diff test-data/emboss_charge_out.charge @ 1:7334f6d0ac17

Uploaded emboss functional test input and output data files.

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/emboss_charge_out.charge	Wed Mar 21 16:30:01 2012 -0400
@@ -0,0 +1,560 @@
+CHARGE of Sequence from 1 to 561: window 5
+
+Position	Residue	Charge
+1		G	0.000
+2		T	0.000
+3		T	0.000
+4		C	0.000
+5		G	0.000
+6		A	0.000
+7		T	0.000
+8		G	0.000
+9		C	0.000
+10		C	0.000
+11		T	0.000
+12		A	0.000
+13		A	0.000
+14		A	0.000
+15		A	0.000
+16		T	0.000
+17		A	0.000
+18		C	0.000
+19		C	0.000
+20		T	0.000
+21		T	0.000
+22		C	0.000
+23		T	0.000
+24		T	0.000
+25		T	0.000
+26		T	0.000
+27		G	0.000
+28		T	0.000
+29		C	0.000
+30		C	0.000
+31		C	0.000
+32		T	0.000
+33		A	0.000
+34		C	0.000
+35		A	0.000
+36		C	0.000
+37		A	0.000
+38		G	0.000
+39		A	0.000
+40		C	0.000
+41		C	0.000
+42		A	0.000
+43		C	0.000
+44		A	0.000
+45		G	0.000
+46		T	0.000
+47		T	0.000
+48		T	0.000
+49		T	0.000
+50		C	0.000
+51		C	0.000
+52		T	0.000
+53		A	0.000
+54		A	0.000
+55		T	0.000
+56		G	0.000
+57		G	0.000
+58		C	0.000
+59		T	0.000
+60		T	0.000
+61		T	0.000
+62		A	0.000
+63		C	0.000
+64		A	0.000
+65		C	0.000
+66		C	0.000
+67		G	0.000
+68		A	0.000
+69		C	0.000
+70		T	0.000
+71		A	0.000
+72		G	0.000
+73		A	0.000
+74		A	0.000
+75		A	0.000
+76		T	0.000
+77		T	0.000
+78		C	0.000
+79		T	0.000
+80		T	0.000
+81		G	0.000
+82		T	0.000
+83		G	0.000
+84		C	0.000
+85		A	0.000
+86		A	0.000
+87		G	0.000
+88		C	0.000
+89		A	0.000
+90		C	0.000
+91		T	0.000
+92		A	0.000
+93		A	0.000
+94		T	0.000
+95		T	0.000
+96		G	0.000
+97		A	0.000
+98		A	0.000
+99		A	0.000
+100		G	0.000
+101		C	0.000
+102		G	0.000
+103		G	0.000
+104		T	0.000
+105		T	0.000
+106		G	0.000
+107		G	0.000
+108		C	0.000
+109		C	0.000
+110		T	0.000
+111		A	0.000
+112		G	0.000
+113		A	0.000
+114		G	0.000
+115		T	0.000
+116		G	0.000
+117		T	0.000
+118		T	0.000
+119		A	0.000
+120		C	0.000
+121		C	0.000
+122		G	0.000
+123		G	0.000
+124		T	0.000
+125		T	0.000
+126		T	0.000
+127		G	0.000
+128		T	0.000
+129		A	0.000
+130		T	0.000
+131		A	0.000
+132		G	0.000
+133		C	0.000
+134		T	0.000
+135		G	0.000
+136		A	0.000
+137		G	0.000
+138		C	0.000
+139		G	0.000
+140		C	0.000
+141		G	0.000
+142		T	0.000
+143		C	0.000
+144		T	0.000
+145		C	0.000
+146		T	0.000
+147		T	0.000
+148		G	0.000
+149		C	0.000
+150		C	0.000
+151		C	0.000
+152		T	0.000
+153		G	0.000
+154		A	0.000
+155		T	0.000
+156		C	0.000
+157		A	0.000
+158		A	0.000
+159		A	0.000
+160		G	0.000
+161		G	0.000
+162		T	0.000
+163		T	0.000
+164		C	0.000
+165		A	0.000
+166		T	0.000
+167		T	0.000
+168		T	0.000
+169		T	0.000
+170		C	0.000
+171		T	0.000
+172		C	0.000
+173		T	0.000
+174		A	0.000
+175		C	0.000
+176		T	0.000
+177		T	0.000
+178		T	0.000
+179		G	0.000
+180		G	0.000
+181		A	0.000
+182		A	0.000
+183		G	0.000
+184		A	0.000
+185		C	0.000
+186		G	0.000
+187		T	0.000
+188		T	0.000
+189		G	0.000
+190		T	0.000
+191		G	0.000
+192		G	0.000
+193		A	0.000
+194		A	0.000
+195		G	0.000
+196		A	0.000
+197		A	0.000
+198		T	0.000
+199		A	0.000
+200		C	0.000
+201		A	0.000
+202		A	0.000
+203		C	0.000
+204		A	0.000
+205		A	0.000
+206		G	0.000
+207		T	0.000
+208		A	0.000
+209		C	0.000
+210		G	0.000
+211		A	0.000
+212		G	0.000
+213		T	0.000
+214		C	0.000
+215		T	0.000
+216		C	0.000
+217		T	0.000
+218		C	0.000
+219		C	0.000
+220		C	0.000
+221		C	0.000
+222		C	0.000
+223		C	0.000
+224		T	0.000
+225		G	0.000
+226		G	0.000
+227		T	0.000
+228		T	0.000
+229		T	0.000
+230		G	0.000
+231		C	0.000
+232		T	0.000
+233		G	0.000
+234		A	0.000
+235		T	0.000
+236		T	0.000
+237		A	0.000
+238		C	0.000
+239		T	0.000
+240		G	0.000
+241		G	0.000
+242		A	0.000
+243		T	0.000
+244		A	0.000
+245		C	0.000
+246		A	0.000
+247		G	0.000
+248		T	0.000
+249		T	0.000
+250		G	0.000
+251		T	0.000
+252		A	0.000
+253		A	0.000
+254		T	0.000
+255		A	0.000
+256		C	0.000
+257		C	0.000
+258		C	0.000
+259		T	0.000
+260		T	0.000
+261		C	0.000
+262		G	0.000
+263		C	0.000
+264		A	0.000
+265		A	0.000
+266		C	0.000
+267		A	0.000
+268		C	0.000
+269		C	0.000
+270		G	0.000
+271		C	0.000
+272		G	0.000
+273		T	0.000
+274		A	0.000
+275		A	0.000
+276		C	0.000
+277		T	0.000
+278		A	0.000
+279		T	0.000
+280		C	0.000
+281		T	0.000
+282		A	0.000
+283		T	0.000
+284		A	0.000
+285		T	0.000
+286		G	0.000
+287		A	0.000
+288		A	0.000
+289		T	0.000
+290		T	0.000
+291		A	0.000
+292		T	0.000
+293		T	0.000
+294		T	0.000
+295		T	0.000
+296		C	0.000
+297		C	0.000
+298		C	0.000
+299		T	0.000
+300		T	0.000
+301		T	0.000
+302		A	0.000
+303		T	0.000
+304		T	0.000
+305		A	0.000
+306		T	0.000
+307		A	0.000
+308		T	0.000
+309		G	0.000
+310		T	0.000
+311		A	0.000
+312		G	0.000
+313		T	0.000
+314		A	0.000
+315		G	0.000
+316		G	0.000
+317		T	0.000
+318		T	0.000
+319		C	0.000
+320		G	0.000
+321		T	0.000
+322		C	0.000
+323		T	0.000
+324		T	0.000
+325		T	0.000
+326		A	0.000
+327		A	0.000
+328		T	0.000
+329		C	0.000
+330		T	0.000
+331		T	0.000
+332		C	0.000
+333		C	0.000
+334		T	0.000
+335		T	0.000
+336		T	0.000
+337		A	0.000
+338		G	0.000
+339		C	0.000
+340		A	0.000
+341		A	0.000
+342		G	0.000
+343		T	0.000
+344		C	0.000
+345		T	0.000
+346		T	0.000
+347		T	0.000
+348		T	0.000
+349		A	0.000
+350		C	0.000
+351		T	0.000
+352		G	0.000
+353		T	0.000
+354		T	0.000
+355		T	0.000
+356		T	0.000
+357		C	0.000
+358		G	0.000
+359		A	0.000
+360		C	0.000
+361		C	0.000
+362		T	0.000
+363		C	0.000
+364		A	0.000
+365		A	0.000
+366		T	0.000
+367		G	0.000
+368		T	0.000
+369		T	0.000
+370		C	0.000
+371		A	0.000
+372		T	0.000
+373		G	0.000
+374		T	0.000
+375		T	0.000
+376		C	0.000
+377		T	0.000
+378		T	0.000
+379		A	0.000
+380		G	0.000
+381		G	0.000
+382		T	0.000
+383		T	0.000
+384		G	0.000
+385		T	0.000
+386		T	0.000
+387		T	0.000
+388		T	0.000
+389		G	0.000
+390		G	0.000
+391		A	0.000
+392		T	0.000
+393		A	0.000
+394		A	0.000
+395		T	0.000
+396		A	0.000
+397		T	0.000
+398		G	0.000
+399		C	0.000
+400		G	0.000
+401		G	0.000
+402		T	0.000
+403		C	0.000
+404		A	0.000
+405		G	0.000
+406		T	0.000
+407		T	0.000
+408		T	0.000
+409		A	0.000
+410		A	0.000
+411		T	0.000
+412		C	0.000
+413		T	0.000
+414		T	0.000
+415		C	0.000
+416		G	0.000
+417		T	0.000
+418		T	0.000
+419		G	0.000
+420		T	0.000
+421		T	0.000
+422		T	0.000
+423		C	0.000
+424		T	0.000
+425		T	0.000
+426		C	0.000
+427		T	0.000
+428		T	0.000
+429		A	0.000
+430		A	0.000
+431		A	0.000
+432		A	0.000
+433		T	0.000
+434		A	0.000
+435		T	0.000
+436		T	0.000
+437		T	0.000
+438		A	0.000
+439		T	0.000
+440		T	0.000
+441		C	0.000
+442		A	0.000
+443		T	0.000
+444		G	0.000
+445		G	0.000
+446		T	0.000
+447		T	0.000
+448		T	0.000
+449		A	0.000
+450		A	0.000
+451		T	0.000
+452		T	0.000
+453		T	0.000
+454		T	0.000
+455		T	0.000
+456		G	0.000
+457		G	0.000
+458		T	0.000
+459		T	0.000
+460		T	0.000
+461		G	0.000
+462		T	0.000
+463		A	0.000
+464		C	0.000
+465		T	0.000
+466		T	0.000
+467		G	0.000
+468		T	0.000
+469		T	0.000
+470		C	0.000
+471		A	0.000
+472		G	0.000
+473		G	0.000
+474		G	0.000
+475		G	0.000
+476		C	0.000
+477		C	0.000
+478		A	0.000
+479		G	0.000
+480		T	0.000
+481		T	0.000
+482		C	0.000
+483		A	0.000
+484		T	0.000
+485		T	0.000
+486		A	0.000
+487		T	0.000
+488		T	0.000
+489		T	0.000
+490		A	0.000
+491		C	0.000
+492		T	0.000
+493		C	0.000
+494		T	0.000
+495		G	0.000
+496		T	0.000
+497		T	0.000
+498		T	0.000
+499		G	0.000
+500		T	0.000
+501		A	0.000
+502		T	0.000
+503		A	0.000
+504		C	0.000
+505		A	0.000
+506		G	0.000
+507		C	0.000
+508		A	0.000
+509		G	0.000
+510		T	0.000
+511		T	0.000
+512		C	0.000
+513		T	0.000
+514		T	0.000
+515		T	0.000
+516		T	0.000
+517		A	0.000
+518		T	0.000
+519		T	0.000
+520		T	0.000
+521		T	0.000
+522		T	0.000
+523		A	0.000
+524		G	0.000
+525		T	0.000
+526		A	0.000
+527		T	0.000
+528		G	0.000
+529		A	0.000
+530		T	0.000
+531		T	0.000
+532		T	0.000
+533		T	0.000
+534		A	0.000
+535		A	0.000
+536		T	0.000
+537		T	0.000
+538		T	0.000
+539		A	0.000
+540		A	0.000
+541		A	0.000
+542		A	0.000
+543		C	0.000
+544		A	0.000
+545		A	0.000
+546		T	0.000
+547		T	0.000
+548		C	0.000
+549		T	0.000
+550		A	0.000
+551		A	0.000
+552		T	0.000
+553		G	0.000
+554		G	0.000
+555		T	0.000
+556		C	0.000
+557		A	0.000