comparison bwa_color_wrapper.xml @ 1:150b3fe44caa draft

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0:ffa8aaa14f7c

    bwa_wrapper.py 
      --threads="4"
      --color-space

      ## reference source
      --fileSource=$genomeSource.refGenomeSource
      #if $genomeSource.refGenomeSource == "history":
        ##build index on the fly
        --ref="${genomeSource.ownFile}"
        --dbkey=$dbkey
      #else:
        ##use precomputed indexes
        --ref="${genomeSource.indices.fields.path}"
        --do_not_build_index
      #end if

      ## input file(s)
      --input1=$paired.input1
      #if $paired.sPaired == "paired":
        --input2=$paired.input2
      #end if

      ## output file
      --output=$output

      ## run parameters
      --genAlignType=$paired.sPaired
      --params=$params.source_select
      #if $params.source_select != "pre_set":
        --maxEditDist=$params.maxEditDist
        --fracMissingAligns=$params.fracMissingAligns
        --maxGapOpens=$params.maxGapOpens
        --maxGapExtens=$params.maxGapExtens
        --disallowLongDel=$params.disallowLongDel
        --disallowIndel=$params.disallowIndel
        --seed=$params.seed
        --maxEditDistSeed=$params.maxEditDistSeed
        --mismatchPenalty=$params.mismatchPenalty
        --gapOpenPenalty=$params.gapOpenPenalty
        --gapExtensPenalty=$params.gapExtensPenalty
        --suboptAlign="${params.suboptAlign}"
        --noIterSearch=$params.noIterSearch
        --outputTopN=$params.outputTopN
        --outputTopNDisc=$params.outputTopNDisc
        --maxInsertSize=$params.maxInsertSize
        --maxOccurPairing=$params.maxOccurPairing
        #if $params.readGroup.specReadGroup == "yes"
          --rgid="$params.readGroup.rgid"
          --rgcn="$params.readGroup.rgcn"
          --rgds="$params.readGroup.rgds"
          --rgdt="$params.readGroup.rgdt"
          --rgfo="$params.readGroup.rgfo"
          --rgks="$params.readGroup.rgks"
          --rglb="$params.readGroup.rglb"
          --rgpg="$params.readGroup.rgpg"
          --rgpi="$params.readGroup.rgpi"
          --rgpl="$params.readGroup.rgpl"
          --rgpu="$params.readGroup.rgpu"
          --rgsm="$params.readGroup.rgsm"
        #end if
      #end if

      ## suppress output SAM header
      --suppressHeader=$suppressHeader
  </command>
  <requirements>
    <requirement type="package">bwa</requirement>
  </requirements>
  <inputs>

1:150b3fe44caa

    bwa_wrapper.py 
      --threads="4"
      --color-space

      ## reference source
      --fileSource="${genomeSource.refGenomeSource}"
      #if $genomeSource.refGenomeSource == "history":
        ##build index on the fly
        --ref="${genomeSource.ownFile}"
        --dbkey="${dbkey}"
      #else:
        ##use precomputed indexes
        --ref="${genomeSource.indices.fields.path}"
        --do_not_build_index
      #end if

      ## input file(s)
      --input1="${paired.input1}"
      #if $paired.sPaired == "paired":
        --input2="${paired.input2}"
      #end if

      ## output file
      --output="${output}"

      ## run parameters
      --genAlignType="${paired.sPaired}"
      --params="${params.source_select}"
      #if $params.source_select != "pre_set":
        --maxEditDist="${params.maxEditDist}"
        --fracMissingAligns="${params.fracMissingAligns}"
        --maxGapOpens="${params.maxGapOpens}"
        --maxGapExtens="${params.maxGapExtens}"
        --disallowLongDel="${params.disallowLongDel}"
        --disallowIndel="${params.disallowIndel}"
        --seed="${params.seed}"
        --maxEditDistSeed="${params.maxEditDistSeed}"
        --mismatchPenalty="${params.mismatchPenalty}"
        --gapOpenPenalty="${params.gapOpenPenalty}"
        --gapExtensPenalty="${params.gapExtensPenalty}"
        --suboptAlign="${params.suboptAlign}"
        --noIterSearch="${params.noIterSearch}"
        --outputTopN="${params.outputTopN}"
        --outputTopNDisc="${params.outputTopNDisc}"
        --maxInsertSize="${params.maxInsertSize}"
        --maxOccurPairing="${params.maxOccurPairing}"
        #if $params.readGroup.specReadGroup == "yes"
          --rgid="${params.readGroup.rgid}"
          --rgcn="${params.readGroup.rgcn}"
          --rgds="${params.readGroup.rgds}"
          --rgdt="${params.readGroup.rgdt}"
          --rgfo="${params.readGroup.rgfo}"
          --rgks="${params.readGroup.rgks}"
          --rglb="${params.readGroup.rglb}"
          --rgpg="${params.readGroup.rgpg}"
          --rgpi="${params.readGroup.rgpi}"
          --rgpl="${params.readGroup.rgpl}"
          --rgpu="${params.readGroup.rgpu}"
          --rgsm="${params.readGroup.rgsm}"
        #end if
      #end if

      ## suppress output SAM header
      --suppressHeader="${suppressHeader}"
  </command>
  <requirements>
    <requirement type="package">bwa</requirement>
  </requirements>
  <inputs>