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changeset 12:88748d846a20 draft

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planemo upload commit 11382afe87364aaafb19973470d5066229a6e34f
author dereeper
date Tue, 14 Aug 2018 08:21:55 -0400
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files GetHaplotypesFromPhasedVCF/GetHaplotypesFromPhasedVCF.pl GetHaplotypesFromPhasedVCF/getHaplotypesFromPhasedVCF.xml test-data/getHaplotypesFromPhasedVCF-result.distinct_haplotypes.fas
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line diff
--- a/GetHaplotypesFromPhasedVCF/GetHaplotypesFromPhasedVCF.pl	Fri Apr 20 09:04:25 2018 -0400
+++ b/GetHaplotypesFromPhasedVCF/GetHaplotypesFromPhasedVCF.pl	Tue Aug 14 08:21:55 2018 -0400
@@ -7,6 +7,7 @@
 
 open(O1,">$out.haplo.fas");
 open(O2,">$out.distinct_haplotypes.txt");
+open(O3,">$out.distinct_haplotypes.fa");
 
 my %indiv;
 my %genes;
@@ -96,13 +97,15 @@
 		my $nb = $haplos{$gene}{$haplo};
 		my $ind = $haplotypes2{$gene}{$haplo};
 		print O2 $haplo_name.":$nb:".$haplotypes2{$gene}{$haplo}."\n".$haplo."\n"; 
-		if ($nb > 1){
-			#print "$nb \n";
+		if ($nb >= 1){
+			print O3 ">".$haplo_name."|$nb\n";
+                        print O3 $haplo."\n";
 		}
 	}
 }
 
 close(O1);
-close(O1);
+close(O2);
+close(O3);
 #print scalar keys(%haplos);
 
--- a/GetHaplotypesFromPhasedVCF/getHaplotypesFromPhasedVCF.xml	Fri Apr 20 09:04:25 2018 -0400
+++ b/GetHaplotypesFromPhasedVCF/getHaplotypesFromPhasedVCF.xml	Tue Aug 14 08:21:55 2018 -0400
@@ -8,7 +8,7 @@
         <exit_code range="1:" />
     </stdio>
     <command interpreter="perl">
-        GetHaplotypesFromPhasedVCF.pl $input $output_label &amp;&amp; mv ${output_label}.distinct_haplotypes.txt $output_distinct &amp;&amp; mv ${output_label}.haplo.fas $output_haplo
+        GetHaplotypesFromPhasedVCF.pl $input $output_label &amp;&amp; mv ${output_label}.distinct_haplotypes.txt $output_distinct &amp;&amp; mv ${output_label}.haplo.fas $output_haplo &amp;&amp; mv ${output_label}.distinct_haplotypes.fa $output_distinct_fasta
     </command>
     <inputs>
         <param type="data" name="input" format="vcf" label="Phased VCF" />
@@ -17,12 +17,14 @@
     <outputs>
         <data name="output_distinct" format="txt" label="${output_label}.distinct_haplotypes.txt"/>
         <data name="output_haplo" format="fasta" label="${output_label}.haplo.fas"/>
+        <data name="output_distinct_fasta" format="fasta" label="${output_label}.distinct_haplotypes.fa"/>
     </outputs>
     <tests>
         <test>
             <param name="input" value="getHaplotypesFromPhasedVCF-input.vcf"/>
             <output name="output_distinct" file="getHaplotypesFromPhasedVCF-result.distinct_haplotypes.txt" compare="sim_size" delta="0"/>
             <output name="output_haplo" file="getHaplotypesFromPhasedVCF-result.haplo.fas" compare="sim_size" delta="0"/>
+            <output name="output_distinct_fasta" file="getHaplotypesFromPhasedVCF-result.distinct_haplotypes.fas" compare="sim_size" delta="0"/>
         </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
@@ -72,12 +74,16 @@
 ------------
 
 
-Text file
-        File describing haplotypes
+Distinct Haplotypes text file
+        File describing distincts haplotypes
 
 Fasta file
         Fasta file with haplotypes
 
+Distinct Haplotypes fasta file
+        Fasta file with distincts haplotypes
+
+
 ---------------------------------------------------
 
 ---------------
@@ -131,6 +137,23 @@
 	>Chr10_AZUCENA_2
 	TAAATCTTGGTGCTGATCTGATATTTAATGCGT
 
+haplotypes.distinct_haplotypes.fas
+----------------------------------
+
+::
+
+	>haplo1|2
+	CAATTTATATATACTTGTATATAACCACAACGAGAGAGTTTTACCT
+	TTTATAAAAAATAAATAATGTATTACGGCTAATATAGCAATCTTTT
+	AAAATAAATCTATATTTAAATGACTATGGAATTACTAATCACAATA
+	ACAGGATCTTGTTATTTTTAGCTTGTGTACTTATAATGATCCGATG
+	>haplo2|2
+	GCTACTTAAATATCTAGCATTAATCCACAACGAGAGGCTCTTACCT
+	TTAAAAAAGGGTCATCGCCTATAGGTTAGATAATCGACACATATAA
+	TTATAAGAAATTATATATAATTTTTAATCTAGTTCATTCTTGTGCA
+	TCATTATGTTATATAATAATAAACGTAACAAATATTGATACTACTC
+
+
     ]]></help>
     <citations>
                 <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/getHaplotypesFromPhasedVCF-result.distinct_haplotypes.fas	Tue Aug 14 08:21:55 2018 -0400
@@ -0,0 +1,3980 @@
+>haplo1|2
+CAATTTATATATACTTGTATATAACCACAACGAGAGAGTTTTACCTTTAAAAAAGGGTCATCGCCTTTAGGTTAGATAATCGACACATATAATTATAAGGAATTATATATAATTTTTAATCTAGTTCATTCTTGTGCATCATTATGTTATATAATAATAAACGTAACAAATTTTGATACTACTCATGAGTAGATTTAAGGTGATTTTATAAAAAATAAATAATGTATTACGGCTAATATAGCAATCTTTTAAAATAAATCTATATTTAAATGACTATGGAATTACTAATCACAATAACAGGATCTTGTTATTTTTAGCTTGTGTACTTATAATGATCCGATGTACTTAATTCTCAGCTCCTCATAATCTGTAGATATAAATATACATCGAAATCTGATAAAATGTTAGAACTTTTAATAAATTTATTATAATAGAATTTTTTATTATTGGGTCATAATATGTTATTAGACAGAAATTGCTAAATTTTTCTATAGAGAGTAGTATAATGATGTCACAATTGTCATCTAAAATAACTAATATTTGAATTCTACAAAAATACATCGAGTTTAGAACAACCCCCATCTATATATAATATTATAAAATATTTATAGAAGTTTAAATAATGAATTTTGCTTTTCTATTAACATCGTAATATATCTATAATGTATACTATTAATCAAATTCTATTAATTATATATACGCAATATTATATTAAAATAATGGATGTCATGTGTTAATATAATACATTTATCGATTAGAGAATATAAAGATAATTATTAAGCCAATTCTATTTAAAGATAGATTAATTTTATAAGAATACAATTTAAGTATCTTGATAAAATTTTTTAATATTCTCACTACTATTTATTAACCTATGTAGATGTTACATAAAAGACTATTAAACATTAAATATAATATATTGGCTATAAGGAAGTTTTATATCTTTAATAACTGAATGCCAAATTTCATTTCAAATGAGATTTGCAATATAGACCTTATTAAAATAATAATTATTTTATCGGTAGCTAAATCTTATCTATTCCTCTGTCCATATTAAATATGGTTCGTCTAGACCGAATGGTAAAATTATTTAATGTATATAATATCACGTTGAACGAAATAAATTTATTCTTGATAAATTAGTCATTCACATTTTGTTCATTATTATTAATAATATATATATTGTCTCTTTGAGACTTTTAGATATTTAATGTGCAAGTGTCATAACTTTAAATTAGCTTATTTAGAAAATTAAGTCTACTAATATCGGACTTACAGGTAGCACCAAATCGATTATGAGCAAACTATATCA
+>haplo2|2
+GCTACTTAAATATCTAGCATTAATCCACAACGAGAGGCTCTTACCTTTAAAAAAGGGTCATCGCCTATAGGTTAGATAATCGACACATATAATTATAAGAAATTATATATAATTTTTAATCTAGTTCATTCTTGTGCATCATTATGTTATATAATAATAAACGTAACAAATATTGATACTACTCATGAGTAGATTTAAGGTGATTTTATAAAATATAAATAATGTATTACGGCTAATATAGCTTACTTTATAAATAAATCTATATTTAAATGTCTATGGAATTACTAATCACAATAACAGGATCTTGTTATTTTTAGCTTGTGTACTTATAATGATCCGATGTACTTAATTCTCAGCTCCTCAGATTCTGTAGATATAAATATACATCGAAATCAGATAAAATGTAAGAACTCTTAATAAATTTATTATAATAGAATTTTTTATTATTGGGTCATAATATGTTATTAGACAGAAATTGCTAAATTTTTCTATAGAGAGTAGTATAATGATGTCACAATTGTCATCTAAAATAACTAATATTTGAATTCTACAATAATACATCGAGTTTAGAACAACCCCCATTTTTATATAATATTTTAAAATATTTATAGAAGTTTAAATAATGAATTTTGGTCAACTATTGATATCGTAATATATCTATAATACTATGATAATTAAGTTTCTAACTGATAGAATTAACGCAATATTATATTAAAATAATGAATGTCATGTGTTAAAAATATACAGTTTTGGGTTAGTGAATATAAAGATAATTATTAAGCCAATACTAAATAAAGTTTATAATAAAAATATTTAATACAATTTATAGTACTAGTACATTTATTTTAATGTTCTCTTAACTATTTATTTACCGATACTGAAGATATTTTTTAATCTTAATAAATAATATAATAATAATTTAGCTATAAGGAAGTTTTATATCTTGATCTTTCGTGAGCCAAATTTCATTTCAAATGAGATTTGCAATATAGACCTTATTAAAATATATGTGACCTAATCGGTAGCTAAATCTTATCTATTCCTCTGTCCATATTAAATATGGTTCGTCTAGACCGATAGGTAAAATTATTTAATGTATATAATATCACGTTGAACGAAATAAATTTATTCTTGATAAATTAGTCATTCACTTTTTGTTCATTATTATTAATAATATATATATTGTCTCTTTGAGACTTTTAGATATTTAATGTGCAAGTGTCATAACTTTAAATTAGCTTATTTAGAAAATTAAGTCTACTAATATCGGACTTACAGGTAGCACCAAATCGATTATGAGCAAACTATATCA
+>haplo3|2
+GCTACATATTTATTATTTGCTACTTCATAATCACGGGCTCTTACCTTTAAAAAGGGGTCATCGCCTATAGGTTAGATAATCGACACATATAATTATAAGGAATCATTTATAATTTTTAATCTAGTTCATTCTTGTGCATCATTATGTTATATAATAATAAACGTAACAAATATTGATACTACTCATGAGTAGATTTAAGGTGATTTTATAAAATATAAATAATGTATTACGGCTAATTCTATAATCATTATTAATTTTATATATAAATTTAGACTATGGAATTACTAATCACAATAACAGGATCTTGTTATTTTTAGCTTGTGTACTTATATTGATCCGATGTACTTAATTCACAGCTCCTCATTTATTGTGGTATATTTATAACTACGTTTTTAGATAATATGTAAAAATTCTTAATAAAAAAATATATTATGTAAAAAAATAACAAGAGTTAATTAATGTTATTTGACAGGATTTACATAAAATAATCTTTATGGAATGGTGTTTATTGACTCTAAAAATTATATAATATTTTATTTATTGAACTCCTCTTTTAAAAACCATGAAATAGACACCCCTCATTTATATATAATATTATAAAATATTTTATATTAAACTATTAACATATTTTGGTCAACTAATAACATCGTAATATATCTATAATGTATACTATTAATCAAATTCTTCAATAAGTTAATATTTGAGAAATATAAGTGGATGATGTTAATTATAAAATCAATATATCGGAAAAGAGAAATACTTAGTAATGATAAATAAACTGCGAATACTCAATATTATATATAATTAAAATATTTTAATCTAAATATGTTTTTTGATCTATTTTTTTTATATATACATATCATATATAAAATTGTAACAATAGAAACATAAAAGACTATTAAAATAATATAATAATATAAAATTATATAAAATCACATAGATTATGATTAACTGAAAGCCTAATTTATTTTCTATACAGATTAGTGTAAAAGACCATATTAACAATATAAATATTTTATCGGTAGCTAAATCGTATCTATTCCTTTATTAATATATTTATAAGAAAAATATATTCGAATCGAGTTTACTACAAAAGAATATAATATTGTGGAAAATGAGGTTTTCATATTCTTGATATAATAGTCATACATTTTTTGTTCATTATTATTAATAATATATATATTGTCTCTTTGAGACTTTTAGATATTTAATGGGTATATACGATAACTTTAAATTAGTTGATAACAAAAATTAAGTCAGAATATATTATTATATCATGATATTTCAAATCGATTATGAGCTAACGAAATCT
+>haplo4|2
+GCTACTTAAATATCTAGCATTAATCCACAACGAGAGACTCTTACCATTAAAAAAGGGTCATCGCCTTTAGGATAGATAATCGACACATATAATTATAAGGAATTATATATAATTTTTAATCTAGTTCATTCTTGTGCATCATTATGTTATATAATAATAAACGTAACAAATATTGATACTACTCATGAGTAGATTTAAGGTGATTTTATAAAATATAAATAATGTTTTACGGCTAATATAGCTTTCTTTATAAATAAATCTATATTTAAATGACTATGGAATTACTAATCACAATAACAGGATCTTGTTATTTTTAGCTTGTGTACTTATAATGATCCGATGTACTTAATTCTCAGCTCCTCATAATCTGTAGATATAAATATACATCGAAATCTGATAAAATGTTAGAACTCTTAATAAATTTATTATAATAGAATTTTTTATTATTGGGTCATAATATGTTATTAGACAGAAATTGCTTAATTTTTCTATAGAGAGTAGTATAATGATGTCACAATTGTCATCTTATATAACTAATATTTGAATTCTACAAAAATACATCGAGTTTAGAACAACCCCCATTTATATATAATATTATAAAATATTTATAGAAGTTTAAATAATGAATTTTGCTTTTCTTTTGATATCGTAATATATCTATAATGTATACTATTAATCAAATTCTATTAATTATATTAACGCAATATTATATTAAAATAATGAATGTCATGTGTTAAAAATTTACAGTTTTGGGTTAGTGAATATTAAGATAATTATTAAGCCAATACTATTTAAAGATAGATTAATTTTATAAGATTACAATTTAAGTATCTTGATAAAATTTTTTAATATTCTCACTACTATTTATTAACCTATGTAGATGTTACATAAAAGACTTAATATATAATATTATAATATATTGGCTATATGAATCATTTATATCTTTAATAACTGAATGCCAAATTTCATTTCAAATGAGATTTGCAATATAGACCTTATTAAAATAATAATTATTTTATCGGTAGCTAAATCTTATCTATTCCTCTGTCCATATTAAATATGGTTCGTCTAGACCGAATGGTAAAATTATTTAATGTATATAATATCACGTTGAACGAAATAAATTTATTCTTGATAAATTAGTCATTCACTTTTTGTTCATTATTATTAATAATATATATATTGTCTCTTTGAGACTTTTAGATATTTAATGTGCAAGTGTCATAACTTTAAATTAGCTTATTTAGAAAATTAAGTCTACTAATATCGGACCTACAGGTAGCACTTATTCGAAGTCTACCAAACGTAAACA
+>haplo5|2
+GCTACATATTTATTATTTGCTACTTCATAATCACGGAGTTTTACCTTTAAAAAAGGGTCATCGCCTTTAGGTTAGATAATCGACACATATAATTATAAGAAATTATATATAATTTTTAATCTAGTTCATTCTTGTGCATCATTATGTTATATAATAATAAACGTAACTAATTATGATATTTCTCATGAGTAGATTTAAGGTGATTTTATAAAATATAAATAATGTATTACGGCTAATTCTATAATCTTTATAAACAAATCTATATTTAAATGACTATGATTTATCAATATTTTTACTTAACTACATGAATTTTATTATAAGAGAGTCGGATAAGTACTAGGATTATAGTCACACAGACATATTTTTTCAGTGATTATTATTATGCATCGAAATCATATGAATATAATGATCACAATTCTATTTAGTTATAATAAATTTTTAAATACAAGATTTAATTAATACTTAGTGTAAAGTTGAAATAGGTTCTACTAATAAGGATACTAGTTTGATGTAAGAAAAAATTACATAATATTCATACAAATCTTTACCATTATTAAAAATTGTGAAATGGTTAACCCCCTTTTATATATAATATTATAAAATATTTTATATAGTTTATAGGTTGATTTTTGCTTAACTTTTGATATCGTAATATATCTATAATGTATACTATTAATCAAATTCTATTAATTATATATATGTGAGTAATATAAGTGGATGATGTTAATTATAAAATCAATATATCGGATTTGGGTTAGTGAATGTTTTATTTTAAAATCTACCGTATAAAAAATTAGATTATAATTAAAATAATTTATACAATTTATAGTACTAGTACATTTATTTTAATGTACTTTCATCATAAATAATACCGATATTGAAGATGCTAAAAAGACTTAATAAATAATATTATAATAATTTGGCTATATGAATCACATAGATTATGAACTTTCGTGAGCCAAATTTCATTTCAAATGAGATTTGCATAAAAGACCATATTAACAATATAATTATTTTATCGGTAGCTAATAATTATCTATTCCTCTGTCCATATTAAATATGGTTCGTCTAGACCGAATGGTATTTACATTTAAATAGCAATTAATCACGTTGAACGTAATAAATTTATTCTTGATAAATTAGTCATTCACTTTATGTTCATTGTTATTAATGATATATAATATGACATATAGAGACTTTTAGATATTTAATGTGCAAGTGTCATAACTTTAAATTAGCTTATTTAGAAAATTAAGTCTACTAATATCGGACCTACAGGTAGCTTCAAATCGATTATGAGCAAACTATATCA
+>haplo6|2
+GCTACTTAAATATCTAGCATTAATCCACAACGAGAGGCCCTAGCGAATTTTATAGGGATAACAGGTAATAGATAAAAAACTGTCATAGTTGTGAACTAAGTCATCTAATATTACCATATATCTACCGATTCCAACTTAATCCATACAATATATTATTAGGGACATTAAGTATAAAATACTAGAGTAAGAGCCTACATTAAAATATTTATAAAAATAAAGTAGGGAACGTAAGCTAATATAGCTTTCTTTATAAATAAATCTATATTTAAATGTCTATGGAATTACTAATCACAATAACAGGATCTTGTTATTTTTAGCTTGTGTACTTATAATGATCCGATGTACATGTTATATGCATCTTCTTATTCAGAAATAATAATTATGAATTGAAAGCAGTAGTATATAAAATATTCAATTCAGTTTAGATATTATAGTTTTTTAAATACAATGGATTATTATAGTATAGTGTAAAGTTGAACTAGGTTCTACTAATAAAAGAACTAGTTTGACTTCACATAAAATTACATTATATTCATACAATTCTTTACCACTTTTTTTCATCGAAATATGGTTACACATGTACATATATATAAGAAAATTTTATAAAATAGTAGTATAAATGACGTATAAAGCACAACAATAGTTCATGAGTAAATAGATTAATGTATACTATTAATCAAATTCTATTAATTATATTAACGCAATATTATATTAAAATAATGAATGTCATGTGTTAATATAATACATTTATCGATTAGAGAATATATTATTTTAAAATCTACCGTATAAAAAATTAGATTATAATTAAAATAATTTAATTAATTTATATAACTTGATAAAATTTTTTAATATTCTCACTACTATTTATTAACCTATGTAGATGTTACATAAAAGACTTAATAAATAATATTATAATAATTTGGCTATAAGGAAGTTTTATATCTTTAATAACTGAATGCCAAATTTCATTTCAAATGAGATTTGCAATATAGACCTTATTAAAATAATAATTATTTTATCGGTAGCTAAATCTTATCTATTCCTCTGTCCATATTAAATATGGTTCGTCTAGACCGAATGGTAAAATTATTTAATGTATATAATATCACGTTGAACGAAATAAATTTATTCTTGATAAATTAGTCATTCACTTTTTGTTCATTATTATTAATAATATATATATTGTCTCTTTGAGACTTTTAGATATTTAATGTGCAAGTGTCATAACTTTAAATTAGCATATTTAGAAAATTAAGTCTACTAATATCGGACCTACAGGTAGCACTTATTCGAAGTCTACCAAACGTAAACA
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+>haplo6|2
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+>haplo16|2
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+>haplo17|2
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+>haplo20|2
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+>haplo27|2
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+>haplo38|2
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+>haplo70|2
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