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1 ##fileformat=VCFv4.0
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2 ##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
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3 ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
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4 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
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5 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
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6 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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7 ##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic">
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8 ##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
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9 ##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
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10 ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
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11 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
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12 ##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
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13 ##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
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14 ##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
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15 ##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with two (and only two) segregating haplotypes">
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16 ##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
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17 ##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
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18 ##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
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19 ##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias">
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20 ##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[Eugenioides_Solexa.BWA.RG.unique.bam] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=../NeoArabica/reajusted_reference.fa rodBind=[] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=ALLOW_UNINDEXED_BAM num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false enable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false genotype_likelihoods_model=SNP p_nonref_model=EXACT heterozygosity=0.001 pcr_error_rate=1.0E-4 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=50.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 noSLOD=false assume_single_sample_reads=null abort_at_too_much_coverage=-1 min_base_quality_score=17 min_mapping_quality_score=20 max_mismatches_in_40bp_window=3 use_reads_with_bad_mates=false max_deletion_fraction=0.05 min_indel_count_for_genotyping=5 indel_heterozygosity=1.25E-4 insertionStartProbability=0.001 insertionEndProbability=0.5 alphaDeletionProbability=0.001 indelGapContinuationPenalty=10.0 indelGapOpenPenalty=40.0 indelHaplotypeSize=80 doContextDependentGapPenalties=false indelDebug=false s1=null s2=null dovit=false newlike=false exactCalculation=LINEAR_EXPERIMENTAL output_all_callable_bases=false genotype=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub verbose_mode=null metrics_file=null annotation=[]"
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21 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT Eug2
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22 85-ref 25 . C T 244.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:277,21,0
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23 85-ref 161 . A G 555.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.68;MQ0=0;QD=17.36;SB=-0.01;sumGLbyD=18.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:30:99:585,0,414
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24 85-ref 184 . A G 296.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=10.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:327,0,544
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25 85-ref 190 . T G 312.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.64;MQ0=0;QD=11.16;SB=-0.01;sumGLbyD=12.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:342,0,590
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26 85-ref 296 . C T 616.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8130;MQ=36.66;MQ0=0;QD=20.56;SB=-0.01;sumGLbyD=21.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:647,0,336
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27 85-ref 302 . C A 649.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.03;HRun=3;HaplotypeScore=3.8464;MQ=36.67;MQ0=0;QD=20.95;SB=-0.01;sumGLbyD=21.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:679,0,301
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28 85-ref 371 . G T 881.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.66;SB=-0.01;sumGLbyD=33.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:72.23:915,72,0
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29 85-ref 388 . G T 1055.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1089,84,0
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30 85-ref 425 . A G 295.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.56;SB=-0.01;sumGLbyD=11.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:27:99:326,0,554
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31 85-ref 445 . C T 691.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4658;MQ=36.70;MQ0=0;QD=20.34;SB=-0.01;sumGLbyD=21.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:33:99:722,0,367
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32 85-ref 453 . T C 1317.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.71;MQ0=0;QD=37.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1350,105,0
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33 85-ref 513 . A G 1749.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1783,138,0
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34 85-ref 648 . C A 251.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.07;SB=-0.01;sumGLbyD=11.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:282,0,527
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35 85-ref 781 . T G 232.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=19.35;SB=-0.01;sumGLbyD=21.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:262,0,108
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36 85-ref 806 . T C 15.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8661;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.56;SB=-0.01;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:45.50:46,0,263
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37 85-ref 809 . G A 235.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:268,21,0
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38 178-ref 1706 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=28.79;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
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39 178-ref 1749 . C T 322.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.51;MQ0=0;QD=32.26;SB=-40.00;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:356,27,0
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40 178-ref 1828 . G A 683.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.98;SB=-0.01;sumGLbyD=39.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:717,54,0
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41 178-ref 1884 . G A 12 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.9156;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.00;SB=-0.01;sumGLbyD=3.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:41.71:42,0,337
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42 178-ref 1977 . A G 369.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=30.76;SB=-0.01;sumGLbyD=33.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:6.49:401,6,0
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43 178-ref 1985 . G A 355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=29.58;SB=-0.01;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:6.48:386,6,0
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44 178-ref 2060 . A G 330.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:363,30,0
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45 178-ref 2111 . A C 514.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.03;MQ0=0;QD=34.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:548,45,0
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46 178-ref 2121 . G T 451.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=33.80;MQ0=0;QD=32.23;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.11:484,39,0
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47 178-ref 2218 . C T 586.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6686;MQ=35.98;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=30.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:18:14.17:619,14,0
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48 178-ref 2285 . A T 602.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.65;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:635,48,0
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49 178-ref 2374 . T G 161.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.28;MQ0=0;QD=27.00;SB=-0.01;sumGLbyD=32.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:15.05:195,15,0
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50 205-ref 31 . G C 396.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.08;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:430,33,0
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51 205-ref 115 . C T 515.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:548,42,0
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52 205-ref 196 . T C 644.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.46;MQ0=0;QD=32.24;SB=-0.01;sumGLbyD=33.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.17:678,54,0
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53 205-ref 204 . A T 778.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=33.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.20:812,66,0
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54 205-ref 272 . C G 920.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.61;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.23:954,75,0
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55 205-ref 328 . G A 684.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.54;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=32.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:21:24.62:718,25,0
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56 205-ref 377 . G A 506.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.79;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:540,42,0
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57 205-ref 499 . C T 580.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:613,48,0
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58 205-ref 534 . C A 732.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:765,60,0
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59 205-ref 632 . G A 646.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3009;MQ=36.68;MQ0=0;QD=20.20;SB=-0.01;sumGLbyD=21.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:31:99:677,0,295
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60 205-ref 730 . G A 539.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=31.88;MQ0=0;QD=28.39;SB=-0.01;sumGLbyD=30.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:20.17:572,20,0
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61 205-ref 733 . C A 532.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.23;MQ0=0;QD=31.30;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.12:565,51,0
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62 205-ref 745 . G A 389.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=29.94;SB=-0.01;sumGLbyD=32.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:422,39,0
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63 205-ref 748 . C G 388.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=29.91;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:422,39,0
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64 205-ref 839 . G A 794.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9462;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.78;SB=-0.01;sumGLbyD=33.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,23:25:3.34:824,0,3
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168 312-ref 1016 . C G 474.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.17;MQ0=0;QD=9.68;SB=-0.01;sumGLbyD=10.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:504,0,883
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315 710-ref 425 . T G 423.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.61;SB=-0.01;sumGLbyD=35.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.11:457,36,0
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316 710-ref 555 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
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317 710-ref 666 . A G 327.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:360,27,0
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3247 6084-ref 51 . A C 271.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:305,24,0
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3299 6378-ref 228 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
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3300 6399-ref 47 . A G 13.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.51;SB=3.00;sumGLbyD=4.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:43.42:43,0,245
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4327 11222-ref 215 . G A 164.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
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4328 11222-ref 294 . T C 254.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=31.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:287,24,0
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5497 16040-ref 142 . T C 80.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9976;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.36;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:110,0,364
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5503 16040-ref 321 . T G 793.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.1142;MQ=36.56;MQ0=0;QD=8.62;SB=-0.01;sumGLbyD=8.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,28:91:99:823,0,2068
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