diff test-data/freebayes-phix174-test4.vcf @ 27:9f164587a92f draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/freebayes commit d2f9b1728a6525b599e2c014a183b0415b27a870
author iuc
date Tue, 06 Jun 2017 11:44:38 -0400
parents 52aed7d9ed2b
children 156b60c1530f
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/freebayes-phix174-test4.vcf	Thu May 04 11:34:13 2017 -0400
+++ b/test-data/freebayes-phix174-test4.vcf	Tue Jun 06 11:44:38 2017 -0400
@@ -1,4 +1,4 @@
-##fileformat=VCFv4.1
+##fileformat=VCFv4.2
 ##reference=localref.fa
 ##contig=<ID=phiX174,length=5386>
 ##phasing=none
@@ -9,8 +9,8 @@
 ##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
 ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
 ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
-##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
-##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
+##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Count of full observations of the reference haplotype.">
+##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Count of full observations of this alternate haplotype.">
 ##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
 ##INFO=<ID=PAO,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
 ##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred">
@@ -50,35 +50,35 @@
 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
 ##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
-##FORMAT=<ID=DPR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele">
 ##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
 ##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
 ##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
 ##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
 ##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
 #CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	unknown
-phiX174	311	.	A	G	5.72946e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.0687;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=478;RO=7;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:9:9,2:7:478:2:70:0,-16.86
-phiX174	374	.	T	G	22.5297	.	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=141;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	1:4:4,2:2:141:2:75:-1.64847,0
-phiX174	913	.	A	C	0.0136501	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.76099;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=171;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:5:5,2:3:171:2:58:0,-3.05287
-phiX174	1205	.	A	C	6.98431e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.7843;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=456;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:10,2:8:456:2:67:0,-19.2238
-phiX174	1245	.	G	T	2.17569e-10	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=28.4286;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.7171;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=389;RO=7;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:9:9,2:7:389:2:70:0,-11.7275
-phiX174	1249	.	T	G	9.08243e-14	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.5341;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=464;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:9:9,2:7:464:2:74:0,-14.6241
-phiX174	1445	.	C	A	3.85961e-09	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.8413;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=273;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:7:7,2:5:273:2:76:0,-9.96463
-phiX174	1577	.	A	C	7.60962e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.7543;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=460;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:9:9,2:7:460:2:60:0,-18.0151
-phiX174	1631	.	T	G	8.14828e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.3199;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=500;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:10,2:8:500:2:68:0,-15.8506
-phiX174	1772	.	T	G	2.89903e-14	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=31;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.7439;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=425;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:10,2:7:425:2:59:0,-15.4048
-phiX174	1945	.	T	G	2.84647e-08	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.8432;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=263;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:6,2:4:263:2:59:0,-8.60945
-phiX174	2230	.	T	G	2.38869e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.1694;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=491;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:10,2:8:491:2:65:0,-20.1282
-phiX174	2699	.	C	A	0.0286554	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.01766;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=109;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:4:4,2:2:109:2:76:0,-2.17914
-phiX174	2722	.	T	G	0.000497664	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.07408;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:5:5,2:3:150:2:67:0,-4.49173
-phiX174	2814	.	T	G	0.00179241	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.79254;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=135;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:5:5,2:3:135:2:53:0,-3.93517
-phiX174	2828	.	T	G	4.53266e-10	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.9831;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=348;RO=6;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.45795;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:8:8,2:6:348:2:100:0,-10.3385
-phiX174	2983	.	T	G	0.000276493	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.66185;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:5:5,2:3:150:2:57:0,-4.26987
-phiX174	3155	.	T	G	1.16474e-06	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.1316;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=299;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:7:7,2:5:299:2:75:0,-7.18392
-phiX174	3325	.	A	C	2.80881e-07	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5539;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=284;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:6,2:4:284:2:58:0,-7.01317
-phiX174	3418	.	A	C	0	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.7759;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=526;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:10,2:8:526:2:60:0,-19.523
-phiX174	3729	.	C	T	6.17726e-08	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.0684;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=232;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:6,2:4:232:2:61:0,-8.44905
-phiX174	4031	.	T	G	2.20192e-08	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.0999;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=322;RO=6;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:8:8,2:6:322:2:85:0,-8.65207
-phiX174	4502	.	A	C	3.4202e-08	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.6595;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:6,2:4:284:2:55:0,-9.30785
-phiX174	4558	.	C	G	1.36745e-05	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6685;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=204;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:6,2:4:204:2:59:0,-5.75175
-phiX174	4655	.	T	G	1.44134e-07	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.2211;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=193;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:6,2:4:193:2:70:0,-8.33095
+phiX174	311	.	A	G	5.72946e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.0687;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=478;RO=7;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:9:7,2:7:478:2:70:0,-16.86
+phiX174	374	.	T	G	22.5297	.	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=141;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:4:2,2:2:141:2:75:-1.64847,0
+phiX174	913	.	A	C	0.0136501	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.76099;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=171;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:5:3,2:3:171:2:58:0,-3.05287
+phiX174	1205	.	A	C	6.98431e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.7843;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=456;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:8,2:8:456:2:67:0,-19.2238
+phiX174	1245	.	G	T	2.17569e-10	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=28.4286;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.7171;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=389;RO=7;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:9:7,2:7:389:2:70:0,-11.7275
+phiX174	1249	.	T	G	9.08243e-14	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.5341;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=464;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:9:7,2:7:464:2:74:0,-14.6241
+phiX174	1445	.	C	A	3.85961e-09	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.8413;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=273;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:7:5,2:5:273:2:76:0,-9.96463
+phiX174	1577	.	A	C	7.60962e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.7543;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=460;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:9:7,2:7:460:2:60:0,-18.0151
+phiX174	1631	.	T	G	8.14828e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.3199;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=500;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:8,2:8:500:2:68:0,-15.8506
+phiX174	1772	.	T	G	2.89903e-14	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=31;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.7439;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=425;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:7,2:7:425:2:59:0,-15.4048
+phiX174	1945	.	T	G	2.84647e-08	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.8432;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=263;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:4,2:4:263:2:59:0,-8.60945
+phiX174	2230	.	T	G	2.38869e-15	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.1694;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=491;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:8,2:8:491:2:65:0,-20.1282
+phiX174	2699	.	C	A	0.0286554	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.01766;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=109;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:4:2,2:2:109:2:76:0,-2.17914
+phiX174	2722	.	T	G	0.000497664	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.07408;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:5:3,2:3:150:2:67:0,-4.49173
+phiX174	2814	.	T	G	0.00179241	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.79254;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=135;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:5:3,2:3:135:2:53:0,-3.93517
+phiX174	2828	.	T	G	4.53266e-10	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.9831;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=348;RO=6;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.45795;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:8:6,2:6:348:2:100:0,-10.3385
+phiX174	2983	.	T	G	0.000276493	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.66185;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:5:3,2:3:150:2:57:0,-4.26987
+phiX174	3155	.	T	G	1.16474e-06	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.1316;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=299;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:7:5,2:5:299:2:75:0,-7.18392
+phiX174	3325	.	A	C	2.80881e-07	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5539;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=284;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:4,2:4:284:2:58:0,-7.01317
+phiX174	3418	.	A	C	0	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.7759;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=526;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:10:8,2:8:526:2:60:0,-19.523
+phiX174	3729	.	C	T	6.17726e-08	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.0684;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=232;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:4,2:4:232:2:61:0,-8.44905
+phiX174	4031	.	T	G	2.20192e-08	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.0999;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=322;RO=6;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:8:6,2:6:322:2:85:0,-8.65207
+phiX174	4502	.	A	C	3.4202e-08	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.6595;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:4,2:4:284:2:55:0,-9.30785
+phiX174	4558	.	C	G	1.36745e-05	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6685;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=204;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:4,2:4:204:2:59:0,-5.75175
+phiX174	4655	.	T	G	1.44134e-07	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.2211;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=193;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0:6:4,2:4:193:2:70:0,-8.33095