|
[up]
|
|
drwxr-xr-x |
 cached_locally/
|
|
drwxr-xr-x |
 err_summary
|
1006 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ARRG.bam
|
38188 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ARRG_test1.bam
|
39549 |
-rw-r--r-- |
|
picard_AddCommentsToBam.bam
|
38188 |
-rw-r--r-- |
|
picard_AddCommentsToBam_test1.bam
|
38653 |
-rw-r--r-- |
|
picard_BedToIntervalList.bed
|
113 |
-rw-r--r-- |
|
picard_BedToIntervalList_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
|
picard_BedToIntervalList_test1.pif
|
300 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CASM.bam
|
38188 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CASM_ref.fa
|
16882 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CASM_test1.tab
|
2906 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CleanSam.bam
|
38188 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CleanSam_test1.bam
|
39284 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectBaseDistributionByCycle.bam
|
38188 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectBaseDistributionByCycle_ref.fa
|
16882 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectBaseDistributionByCycle_test1.tab
|
17771 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectGcBiasMetrics.bam
|
38188 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectGcBiasMetrics_ref.fa
|
16882 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectGcBiasMetrics_test1.tab
|
4559 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectHsMetrics.baits
|
107 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectHsMetrics.bam
|
44515 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectHsMetrics.target
|
107 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectHsMetrics_test1.tab
|
4145 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectInsertSizeMetrics.bam
|
38188 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectInsertSizeMetrics_ref.fa
|
16882 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectInsertSizeMetrics_test1.tab
|
1662 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics.bam
|
44515 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics.gff3
|
5458 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics.gtf
|
42079 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics.refFlat
|
1586 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics.ucsc_output
|
1586 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics_test1.tab
|
2855 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics_test2.tab
|
2858 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectRnaSeqMetrics_test3.tab
|
2843 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectWgsMetrics.bam
|
44515 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectWgsMetrics_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
|
picard_CollectWgsMetrics_test1.tab
|
2890 |
-rw-r--r-- |
|
picard_DownsampleSam.bam
|
38188 |
-rw-r--r-- |
|
picard_DownsampleSam_test1.bam
|
5905 |
-rw-r--r-- |
|
picard_EstimateLibraryComplexity.bam
|
212398 |
-rw-r--r-- |
|
picard_EstimateLibraryComplexity_test1.tab
|
1153 |
-rw-r--r-- |
|
picard_FastqToSam_read1.fq.gz
|
124193 |
-rw-r--r-- |
|
picard_FastqToSam_read2.fq.gz
|
129890 |
-rw-r--r-- |
|
picard_FastqToSam_test1.bam
|
280201 |
-rw-r--r-- |
|
picard_FilterSamReads.bam
|
24667 |
-rw-r--r-- |
|
picard_FilterSamReads_exclude_reads_test2.bam
|
20914 |
-rw-r--r-- |
|
picard_FilterSamReads_include_reads_test1.bam
|
5273 |
-rw-r--r-- |
|
picard_FilterSamReads_read_list_file.tab
|
867 |
-rw-r--r-- |
|
picard_FixMateInformation.bam
|
24667 |
-rw-r--r-- |
|
picard_FixMateInformation_test1.bam
|
25362 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MarkDuplicates.bam
|
24667 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MarkDuplicatesWithMateCigar.bam
|
25357 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MarkDuplicatesWithMateCigar_test1.bam
|
26128 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MarkDuplicates_test1.bam
|
26205 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MarkDuplicates_test2.bam
|
26676 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MeanQualityByCycle.bam
|
24667 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MeanQualityByCycle_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MeanQualityByCycle_test1.tab
|
5614 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MergeBamAlignment_aligned.bam
|
24667 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MergeBamAlignment_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MergeBamAlignment_test1.bam
|
25562 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MergeBamAlignment_unaligned.bam
|
24364 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MergeSamFiles_input1.bam
|
212398 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MergeSamFiles_input2.bam
|
212604 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MergeSamFiles_input3.bam
|
224562 |
-rw-r--r-- |
|
picard_MergeSamFiles_test1.bam
|
663415 |
-rw-r--r-- |
|
picard_NormalizeFasta_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
|
picard_NormalizeFasta_test1.fa
|
16990 |
-rw-r--r-- |
|
picard_QualityScoreDistribution.bam
|
212373 |
-rw-r--r-- |
|
picard_QualityScoreDistribution_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
|
picard_QualityScoreDistribution_test1.tab
|
1069 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ReorderSam.bam
|
212373 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ReorderSam_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ReorderSam_test1.bam
|
217139 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ReplaceSamHeader.bam
|
212398 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ReplaceSamHeader_header.bam
|
212604 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ReplaceSamHeader_test1.bam
|
216684 |
-rw-r--r-- |
|
picard_RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar.bam
|
212398 |
-rw-r--r-- |
|
picard_RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar_test1.bam
|
216858 |
-rw-r--r-- |
|
picard_RevertSam.bam
|
212398 |
-rw-r--r-- |
|
picard_RevertSam_test1.bam
|
215777 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq.bam
|
218440 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq_1.fq
|
493245 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq_2.fq
|
493035 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq_se.bam
|
124680 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq_se.fq
|
345141 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq_test1.fq
|
986280 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq_u.fq
|
0 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SortSam.bam
|
212398 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SortSam_test1.bam
|
216684 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SortSam_test1.sam
|
1017572 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ValidateSamFile.bam
|
212373 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ValidateSamFile_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
|
picard_ValidateSamFile_test1.txt
|
12941 |
-rw-r--r-- |
|
pos_details
|
1796 |
-rw-r--r-- |
|
pos_summary
|
1675 |
-rw-r--r-- |
|
pre_details
|
1675 |
-rw-r--r-- |
|
pre_summary
|
1682 |
-rw-r--r-- |
