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[up]
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drwxr-xr-x |
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994 |
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picard_ARRG.bam
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38188 |
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picard_ARRG_test1.bam
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39453 |
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picard_AddCommentsToBam.bam
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38188 |
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picard_AddCommentsToBam_test1.bam
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38653 |
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picard_BedToIntervalList.bed
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113 |
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picard_BedToIntervalList_ref.fa
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16813 |
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picard_BedToIntervalList_test1.pif
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298 |
-rw-r--r-- |
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picard_CASM.bam
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38188 |
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picard_CASM_ref.fa
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16882 |
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picard_CASM_test1.tab
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1867 |
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picard_CleanSam.bam
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38188 |
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picard_CleanSam_test1.bam
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39239 |
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picard_CollectBaseDistributionByCycle.bam
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38188 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectBaseDistributionByCycle_ref.fa
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16882 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectBaseDistributionByCycle_test1.tab
|
17685 |
-rw-r--r-- |
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38188 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectGcBiasMetrics_ref.fa
|
16882 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectGcBiasMetrics_test1.tab
|
4412 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectHsMetrics.baits
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107 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectHsMetrics.bam
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44515 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectHsMetrics.target
|
107 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectHsMetrics_test1.tab
|
3652 |
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picard_CollectInsertSizeMetrics.bam
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38188 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectInsertSizeMetrics_ref.fa
|
16882 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectInsertSizeMetrics_test1.tab
|
1576 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectRnaSeqMetrics.bam
|
44515 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectRnaSeqMetrics.gff3
|
5458 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectRnaSeqMetrics.gtf
|
42079 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectRnaSeqMetrics.refFlat
|
1586 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectRnaSeqMetrics.ucsc_output
|
1586 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectRnaSeqMetrics_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectRnaSeqMetrics_test1.tab
|
2752 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectRnaSeqMetrics_test2.tab
|
2756 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectRnaSeqMetrics_test3.tab
|
2740 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectWgsMetrics.bam
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44515 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectWgsMetrics_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
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picard_CollectWgsMetrics_test1.tab
|
2730 |
-rw-r--r-- |
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picard_DownsampleSam.bam
|
38188 |
-rw-r--r-- |
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picard_DownsampleSam_test1.bam
|
5545 |
-rw-r--r-- |
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picard_EstimateLibraryComplexity.bam
|
212398 |
-rw-r--r-- |
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picard_EstimateLibraryComplexity_test1.tab
|
1133 |
-rw-r--r-- |
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picard_FastqToSam_read1.fq
|
552531 |
-rw-r--r-- |
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picard_FastqToSam_read2.fq
|
552531 |
-rw-r--r-- |
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picard_FastqToSam_test1.bam
|
280883 |
-rw-r--r-- |
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picard_FilterSamReads.bam
|
24667 |
-rw-r--r-- |
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picard_FilterSamReads_exclude_reads_test2.bam
|
20947 |
-rw-r--r-- |
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picard_FilterSamReads_include_reads_test1.bam
|
5342 |
-rw-r--r-- |
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picard_FilterSamReads_read_list_file.tab
|
867 |
-rw-r--r-- |
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picard_FixMateInformation.bam
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24667 |
-rw-r--r-- |
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picard_FixMateInformation_test1.bam
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25426 |
-rw-r--r-- |
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picard_MarkDuplicates.bam
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24667 |
-rw-r--r-- |
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25357 |
-rw-r--r-- |
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picard_MarkDuplicatesWithMateCigar_test1.bam
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26149 |
-rw-r--r-- |
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picard_MarkDuplicates_test1.bam
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25937 |
-rw-r--r-- |
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picard_MarkDuplicates_test2.bam
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26420 |
-rw-r--r-- |
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picard_MeanQualityByCycle.bam
|
24667 |
-rw-r--r-- |
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picard_MeanQualityByCycle_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
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picard_MeanQualityByCycle_test1.tab
|
5530 |
-rw-r--r-- |
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picard_MergeBamAlignment_aligned.bam
|
24667 |
-rw-r--r-- |
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picard_MergeBamAlignment_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
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picard_MergeBamAlignment_test1.bam
|
25603 |
-rw-r--r-- |
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picard_MergeBamAlignment_unaligned.bam
|
24364 |
-rw-r--r-- |
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picard_MergeSamFiles_input1.bam
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212398 |
-rw-r--r-- |
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picard_MergeSamFiles_input2.bam
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212604 |
-rw-r--r-- |
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picard_MergeSamFiles_input3.bam
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224562 |
-rw-r--r-- |
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picard_MergeSamFiles_test1.bam
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664142 |
-rw-r--r-- |
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picard_NormalizeFasta_ref.fa
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16813 |
-rw-r--r-- |
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picard_NormalizeFasta_test1.fa
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16990 |
-rw-r--r-- |
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picard_QualityScoreDistribution.bam
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212373 |
-rw-r--r-- |
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picard_QualityScoreDistribution_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
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picard_QualityScoreDistribution_test1.tab
|
985 |
-rw-r--r-- |
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picard_ReorderSam.bam
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212373 |
-rw-r--r-- |
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picard_ReorderSam_ref.fa
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16813 |
-rw-r--r-- |
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picard_ReorderSam_test1.bam
|
217139 |
-rw-r--r-- |
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picard_ReplaceSamHeader.bam
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212398 |
-rw-r--r-- |
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picard_ReplaceSamHeader_header.bam
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212604 |
-rw-r--r-- |
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picard_ReplaceSamHeader_test1.bam
|
217089 |
-rw-r--r-- |
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picard_RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar.bam
|
212398 |
-rw-r--r-- |
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picard_RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar_test1.bam
|
217218 |
-rw-r--r-- |
|
picard_RevertSam.bam
|
212398 |
-rw-r--r-- |
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picard_RevertSam_test1.bam
|
216183 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq.bam
|
218440 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq_1.fq
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493245 |
-rw-r--r-- |
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picard_SamToFastq_2.fq
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493035 |
-rw-r--r-- |
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picard_SamToFastq_se.bam
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124680 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SamToFastq_se.fq
|
345141 |
-rw-r--r-- |
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picard_SamToFastq_test1.fq
|
986280 |
-rw-r--r-- |
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picard_SamToFastq_u.fq
|
0 |
-rw-r--r-- |
|
picard_SortSam.bam
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212398 |
-rw-r--r-- |
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picard_SortSam_test1.bam
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217089 |
-rw-r--r-- |
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picard_SortSam_test1.sam
|
1017572 |
-rw-r--r-- |
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picard_ValidateSamFile.bam
|
212373 |
-rw-r--r-- |
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picard_ValidateSamFile_ref.fa
|
16813 |
-rw-r--r-- |
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picard_ValidateSamFile_test1.txt
|
10304 |
-rw-r--r-- |
|
pos_details
|
1784 |
-rw-r--r-- |
|
pos_summary
|
1663 |
-rw-r--r-- |
|
pre_details
|
1663 |
-rw-r--r-- |
|
pre_summary
|
1670 |
-rw-r--r-- |
