view test-data/freebayes-phix174-test2.vcf @ 21:978760187fe2 draft

planemo upload commit 4ec9eb1570ea116d83f5464a786af6e14fb5b57d
author devteam
date Fri, 09 Oct 2015 15:47:24 -0400
parents 4c80a1387285
children 52aed7d9ed2b
line wrap: on
line source

phiX174	1134	.	A	.	1.75185e-15	.	DP=14;DPB=14;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=916;RO=14;RPPR=8.59409	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:14:14:916:.:.:0
phiX174	1135	.	C	.	1.75538e-15	.	DP=14;DPB=14;EPPR=3.63072;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=957;RO=14;RPPR=5.49198	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:14:14:957:.:.:0
phiX174	1136	.	G	.	1.75185e-15	.	DP=14;DPB=14;EPPR=8.59409;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=919;RO=14;RPPR=3.0103	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:14:14:919:.:.:0
phiX174	1137	.	C	.	1.75349e-15	.	DP=14;DPB=14;EPPR=5.49198;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=927;RO=14;RPPR=3.63072	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:14:14:927:.:.:0
phiX174	1138	.	C	.	1.75538e-15	.	DP=14;DPB=14;EPPR=3.63072;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=876;RO=14;RPPR=5.49198	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:14:14:876:.:.:0
phiX174	1139	.	G	.	1.75538e-15	.	DP=14;DPB=14;EPPR=3.63072;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=946;RO=14;RPPR=5.49198	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:14:14:946:.:.:0
phiX174	1140	.	T	.	6.10945e-16	.	DP=15;DPB=15;EPPR=4.31318;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=927;RO=15;RPPR=4.31318	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:15:927:.:.:0
phiX174	1141	.	T	G	0.000113755	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.63072;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.55;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50;QR=880;RO=14;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.49198;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=5.49198;SRR=9;TYPE=snp	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:14:880:1:50:-1.66064,0,-76.4892
phiX174	1142	.	G	.	0	.	DP=16;DPB=16;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=1082;RO=16;RPPR=3.55317	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:16:16:1082:.:.:0
phiX174	1143	.	G	.	0	.	DP=16;DPB=16;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=1029;RO=16;RPPR=3.55317	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:16:16:1029:.:.:0
phiX174	1144	.	C	.	0	.	DP=16;DPB=16;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=1114;RO=16;RPPR=3.55317	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:16:16:1114:.:.:0
phiX174	1145	.	G	.	6.0859e-16	.	DP=15;DPB=15;EPPR=6.62942;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=1042;RO=15;RPPR=3.15506	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:15:1042:.:.:0
phiX174	1146	.	C	.	6.0859e-16	.	DP=15;DPB=15;EPPR=6.62942;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=1058;RO=15;RPPR=3.15506	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:15:1058:.:.:0
phiX174	1147	.	T	.	6.10945e-16	.	DP=15;DPB=15;EPPR=4.31318;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=999;RO=15;RPPR=4.31318	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:15:999:.:.:0
phiX174	1148	.	C	.	6.10945e-16	.	DP=15;DPB=15;EPPR=4.31318;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=1003;RO=15;RPPR=4.31318	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:15:1003:.:.:0
phiX174	1149	.	T	C	7.90879e-06	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.2161;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=830;RO=13;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.18621;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=4.51363;SRR=8;TYPE=snp	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:14:13:830:1:33:-0.231708,0,-72.2702
phiX174	1151	.	C	T	5.70134e-07	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.59409;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.8459;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=946;RO=14;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=12.937;SRR=11;TYPE=snp	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:14:946:1:27:0,-0.639359,-83.1157
phiX174	1152	.	G	.	0	.	DP=16;DPB=16;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=993;RO=16;RPPR=5.18177	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:16:16:993:.:.:0
phiX174	1153	.	T	.	0	.	DP=15;DPB=15;EPPR=4.31318;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=880;RO=15;RPPR=4.31318	GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:15:880:.:.:0