Mercurial > repos > davidmurphy > codonlogo

comparison build_test.sh @ 0:c55bdc2fb9fa

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
Uploaded
author davidmurphy
date Thu, 27 Oct 2011 12:09:09 -0400
parents
children 981eb8c3a756
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:c55bdc2fb9fa
1
2 mkdir -p tmp
3
4 echo "# Test weblogo by building logos with many different options."
5
6 echo -ne '.'
7 ./weblogo < cap.fa > tmp/logo0.eps ||exit
8
9 echo -ne '.'
10 ./weblogo --title "Default Logo with Title" < cap.fa > tmp/logo1.eps ||exit
11
12 echo -ne '.'
13 ./weblogo --debug yes --fineprint "Default Logo with this fineprint and debug on" < cap.fa > tmp/logo2.eps ||exit
14
15 echo -ne '.'
16 ./weblogo --debug no --fineprint "--debug no" --debug no < cap.fa > tmp/logo3.eps ||exit
17
18 echo -ne '.'
19 ./weblogo --debug yes --fineprint "" --title "No fine print" --debug yes < cap.fa > tmp/logo4.eps ||exit
20
21 echo -ne '.'
22 ./weblogo --debug yes --fineprint "No title" --title "" < cap.fa > tmp/logo5.eps ||exit
23
24 echo -ne '.'
25 ./weblogo --debug yes --fineprint "--first-index -10" --first-index -10 < cap.fa > tmp/logo6.eps ||exit
26
27 echo -ne '.'
28 ./weblogo --debug yes --fineprint " --first-index -10 --stacks-per-line 11 " --first-index -10 --stacks-per-line 11 < cap.fa > tmp/logo7a.eps ||exit
29
30 echo -ne '.'
31 ./weblogo --debug yes --fineprint " --first-index -10 --stacks-per-line 8 " --first-index -10 --stacks-per-line 8 < cap.fa > tmp/logo7b.eps ||exit
32
33 echo -ne '.'
34 ./weblogo --debug yes --fineprint " --first-index -10 --stacks-per-line 7 " --first-index -10 --stacks-per-line 7 < cap.fa > tmp/logo7c.eps ||exit
35
36 echo -ne '.'
37 ./weblogo --debug yes --fineprint "Test fin and fout" --fin cap.fa --fout logo8.eps ||exit
38
39 # Test Y Axis
40
41 echo -ne '.'
42 ./weblogo --debug yes --fineprint "Custom yaxis label " --ylabel 'yaxis label' < cap.fa > tmp/logo9a.eps ||exit
43
44 echo -ne '.'
45 ./weblogo --debug yes --fineprint "Custom units" --units 'nats' < cap.fa > tmp/logo9b.eps ||exit
46
47 echo -ne '.'
48 ./weblogo --debug yes --fineprint "Override custom units with custom yaxis label." --ylabel 'yaxis label' --units nats < cap.fa > tmp/logo9c.eps ||exit
49
50 echo -ne '.'
51 ./weblogo --debug yes --fineprint "Empty ylabel" --ylabel '' < cap.fa > tmp/logo9d.eps
52
53 echo -ne '.'
54 ./weblogo --debug yes --fineprint "No Yaxis" --show-yaxis no < cap.fa > tmp/logo9e.eps ||exit
55
56 # Test X Axis
57
58 echo -ne '.'
59 ./weblogo --debug yes --format pdf --fineprint "Custom xaxis label " --xlabel 'xaxis label' < cap.fa > tmp/logo10a.pdf ||exit
60
61 echo -ne '.'
62 ./weblogo --debug yes --format pdf --fineprint "Empty xlabel" --xlabel '' < cap.fa > tmp/logo10b.pdf ||exit
63
64 echo -ne '.'
65 ./weblogo --debug yes --format pdf --fineprint "No Xaxis" --show-xaxis no < cap.fa > tmp/logo10c.pdf ||exit
66
67 echo -ne '.'
68 ./weblogo --debug yes --format pdf --fineprint "No Xaxis, custom label" --xlabel "Custom xlabel" --show-xaxis no < cap.fa > tmp/logo10d.pdf ||exit
69
70 # Test Formats
71
72 echo -ne '.'
73 ./weblogo --debug no --fineprint "Format: eps" --format eps < cap.fa > tmp/logo11a.eps ||exit
74
75 echo -ne '.'
76 ./weblogo --debug no --fineprint "Format: png" --size large --format png < cap.fa > tmp/logo11b.png ||exit
77
78 echo -ne '.'
79 ./weblogo --debug no --fineprint "Format: png high res" --format png_print < cap.fa > tmp/logo11c.png ||exit
80
81 echo -ne '.'
82 ./weblogo --debug no --fineprint "Format: pdf" --format pdf < cap.fa > tmp/logo11d.pdf ||exit
83
84 echo -ne '.'
85 ./weblogo --debug no --fineprint "Format: jpeg" --size large --format jpeg < cap.fa > tmp/logo11e.jpeg ||exit
86
87 echo -ne '.'
88 ./weblogo --debug no --fineprint "Format: EPS" --format EPS < cap.fa > tmp/logo11f.eps ||exit
89
90 # Test Sizes
91
92 echo -ne '.'
93 ./weblogo --debug no --format png_print --fineprint "default size" < cap.fa > tmp/logo12_default.png ||exit
94
95 echo -ne '.'
96 ./weblogo --debug no --format png_print --fineprint "--size large" --size large < cap.fa > tmp/logo12_large.png ||exit
97
98 echo -ne '.'
99 ./weblogo --debug no --format png_print --fineprint "--size medium" --size medium < cap.fa > tmp/logo12_medium.png ||exit
100
101 echo -ne '.'
102 ./weblogo --debug no --format png_print --fineprint "--size small" --size small < cap.fa > tmp/logo12_small.png ||exit
103
104
105
106 echo -ne '.'
107 ./weblogo --format pdf --fineprint "" > tmp/logo13.pdf << LimitString
108 >
109 GTTGTTGTTGTT
110 >
111 GTCGTCGTCGTC
112 >
113 GGGGGGGGGGGG
114 >
115 GGAGGAGGAGGA
116 LimitString
117
118
119
120
121 # Test unit options
122 echo -ne '.'
123 ./weblogo --format pdf --fineprint "probability" --unit probability > tmp/logo14a.pdf < cap.fa ||exit
124
125 echo -ne '.'
126 ./weblogo --format pdf --fineprint "bits" --unit bits > tmp/logo14b.pdf < cap.fa ||exit
127
128 echo -ne '.'
129 ./weblogo --format pdf --fineprint "nats" --unit nats > tmp/logo14c.pdf < cap.fa ||exit
130
131 echo -ne '.'
132 ./weblogo --format pdf --fineprint "kJ/mol" --unit kJ/mol \
133 > tmp/logo14d.pdf < cap.fa ||exit
134
135 echo -ne '.'
136 ./weblogo --format pdf --fineprint "kT" --unit kT \
137 > tmp/logo14e.pdf < cap.fa ||exit
138
139 echo -ne '.'
140 ./weblogo --format pdf --fineprint "kcal/mol" --unit kcal/mol \
141 > tmp/logo14f.pdf < cap.fa || exit
142
143
144
145
146
147
148