# HG changeset patch
# User devteam
# Date 1390832949 18000
# Node ID da1a6f33b50421b4cfd920f71b652978ced17a37

Imported from capsule None

diff -r 000000000000 -r da1a6f33b504 bedClass.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/bedClass.py	Mon Jan 27 09:29:09 2014 -0500
@@ -0,0 +1,80 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+
+class bed:
+  def __init__(self):
+    self.numberTargets = 0
+    self.referenceSequences = {}
+    self.referenceSequenceList = []
+
+  def openBed(self, filename):
+    if filename == "stdin": self.filehandle = sys.stdin
+    else:
+      try: self.filehandle = open(filename,"r")
+      except IOError:
+        print >> sys.stderr, "Failed to find file: ",filename
+        exit(1)
+
+# Get a bed record.
+  def getRecord(self):
+    self.record = self.filehandle.readline()
+    if not self.record: return False
+
+    self.numberTargets = self.numberTargets + 1
+    self.ref = ""
+    self.start = 0
+    self.end = 0
+
+# bed file should be 0-based, half-open, so the start coordinate
+# must be that in the bed file plus one.
+    entries = self.record.rstrip("\n").split("\t")
+    self.referenceSequence = entries[0]
+
+# Add the reference sequence to the dictionary.  If it didn't previously
+# exist append the reference sequence to the end of the list as well. 
+# This ensures that the order in which the reference sequences appeared
+# in the header can be preserved.
+    if self.referenceSequence not in self.referenceSequences:
+      self.referenceSequences[self.referenceSequence] = True
+      self.referenceSequenceList.append(self.referenceSequence)
+
+    try: self.start = int(entries[1]) + 1
+    except:
+      text = "start position need is not an integer"
+      self.generalError(text, "start", entries[1])
+
+    try: self.end = int(entries[2])
+    except:
+      text = "end position need is not an integer"
+      self.generalError(text, "end", entries[2])
+
+# Check that the record is a valid interval.
+    if self.end - self.start < 0:
+      print >> sys.stderr, "Invalid target interval:\n\t", self.record
+      exit(1)
+
+    return True
+
+# Parse through the bed file until the correct reference sequence is
+# encountered and the end position is greater than or equal to that requested.
+  def parseBed(self, referenceSequence, position):
+    success = True
+    if self.referenceSequence != referenceSequence:
+      while self.referenceSequence != referenceSequence and success: success = self.getRecord()
+
+    while self.referenceSequence == referenceSequence and self.end < position and success: success = self.getRecord()
+
+    return success
+
+# Close the bed file.
+  def closeBed(self, filename):
+    self.filehandle.close()
+
+# Define error messages for different handled errors.
+  def generalError(self, text, field, fieldValue):
+    print >> sys.stderr, "\nError encountered when attempting to read:"
+    if field != "": print >> sys.stderr, "\t", field, ":             ", fieldValue
+    print >> sys.stderr,  "\n", text
+    exit(1)
diff -r 000000000000 -r da1a6f33b504 filter.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/filter.py	Mon Jan 27 09:29:09 2014 -0500
@@ -0,0 +1,162 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+import optparse
+
+import vcfClass
+from vcfClass import *
+
+import tools
+from tools import *
+
+if __name__ == "__main__":
+  main()
+
+def filterFail(text, file):
+  print >> sys.stderr, text
+  if file != None: os.remove(file)
+  exit(1)
+
+def main():
+
+# Parse the command line options
+  usage = "Usage: vcfPytools.py filter [options]"
+  parser = optparse.OptionParser(usage = usage)
+  parser.add_option("-i", "--in",
+                    action="store", type="string",
+                    dest="vcfFile", help="input vcf file")
+  parser.add_option("-o", "--out",
+                    action="store", type="string",
+                    dest="output", help="output vcf file")
+  parser.add_option("-q", "--quality",
+                    action="store", type="int",
+                    dest="quality", help="filter out SNPs with qualities lower than selected value")
+  parser.add_option("-n", "--info",
+                    action="append", type="string", nargs=3,
+                    dest="infoFilters", help="filter based on entries in the info string")
+  parser.add_option("-r", "--remove-genotypes",
+                    action="store_true", default=False,
+                    dest="removeGeno", help="remove the genotype strings from the vcf file")
+  parser.add_option("-m", "--mark-as-pass",
+                    action="store_true", default=False,
+                    dest="markPass", help="Mark all records as having passed filters")
+
+  (options, args) = parser.parse_args()
+
+# Check that a single vcf file is given.
+  if options.vcfFile == None:
+    parser.print_help()
+    print >> sys.stderr, "\nInput vcf file (-i, --input) is required for vcf filtering."
+    exit(1)
+
+# The --mark-as-pass option can only be used if no actual filters
+# have been specified.
+  if options.markPass and options.infoFilters:
+    print >> sys.stderr, "--mark-as-pass cannot be used in conjunction with filters."
+    exit(1)
+
+# Set the output file to stdout if no output file was specified.
+  outputFile, writeOut = setOutput(options.output) # tools.py
+
+  v = vcf() # Define vcf object.
+
+# Open the vcf file.
+  v.openVcf(options.vcfFile)
+
+# Read in the header information.
+  v.parseHeader(options.vcfFile, writeOut)
+  taskDescriptor = "##vcfPytools="
+  if options.infoFilters:
+    taskDescriptor += "filtered using the following filters: "
+    for filter, value, logic in options.infoFilters: taskDescriptor += str(filter) + str(value) + ","
+    taskDescriptor = taskDescriptor.rstrip(",")
+  if options.markPass: taskDescriptor += "marked all records as PASS"
+    
+  writeHeader(outputFile, v, options.removeGeno, taskDescriptor)
+
+# Check that specified filters from the info field are either integers or floats.
+  if options.infoFilters:
+    v.processInfo = True # Process the info string
+    filters = {}
+    filterValues = {}
+    filterLogic = {}
+    for filter, value, logic in options.infoFilters:
+      filterName = str(filter) + str(value)
+      if "-" in filter or "-" in value or "-" in logic:
+        print >> sys.stderr, "\n--info (-n) requires three arguments, for example:"
+        print >> sys.stderr, "\t--info DP 5 lt: filter records with DP less than (lt) 5.\n"
+        print >> sys.stderr, "allowed logic arguments:\n\tgt: greater than\n\tlt: less than."
+        print >> sys.stderr, "\nError in:", filter
+        exit(1)
+      if logic != "gt" and logic != "lt":
+        print >> sys.stderr, "\nfilter logic not recognised."
+        print >> sys.stderr, "allowed logic arguments:\n\tgt: greater than\n\tlt: less than."
+        print >> sys.stderr, "\nError in:", filter
+        exit(1)
+      if v.infoHeaderTags.has_key(filter):
+        if v.infoHeaderTags[filter][1].lower() == "integer":
+          try:
+            filters[filterName] = filter
+            filterValues[filterName] = int(value)
+            filterLogic[filterName] = logic
+            #filterLogic[filterName] = logic
+          except ValueError:
+            text = "Filter " + filter + " requires an integer entry, not " + str(type(value))
+            filterFail(text, options.output)
+
+        if v.infoHeaderTags[filter][1].lower() == "float":
+          try:
+            filters[filterName] = filter
+            filterValues[filterName] = float(value)
+            filterLogic[filterName] = logic
+            #filters[filterName] = float(value)
+            #filterLogic[filterName] = logic
+          except ValueError:
+            text = "Filter " + filter + " requires an float entry, not " + str(type(value))
+            filterFail(text, options.output)
+
+      else:
+        text = "Filter " + filter + " has no explanation in the header.  Unknown type for the entry."
+        filterFail(text, options.output)
+
+# Parse the vcf file and check if any of the filters are failed.  If
+# so, build up a string of failed filters.
+  while v.getRecord():
+    filterString = ""
+
+# Mark the record as "PASS" if --mark-as-pass was applied.
+    if options.markPass: v.filters = "PASS"
+
+# Check for quality filtering.
+    if options.quality != None:
+      if v.quality < options.quality:
+        filterString = filterString + ";" + "Q" + str(options.quality) if filterString != "" else "Q" + str(options.quality)
+
+# Check for filtering on info string filters.
+    if options.infoFilters:
+      for filterName, filter in filters.iteritems():
+        value = filterValues[filterName]
+        logic = filterLogic[filterName]
+        if v.infoTags.has_key(filter):
+          if type(value) == int:
+            if logic == "lt" and int(v.infoTags[filter]) < value:
+              filterString = filterString + ";" + filter + str(value) if filterString != "" else filter + str(value)
+            if logic == "gt" and int(v.infoTags[filter]) > value:
+              filterString = filterString + ";" + filter + str(value) if filterString != "" else filter + str(value)
+          elif type(value) == float:
+            if logic == "lt" and float(v.infoTags[filter]) < value:
+              filterString = filterString + ";" + filter + str(value) if filterString != "" else filter + str(value)
+            if logic == "gt" and float(v.infoTags[filter]) > value:
+              filterString = filterString + ";" + filter + str(value) if filterString != "" else filter + str(value)
+
+    filterString = "PASS" if filterString == "" else filterString
+    v.filters = filterString
+    record = v.buildRecord(options.removeGeno)
+    outputFile.write(record)
+
+# Close the vcf files.
+  v.closeVcf(options.vcfFile)
+
+# Terminate the program.
+  return 0
diff -r 000000000000 -r da1a6f33b504 filter.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/filter.xml	Mon Jan 27 09:29:09 2014 -0500
@@ -0,0 +1,64 @@
+<tool id="vcf_filter" name="Filter" version="1.0.0">
+  <description>a VCF file</description>
+  <command interpreter="python">
+    vcfPytools.py
+      filter 
+      --in=$input1
+      --out=$output1
+      --quality=$quality
+      #for $i in $info_filter:
+        --info ${i.info}
+      #end for
+      $remove_genotypes
+      $mark_as_pass
+  </command>
+  <inputs>
+    <param name="input1" label="VCF file" type="data" format="vcf" />
+    <param name="quality" label="Filter by quality" type="integer" value='' help="Filter out SNPs with qualities lower than selected value" />
+    <repeat name="info_filter" title="Filter based on entries in the info string">
+      <param name="info" label="Filter" type="text" value='' help='This option takes three values: the info string tag, the cutoff value and whether to filter out those records with less than (lt) or greater than (gt) this value.  For example: DP 10 lt ' />
+    </repeat>
+    <param name="remove_genotypes" label="Remove the genotype strings" type="boolean" truevalue="--remove-genotypes" falsevalue="" checked="False" />
+    <param name="mark_as_pass" label="Mark all records as having passed filters" type="boolean" truevalue="--mark-as-pass" falsevalue="" checked="False" />
+  </inputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input1" value="test.small.vcf" ftype="vcf" />
+      <param name="quality" value="9" />
+      <param name="info" value="NS 360 gt"/>
+      <param name="remove_genotypes" value="" />
+      <param name="mark_as_pass" value="" />
+      <output name="output" file="test_filter_quality_9_NS_360_gt.vcf" lines_diff="6" ftype="vcf" />
+    </test>
+    <test>
+      <param name="input1" value="test.small.vcf" ftype="vcf" />
+      <param name="quality" value="9" />
+      <param name="info" value="DP 2000 lt"/>
+      <param name="remove_genotypes" value="" />
+      <param name="mark_as_pass" value="" />
+      <output name="output" file="test_filter_quality_9_DP_2000_lt.vcf" lines_diff="6" ftype="vcf" />
+    </test>
+  </tests>
+  <outputs>
+    <data format="vcf" name="output1" label="${tool.name} ${on_string}" />
+  </outputs>
+  <help>
+
+**What it does**
+
+This tool uses vcfPytools_' filter command
+
+.. _vcfPytools: https://github.com/AlistairNWard/vcfPytools
+
+Quality option will check the variant quality for each record and if it is below the defined value, the filter field will be populated with the filter entry Q[value].
+
+Any value in the info string can be used for filtering by using the 'Filter by info' option.  This option takes three values: the info string tag, the cutoff value and whether to filter out those records with less than (lt) or greater than (gt) this value.  For example:
+
+  DP 10 lt 
+
+would filter out all varianta with a depth (DP) less than 10 and the filter field would be populated with DP10.
+
+This option can be defined as many times as required.
+
+  </help>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r da1a6f33b504 test-data/test.small.vcf
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test.small.vcf	Mon Jan 27 09:29:09 2014 -0500
@@ -0,0 +1,1000 @@
+##fileformat=VCFv4.0
+##fileDate=20110215
+##source=freeBayes version 0.4.1
+##reference=/d2/data/references/build_37/human_reference_v37.fa
+##phasing=none
+##commandline="/share/software/freebayes/bin/freebayes --stdin --no-filters --min-alternate-count 2 --posterior-integration-depth 100 --pvar 0.01 --vcf /d1/data/1000G/20101123/filteringTests/AFR/mosaik/noFilters/Pipeline/none//freebayes/freebayes.20:0-1000000.baq.20110210.vcf --fasta-reference /d2/data/references/build_37/human_reference_v37.fa --region 20:0..1000000"
+##vcfPytools=merge freebayes.20:0-1000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:1000000-2000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:2000000-3000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:3000000-4000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:4000000-5000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:5000000-6000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:6000000-7000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:7000000-8000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:8000000-9000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:9000000-10000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:10000000-11000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:11000000-12000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:12000000-13000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:13000000-14000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:14000000-15000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:15000000-16000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:16000000-17000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:17000000-18000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:18000000-19000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:19000000-20000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:20000000-21000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:21000000-22000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:22000000-23000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:23000000-24000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:24000000-25000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:25000000-26000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:26000000-27000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:27000000-28000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:28000000-29000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:29000000-30000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:30000000-31000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:31000000-32000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:32000000-33000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:33000000-34000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:34000000-35000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:35000000-36000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:36000000-37000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:37000000-38000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:38000000-39000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:39000000-40000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:40000000-41000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:41000000-42000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:42000000-43000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:43000000-44000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:44000000-45000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:45000000-46000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:46000000-47000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:47000000-48000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:48000000-49000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:49000000-50000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:50000000-51000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:51000000-52000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:52000000-53000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:53000000-54000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:54000000-55000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:55000000-56000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:56000000-57000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:57000000-58000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:58000000-59000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:59000000-60000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:60000000-61000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:61000000-62000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:62000000-63000000.baq.20110210.vcf, freebayes.20:63000000-63025520.baq.20110210.vcf
+##vcfPytools=
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+##INFO=<ID=REPEAT,Number=1,Type=String,Description="Description of the local repeat structures flanking the current position">
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+##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
+##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
+##INFO=<ID=INS,Number=1,Type=Integer,Description="Length of insertion allele, if present">
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+##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: a number between 0 and 1 representing the ratio of forward strand sequence reads showing the alternate allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
+##INFO=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
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+20	70785	.	A	G	99.0	PASS	NS=368;DP=1990;AC=14;AN=736;AF=0.019022;RA=1938;AA=40;SR=1005|933;SA=20|20;SB=0.5;AB=0.51852;ABR=42;ABA=38;RUN=1;SNP;TS
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+20	70917	.	T	C	1.54	PASS	NS=369;DP=2193;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2182;AA=2;SR=1110|1072;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	70920	.	A	G	99.0	PASS	NS=368;DP=2172;AC=13;AN=736;AF=0.017663;RA=2121;AA=45;SR=1084|1037;SA=24|21;SB=0.53333;AB=0.38462;ABR=25;ABA=40;RUN=2;SNP;TS
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+20	72890	.	A	G	1.25	PASS	NS=366;DP=2018;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2006;AA=3;SR=910|1096;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	74347	.	G	A	99.0	PASS	NS=371;DP=2504;AC=76;AN=742;AF=0.10243;RA=2237;AA=253;SR=1152|1085;SA=127|126;SB=0.50198;AB=0.52459;ABR=224;ABA=203;RUN=1;SNP;TS
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+20	74545	.	T	A	1.96	PASS	NS=361;DP=2030;AC=3;AN=722;AF=0.0041551;RA=2012;AA=12;SR=933|1079;SA=4|8;SB=0.33333;AB=0.55;ABR=11;ABA=9;RUN=1;SNP;TV
+20	74595	.	G	C	0.696	PASS	NS=364;DP=2054;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2046;AA=4;SR=1037|1009;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	74617	.	A	G	4.15	PASS	NS=365;DP=2159;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2139;AA=6;SR=1030|1109;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	74651	.	T	G	55.6	PASS	NS=367;DP=2262;AC=3;AN=734;AF=0.0040872;RA=2241;AA=12;SR=985|1256;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.46154;ABR=6;ABA=7;RUN=1;SNP;TV
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+20	74776	.	T	C	0.0648	PASS	NS=357;DP=2083;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=2066;AA=5;SR=1096|970;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	74801	.	T	C	0.234	PASS	NS=361;DP=1925;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1921;AA=2;SR=960|961;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	75389	.	C	T	2.19	PASS	NS=361;DP=2144;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2136;AA=4;SR=1054|1082;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	75729	.	C	G	99.0	PASS	NS=368;DP=2200;AC=13;AN=736;AF=0.017663;RA=2156;AA=37;SR=1063|1093;SA=19|18;SB=0.51351;AB=0.50667;ABR=38;ABA=36;RUN=1;SNP;TV
+20	75790	.	G	T	0.37	PASS	NS=366;DP=2147;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2139;AA=5;SR=1124|1015;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=4;SNP;TV
+20	75813	.	G	T	45.2	PASS	NS=367;DP=2170;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2155;AA=11;SR=1100|1055;SA=3|8;SB=0.27273;AB=0.22222;ABR=2;ABA=7;RUN=2;SNP;TV
+20	75880	.	G	A	4.19	PASS	NS=369;DP=2153;AC=3;AN=738;AF=0.004065;RA=2139;AA=7;SR=1037|1102;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.5;ABR=5;ABA=5;RUN=3;SNP;TS
+20	75999	.	T	C	99.0	PASS	NS=371;DP=2394;AC=21;AN=742;AF=0.028302;RA=2315;AA=63;SR=1290|1025;SA=41|22;SB=0.65079;AB=0.50794;ABR=64;ABA=61;RUN=1;SNP;TS
+20	76282	.	G	A	2.2	PASS	NS=370;DP=2122;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2113;AA=2;SR=1137|976;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	76316	.	T	G	0.0522	PASS	NS=353;DP=2029;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2019;AA=6;SR=1099|920;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=2;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
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+20	76388	.	G	A	99.0	PASS	NS=371;DP=2615;AC=3;AN=742;AF=0.0040431;RA=2588;AA=14;SR=1183|1405;SA=7|7;SB=0.5;AB=0.54167;ABR=13;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	76477	.	G	T	0.0468	PASS	NS=369;DP=2510;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2495;AA=8;SR=1108|1387;SA=7|1;SB=0.875;AB=0.83333;ABR=5;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
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+20	76669	.	T	A	3.27	PASS	NS=370;DP=2325;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2319;AA=3;SR=1215|1104;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	76796	.	T	C	18.7	PASS	NS=368;DP=2408;AC=3;AN=736;AF=0.0040761;RA=2393;AA=9;SR=1269|1124;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.76667;ABR=23;ABA=7;RUN=1;SNP;TS
+20	76801	.	G	A	1.02	PASS	NS=364;DP=2385;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2372;AA=4;SR=1252|1120;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	76915	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2285;AC=3;AN=732;AF=0.0040984;RA=2256;AA=11;SR=1262|994;SA=8|3;SB=0.72727;AB=0.5;ABR=10;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
+20	76920	.	G	A	65.7	PASS	NS=367;DP=2288;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2276;AA=7;SR=1297|979;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.58824;ABR=10;ABA=7;RUN=2;SNP;TS
+20	76934	.	A	G	40.7	PASS	NS=368;DP=2253;AC=2;AN=736;AF=0.0027174;RA=2238;AA=6;SR=1276|962;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
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+20	78254	.	C	T	99.0	PASS	NS=345;DP=1534;AC=11;AN=690;AF=0.015942;RA=1494;AA=34;SR=751|743;SA=18|16;SB=0.52941;AB=0.58824;ABR=50;ABA=34;RUN=1;SNP;TS
+20	78255	.	C	A	0.0735	PASS	NS=347;DP=1551;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1538;AA=6;SR=774|764;SA=1|5;SB=0.16667;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	78455	.	G	A	99.0	PASS	NS=342;DP=1209;AC=3;AN=684;AF=0.004386;RA=1190;AA=12;SR=657|533;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.45;ABR=9;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	78515	.	G	A	15.5	PASS	NS=201;DP=435;AC=1;AN=402;AF=0.0024876;RA=429;AA=2;SR=37|392;SA=0|2;SB=0;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	78691	.	T	G	0.408	PASS	NS=164;DP=352;AC=1;AN=328;AF=0.0030488;RA=346;AA=3;SR=10|336;SA=0|3;SB=0;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	79234	.	T	C	99.0	PASS	NS=185;DP=299;AC=221;AN=370;AF=0.5973;RA=126;AA=171;SR=83|43;SA=113|58;SB=0.66082;AB=0.57447;ABR=27;ABA=20;RUN=1;SNP;TS
+20	79509	.	A	G	6.23	PASS	NS=341;DP=1250;AC=1;AN=682;AF=0.0014663;RA=1242;AA=3;SR=618|624;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	82729	.	G	C	7.54	PASS	NS=348;DP=1793;AC=1;AN=696;AF=0.0014368;RA=1782;AA=5;SR=948|834;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	83154	.	C	G	0.0482	PASS	NS=368;DP=2149;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2137;AA=6;SR=1070|1067;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
+20	83196	.	A	T	99.0	PASS	NS=368;DP=1931;AC=14;AN=736;AF=0.019022;RA=1884;AA=39;SR=936|948;SA=18|21;SB=0.46154;AB=0.47619;ABR=30;ABA=33;RUN=3;SNP;TV
+20	83231	.	G	A	2.47	PASS	NS=339;DP=1326;AC=1;AN=678;AF=0.0014749;RA=1312;AA=5;SR=685|627;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	87265	.	A	G	0.41	PASS	NS=335;DP=1686;AC=1;AN=670;AF=0.0014925;RA=1680;AA=3;SR=813|867;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	91778	.	T	A	2.05	PASS	NS=366;DP=2459;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2444;AA=7;SR=1123|1321;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
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+20	91920	.	C	A	1.42	PASS	NS=368;DP=2547;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2530;AA=6;SR=1225|1305;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	91937	.	T	A	15.2	PASS	NS=368;DP=2523;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2492;AA=7;SR=1179|1313;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	92774	.	T	C	0.403	PASS	NS=364;DP=2560;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2548;AA=3;SR=1242|1306;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	92816	.	T	C	0.817	PASS	NS=369;DP=2431;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2407;AA=12;SR=1073|1334;SA=2|10;SB=0.16667;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
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+20	92891	.	A	G	99.0	PASS	NS=353;DP=2023;AC=99;AN=706;AF=0.14023;RA=1744;AA=258;SR=877|867;SA=137|121;SB=0.53101;AB=0.47804;ABR=185;ABA=200;RUN=1;SNP;TS
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+20	93114	.	C	T	0.601	PASS	NS=356;DP=2138;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2132;AA=2;SR=970|1162;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	93169	.	C	T	99.0	PASS	NS=352;DP=2227;AC=25;AN=704;AF=0.035511;RA=2133;AA=88;SR=999|1134;SA=36|52;SB=0.40909;AB=0.44681;ABR=63;ABA=77;RUN=1;SNP;TS
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+20	93389	.	A	G	10.9	PASS	NS=361;DP=1775;AC=2;AN=722;AF=0.0027701;RA=1758;AA=5;SR=744|1014;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
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+20	95249	.	C	G	1.12	PASS	NS=363;DP=1934;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1923;AA=4;SR=955|968;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	95360	.	C	G	0.0671	PASS	NS=365;DP=2104;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2088;AA=3;SR=1177|911;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.86667;ABR=13;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	95601	.	A	G	10.6	PASS	NS=368;DP=2205;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2172;AA=14;SR=1077|1095;SA=2|12;SB=0.14286;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	95603	.	T	C	0.0469	PASS	NS=347;DP=1778;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1758;AA=5;SR=858|900;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
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+20	96670	.	C	T	2.72	PASS	NS=366;DP=1963;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=1953;AA=4;SR=1050|903;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	96695	.	C	T	13.0	PASS	NS=364;DP=1927;AC=2;AN=728;AF=0.0027473;RA=1894;AA=13;SR=1024|870;SA=12|1;SB=0.92308;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
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+20	99500	.	C	A	99.0	PASS	NS=366;DP=2130;AC=35;AN=732;AF=0.047814;RA=2048;AA=75;SR=792|1256;SA=26|49;SB=0.34667;AB=0.512;ABR=64;ABA=60;RUN=1;SNP;TV
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+20	99627	.	G	T	1.72	PASS	NS=369;DP=2210;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2203;AA=6;SR=1239|964;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	99632	.	T	C	2.53	PASS	NS=369;DP=2206;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2197;AA=3;SR=1231|966;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	99653	.	C	A	0.0845	PASS	NS=366;DP=2296;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2287;AA=5;SR=1195|1092;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=4;SNP;TV
+20	99667	.	C	T	99.0	PASS	NS=367;DP=2225;AC=5;AN=734;AF=0.006812;RA=2197;AA=21;SR=1101|1096;SA=9|12;SB=0.42857;AB=0.54545;ABR=24;ABA=20;RUN=1;SNP;TS
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+20	99734	.	C	T	0.0662	PASS	NS=366;DP=2113;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2101;AA=6;SR=956|1145;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	99801	.	G	A	99.0	PASS	NS=367;DP=1968;AC=88;AN=734;AF=0.11989;RA=1750;AA=214;SR=977|773;SA=103|111;SB=0.48131;AB=0.46021;ABR=133;ABA=154;RUN=1;SNP;TS
+20	99919	.	A	T	4.0	PASS	NS=359;DP=2099;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=2092;AA=2;SR=1038|1054;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	100030	.	G	T	2.4	PASS	NS=361;DP=1980;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1969;AA=9;SR=986|983;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	100133	.	T	C	2.2	PASS	NS=359;DP=2041;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=2033;AA=3;SR=936|1097;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100134	.	A	G	72.1	PASS	NS=360;DP=2052;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2042;AA=5;SR=942|1100;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	100172	.	G	C	16.2	PASS	NS=356;DP=2127;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2120;AA=2;SR=996|1124;SA=2|0;SB=1;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	100184	.	A	G	68.0	PASS	NS=360;DP=2141;AC=3;AN=720;AF=0.0041667;RA=2125;AA=12;SR=1021|1104;SA=4|8;SB=0.33333;AB=0.58824;ABR=10;ABA=7;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	100190	.	A	T	99.0	PASS	NS=360;DP=2144;AC=20;AN=720;AF=0.027778;RA=2093;AA=43;SR=1027|1066;SA=23|20;SB=0.53488;AB=0.56044;ABR=51;ABA=40;RUN=1;SNP;TV
+20	100272	.	C	T	99.0	PASS	NS=352;DP=1860;AC=85;AN=704;AF=0.12074;RA=1684;AA=174;SR=855|829;SA=90|84;SB=0.51724;AB=0.48826;ABR=104;ABA=109;RUN=6;SNP;TS
+20	100275	.	C	G	27.0	PASS	NS=354;DP=1879;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1870;AA=5;SR=954|916;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TV
+20	100277	.	A	G	0.355	PASS	NS=351;DP=1863;AC=1;AN=702;AF=0.0014245;RA=1857;AA=3;SR=938|919;SA=0|3;SB=0;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	100279	.	T	C	99.0	PASS	NS=349;DP=1846;AC=9;AN=698;AF=0.012894;RA=1829;AA=13;SR=926|903;SA=3|10;SB=0.23077;AB=0.52381;ABR=11;ABA=10;RUN=2;SNP;TS
+20	100308	.	A	G	5.47	PASS	NS=354;DP=1794;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1781;AA=3;SR=814|967;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	100339	.	C	A	99.0	PASS	NS=356;DP=1834;AC=18;AN=712;AF=0.025281;RA=1785;AA=45;SR=760|1025;SA=16|29;SB=0.35556;AB=0.50667;ABR=38;ABA=37;RUN=2;SNP;TV
+20	100495	.	G	A	99.0	PASS	NS=359;DP=2056;AC=85;AN=718;AF=0.11838;RA=1866;AA=181;SR=948|918;SA=93|88;SB=0.51381;AB=0.548;ABR=137;ABA=113;RUN=1;SNP;TS
+20	100505	.	T	C	99.0	PASS	NS=357;DP=2026;AC=83;AN=714;AF=0.11625;RA=1853;AA=167;SR=909|944;SA=83|84;SB=0.49701;AB=0.57025;ABR=138;ABA=104;RUN=1;SNP;TS
+20	100515	.	T	A	1.58	PASS	NS=357;DP=1978;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1971;AA=3;SR=933|1038;SA=0|3;SB=0;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=4;SNP;TV
+20	100537	.	C	A	8.5	PASS	NS=360;DP=1925;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1910;AA=6;SR=851|1059;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	100554	.	T	C	5.56	PASS	NS=361;DP=1910;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1902;AA=3;SR=827|1075;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100564	.	T	C	0.454	PASS	NS=359;DP=1868;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1865;AA=2;SR=825|1040;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	100569	.	A	G	0.0539	PASS	NS=353;DP=1836;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1825;AA=3;SR=832|993;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	100592	.	T	C	6.17	PASS	NS=350;DP=1763;AC=1;AN=700;AF=0.0014286;RA=1756;AA=3;SR=892|864;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	100645	.	C	T	99.0	PASS	NS=355;DP=1769;AC=2;AN=710;AF=0.0028169;RA=1753;AA=12;SR=929|824;SA=8|4;SB=0.66667;AB=0.42857;ABR=9;ABA=12;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	100678	.	C	T	99.0	PASS	NS=351;DP=1593;AC=77;AN=702;AF=0.10969;RA=1411;AA=177;SR=563|848;SA=177|0;SB=1;AB=0.69182;ABR=220;ABA=97;RUN=4;SNP;TS
+20	100699	.	C	T	99.0	PASS	NS=348;DP=1572;AC=178;AN=696;AF=0.25575;RA=1157;AA=387;SR=473|684;SA=178|209;SB=0.45995;AB=0.49265;ABR=201;ABA=204;RUN=2;SNP;TS
+20	100700	.	A	C	0.0548	PASS	NS=350;DP=1624;AC=1;AN=700;AF=0.0014286;RA=1609;AA=7;SR=721|888;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=4;SNP;TV
+20	100764	.	C	T	20.8	PASS	NS=353;DP=1810;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1805;AA=3;SR=774|1031;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=3;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	100767	.	T	G	99.0	PASS	NS=355;DP=1827;AC=8;AN=710;AF=0.011268;RA=1795;AA=25;SR=765|1030;SA=6|19;SB=0.24;AB=0.45714;ABR=16;ABA=19;RUN=1;SNP;TV
+20	100816	.	A	G	1.13	PASS	NS=346;DP=1873;AC=1;AN=692;AF=0.0014451;RA=1867;AA=2;SR=836|1031;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100854	.	T	A	93.6	PASS	NS=346;DP=1891;AC=1;AN=692;AF=0.0014451;RA=1877;AA=10;SR=914|963;SA=4|6;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=4;ABA=8;RUN=2;SNP;TV
+20	100862	.	C	A	6.72	PASS	NS=347;DP=1913;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1902;AA=4;SR=956|946;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	100881	.	T	C	0.499	PASS	NS=353;DP=1949;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1943;AA=2;SR=1035|908;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100904	.	T	C	4.63	PASS	NS=358;DP=1912;AC=1;AN=716;AF=0.0013966;RA=1906;AA=2;SR=1075|831;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	101020	.	T	C	1.07	PASS	NS=357;DP=1819;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1807;AA=4;SR=962|845;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	101235	.	T	G	39.9	PASS	NS=365;DP=2094;AC=3;AN=730;AF=0.0041096;RA=2082;AA=8;SR=1042|1040;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.41667;ABR=5;ABA=7;RUN=2;SNP;TV
+20	101355	.	T	C	99.0	PASS	NS=362;DP=2122;AC=25;AN=724;AF=0.03453;RA=2066;AA=51;SR=947|1119;SA=17|34;SB=0.33333;AB=0.58036;ABR=65;ABA=47;RUN=1;SNP;TS
+20	101362	.	G	A	99.0	PASS	NS=362;DP=2073;AC=86;AN=724;AF=0.11878;RA=1825;AA=242;SR=817|1008;SA=107|135;SB=0.44215;AB=0.54505;ABR=242;ABA=202;RUN=3;SNP;TS
+20	101437	.	C	T	99.0	PASS	NS=364;DP=1982;AC=21;AN=728;AF=0.028846;RA=1917;AA=58;SR=1001|916;SA=24|34;SB=0.41379;AB=0.46667;ABR=42;ABA=48;RUN=1;SNP;TS
+20	101449	.	A	G	99.0	PASS	NS=362;DP=1984;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1971;AA=10;SR=1065|906;SA=5|5;SB=0.5;AB=0;ABR=0;ABA=10;RUN=1;SNP;TS
+20	101513	.	T	C	99.0	PASS	NS=364;DP=2010;AC=3;AN=728;AF=0.0041209;RA=1985;AA=11;SR=952|1033;SA=4|7;SB=0.36364;AB=0.47059;ABR=8;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
+20	101515	.	G	A	25.8	PASS	NS=364;DP=1991;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1979;AA=5;SR=946|1033;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
+20	101521	.	A	T	3.47	PASS	NS=365;DP=1956;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1949;AA=3;SR=905|1044;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	101567	.	A	G	31.0	PASS	NS=359;DP=1818;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1808;AA=5;SR=875|933;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.375;ABR=3;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
+20	101590	.	C	A	0.0543	PASS	NS=355;DP=1773;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1756;AA=9;SR=848|908;SA=1|8;SB=0.11111;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	101905	.	G	C	99.0	PASS	NS=370;DP=2159;AC=13;AN=740;AF=0.017568;RA=2107;AA=46;SR=1075|1032;SA=30|16;SB=0.65217;AB=0.46988;ABR=39;ABA=44;RUN=1;SNP;TV
+20	101918	.	C	T	99.0	PASS	NS=368;DP=2159;AC=29;AN=736;AF=0.039402;RA=2069;AA=83;SR=1068|1001;SA=46|37;SB=0.55422;AB=0.59296;ABR=118;ABA=80;RUN=3;SNP;TS
+20	102181	.	T	C	99.0	PASS	NS=370;DP=2299;AC=310;AN=740;AF=0.41892;RA=1354;AA=940;SR=740|614;SA=508|432;SB=0.54043;AB=0.51446;ABR=427;ABA=401;RUN=2;SNP;TS
+20	102203	.	T	C	99.0	PASS	NS=369;DP=2327;AC=7;AN=738;AF=0.0094851;RA=2305;AA=15;SR=1223|1082;SA=11|4;SB=0.73333;AB=0.72727;ABR=24;ABA=9;RUN=2;SNP;TS
+20	102205	.	A	G	7.9	PASS	NS=368;DP=2331;AC=2;AN=736;AF=0.0027174;RA=2314;AA=5;SR=1222|1092;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
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+20	102312	.	A	G	39.1	PASS	NS=369;DP=2482;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2466;AA=6;SR=1292|1174;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.63636;ABR=7;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
+20	102387	.	C	A	0.0651	PASS	NS=372;DP=2764;AC=1;AN=744;AF=0.0013441;RA=2750;AA=8;SR=1316|1434;SA=3|5;SB=0.375;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	102441	.	T	C	99.0	PASS	NS=370;DP=2720;AC=18;AN=740;AF=0.024324;RA=2616;AA=92;SR=1328|1288;SA=36|56;SB=0.3913;AB=0.51075;ABR=95;ABA=91;RUN=1;SNP;TS
+20	102464	.	G	C	99.0	PASS	NS=368;DP=2753;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2720;AA=13;SR=1339|1381;SA=9|4;SB=0.69231;AB=0.56667;ABR=17;ABA=13;RUN=1;SNP;TV
+20	102485	.	A	G	0.539	PASS	NS=372;DP=2911;AC=1;AN=744;AF=0.0013441;RA=2902;AA=4;SR=1393|1509;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	102510	.	C	T	0.0965	PASS	NS=368;DP=2818;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2807;AA=3;SR=1294|1513;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	102511	.	G	A	0.0598	PASS	NS=369;DP=2815;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2803;AA=6;SR=1297|1506;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	102519	.	G	A	9.8	PASS	NS=369;DP=2741;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2734;AA=4;SR=1271|1463;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	102524	.	A	G	99.0	PASS	NS=370;DP=2710;AC=31;AN=740;AF=0.041892;RA=2605;AA=99;SR=1195|1410;SA=45|54;SB=0.45455;AB=0.54082;ABR=106;ABA=90;RUN=1;SNP;TS
+20	102631	.	G	A	2.6	PASS	NS=367;DP=2311;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2298;AA=4;SR=1160|1138;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	102760	.	A	G	0.319	PASS	NS=371;DP=2530;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2521;AA=5;SR=1100|1421;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	102799	.	G	A	99.0	PASS	NS=367;DP=2411;AC=188;AN=734;AF=0.25613;RA=1818;AA=585;SR=812|1006;SA=250|335;SB=0.42735;AB=0.49346;ABR=377;ABA=383;RUN=1;SNP;TS
+20	103002	.	G	A	59.3	PASS	NS=365;DP=2072;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2051;AA=6;SR=1068|983;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
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+20	103351	.	C	A	99.0	PASS	NS=362;DP=2013;AC=23;AN=724;AF=0.031768;RA=1954;AA=58;SR=1062|892;SA=37|21;SB=0.63793;AB=0.49438;ABR=44;ABA=45;RUN=4;SNP;TV
+20	103487	.	A	G	99.0	PASS	NS=367;DP=2018;AC=26;AN=734;AF=0.035422;RA=1949;AA=62;SR=873|1076;SA=26|36;SB=0.41935;AB=0.52577;ABR=51;ABA=46;RUN=1;SNP;TS
+20	103517	.	A	T	99.0	PASS	NS=362;DP=1991;AC=307;AN=724;AF=0.42403;RA=1246;AA=741;SR=604|642;SA=340|401;SB=0.45884;AB=0.49821;ABR=278;ABA=279;RUN=1;SNP;TV
+20	103565	.	A	G	31.2	PASS	NS=360;DP=2009;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2002;AA=5;SR=1066|936;SA=3|2;SB=0.6;AB=0;ABR=0;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	103642	.	C	G	99.0	PASS	NS=361;DP=1999;AC=90;AN=722;AF=0.12465;RA=1791;AA=200;SR=906|885;SA=106|94;SB=0.53;AB=0.50545;ABR=139;ABA=134;RUN=1;SNP;TV
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+20	103659	.	T	G	0.587	PASS	NS=355;DP=1968;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1961;AA=6;SR=994|967;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	103694	.	C	T	9.34	PASS	NS=360;DP=2012;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2005;AA=2;SR=1039|966;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103722	.	T	C	3.92	PASS	NS=365;DP=2168;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2161;AA=4;SR=1157|1004;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103762	.	G	A	5.05	PASS	NS=367;DP=2133;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2122;AA=2;SR=1144|978;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103813	.	G	A	99.0	PASS	NS=362;DP=1974;AC=23;AN=724;AF=0.031768;RA=1909;AA=59;SR=1009|900;SA=35|24;SB=0.59322;AB=0.58779;ABR=77;ABA=54;RUN=1;SNP;TS
+20	103826	.	T	C	1.89	PASS	NS=360;DP=1939;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1930;AA=2;SR=993|937;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	104114	.	G	C	99.0	PASS	NS=361;DP=2017;AC=4;AN=722;AF=0.0055402;RA=2002;AA=12;SR=921|1081;SA=3|9;SB=0.25;AB=0.5;ABR=11;ABA=11;RUN=1;SNP;TV
+20	104292	.	A	G	0.304	PASS	NS=360;DP=2180;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2177;AA=2;SR=1102|1075;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	104330	.	A	T	0.0694	PASS	NS=366;DP=2128;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2121;AA=3;SR=1033|1088;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	104367	.	T	G	0.273	PASS	NS=366;DP=2220;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2206;AA=8;SR=1142|1064;SA=5|3;SB=0.625;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	104402	.	T	G	0.435	PASS	NS=362;DP=2078;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2064;AA=10;SR=1163|901;SA=1|9;SB=0.1;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	104520	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2249;AC=90;AN=732;AF=0.12295;RA=1999;AA=247;SR=942|1057;SA=126|121;SB=0.51012;AB=0.52493;ABR=200;ABA=181;RUN=2;SNP;TS
+20	104532	.	C	T	9.69	PASS	NS=370;DP=2249;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2239;AA=3;SR=1069|1170;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	104534	.	T	C	99.0	PASS	NS=371;DP=2257;AC=27;AN=742;AF=0.036388;RA=2156;AA=93;SR=1027|1129;SA=49|44;SB=0.52688;AB=0.51852;ABR=84;ABA=78;RUN=1;SNP;TS
+20	104604	.	T	C	99.0	PASS	NS=364;DP=2148;AC=30;AN=728;AF=0.041209;RA=2078;AA=61;SR=1065|1013;SA=29|32;SB=0.47541;AB=0.52632;ABR=50;ABA=42;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	104716	.	C	A	0.52	PASS	NS=368;DP=2299;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2289;AA=7;SR=1070|1219;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
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+20	105407	.	T	C	6.06	PASS	NS=347;DP=1867;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1860;AA=2;SR=843|1017;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	105450	.	A	G	1.12	PASS	NS=353;DP=1846;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1842;AA=2;SR=803|1039;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	105540	.	A	G	2.1	PASS	NS=348;DP=1862;AC=1;AN=696;AF=0.0014368;RA=1855;AA=4;SR=957|898;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	106063	.	T	C	0.044	PASS	NS=362;DP=2061;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2041;AA=5;SR=905|1136;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	106098	.	A	G	99.0	PASS	NS=362;DP=1933;AC=14;AN=724;AF=0.019337;RA=1875;AA=55;SR=915|960;SA=20|35;SB=0.36364;AB=0.43023;ABR=37;ABA=49;RUN=1;SNP;TS
+20	106169	.	A	C	5.1	PASS	NS=363;DP=1990;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1985;AA=4;SR=1081|904;SA=4|0;SB=1;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	106204	.	A	G	14.8	PASS	NS=367;DP=1984;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=1967;AA=6;SR=965|1002;SA=1|5;SB=0.16667;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
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+20	106411	.	C	A	99.0	PASS	NS=353;DP=1798;AC=6;AN=706;AF=0.0084986;RA=1782;AA=15;SR=908|874;SA=8|7;SB=0.53333;AB=0.5;ABR=13;ABA=13;RUN=3;SNP;TV
+20	106550	.	T	C	0.176	PASS	NS=348;DP=1664;AC=1;AN=696;AF=0.0014368;RA=1657;AA=3;SR=738|919;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	106604	.	T	C	0.162	PASS	NS=359;DP=1894;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1887;AA=3;SR=817|1070;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
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+20	106613	.	A	G	99.0	PASS	NS=363;DP=1933;AC=17;AN=726;AF=0.023416;RA=1878;AA=52;SR=795|1083;SA=23|29;SB=0.44231;AB=0.45833;ABR=44;ABA=52;RUN=1;SNP;TS
+20	106635	.	G	A	99.0	PASS	NS=364;DP=1892;AC=261;AN=728;AF=0.35852;RA=1263;AA=626;SR=506|757;SA=246|380;SB=0.39297;AB=0.48309;ABR=300;ABA=321;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	107071	.	G	A	0.0548	PASS	NS=297;DP=963;AC=1;AN=594;AF=0.0016835;RA=954;AA=4;SR=622|332;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	107118	.	C	T	0.0477	PASS	NS=310;DP=1008;AC=3;AN=620;AF=0.0048387;RA=1002;AA=3;SR=698|304;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0;ABR=0;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
+20	107120	.	T	G	11.1	PASS	NS=306;DP=986;AC=1;AN=612;AF=0.001634;RA=974;AA=7;SR=677|297;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	107152	.	A	G	38.9	PASS	NS=307;DP=943;AC=5;AN=614;AF=0.0081433;RA=930;AA=9;SR=548|382;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=3;ABA=1;RUN=3;SNP;TS;CpG
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+20	107201	.	G	A	99.0	PASS	NS=317;DP=936;AC=24;AN=634;AF=0.037855;RA=883;AA=51;SR=486|397;SA=36|15;SB=0.70588;AB=0.40278;ABR=29;ABA=43;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	107273	.	C	A	0.855	PASS	NS=298;DP=985;AC=1;AN=596;AF=0.0016779;RA=978;AA=3;SR=689|289;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	107457	.	T	C	99.0	PASS	NS=350;DP=1623;AC=91;AN=700;AF=0.13;RA=1430;AA=185;SR=730|700;SA=101|84;SB=0.54595;AB=0.52964;ABR=134;ABA=117;RUN=1;SNP;TS
+20	107563	.	T	G	1.01	PASS	NS=353;DP=1642;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1604;AA=29;SR=596|1008;SA=25|4;SB=0.86207;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	107613	.	T	G	99.0	PASS	NS=350;DP=1383;AC=68;AN=700;AF=0.097143;RA=1287;AA=95;SR=532|755;SA=36|59;SB=0.37895;AB=0.58621;ABR=68;ABA=48;RUN=1;SNP;TV
+20	107682	.	T	C	1.66	PASS	NS=328;DP=1188;AC=1;AN=656;AF=0.0015244;RA=1174;AA=7;SR=513|661;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	107739	.	C	T	19.1	PASS	NS=309;DP=939;AC=1;AN=618;AF=0.0016181;RA=931;AA=4;SR=333|598;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	107955	.	C	T	0.385	PASS	NS=353;DP=1950;AC=2;AN=706;AF=0.0028329;RA=1935;AA=7;SR=1127|808;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.76923;ABR=10;ABA=3;RUN=2;SNP;TS
+20	107972	.	T	C	8.26	PASS	NS=356;DP=1989;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=1981;AA=3;SR=1113|868;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	108135	.	G	A	0.105	PASS	NS=359;DP=1667;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1654;AA=4;SR=1019|635;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	108711	.	A	C	99.0	PASS	NS=227;DP=741;AC=10;AN=454;AF=0.022026;RA=723;AA=15;SR=265|458;SA=7|8;SB=0.46667;AB=0.51724;ABR=15;ABA=14;RUN=1;SNP;TV
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+20	108889	.	G	C	99.0	PASS	NS=353;DP=1305;AC=22;AN=706;AF=0.031161;RA=1259;AA=38;SR=644|615;SA=22|16;SB=0.57895;AB=0.5;ABR=21;ABA=21;RUN=2;SNP;TV
+20	108949	.	T	G	99.0	PASS	NS=329;DP=1082;AC=61;AN=658;AF=0.092705;RA=988;AA=92;SR=653|335;SA=70|22;SB=0.76087;AB=0.53;ABR=53;ABA=47;RUN=1;SNP;TV
+20	108958	.	A	C	99.0	PASS	NS=324;DP=1013;AC=125;AN=648;AF=0.1929;RA=809;AA=201;SR=551|258;SA=141|60;SB=0.70149;AB=0.5503;ABR=93;ABA=75;RUN=2;SNP;TV
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+20	109213	.	A	C	37.3	PASS	NS=366;DP=1810;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=1803;AA=4;SR=998|805;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.2;ABR=1;ABA=4;RUN=1;SNP;TV
+20	109258	.	T	C	3.83	PASS	NS=370;DP=2046;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2039;AA=3;SR=1134|905;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	109272	.	C	G	99.0	PASS	NS=367;DP=2020;AC=90;AN=734;AF=0.12262;RA=1774;AA=241;SR=983|791;SA=127|114;SB=0.52697;AB=0.50142;ABR=177;ABA=175;RUN=2;SNP;TV
+20	109273	.	T	A	7.99	PASS	NS=367;DP=2018;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2012;AA=2;SR=1110|902;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	109288	.	G	C	99.0	PASS	NS=364;DP=1921;AC=90;AN=728;AF=0.12363;RA=1686;AA=221;SR=898|788;SA=120|101;SB=0.54299;AB=0.51133;ABR=158;ABA=148;RUN=1;SNP;TV
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+20	109575	.	A	G	0.588	PASS	NS=364;DP=2020;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2008;AA=4;SR=931|1077;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	109582	.	T	G	23.2	PASS	NS=362;DP=1967;AC=3;AN=724;AF=0.0041436;RA=1957;AA=6;SR=907|1050;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.58333;ABR=7;ABA=5;RUN=1;SNP;TV
+20	109707	.	G	A	0.971	PASS	NS=323;DP=1467;AC=1;AN=646;AF=0.001548;RA=1455;AA=3;SR=669|786;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	109736	.	T	C	0.074	PASS	NS=342;DP=1489;AC=1;AN=684;AF=0.001462;RA=1478;AA=5;SR=680|798;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	109783	.	T	C	99.0	PASS	NS=342;DP=1544;AC=26;AN=684;AF=0.038012;RA=1472;AA=66;SR=641|831;SA=28|38;SB=0.42424;AB=0.46364;ABR=51;ABA=57;RUN=2;SNP;TS
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+20	110970	.	G	A	99.0	PASS	NS=88;DP=160;AC=37;AN=176;AF=0.21023;RA=125;AA=32;SR=6|119;SA=0|32;SB=0;AB=0.54545;ABR=12;ABA=9;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	110976	.	G	A	67.8	PASS	NS=80;DP=137;AC=6;AN=160;AF=0.0375;RA=127;AA=8;SR=4|123;SA=0|8;SB=0;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	111531	.	G	A	0.0614	PASS	NS=6;DP=8;AC=4;AN=12;AF=0.33333;RA=3;AA=4;SR=0|3;SA=0|4;SB=0;AB=0;ABR=0;ABA=0;RUN=7;SNP;TS
+20	116405	.	G	A	49.6	PASS	NS=55;DP=69;AC=26;AN=110;AF=0.23636;RA=52;AA=16;SR=49|3;SA=16|0;SB=1;AB=0;ABR=0;ABA=0;RUN=2;SNP;TS
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+20	120553	.	G	A	99.0	PASS	NS=363;DP=2295;AC=38;AN=726;AF=0.052342;RA=2196;AA=93;SR=1087|1109;SA=46|47;SB=0.49462;AB=0.5509;ABR=92;ABA=75;RUN=1;SNP;TS
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+20	120761	.	A	G	4.72	PASS	NS=360;DP=2025;AC=2;AN=720;AF=0.0027778;RA=2013;AA=7;SR=1011|1002;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.72727;ABR=8;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	120863	.	T	C	7.31	PASS	NS=356;DP=2117;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2108;AA=2;SR=1114|994;SA=1|1;SB=0.5;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	120911	.	T	C	4.66	PASS	NS=364;DP=2171;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2152;AA=3;SR=1110|1042;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	121288	.	G	A	43.3	PASS	NS=364;DP=2030;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2021;AA=5;SR=756|1265;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.625;ABR=5;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	121310	.	A	C	99.0	PASS	NS=358;DP=1910;AC=195;AN=716;AF=0.27235;RA=1431;AA=477;SR=602|829;SA=212|265;SB=0.44444;AB=0.52581;ABR=326;ABA=294;RUN=1;SNP;TV
+20	121478	.	C	A	99.0	PASS	NS=332;DP=1073;AC=248;AN=664;AF=0.37349;RA=685;AA=338;SR=373|312;SA=200|138;SB=0.59172;AB=0.49371;ABR=157;ABA=143;RUN=1;SNP;TV
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+20	121682	.	C	A	2.49	PASS	NS=361;DP=1952;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1941;AA=6;SR=1070|871;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	121727	.	T	C	0.137	PASS	NS=365;DP=2073;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2064;AA=4;SR=1229|835;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	121787	.	A	G	5.77	PASS	NS=368;DP=1959;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=1946;AA=6;SR=952|994;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	121824	.	C	T	99.0	PASS	NS=366;DP=1902;AC=299;AN=732;AF=0.40847;RA=1098;AA=764;SR=470|628;SA=353|411;SB=0.46204;AB=0.48175;ABR=330;ABA=346;RUN=1;SNP;TS
+20	121975	.	C	T	0.0658	PASS	NS=368;DP=2209;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2200;AA=2;SR=1147|1053;SA=2|0;SB=1;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	122511	.	T	C	99.0	PASS	NS=363;DP=2032;AC=20;AN=726;AF=0.027548;RA=1967;AA=59;SR=932|1035;SA=27|32;SB=0.45763;AB=0.39706;ABR=27;ABA=41;RUN=2;SNP;TS
+20	122548	.	C	T	99.0	PASS	NS=356;DP=1990;AC=37;AN=712;AF=0.051966;RA=1899;AA=86;SR=950|949;SA=49|37;SB=0.56977;AB=0.51471;ABR=70;ABA=66;RUN=6;SNP;TS
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+20	122995	.	C	G	0.222	PASS	NS=368;DP=2170;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2158;AA=3;SR=1124|1034;SA=3|0;SB=1;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	123037	.	T	C	99.0	PASS	NS=367;DP=2305;AC=4;AN=734;AF=0.0054496;RA=2285;AA=13;SR=1267|1018;SA=10|3;SB=0.76923;AB=0.63333;ABR=19;ABA=11;RUN=2;SNP;TS
+20	123073	.	C	T	0.404	PASS	NS=371;DP=2357;AC=2;AN=742;AF=0.0026954;RA=2341;AA=7;SR=1293|1048;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	123251	.	T	C	71.0	PASS	NS=363;DP=2413;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2393;AA=10;SR=1226|1167;SA=7|3;SB=0.7;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	123318	.	T	C	99.0	PASS	NS=367;DP=2371;AC=24;AN=734;AF=0.032698;RA=2289;AA=73;SR=1174|1115;SA=41|32;SB=0.56164;AB=0.5;ABR=56;ABA=56;RUN=1;SNP;TS
+20	123404	.	T	A	6.08	PASS	NS=365;DP=2328;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2304;AA=6;SR=1114|1190;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	123499	.	C	T	99.0	PASS	NS=367;DP=2330;AC=5;AN=734;AF=0.006812;RA=2298;AA=18;SR=1062|1236;SA=6|12;SB=0.33333;AB=0.38462;ABR=10;ABA=16;RUN=2;SNP;TS
+20	123500	.	A	G	0.191	PASS	NS=367;DP=2342;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2317;AA=13;SR=1062|1255;SA=3|10;SB=0.23077;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=3;SNP;TS;CpG
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+##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
+##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
+##INFO=<ID=MNP,Number=0,Type=Integer,Description="Length of MNP allele, if present">
+##INFO=<ID=SNP,Number=0,Type=Flag,Description="SNP allele">
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+##INFO=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
+##FORMAT=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
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+20	62100	.	T	C	82.3	PASS	NS=363;DP=2082;AC=3;AN=726;AF=0.0041322;RA=2069;AA=8;SR=1052|1017;SA=2|6;SB=0.25;AB=0.5;ABR=7;ABA=7;RUN=1;SNP;TS
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+20	64568	.	A	C	1.98	Q9;DP2000	NS=355;DP=1856;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1842;AA=7;SR=1124|718;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	68657	.	C	A	3.85	Q9	NS=370;DP=2602;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2585;AA=9;SR=1214|1371;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	68660	.	C	A	99.0	PASS	NS=370;DP=2608;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2591;AA=14;SR=1221|1370;SA=8|6;SB=0.57143;AB=0.44;ABR=11;ABA=14;RUN=2;SNP;TV
+20	68664	.	A	C	0.0666	Q9	NS=370;DP=2602;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2571;AA=12;SR=1212|1359;SA=6|6;SB=0.5;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
+20	68667	.	T	G	99.0	PASS	NS=370;DP=2607;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2584;AA=15;SR=1201|1383;SA=5|10;SB=0.33333;AB=0.41176;ABR=7;ABA=10;RUN=2;SNP;TV
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+20	68799	.	T	C	1.55	Q9	NS=367;DP=2269;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2213;AA=15;SR=1064|1149;SA=14|1;SB=0.93333;AB=0.66667;ABR=8;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	68815	.	C	T	0.275	Q9	NS=367;DP=2245;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2226;AA=3;SR=1051|1175;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	69668	.	T	C	40.6	PASS	NS=365;DP=2114;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2104;AA=6;SR=1026|1078;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
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+20	71037	.	T	C	0.223	Q9	NS=369;DP=2289;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2279;AA=4;SR=1353|926;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	72287	.	A	G	0.0526	Q9	NS=369;DP=2216;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2210;AA=2;SR=1016|1194;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	72331	.	T	A	0.125	Q9	NS=367;DP=2265;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2246;AA=7;SR=1089|1157;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	72406	.	C	T	0.0949	Q9	NS=366;DP=2205;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2191;AA=2;SR=1075|1116;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	72570	.	C	A	2.37	Q9;DP2000	NS=365;DP=1829;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1810;AA=13;SR=969|841;SA=6|7;SB=0.46154;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	72604	.	A	G	2.22	Q9	NS=363;DP=2084;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2079;AA=3;SR=1043|1036;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	72665	.	G	A	99.0	PASS	NS=365;DP=2216;AC=3;AN=730;AF=0.0041096;RA=2198;AA=11;SR=1006|1192;SA=3|8;SB=0.27273;AB=0.5;ABR=10;ABA=10;RUN=2;SNP;TS
+20	72719	.	C	T	99.0	PASS	NS=360;DP=2045;AC=12;AN=720;AF=0.016667;RA=2005;AA=33;SR=968|1037;SA=19|14;SB=0.57576;AB=0.52174;ABR=36;ABA=32;RUN=3;SNP;TS
+20	72747	.	T	A	0.163	Q9	NS=368;DP=2073;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2062;AA=4;SR=1092|970;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	72771	.	A	T	1.48	Q9	NS=371;DP=2071;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2062;AA=3;SR=1149|913;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	72772	.	A	G	0.311	Q9	NS=371;DP=2065;AC=2;AN=742;AF=0.0026954;RA=2051;AA=5;SR=1145|906;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	72815	.	T	C	25.8	PASS	NS=367;DP=2079;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2062;AA=8;SR=1133|929;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	72820	.	C	A	3.07	Q9	NS=366;DP=2061;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2048;AA=5;SR=1097|951;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	72882	.	T	C	4.28	Q9	NS=369;DP=2031;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2013;AA=5;SR=914|1099;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	72887	.	A	G	2.42	Q9	NS=367;DP=2020;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2004;AA=6;SR=906|1098;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	72890	.	A	G	1.25	Q9	NS=366;DP=2018;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2006;AA=3;SR=910|1096;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	72892	.	G	A	99.0	PASS	NS=365;DP=2011;AC=36;AN=730;AF=0.049315;RA=1913;AA=88;SR=863|1050;SA=43|45;SB=0.48864;AB=0.56647;ABR=98;ABA=73;RUN=5;SNP;TS
+20	72894	.	T	C	77.5	PASS	NS=365;DP=2035;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2010;AA=11;SR=921|1089;SA=4|7;SB=0.36364;AB=0.14286;ABR=1;ABA=6;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	73014	.	C	G	12.4	PASS	NS=368;DP=2017;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=1989;AA=3;SR=858|1131;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	73136	.	T	A	5.76	Q9;DP2000	NS=282;DP=784;AC=3;AN=564;AF=0.0053191;RA=758;AA=7;SR=402|356;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	73268	.	G	T	0.0695	Q9;DP2000	NS=346;DP=1716;AC=1;AN=692;AF=0.0014451;RA=1710;AA=4;SR=1061|649;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	73369	.	C	T	5.68	Q9;DP2000	NS=365;DP=1955;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1943;AA=6;SR=800|1143;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.7;ABR=7;ABA=3;RUN=4;SNP;TS
+20	73416	.	C	T	0.0527	Q9;DP2000	NS=362;DP=1908;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1894;AA=3;SR=937|957;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	73431	.	C	G	1.76	Q9;DP2000	NS=363;DP=1863;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1856;AA=3;SR=950|906;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	73719	.	C	A	99.0	DP2000	NS=277;DP=997;AC=18;AN=554;AF=0.032491;RA=964;AA=30;SR=443|521;SA=18|12;SB=0.6;AB=0.40909;ABR=9;ABA=13;RUN=1;SNP;TV
+20	73767	.	A	G	3.17	Q9;DP2000	NS=284;DP=893;AC=1;AN=568;AF=0.0017606;RA=883;AA=3;SR=402|481;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	73858	.	C	T	96.7	DP2000	NS=341;DP=1497;AC=9;AN=682;AF=0.013196;RA=1483;AA=13;SR=916|567;SA=8|5;SB=0.61538;AB=0.64516;ABR=20;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
+20	73888	.	G	A	0.0568	Q9;DP2000	NS=351;DP=1692;AC=1;AN=702;AF=0.0014245;RA=1679;AA=4;SR=945|734;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	73957	.	G	A	13.1	PASS	NS=368;DP=2167;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2158;AA=3;SR=1176|982;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	74009	.	C	T	3.44	Q9	NS=369;DP=2230;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2224;AA=2;SR=1283|941;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	74053	.	A	T	6.52	Q9	NS=366;DP=2231;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2219;AA=4;SR=1326|893;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	74073	.	T	A	0.0672	Q9	NS=365;DP=2246;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2237;AA=2;SR=1302|935;SA=2|0;SB=1;AB=0.4;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	74142	.	A	G	0.849	Q9	NS=370;DP=2293;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2273;AA=7;SR=1239|1034;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	74347	.	G	A	99.0	PASS	NS=371;DP=2504;AC=76;AN=742;AF=0.10243;RA=2237;AA=253;SR=1152|1085;SA=127|126;SB=0.50198;AB=0.52459;ABR=224;ABA=203;RUN=1;SNP;TS
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+20	74801	.	T	C	0.234	Q9;DP2000	NS=361;DP=1925;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1921;AA=2;SR=960|961;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	74885	.	C	A	0.412	Q9;DP2000	NS=342;DP=1549;AC=1;AN=684;AF=0.001462;RA=1540;AA=4;SR=692|848;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=5;SNP;TV
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+20	75790	.	G	T	0.37	Q9	NS=366;DP=2147;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2139;AA=5;SR=1124|1015;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=4;SNP;TV
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+20	75880	.	G	A	4.19	Q9	NS=369;DP=2153;AC=3;AN=738;AF=0.004065;RA=2139;AA=7;SR=1037|1102;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.5;ABR=5;ABA=5;RUN=3;SNP;TS
+20	75999	.	T	C	99.0	PASS	NS=371;DP=2394;AC=21;AN=742;AF=0.028302;RA=2315;AA=63;SR=1290|1025;SA=41|22;SB=0.65079;AB=0.50794;ABR=64;ABA=61;RUN=1;SNP;TS
+20	76282	.	G	A	2.2	Q9	NS=370;DP=2122;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2113;AA=2;SR=1137|976;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	76316	.	T	G	0.0522	Q9	NS=353;DP=2029;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2019;AA=6;SR=1099|920;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=2;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
+20	76317	.	A	T	0.0577	Q9	NS=353;DP=2039;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2028;AA=4;SR=1106|922;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
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+20	76407	.	C	T	0.047	Q9	NS=369;DP=2638;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2620;AA=7;SR=1141|1479;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=3;SNP;TS
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+20	76519	.	T	C	55.2	PASS	NS=367;DP=2405;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2395;AA=6;SR=1135|1260;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.44444;ABR=4;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
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+20	76631	.	T	A	0.135	Q9	NS=362;DP=2146;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2138;AA=4;SR=1088|1050;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	76668	.	T	C	0.299	Q9	NS=370;DP=2308;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2288;AA=7;SR=1196|1092;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	76669	.	T	A	3.27	Q9	NS=370;DP=2325;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2319;AA=3;SR=1215|1104;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	76689	.	T	C	14.1	PASS	NS=369;DP=2386;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2371;AA=7;SR=1247|1124;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	76796	.	T	C	18.7	PASS	NS=368;DP=2408;AC=3;AN=736;AF=0.0040761;RA=2393;AA=9;SR=1269|1124;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.76667;ABR=23;ABA=7;RUN=1;SNP;TS
+20	76801	.	G	A	1.02	Q9	NS=364;DP=2385;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2372;AA=4;SR=1252|1120;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	76915	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2285;AC=3;AN=732;AF=0.0040984;RA=2256;AA=11;SR=1262|994;SA=8|3;SB=0.72727;AB=0.5;ABR=10;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
+20	76920	.	G	A	65.7	PASS	NS=367;DP=2288;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2276;AA=7;SR=1297|979;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.58824;ABR=10;ABA=7;RUN=2;SNP;TS
+20	76934	.	A	G	40.7	PASS	NS=368;DP=2253;AC=2;AN=736;AF=0.0027174;RA=2238;AA=6;SR=1276|962;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	76962	.	T	C	99.0	PASS	NS=369;DP=2127;AC=599;AN=738;AF=0.81165;RA=436;AA=1670;SR=226|210;SA=898|772;SB=0.53772;AB=0.51024;ABR=299;ABA=281;RUN=2;SNP;TS;CpG
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+20	77025	.	A	G	99.0	PASS	NS=370;DP=2398;AC=4;AN=740;AF=0.0054054;RA=2351;AA=24;SR=1035|1316;SA=5|19;SB=0.20833;AB=0.57143;ABR=24;ABA=18;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	77115	.	A	G	0.997	Q9	NS=371;DP=2355;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2344;AA=4;SR=1291|1053;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	77225	.	T	C	0.928	Q9	NS=366;DP=2199;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2192;AA=3;SR=986|1206;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	77264	.	C	T	0.0587	Q9	NS=369;DP=2275;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2261;AA=5;SR=1054|1207;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.8;ABR=4;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
+20	77327	.	G	T	24.8	PASS	NS=367;DP=2294;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2282;AA=10;SR=1172|1110;SA=6|4;SB=0.6;AB=0.6875;ABR=11;ABA=5;RUN=2;SNP;TV
+20	77393	.	G	A	32.7	PASS	NS=367;DP=2297;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2277;AA=11;SR=1261|1016;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=3;SNP;TS;CpG
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+20	77871	.	C	T	28.8	PASS	NS=368;DP=2215;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2200;AA=11;SR=831|1369;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.75;ABR=9;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	80856	.	C	G	0.0837	Q9	NS=363;DP=2218;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2206;AA=4;SR=931|1275;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	80865	.	A	C	0.0761	Q9	NS=363;DP=2195;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2187;AA=5;SR=937|1250;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	80887	.	G	A	58.7	PASS	NS=361;DP=2159;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2148;AA=6;SR=901|1247;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.55556;ABR=5;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
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+20	92816	.	T	C	0.817	Q9	NS=369;DP=2431;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2407;AA=12;SR=1073|1334;SA=2|10;SB=0.16667;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
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+##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
+##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
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+##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: a number between 0 and 1 representing the ratio of forward strand sequence reads showing the alternate allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
+##INFO=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
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+20	117749	.	C	G	8.36	Q9	NS=360;DP=1983;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1974;AA=4;SR=956|1018;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	124412	.	C	T	99.0	PASS	NS=357;DP=2005;AC=307;AN=714;AF=0.42997;RA=1207;AA=795;SR=602|605;SA=400|395;SB=0.50314;AB=0.51286;ABR=379;ABA=360;RUN=1;SNP;TS
+20	124511	.	T	A	0.647	Q9;NS360	NS=365;DP=2141;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2133;AA=4;SR=1077|1056;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	124607	.	A	G	2.28	Q9	NS=357;DP=1872;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1865;AA=2;SR=930|935;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	124737	.	A	C	99.0	NS360	NS=367;DP=2024;AC=4;AN=734;AF=0.0054496;RA=2003;AA=16;SR=1046|957;SA=11|5;SB=0.6875;AB=0.26316;ABR=5;ABA=14;RUN=1;SNP;TV
+20	124827	.	T	C	1.7	Q9;NS360	NS=367;DP=2059;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2048;AA=4;SR=987|1061;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	124848	.	A	G	36.5	NS360	NS=364;DP=2077;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2060;AA=6;SR=966|1094;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	124878	.	G	A	0.22	Q9;NS360	NS=361;DP=2060;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2049;AA=4;SR=974|1075;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	124920	.	A	G	76.0	NS360	NS=361;DP=1956;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1949;AA=6;SR=984|965;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.14286;ABR=1;ABA=6;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	124942	.	A	T	1.44	Q9;NS360	NS=362;DP=2015;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2007;AA=4;SR=1107|900;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	124998	.	T	C	99.0	NS360	NS=366;DP=2204;AC=29;AN=732;AF=0.039617;RA=2131;AA=66;SR=1132|999;SA=36|30;SB=0.54545;AB=0.54902;ABR=56;ABA=46;RUN=1;SNP;TS
+20	125096	.	C	G	4.18	Q9;NS360	NS=363;DP=2095;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2082;AA=2;SR=1071|1011;SA=2|0;SB=1;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	125109	.	A	T	0.0858	Q9;NS360	NS=365;DP=2091;AC=2;AN=730;AF=0.0027397;RA=2080;AA=7;SR=1103|977;SA=7|0;SB=1;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=8;SNP;TV
+20	125121	.	C	T	99.0	NS360	NS=364;DP=2075;AC=208;AN=728;AF=0.28571;RA=1472;AA=599;SR=826|646;SA=335|264;SB=0.55927;AB=0.49868;ABR=377;ABA=378;RUN=1;SNP;TS
+20	125179	.	C	A	99.0	NS360	NS=368;DP=2155;AC=7;AN=736;AF=0.0095109;RA=2127;AA=26;SR=1123|1004;SA=16|10;SB=0.61538;AB=0.36842;ABR=14;ABA=24;RUN=2;SNP;TV
+20	125266	.	T	A	3.47	Q9;NS360	NS=364;DP=2138;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2123;AA=5;SR=907|1216;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	125381	.	A	G	4.69	Q9;NS360	NS=362;DP=2102;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2094;AA=3;SR=919|1175;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	125450	.	G	A	0.364	Q9	NS=359;DP=1881;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1868;AA=5;SR=862|1006;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	125470	.	A	G	0.602	Q9	NS=360;DP=1870;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1855;AA=5;SR=909|946;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
diff -r 000000000000 -r da1a6f33b504 tools.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools.py	Mon Jan 27 09:29:09 2014 -0500
@@ -0,0 +1,188 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+import vcfPytools
+from vcfPytools import __version__
+
+# Determine whether to output to a file or stdout.
+def setOutput(output):
+  if output == None:
+    outputFile = sys.stdout
+    writeOut = False
+  else:
+    output = os.path.abspath(output)
+    outputFile = open(output, 'w')
+    writeOut = True
+
+  return outputFile, writeOut
+
+# Determine which file has priority for writing out records.
+def setVcfPriority(priorityFile, vcfFiles):
+  if priorityFile == None: priority = 0
+  elif priorityFile == vcfFiles[0]: priority = 1
+  elif priorityFile == vcfFiles[1]: priority = 2
+  elif priorityFile.lower() == "merge": priority = 3
+  else:
+    print >> sys.stderr, "vcf file give priority must be one of the two input vcf files or merge."
+    exit(1)
+
+  return priority
+
+# If the union or intersection of two vcf files is being performed
+# and the output vcf file is to contain the information from both
+# files, the headers need to be merged to ensure that all info and
+# format entries have an explanation.
+def mergeHeaders(v1, v2, v3):
+
+# If either file does not have a header, terminate the program.
+# In order to merge the headers, the different fields must be
+# checked to ensure the files are compatible.
+  if not v1.hasHeader or not v2.hasHeader:
+    print >> sys.stderr, "Both vcf files must have a header in order to merge data sets."
+    exit(1)
+
+  v3.infoHeaderTags = v1.infoHeaderTags.copy()
+  v3.formatHeaderTags = v1.formatHeaderTags.copy()
+  v3.numberDataSets = v1.numberDataSets
+  v3.includedDataSets = v1.includedDataSets.copy()
+  v3.headerText = v1.headerText
+  v3.headerTitles = v1.headerTitles
+  v3.infoHeaderString = v1.infoHeaderString.copy()
+  v3.formatHeaderString = v1.formatHeaderString.copy()
+
+# Merge the info field descriptions.
+  for tag in v2.infoHeaderTags:
+    if v1.infoHeaderTags.has_key(tag):
+      if v1.infoHeaderTags[tag][0] != v2.infoHeaderTags[tag][0] or \
+         v1.infoHeaderTags[tag][1] != v2.infoHeaderTags[tag][1]:
+        print v1.infoHeaderTags[tag][0]
+        print v1.infoHeaderTags[tag][1]
+        print v1.infoHeaderTags[tag][2]
+        print >> sys.stderr, "Input vcf files have different definitions for " + tag + " field."
+        exit(1)
+    else: v3.infoHeaderTags[tag] = v2.infoHeaderTags[tag]
+
+# Merge the format field descriptions.
+  for tag in v2.formatHeaderTags:
+    if v1.formatHeaderTags.has_key(tag):
+      if v1.formatHeaderTags[tag][0] != v2.formatHeaderTags[tag][0] or \
+         v1.formatHeaderTags[tag][1] != v2.formatHeaderTags[tag][1]:
+        print >> sys.stderr, "Input vcf files have different definitions for " + tag + " field."
+        exit(1)
+    else: v3.formatHeaderTags[tag] = v2.formatHeaderTags[tag]
+
+# Now check to see if the vcf files contain information from multiple
+# records themselves and create an ordered list in which the data
+# will appear in the file.  For instance, of the first file has
+# already got two sets of data and is being intersected with a file
+# with one set of data, the order of data in the new vcf file will be
+# the two sets from the first file followed by the second, e.g.
+# AB=3/2/4, where the 3 and 2 are from the first file and the 4 is the
+# value of AC from the second vcf.  The header will have a ##FILE for
+# each of the three files, so the origin if the data can be recovered.
+  if v1.numberDataSets == 0:
+    v3.includedDataSets[v3.numberDataSets + 1] = v1.filename
+    v3.numberDataSets += 1
+  if v2.numberDataSets == 0:
+    v3.includedDataSets[v3.numberDataSets + 1] = v2.filename
+    v3.numberDataSets += 1
+  else:
+    for i in range(1, v2.numberDataSets + 1):
+      v3.includedDataSets[v3.numberDataSets + 1] = v2.includedDataSets[i]
+      v3.numberDataSets += 1
+
+# If either of the input files contain multiple data sets (e.g. multiple
+# vcf files have undergone intersection or union calculations and all
+# information has been retained) and the priority isn't set to 'merge',
+# terminate the program.  This is to ensure that the origin of the data
+# doesn't get confused.
+def checkDataSets(v1, v2):
+  if v1.numberDataSets + v2.numberDataSets != 0:
+    print >> sys.stderr, "\nERROR:"
+    print >> sys.stderr, "input vcf file(s) contain data sets from multiple vcf files."
+    print >> sys.stderr, "Further intersection or union operations must include --priority-file merge"
+    print >> sys.stderr, "Other tools may be incompatible with this format."
+    exit(1)
+
+# Write the header to file.
+def writeHeader (outputFile, v, removeGenotypes, taskDescriptor):
+  if not v.hasHeader: 
+    v.headerText = "##fileformat=VCFv4.0\n##source=vcfPytools " + __version__ + "\n"
+    v.headerTitles = "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\n"
+  outputFile.write(v.headerText) if v.headerText != "" else None
+  print >> outputFile, taskDescriptor
+  for tag in v.infoHeaderString: print >> outputFile, v.infoHeaderString[tag]
+  for tag in v.formatHeaderString: print >> outputFile, v.formatHeaderString[tag]
+
+# Write out a list of files indicating which data set belongs to which file.
+  if v.numberDataSets != 0:
+    for i in range(1, v.numberDataSets + 1):
+      print >> outputFile, "##FILE=<ID=" + str(i) + ",\"" + v.includedDataSets[i] + "\">"
+
+  if removeGenotypes:
+    line = v.headerTitles.rstrip("\n").split("\t")
+    newHeaderTitles = line[0]
+    for i in range(1,8):
+      newHeaderTitles = newHeaderTitles + "\t" + line[i]
+    newHeaderTitles = newHeaderTitles + "\n"
+    outputFile.write( newHeaderTitles )
+  else:
+    outputFile.write( v.headerTitles )
+
+# Check that the two reference sequence lists are identical.
+# If there are a different number or order, the results may
+# not be as expected.
+def checkReferenceSequenceLists(list1, list2):
+  errorMessage = False
+  if len(list1) != len(list2):
+    print >> sys.stderr, "WARNING: Input files contain a different number of reference sequences."
+    errorMessage = True
+  elif list1 != list2:
+    print >> sys.stderr, "WARNING: Input files contain different or differently ordered reference sequences."
+    errorMessage = True
+  if errorMessage:
+    print >> sys.stderr, "Results may not be as expected."
+    print >> sys.stderr, "Ensure that input files have the same reference sequences in the same order."
+    print >> sys.stderr, "Reference sequence lists observed were:\n\t", list1, "\n\t", list2
+
+# Write out a vcf record to file.  The record written depends on the
+# value of 'priority' and could therefore be the record from either
+# of the vcf files, or a combination of them.
+
+def writeVcfRecord(priority, v1, v2, outputFile):
+  if priority == 0:
+    if v1.quality >= v2.quality: outputFile.write(v1.record)
+    else: outputFile.write(v2.record)
+  elif priority == 1: outputFile.write(v1.record)
+  elif priority == 2: outputFile.write(v2.record)
+  elif priority == 3:
+
+# Define the missing entry values (depends on the number of data sets
+# in the file).
+    info = ""
+    missingEntry1 = missingEntry2 = "."
+    for i in range(1, v1.numberDataSets): missingEntry1 += "/."
+    for i in range(1, v2.numberDataSets): missingEntry2 += "/."
+    secondList = v2.infoTags.copy()
+
+# Build up the info field.
+    for tag in v1.infoTags:
+      if secondList.has_key(tag):
+        if v1.infoHeaderTags[tag][1].lower() != "flag": info += tag + "=" + v1.infoTags[tag] + "/" + v2.infoTags[tag] + ";"
+        del secondList[tag]
+      else: 
+        if v1.infoHeaderTags[tag][1].lower() != "flag": info += tag + "=" + v1.infoTags[tag] + "/" + missingEntry2 + ";"
+
+# Now include the info tags that are not populated in the first vcf file.
+    for tag in secondList:
+      if v2.infoHeaderTags[tag][1].lower() != "flag": info += tag + "=" + missingEntry1 + "/" + v2.infoTags[tag] + ";"
+
+# Build the complete record.
+    info = info.rstrip(";")
+    record = v1.referenceSequence + "\t" + str(v1.position) + "\t" + v1.rsid + "\t" + v1.ref + "\t" + \
+             v1.alt + "/" + v2.alt + "\t" + v1.quality + "/" + v2.quality + "\t.\t" + info
+    print >> outputFile, record
+  else:
+    print >> sys.sterr, "Unknown file priority."
+    exit(1)
diff -r 000000000000 -r da1a6f33b504 vcfClass.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/vcfClass.py	Mon Jan 27 09:29:09 2014 -0500
@@ -0,0 +1,440 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+import re
+
+class vcf:
+  def __init__(self):
+
+# Header info.
+    self.filename = ""
+    self.hasHeader = True
+    self.headerText = ""
+    self.headerTitles = ""
+    self.vcfFormat = ""
+    #self.headerInfoText = ""
+    #self.headerFormatText = ""
+
+# Store the info and format tags as well as the lines that describe
+# them in a dictionary.
+    self.numberDataSets = 0
+    self.includedDataSets = {}
+    self.infoHeaderTags = {}
+    self.infoHeaderString = {}
+    self.formatHeaderTags = {}
+    self.formatHeaderString = {}
+
+# Genotype information.
+    self.genotypes = False
+    self.infoField = {}
+
+# Reference sequence information.
+    self.referenceSequences = {}
+    self.referenceSequenceList = []
+    self.referenceSequence = ""
+
+# Record information.
+    self.position = -1
+    self.samplesList = []
+
+# Determine which fields to process.
+    self.processInfo = False
+    self.processGenotypes = False
+    self.dbsnpVcf = False
+    self.hapmapVcf = False
+
+# Open a vcf file.
+  def openVcf(self, filename):
+    if filename == "stdin":
+      self.filehandle = sys.stdin
+      self.filename = "stdin"
+    else:
+      try: self.filehandle = open(filename,"r")
+      except IOError:
+        print >> sys.stderr, "Failed to find file: ",filename
+        exit(1)
+      self.filename = os.path.abspath(filename)
+
+# Parse the vcf header.
+  def parseHeader(self, filename, writeOut):
+    while self.getHeaderLine(filename, writeOut):
+      continue
+
+# Determine the type of information in the header line.
+  def getHeaderLine(self, filename, writeOut):
+    self.headerLine = self.filehandle.readline().rstrip("\n")
+    if self.headerLine.startswith("##fileformat"): success = self.getvcfFormat()
+    if self.headerLine.startswith("##INFO"): success = self.headerInfo(writeOut, "info")
+    elif self.headerLine.startswith("##FORMAT"): success = self.headerInfo(writeOut, "format")
+    elif self.headerLine.startswith("##FILE"): success = self.headerFiles(writeOut)
+    elif self.headerLine.startswith("##"): success = self.headerAdditional()
+    elif self.headerLine.startswith("#"): success = self.headerTitleString(filename, writeOut)
+    else: success = self.noHeader(filename, writeOut)
+
+    return success
+
+# Read VCF format
+  def getvcfFormat(self):
+      try:
+          self.vcfFormat = self.headerLine.split("=",1)[1]
+          self.vcfFormat = float( self.vcfFormat.split("VCFv",1)[1] )## Extract the version number rather than the whole string
+      except IndexError:
+          print >> sys.stderr, "\nError parsing the fileformat"
+          print >> sys.stderr, "The following fileformat header is wrongly formatted: ", self.headerLine
+          exit(1)
+      return True
+
+
+# Read information on an info field from the header line.
+  def headerInfo(self, writeOut, lineType):
+    tag = self.headerLine.split("=",1)
+    tagID = (tag[1].split("ID=",1))[1].split(",",1)
+
+# Check if this info field has already been defined.
+    if (lineType == "info" and self.infoHeaderTags.has_key(tagID[0])) or (lineType == "format" and self.formatHeaderTags.has_key(tagID[0])):
+      print >> sys.stderr, "Info tag \"", tagID[0], "\" is defined multiple times in the header."
+      exit(1)
+
+# Determine the number of entries, entry type and description.
+    tagNumber = (tagID[1].split("Number=",1))[1].split(",",1)
+    tagType = (tagNumber[1].split("Type=",1))[1].split(",",1)
+    try: tagDescription = ( ( (tagType[1].split("Description=\"",1))[1] ).split("\">") )[0]
+    except IndexError: tagDescription = ""
+    tagID = tagID[0]; tagNumber = tagNumber[0]; tagType = tagType[0]
+
+# Check that the number of fields associated with the tag is either
+# an integer or a '.' to indicate variable number of entries.
+    if tagNumber == ".": tagNumber = "variable"
+    else:
+      if self.vcfFormat<4.1:
+
+        try:
+            tagNumber = int(tagNumber)
+
+        except ValueError:
+            print >> sys.stderr, "\nError parsing header.  Problem with info tag:", tagID
+            print >> sys.stderr, "Number of fields associated with this tag is not an integer or '.'"
+            exit(1)
+
+    if lineType == "info":
+      self.infoHeaderTags[tagID] = tagNumber, tagType, tagDescription
+      self.infoHeaderString[tagID] = self.headerLine
+    if lineType == "format":
+      self.formatHeaderTags[tagID] = tagNumber, tagType, tagDescription
+      self.formatHeaderString[tagID] = self.headerLine
+
+    return True
+
+# Check to see if the records contain information from multiple different
+# sources.  If vcfPytools has been used to find the intersection or union
+# of two vcf files, the records may have been merged to keep all the
+# information available.  If this is the case, there will be a ##FILE line
+# for each set of information in the file.  The order of these files needs
+# to be maintained.
+  def headerFiles(self, writeOut):
+    fileID = (self.headerLine.split("ID=",1))[1].split(",",1)
+    filename = fileID[1].split("\"",2)[1]
+    try: fileID = int(fileID[0])
+    except ValueError:
+      print >> sys.stderr, "File ID in ##FILE entry must be an integer."
+      print >> sys.stderr, self.headerLine
+      exit(1)
+    if self.includedDataSets.has_key(fileID):
+      print >> sys.stderr, "\nERROR: file " + self.filename
+      print >> sys.stderr, "Multiple files in the ##FILE list have identical ID values."
+      exit(1)
+    self.includedDataSets[fileID] = filename
+
+# Set the number of files with information in this vcf file.
+    if fileID > self.numberDataSets: self.numberDataSets = fileID
+
+    return True
+
+# Read additional information contained in the header.
+  def headerAdditional(self):
+    self.headerText += self.headerLine + "\n"
+
+    return True
+
+# Read in the column titles to check that all standard fields
+# are present and read in all the samples.
+  def headerTitleString(self, filename, writeOut):
+    self.headerTitles = self.headerLine + "\n"
+
+# Strip the end of line character from the last infoFields entry.
+    infoFields = self.headerLine.split("\t")
+    if len(infoFields) > 8:
+#      if len(infoFields) - 9 == 1 and writeOut: print >> sys.stdout, len(infoFields) - 9, " sample present in vcf file: ", filename
+#      elif writeOut: print >> sys.stdout, len(infoFields) - 9, " samples present in vcf file: ", filename
+      self.samplesList = infoFields[9:]
+      self.genotypes = True
+    elif len(infoFields) == 8:
+      if writeOut: print >> sys.stdout, "No samples present in the header.  No genotype information available."
+    else:
+      print self.headerLine, len(infoFields)
+      print >> sys.stderr, "Not all vcf standard fields are available."
+      exit(1)
+
+    return False
+
+# If there is no header in the vcf file, close and reopen the
+# file so that the first line is avaiable for parsing as a
+# vcf record.
+  def noHeader(self, filename, writeOut):
+    if writeOut: print >> sys.stdout, "No header lines present in", filename
+    self.hasHeader = False
+    self.closeVcf(filename)
+    self.openVcf(filename)
+
+    return False
+
+# Check that info fields exist.
+  def checkInfoFields(self, tag):
+    if self.infoHeaderTags.has_key(tag) == False:
+      print >> sys.stderr, "Info tag \"", tag, "\" does not exist in the header."
+      exit(1)
+
+# Get the next line of information from the vcf file.
+  def getRecord(self):
+    self.record = self.filehandle.readline()
+    if not self.record: return False
+
+# Set up and execute a regular expression match.
+    recordRe = re.compile(r"^(\S+)\t(\d+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)(\n|\t.+)$")
+    #recordRe = re.compile(r"^(\S+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)(\n|\s+.+)$")
+    recordMatch = recordRe.match(self.record)
+    if recordMatch == None:
+      print >> sys.stderr, "Unable to resolve vcf record.\n"
+      print >> sys.stderr, self.record
+      exit(1)
+
+    self.referenceSequence = recordMatch.group(1)
+    try: self.position = int(recordMatch.group(2))
+    except ValueError:
+      text = "variant position is not an integer"
+      self.generalError(text, "", None)
+    self.rsid       = recordMatch.group(3)
+    self.ref        = recordMatch.group(4)
+    self.alt        = recordMatch.group(5)
+    self.quality    = recordMatch.group(6)
+    self.filters    = recordMatch.group(7)
+    self.info       = recordMatch.group(8)
+    self.genotypeString = recordMatch.group(9)
+    self.infoTags   = {}
+
+# Check that the quality is an integer or a float.  If not, set the quality
+# to zero.
+    try: self.quality = float(self.quality)
+    except ValueError: self.quality = float(0.)
+
+# If recordMatch.group(9) is not the end of line character, there is
+# genotype information with this record.
+    if self.genotypeString != "\n": self.hasGenotypes = True
+    else: self.hasGenotypes = False
+
+# Add the reference sequence to the dictionary.  If it didn't previously
+# exist append the reference sequence to the end of the list as well.
+# This ensures that the order in which the reference sequences appeared
+# in the header can be preserved.
+    if self.referenceSequence not in self.referenceSequences:
+      self.referenceSequences[self.referenceSequence] = True
+      self.referenceSequenceList.append(self.referenceSequence)
+
+# Check for multiple alternate alleles.
+    self.alternateAlleles = self.alt.split(",")
+    self.numberAlternateAlleles = len(self.alternateAlleles)
+
+# If required, process the info and genotypes.
+    if self.processInfo: self.processInfoFields()
+    if self.processGenotypes and self.hasGenotypes: self.processGenotypeFields()
+
+    return True
+
+# Process the info string.
+  def processInfoFields(self):
+
+# First break the info string into its constituent elements.
+    infoEntries = self.info.split(";")
+
+# As long as some info fields exist, place them into a dictionary.
+    for entry in infoEntries:
+      infoEntry = entry.split("=")
+
+# If the entry is a flag, there will be no equals and the length of
+# infoEntry will be 1.  In this case, set the dictionary entry to the
+# whole entry.  If the vcf file has undergone a union or intersection
+# operation and contains the information from multiple files, this may
+# be a '/' seperate list of flags and so cannot be set to a Boolean value
+# yet.
+      if len(infoEntry) == 1: self.infoTags[infoEntry[0]] = infoEntry[0]
+      elif len(infoEntry) > 1: self.infoTags[infoEntry[0]] = infoEntry[1]
+
+# Process the genotype formats and values.
+  def processGenotypeFields(self):
+    genotypeEntries = self.genotypeString.split("\t")
+    self.genotypeFormatString = genotypeEntries[1]
+    self.genotypes = list(genotypeEntries[2:])
+    self.genotypeFormats = {}
+    self.genotypeFields = {}
+    self.genotypeFormats = self.genotypeFormatString.split(":")
+
+# Check that the number of genotype fields is equal to the number of samples
+    if len(self.samplesList) != len(self.genotypes):
+      text = "The number of genotypes is different to the number of samples"
+      self.generalError(text, "", "")
+
+# Add the genotype information to a dictionary.
+    for i in range( len(self.samplesList) ):
+      genotypeInfo = self.genotypes[i].split(":")
+      self.genotypeFields[ self.samplesList[i] ] = {}
+
+# Check that there are as many fields as in the format field.  If not, this must
+# be because the information is not known.  In this case, it is permitted that
+# the genotype information is either . or ./.
+      if genotypeInfo[0] == "./." or genotypeInfo[0] == "." and len(self.genotypeFormats) != len(genotypeInfo):
+        self.genotypeFields[ self.samplesList[i] ] = "."
+      else:
+        if len(self.genotypeFormats) != len(genotypeInfo):
+          text = "The number of genotype fields is different to the number specified in the format string"
+          self.generalError(text, "sample", self.samplesList[i])
+
+        for j in range( len(self.genotypeFormats) ): self.genotypeFields[ self.samplesList[i] ][ self.genotypeFormats[j] ] = genotypeInfo[j]
+
+# Parse through the vcf file until the correct reference sequence is
+# encountered and the position is greater than or equal to that requested.
+  def parseVcf(self, referenceSequence, position, writeOut, outputFile):
+    success = True
+    if self.referenceSequence != referenceSequence:
+      while self.referenceSequence != referenceSequence and success:
+        if writeOut: outputFile.write(self.record)
+        success = self.getRecord()
+
+    while self.referenceSequence == referenceSequence and self.position < position and success:
+      if writeOut: outputFile.write(self.record)
+      success = self.getRecord()
+
+    return success
+
+# Get the information for a specific info tag.  Also check that it contains
+# the correct number and type of entries.
+  def getInfo(self, tag):
+    result = []
+
+# Check if the tag exists in the header information.  If so,
+# determine the number and type of entries asscoiated with this
+# tag.
+    if self.infoHeaderTags.has_key(tag):
+      infoNumber = self.infoHeaderTags[tag][0]
+      infoType = self.infoHeaderTags[tag][1]
+      numberValues = infoNumber
+
+# First check that the tag exists in the information string.  Then split
+# the entry on commas.  For flag entries, do not perform the split.
+      if self.infoTags.has_key(tag):
+        if numberValues == 0 and infoType == "Flag": result = True
+        elif numberValues != 0 and infoType == "Flag":
+          print >> sys.stderr, "ERROR"
+          exit(1)
+        else:
+          fields = self.infoTags[tag].split(",")
+          if len(fields) != numberValues:
+            text = "Unexpected number of entries"
+            self.generalError(text, "information tag", tag)
+
+          for i in range(infoNumber):
+            try: result.append(fields[i])
+            except IndexError:
+              text = "Insufficient values. Expected: " + self.infoHeaderTags[tag][0]
+              self.generalError(text, "tag:", tag)
+      else: numberValues = 0
+
+    else:
+      text = "information field does not have a definition in the header"
+      self.generalError(text, "tag", tag)
+
+    return numberValues, infoType, result
+
+# Get the genotype information.
+  def getGenotypeInfo(self, sample, tag):
+    result = []
+    if self.formatHeaderTags.has_key(tag):
+      infoNumber = self.formatHeaderTags[tag][0]
+      infoType = self.formatHeaderTags[tag][1]
+      numberValues = infoNumber
+
+      if self.genotypeFields[sample] == "." and len(self.genotypeFields[sample]) == 1:
+        numberValues = 0
+        result = "."
+      else:
+        if self.genotypeFields[sample].has_key(tag):
+          if tag == "GT":
+            if len(self.genotypeFields[sample][tag]) != 3 and len(self.genotypeFields[sample][tag]) != 1:
+              text = "Unexected number of characters in genotype (GT) field"
+              self.generalError(text, "sample", sample)
+
+# If a diploid call, check whether or not the genotype is phased.
+            elif len(self.genotypeFields[sample][tag]) == 3:
+              self.phased = True if self.genotypeFields[sample][tag][1] == "|" else False
+              result.append( self.genotypeFields[sample][tag][0] )
+              result.append( self.genotypeFields[sample][tag][2] )
+            elif len(self.genotypeFields[sample][tag]) == 3:
+              result.append( self.genotypeFields[sample][tag][0] )
+          else:
+            fields = self.genotypeFields[sample][tag].split(",")
+            if len(fields) != numberValues:
+              text = "Unexpected number of characters in " + tag + " field"
+              self.generalError(text, "sample", sample)
+
+            for i in range(infoNumber): result.append(fields[i])
+    else:
+      text = "genotype field does not have a definition in the header"
+      self.generalError(text, "tag", tag)
+
+    return numberValues, result
+
+# Parse the dbsnp entry.  If the entry conforms to the required variant type,
+# return the dbsnp rsid value, otherwise ".".
+  def getDbsnpInfo(self):
+
+# First check that the variant class (VC) is listed as SNP.
+    vc = self.info.split("VC=",1)
+    if vc[1].find(";") != -1: snp = vc[1].split(";",1)
+    else:
+      snp = []
+      snp.append(vc[1])
+
+    if snp[0].lower() == "snp": rsid = self.rsid
+    else: rsid = "."
+
+    return rsid
+
+# Build a new vcf record.
+  def buildRecord(self, removeGenotypes):
+    record = self.referenceSequence + "\t" + \
+                str(self.position) + "\t" + \
+                self.rsid + "\t" + \
+                self.ref + "\t" + \
+                self.alt + "\t" + \
+                str(self.quality) + "\t" + \
+                self.filters + "\t" + \
+                self.info
+
+    if self.hasGenotypes and not removeGenotypes: record += self.genotypeString
+
+    record += "\n"
+
+    return record
+
+# Close the vcf file.
+  def closeVcf(self, filename):
+    self.filehandle.close()
+
+# Define error messages for different handled errors.
+  def generalError(self, text, field, fieldValue):
+    print >> sys.stderr, "\nError encountered when attempting to read:"
+    print >> sys.stderr, "\treference sequence :\t", self.referenceSequence
+    print >> sys.stderr, "\tposition :\t\t", self.position
+    if field != "": print >> sys.stderr, "\t", field, ":\t", fieldValue
+    print >> sys.stderr,  "\n", text
+    exit(1)
diff -r 000000000000 -r da1a6f33b504 vcfPytools.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/vcfPytools.py	Mon Jan 27 09:29:09 2014 -0500
@@ -0,0 +1,82 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+
+__author__ = "alistair ward"
+__version__ = "version 0.26"
+__date__ = "february 2011"
+
+def main():
+  usage = "Usage: vcfPytools.py [tool] [options]\n\n" + \
+          "Available tools:\n" + \
+          "  annotate:\n\tAnnotate the vcf file with membership in other vcf files.\n" + \
+          "  extract:\n\tExtract vcf records from a region.\n" + \
+          "  filter:\n\tFilter the vcf file.\n" + \
+          "  intersect:\n\tGenerate the intersection of two vcf files.\n" + \
+          "  merge:\n\tMerge a list of vcf files.\n" + \
+          "  multi:\n\tFind the intersections and unique fractions of multiple vcf files.\n" + \
+          "  sort:\n\tSort a vcf file.\n" + \
+          "  stats:\n\tGenerate statistics from a vcf file.\n" + \
+          "  union:\n\tGenerate the union of two vcf files.\n" + \
+          "  unique:\n\tGenerate the unique fraction from two vcf files.\n" + \
+          "  validate:\n\tValidate the input vcf file.\n\n" + \
+          "vcfPytools.py [tool] --help for information on a specific tool."
+
+# Determine the requested tool.
+
+  if len(sys.argv) > 1:
+    tool = sys.argv[1]
+  else:
+    print >> sys.stderr, usage
+    exit(1)
+
+  if tool == "annotate":
+    import annotate
+    success = annotate.main()
+  elif tool == "extract":
+    import extract
+    success = extract.main()
+  elif tool == "filter":
+    import filter
+    success = filter.main()
+  elif tool == "intersect":
+    import intersect
+    success = intersect.main()
+  elif tool == "multi":
+    import multi
+    success = multi.main()
+  elif tool == "merge":
+    import merge
+    success = merge.main()
+  elif tool == "sort":
+    import sort
+    success = sort.main()
+  elif tool == "stats":
+    import stats
+    success = stats.main()
+  elif tool == "union":
+    import union
+    success = union.main()
+  elif tool == "unique":
+    import unique
+    success = unique.main()
+  elif tool == "test":
+    import test
+    success = test.main()
+  elif tool == "validate":
+    import validate
+    success = validate.main()
+  elif tool == "--help" or tool == "-h" or tool == "?":
+    print >> sys.stderr, usage
+  else:
+    print >> sys.stderr, "Unknown tool: ",tool
+    print >> sys.stderr, "\n", usage
+    exit(1)
+
+# If program completed properly, terminate.
+
+  if success == 0: exit(0)
+
+if __name__ == "__main__":
+  main()