Mercurial > repos > devteam > lastz
changeset 2:12d4359b7e2f draft
Updated command line format per dev team standards.
| author | Dave B. <dave@bx.psu.edu> |
|---|---|
| date | Mon, 01 Apr 2013 15:24:44 -0400 |
| parents | a36c081e0043 |
| children | d054d95585b1 |
| files | lastz_wrapper.xml |
| diffstat | 1 files changed, 26 insertions(+), 26 deletions(-) [+] |
line wrap: on
line diff
--- a/lastz_wrapper.xml Wed Mar 20 15:16:31 2013 -0400 +++ b/lastz_wrapper.xml Mon Apr 01 15:24:44 2013 -0400 @@ -5,41 +5,41 @@ <description> map short reads against reference sequence</description> <command interpreter="python">lastz_wrapper.py #if $seq_name.how_to_name=="yes": - --ref_name=$seq_name.ref_name + --ref_name="${seq_name.ref_name}" #end if - --ref_source=$source.ref_source - --source_select=$params.source_select - --out_format=$out_format - --input2=$input2 + --ref_source="${source.ref_source}" + --source_select="${params.source_select}" + --out_format="${out_format}" + --input2="${input2}" #if $source.ref_source=="history": - --input1=$source.input1 - --ref_sequences=$input1.metadata.sequences + --input1="${source.input1}" + --ref_sequences="${input1.metadata.sequences}" #else: --input1="${source.input1_2bit.fields.path}" --ref_sequences="None" #end if #if $params.source_select=="pre_set": - --pre_set_options=${params.pre_set_options} + --pre_set_options="${params.pre_set_options}" #else: - --strand=$params.strand - --seed=$params.seed - --gfextend=$params.gfextend - --chain=$params.chain - --transition="$params.transition" - --O=$params.O - --E=$params.E - --X=$params.X - --Y=$params.Y - --K=$params.K - --L=$params.L - --entropy=$params.entropy + --strand="${params.strand}" + --seed="${params.seed}" + --gfextend="${params.gfextend}" + --chain="${params.chain}" + --transition="${params.transition}" + --O="${params.O}" + --E="${params.E}" + --X="${params.X}" + --Y="${params.Y}" + --K="${params.K}" + --L="${params.L}" + --entropy="${params.entropy}" #end if - --identity_min=$min_ident - --identity_max=$max_ident - --coverage=$min_cvrg - --output=$output1 - --unmask=$unmask - --lastzSeqsFileDir=${GALAXY_DATA_INDEX_DIR} + --identity_min="${min_ident}" + --identity_max="${max_ident}" + --coverage="${min_cvrg}" + --output="${output1}" + --unmask="${unmask}" + --lastzSeqsFileDir="${GALAXY_DATA_INDEX_DIR}" </command> <inputs> <param name="input2" format="fasta" type="data" label="Align sequencing reads in" />