comparison test-data/blastn_chimera_vs_three_human_max1.txt @ 15:c16c30e9ad5b draft

Uploaded v0.1.03 (internal changes); v0.1.02 (BLAST+ 2.2.30 etc)

15:c16c30e9ad5b

BLASTN 2.2.30+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: Just 3 human mRNA sequences
           3 sequences; 10,732 total letters



Query= chimera chunks of AB011145 plus M10051 plus BC112106

Length=9973
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  ENA|AB011145|AB011145.1 Homo sapiens mRNA for KIAA0573 protein,...   8421   0.0  


> ENA|AB011145|AB011145.1 Homo sapiens mRNA for KIAA0573 protein, 
partial cds.
Length=4796

 Score =  8421 bits (4560),  Expect = 0.0
 Identities = 4560/4560 (100%), Gaps = 0/4560 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1     GGACCCCAGCGTTACCATGCATCCTGCCGTCTTCCTATCCTTACCCGACCTCAGATGCTC  60
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  121   GGACCCCAGCGTTACCATGCATCCTGCCGTCTTCCTATCCTTACCCGACCTCAGATGCTC  180

Query  61    CCTTCTGCTCCTGGTAACTTGGGTTTTTACTCCTGTAACAACTGAAATAACAAGTCTTGA  120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  181   CCTTCTGCTCCTGGTAACTTGGGTTTTTACTCCTGTAACAACTGAAATAACAAGTCTTGA  240

Query  121   TACAGAGAATATAGATGAAATTTTAAACAATGCTGATGTTGCTTTAGTAAATTTTTATGC  180
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  241   TACAGAGAATATAGATGAAATTTTAAACAATGCTGATGTTGCTTTAGTAAATTTTTATGC  300

Query  181   TGACTGGTGTCGTTTCAGTCAGATGTTGCATCCAATTTTTGAGGAAGCTTCCGATGTCAT  240
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  301   TGACTGGTGTCGTTTCAGTCAGATGTTGCATCCAATTTTTGAGGAAGCTTCCGATGTCAT  360

Query  241   TAAGGAAGAATTTCCAAATGAAAATCAAGTAGTGTTTGCCAGAGTTGATTGTGATCAGCA  300
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  361   TAAGGAAGAATTTCCAAATGAAAATCAAGTAGTGTTTGCCAGAGTTGATTGTGATCAGCA  420

Query  301   CTCTGACATAGCCCAGAGATACAGGATAAGCAAATACCCAACCCTCAAATTGTTTCGTAA  360
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421   CTCTGACATAGCCCAGAGATACAGGATAAGCAAATACCCAACCCTCAAATTGTTTCGTAA  480

Query  361   TGGGATGATGATGAAGAGAGAATACAGGGGTCAGCGATCAGTGAAAGCATTGGCAGATTA  420
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  481   TGGGATGATGATGAAGAGAGAATACAGGGGTCAGCGATCAGTGAAAGCATTGGCAGATTA  540

Query  421   CATCAGGCAACAAAAAAGTGACCCCATTCAAGAAATTCGGGACTTAGCAGAAATCACCAC  480
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  541   CATCAGGCAACAAAAAAGTGACCCCATTCAAGAAATTCGGGACTTAGCAGAAATCACCAC  600

Query  481   TCTTGATCGCAGCAAAAGAAATATCATTGGATATTTTGAGCAAAAGGACTCGGACAACTA  540
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  601   TCTTGATCGCAGCAAAAGAAATATCATTGGATATTTTGAGCAAAAGGACTCGGACAACTA  660

Query  541   TAGAGTTTTTGAACGAGTAGCGAATATTTTGCATGATGACTGTGCCTTTCTTTCTGCATT  600
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  661   TAGAGTTTTTGAACGAGTAGCGAATATTTTGCATGATGACTGTGCCTTTCTTTCTGCATT  720

Query  601   TGGGGATGTTTCAAAACCGGAAAGATATAGTGGCGACAACATAATCTACAAACCACCAGG  660
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  721   TGGGGATGTTTCAAAACCGGAAAGATATAGTGGCGACAACATAATCTACAAACCACCAGG  780

Query  661   GCATTCTGCTCCGGATATGGTGTACTTGGGAGCTATGACAAATTTTGATGTGACTTACAA  720
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  781   GCATTCTGCTCCGGATATGGTGTACTTGGGAGCTATGACAAATTTTGATGTGACTTACAA  840

Query  721   TTGGATTCAAGATAAATGTGTTCCTCTTGTCCGAGAAATAACATTTGAAAATGGAGAGGA  780
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  841   TTGGATTCAAGATAAATGTGTTCCTCTTGTCCGAGAAATAACATTTGAAAATGGAGAGGA  900

Query  781   ATTGACAGAAGAAGGACTGCCTTTTCTCATACTCTTTCACATGAAAGAAGATACAGAAAG  840
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  901   ATTGACAGAAGAAGGACTGCCTTTTCTCATACTCTTTCACATGAAAGAAGATACAGAAAG  960

Query  841   TTTAGAAATATTCCAGAATGAAGTAGCTCGGCAATTAATAAGTGAAAAAGGTACAATAAA  900
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  961   TTTAGAAATATTCCAGAATGAAGTAGCTCGGCAATTAATAAGTGAAAAAGGTACAATAAA  1020

Query  901   CTTTTTACATGCCGATTGTGACAAATTTAGACATCCTCTTCTGCACATACAGAAAACTCC  960
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1021  CTTTTTACATGCCGATTGTGACAAATTTAGACATCCTCTTCTGCACATACAGAAAACTCC  1080

Query  961   AGCAGATTGTCCTGTAATCGCTATTGACAGCTTTAGGCATATGTATGTGTTTGGAGACTT  1020
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1081  AGCAGATTGTCCTGTAATCGCTATTGACAGCTTTAGGCATATGTATGTGTTTGGAGACTT  1140

Query  1021  CAAAGATGTATTAATTCCTGGAAAACTCAAGCAATTCGTATTTGACTTACATTCTGGAAA  1080
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1141  CAAAGATGTATTAATTCCTGGAAAACTCAAGCAATTCGTATTTGACTTACATTCTGGAAA  1200

Query  1081  ACTGCACAGAGAATTCCATCATGGACCTGACCCAACTGATACAGCCCCAGGAGAGCAAGC  1140
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1201  ACTGCACAGAGAATTCCATCATGGACCTGACCCAACTGATACAGCCCCAGGAGAGCAAGC  1260

Query  1141  CCAAGATGTAGCAAGCAGTCCACCTGAGAGCTCCTTCCAGAAACTAGCACCCAGTGAATA  1200
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1261  CCAAGATGTAGCAAGCAGTCCACCTGAGAGCTCCTTCCAGAAACTAGCACCCAGTGAATA  1320

Query  1201  TAGGTATACTCTATTGAGGGATCGAGATGAGCTTTAAAAACTTGAAAAACAGTTTGTAAG  1260
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1321  TAGGTATACTCTATTGAGGGATCGAGATGAGCTTTAAAAACTTGAAAAACAGTTTGTAAG  1380

Query  1261  CCTTTCAACAGCAGCATCAACCTACGTGGTGGAAATAGTAAACCTATATTTTCATAATTC  1320
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1381  CCTTTCAACAGCAGCATCAACCTACGTGGTGGAAATAGTAAACCTATATTTTCATAATTC  1440

Query  1321  TATGTGTatttttattttgaataaacagaaagaaattttgggtttttaatttttttCTCC  1380
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1441  TATGTGTATTTTTATTTTGAATAAACAGAAAGAAATTTTGGGTTTTTAATTTTTTTCTCC  1500

Query  1381  CCGACTCAAAATGCATTGTCATTTAATATAGTAGCCTCTTaaaaaaaaaaaaaCCTGCTA  1440
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1501  CCGACTCAAAATGCATTGTCATTTAATATAGTAGCCTCTTAAAAAAAAAAAAACCTGCTA  1560

Query  1441  GGATTTAAAAATAAAAATCAGAGGCCTATCTCCACTTTAAATCTGTCCTGTAAAAGTTTT  1500
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1561  GGATTTAAAAATAAAAATCAGAGGCCTATCTCCACTTTAAATCTGTCCTGTAAAAGTTTT  1620

Query  1501  ATAAATCAAATGAAAGGTGACATTGCCAGAAACTTACCATTAACTTGCACTACTAGGGTA  1560
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1621  ATAAATCAAATGAAAGGTGACATTGCCAGAAACTTACCATTAACTTGCACTACTAGGGTA  1680

Query  1561  GGGAGGACTTAGGATGTTTCCTGTGTCGTATGTGCTTTTCTTTCTTTCATATGATCAATT  1620
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1681  GGGAGGACTTAGGATGTTTCCTGTGTCGTATGTGCTTTTCTTTCTTTCATATGATCAATT  1740

Query  1621  CTGTTGGTATTTTCAGTATCTCATTTCTCAAAGCTAAAGAGATATACATTCTGGATACTT  1680
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1741  CTGTTGGTATTTTCAGTATCTCATTTCTCAAAGCTAAAGAGATATACATTCTGGATACTT  1800

Query  1681  GGGAGGGGAATAAATTAAAGTTTTCACACTGTGTACTGTGTTTTACTGATTGGTTGGATA  1740
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1801  GGGAGGGGAATAAATTAAAGTTTTCACACTGTGTACTGTGTTTTACTGATTGGTTGGATA  1860

Query  1741  TTGCTTATGAAAATTCCATAGTGGTAtttttttGGATTCTTAATGTGTAACTTAAACATA  1800
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1861  TTGCTTATGAAAATTCCATAGTGGTATTTTTTTGGATTCTTAATGTGTAACTTAAACATA  1920

Query  1801  CTTTGAAGTGGAGGAGAGTCATAAGACAGAACATTTGGCAGGAATTGTCCTTATGAAACA  1860
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1921  CTTTGAAGTGGAGGAGAGTCATAAGACAGAACATTTGGCAGGAATTGTCCTTATGAAACA  1980

Query  1861  AGAAAAAGAAAATGAAAAGTATTATTAAGCTTCTGTGTTTGTCTAAAAATGTGGCATATG  1920
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1981  AGAAAAAGAAAATGAAAAGTATTATTAAGCTTCTGTGTTTGTCTAAAAATGTGGCATATG  2040

Query  1921  GATGGCATTTAAAACTTTGAATGAATTATACCTAAATCTGGGACAGGGAGGTGACAGTGG  1980
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2041  GATGGCATTTAAAACTTTGAATGAATTATACCTAAATCTGGGACAGGGAGGTGACAGTGG  2100

Query  1981  AACAGGCTACCAATCAGAACTAGATGACTTTTAAGGCTCCTCCTATTATGAGACTTCAAT  2040
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2101  AACAGGCTACCAATCAGAACTAGATGACTTTTAAGGCTCCTCCTATTATGAGACTTCAAT  2160

Query  2041  TTCCAAAGAGAAGAACTAGCAGAGAAATTGTATTTCAGTAATTTTAAGCTCCTTCTGTCT  2100
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2161  TTCCAAAGAGAAGAACTAGCAGAGAAATTGTATTTCAGTAATTTTAAGCTCCTTCTGTCT  2220

Query  2101  TGTAGAGTCTTGTTATAGTTGTATAAATCAAAAACACAGAATAAGGAACATATTTAACtt  2160
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2221  TGTAGAGTCTTGTTATAGTTGTATAAATCAAAAACACAGAATAAGGAACATATTTAACTT  2280

Query  2161  tttttCATTATAAAATGGTTAGAGGACCCTACCCCCTCTAGATTCCCTGATTTCCCCAGG  2220
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2281  TTTTTCATTATAAAATGGTTAGAGGACCCTACCCCCTCTAGATTCCCTGATTTCCCCAGG  2340

Query  2221  CCTGCAGCATACAGTAAGATGGGTCCCTGTGCCAGGCCTCAATACTGCCAGGGAATAAAA  2280
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2341  CCTGCAGCATACAGTAAGATGGGTCCCTGTGCCAGGCCTCAATACTGCCAGGGAATAAAA  2400

Query  2281  CCAGAGGGAGAGGACCCTCAGTGTCATATCAGGAAGCCCAGTGCCAGAGGACAGACAGGT  2340
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2401  CCAGAGGGAGAGGACCCTCAGTGTCATATCAGGAAGCCCAGTGCCAGAGGACAGACAGGT  2460

Query  2341  TCAAAACTGGCTTTTCCTCTGGGCCTGGGTTGGTGCTATAGGCCAAGGGTCATTTTATAC  2400
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2461  TCAAAACTGGCTTTTCCTCTGGGCCTGGGTTGGTGCTATAGGCCAAGGGTCATTTTATAC  2520

Query  2401  TTGGGTATAAATCAATCCCAGTTTGGGAAAAGATTATTTTTAAGCTTAAAAGGCTGACAT  2460
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2521  TTGGGTATAAATCAATCCCAGTTTGGGAAAAGATTATTTTTAAGCTTAAAAGGCTGACAT  2580

Query  2461  GTGCCATTATATGTAGTATGTAATATATGTAACATCTTCCAATTCTTTTAAAATAAAATT  2520
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2581  GTGCCATTATATGTAGTATGTAATATATGTAACATCTTCCAATTCTTTTAAAATAAAATT  2640

Query  2521  AATATTTATAATGGATATTTAATGATTGTTATTTTTAAAAACCAGCTTATAATTCCTCGT  2580
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2641  AATATTTATAATGGATATTTAATGATTGTTATTTTTAAAAACCAGCTTATAATTCCTCGT  2700

Query  2581  TATGCATGATTTATCCAAAGTTTCCATAGTTTTATTCAAAATAATAAATGTTAATAAGGT  2640
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2701  TATGCATGATTTATCCAAAGTTTCCATAGTTTTATTCAAAATAATAAATGTTAATAAGGT  2760

Query  2641  GATAAGGGGTATATTTAATGTATTGTATCAAATTGTGAATAAGAAAGTAGGATGGAGCTT  2700
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2761  GATAAGGGGTATATTTAATGTATTGTATCAAATTGTGAATAAGAAAGTAGGATGGAGCTT  2820

Query  2701  TCTAGAGGTTGGGCCTTAGTTCTGTTATCCTCATTGCTTTTAACCAATAAGTTAAATGAA  2760
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2821  TCTAGAGGTTGGGCCTTAGTTCTGTTATCCTCATTGCTTTTAACCAATAAGTTAAATGAA  2880

Query  2761  GTTAGAGTTATGGTCTTCAGGTTAGATTATGGACCAGATCTGTGAGGGTCAGCATGGAAA  2820
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2881  GTTAGAGTTATGGTCTTCAGGTTAGATTATGGACCAGATCTGTGAGGGTCAGCATGGAAA  2940

Query  2821  TTCACATTCAACAAGGTAGCACACAGGACCAAGAGCAGCACATGCAATCAACTGGAATAA  2880
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2941  TTCACATTCAACAAGGTAGCACACAGGACCAAGAGCAGCACATGCAATCAACTGGAATAA  3000

Query  2881  TATAGTAATCCTGTAACTGGGTTTGAAAAAATAATCAACAAAAGATACAATTCAAGGGTT  2940
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3001  TATAGTAATCCTGTAACTGGGTTTGAAAAAATAATCAACAAAAGATACAATTCAAGGGTT  3060

Query  2941  AGGTTGCAGAGAGCTGGCTTGAGAGTAGTTATTATGAAAAAGGCCTCAAGGAGTACGTGT  3000
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3061  AGGTTGCAGAGAGCTGGCTTGAGAGTAGTTATTATGAAAAAGGCCTCAAGGAGTACGTGT  3120

Query  3001  TCAGTATGCTCTAAGATGATAAAGTGGCTGTTAAAAAGGGAGTTGATTTGAGGAAGTATT  3060
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3121  TCAGTATGCTCTAAGATGATAAAGTGGCTGTTAAAAAGGGAGTTGATTTGAGGAAGTATT  3180

Query  3061  ACTTAGCATTCATGCATATTGGGCTTAGGCTCTAGCCCTGCCACTATCATTGTCTTCTCT  3120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3181  ACTTAGCATTCATGCATATTGGGCTTAGGCTCTAGCCCTGCCACTATCATTGTCTTCTCT  3240

Query  3121  GGACTGTGAAGTCACTGAGGACAAGGAAACTAAATTTAATGTCTGTATCACTAGTGCCTA  3180
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3241  GGACTGTGAAGTCACTGAGGACAAGGAAACTAAATTTAATGTCTGTATCACTAGTGCCTA  3300

Query  3181  GAATTTCTGGACACTTAGTAGTCACCATCAGGCGTTTATTTAATGAATGAGAAGCAAAGT  3240
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3301  GAATTTCTGGACACTTAGTAGTCACCATCAGGCGTTTATTTAATGAATGAGAAGCAAAGT  3360

Query  3241  GACCTTGGTTACTTTTTTACCCTGAGGGGCTCAGCACTCATTAGGACTTGGTGCCTAATT  3300
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3361  GACCTTGGTTACTTTTTTACCCTGAGGGGCTCAGCACTCATTAGGACTTGGTGCCTAATT  3420

Query  3301  TTATAAAAAGTCACTAAGCTCAAGTGCTTGGATGAAAGGACAGCGTGGATAAAAAGGTTT  3360
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3421  TTATAAAAAGTCACTAAGCTCAAGTGCTTGGATGAAAGGACAGCGTGGATAAAAAGGTTT  3480

Query  3361  TTAAAACATGGATGTTAAGGCTGTTTTGCTTGGAGAAGACTTGGGACTGGGACAGTCTTT  3420
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3481  TTAAAACATGGATGTTAAGGCTGTTTTGCTTGGAGAAGACTTGGGACTGGGACAGTCTTT  3540

Query  3421  AGATATTATTTGAAATGCTGGCACTGTCTATCTGGATCCCAGGGCTTGAACTAGGATTTG  3480
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3541  AGATATTATTTGAAATGCTGGCACTGTCTATCTGGATCCCAGGGCTTGAACTAGGATTTG  3600

Query  3481  AGGAAGTCACAGGGAAGCAGATTTCAGTCTGACATTTATTCAGTGCAAGTTTTTTGGTGC  3540
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3601  AGGAAGTCACAGGGAAGCAGATTTCAGTCTGACATTTATTCAGTGCAAGTTTTTTGGTGC  3660

Query  3541  TGTAGTATATGATGAAAGATGTAAAGCTGAATAAAGCATTATTTCTGCCCTAGAGTTGTT  3600
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3661  TGTAGTATATGATGAAAGATGTAAAGCTGAATAAAGCATTATTTCTGCCCTAGAGTTGTT  3720

Query  3601  CACAGCCTAGTCAGGCATATGGATATGTAAACAATGACTGTAACGTGTTATAGATGTAAA  3660
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3721  CACAGCCTAGTCAGGCATATGGATATGTAAACAATGACTGTAACGTGTTATAGATGTAAA  3780

Query  3661  GACAAAATAAAGGTTAAAGAGGGCATAAAGGAGCACTCAATTGCAGAGATTTGAGGACAT  3720
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3781  GACAAAATAAAGGTTAAAGAGGGCATAAAGGAGCACTCAATTGCAGAGATTTGAGGACAT  3840

Query  3721  TATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAAGATGAATAGGTGTTCTCAGGAGGTAGGGATCTGGCT  3780
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3841  TATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAAGATGAATAGGTGTTCTCAGGAGGTAGGGATCTGGCT  3900

Query  3781  GAGAGGGAATAATCTGAGCAAAGGTATGAAACAGCCTAATGCATTAGAGAAAAAAGTTCT  3840
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3901  GAGAGGGAATAATCTGAGCAAAGGTATGAAACAGCCTAATGCATTAGAGAAAAAAGTTCT  3960

Query  3841  TTTAGTAAGGCATTTGGGGTTGGGGAAGCTAGAAAAAGAAATGGGAGCTGGTCACACAGG  3900
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3961  TTTAGTAAGGCATTTGGGGTTGGGGAAGCTAGAAAAAGAAATGGGAGCTGGTCACACAGG  4020

Query  3901  GCCTTGTGTGCCAGACTAAGGGGTTTGTAGTATATATTGTAGGCAGAAGAGATCCATCAA  3960
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4021  GCCTTGTGTGCCAGACTAAGGGGTTTGTAGTATATATTGTAGGCAGAAGAGATCCATCAA  4080

Query  3961  CAGATTGCAAGCAAGGAAGTATGTTCACTTTAAAGTTTGAGAAAGAATAGTGTGGAAGCA  4020
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4081  CAGATTGCAAGCAAGGAAGTATGTTCACTTTAAAGTTTGAGAAAGAATAGTGTGGAAGCA  4140

Query  4021  CGTCTCAAATTTAGACTTACTTGTTCCCCCTCTGAACCGTGAATCAGACCATTTCAGGTA  4080
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4141  CGTCTCAAATTTAGACTTACTTGTTCCCCCTCTGAACCGTGAATCAGACCATTTCAGGTA  4200

Query  4081  GAAGTCTTCCCCGGTTTATCTGATCTACTCGGGGCCTCAGGCTTCTCAGCTGGGAAGAGA  4140
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4201  GAAGTCTTCCCCGGTTTATCTGATCTACTCGGGGCCTCAGGCTTCTCAGCTGGGAAGAGA  4260

Query  4141  GGATGCAAGACCAGACTGAAGAACACGGTTGAGTCCCCAGAACCAAAAGGGGGCCTTTCT  4200
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4261  GGATGCAAGACCAGACTGAAGAACACGGTTGAGTCCCCAGAACCAAAAGGGGGCCTTTCT  4320

Query  4201  GCTTCTTAGCCAGCTACCTCTTCGAGTTTTTCAAATTGTGAGGGGGACCATAAAAGGATG  4260
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4321  GCTTCTTAGCCAGCTACCTCTTCGAGTTTTTCAAATTGTGAGGGGGACCATAAAAGGATG  4380

Query  4261  GAAACTTTTAGATGACATTCTACAAATTAtttttttCTTTAAATTAAAAGAACCTAGCCA  4320
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4381  GAAACTTTTAGATGACATTCTACAAATTATTTTTTTCTTTAAATTAAAAGAACCTAGCCA  4440

Query  4321  ATAAGATAGAGAATGGGCATCTAAGGCATCTCAGAGCTCTCTGATGAAGCCAGGTTGTCA  4380
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4441  ATAAGATAGAGAATGGGCATCTAAGGCATCTCAGAGCTCTCTGATGAAGCCAGGTTGTCA  4500

Query  4381  AAGATCATTTGCAAAAGAAGGGAAAACTGGCATGACAAAAGCTACAGAGAGGAGAGTGAA  4440
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4501  AAGATCATTTGCAAAAGAAGGGAAAACTGGCATGACAAAAGCTACAGAGAGGAGAGTGAA  4560

Query  4441  ATATAGAAGTGTTTGAAATGTTCAAGCTCACAATAAGCTTAAATTTATAGAAAATGCTAA  4500
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4561  ATATAGAAGTGTTTGAAATGTTCAAGCTCACAATAAGCTTAAATTTATAGAAAATGCTAA  4620

Query  4501  GGTTGTCAAGAAGGCttttttttttttcttttttAAACCTGAGGGCAAAAAGGAATGGAT  4560
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4621  GGTTGTCAAGAAGGCTTTTTTTTTTTTCTTTTTTAAACCTGAGGGCAAAAAGGAATGGAT  4680



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 106299490


  Database: Just 3 human mRNA sequences
    Posted date:  Dec 26, 2014  5:54 AM
  Number of letters in database: 10,732
  Number of sequences in database:  3



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5