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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/freebayes commit d2f9b1728a6525b599e2c014a183b0415b27a870
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--- a/test-data/freebayes-phix174-test1.vcf Thu May 04 11:34:13 2017 -0400 +++ b/test-data/freebayes-phix174-test1.vcf Tue Jun 06 11:44:38 2017 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -##fileformat=VCFv4.1 +##fileformat=VCFv4.2 ##reference=localref.fa ##contig=<ID=phiX174,length=5386> ##phasing=none @@ -9,8 +9,8 @@ ##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes"> ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes"> ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]"> -##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally"> -##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally"> +##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Count of full observations of the reference haplotype."> +##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Count of full observations of this alternate haplotype."> ##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally"> ##INFO=<ID=PAO,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally"> ##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred"> @@ -50,36 +50,36 @@ ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype"> ##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy"> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> -##FORMAT=<ID=DPR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele"> ##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count"> ##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations"> ##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count"> ##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations"> ##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block."> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT unknown -phiX174 311 . 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AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.3354;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=263;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:6,2:4:263:2:59:-3.25425,0,-11.8637 -phiX174 2230 . T G 0.00507157 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.75207;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=491;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:10,2:8:491:2:65:-2.23088,0,-22.3591 -phiX174 2699 . C A 2.04855 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.517362;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=109;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:4,2:2:109:2:76:-3.4054,0,-5.58455 -phiX174 2722 . T G 1.01772 . AB=0.4;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.33197;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:5,2:3:150:2:67:-3.1308,0,-7.62253 -phiX174 2814 . T G 0.509494 . AB=0.4;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.08698;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=135;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:5,2:3:135:2:53:-2.80291,0,-6.73807 -phiX174 2828 . T G 0.160629 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.27866;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=348;RO=6;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.45795;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:8,2:6:348:2:100:-3.34336,0,-13.6819 -phiX174 2983 . T G 1.55467 . AB=0.4;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.843116;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:5,2:3:150:2:57:-3.34311,0,-7.61298 -phiX174 3110 . T C 1.16857 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.17522;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=361;RO=6;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=3.0103;RPR=3;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:9,3:6:361:3:94:-4.02963,0,-16.4039 -phiX174 3155 . T G 5.42491 . AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.911202;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=299;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:7,2:5:299:2:75:-4.38484,0,-11.5688 -phiX174 3325 . A C 0.0705175 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.11232;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=284;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:6,2:4:284:2:58:-2.65031,0,-9.66348 -phiX174 3418 . A C 0.000937887 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.44033;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=526;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:10,2:8:526:2:60:-1.49768,0,-21.0207 -phiX174 3729 . C T 0.274997 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.72772;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=232;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:6,2:4:232:2:61:-3.25163,0,-11.7007 -phiX174 4031 . T G 0.0784807 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.00441;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=322;RO=6;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:8,2:6:322:2:85:-3.02817,0,-11.6802 -phiX174 4502 . A C 0.232919 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.89868;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:6,2:4:284:2:55:-2.57533,0,-11.8832 -phiX174 4558 . C G 0.076247 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.03372;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=204;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:6,2:4:204:2:59:-2.68445,0,-8.4362 -phiX174 4655 . T G 0.399408 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.33999;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=193;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:6,2:4:193:2:70:-2.81796,0,-11.1489 +phiX174 311 . A G 0.00392026 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.0097;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=478;RO=7;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:478:2:70:-1.91487,0,-18.7749 +phiX174 374 . T G 23.3387 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.58025;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=141;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2,2:2:141:2:75:-5.19433,0,-3.54586 +phiX174 913 . A C 1.83104 . AB=0.4;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.651489;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=171;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3,2:3:171:2:58:-3.42633,0,-6.47921 +phiX174 1205 . A C 0.00388031 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.01995;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=456;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:456:2:67:-2.11454,0,-21.3383 +phiX174 1245 . G T 0.0324554 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=28.4286;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.8927;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=389;RO=7;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:389:2:70:-2.83427,0,-14.5618 +phiX174 1249 . T G 0.0166698 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.56079;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=464;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:464:2:74:-1.94207,0,-16.5662 +phiX174 1445 . C A 0.147157 . AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.36782;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=273;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,2:5:273:2:76:-2.52649,0,-12.4911 +phiX174 1577 . A C 0.0123232 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.8634;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=460;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:460:2:60:-1.81064,0,-19.8257 +phiX174 1631 . T G 0.00100612 . 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AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5539;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=284;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:6,2:4:284:2:58:0,-7.01317 -phiX174 3418 . A C 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.7759;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=526;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0:10:10,2:8:526:2:60:0,-19.523 -phiX174 3729 . C T 6.17726e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.0684;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=232;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:6,2:4:232:2:61:0,-8.44905 -phiX174 4031 . T G 2.20192e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.0999;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=322;RO=6;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0:8:8,2:6:322:2:85:0,-8.65207 -phiX174 4502 . A C 3.4202e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.6595;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:6,2:4:284:2:55:0,-9.30785 -phiX174 4558 . C G 1.36745e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6685;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=204;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:6,2:4:204:2:59:0,-5.75175 -phiX174 4655 . T G 1.44134e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.2211;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=193;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:DPR:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:6,2:4:193:2:70:0,-8.33095 +phiX174 311 . A G 5.72946e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.0687;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=478;RO=7;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:9:7,2:7:478:2:70:0,-16.86 +phiX174 374 . T G 22.5297 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=141;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:4:2,2:2:141:2:75:-1.64847,0 +phiX174 913 . A C 0.0136501 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.76099;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=171;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:5:3,2:3:171:2:58:0,-3.05287 +phiX174 1205 . A C 6.98431e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=41.7843;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=456;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:10:8,2:8:456:2:67:0,-19.2238 +phiX174 1245 . G T 2.17569e-10 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=28.4286;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.7171;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=389;RO=7;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:9:7,2:7:389:2:70:0,-11.7275 +phiX174 1249 . T G 9.08243e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=31.5341;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=464;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:9:7,2:7:464:2:74:0,-14.6241 +phiX174 1445 . C A 3.85961e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.8413;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=273;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:7:5,2:5:273:2:76:0,-9.96463 +phiX174 1577 . A C 7.60962e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.7543;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=460;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:9:7,2:7:460:2:60:0,-18.0151 +phiX174 1631 . T G 8.14828e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.3199;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=500;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:10:8,2:8:500:2:68:0,-15.8506 +phiX174 1772 . T G 2.89903e-14 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=31;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.7439;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=425;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:10:7,2:7:425:2:59:0,-15.4048 +phiX174 1945 . T G 2.84647e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.8432;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=263;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:4,2:4:263:2:59:0,-8.60945 +phiX174 2230 . T G 2.38869e-15 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=46.1694;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=491;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:10:8,2:8:491:2:65:0,-20.1282 +phiX174 2699 . C A 0.0286554 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.01766;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=109;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:4:2,2:2:109:2:76:0,-2.17914 +phiX174 2722 . T G 0.000497664 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.07408;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:5:3,2:3:150:2:67:0,-4.49173 +phiX174 2814 . T G 0.00179241 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.79254;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=135;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:5:3,2:3:135:2:53:0,-3.93517 +phiX174 2828 . T G 4.53266e-10 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.9831;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=348;RO=6;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.45795;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:8:6,2:6:348:2:100:0,-10.3385 +phiX174 2983 . T G 0.000276493 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.66185;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:5:3,2:3:150:2:57:0,-4.26987 +phiX174 3155 . T G 1.16474e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.1316;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=299;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:7:5,2:5:299:2:75:0,-7.18392 +phiX174 3325 . A C 2.80881e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5539;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=284;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:4,2:4:284:2:58:0,-7.01317 +phiX174 3418 . A C 0 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=44.7759;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=526;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:10:8,2:8:526:2:60:0,-19.523 +phiX174 3729 . C T 6.17726e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.0684;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=232;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:4,2:4:232:2:61:0,-8.44905 +phiX174 4031 . T G 2.20192e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.0999;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=322;RO=6;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:8:6,2:6:322:2:85:0,-8.65207 +phiX174 4502 . A C 3.4202e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.6595;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:4,2:4:284:2:55:0,-9.30785 +phiX174 4558 . C G 1.36745e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6685;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=204;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:4,2:4:204:2:59:0,-5.75175 +phiX174 4655 . T G 1.44134e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.2211;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=193;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0:6:4,2:4:193:2:70:0,-8.33095