Mercurial > repos > devteam > samtools_phase
diff test-data/samtools_phase_out_3_log.txt @ 0:cba1944e3ed0 draft
Uploaded tool and dependency definition.
| author | devteam |
|---|---|
| date | Thu, 27 Mar 2014 15:26:17 -0400 |
| parents | |
| children | 8bfe0d1616d2 |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/samtools_phase_out_3_log.txt Thu Mar 27 15:26:17 2014 -0400 @@ -0,0 +1,65 @@ +CC +CC Descriptions: +CC +CC CC comments +CC PS start of a phase set +CC FL filtered region +CC M[012] markers; 0 for singletons, 1 for phased and 2 for filtered +CC EV supporting reads; SAM format +CC // end of a phase set +CC +CC Formats of PS, FL and M[012] lines (1-based coordinates): +CC +CC PS chr phaseSetStart phaseSetEnd +CC FL chr filterStart filterEnd +CC M? chr PS pos allele0 allele1 hetIndex #supports0 #errors0 #supp1 #err1 +CC +CC +PS chrI 1412 1542 +M1 chrI 1412 1412 T C 1 7 0 9 0 +M1 chrI 1412 1414 G A 2 7 0 9 0 +M1 chrI 1412 1421 G A 3 7 0 9 0 +M1 chrI 1412 1471 T C 4 5 0 6 0 +M1 chrI 1412 1542 C T 5 3 0 2 0 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1340 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1374 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1346 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1366 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1409 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1359 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1353 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1343 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1379 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1350 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1389 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1348 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1407 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1358 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1341 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1392 +EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1462 +EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1468 +EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1444 +EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1457 +EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1461 +// +PS chrI 3611 3731 +M1 chrI 3611 3611 T A 6 5 0 4 0 +M1 chrI 3611 3659 C T 7 9 0 6 0 +M1 chrI 3611 3731 T A 8 4 0 1 1 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3578 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3590 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3571 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3576 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3559 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3568 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3609 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3651 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3647 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:1 YO:i:1 YS:i:3657 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3637 +//