Mercurial > repos > devteam > microsats_alignment_level
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| date | Tue, 01 Apr 2014 10:50:33 -0400 |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/microsats_alignment_level.py Tue Apr 01 10:50:33 2014 -0400 @@ -0,0 +1,317 @@ + #!/usr/bin/env python +#Guruprasad Ananda +""" +Uses SPUTNIK to fetch microsatellites and extracts orthologous repeats from the sputnik output. +""" +import os +import re +import string +import sys +import tempfile + +def reverse_complement(text): + DNA_COMP = string.maketrans( "ACGTacgt", "TGCAtgca" ) + comp = [ch for ch in text.translate(DNA_COMP)] + comp.reverse() + return "".join(comp) + + +def main(): + if len(sys.argv) != 8: + print >> sys.stderr, "Insufficient number of arguments." + sys.exit() + + infile = open(sys.argv[1],'r') + separation = int(sys.argv[2]) + outfile = sys.argv[3] + mono_threshold = int(sys.argv[5]) + non_mono_threshold = int(sys.argv[6]) + allow_different_units = int(sys.argv[7]) + + print "Min distance = %d bp; Min threshold for mono repeats = %d; Min threshold for non-mono repeats = %d; Allow different motifs = %s" % ( separation, mono_threshold, non_mono_threshold, allow_different_units==1 ) + try: + fout = open(outfile, "w") + print >> fout, "#Block\tSeq1_Name\tSeq1_Start\tSeq1_End\tSeq1_Type\tSeq1_Length\tSeq1_RepeatNumber\tSeq1_Unit\tSeq2_Name\tSeq2_Start\tSeq2_End\tSeq2_Type\tSeq2_Length\tSeq2_RepeatNumber\tSeq2_Unit" + #sputnik_cmd = os.path.join(os.path.split(sys.argv[0])[0], "sputnik") + sputnik_cmd = "sputnik" + input = infile.read() + block_num = 0 + input = input.replace('\r','\n') + for block in input.split('\n\n'): + block_num += 1 + tmpin = tempfile.NamedTemporaryFile() + tmpout = tempfile.NamedTemporaryFile() + tmpin.write(block.strip()) + cmdline = sputnik_cmd + " " + tmpin.name + " > /dev/null 2>&1 >> " + tmpout.name + try: + os.system(cmdline) + except Exception: + continue + sputnik_out = tmpout.read() + tmpin.close() + tmpout.close() + if sputnik_out != "": + if len(block.split('>')[1:]) != 2: #len(sputnik_out.split('>')): + continue + align_block = block.strip().split('>') + + lendict = {'mononucleotide':1, 'dinucleotide':2, 'trinucleotide':3, 'tetranucleotide':4, 'pentanucleotide':5, 'hexanucleotide':6} + blockdict = {} + r = 0 + namelist = [] + for k, sput_block in enumerate(sputnik_out.split('>')[1:]): + whole_seq = ''.join(align_block[k+1].split('\n')[1:]).replace('\n','').strip() + p = re.compile('\n(\S*nucleotide)') + repeats = p.split(sput_block.strip()) + repeats_count = len(repeats) + j = 1 + name = repeats[0].strip() + try: + coords = re.search('\d+[-_:]\d+', name).group() + coords = coords.replace('_', '-').replace(':', '-') + except Exception: + coords = '0-0' + r += 1 + blockdict[r] = {} + try: + sp_name = name[:name.index('.')] + chr_name = name[name.index('.'):name.index('(')] + namelist.append(sp_name + chr_name) + except: + namelist.append(name[:20]) + while j < repeats_count: + try: + if repeats[j].strip() not in lendict: + j += 2 + continue + + if blockdict[r].has_key('types'): + blockdict[r]['types'].append(repeats[j].strip()) #type of microsat + else: + blockdict[r]['types'] = [repeats[j].strip()] #type of microsat + + start = int(repeats[j+1].split('--')[0].split(':')[0].strip()) + #check to see if there are gaps before the start of the repeat, and change the start accordingly + sgaps = 0 + ch_pos = start - 1 + while ch_pos >= 0: + if whole_seq[ch_pos] == '-': + sgaps += 1 + else: + break #break at the 1st non-gap character + ch_pos -= 1 + if blockdict[r].has_key('starts'): + blockdict[r]['starts'].append(start+sgaps) #start co-ords adjusted with alignment co-ords to include GAPS + else: + blockdict[r]['starts'] = [start+sgaps] + + end = int(repeats[j+1].split('--')[0].split(':')[1].strip()) + #check to see if there are gaps after the end of the repeat, and change the end accordingly + egaps = 0 + for ch in whole_seq[end:]: + if ch == '-': + egaps += 1 + else: + break #break at the 1st non-gap character + if blockdict[r].has_key('ends'): + blockdict[r]['ends'].append(end+egaps) #end co-ords adjusted with alignment co-ords to include GAPS + else: + blockdict[r]['ends'] = [end+egaps] + + repeat_seq = ''.join(repeats[j+1].replace('\r','\n').split('\n')[1:]).strip() #Repeat Sequence + repeat_len = repeats[j+1].split('--')[1].split()[1].strip() + gap_count = repeat_seq.count('-') + #print repeats[j+1].split('--')[1], len(repeat_seq), repeat_len, gap_count + repeat_len = str(int(repeat_len) - gap_count) + + rel_start = blockdict[r]['starts'][-1] + gaps_before_start = whole_seq[:rel_start].count('-') + + if blockdict[r].has_key('gaps_before_start'): + blockdict[r]['gaps_before_start'].append(gaps_before_start) #lengths + else: + blockdict[r]['gaps_before_start'] = [gaps_before_start] #lengths + + whole_seq_start = int(coords.split('-')[0]) + if blockdict[r].has_key('whole_seq_start'): + blockdict[r]['whole_seq_start'].append(whole_seq_start) #lengths + else: + blockdict[r]['whole_seq_start'] = [whole_seq_start] #lengths + + if blockdict[r].has_key('lengths'): + blockdict[r]['lengths'].append(repeat_len) #lengths + else: + blockdict[r]['lengths'] = [repeat_len] #lengths + + if blockdict[r].has_key('counts'): + blockdict[r]['counts'].append(str(int(repeat_len)/lendict[repeats[j].strip()])) #Repeat Unit + else: + blockdict[r]['counts'] = [str(int(repeat_len)/lendict[repeats[j].strip()])] #Repeat Unit + + if blockdict[r].has_key('units'): + blockdict[r]['units'].append(repeat_seq[:lendict[repeats[j].strip()]]) #Repeat Unit + else: + blockdict[r]['units'] = [repeat_seq[:lendict[repeats[j].strip()]]] #Repeat Unit + + except Exception: + pass + j += 2 + #check the co-ords of all repeats corresponding to a sequence and remove adjacent repeats separated by less than the user-specified 'separation'. + delete_index_list = [] + for ind, item in enumerate(blockdict[r]['ends']): + try: + if blockdict[r]['starts'][ind+1]-item < separation: + if ind not in delete_index_list: + delete_index_list.append(ind) + if ind+1 not in delete_index_list: + delete_index_list.append(ind+1) + except Exception: + pass + for index in delete_index_list: #mark them for deletion + try: + blockdict[r]['starts'][index] = 'marked' + blockdict[r]['ends'][index] = 'marked' + blockdict[r]['types'][index] = 'marked' + blockdict[r]['gaps_before_start'][index] = 'marked' + blockdict[r]['whole_seq_start'][index] = 'marked' + blockdict[r]['lengths'][index] = 'marked' + blockdict[r]['counts'][index] = 'marked' + blockdict[r]['units'][index] = 'marked' + except Exception: + pass + #remove 'marked' elements from all the lists + """ + for key in blockdict[r].keys(): + for elem in blockdict[r][key]: + if elem == 'marked': + blockdict[r][key].remove(elem) + """ + #print blockdict + + #make sure that the blockdict has keys for both the species + if (1 not in blockdict) or (2 not in blockdict): + continue + + visited_2 = [0 for x in range(len(blockdict[2]['starts']))] + for ind1, coord_s1 in enumerate(blockdict[1]['starts']): + if coord_s1 == 'marked': + continue + coord_e1 = blockdict[1]['ends'][ind1] + out = [] + for ind2, coord_s2 in enumerate(blockdict[2]['starts']): + if coord_s2 == 'marked': + visited_2[ind2] = 1 + continue + coord_e2 = blockdict[2]['ends'][ind2] + #skip if the 2 repeats are not of the same type or don't have the same repeating unit. + if allow_different_units == 0: + if (blockdict[1]['types'][ind1] != blockdict[2]['types'][ind2]): + continue + else: + if (blockdict[1]['units'][ind1] not in blockdict[2]['units'][ind2]*2) and (reverse_complement(blockdict[1]['units'][ind1]) not in blockdict[2]['units'][ind2]*2): + continue + #print >> sys.stderr, (reverse_complement(blockdict[1]['units'][ind1]) not in blockdict[2]['units'][ind2]*2) + #skip if the repeat number thresholds are not met + if blockdict[1]['types'][ind1] == 'mononucleotide': + if (int(blockdict[1]['counts'][ind1]) < mono_threshold): + continue + else: + if (int(blockdict[1]['counts'][ind1]) < non_mono_threshold): + continue + + if blockdict[2]['types'][ind2] == 'mononucleotide': + if (int(blockdict[2]['counts'][ind2]) < mono_threshold): + continue + else: + if (int(blockdict[2]['counts'][ind2]) < non_mono_threshold): + continue + #print "s1,e1=%s,%s; s2,e2=%s,%s" % ( coord_s1, coord_e1, coord_s2, coord_e2 ) + if (coord_s1 in range(coord_s2, coord_e2)) or (coord_e1 in range(coord_s2, coord_e2)): + out.append(str(block_num)) + out.append(namelist[0]) + rel_start = blockdict[1]['whole_seq_start'][ind1] + coord_s1 - blockdict[1]['gaps_before_start'][ind1] + rel_end = rel_start + int(blockdict[1]['lengths'][ind1]) + out.append(str(rel_start)) + out.append(str(rel_end)) + out.append(blockdict[1]['types'][ind1]) + out.append(blockdict[1]['lengths'][ind1]) + out.append(blockdict[1]['counts'][ind1]) + out.append(blockdict[1]['units'][ind1]) + out.append(namelist[1]) + rel_start = blockdict[2]['whole_seq_start'][ind2] + coord_s2 - blockdict[2]['gaps_before_start'][ind2] + rel_end = rel_start + int(blockdict[2]['lengths'][ind2]) + out.append(str(rel_start)) + out.append(str(rel_end)) + out.append(blockdict[2]['types'][ind2]) + out.append(blockdict[2]['lengths'][ind2]) + out.append(blockdict[2]['counts'][ind2]) + out.append(blockdict[2]['units'][ind2]) + print >> fout, '\t'.join(out) + visited_2[ind2] = 1 + out = [] + + if 0 in visited_2: #there are still some elements in 2nd set which haven't found orthologs yet. + for ind2, coord_s2 in enumerate(blockdict[2]['starts']): + if coord_s2 == 'marked': + continue + if visited_2[ind] != 0: + continue + coord_e2 = blockdict[2]['ends'][ind2] + out = [] + for ind1, coord_s1 in enumerate(blockdict[1]['starts']): + if coord_s1 == 'marked': + continue + coord_e1 = blockdict[1]['ends'][ind1] + #skip if the 2 repeats are not of the same type or don't have the same repeating unit. + if allow_different_units == 0: + if (blockdict[1]['types'][ind1] != blockdict[2]['types'][ind2]): + continue + else: + if (blockdict[1]['units'][ind1] not in blockdict[2]['units'][ind2]*2):# and reverse_complement(blockdict[1]['units'][ind1]) not in blockdict[2]['units'][ind2]*2: + continue + #skip if the repeat number thresholds are not met + if blockdict[1]['types'][ind1] == 'mononucleotide': + if (int(blockdict[1]['counts'][ind1]) < mono_threshold): + continue + else: + if (int(blockdict[1]['counts'][ind1]) < non_mono_threshold): + continue + + if blockdict[2]['types'][ind2] == 'mononucleotide': + if (int(blockdict[2]['counts'][ind2]) < mono_threshold): + continue + else: + if (int(blockdict[2]['counts'][ind2]) < non_mono_threshold): + continue + + if (coord_s2 in range(coord_s1, coord_e1)) or (coord_e2 in range(coord_s1, coord_e1)): + out.append(str(block_num)) + out.append(namelist[0]) + rel_start = blockdict[1]['whole_seq_start'][ind1] + coord_s1 - blockdict[1]['gaps_before_start'][ind1] + rel_end = rel_start + int(blockdict[1]['lengths'][ind1]) + out.append(str(rel_start)) + out.append(str(rel_end)) + out.append(blockdict[1]['types'][ind1]) + out.append(blockdict[1]['lengths'][ind1]) + out.append(blockdict[1]['counts'][ind1]) + out.append(blockdict[1]['units'][ind1]) + out.append(namelist[1]) + rel_start = blockdict[2]['whole_seq_start'][ind2] + coord_s2 - blockdict[2]['gaps_before_start'][ind2] + rel_end = rel_start + int(blockdict[2]['lengths'][ind2]) + out.append(str(rel_start)) + out.append(str(rel_end)) + out.append(blockdict[2]['types'][ind2]) + out.append(blockdict[2]['lengths'][ind2]) + out.append(blockdict[2]['counts'][ind2]) + out.append(blockdict[2]['units'][ind2]) + print >> fout, '\t'.join(out) + visited_2[ind2] = 1 + out = [] + + #print >> fout, blockdict + except Exception, exc: + print >> sys.stderr, "type(exc),args,exc: %s, %s, %s" % ( type(exc), exc.args, exc ) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/microsats_alignment_level.xml Tue Apr 01 10:50:33 2014 -0400 @@ -0,0 +1,64 @@ +<tool id="microsats_align1" name="Extract Orthologous Microsatellites" version="0.0.1"> + <description> from pair-wise alignments</description> + <requirements> + <requirement type="package" version="1.0">sputnik</requirement> + </requirements> + <command interpreter="python"> + microsats_alignment_level.py $input1 $separation $out_file1 "2way" $mono_threshold $non_mono_threshold $allow_different_units + </command> + <inputs> + <page> + <param format="fasta" name="input1" type="data" label="Select data"/> + <param name="separation" size="10" type="integer" value="10" label="Minimum base pair distance between adjacent microsatellites" + help="A value of 10 means: Adjacent microsatellites separated by less than 10 base pairs will be excluded from the output."/> + <param name="mono_threshold" size="10" type="integer" value="9" label="Minimum Threshold for the number of repeats for mononucleotide microsatellites" + help="A value of 9 means: All mononucleotide microsatellites having fewer than 9 repeats will be excluded from the output."/> + <param name="non_mono_threshold" size="10" type="integer" value="4" label="Minimum Threshold for the number of repeats for non-mononucleotide microsatellites" + help="A value of 4 means: All non-mononucleotide microsatellites having fewer than 4 repeats will be excluded from the output."/> + <param name="allow_different_units" size="5" type="select" label="Allow orthologous positions to have different microsatellite repeat units/motifs?"> + <option value="0" selected="true">No</option> + <option value="1">Yes</option> + </param> + </page> + </inputs> + <outputs> + <data format="tabular" name="out_file1" metadata_source="input1"/> + </outputs> + <requirements> + <requirement type="package">sputnik</requirement> + </requirements> + <tests> + <test> + <param name="input1" value="2way.maf"/> + <param name="separation" value="10"/> + <param name="mono_threshold" value="9"/> + <param name="non_mono_threshold" value="4"/> + <param name="allow_different_units" value="0"/> + <output name="out_file1" file="ortho_ms.tab"/> + </test> + </tests> + + <help> + +.. class:: infomark + +**What it does** + +This tool uses a modified version of SPUTNIK to fetch microsatellite repeats from the input fasta sequences and extracts orthologous repeats from the sputnik output. The modified version allows detection of mononucleotide microsatellites. More information on SPUTNIK can be found on this website_. The modified version is available here_. + +----- + +.. class:: warningmark + +**Note** + +- Any block/s not containing exactly 2 species will be omitted. + +- This tool will filter out microsatellites based on the user input values for minimum distance and repeat number thresholds. Further, this tool will also filter out microsatellites that have no orthologous microsatellites in one of the species. + +.. _website: http://espressosoftware.com/pages/sputnik.jsp +.. _here: http://www.bx.psu.edu/svn/universe/dependencies/sputnik/ +</help> + + +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/2way.maf Tue Apr 01 10:50:33 2014 -0400 @@ -0,0 +1,401 @@ +##maf version=1 +a score=51988 +s hg18.chr1 464 785 + 247249719 ccctcgcggtaccctcagccggcccgcccgcccgggtctgacctgaggagaactgtgctccgccttcagagtaccaccgaaatctgtgcagaggacaacgcagctccgccctcgcggtgctctccgggtctgtgctgaggagaacgcaactccgccggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgcagacacatgctagcgcgtcggggtggaggcgtggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgcagagacacatgctaccgcgtccaggggtggaggcgtggcgcaggcgcagagaggcgcaccgcgccggcgcaggcgcagagacacatgctagcgcgtccaggggtggaggcgtggcgcaggcgcagagacgcaagcctacgggcgggggttgggggggcgtgtgttgcaggagcaaagtcgcacggcgccgggctggggcggggggagggtggcgccgtgcacgcgcagaaactcacgtcacggtggcgcggcgcagagacgggtagaacctcagtaatccgaaaagccgggatcgaccgccccttgcttgcagccgggcactacaggacccgcttgctcacggtgctgtgccagggcgccccctgctggcgactagggcaactgcagggctctcttgcttagagtggtggccagcgccccctgctggcgccggggcactgcagggccctcttgcttactgtatagtggtggcacgccgcctgctggcagctagggacattgcagggtcctcttgctc +s panTro2.chr15 13361 700 - 100063422 ccctcgcagtaccctcagcccgcccgcccgcccgggtctgacctgaggagaactctgctccgccttcgcagtaccaccgaaatctgtgcagaggagaactcagctccaccctcgcggtgctctccgggtctgtgctgaggagaacgcaactccgccgtcgtaaacgc----------gccgcgccggcgcacgcgcaga----------------------gaggcg------------------gcgcgccgcgccggcgcacgcgcagagacacatgctagcgcgtctcgggg---------------------gagaggcgcaccgcgccggcgcag------agacacatactagcgcgtcctgggg-ggaggtgcggcgctgtcgccgagac-cacgcctatgggcgggggttgcgggg-cgcgtggtgcaggagcaaagtcgcacggagcctgtctgggg-----gcaggtgggctccgtgcaggcgcagaaacgcacgtcgcggcggcgcggcgcagagacgggtggaacctcagtaatcagaaaagccgggctggaccgccccctgcttgcagccgggcactacaggacccgcttgctcacggtgctctgccagtgcgccccctgctggcaactagggcaactgcagggctctcttgcttagagtggtggccagcgggggctgctggctccggggcactgcagggccctcttgcttactgtatagtggtggcacgccgcctgctggcagctagggacattgcagggtcctcttgctc + +a score=5767 +s hg18.chr1 1249 62 + 247249719 aaggtgtagtggcagcacgcccacctgctggcagctggggacactgccgggccctcttgctC +s panTro2.chr9_random 4665776 62 + 7733331 aaagtgtagtggcagcacgcccgcctgctggcagctggggacactgccgggccctcttgctc + +a score=108196 +s hg18.chr1 1311 1227 + 247249719 CAACAGTACTGGCGG-ATTATAGGGAAACACCCGGAGcatatgctgtttggtctcagtagactcctaaatatgggattcctgggtttaaaagtaaaaaataaatatgtttaatttgtgaactgattaccatcagaattgtactgttctgtatcccaccagcaatgtctaggaatgcctgtttctccacaaagtgtttacttttggatttttgccagtctaacaggtgaAGccctggagattcttattagtgatttgggctggggcctggccatgtgtatttttttaaatttccactgatgattttgctgcatggccggtgttgagaatgactgCGCAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTAGTTTAAACGAGATTGCCAGCACCGGGTATCATTCACCATTTTTCTTTTCGTTAACTTGCCGTCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTTTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGACTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGAGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTTCATCTGCAGGTGTCTGACTTCCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGCAAGCTGAGCACTGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCATTGTTCATCTTCTGGCCCCTGTTGTCTGCATGTAACTTAATACCACAACCAGGCATAGGGGAAAGATTGGAGGAAAGAT------------GAGTGAGAGCATCAACTTCTCTCACAACCTAGGCCAGTAAGTAGTGCTTGTGCTCATCTCCTTGGCTGTGATACGTGGCCGGCCCTCGCTCCAGCAGCTGGACCCCTACCTGCCGTCTGCTGCCATCGGAGCCCAAAGCCGGGCTGTGACTGCTCAGACCAGCCGGCTGGAGGGAGGGGCTCAGCAGGTCTGGCTTTGGCCCTGGGAGAGCAGGTGGAAGATCAGGCAGGCCATCGCTGCCACAGAACCCAGTGGATTGGCCTAGGTGGGATCTCTGAGCTCAACAAGCCCTCTCTGGGTGGTAGGTGCAGAGACGGGAGGGGCAGAGCCGCAGGCACAGCCAAGAGGGCTGAAGAAATGGTAGAACGGAGCAGCTGGTGATGTGTGGGCCCACCGGCCCCAGGCTCCTGTCTCCCCCCAGGTGTGTGGTGATGCCAGGCATGCCCTTCCCCAGCATCAGGTCTCCAGAGCTGCAGAAGACGAC +s panTro2.chr15 14061 1233 - 100063422 caacagtagtggcggGATTATGGGGAAACACCCGGAGCATATGCTGTTTGGTCTCAgtaggctcctaaatatgggattcctggatttaaaagtataaaataaatatgtttaatttgttaactgattaccatcagaattgtactgttctgtaccccaccagcaatgtctaggaatgcctgtttctccacaaagtgtttacttttggatttttgccagtctaacaggtgaAGccctggagattcttattagtgatttgggctggggcctggccatgtgtatttttttaaatttccactgatgattttgctgcatggccggtgttgagaatgactgTGCAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTCGTTTAAACGACATTGCCAGCACCGGGTATCGTTCACCATTTTTCTTTTT-----CTTGCCGTCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTCTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGACTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGGGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTTGGTCTGCAGGTGTCTGACTTTCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGGAAGCTGAGCACTGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCATTGTTCATATTCTGGCCCCTGTTGTCTGCATGTAACCTAATACCACAACCAGGCATGGGGGAAAGACTGGAGGAAAGATTGGAGAAAAGATGAGTGAGAGGATCAACTTCTCTGACAGCCTAGGCCAGTAAGTAGTGCTTCTGCTCATCTCCTTGGCTGTGATACGTGGCCGGCCCTCGCTCCAGCAGCTGGACCCCTACCTGCCGTCTGCTGCCATCGGAGCCCAAATCCGGGCTGTGACTGCTCAGACCAGCCGGCTGGAGGGAGGGGCTCAGCAGCTCTGGCTTTGGCCTTGGGATAGCAGGTGGAAGATCAGGCAGGCCATCGCTGCCGCAGAACCCAGTGAATTGGCCTAGGTGGGATCTCTGAGCTGAACAAGCCCTCTCCGGGTGGTAGGTGCAGAGAGGGGAGGGGCAGAGCCGCAGGCACAGCCAAGAGGGCTGAGGAAATGGTAGAACGGAGCAGCTGGTGATGTCTGGGCCCACCGGCCCCAGGCTCCTGTCTCCCCCCAG--GTGTGGTGATGCCAGGCATGCCCTTCCTCAGCATCAGGTCTCCAGAGCTGCAGAAGACGAC + +a score=179761 +s hg18.chr1 2538 2022 + 247249719 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