Mercurial > repos > devteam > fastqc
view test-data/fastqc_data_hisat.txt @ 16:ff9530579d1f draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/fastqc commit 9a987a679243f52297c465180da0bb557a3d0fa7
author | iuc |
---|---|
date | Sun, 14 Jan 2018 09:31:51 -0500 |
parents | 2b0c9d9fc6ca |
children | 3e1cdf5406db |
line wrap: on
line source
##FastQC 0.11.5 >>Basic Statistics pass #Measure Value Filename hisat_output_1_bam File type Conventional base calls Encoding Sanger / Illumina 1.9 Total Sequences 20 Sequences flagged as poor quality 0 Sequence length 70 %GC 43 >>END_MODULE >>Per base sequence quality pass #Base Mean Median Lower Quartile Upper Quartile 10th Percentile 90th Percentile 1 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 2 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 3 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 4 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 5 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 6 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 7 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 8 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 9 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 10 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 11 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 12 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 13 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 14 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 15 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 16 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 17 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 18 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 19 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 20 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 21 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 22 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 23 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 24 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 25 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 26 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 27 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 28 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 29 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 30 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 31 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 32 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 33 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 34 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 35 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 36 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 37 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 38 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 39 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 40 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 41 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 42 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 43 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 44 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 45 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 46 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 47 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 48 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 49 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 50 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 51 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 52 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 53 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 54 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 55 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 56 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 57 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 58 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 59 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 60 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 61 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 62 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 63 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 64 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 65 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 66 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 67 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 68 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 69 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN 70 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN >>END_MODULE >>Per sequence quality scores fail #Quality Count 17 20.0 >>END_MODULE >>Per base sequence content fail #Base G A T C 1 20.0 5.0 35.0 40.0 2 10.0 10.0 45.0 35.0 3 35.0 20.0 20.0 25.0 4 35.0 30.0 25.0 10.0 5 20.0 20.0 30.0 30.0 6 20.0 35.0 20.0 25.0 7 15.0 40.0 35.0 10.0 8 20.0 15.0 45.0 20.0 9 20.0 25.0 35.0 20.0 10 20.0 20.0 30.0 30.0 11 15.0 20.0 45.0 20.0 12 10.0 40.0 35.0 15.0 13 25.0 35.0 20.0 20.0 14 35.0 20.0 20.0 25.0 15 30.0 35.0 15.0 20.0 16 10.0 45.0 25.0 20.0 17 25.0 25.0 40.0 10.0 18 25.0 35.0 10.0 30.0 19 5.0 30.0 25.0 40.0 20 20.0 15.0 40.0 25.0 21 25.0 25.0 25.0 25.0 22 15.0 30.0 20.0 35.0 23 20.0 5.0 45.0 30.0 24 10.0 30.0 35.0 25.0 25 30.0 40.0 15.0 15.0 26 15.0 35.0 20.0 30.0 27 15.0 35.0 30.0 20.0 28 25.0 25.0 30.0 20.0 29 15.0 30.0 20.0 35.0 30 20.0 35.0 30.0 15.0 31 20.0 35.0 25.0 20.0 32 35.0 15.0 35.0 15.0 33 30.0 35.0 15.0 20.0 34 25.0 25.0 25.0 25.0 35 25.0 20.0 35.0 20.0 36 30.0 25.0 20.0 25.0 37 15.0 45.0 25.0 15.0 38 30.0 25.0 35.0 10.0 39 20.0 45.0 15.0 20.0 40 15.0 35.0 20.0 30.0 41 35.0 25.0 20.0 20.0 42 30.0 30.0 35.0 5.0 43 25.0 15.0 40.0 20.0 44 40.0 20.0 30.0 10.0 45 15.0 35.0 25.0 25.0 46 15.0 30.0 40.0 15.0 47 35.0 15.0 30.0 20.0 48 30.0 35.0 20.0 15.0 49 10.0 55.00000000000001 30.0 5.0 50 40.0 25.0 20.0 15.0 51 25.0 35.0 10.0 30.0 52 30.0 25.0 20.0 25.0 53 30.0 10.0 30.0 30.0 54 20.0 40.0 20.0 20.0 55 10.0 35.0 10.0 45.0 56 50.0 10.0 30.0 10.0 57 15.0 45.0 30.0 10.0 58 20.0 35.0 20.0 25.0 59 30.0 35.0 30.0 5.0 60 20.0 35.0 25.0 20.0 61 25.0 15.0 35.0 25.0 62 10.0 20.0 55.00000000000001 15.0 63 25.0 20.0 35.0 20.0 64 20.0 35.0 25.0 20.0 65 30.0 35.0 25.0 10.0 66 15.0 40.0 35.0 10.0 67 20.0 35.0 20.0 25.0 68 20.0 25.0 30.0 25.0 69 15.0 35.0 25.0 25.0 70 5.0 40.0 40.0 15.0 >>END_MODULE >>Per sequence GC content fail #GC Content Count 0 0.0 1 0.0 2 0.0 3 0.0 4 0.0 5 0.0 6 0.0 7 0.0 8 0.0 9 0.0 10 0.0 11 0.0 12 0.0 13 0.0 14 0.0 15 0.0 16 0.0 17 0.0 18 0.0 19 0.0 20 0.0 21 0.0 22 0.0 23 0.0 24 0.0 25 0.0 26 0.0 27 0.0 28 0.0 29 0.5 30 1.0 31 0.5 32 0.5 33 1.0 34 0.5 35 0.0 36 0.0 37 0.0 38 1.0 39 2.5 40 3.0 41 2.0 42 1.5 43 2.0 44 2.5 45 2.5 46 1.0 47 0.0 48 0.5 49 0.5 50 0.0 51 1.5 52 1.5 53 0.0 54 0.5 55 0.5 56 0.0 57 0.0 58 0.0 59 0.0 60 0.0 61 0.0 62 0.0 63 0.0 64 0.0 65 0.0 66 0.0 67 0.0 68 0.0 69 0.0 70 0.0 71 0.0 72 0.0 73 0.0 74 0.0 75 0.0 76 0.0 77 0.0 78 0.0 79 0.0 80 0.0 81 0.0 82 0.0 83 0.0 84 0.0 85 0.0 86 0.0 87 0.0 88 0.0 89 0.0 90 0.0 91 0.0 92 0.0 93 0.0 94 0.0 95 0.0 96 0.0 97 0.0 98 0.0 99 0.0 100 0.0 >>END_MODULE >>Per base N content pass #Base N-Count 1 0.0 2 0.0 3 0.0 4 0.0 5 0.0 6 0.0 7 0.0 8 0.0 9 0.0 10 0.0 11 0.0 12 0.0 13 0.0 14 0.0 15 0.0 16 0.0 17 0.0 18 0.0 19 0.0 20 0.0 21 0.0 22 0.0 23 0.0 24 0.0 25 0.0 26 0.0 27 0.0 28 0.0 29 0.0 30 0.0 31 0.0 32 0.0 33 0.0 34 0.0 35 0.0 36 0.0 37 0.0 38 0.0 39 0.0 40 0.0 41 0.0 42 0.0 43 0.0 44 0.0 45 0.0 46 0.0 47 0.0 48 0.0 49 0.0 50 0.0 51 0.0 52 0.0 53 0.0 54 0.0 55 0.0 56 0.0 57 0.0 58 0.0 59 0.0 60 0.0 61 0.0 62 0.0 63 0.0 64 0.0 65 0.0 66 0.0 67 0.0 68 0.0 69 0.0 70 0.0 >>END_MODULE >>Sequence Length Distribution pass #Length Count 70 20.0 >>END_MODULE >>Sequence Duplication Levels pass #Total Deduplicated Percentage 100.0 #Duplication Level Percentage of deduplicated Percentage of total 1 100.0 100.0 2 0.0 0.0 3 0.0 0.0 4 0.0 0.0 5 0.0 0.0 6 0.0 0.0 7 0.0 0.0 8 0.0 0.0 9 0.0 0.0 >10 0.0 0.0 >50 0.0 0.0 >100 0.0 0.0 >500 0.0 0.0 >1k 0.0 0.0 >5k 0.0 0.0 >10k+ 0.0 0.0 >>END_MODULE >>Overrepresented sequences fail #Sequence Count Percentage Possible Source GCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTC 1 5.0 No Hit CCATACAAAACAGGGTCGCCAGCAATATCGGTATAAGTCAAAGCACCTTTAGCGTTAAGGTACTGAATCT 1 5.0 No Hit TAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTCAAGCGCCGAGGATGCGTGACCGT 1 5.0 No Hit CTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCA 1 5.0 No Hit CTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAA 1 5.0 No Hit TCTGCGTTTGCTGATGAACTAAGTCAACCTCAGCACTAACCTTGCGAGTCATTTCATTGATTTGGTCATT 1 5.0 No Hit GCGTTAAGGTACTGAATCTCTTTAGTCGCAGTAGGCGGAAAACGAACAAGCGCAAGAGTAAACATAGTGC 1 5.0 No Hit CTGAATGGAATTAAGAAAACCACCAATACCAGCATTAACCTTCAAACTATCAAAATATAACGTTGACGAT 1 5.0 No Hit CTCAAATCCGGCGTCAACCATACCAGCATAGGAAGCATCAGCACCAGCACGCTCCCAAGCATTAATCTCA 1 5.0 No Hit CAAATTAGCATAAGCAGCTTGCAGACCCATAATGTCAATAGATGTGGTAGAAGTCGTCATTTGGCTAGAA 1 5.0 No Hit GTGAAATTTCTAGGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCA 1 5.0 No Hit TGTTTTCCGTAAATTCAGCGCCTTCCATGATGCGACAGGCCGTTTGAATGTTGACGGGATGAACATAATA 1 5.0 No Hit CCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCT 1 5.0 No Hit TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTTCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTT 1 5.0 No Hit GCGACCATTCAAAGGATAAACATCATAGGCAGTCGGGAGGGTAGTCGGAACCGACGAAGACTCAAAGCGA 1 5.0 No Hit TTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGTAATTACTACTGCTTGTTTACGAAT 1 5.0 No Hit TTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAG 1 5.0 No Hit CTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAAAT 1 5.0 No Hit ACCATAAACGCAAGCCTCAACGCAGCGACGAGCACGAGAGCGGTCAGTAGCAATCCAAACTTTGTTACTC 1 5.0 No Hit TTAGGTGTGTGTAAAACAGGTGCCGAAGAAGCTGGATTAACAGAATTGAGAACCAGCTTATCAGAAAAAA 1 5.0 No Hit >>END_MODULE >>Adapter Content pass #Position Illumina Universal Adapter Illumina Small RNA 3' Adapter Illumina Small RNA 5' Adapter Nextera Transposase Sequence SOLID Small RNA Adapter 1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 4 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 10 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 20 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 26 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 30 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 33 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 35 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 36 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 37 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 39 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 40 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 41 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 44 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 45 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 47 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 48 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 49 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 50 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 53 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 54 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 55 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 56 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 >>END_MODULE >>Kmer Content pass >>END_MODULE