKL-SELHCDK----LHVDPENFKLLGNVLVC
+ − 1461 VLAHHF-GK-EFTPQVQ-AAYQKVVAG------V---ANALA----H-----K-----YH-----------
+ − 1462 >Horse HEMOGLOBIN BETA CHAIN - HORSE
+ − 1463 ----------VQ-----------------LSGEEKAAVLALWDKV--NE---EEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDL
+ − 1464 SNPGAVM-----GNP---KVKAHG-KKVLHSFGEGVHHLDNLKGTF--AAL-SELHCDK----LHVDPENFRLLGNVLVV
+ − 1465 VLARHF-GK-DFTPELQ-ASYQKVVAG------V---ANALA----H-----K-----YH-----------
+ − 1466 >Human, Chimp HEMOGLOBIN GAMMA CHAINS - HUMAN AND CHIMPANZEE
+ − 1467 ----------GH-----------------FTEEDKATITSLWGKV--NV---EDAGGETLGRLLVVYPWTQRFFDSFGNL
+ − 1468 SSASAIM-----GNP---KVKAHG-KKVLTSLGDAIKHLDDLKGTF--AQL-SELHCDK----LHVDPENFKLLGNVLVT
+ − 1469 VLAIHF-GK-EFTPEVQ-ASWQKMVTA------V---ASALS----S-----R-----YH-----------
+ − 1470 >Nile Crocodile HEMOGLOBIN BETA CHAIN - NILE CROCODILE
+ − 1471 ----------AS-----------------FDPHEKQLIGDLWHKV--DV---AHCGGEALSRMLIVYPWKRRYFENFGDI
+ − 1472 SNAQAIM-----HNE---KVQAHG-KKVLASFGEAVCHLDGIRAHF--ANL-SKLHCEK----LHVDPENFKLLGDIIII
+ − 1473 VLAAHY-PK-DFGLECH-AAYQKLVRQ------V---AAALA----A-----E-----YH-----------
+ − 1474 >Chicken HEMOGLOBIN BETA CHAIN - CHICKEN
+ − 1475 ----------VH-----------------WTAEEKQLITGLWGKV--NV---AECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNL
+ − 1476 SSPTAIL-----GNP---MVRAHG-KKVLTSFGDAVKNLDNIKNTF--SQL-SELHCDK----LHVDPENFRLLGDILII
+ − 1477 VLAAHF-SK-DFTPECQ-AAWQKLVRV------V---AHALA----R-----K-----YH-----------
+ − 1478 >NA Opossum HEMOGLOBIN BETA CHAIN - NORTH AMERICAN OPOSSUM
+ − 1479 ----------VH-----------------LTSEEKNCITTIWSKV--QV---DQTGGEALGRMLVVYPWTTRFFGSFGDL
+ − 1480 SSPGAVM-----SNS---KVQAHG-AKVLTSFGEAVKHLDDLKGTY--AKL-SELHCDK----LHVDPENFKMLG-IIVI
+ − 1481 CLAEHF-GK-DFTPECV-A--WKLVAG------V---AHALA----H-----K-----YH-----------
+ − 1482 >Carp HEMOGLOBIN BETA CHAINS - CARP
+ − 1483 ----------VE-----------------WTDAERSAIIALWGKL--NP---DELGPEALARCLIVYPWTQRFFASYGNL
+ − 1484 SSPAAIM-----GNP---KVAAHG-RTVEGGLMRAIKDMDNIKATY--APL-SVMHSEK----LHVDPDNFRLLADCITV
+ − 1485 CAAMKFGPS-GFSPNVQ-EAWQKFLSV------V---VNALK----R-----Q-----YH-----------
+ − 1486 >Shark HEMOGLOBIN BETA CHAIN - PORT JACKSON SHARK
+ − 1487 ----------VH-----------------WSEVELHEITTTWKSI--DK---HSLGAKALARMFIVYPWTTRYFGNLKEF
+ − 1488 TA----------CSY---GVKEHA-KKVTGALGVAVTHLGDVKSQF--TDL-SKKHAEE----LHVDVESFKLLAKCFVV
+ − 1489 ELGILL-KD-KFAPQTQ-AIWEKYFGV------V---VDAIS----K-----E-----YH-----------
+ − 1490 >Shark HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - PORT JACKSON SHARK
+ − 1491 ----------S-TSTSTSD----------YSAADRAELAALSKVLAQNA---EAFGAEALARMFTVYAATKSYFKDYKDF
+ − 1492 TA----------AAP---SIKAHG-AKVVTALAKACDHLDDLKTHL--HKL-ATFHGSE----LKVDPANFQYLSYCLEV
+ − 1493 ALAVHL--T-EFSPETH-CALDKFLTN------V---CHELS----S-----R-----YR-----------
+ − 1494 >Carp HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - CARP
+ − 1495 ----------S------------------LSDKDKAAVKIAWAKISPKA---DDIGAEALGRMLTVYPQTKTYFAHWADL
+ − 1496 SP----------GSG---PVKHGK-KVIMGAVGDAVSKIDDLVGGL--ASL-SELHASK----LRVDPANFKILANHIVV
+ − 1497 GIMFYL-PG-DFPPEVH-MSVDKFFQN------L---ALALS----E-----K-----YR-----------
+ − 1498 >Bullfrog HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - BULLFROG TADPOLE
+ − 1499 ----------S------------------LSASEKAAVLSIVGKIGSQG---SALGSEALTRLFLSFPQTKTYFPHF-DL
+ − 1500 TP----------GSA---DLNTHG-GKIINALAGAANHLDDLAGNL--SSL-SDLHAYN----LRVDPGNFPLLAHIIQV
+ − 1501 VLATHF-PG-DFTAEVQ-AAWDKFLAL------V---SAVLT----S-----K-----YR-----------
+ − 1502 >Nile Crocodile HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - NILE CROCODILE
+ − 1503 ----------V------------------LSSDDKCNVKAVWSKVAGHL---EEYGAEALERMFCAYPQTKIYFPHF-DL
+ − 1504 SH----------GSA---QIRAHG-KKVFAALHEAVNHIDDLPGAL--CRL-SELHAHS----LRVDPVNFKFLAQCVLV
+ − 1505 VVAIHH-PG-SLTPEVH-ASLDKFLCA------V---SSVLT----S-----K-----YR-----------
+ − 1506 >Ostrich HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - OSTRICH
+ − 1507 ----------V------------------LSGTDKTNVKGIFSKISSHA---EEYGAETLERMFITYPQTKTYFPHF-DL
+ − 1508 HH----------GSA---QIKAHG-KKVANALIEAVNHIDDISGAL--SKL-SDLHAQK----LRVDPVNFKLLGQCFLV
+ − 1509 VVAIHH-PS-ALTPEVH-ASLDKFLCA------V---GAVLT----A-----K-----YR-----------
+ − 1510 >Kangaroo HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - EASTERN GRAY KANGAROO
+ − 1511 ----------V------------------LSAADKGHVKAIWGKVGGHA---GEYAAEGLERTFHSFPTTKTYFPHF-DL
+ − 1512 SH----------GSA---QIQAHG-KKIADALGQAVEHIDDLPGTL--SKL-SDLHAHK----LRVDPVNFKLLSHCLLV
+ − 1513 TFAAHL-GD-AFTPEVH-ASLDKFLAA------V---STVLT----S-----K-----YR-----------
+ − 1514 >Armadillo HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - NINE-BANDED ARMADILLO
+ − 1515 ----------V------------------LSAADKTHVKAFWGKVGGHA---AEFGAEALERMFASFPPTKTYFSHM-DL
+ − 1516 SH----------GSA---QVKAHG-KKVADALTLAVGHLDDLPGAL--STL-SDLHAHK----LRVDPVNFKFLSHCLLV
+ − 1517 TLACHL-PD-DFTPAVH-ASMDKFMAG------V---STVLV----S-----K-----YR-----------
+ − 1518 >Horse HEMOGLOBIN ALPHA CHAINS - HORSE
+ − 1519 ----------V------------------LSAADKTNVKAAWSKVGGHA---GEYGAEALERMFLGFPTTKTYFPHF-DL
+ − 1520 SH----------GSA---QVKAHG-KKVGDALTLAVGHLDDLPGAL--SNL-SDLHAHK----LRVDPVNFKLLSHCLLS
+ − 1521 TLAVHL-PN-DFTPAVH-ASLDKFLSS------V---STVLT----S-----K-----YR-----------
+ − 1522 >Primate HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - HUMAN AND CHIMPANZEES
+ − 1523 ----------V------------------LSPADKTNVKAAWGKVGAHA---GEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DL
+ − 1524 SH----------GSA---QVKGHG-KKVADALTNAVAHVDDMPNAL--SAL-SDLHAHK----LRVDPVNFKLLSHCLLV
+ − 1525 TLAAHL-PA-EFTPAVH-ASLDKFLAS------V---STVLT----S-----K-----YR-----------
+ − 1526 >Macaque HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - RHESUS MACAQUE AND JAPANESE MACAQUE
+ − 1527 ----------V------------------LSPADKSNVKAAWGKVGGHA---GEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DL
+ − 1528 SH----------GSA---QVKGHG-KKVADALTLAVGHVDDMPNAL--SAL-SDLHAHK----LRVDPVNFKLLSHCLLV
+ − 1529 TLAAHL-PA-EFTPAVH-ASLDKFLAS------V---STVLT----S-----K-----YR-----------
+ − 1530 >Badger HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - EURASIAN BADGER
+ − 1531 ----------V------------------LSPADKANIKATWDKIGGHA---GEYGGEALERTFASFPTTKTYFPHF-DL
+ − 1532 SH----------GSA---QVKGHG-KKVADALTNAVAHLDDLPGAL--SAL-SDLHAYK----LRVDPVNFKLLSHCLLV
+ − 1533 TLACHH-PA-EFTPAVH-ASLDKFLSS------V---STVLT----S-----K-----YR-----------
+ − 1534 >Ind Elephant HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - INDIAN ELEPHANT
+ − 1535 ----------V------------------LSDKDKTNVKATWSKVGDHA---SDYVAEALERMFFSFPTTKTYFPHF-DL
+ − 1536 SH----------GSG---QVKGHG-KKVGEALTQAVGHLDDLPSAL--SAL-SDLHAHK----LRVDPVNFKLLSHCLLV
+ − 1537 TLSSHQ-PT-EFTPEVH-ASLDKFLSN------V---STVLT----S-----K-----YR-----------
+ − 1538 >Hyrax HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN - ABYSSINIAN HYRAX
+ − 1539 ----------V------------------LSAADKNNVKGAWEKVGTHA---GEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DL
+ − 1540 TH----------GSA---QVKAHG-QKVGAALTKAVGHLDDLPNAL--SDL-SDLHAHK----LRVDPVNFKLLSHCLLV
+ − 1541 TLSRHL-PEQEFTPAVH-ASLDKFFSN------V---STVLT----S-----K-----YR-----------
+ − 1542 >Tuna MYOGLOBIN - YELLOWFIN TUNA
+ − 1543 ----------A----------------------DFDAVLKCWGPVEADY---TTMGGLVLTRLFKEHPETQKLFPKFAGI
+ − 1544 -A-----QADIAGNA---AISAHG-ATVLKKLGELLKAKGSHAAIL--KPL-ANSHATK----HKIPINNFKLISEVLVK
+ − 1545 VMHEK---A-GLDAGGQ-TALRNVMGI------I---IADLE----ANYKELG-----FSG----------
+ − 1546 >Shark MYOGLOBIN - PORT JACKSON SHARK
+ − 1547 ----------T----------------------EWEHVNKVWAVVEPDI---PAVGLAILLRLFKEHKETKDLFPKFKEI
+ − 1548 -P-----VQQLGNNE---DLRKHG-VTVLRALGNILKQKGKHSTNV--KEL-ADTHINK----HKIPPKNFVLITNIAVK
+ − 1549 VLTEMY-PS-DMTGPMQ-ESFSKVFTV------I---CSDLE----TLYKEAN-----FQG----------
+ − 1550 >Turtle MYOGLOBIN - MAP TURTLE
+ − 1551 ----------G------------------LSDDEWHHVLGIWAKVEPDL---SAHGQEVIIRLFQVHPETQERFAKFKNL
+ − 1552 KT-----IDELRSSE---EVKKHG-TTVLTALGRILKLKNNHEPEL--KPL-AESHATK----HKIPVKYLEFICEIIVK
+ − 1553 VIAEKH-PS-DFGADSQ-AAMRKALEL------F---RNDMA----SKYKEFG-----FQG----------
+ − 1554 >Chicken MYOGLOBIN - CHICKEN
+ − 1555 ----------G------------------LSDQEWQQVLTIWGKVEADI---AGHGHEVLMRLFHDHPETLDRFDKFKGL
+ − 1556 KT-----EPDMKGSE---DLKKHG-QTVLTALGAQLKKKGHHEADL--KPL-AQTHATK----HKIPVKYLEFISEVIIK
+ − 1557 VIAEKH-AA-DFGADSQ-AAMKKALEL------F---RDDMA----SKYKEFG-----FQG----------
+ − 1558 >Dog MYOGLOBIN - DOG, BAT-EARED FOX, AFRICAN HUNTING DOG, AND CAPE FOX
+ − 1559 ----------G------------------LSDGEWQIVLNIWGKVETDL---AGHGQEVLIRLFKNHPETLDKFDKFKHL
+ − 1560 KT-----EDEMKGSE---DLKKHG-NTVLTALGGILKKKGHHEAEL--KPL-AQSHATK----HKIPVKYLEFISDAIIQ
+ − 1561 VLQSKH-SG-DFHADTE-AAMKKALEL------F---RNDIA----AKYKELG-----FQG----------
+ − 1562 >Badger MYOGLOBIN - EURASIAN BADGER
+ − 1563 ----------G------------------LSDGEWQLVLNVWGKVEADL---AGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHL
+ − 1564 KS-----EDEMKGSE---DLKKHG-NTVLTALGGILKKKGHQEAEL--KPL-AQSHATK----HKIPVKYLEFISDAIAQ
+ − 1565 VLQSKH-PG-NFAAEAQ-GAMKKALEL------F---RNDIA----AKYKELG-----FQG----------
+ − 1566 >Dolphin MYOGLOBIN - SADDLEBACK DOLPHIN
+ − 1567 ----------G------------------LSDGEWQLVLNVWGKVEADV---AGHGQDILIRLFKGHPETLEKFDKFKHL
+ − 1568 KT-----EADMKASE---DLKKHG-DTVLTALGAILKKKGHHDAEL--KPL-AQSHATK----HKIPIKYLEFISEAIIH
+ − 1569 VLHSRH-PA-QFGADAQ-GAMNKALEL------F---RKDIA----AKYKELG-----FHG----------
+ − 1570 >Horse, Zebra MYOGLOBIN - HORSE AND PLAINS ZEBRA
+ − 1571 ----------G------------------LSDGEWQQVLNVWGKVEADI---AGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDKFKHL
+ − 1572 KT-----EAEMKASE---DLKKHG-TVVLTALGGILKKKGHHEAEL--KPL-AQSHATK----HKIPIKYLEFISDAIIH
+ − 1573 VLHSKH-PG-NFGADAQ-GAMTKALEL------F---RNDIA----AKYKELG-----FQG----------
+ − 1574 >African Elephant MYOGLOBIN - AFRICAN ELEPHANT
+ − 1575 ----------G------------------LSDGEWELVLKTWGKVEADI---PGHGEFVLVRLFTGHPETLEKFDKFKHL
+ − 1576 KT-----EGEMKASE---DLKKQG-VTVLTALGGILKKKGHHEAEI--QPL-AQSHATK----HKIPIKYLEFISDAIIH
+ − 1577 VLQSKH-PA-EFGADAQ-AAMKKALEL------F---RNDIA----AKYKELG-----FQG----------
+ − 1578 >Aardvark MYOGLOBIN - AARDVARK
+ − 1579 ----------G------------------LSDAEWQLVLNVWGKVEADI---PGHGQDVLIRLFKGHPETLEKFDRFKHL
+ − 1580 KT-----EDEMKASE---DLKKHG-TTVLTALGGILKKKGQHEAEI--QPL-AQSHATK----HKIPVKYLEFISEAIIQ
+ − 1581 VIQSKH-SG-DFGADAQ-GAMSKALEL------F---RNDIA----AKYKELG-----FQG----------
+ − 1582 >Human MYOGLOBIN - HUMAN
+ − 1583 ----------G------------------LSDGEWQLVLNVWGKVEADI---PGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHL
+ − 1584 KS-----EDEMKASE---DLKKHG-ATVLTALGGILKKKGHHEAEI--KPL-AQSHATK----HKIPVKYLEFISECIIQ
+ − 1585 VLQSKH-PG-DFGADAQ-GAMNKALEL------F---RKDMA----SNYKELG-----FQG----------
+ − 1586 >Macaque MYOGLOBIN - CRAB-EATING MACAQUE (TENTATIVE SEQUENCE)
+ − 1587 ----------G------------------LSDGEWQLVLNVWGKVEADI---PSHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHL
+ − 1588 KS-----EDEMKASE---DLKKHG-VTVLTALGGILKKKGHHEAEI--KPL-AQSHATK----HKIPVKYLELISESIIQ
+ − 1589 VLQSKH-PG-DFGADAQ-GAMNKALEL------F---RNDMA----AKYKELG-----FQG----------
+ − 1590 >NA Opossum MYOGLOBIN - NORTH AMERICAN OPOSSUM
+ − 1591 ----------G------------------LSDGEWQLVLNAWGKVEADI---PGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHL
+ − 1592 KS-----EDEMKASE---DLKKHG-ATVLTALGNILKKKGNHEAEL--KPL-AQSHATK----HKISVQFLEFISEAIIQ
+ − 1593 VIQSKH-PG-DFGGDAQ-AAMGKALEL------F---RNDMA----AKYKELG-----FQG----------
+ − 1594 >Earthworm GLOBIN AIII - COMMON EARTHWORM
+ − 1595 ---------KK------------------QCGVLEGLKVKSEWGRAYGS---GHDREAFSQAIWRATFAQVPESRSLFKR
+ − 1596 VH-----GDH-TSDP---AFIAHA-ERVLGGLDIAISTLDQPATLK--EEL-DHLQVQHEG--RKIPDNYFDAFKTAILH
+ − 1597 VVAAQL-GE-RCYSNN--EEIHDAIACDGFARVL---PQVLE----R-----G-----IKGHH--------
+ − 1598 > SMALL CHAIN - TYLORRHYNCHUS HETEROCHAETUS
+ − 1599 ----------T------------------DCGILQRIKVKQQWAQVYSV---GESRTDFAIDVFNNFFRTNPD-RSLFNR
+ − 1600 VN-----GDN-VYSP---EFKAHM-VRVFAGFDILISVLDDKPVLD--QAL-AHYAAFH----KQFGTIPFKAFGQTMFQ
+ − 1601 TIAEHI--------HG--ADIGAWRAC------Y---AEQIV----T-----G-----ITA----------
+ − 1602 >BloodwormGLOBIN, MAJOR MONOMERIC COMPONENT - BLOODWORM
+ − 1603 ----------G------------------LSAAQRQVIAATWKDIAGND---NGAGVGKDCLI--KHLSAHPQMAAVFGF
+ − 1604 SG-----ASD-PAVA---DLGAKV-LAIGVAVSHLGDGKMVAQMKA--VGV-RHKGYGN----KHIKGQYFEPLGASLLS
+ − 1605 AMEHRI-GG-KMNAAA-KDAWAAAYAD------I---SGALI----S-----G-----LQS----------
+ − 1606 >Whelk GLOBIN - WHELK
+ − 1607 ----------G------------------LDGAQKTALKESWKVLGADGPTMMKNGSLLFGLLFKTYPDTKKHFKHFDDA
+ − 1608 TF-----AAM-DTTG---VGKAHG-VAVFSGLGSMICSIDDDDCV---GLA-KKLSRNH--LARGVSAADF-KLLEAVFK
+ − 1609 FLDEAT-QR-KATDAQ-KDADGALLTM------L---IKA------------H-----V------------
+ − 1610 >Snail GLOBIN - WATER SNAIL
+ − 1611 ----------S------------------LQPASKSALASSWKTLAKDAATIQNNGATLFSLLFKQFPDTRNYFTHFGNM
+ − 1612 SD-----AEM-KTTG---VGKAHS-MAVFAGIGSMIDSMDDADCMN--GLA-LKLSRNH--IQRKIGASRFGEMRQVFPN
+ − 1613 FLDEAL-GG-GASGDV-KGAWDALLAY------LQDNKQA------------Q-----A----L-------
+ − 1614 >Clam GLOBIN I - BLOOD CLAM
+ − 1615 ----------P--------SVQGAAAQ--LTADVKKDLRDSWKVIGSDK---KGNGVALMTTLFADNQETIGYFKRLGNV
+ − 1616 SQ-----GM---AND---KLRGHS-ITLMYALQNFIDQLDNTDDLV--CVV-EKFAVNH--ITRKISAAEFGKINGP---
+ − 1617 -IKKVL-AS-KNFGDK-YANAWAKLVA------V---VQA------------A-----L------------
+ − 1618 >Midge larvaGLOBIN CTT-II BETA - MIDGE LARVA
+ − 1619 ----------A------------------PLSADEASLV---RGSWAQV---KHSEVDILYYIFKANPDIMAKFPQFAGK
+ − 1620 DL-----ETL-KGTGQFATHAGRI-VGFVSEIVALMGNSANMPAME--TLI-KDMAANH--KARGIPKAQFNEFRASLVS
+ − 1621 YLQSKV----SWNDSL-GAAWTQGLDN------V---FNMMF----S-----Y-----L------------
+ − 1622 >Midge larva GLOBINS CTT-I AND CTT-IA - MIDGE LARVA
+ − 1623 ----------G------------------P-SGDQIAAA---KASWNTV---KNNQVDILYAVFKANPDIQTAFSQFAGK
+ − 1624 DL-----DSI-KGTPDFSKHAGRV-VGLFSEVMDLLGNDANTPTIL--AKA-KDFGKSH--KSRASP-AQLDNFRKSLVV
+ − 1625 YLKGAT----KWDSAV-ESSWAPVLDF------V---FSTLK----N-----E-----L------------
+ − 1626 >Bacteria BACTERIAL HEMOGLOBIN - VITREOSCILLA SP
+ − 1627 -----------------------------MLDQQTINII---KATVPVL---KEHGVTITTTFYKNLFAKHPEVRPLFDM
+ − 1628 GR-----Q---ESLEQ-------P-KALAMTVLAAAQNIENLPAIL--PAV-KKIAVKH--CQAGVAAAHYPIVGQELLG
+ − 1629 AIKEVL-GD-AATDDI-LDAWGKAYGV------I---ADVFI----Q-----VEADLYA-----Q-AVE--
+ − 1630 >P andersonii ONLEGUME HEMOGLOBIN I - PARASPONIA ANDERSONII
+ − 1631 ----------V----------------NKVFTEEQEALV---VKAWAVM---KKNSAELGLQFLK-IFEIAPSAKNLFSY
+ − 1632 LK-----DSP-VPLEQNPKLKPHA-TTFVMTTESAVQLRKAGKVTVK-ESDLKRIGAIH--FKTGVVNEHFEVTRFALLE
+ − 1633 TIKEAV-PE-MWSPEM-KNAWGVAYDQ------L---VAAIK----F-----E-----M-----KPSST--
+ − 1634 >Yellow Lupin LEGHEMOGLOBIN I - YELLOW LUPIN
+ − 1635 ----------G------------------VLTDVQVALV---KSSFEEF---NANIPKNTHRFFTLVLEIAPGAKDLFSF
+ − 1636 LK-----GSS-EVPQNNPDLQAHAGKVFKLTYEAAIQLEVNGAVAS--DATLKSLGSVH--VSKGVVDAHFPVVKEAILK
+ − 1637 TIKEVV-GD-KWSEEL-NTAWTIAYDE------L---AIIIK----K-----E-----M-----K-DAA--
+ − 1638 >Garden Pea LEGHEMOGLOBIN I - GARDEN PEA
+ − 1639 ----------G-------------------FTDKQEALV---NSSSE-F---KQNLPGYSILFYTIVLEKAPAAKGLFSF
+ − 1640 LK-----DTA-GVE-DSPKLQAHAEQVFGLVRDSAAQLRTKGEVVL-GNATL---GAIH--VQKGVTNPHFVVVKEALLQ
+ − 1641 TIKKAS-GN-NWSEEL-NTAWEVAYDG------L---ATAIKKAMKT---------------------A--
+ − 1642 >Broad Bean LEGHEMOGLOBIN I - BROAD BEAN
+ − 1643 ----------G-------------------FTEKQEALV---NSSSQLF---KQNPSNYSVLFYTIILQKAPTAKAMFSF
+ − 1644 LK-----DSA-GVV-DSPKLGAHAEKVFGMVRDSAVQLRATGEVVL--DGKD---GSIH--IQKGVLDPHFVVVKEALLK
+ − 1645 TIKEAS-GD-KWSEEL-SAAWEVAYDG------L---ATAIK----A---------------------A--
+ − 1646 >Soybean LEGHEMOGLOBIN C1 - SOYBEAN
+ − 1647 ----------G------------------AFTEKQEALV---SSSFEAF---KANIPQYSVVFYNSILEKAPAAKDLFSF
+ − 1648 LA-----NGV-DPT--NPKLTGHAEKLFALVRDSAGQLKTNGTVVA--DAAL---VSIH--AQKAVTDPQFVVVKEALLK
+ − 1649 TIKEAV-GG-NWSDEL-SSAWEVAYDE------L---AAAIK----K---------------------A--
+ − 1650 >Kidney Bean LEGHEMOGLOBIN A - KIDNEY BEAN
+ − 1651 ----------G------------------AFTEKQEALV---NSSWEAF---KGNIPQYSVVFYTSILEKAPAAKNLFSF
+ − 1652 LA-----NGV-DPT--NPKLTAHAESLFGLVRDSAAQLRANGAVVA--DAAL---GSIH--SQKGVSNDQFLVVKEALLK
+ − 1653 TLKQAV-GD-KWTDQL-STALELAYDE------L---AAAIK----K---------------------AYA
+ − 1654 " >
+ − 1655 </form>
+ − 1656 <br >
+ − 1657 <br >-->
+ − 1658
+ − 1659 <!--
+ − 1660
+ − 1661
+ − 1662 <hr >
+ − 1663 <a name="HTH"></a>
+ − 1664 <h2>HTH Proteins</h2>
+ − 1665 <img alt="" src="examples/hth.png" > <br >
+ − 1666 Helix-Turn-Helix DNA binding motifs found by the
+ − 1667 Gibbs
+ − 1668 sampling system. Compared to the <a href="#CAP_HTH">CAP HTH logo</a>
+ − 1669 there is much less sequence conservation within the DNA binding helix (11-17),
+ − 1670 as might be expected for a diverse sample of proteins.
+ − 1671 <form method="post" action="create.cgi">
+ − 1672 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
+ − 1673 <input type="hidden" name="logo_title" value ="Helix-Turn-Helix Motifs" >
+ − 1674 <input type="hidden" name="first_index" value ="-11" >
+ − 1675 <input type="hidden" name="logo_start" value ="1" >
+ − 1676 <input type="hidden" name="logo_end" value ="17" >
+ − 1677 <input type="hidden" name="yaxis_scale" value ="2.0" >
+ − 1678 <input type="hidden" name="show_xaxis" value="true" >
+ − 1679 <input type="hidden" name="show_yaxis" value="true" >
+ − 1680 <input type="hidden" name="show_errorbars" value="true" >
+ − 1681 <input type="hidden" name="show_fineprint" value="true" >
+ − 1682 <input type="hidden" name="scale_width" value="true" >
+ − 1683 <input type="hidden" name="sequences" value=">A25944 DNA-directed RNA polymerase sigma-37 chain - Bacillu 223-240
+ − 1684 iidltyiqnk SQKETGDILGISQMHVSR lqrkavkklr
+ − 1685 >A28627 spoIIIC protein - Bacillus subtilis 94-111
+ − 1686 rfgldlkkek TQREIAKELGISRSYVSR iekralmkmf
+ − 1687 >A32837 *Transcriptional activator nahR - Pseudomonas putida 22-39
+ − 1688 vvfnqllvdr RVSITAENLGLTQPAVSN alkrlrtslq
+ − 1689 >A23450 Antennapedia homeotic protein - Fruit fly (Drosophil 326-343
+ − 1690 fhfnryltrr RRIEIAHALCLTERQIKI wfqnrrmkwk
+ − 1691 >B26499 Regulatory protein ntrC - Bradyrhizobium sp. 449-466
+ − 1692 ltaalaatrg NQIRAADLLGLNRNTLRK kirdldiqvy
+ − 1693 >BVECDA dicA protein - Escherichia coli | 1551.0 1.0 1.0 1.0 22-39
+ − 1694 iryrrknlkh TQRSLAKALKISHVSVSQ wergdseptg
+ − 1695 >C29010 Mercuric resistance operon regulatory merD protein - 5-22
+ − 1696 ------mnay TVSRLALDAGVSVHIVRD yllrgllrpv
+ − 1697 >DNECFS DNA-binding protein fis - Escherichia coli | 928.0 1 73-90
+ − 1698 ldmvmqytrg NQTRAALMMGINRGTLRK klkkygmn--
+ − 1699 >JEBY1 Mating hormone a1 - Yeast (Saccharomyces cerevisiae) 99-116
+ − 1700 frrkqslnsk EKEEVAKKCGITPLQVRV wfinkrmrsk
+ − 1701 >QCBP2L Regulatory protein cII - Phage lambda | 1559.0 2.0 1 25-42
+ − 1702 sallnkiaml GTEKTAEAVGVDKSQISR wkrdwipkfs
+ − 1703 >QRECC cAMP receptor protein (CAP) - Escherichia coli | 1507 169-186
+ − 1704 thpdgmqiki TRQEIGQIVGCSRETVGR ilkmledqnl
+ − 1705 >RCBPL Regulatory protein cro - Phage lambda | 1555.0 1.0 1. 15-32
+ − 1706 itlkdyamrf GQTKTAKDLGVYQSAINK aihagrkifl
+ − 1707 >RGBP22 Regulatory protein cro - Phage P22 | 1556.0 1.0 1.0 12-29
+ − 1708 ykkdvidhfg TQRAVAKALGISDAAVSQ wkevipekda
+ − 1709 >RGECA Arabinose operon regulatory protein - Escherichia col 196-213
+ − 1710 isdhladsnf DIASVAQHVCLSPSRLSH lfrqqlgisv
+ − 1711 >RGECF Regulatory protein fnr - Escherichia coli | 1507.0 1. 196-213
+ − 1712 fsprefrltm TRGDIGNYLGLTVETISR llgrfqksgm
+ − 1713 >RGECH Heat shock regulatory protein - Escherichia coli | 30 252-269
+ − 1714 arwldednks TLQELADRYGVSAERVRQ leknamkklr
+ − 1715 >RGKBCP Nitrogen assimilation regulatory protein - Klebsiell 444-461
+ − 1716 lttalrhtqg HKQEAARLLGWGRNTLTR klkelgme--
+ − 1717 >RPECCT cyt repressor - Escherichia coli | 1291.0 3.0 1.0 1. 11-28
+ − 1718 mkakkqetaa TMKDVALKAKVSTATVSR almnpdkvsq
+ − 1719 >RPECDO Deo operon repressor - Escherichia coli | 1536.0 1.0 23-40
+ − 1720 lqelkrsdkl HLKDAAALLGVSEMTIRR dlnnhsapvv
+ − 1721 >RPECG gal repressor - Escherichia coli | 1291.0 4.0 1.0 1.0 3-20
+ − 1722 --------ma TIKDVARLAGVSVATVSR vinnspkase
+ − 1723 >RPECL lac repressor - Escherichia coli | 1291.0 2.0 1.0 1.0 5-22
+ − 1724 ------mkpv TLYDVAEYAGVSYQTVSR vvnqashvsa
+ − 1725 >RPECTN TetR repressor - Escherichia coli transposon Tn10 | 26-43
+ − 1726 llnevgiegl TTRKLAQKLGVEQPTLYW hvknkralld
+ − 1727 >RPECW trp repressor - Escherichia coli | 1534.0 1.0 1.0 1.0 67-84
+ − 1728 iveellrgem SQRELKNELGAGIATITR gsnslkaapv
+ − 1729 >S02513 Regulatory protein nifA - Klebsiella pneumoniae 495-512
+ − 1730 liaalekagw VQAKAARLLGMTPRQVAY riqimditmp
+ − 1731 >S07337 *spoIIG protein - Bacillus subtilis 205-222
+ − 1732 rfglvgeeek TQKDVADMMGISQSYISR lekriikrlr
+ − 1733 >S07958 *DNA-invertase - Escherichia coli 160-177
+ − 1734 qagrliaagt PRQKVAIIYDVGVSTLYK tfpagdk---
+ − 1735 >S08477 Regulatory protein purR - Escherichia coli 3-20
+ − 1736 -------ma TIKDVAKRANVSTTTVSH vinktrfvae-
+ − 1737 >S09205 *ebgR protein - Escherichia coli 3-20
+ − 1738 --------ma TLKDIAIEAGVSLATVSR vlnddptlnv
+ − 1739 >S11945 *lexA repressor - Escherichia coli 27-44
+ − 1740 dhisqtgmpp TRAEIAQRLGFRSPNAAE ehlkalarkg
+ − 1741 >Z1BPC2 Regulatory protein cI - Phage P22 | 1559.0 1.0 1.0 1 25-42
+ − 1742 ssilnriair GQRKVADALGINESQISR wkgdfipkmg
+ − 1743 " >
+ − 1744 </form>
+ − 1745
+ − 1746 <br ><br >
+ − 1747 <hr >
+ − 1748 <a name="splice"></a>
+ − 1749 <h2>Human Splice Sites</h2>
+ − 1750
+ − 1751 <img alt="" src="examples/exon-intron.png" ><img alt="" src="examples/intron-exon.png" > <br >
+ − 1752 <br >
+ − 1753 These logos show a small sample of Human intron-exon
+ − 1754 splice boundaries. Sequences of experimentally
+ − 1755 confirmed genes were extracted from
+ − 1756 <a href="http://mcb.harvard.edu/gilbert/EID/">EID: the Exon-Intron
+ − 1757 database</a>.
+ − 1758 Additional discussion of the features in this logo can be found in
+ − 1759 the paper
+ − 1760 <a href="http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/paper/splice/">
+ − 1761 Features of spliceosome evolution...</a>-->
+ − 1762 <!--
+ − 1763 <form method="post" action="create.cgi">
+ − 1764 <input type="submit" name="cmd_edit" value="Edit Logo" >
+ − 1765 Exon-Intron (Donor) Sites
+ − 1766 <input type="hidden" name="logo_title" value="exon | intron" >
+ − 1767 <input type="hidden" name="first_index" value="-11" >
+ − 1768 <input type="hidden" name="logo_start" value="-6" >
+ − 1769 <input type="hidden" name="logo_end" value="8" >
+ − 1770 <input type="hidden" name="show_xaxis" value="true" >
+ − 1771 <input type="hidden" name="show_yaxis" value="true" >
+ − 1772 <input type="hidden" name="show_errorbars" value="true" >
+ − 1773 <input type="hidden" name="show_fineprint" value="true" >
+ − 1774 <input type="hidden" name="scale_width" value="true" >
+ − 1775 <input type="hidden" name="sequences" value="
+ − 1776 > 19082_AF115399
+ − 1777 GGATCGACCCTgtaagtttt
+ − 1778 > 45328_AB000381
+ − 1779 GCGCGCTCAGTgtaagtatc
+ − 1780 > 45328_AB000381
+ − 1781 AATCTCCATTCgtaagtacc
+ − 1782 > 45330_AB001517
+ − 1783 ACTGGACGCTGgtaaggact
+ − 1784 > 45331_AB001517
+ − 1785 TCGCTTACCGGgtgagcgcg
+ − 1786 > 45331_AB001517
+ − 1787 GACCTTAAAAAgtaagtatg
+ − 1788 > 45331_AB001517
+ − 1789 CGTCGATGAAGgtacttgcc
+ − 1790 > 45331_AB001517
+ − 1791 CCTGATGGCAGgtaaggggg
+ − 1792 > 45331_AB001517
+ − 1793 GATGACTCCAGgtgcggcct
+ − 1794 > 45331_AB001517
+ − 1795 ACAGCCTGGACgtatgtccc
+ − 1796 > 45331_AB001517
+ − 1797 CGGCTGGCCAAgtaggtctc
+ − 1798 > 45331_AB001517
+ − 1799 CACTCCCTGAGgtaagcctt
+ − 1800 > 45331_AB001517
+ − 1801 TGGCTGTTCAGgtttgtccc
+ − 1802 > 45331_AB001517
+ − 1803 ACGACGGCAAGgtaggctcc
+ − 1804 > 45331_AB001517
+ − 1805 GACCTTCACAGgtgatgttt
+ − 1806 > 45331_AB001517
+ − 1807 GGCTCCTTGATgtaagcacc
+ − 1808 > 45331_AB001517
+ − 1809 GACCTCTGATGgtgagcacg
+ − 1810 > 45331_AB001517
+ − 1811 GCCAAGGGGAAgtgagtgtc
+ − 1812 > 45331_AB001517
+ − 1813 ACGCCATGGAGgtgagccgc
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