# HG changeset patch # User drosofff # Date 1434911450 14400 # Node ID c7a0ec8263b4f1d7dd209542c7a6e448cde8c737 planemo upload for repository https://bitbucket.org/drosofff/gedtools/ diff -r 000000000000 -r c7a0ec8263b4 cherry_pick_fasta.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cherry_pick_fasta.py Sun Jun 21 14:30:50 2015 -0400 @@ -0,0 +1,36 @@ +#!/usr/bin/env python +# -*- coding: utf-8 -*- +""" +Chery pick of fasta sequences satisfying a query string in their header/name +""" + +import argparse + +def Parser(): + the_parser = argparse.ArgumentParser( + description="Cherry pick fasta sequences") + the_parser.add_argument( + '--input', action="store", type=str, help="input fasta file") + the_parser.add_argument( + '--query-string', dest="query_string", action="store", type=str, + help="header containing the string will be extracted as well as the corresponding sequence") + the_parser.add_argument( + '--output', action="store", type=str, help="output fasta file") + args = 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under the `MIT license`_. + +.. _CNRS and University Pierre et Marie Curie: http://www.upmc.fr/en/index.html +.. _MIT license: http://opensource.org/licenses/MIT + + + + + + diff -r 000000000000 -r c7a0ec8263b4 test-data/input.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/input.fa Sun Jun 21 14:30:50 2015 -0400 @@ -0,0 +1,56346 @@ +>gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=43.46,AligLength=451,E-val=2e-122 +TAGATAAGGTTTGCTCATTTCTTGAGGATGCTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGC +TCGTAGCACAAAATACATCCGCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAA +TGCTTTGCATTGTTTTGATTTGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCG +CGGTACTTATAGTGGTTGCTCTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAG +CTATGGACATGTATCGCGTAATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCG +TTTTCCATCCGTGGTTGAACACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGT +GTCTCAAGAAATTACCAGGAAAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCT 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