Mercurial > repos > devteam > fastqc

comparison test-data/fastqc_data_hisat.txt @ 15:2b0c9d9fc6ca draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/fastqc commit 35d722c0cafe2a2f2e4e2f73c265ae56ae237997
author iuc
date Fri, 24 Nov 2017 08:18:41 -0500
parents
children 3e1cdf5406db
comparison
equal deleted inserted replaced
14:f2e8552cf1d0 15:2b0c9d9fc6ca
1 ##FastQC 0.11.5
2 >>Basic Statistics pass
3 #Measure Value
4 Filename hisat_output_1_bam
5 File type Conventional base calls
6 Encoding Sanger / Illumina 1.9
7 Total Sequences 20
8 Sequences flagged as poor quality 0
9 Sequence length 70
10 %GC 43
11 >>END_MODULE
12 >>Per base sequence quality pass
13 #Base Mean Median Lower Quartile Upper Quartile 10th Percentile 90th Percentile
14 1 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
15 2 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
16 3 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
17 4 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
18 5 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
19 6 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
20 7 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
21 8 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
22 9 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
23 10 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
24 11 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
25 12 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
26 13 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
27 14 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
28 15 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
29 16 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
30 17 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
31 18 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
32 19 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
33 20 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
34 21 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
35 22 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
36 23 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
37 24 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
38 25 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
39 26 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
40 27 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
41 28 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
42 29 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
43 30 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
44 31 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
45 32 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
46 33 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
47 34 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
48 35 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
49 36 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
50 37 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
51 38 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
52 39 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
53 40 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
54 41 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
55 42 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
56 43 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
57 44 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
58 45 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
59 46 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
60 47 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
61 48 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
62 49 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
63 50 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
64 51 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
65 52 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
66 53 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
67 54 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
68 55 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
69 56 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
70 57 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
71 58 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
72 59 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
73 60 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
74 61 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
75 62 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
76 63 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
77 64 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
78 65 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
79 66 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
80 67 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
81 68 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
82 69 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
83 70 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
84 >>END_MODULE
85 >>Per sequence quality scores fail
86 #Quality Count
87 17 20.0
88 >>END_MODULE
89 >>Per base sequence content fail
90 #Base G A T C
91 1 20.0 5.0 35.0 40.0
92 2 10.0 10.0 45.0 35.0
93 3 35.0 20.0 20.0 25.0
94 4 35.0 30.0 25.0 10.0
95 5 20.0 20.0 30.0 30.0
96 6 20.0 35.0 20.0 25.0
97 7 15.0 40.0 35.0 10.0
98 8 20.0 15.0 45.0 20.0
99 9 20.0 25.0 35.0 20.0
100 10 20.0 20.0 30.0 30.0
101 11 15.0 20.0 45.0 20.0
102 12 10.0 40.0 35.0 15.0
103 13 25.0 35.0 20.0 20.0
104 14 35.0 20.0 20.0 25.0
105 15 30.0 35.0 15.0 20.0
106 16 10.0 45.0 25.0 20.0
107 17 25.0 25.0 40.0 10.0
108 18 25.0 35.0 10.0 30.0
109 19 5.0 30.0 25.0 40.0
110 20 20.0 15.0 40.0 25.0
111 21 25.0 25.0 25.0 25.0
112 22 15.0 30.0 20.0 35.0
113 23 20.0 5.0 45.0 30.0
114 24 10.0 30.0 35.0 25.0
115 25 30.0 40.0 15.0 15.0
116 26 15.0 35.0 20.0 30.0
117 27 15.0 35.0 30.0 20.0
118 28 25.0 25.0 30.0 20.0
119 29 15.0 30.0 20.0 35.0
120 30 20.0 35.0 30.0 15.0
121 31 20.0 35.0 25.0 20.0
122 32 35.0 15.0 35.0 15.0
123 33 30.0 35.0 15.0 20.0
124 34 25.0 25.0 25.0 25.0
125 35 25.0 20.0 35.0 20.0
126 36 30.0 25.0 20.0 25.0
127 37 15.0 45.0 25.0 15.0
128 38 30.0 25.0 35.0 10.0
129 39 20.0 45.0 15.0 20.0
130 40 15.0 35.0 20.0 30.0
131 41 35.0 25.0 20.0 20.0
132 42 30.0 30.0 35.0 5.0
133 43 25.0 15.0 40.0 20.0
134 44 40.0 20.0 30.0 10.0
135 45 15.0 35.0 25.0 25.0
136 46 15.0 30.0 40.0 15.0
137 47 35.0 15.0 30.0 20.0
138 48 30.0 35.0 20.0 15.0
139 49 10.0 55.00000000000001 30.0 5.0
140 50 40.0 25.0 20.0 15.0
141 51 25.0 35.0 10.0 30.0
142 52 30.0 25.0 20.0 25.0
143 53 30.0 10.0 30.0 30.0
144 54 20.0 40.0 20.0 20.0
145 55 10.0 35.0 10.0 45.0
146 56 50.0 10.0 30.0 10.0
147 57 15.0 45.0 30.0 10.0
148 58 20.0 35.0 20.0 25.0
149 59 30.0 35.0 30.0 5.0
150 60 20.0 35.0 25.0 20.0
151 61 25.0 15.0 35.0 25.0
152 62 10.0 20.0 55.00000000000001 15.0
153 63 25.0 20.0 35.0 20.0
154 64 20.0 35.0 25.0 20.0
155 65 30.0 35.0 25.0 10.0
156 66 15.0 40.0 35.0 10.0
157 67 20.0 35.0 20.0 25.0
158 68 20.0 25.0 30.0 25.0
159 69 15.0 35.0 25.0 25.0
160 70 5.0 40.0 40.0 15.0
161 >>END_MODULE
162 >>Per sequence GC content fail
163 #GC Content Count
164 0 0.0
165 1 0.0
166 2 0.0
167 3 0.0
168 4 0.0
169 5 0.0
170 6 0.0
171 7 0.0
172 8 0.0
173 9 0.0
174 10 0.0
175 11 0.0
176 12 0.0
177 13 0.0
178 14 0.0
179 15 0.0
180 16 0.0
181 17 0.0
182 18 0.0
183 19 0.0
184 20 0.0
185 21 0.0
186 22 0.0
187 23 0.0
188 24 0.0
189 25 0.0
190 26 0.0
191 27 0.0
192 28 0.0
193 29 0.5
194 30 1.0
195 31 0.5
196 32 0.5
197 33 1.0
198 34 0.5
199 35 0.0
200 36 0.0
201 37 0.0
202 38 1.0
203 39 2.5
204 40 3.0
205 41 2.0
206 42 1.5
207 43 2.0
208 44 2.5
209 45 2.5
210 46 1.0
211 47 0.0
212 48 0.5
213 49 0.5
214 50 0.0
215 51 1.5
216 52 1.5
217 53 0.0
218 54 0.5
219 55 0.5
220 56 0.0
221 57 0.0
222 58 0.0
223 59 0.0
224 60 0.0
225 61 0.0
226 62 0.0
227 63 0.0
228 64 0.0
229 65 0.0
230 66 0.0
231 67 0.0
232 68 0.0
233 69 0.0
234 70 0.0
235 71 0.0
236 72 0.0
237 73 0.0
238 74 0.0
239 75 0.0
240 76 0.0
241 77 0.0
242 78 0.0
243 79 0.0
244 80 0.0
245 81 0.0
246 82 0.0
247 83 0.0
248 84 0.0
249 85 0.0
250 86 0.0
251 87 0.0
252 88 0.0
253 89 0.0
254 90 0.0
255 91 0.0
256 92 0.0
257 93 0.0
258 94 0.0
259 95 0.0
260 96 0.0
261 97 0.0
262 98 0.0
263 99 0.0
264 100 0.0
265 >>END_MODULE
266 >>Per base N content pass
267 #Base N-Count
268 1 0.0
269 2 0.0
270 3 0.0
271 4 0.0
272 5 0.0
273 6 0.0
274 7 0.0
275 8 0.0
276 9 0.0
277 10 0.0
278 11 0.0
279 12 0.0
280 13 0.0
281 14 0.0
282 15 0.0
283 16 0.0
284 17 0.0
285 18 0.0
286 19 0.0
287 20 0.0
288 21 0.0
289 22 0.0
290 23 0.0
291 24 0.0
292 25 0.0
293 26 0.0
294 27 0.0
295 28 0.0
296 29 0.0
297 30 0.0
298 31 0.0
299 32 0.0
300 33 0.0
301 34 0.0
302 35 0.0
303 36 0.0
304 37 0.0
305 38 0.0
306 39 0.0
307 40 0.0
308 41 0.0
309 42 0.0
310 43 0.0
311 44 0.0
312 45 0.0
313 46 0.0
314 47 0.0
315 48 0.0
316 49 0.0
317 50 0.0
318 51 0.0
319 52 0.0
320 53 0.0
321 54 0.0
322 55 0.0
323 56 0.0
324 57 0.0
325 58 0.0
326 59 0.0
327 60 0.0
328 61 0.0
329 62 0.0
330 63 0.0
331 64 0.0
332 65 0.0
333 66 0.0
334 67 0.0
335 68 0.0
336 69 0.0
337 70 0.0
338 >>END_MODULE
339 >>Sequence Length Distribution pass
340 #Length Count
341 70 20.0
342 >>END_MODULE
343 >>Sequence Duplication Levels pass
344 #Total Deduplicated Percentage 100.0
345 #Duplication Level Percentage of deduplicated Percentage of total
346 1 100.0 100.0
347 2 0.0 0.0
348 3 0.0 0.0
349 4 0.0 0.0
350 5 0.0 0.0
351 6 0.0 0.0
352 7 0.0 0.0
353 8 0.0 0.0
354 9 0.0 0.0
355 >10 0.0 0.0
356 >50 0.0 0.0
357 >100 0.0 0.0
358 >500 0.0 0.0
359 >1k 0.0 0.0
360 >5k 0.0 0.0
361 >10k+ 0.0 0.0
362 >>END_MODULE
363 >>Overrepresented sequences fail
364 #Sequence Count Percentage Possible Source
365 GCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTC 1 5.0 No Hit
366 CCATACAAAACAGGGTCGCCAGCAATATCGGTATAAGTCAAAGCACCTTTAGCGTTAAGGTACTGAATCT 1 5.0 No Hit
367 TAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTCAAGCGCCGAGGATGCGTGACCGT 1 5.0 No Hit
368 CTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCA 1 5.0 No Hit
369 CTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAA 1 5.0 No Hit
370 TCTGCGTTTGCTGATGAACTAAGTCAACCTCAGCACTAACCTTGCGAGTCATTTCATTGATTTGGTCATT 1 5.0 No Hit
371 GCGTTAAGGTACTGAATCTCTTTAGTCGCAGTAGGCGGAAAACGAACAAGCGCAAGAGTAAACATAGTGC 1 5.0 No Hit
372 CTGAATGGAATTAAGAAAACCACCAATACCAGCATTAACCTTCAAACTATCAAAATATAACGTTGACGAT 1 5.0 No Hit
373 CTCAAATCCGGCGTCAACCATACCAGCATAGGAAGCATCAGCACCAGCACGCTCCCAAGCATTAATCTCA 1 5.0 No Hit
374 CAAATTAGCATAAGCAGCTTGCAGACCCATAATGTCAATAGATGTGGTAGAAGTCGTCATTTGGCTAGAA 1 5.0 No Hit
375 GTGAAATTTCTAGGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCA 1 5.0 No Hit
376 TGTTTTCCGTAAATTCAGCGCCTTCCATGATGCGACAGGCCGTTTGAATGTTGACGGGATGAACATAATA 1 5.0 No Hit
377 CCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCT 1 5.0 No Hit
378 TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTTCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTT 1 5.0 No Hit
379 GCGACCATTCAAAGGATAAACATCATAGGCAGTCGGGAGGGTAGTCGGAACCGACGAAGACTCAAAGCGA 1 5.0 No Hit
380 TTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGTAATTACTACTGCTTGTTTACGAAT 1 5.0 No Hit
381 TTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAG 1 5.0 No Hit
382 CTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAAAT 1 5.0 No Hit
383 ACCATAAACGCAAGCCTCAACGCAGCGACGAGCACGAGAGCGGTCAGTAGCAATCCAAACTTTGTTACTC 1 5.0 No Hit
384 TTAGGTGTGTGTAAAACAGGTGCCGAAGAAGCTGGATTAACAGAATTGAGAACCAGCTTATCAGAAAAAA 1 5.0 No Hit
385 >>END_MODULE
386 >>Adapter Content pass
387 #Position Illumina Universal Adapter Illumina Small RNA 3' Adapter Illumina Small RNA 5' Adapter Nextera Transposase Sequence SOLID Small RNA Adapter
388 1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
389 2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
390 3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
391 4 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
392 5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
393 6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
394 7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
395 8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
396 9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
397 10 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
398 11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
399 12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
400 13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
401 14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
402 15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
403 16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
404 17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
405 18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
406 19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
407 20 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
408 21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
409 22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
410 23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
411 24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
412 25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
413 26 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
414 27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
415 28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
416 29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
417 30 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
418 31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
419 32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
420 33 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
421 34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
422 35 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
423 36 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
424 37 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
425 38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
426 39 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
427 40 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
428 41 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
429 42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
430 43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
431 44 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
432 45 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
433 46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
434 47 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
435 48 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
436 49 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
437 50 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
438 51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
439 52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
440 53 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
441 54 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
442 55 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
443 56 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
444 57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
445 58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
446 >>END_MODULE
447 >>Kmer Content pass
448 >>END_MODULE