Mercurial > repos > devteam > bowtie_wrappers
comparison bowtie_wrapper.xml @ 1:e1c59c194b7b draft
Updated command line format per dev team standards.
| author | Dave B. <dave@bx.psu.edu> |
|---|---|
| date | Mon, 01 Apr 2013 14:36:33 -0400 |
| parents | 0c7e4eadfb3c |
| children | 42c4463baaad |
comparison
equal
deleted
inserted
replaced
| 0:0c7e4eadfb3c | 1:e1c59c194b7b |
|---|---|
| 7 <command interpreter="python"> | 7 <command interpreter="python"> |
| 8 bowtie_wrapper.py | 8 bowtie_wrapper.py |
| 9 ## Hackish setting of number of threads | 9 ## Hackish setting of number of threads |
| 10 --threads="4" | 10 --threads="4" |
| 11 ## Outputs | 11 ## Outputs |
| 12 --output=$output | 12 --output="${output}" |
| 13 #if str( $singlePaired.sPaired ) == "single" | 13 #if str( $singlePaired.sPaired ) == "single" |
| 14 #if $output_unmapped_reads_l | 14 #if $output_unmapped_reads_l |
| 15 --output_unmapped_reads=$output_unmapped_reads_l | 15 --output_unmapped_reads="${output_unmapped_reads_l}" |
| 16 #end if | 16 #end if |
| 17 #if $output_suppressed_reads_l | 17 #if $output_suppressed_reads_l |
| 18 --output_suppressed_reads=$output_suppressed_reads_l | 18 --output_suppressed_reads="${output_suppressed_reads_l}" |
| 19 #end if | 19 #end if |
| 20 --galaxy_input_format="${singlePaired.sInput1.ext}" | 20 --galaxy_input_format="${singlePaired.sInput1.ext}" |
| 21 #else | 21 #else |
| 22 #if $output_unmapped_reads_l and $output_unmapped_reads_r | 22 #if $output_unmapped_reads_l and $output_unmapped_reads_r |
| 23 --output_unmapped_reads_l=$output_unmapped_reads_l | 23 --output_unmapped_reads_l="${output_unmapped_reads_l}" |
| 24 --output_unmapped_reads_r=$output_unmapped_reads_r | 24 --output_unmapped_reads_r="${output_unmapped_reads_r}" |
| 25 #end if | 25 #end if |
| 26 #if $output_suppressed_reads_l and $output_suppressed_reads_l | 26 #if $output_suppressed_reads_l and $output_suppressed_reads_l |
| 27 --output_suppressed_reads_l=$output_suppressed_reads_l | 27 --output_suppressed_reads_l="${output_suppressed_reads_l}" |
| 28 --output_suppressed_reads_r=$output_suppressed_reads_r | 28 --output_suppressed_reads_r="${output_suppressed_reads_r}" |
| 29 #end if | 29 #end if |
| 30 --galaxy_input_format="${singlePaired.pInput1.ext}" | 30 --galaxy_input_format="${singlePaired.pInput1.ext}" |
| 31 #end if | 31 #end if |
| 32 ## Inputs | 32 ## Inputs |
| 33 --dataType="solexa" ##this indicates that nucleotide base space is used in the wrapper | 33 --dataType="solexa" ##this indicates that nucleotide base space is used in the wrapper |
| 34 --suppressHeader=$suppressHeader | 34 --suppressHeader="${suppressHeader}" |
| 35 --genomeSource=$refGenomeSource.genomeSource | 35 --genomeSource="${refGenomeSource.genomeSource}" |
| 36 #if $refGenomeSource.genomeSource == "history": | 36 #if $refGenomeSource.genomeSource == "history": |
| 37 ##index already exists | 37 ##index already exists |
| 38 #if $refGenomeSource.ownFile.extension.startswith( 'bowtie_' ): | 38 #if $refGenomeSource.ownFile.extension.startswith( 'bowtie_' ): |
| 39 ##user previously built | 39 ##user previously built |
| 40 --ref="${refGenomeSource.ownFile.extra_files_path}/${refGenomeSource.ownFile.metadata.base_name}" | 40 --ref="${refGenomeSource.ownFile.extra_files_path}/${refGenomeSource.ownFile.metadata.base_name}" |
| 41 --do_not_build_index | 41 --do_not_build_index |
| 42 #else: | 42 #else: |
| 43 ##build index on the fly | 43 ##build index on the fly |
| 44 --ref=$refGenomeSource.ownFile | 44 --ref="${refGenomeSource.ownFile}" |
| 45 --indexSettings=$refGenomeSource.indexParams.indexSettings | 45 --indexSettings="${refGenomeSource.indexParams.indexSettings}" |
| 46 #if $refGenomeSource.indexParams.indexSettings == "indexFull": | 46 #if $refGenomeSource.indexParams.indexSettings == "indexFull": |
| 47 --iautoB=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB | 47 --iautoB="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB}" |
| 48 #if $refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB == "set": | 48 #if $refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB == "set": |
| 49 --ipacked=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.packed | 49 --ipacked="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.packed}" |
| 50 --ibmax=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmax | 50 --ibmax="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmax}" |
| 51 --ibmaxdivn=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmaxdivn | 51 --ibmaxdivn="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmaxdivn}" |
| 52 --idcv=$refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.dcv | 52 --idcv="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.dcv}" |
| 53 #end if | 53 #end if |
| 54 --inodc=$refGenomeSource.indexParams.nodc | 54 --inodc="${refGenomeSource.indexParams.nodc}" |
| 55 --inoref=$refGenomeSource.indexParams.noref | 55 --inoref="${refGenomeSource.indexParams.noref}" |
| 56 --ioffrate=$refGenomeSource.indexParams.offrate | 56 --ioffrate="${refGenomeSource.indexParams.offrate}" |
| 57 --iftab=$refGenomeSource.indexParams.ftab | 57 --iftab="${refGenomeSource.indexParams.ftab}" |
| 58 --intoa=$refGenomeSource.indexParams.ntoa | 58 --intoa="${refGenomeSource.indexParams.ntoa}" |
| 59 --iendian=$refGenomeSource.indexParams.endian | 59 --iendian="${refGenomeSource.indexParams.endian}" |
| 60 --iseed=$refGenomeSource.indexParams.seed | 60 --iseed="${refGenomeSource.indexParams.seed}" |
| 61 --icutoff=$refGenomeSource.indexParams.cutoff | 61 --icutoff="${refGenomeSource.indexParams.cutoff}" |
| 62 #end if | 62 #end if |
| 63 #end if | 63 #end if |
| 64 #else | 64 #else |
| 65 ##use pre-built index | 65 ##use pre-built index |
| 66 --ref="${refGenomeSource.index.fields.path}" | 66 --ref="${refGenomeSource.index.fields.path}" |
| 67 #end if | 67 #end if |
| 68 --paired=$singlePaired.sPaired | 68 --paired="${singlePaired.sPaired}" |
| 69 #if $singlePaired.sPaired == "single": | 69 #if $singlePaired.sPaired == "single": |
| 70 --input1=$singlePaired.sInput1 | 70 --input1="${singlePaired.sInput1}" |
| 71 --params=$singlePaired.sParams.sSettingsType | 71 --params="${singlePaired.sParams.sSettingsType}" |
| 72 #if $singlePaired.sParams.sSettingsType == "full": | 72 #if $singlePaired.sParams.sSettingsType == "full": |
| 73 --skip=$singlePaired.sParams.sSkip | 73 --skip="${singlePaired.sParams.sSkip}" |
| 74 --alignLimit=$singlePaired.sParams.sAlignLimit | 74 --alignLimit="${singlePaired.sParams.sAlignLimit}" |
| 75 --trimH=$singlePaired.sParams.sTrimH | 75 --trimH="${singlePaired.sParams.sTrimH}" |
| 76 --trimL=$singlePaired.sParams.sTrimL | 76 --trimL="${singlePaired.sParams.sTrimL}" |
| 77 --mismatchSeed=$singlePaired.sParams.sMismatchSeed | 77 --mismatchSeed="${singlePaired.sParams.sMismatchSeed}" |
| 78 --mismatchQual=$singlePaired.sParams.sMismatchQual | 78 --mismatchQual="${singlePaired.sParams.sMismatchQual}" |
| 79 --seedLen=$singlePaired.sParams.sSeedLen | 79 --seedLen="${singlePaired.sParams.sSeedLen}" |
| 80 --rounding=$singlePaired.sParams.sRounding | 80 --rounding="${singlePaired.sParams.sRounding}" |
| 81 --maqSoapAlign=$singlePaired.sParams.sMaqSoapAlign | 81 --maqSoapAlign="${singlePaired.sParams.sMaqSoapAlign}" |
| 82 --tryHard=$singlePaired.sParams.sTryHard | 82 --tryHard="${singlePaired.sParams.sTryHard}" |
| 83 --valAlign=$singlePaired.sParams.sValAlign | 83 --valAlign="${singlePaired.sParams.sValAlign}" |
| 84 --allValAligns=$singlePaired.sParams.sAllValAligns | 84 --allValAligns="${singlePaired.sParams.sAllValAligns}" |
| 85 --suppressAlign=$singlePaired.sParams.sSuppressAlign | 85 --suppressAlign="${singlePaired.sParams.sSuppressAlign}" |
| 86 --best=$singlePaired.sParams.sBestOption.sBest | 86 --best="${singlePaired.sParams.sBestOption.sBest}" |
| 87 #if $singlePaired.sParams.sBestOption.sBest == "doBest": | 87 #if $singlePaired.sParams.sBestOption.sBest == "doBest": |
| 88 --maxBacktracks=$singlePaired.sParams.sBestOption.sdMaxBacktracks | 88 --maxBacktracks="${singlePaired.sParams.sBestOption.sdMaxBacktracks}" |
| 89 --strata=$singlePaired.sParams.sBestOption.sdStrata | 89 --strata="${singlePaired.sParams.sBestOption.sdStrata}" |
| 90 #else: | 90 #else: |
| 91 --maxBacktracks=$singlePaired.sParams.sBestOption.snMaxBacktracks | 91 --maxBacktracks="${singlePaired.sParams.sBestOption.snMaxBacktracks}" |
| 92 #end if | 92 #end if |
| 93 --offrate=$singlePaired.sParams.sOffrate | 93 --offrate="${singlePaired.sParams.sOffrate}" |
| 94 --seed=$singlePaired.sParams.sSeed | 94 --seed="${singlePaired.sParams.sSeed}" |
| 95 #end if | 95 #end if |
| 96 #else: | 96 #else: |
| 97 --input1=$singlePaired.pInput1 | 97 --input1="${singlePaired.pInput1}" |
| 98 --input2=$singlePaired.pInput2 | 98 --input2="${singlePaired.pInput2}" |
| 99 --maxInsert=$singlePaired.pMaxInsert | 99 --maxInsert="${singlePaired.pMaxInsert}" |
| 100 --mateOrient=$singlePaired.pMateOrient | 100 --mateOrient="${singlePaired.pMateOrient}" |
| 101 --params=$singlePaired.pParams.pSettingsType | 101 --params="${singlePaired.pParams.pSettingsType}" |
| 102 #if $singlePaired.pParams.pSettingsType == "full": | 102 #if $singlePaired.pParams.pSettingsType == "full": |
| 103 --skip=$singlePaired.pParams.pSkip | 103 --skip="${singlePaired.pParams.pSkip}" |
| 104 --alignLimit=$singlePaired.pParams.pAlignLimit | 104 --alignLimit="${singlePaired.pParams.pAlignLimit}" |
| 105 --trimH=$singlePaired.pParams.pTrimH | 105 --trimH="${singlePaired.pParams.pTrimH}" |
| 106 --trimL=$singlePaired.pParams.pTrimL | 106 --trimL="${singlePaired.pParams.pTrimL}" |
| 107 --mismatchSeed=$singlePaired.pParams.pMismatchSeed | 107 --mismatchSeed="${singlePaired.pParams.pMismatchSeed}" |
| 108 --mismatchQual=$singlePaired.pParams.pMismatchQual | 108 --mismatchQual="${singlePaired.pParams.pMismatchQual}" |
| 109 --seedLen=$singlePaired.pParams.pSeedLen | 109 --seedLen="${singlePaired.pParams.pSeedLen}" |
| 110 --rounding=$singlePaired.pParams.pRounding | 110 --rounding="${singlePaired.pParams.pRounding}" |
| 111 --maqSoapAlign=$singlePaired.pParams.pMaqSoapAlign | 111 --maqSoapAlign="${singlePaired.pParams.pMaqSoapAlign}" |
| 112 --minInsert=$singlePaired.pParams.pMinInsert | 112 --minInsert="${singlePaired.pParams.pMinInsert}" |
| 113 --maxAlignAttempt=$singlePaired.pParams.pMaxAlignAttempt | 113 --maxAlignAttempt="${singlePaired.pParams.pMaxAlignAttempt}" |
| 114 --forwardAlign=$singlePaired.pParams.pForwardAlign | 114 --forwardAlign="${singlePaired.pParams.pForwardAlign}" |
| 115 --reverseAlign=$singlePaired.pParams.pReverseAlign | 115 --reverseAlign="${singlePaired.pParams.pReverseAlign}" |
| 116 --tryHard=$singlePaired.pParams.pTryHard | 116 --tryHard="${singlePaired.pParams.pTryHard}" |
| 117 --valAlign=$singlePaired.pParams.pValAlign | 117 --valAlign="${singlePaired.pParams.pValAlign}" |
| 118 --allValAligns=$singlePaired.pParams.pAllValAligns | 118 --allValAligns="${singlePaired.pParams.pAllValAligns}" |
| 119 --suppressAlign=$singlePaired.pParams.pSuppressAlign | 119 --suppressAlign="${singlePaired.pParams.pSuppressAlign}" |
| 120 --best=$singlePaired.pParams.pBestOption.pBest | 120 --best="${singlePaired.pParams.pBestOption.pBest}" |
| 121 #if $singlePaired.pParams.pBestOption.pBest == "doBest": | 121 #if $singlePaired.pParams.pBestOption.pBest == "doBest": |
| 122 --maxBacktracks=$singlePaired.pParams.pBestOption.pdMaxBacktracks | 122 --maxBacktracks="${singlePaired.pParams.pBestOption.pdMaxBacktracks}" |
| 123 --strata=$singlePaired.pParams.pBestOption.pdStrata | 123 --strata="${singlePaired.pParams.pBestOption.pdStrata}" |
| 124 #else: | 124 #else: |
| 125 --maxBacktracks=$singlePaired.pParams.pBestOption.pnMaxBacktracks | 125 --maxBacktracks="${singlePaired.pParams.pBestOption.pnMaxBacktracks}" |
| 126 #end if | 126 #end if |
| 127 --offrate=$singlePaired.pParams.pOffrate | 127 --offrate="${singlePaired.pParams.pOffrate}" |
| 128 --seed=$singlePaired.pParams.pSeed | 128 --seed="${singlePaired.pParams.pSeed}" |
| 129 #end if | 129 #end if |
| 130 #end if | 130 #end if |
| 131 </command> | 131 </command> |
| 132 <inputs> | 132 <inputs> |
| 133 <conditional name="refGenomeSource"> | 133 <conditional name="refGenomeSource"> |