Mercurial > repos > devteam > fastqc

view test-data/fastqc_data_hisat.txt @ 24:2c64fded1286 draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/fastqc commit cd51396b097cf63734578cdac8fc6c64500c8b4b
author iuc
date Tue, 06 Aug 2024 06:12:08 +0000
parents 5ec9f6bceaee
children
line wrap: on
line source

##FastQC	0.12.1
>>Basic Statistics	pass
#Measure	Value
Filename	hisat_output_1_bam
File type	Conventional base calls
Encoding	Sanger / Illumina 1.9
Total Sequences	20
Total Bases	1.4 kbp
Sequences flagged as poor quality	0
Sequence length	70
%GC	43
>>END_MODULE
>>Per base sequence quality	pass
#Base	Mean	Median	Lower Quartile	Upper Quartile	10th Percentile	90th Percentile
1	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
2	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
3	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
4	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
5	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
6	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
7	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
8	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
9	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
10	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
11	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
12	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
13	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
14	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
15	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
16	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
17	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
18	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
19	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
20	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
21	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
22	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
23	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
24	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
25	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
26	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
27	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
28	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
29	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
30	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
31	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
32	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
33	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
34	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
35	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
36	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
37	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
38	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
39	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
40	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
41	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
42	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
43	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
44	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
45	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
46	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
47	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
48	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
49	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
50	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
51	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
52	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
53	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
54	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
55	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
56	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
57	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
58	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
59	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
60	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
61	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
62	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
63	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
64	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
65	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
66	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
67	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
68	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
69	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
70	17.0	NaN	NaN	NaN	NaN	NaN
>>END_MODULE
>>Per sequence quality scores	fail
#Quality	Count
17	20.0
>>END_MODULE
>>Per base sequence content	fail
#Base	G	A	T	C
1	20.0	5.0	35.0	40.0
2	10.0	10.0	45.0	35.0
3	35.0	20.0	20.0	25.0
4	35.0	30.0	25.0	10.0
5	20.0	20.0	30.0	30.0
6	20.0	35.0	20.0	25.0
7	15.0	40.0	35.0	10.0
8	20.0	15.0	45.0	20.0
9	20.0	25.0	35.0	20.0
10	20.0	20.0	30.0	30.0
11	15.0	20.0	45.0	20.0
12	10.0	40.0	35.0	15.0
13	25.0	35.0	20.0	20.0
14	35.0	20.0	20.0	25.0
15	30.0	35.0	15.0	20.0
16	10.0	45.0	25.0	20.0
17	25.0	25.0	40.0	10.0
18	25.0	35.0	10.0	30.0
19	5.0	30.0	25.0	40.0
20	20.0	15.0	40.0	25.0
21	25.0	25.0	25.0	25.0
22	15.0	30.0	20.0	35.0
23	20.0	5.0	45.0	30.0
24	10.0	30.0	35.0	25.0
25	30.0	40.0	15.0	15.0
26	15.0	35.0	20.0	30.0
27	15.0	35.0	30.0	20.0
28	25.0	25.0	30.0	20.0
29	15.0	30.0	20.0	35.0
30	20.0	35.0	30.0	15.0
31	20.0	35.0	25.0	20.0
32	35.0	15.0	35.0	15.0
33	30.0	35.0	15.0	20.0
34	25.0	25.0	25.0	25.0
35	25.0	20.0	35.0	20.0
36	30.0	25.0	20.0	25.0
37	15.0	45.0	25.0	15.0
38	30.0	25.0	35.0	10.0
39	20.0	45.0	15.0	20.0
40	15.0	35.0	20.0	30.0
41	35.0	25.0	20.0	20.0
42	30.0	30.0	35.0	5.0
43	25.0	15.0	40.0	20.0
44	40.0	20.0	30.0	10.0
45	15.0	35.0	25.0	25.0
46	15.0	30.0	40.0	15.0
47	35.0	15.0	30.0	20.0
48	30.0	35.0	20.0	15.0
49	10.0	55.00000000000001	30.0	5.0
50	40.0	25.0	20.0	15.0
51	25.0	35.0	10.0	30.0
52	30.0	25.0	20.0	25.0
53	30.0	10.0	30.0	30.0
54	20.0	40.0	20.0	20.0
55	10.0	35.0	10.0	45.0
56	50.0	10.0	30.0	10.0
57	15.0	45.0	30.0	10.0
58	20.0	35.0	20.0	25.0
59	30.0	35.0	30.0	5.0
60	20.0	35.0	25.0	20.0
61	25.0	15.0	35.0	25.0
62	10.0	20.0	55.00000000000001	15.0
63	25.0	20.0	35.0	20.0
64	20.0	35.0	25.0	20.0
65	30.0	35.0	25.0	10.0
66	15.0	40.0	35.0	10.0
67	20.0	35.0	20.0	25.0
68	20.0	25.0	30.0	25.0
69	15.0	35.0	25.0	25.0
70	5.0	40.0	40.0	15.0
>>END_MODULE
>>Per sequence GC content	fail
#GC Content	Count
0	0.0
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
10	0.0
11	0.0
12	0.0
13	0.0
14	0.0
15	0.0
16	0.0
17	0.0
18	0.0
19	0.0
20	0.0
21	0.0
22	0.0
23	0.0
24	0.0
25	0.0
26	0.0
27	0.0
28	0.0
29	0.5
30	1.0
31	0.5
32	0.5
33	1.0
34	0.5
35	0.0
36	0.0
37	0.0
38	1.0
39	2.5
40	3.0
41	2.0
42	1.5
43	2.0
44	2.5
45	2.5
46	1.0
47	0.0
48	0.5
49	0.5
50	0.0
51	1.5
52	1.5
53	0.0
54	0.5
55	0.5
56	0.0
57	0.0
58	0.0
59	0.0
60	0.0
61	0.0
62	0.0
63	0.0
64	0.0
65	0.0
66	0.0
67	0.0
68	0.0
69	0.0
70	0.0
71	0.0
72	0.0
73	0.0
74	0.0
75	0.0
76	0.0
77	0.0
78	0.0
79	0.0
80	0.0
81	0.0
82	0.0
83	0.0
84	0.0
85	0.0
86	0.0
87	0.0
88	0.0
89	0.0
90	0.0
91	0.0
92	0.0
93	0.0
94	0.0
95	0.0
96	0.0
97	0.0
98	0.0
99	0.0
100	0.0
>>END_MODULE
>>Per base N content	pass
#Base	N-Count
1	0.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
10	0.0
11	0.0
12	0.0
13	0.0
14	0.0
15	0.0
16	0.0
17	0.0
18	0.0
19	0.0
20	0.0
21	0.0
22	0.0
23	0.0
24	0.0
25	0.0
26	0.0
27	0.0
28	0.0
29	0.0
30	0.0
31	0.0
32	0.0
33	0.0
34	0.0
35	0.0
36	0.0
37	0.0
38	0.0
39	0.0
40	0.0
41	0.0
42	0.0
43	0.0
44	0.0
45	0.0
46	0.0
47	0.0
48	0.0
49	0.0
50	0.0
51	0.0
52	0.0
53	0.0
54	0.0
55	0.0
56	0.0
57	0.0
58	0.0
59	0.0
60	0.0
61	0.0
62	0.0
63	0.0
64	0.0
65	0.0
66	0.0
67	0.0
68	0.0
69	0.0
70	0.0
>>END_MODULE
>>Sequence Length Distribution	pass
#Length	Count
70	20.0
>>END_MODULE
>>Sequence Duplication Levels	pass
#Total Deduplicated Percentage	100.0
#Duplication Level	Percentage of total
1	100.0
2	0.0
3	0.0
4	0.0
5	0.0
6	0.0
7	0.0
8	0.0
9	0.0
>10	0.0
>50	0.0
>100	0.0
>500	0.0
>1k	0.0
>5k	0.0
>10k+	0.0
>>END_MODULE
>>Overrepresented sequences	fail
#Sequence	Count	Percentage	Possible Source
CCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAG	1	5.0	No Hit
TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTTCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTA	1	5.0	No Hit
ACCATAAACGCAAGCCTCAACGCAGCGACGAGCACGAGAGCGGTCAGTAG	1	5.0	No Hit
TGTTTTCCGTAAATTCAGCGCCTTCCATGATGCGACAGGCCGTTTGAATG	1	5.0	No Hit
CTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGT	1	5.0	No Hit
TCTGCGTTTGCTGATGAACTAAGTCAACCTCAGCACTAACCTTGCGAGTC	1	5.0	No Hit
CCATACAAAACAGGGTCGCCAGCAATATCGGTATAAGTCAAAGCACCTTT	1	5.0	No Hit
TAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTCAAG	1	5.0	No Hit
CAAATTAGCATAAGCAGCTTGCAGACCCATAATGTCAATAGATGTGGTAG	1	5.0	No Hit
GCGTTAAGGTACTGAATCTCTTTAGTCGCAGTAGGCGGAAAACGAACAAG	1	5.0	No Hit
CTGAATGGAATTAAGAAAACCACCAATACCAGCATTAACCTTCAAACTAT	1	5.0	No Hit
GCGACCATTCAAAGGATAAACATCATAGGCAGTCGGGAGGGTAGTCGGAA	1	5.0	No Hit
GTGAAATTTCTAGGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAG	1	5.0	No Hit
CTCAAATCCGGCGTCAACCATACCAGCATAGGAAGCATCAGCACCAGCAC	1	5.0	No Hit
TTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACC	1	5.0	No Hit
CTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATA	1	5.0	No Hit
TTAGGTGTGTGTAAAACAGGTGCCGAAGAAGCTGGATTAACAGAATTGAG	1	5.0	No Hit
GCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGA	1	5.0	No Hit
TTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGTAATT	1	5.0	No Hit
CTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAA	1	5.0	No Hit
>>END_MODULE
>>Adapter Content	pass
#Position	Illumina Universal Adapter	Illumina Small RNA 3' Adapter	Illumina Small RNA 5' Adapter	Nextera Transposase Sequence	PolyA	PolyG
1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
2	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
3	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
4	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
5	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
6	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
7	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
8	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
9	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
10	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
11	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
12	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
13	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
14	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
15	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
16	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
17	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
18	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
19	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
20	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
21	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
22	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
23	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
24	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
25	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
26	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
27	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
28	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
29	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
30	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
31	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
32	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
33	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
34	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
35	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
36	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
37	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
38	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
39	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
40	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
41	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
42	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
43	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
44	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
45	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
46	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
47	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
48	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
49	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
50	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
51	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
52	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
53	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
54	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
55	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
56	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
57	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
58	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
59	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
>>END_MODULE