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view change_o/define_clones.sh @ 24:9955b23db68c draft
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author | davidvanzessen |
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date | Fri, 02 Dec 2016 05:51:13 -0500 |
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#!/bin/bash dir="$(cd "$(dirname "$0")" && pwd)" #define_clones.sh $input $noparse $scores $regions $out_file type=$1 input=$2 mkdir -p $PWD/outdir cp $input $PWD/input.tab #file has to have a ".tab" extension if [ "bygroup" == "$type" ] ; then mode=$3 act=$4 model=$5 norm=$6 sym=$7 link=$8 dist=$9 output=${10} output2=${11} python3 $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link #/data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link #/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1 else method=$3 output=$4 output2=$5 python3 $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method #/data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method #/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1 fi cp $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output rm -rf $PWD/outdir/