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changeset 7:d6a7be1b5adb draft

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author dereeper
date Wed, 07 Feb 2018 00:16:59 -0500
parents da372a164001
children f733bf4f49ca
files Plink.pl find_indiv.py plink.xml test-data/input.vcf test-data/input_double_id.vcf test-data/output.vcf test-data/output_double_id.vcf
diffstat 6 files changed, 33642 insertions(+), 2 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/Plink.pl	Wed Feb 07 00:15:42 2018 -0500
+++ b/Plink.pl	Wed Feb 07 00:16:59 2018 -0500
@@ -225,7 +225,7 @@
 if (-e "$bed_input.bed"){
         system("$PLINK_EXE --bfile $bed_input --out $out $type_cmd $export_cmd $chrom_cmd $indiv_cmd $minfreq_cmd $maxfreq_cmd --geno $missing_data $thin_cmd $bounds_cmd --allow-extra-chr 1>$out.plink.stdout 2>$out.plink.stderr");
 	# for first 1000 SNPs
-	system("$PLINK_EXE --bfile $bed_input --out $out.recode $type_cmd --recode vcf-fid $chrom_cmd $indiv_cmd $minfreq_cmd $maxfreq_cmd --geno $missing_data $thin_cmd $bounds_cmd --allow-extra-chr --thin-count 800 1>$out.2.plink.stdout 2>$out.2.plink.stderr");
+	system("$PLINK_EXE $bed_input --out $out.recode $type_cmd --recode vcf-fid $chrom_cmd $indiv_cmd $minfreq_cmd $maxfreq_cmd --geno $missing_data $thin_cmd $bounds_cmd --allow-extra-chr --thin-count 800 1>$out.2.plink.stdout 2>$out.2.plink.stderr");
 }
 elsif (-e $bcf_input){
 	system("$PLINK_EXE --bcf $bcf_input --out $out $type_cmd $export_cmd $chrom_cmd $indiv_cmd $minfreq_cmd $maxfreq_cmd --geno $missing_data $thin_cmd $bounds_cmd --allow-extra-chr 1>$out.plink.stdout 2>$out.plink.stderr");
--- a/plink.xml	Wed Feb 07 00:15:42 2018 -0500
+++ b/plink.xml	Wed Feb 07 00:16:59 2018 -0500
@@ -6,9 +6,11 @@
     <!-- [OPTIONAL] 3rd party tools, binaries, modules... required for the tool to work -->
     <requirements>
         <requirement type="binary">perl</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.6.924">perl-bioperl</requirement>
 	<requirement type="package" version="1.90b4">plink</requirement>
     </requirements>
     
+    <code file="find_indiv.py"/>
 
     <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
     <stdio>
@@ -30,7 +32,6 @@
 	$chromosomes
 	#end if
     </command>
-    <code file="find_indiv.py"/>
     <!-- [REQUIRED] Input files and tool parameters -->
     <inputs>
 	<param name="vcf" type="data" format="vcf" optional="false" label="VCF input" />
@@ -56,6 +57,20 @@
 	<data name="filelog" format="txt" label="Plink logfile" />
     </outputs>
     
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="vcf" value="input.vcf"/>
+            <param name="samples" value="AZUCENA,BULUPANDAK,GIZA171,IAC165,KHAODAM,M202,MOROBEREKAN,NIPPONBARE.D,62667,63-104,ARAGUAIA,ARIAS,ARROZCEBADA,BABER,BAGANANASALAO,BAKUNGH,BENGALYVAKARINA,BICOBRANCO,BINULAWAN,CAIAPO,CANAROXA,CANELADEFERRO,CHALOYOE,CHAPHUMA,CICIHBETON,CIRAD358,CIRAD392,CIRAD394,CIRAD403,CIRAD409,CIRAD488,CNA-7.BO.1.1.33-13-6-1,COLOMBIA1,CT13582-15-5-M,CUBA65,CUIABANA,CURINCA,DAM,DANGREY,DAVAO,DAWASANRED,DINORADO,DOURADOAGULHA,DOURADOPRECOCE,ESPERANZA,FOHISOMOTRA,GANIGI,GEMJYAJYANAM,GOGO,GOGOLEMPUK,GOGOLEMPAK,GOMPA2,GRAZI,GUARANI,GUNDILKUNING,HAWMOM,HD1-4,IAC25,IAC47,IDSA77,IGUAPECATETO,INDANE,IR60080-46A,IR63380-16,IR63372-08,IR65907-188-1-B,IR66421-096-2-1-1,IR68704-145-1-1-B,IR71525-19-1-1,IRAT104,IRAT109,IRAT112,IRAT13,IRAT144,IRAT170,IRAT177,IRAT2,IRAT212,IRAT216,IRAT234,IRAT257,IRAT335,IRAT362,IRAT364,IRAT366,IRAT380,JAOHAW,JIMBRUKJOLOWORO,JUMALI,JUMULA2,KAKANI2,KANIRANGA,KARASUKARASURANKASU,KEDAYAN,KENDINGA5H,KETANKONIR,KETANLUMBU,KETANMENAH,KHAOKAPXANG,KINANDANGPATONG,KOMOJAMANITRA,KU115,KUROKA,LAMBAYQUE1,LUDAN,MAHAE,MAINTIMOLOTSY1226,MALAGKITPIRURUTONG,MANANELATRA520,MANDRIRAVINA3512,MARAVILHA,MITSANGANAHIJERY,MOLOK,NABESHI,NEPHOAVANG,NHTA10,NHTA5,NPE253,NPE826,ORYZICASABANA6,OS4,OS6,P5589-1-1-3-P,PACHOLINHA,PADIBOENAR,PADIKASALLE,PALAWAN,PATEBLANCMAN1,PCT11.0.0.2.BO.1.55-1-3-1,PCT4.SA.4.1.1076-2-4-1-5,PEHPINUO,POENOETHITAM,PULULAPA,RATHAL,REKETMAUN,RT1031-69,SENG,SPEAKER,TANDUI,TREMBESE,TRESMESES,TSIPALA89,VARYLAVA90,VARYLAVADEBETAFO,VARYMADINIKA3566,VARYMALADY,VARYSOMOTRASIHANAKA,WAB56-125,WAB56-50,WAB706-3-4-K4-KB-1,YANCAOUSSA,YANGKUMRED,YUNLU7,IR47686-09-01-B-1,IR53236-275-1,IR65261-19-1-B,IR65907-206-4-B,IR66421-105-1-1,IR71524-44-1-1,VIETNAM1,VIETNAM3,IR47684-05-1-B,PRIMAVERA,CHUAN3,CHUAN4,EARLYMUTANTIAC165"/>
+            <param name="frequency" value="0"/>
+            <param name="max_freq" value="0.5"/>
+            <param name="allow_missing" value="1"/>
+            <param name="type_p" value="ALL"/>
+            <param name="chromosomes" value=""/>
+            <param name="bound_start" value="1"/>
+            <param name="bound_end" value="100000000"/>
+            <output name="fileout" file="output.vcf" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+    </tests> 
     
     <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy -->
     <help>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/input.vcf	Wed Feb 07 00:16:59 2018 -0500
@@ -0,0 +1,6788 @@
+##fileformat=VCFv4.1
+##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
+##FORMAT=<ID=PQ,Number=1,Type=Float,Description="Read-backed phasing quality">
+##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
+##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth; some reads may have been filtered">
+##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
+##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
+##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
+##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
+##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
+##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed">
+##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed">
+##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
+##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
+##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
+##INFO=<ID=PhasingInconsistent,Number=0,Type=Flag,Description="Are the reads significantly haplotype-inconsistent?">
+##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
+##INFO=<ID=RPA,Number=.,Type=Integer,Description="Number of times tandem repeat unit is repeated, for each allele (including reference)">
+##INFO=<ID=RU,Number=1,Type=String,Description="Tandem repeat unit (bases)">
+##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
+##INFO=<ID=STR,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is a short tandem repeat">
+##ReadBackedPhasing="analysis_type=ReadBackedPhasing input_file=[/scratch/hueber-29030/merged_bams_file.bam] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[BadCigar] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/projects/coffee_snp/coffea_cds.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 use_legacy_downsampler=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false debug=false variant=(RodBinding name=variant source=/scratch/hueber-29030/merged_bams_file.vcf) out=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter sites_only=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter bcf=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter cacheWindowSize=20000 maxPhaseSites=10 phaseQualityThresh=20.0 variantStatsFilePrefix=null min_base_quality_score=30 min_mapping_quality_score=30 sampleToPhase=null permitNoSampleOverlap=false respectPhaseInInput=false enableMergePhasedSegregatingPolymorphismsToMNP=false maxGenomicDistanceForMNP=1 outputMultipleBaseCountsFile=null filter_mismatching_base_and_quals=false"
+##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/scratch/hueber-29030/merged_bams_file.bam] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[BadCigar] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/projects/coffee_snp/coffea_cds.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=250 use_legacy_downsampler=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false genotype_likelihoods_model=SNP pcr_error_rate=1.0E-4 computeSLOD=false annotateNDA=false pair_hmm_implementation=ORIGINAL min_base_quality_score=17 max_deletion_fraction=0.05 min_indel_count_for_genotyping=5 min_indel_fraction_per_sample=0.25 indel_heterozygosity=1.25E-4 indelGapContinuationPenalty=10 indelGapOpenPenalty=45 indelHaplotypeSize=80 indelDebug=false ignoreSNPAlleles=false allReadsSP=false ignoreLaneInfo=false reference_sample_calls=(RodBinding name= source=UNBOUND) reference_sample_name=null sample_ploidy=2 min_quality_score=1 max_quality_score=40 site_quality_prior=20 min_power_threshold_for_calling=0.95 min_reference_depth=100 exclude_filtered_reference_sites=false heterozygosity=0.0010 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=30.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 alleles=(RodBinding name= source=UNBOUND) max_alternate_alleles=6 p_nonref_model=EXACT_INDEPENDENT contamination_fraction_to_filter=0.05 logRemovedReadsFromContaminationFiltering=null exactcallslog=null dbsnp=(RodBinding name= source=UNBOUND) comp=[] out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub debug_file=null metrics_file=null annotation=[] excludeAnnotation=[] filter_mismatching_base_and_quals=false"
+##SnpEffVersion="2.0.5d (build 2012-01-19), by Pablo Cingolani"
+##SnpEffCmd="SnpEff eff -c /usr/local/bioinfo/sniplay/SnpEff/snpEff_2_0_5d/snpEff.config rice7 -i VCF -o VCF -no-downstream -no-upstream snpEff.input "
+##INFO=<ID=EFF,Number=.,Type=String,Description="Predicted effects for this variant.Format: 'Effect ( Effefct_Impact | Functional_Class | Codon_Change | Amino_Acid_change | Gene_Name | Gene_BioType | Coding | Transcript | Exon [ | ERRORS | WARNINGS ] )' ">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	AZUCENA	BULUPANDAK	GIZA171	IAC165	KHAODAM	M202	MOROBEREKAN	NIPPONBARE.D	62667	63-104	ARAGUAIA	ARIAS	ARROZCEBADA	BABER	BAGANANASALAO	BAKUNGH	BENGALYVAKARINA	BICOBRANCO	BINULAWAN	CAAWA/FORTUNA6	CAIAPO	CANAROXA	CANELADEFERRO	CHALOYOE	CHAPHUMA	CICIHBETON	CIRAD358	CIRAD392	CIRAD394	CIRAD403	CIRAD409	CIRAD488	CNA-7.BO.1.1.33-13-6-1	COLOMBIA1	CT13582-15-5-M	CUBA65	CUIABANA	CURINCA	DAM	DANGREY	DAVAO	DAWASANRED	DINORADO	DOURADOAGULHA	DOURADOPRECOCE	ESPERANZA	FOHISOMOTRA	GANIGI	GEMJYAJYANAM	GOGO	GOGOLEMPUK	GOGOLEMPAK	GOMPA2	GRAZI	GUARANI	GUNDILKUNING	HAWMOM	HD1-4	IAC25	IAC47	IDSA77	IGUAPECATETO	INDANE	IR60080-46A	IR63380-16	IR63372-08	IR65907-188-1-B	IR66421-096-2-1-1	IR68704-145-1-1-B	IR71525-19-1-1	IRAT104	IRAT109	IRAT112	IRAT13	IRAT144	IRAT170	IRAT177	IRAT2	IRAT212	IRAT216	IRAT234	IRAT257	IRAT335	IRAT362	IRAT364	IRAT366	IRAT380	JAOHAW	JIMBRUKJOLOWORO	JUMALI	JUMULA2	KAKANI2	KANIRANGA	KARASUKARASURANKASU	KEDAYAN	KENDINGA5H	KETANKONIR	KETANLUMBU	KETANMENAH	KHAOKAPXANG	KINANDANGPATONG	KOMOJAMANITRA	KU115	KUROKA	LAMBAYQUE1	LUDAN	MAHAE	MAINTIMOLOTSY1226	MALAGKITPIRURUTONG	MANANELATRA520	MANDRIRAVINA3512	MARAVILHA	MITSANGANAHIJERY	MOLOK	NABESHI	NEPHOAVANG	NHTA10	NHTA5	NPE253	NPE826	ORYZICASABANA6	OS4	OS6	P5589-1-1-3-P	PACHOLINHA	PADIBOENAR	PADIKASALLE	PALAWAN	PATEBLANCMAN1	PCT11.0.0.2.BO.1.55-1-3-1	PCT4.SA.4.1.1076-2-4-1-5	PEHPINUO	POENOETHITAM	PULULAPA	RATHAL	REKETMAUN	RT1031-69	SENG	SPEAKER	TANDUI	TREMBESE	TRESMESES	TSIPALA89	VARYLAVA90	VARYLAVADEBETAFO	VARYMADINIKA3566	VARYMALADY	VARYSOMOTRASIHANAKA	WAB56-125	WAB56-50	WAB706-3-4-K4-KB-1	YANCAOUSSA	YANGKUMRED	YUNLU7	IR47686-09-01-B-1	IR53236-275-1	IR65261-19-1-B	IR65907-206-4-B	IR66421-105-1-1	IR71524-44-1-1	VIETNAM1	VIETNAM3	IR47684-05-1-B	PRIMAVERA	CHUAN3	CHUAN4	EARLYMUTANTIAC165
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+Chr5	5476491	.	G	A,T	100	.	AC=8;AF=1.00;AN=8;BaseQRankSum=0.747;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000	GT	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	1/1	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	1/1	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/input_double_id.vcf	Wed Feb 07 00:16:59 2018 -0500
@@ -0,0 +1,16491 @@
+##fileformat=VCFv4.1
+##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
+##FORMAT=<ID=PQ,Number=1,Type=Float,Description="Read-backed phasing quality">
+##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
+##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth; some reads may have been filtered">
+##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
+##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
+##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
+##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
+##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
+##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed">
+##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed">
+##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
+##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
+##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
+##INFO=<ID=PhasingInconsistent,Number=0,Type=Flag,Description="Are the reads significantly haplotype-inconsistent?">
+##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
+##INFO=<ID=RPA,Number=.,Type=Integer,Description="Number of times tandem repeat unit is repeated, for each allele (including reference)">
+##INFO=<ID=RU,Number=1,Type=String,Description="Tandem repeat unit (bases)">
+##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
+##INFO=<ID=STR,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is a short tandem repeat">
+##ReadBackedPhasing="analysis_type=ReadBackedPhasing input_file=[/scratch/hueber-29030/merged_bams_file.bam] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[BadCigar] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/projects/coffee_snp/coffea_cds.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 use_legacy_downsampler=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false debug=false variant=(RodBinding name=variant source=/scratch/hueber-29030/merged_bams_file.vcf) out=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter sites_only=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter bcf=org.broadinstitute.sting.utils.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter cacheWindowSize=20000 maxPhaseSites=10 phaseQualityThresh=20.0 variantStatsFilePrefix=null min_base_quality_score=30 min_mapping_quality_score=30 sampleToPhase=null permitNoSampleOverlap=false respectPhaseInInput=false enableMergePhasedSegregatingPolymorphismsToMNP=false maxGenomicDistanceForMNP=1 outputMultipleBaseCountsFile=null filter_mismatching_base_and_quals=false"
+##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[/scratch/hueber-29030/merged_bams_file.bam] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null tag=NA read_filter=[BadCigar] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/projects/coffee_snp/coffea_cds.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableRandomization=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=250 use_legacy_downsampler=false baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false unsafe=null num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false genotype_likelihoods_model=SNP pcr_error_rate=1.0E-4 computeSLOD=false annotateNDA=false pair_hmm_implementation=ORIGINAL min_base_quality_score=17 max_deletion_fraction=0.05 min_indel_count_for_genotyping=5 min_indel_fraction_per_sample=0.25 indel_heterozygosity=1.25E-4 indelGapContinuationPenalty=10 indelGapOpenPenalty=45 indelHaplotypeSize=80 indelDebug=false ignoreSNPAlleles=false allReadsSP=false ignoreLaneInfo=false reference_sample_calls=(RodBinding name= source=UNBOUND) reference_sample_name=null sample_ploidy=2 min_quality_score=1 max_quality_score=40 site_quality_prior=20 min_power_threshold_for_calling=0.95 min_reference_depth=100 exclude_filtered_reference_sites=false heterozygosity=0.0010 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=30.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 alleles=(RodBinding name= source=UNBOUND) max_alternate_alleles=6 p_nonref_model=EXACT_INDEPENDENT contamination_fraction_to_filter=0.05 logRemovedReadsFromContaminationFiltering=null exactcallslog=null dbsnp=(RodBinding name= source=UNBOUND) comp=[] out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub debug_file=null metrics_file=null annotation=[] excludeAnnotation=[] filter_mismatching_base_and_quals=false"
+##contig=<ID=Chr1,length=43270923>
+##contig=<ID=Chr2,length=35937250>
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+##contig=<ID=Chr11,length=29021106>
+##contig=<ID=Chr12,length=27531856>
+##SnpEffVersion="2.0.5d (build 2012-01-19), by Pablo Cingolani"
+##SnpEffCmd="SnpEff eff -c /usr/local/bioinfo/sniplay/SnpEff/snpEff_2_0_5d/snpEff.config rice7 -i VCF -o VCF -no-downstream -no-upstream snpEff.input "
+##INFO=<ID=EFF,Number=.,Type=String,Description="Predicted effects for this variant.Format: 'Effect ( Effefct_Impact | Functional_Class | Codon_Change | Amino_Acid_change | Gene_Name | Gene_BioType | Coding | Transcript | Exon [ | ERRORS | WARNINGS ] )' ">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	AZUCENA	BULUPANDAK	GIZA171	IAC165	KHAODAM	M202	MOROBEREKAN	NIPPONBARE_D	62667	63-104	ARAGUAIA	ARIAS	ARROZCEBADA	BABER	BAGANANASALAO	BAKUNGH	BENGALYVAKARINA	BICOBRANCO	BINULAWAN	CAAWA_FORTUNA6	CAIAPO	CANAROXA	CANELADEFERRO	CHALOYOE	CHAPHUMA	CICIHBETON	CIRAD358	CIRAD392	CIRAD394	CIRAD403	CIRAD409	CIRAD488	CNA-7_BO_1_1_33-13-6-1	COLOMBIA1	CT13582-15-5-M	CUBA65	CUIABANA	CURINCA	DAM	DANGREY	DAVAO	DAWASANRED	DINORADO	DOURADOAGULHA	DOURADOPRECOCE	ESPERANZA	FOHISOMOTRA	GANIGI	GEMJYAJYANAM	GOGO	GOGOLEMPUK	GOGOLEMPAK	GOMPA2	GRAZI	GUARANI	GUNDILKUNING	HAWMOM	HD1-4	IAC25	IAC47	IDSA77	IGUAPECATETO	INDANE	IR60080-46A	IR63380-16	IR63372-08	IR65907-188-1-B	IR66421-096-2-1-1	IR68704-145-1-1-B	IR71525-19-1-1	IRAT104	IRAT109	IRAT112	IRAT13	IRAT144	IRAT170	IRAT177	IRAT2	IRAT212	IRAT216	IRAT234	IRAT257	IRAT335	IRAT362	IRAT364	IRAT366	IRAT380	JAOHAW	JIMBRUKJOLOWORO	JUMALI	JUMULA2	KAKANI2	KANIRANGA	KARASUKARASURANKASU	KEDAYAN	KENDINGA5H	KETANKONIR	KETANLUMBU	KETANMENAH	KHAOKAPXANG	KINANDANGPATONG	KOMOJAMANITRA	KU115	KUROKA	LAMBAYQUE1	LUDAN	MAHAE	MAINTIMOLOTSY1226	MALAGKITPIRURUTONG	MANANELATRA520	MANDRIRAVINA3512	MARAVILHA	MITSANGANAHIJERY	MOLOK	NABESHI	NEPHOAVANG	NHTA10	NHTA5	NPE253	NPE826	ORYZICASABANA6	OS4	OS6	P5589-1-1-3-P	PACHOLINHA	PADIBOENAR	PADIKASALLE	PALAWAN	PATEBLANCMAN1	PCT11_0_0_2_BO_1_55-1-3-1	PCT4_SA_4_1_1076-2-4-1-5	PEHPINUO	POENOETHITAM	PULULAPA	RATHAL	REKETMAUN	RT1031-69	SENG	SPEAKER	TANDUI	TREMBESE	TRESMESES	TSIPALA89	VARYLAVA90	VARYLAVADEBETAFO	VARYMADINIKA3566	VARYMALADY	VARYSOMOTRASIHANAKA	WAB56-125	WAB56-50	WAB706-3-4-K4-KB-1	YANCAOUSSA	YANGKUMRED	YUNLU7	IR47686-09-01-B-1	IR53236-275-1	IR65261-19-1-B	IR65907-206-4-B	IR66421-105-1-1	IR71524-44-1-1	VIETNAM1	VIETNAM3	IR47684-05-1-B	PRIMAVERA	CHUAN3	CHUAN4	EARLYMUTANTIAC165
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