# HG changeset patch # User ecology # Date 1718960150 0 # Node ID 0608a259f2da7f3de5f6fe3b942ed0489a2c4dc6 planemo upload for repository https://github.com/wpearman1996/MARES_database_pipeline/tree/master commit 853190e24a7acfe02bbfb1c392ac55f9b9a9e7da diff -r 000000000000 -r 0608a259f2da retrieve_bold.R --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/retrieve_bold.R Fri Jun 21 08:55:50 2024 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ +#!/bin/Rscript + +library(bold) + +args = commandArgs(trailingOnly=TRUE) + +raw_marker_list <- paste(args[2],args[3],args[4],args[5],args[6], sep= ",") +marker_list_W_none <- unique(strsplit(raw_marker_list, ",")[[1]]) +marker_list <- marker_list_W_none[marker_list_W_none != "None"] +cat("researched marker(s):", marker_list, "\n\n") + +#Functions to retrieve the subtaxa of each family ((get)subtaxa) and search in Bold and download the available sequences of each subtaxa (get_fasta) +get_fasta<-function(taxon,filename,arg_mark){ + bold_res<-bold_seqspec(taxon=taxon) + cat(taxon, "marker list:", unique(bold_res$markercode), "\n") + x <- data.frame() + for (mark in arg_mark){x <- rbind(x, bold_res[bold_res$markercode == mark,])} + if (dim(x)[1] == 0){return(cat("no sequences were found with selected marker(s) for", taxon, "see existing marker list above", "\n"))} + x[x==""] <- NA + b_acc <- x$processid + b_tax <- ifelse(!is.na(x$species_name),x$species_name,ifelse(!is.na(x$genus_name),x$genus_name,ifelse( + !is.na(x$family_name),x$family_name,ifelse( + !is.na(x$order_name),x$order_name,ifelse( + !is.na(x$class_name),x$class_name,x$phylum_name))))) + b_mark <- x$markercode + n_acc <- ifelse(!is.na(x$genbank_accession),ifelse(!is.na(x$genbank_accession),paste0("|",x$genbank_accession),""),"") + + seq <- x$nucleotides + seqname <- paste(b_acc,b_tax,b_mark,sep="|") + seqname <- paste0(seqname,n_acc) + Y <- cbind(seqname,seq) + colnames(Y) <- c("name","seq") + fastaLines = c() + for (rowNum in 1:nrow(Y)){ + fastaLines = c(fastaLines, as.character(paste(">", Y[rowNum,"name"], sep = ""))) + fastaLines = c(fastaLines,as.character(Y[rowNum,"seq"])) + } + writeLines(fastaLines,filename) +} + + + +taxlist <- readLines(file(as.character(args[1]))) + +for (i in 1:length(taxlist)) { + cat("Processing ", taxlist[i], "\n") + tryCatch({ + get_fasta(taxlist[i],paste0(taxlist[i],"bold",".fasta"),marker_list)}, + error=function(e){cat("ERROR :",conditionMessage(e), "\n")} + ) +} + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 0608a259f2da retrieve_bold.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/retrieve_bold.xml Fri Jun 21 08:55:50 2024 +0000 @@ -0,0 +1,229 @@ + + Functions to search in Bold and download the available sequences of each subtaxa (get_fasta) + + 1.3.0 + 0 + + + r-base + r-bold + + Log.txt + ${taxa_list} + ${animal_marker.marker} + ${vegetal_marker.marker} + ${bacterial_marker.marker} + ${fungal_marker.marker} + ${protist_marker.marker} + + ]]> + + +
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+ + +____ + + +.. class:: infomark + +**Input** +A list of taxa in a txt format file and a selection of markers (one or more) from different organisms. The categories only exist to help users and diminish complexity. All markers selected will be researched for all provided taxa, therefore you don't need to specify the same marker in multiple categories. + +____ + + +.. class:: infomark + + +**Output** + +Each "Taxa" and "Markers" request will produce a fasta file, all files will be available in a collection. This tool will also produce a log message specifying the available markers for each taxa. + +.. class:: warning + +**If no marker are selected or the markers selected are not found for the taxa, the tool will not produce a file. If you need, you can check the markers available for the different taxa in the "Log message" produced** + + + ]]> + + + 10.1038/s41597-020-0549-9 + + +
diff -r 000000000000 -r 0608a259f2da test-data/Chitonidaebold1.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/Chitonidaebold1.fasta Fri Jun 21 08:55:50 2024 +0000 @@ -0,0 +1,1044 @@ +>BMAR2675-21|Chiton stokesii|COI-5P +TTTATATATTTTATTTGGAATTTGAGCTGGGCTAGTCGGTACAGCTTTAAGTCTCCTAATTCGAGCAGAATTAGGACAGCCAGGAGCATTGTTGGGAGATGATCAGTTATATAATGTTATTGTTACCGCCCATGCCTTCGTTATAATTTTTTTTTTAGTAATACCAATAATAATTGGAGGATTTGGAAATTGATTAGTACCATTAATATTAGGTGCCCCAGATATAGCATTTCCTCGATTAAATAACATAAGATTTTGACTACTTCCACCAGCACTATGCCTTTTATTAGGATCTGCTGCTGTTGAAAGAGGAGCTGGAACAGGTTGAACAGTTTATCCCCCTTTAGCAAGAAATATTGCACATGCTGGTGGATCAGTCGATTTAGCAATCTTTTCTCTTCATTTAGCTGGGGTTTCATCTATTTTAGGAGCTGTAAATTTTATCACTACAGTTTTTAATATACGATGAAGTGGTATGCAGTTAGAGCGCCTACCTTTATTTGTTTGATCAGTAAAAATTACAGCTATTTTGCTCCTCCTTTCTTTACCAGTTTTAGCTGGTGGAATTACTATATTATTAACTGATCGAAACTTCAATACAGCTTTTTTTGATCCTGCTGGCGGTGGTGACC------------------- +>GASSC260-17|Tonicia forbesii|COI-5P 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+>GBML940-07|Lepidozona cooperi|COI-5P|EF200854 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+>GBML941-07|Lepidozona cooperi|COI-5P|EF200853 +------------------------------------------------------------------------------------------------TTAATTCGAGCTGAGCTAGGACAGCCTGGAGCCTTATTAGGAGAT---GATCAGCTTTACAACGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTTATACCTATAATGATTGGAGGATTTGGTAACTGATTAGTTCCGTTAATACTAGGGGCTCCGGATATGGCATTCCCACGATTAAATAATATAAGATTTTGATTACTCCCTCCTGCTCTATGCTTACTTTTAGGGTCAGCAGCAGTAGAAAGAGGAGTTGGAACAGGATGAACTGTTTATCCCCCTTTAGCTAGTAATATTGCACATGCGGGAGGTTCAGTAGACCTGGCAATTTTTTCACTTCACTTAGCAGGAGTCTCTTCAATCTTGGGAGCTGTAAATTTTATTACTACAGTGTTTAATATACGTTGAAAGGGAATACAAATAGAACGACTACCATTATTTGTATGATCTGTTAAAATTACTGCTATTTTATTACTTTTATCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGGAATTACAATATTATTAACAGATCGAAATTTTAATACTGCGTTTTTTGACCCGGCAGGAGGGGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 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+>GBMND13019-21|Ischnochiton|COI-5P|MW421637 +TTATTCGAGCTCAATTATGGAAGCCAGGGGCTTTATTAGGTCACGATCATTTATATTATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTTGTTGTAATCTTTTTCTTAGTTATGCCGATAATAATTGGAGGCTTTGGAAATTGTCTTGTCCCTTTAATATTAGGGGCGCCAGATATAGCATTTCCTCGTCTAAATTATATAAGATTTTGTTTACTGCCTCCTGCTTTATGTCTTTTATTAGGATCAGGAGCTGTAGAAAGAGGGGTTGGAACAGGTTGTACTGTTTATCCCCGTTTACCAAGTTATATTGCTCACGCTGGAGCGGCAGTTGTTTTAGCTTGTTTTTCTTTTCATTTAGCAGGTGTTTTCTTTATTTTAGGGGCAGTAAATTTTATTACTACAGTTTTTTATTTACGGTCAAAAGGAATACAGCTAGAACGCTTGCCTTTGTTTGTTTGTTCCGTAAAGATACCCGCAATTTTATTATTTTTATCGTTACCGGTATTAGCGGGGGGGATCCCTATACTTCTAACTGTCCGGAACTTTTATACTGCTTTGTTTATTCGAGCGGAAGGAGGGAATCCAATTATATATTGTTATTGTTTA +>GBMND13021-21|Stenoplax limaciformis|COI-5P|MW429775 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GRO_A1|COI-5P|MW396755 +CTTAAGATTATTATTTCGAGGTGCATTGGGACAGCCGGGCGCATTACTTGGAGATGTGCAATTGTATATTCTAATTGTTACTGCACATGCCTTTCTTATAATTATTTTTCTGGTTATGCCAATAATATTTGGGGGATTTGGTAATTCCTTACTCCCATTATTGTTACCGGCACCTGACATACCTTTTCCCCGCTTATATATTATTACTTTATGGTTATTACCTCCTGCTTTATGTTTATTACTATGTTCTGCTGCTGTACAGAGAGGGCTACGAACTGGATGGACAGTGTTTCCTCCACTGGCTAGAAATATTGCACATAGACGGGGAGCAGTTGATTTGGCTATATTTTCTTTACATTTACCAGGACTTTCTTCCATTCTTGGAGCAGTTATCTTTATTACAACAGTATTTATTATACGATGGAAAGGAATACAATTACAGCGTCTTCCTTTGTTTGTATGTACTGTATATATTACAGCAATTTTGCTAGTTCTATCGTTACCTGTTTTACCAGGAGGATTTACAATACTGCTTAC +>GBMND13030-21|Stenoplax sp. SAY_007|COI-5P|MW396753 +CTTAAGATTATTAATTCGAGCTGCATTGGGACAGCCGGGCGCTTTACTTGGAGATGTCCAATTGTATATTGTAATTGTTACTGCACATGCCTTTGTTATAATTTTTTTTCTGGTTATGCCAATAATAATTGGGGGATTTGGTAATTGCTTACTCCCTTTATTGTTACGGGCACCTGACATACCTTTTCCCCGCTTATATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCTGCTTTATGTTTATTACTATGTTCTGCTGCTGTACAGAGAGGGGTACGAACTGGATGGACAGTGTATCCTCCACTGGCTAGAAATATTGCACATAGAGGGGGAGCAGTTGATTTGGCTATTTTTTCTTTACATTTACCAGGAGTTTCTTCCATTCTTGGAGCAGTTAACTTTATTACAACAGTATTTAATATACGATGGAAAGGAATACAATTACAGCGTCTTCCTTTGTTTGTATGTTCTGTATATATTACAGCAATTTTGCTACTTCTTTCTTTACCTGTTTTACCAGGAGGATTTACAATACTGCTTACG +>MGHK670-21|Lepidozona coreanica|COI-5P|PP651643 +AACTTTATATATTATCTTTGGAATTTGGTCTGGGCTAGTTGGAACAGCTTTAAGACTTTTAATCCGAGCAGAGTTGGGGCAGCCTGGGGCTCTTTTAGGAGATGACCAATTGTATAATGTTATTGTAACTGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATACCAATAATAATTGGAGGATTTGGTAACTGATTAGTTCCGCTGATGTTAGGCGCACCAGATATAGCTTTTCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGATTGTTACCTCCTGCTTTATGTTTATTGTTAGCTTCAGCTGCCGTTGAGAGAGGAGTTGGAACAGGGTGGACAGTCTACCCCCCCTTAGCAAGAAATATTGCTCATTCTGGAGGGTCAGTAGACTTAGCTATTTTTTCTTTACATCTAGCAGGAGTTTCTTCAATCCTGGGGGCTGTAAATTTTATTACTACCGTTTTAAATATACGATGGATAGGAATACAAATGGAACGTTTGCCTTTATTTGTTTGATCTGTTAAAATTACGGCTATTCTATTGCTCTTATCTTTACCTGTCTTAGCTGGCGGTATTACTATATTACTAACTGACCGAAATTTTAATACTGCTTTTTTTGACCCTGCTGGTGGTGGGGATCCTATTTTATATCAACATTTATTT +>NNMX256-08|Stenosemus albus|COI-5P|KF644179 +AACTTTATATATTTTATTTGGTATTTGGTCAGGTTTAGTAGGAACTGCTTTAAGCTTACTAATCCGTGCAGAATTAGGACAGCCAGGGGCCCTGTTAGGGGATGAC---------CAGCTCTATAATGTTATTGTCACAGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATGCCTATAATAATCGGGGGATTTGGAAATTGGCTAGTCCCTTTAATACTCGGGGCCCCTGATATAGCCTTCCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCCCCAGCTTTATGCCTTTTATTAGCTTCTGCTGCTGTTGAAAGAGGTGCCGGG---ACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCAAGAAATATCGCGCACGCAGGAGGCTCTGTA---GATTTAGCAATTTTTTCCTTACATCTAGCAGGAGTTTCTTCTATCTTAGGCGCTGTAAATTTTATTACTACAGTTCTCAATATACGATGAAGTGGGATACAAATAGAGCGGCTACCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACAGCCATTTTACTATTACTCTCTTTACCTGTTCTCGCAGGAGGAATTACAATACTCCTAACTGACCGTAATTTTAATACTGCATTTTTTGATCCTGCCGGGGGGGGAGACCCGATCTTATACCAGCATTTATTT- +>QPA013-16|Ischnochiton sp. AETG1|COI-5P +----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGAGCACCGGACATGGCTTTTCCTCGTTTAAATAATATAAGGTTTTGGCTGCTCCCCCCAGCTTTGTGTTTATTACTAGGCTCAGCAGCAGTAGAAAGAGGTGTTGGGACCGGGTGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCTAGAAATATCGCTCATGCTGGGGGGGCTGTCGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCAGGGGTTTCCTCTATTTTAGGTGCAGTAAATTTTATTACAACTGTGTTTAATATACGATGAAAAGGAATGCAGCTAGAGCGGCTTCCCCTCTTTGTCTGATCAGTAAAAATTACTGCCATTCTTTTACTATTGTCTCTTCCAGTATTAGCAGGCGGAATTACGATACTTCTAACTGACCGAAATTTTAATACTGCATTTTTTGATCCCGCAGGGGGAGGAGACCCTATCTTATACCAGCATCTATTT +>TCICR261-24|Stenoplax|COI-5P 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+AACTTTATATATTTTATTTGGTATTTGGTCAGGTTTAGTAGGAACTGCTTTAAGCTTACTAATCCGTGCAGAATTAGGACAGCCAGGGGCCCTGTTAGGGGATGACCAGCTNTATAATGTTATTGTCACAGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATGCCTATAATAATCGGGGGATTTGGAAATTGGCTAGTCCCTTTAATACTCGGGGCCCNTGATATAGCCTTCCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCCCCAGCTTTATGCCTTTTATTAGCTTCTGCTGCTGTTGAAAGAGGTGCCGGGACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCAAGAAATATCGCGCACGCAGGAGGCTCTGTAGATTTAGCAATTTTTTCCTTACATCTAGCAGGAGTTTCTTCTATCTTAGGCGCTGTAAATTTTATTACTACAGTTCTCAATATACGATGAAGTGGGATACAAATAGAGCGGCTACCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACAGCCATTTTACTATTACTNTCTTTACCTGTTCTCGCAGGAGGAATTACAATACTCCTAACTGACCGTAATTTTAATACTGCA +>BCMOL279-12|Lepidozona interstincta|COI-5P|KF644325 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+AACTCTTTACATTTTTTTTGAAATCTGAGCAGGCTTAGTTGGAACAGCTTTAAGGTTATTAATTCGGGCTGAACTTGGCCAGCCTGGAGCTTTACTAGGAGATGAC---------CAACTATATAATGTCATTGTTACTGCTCACGCCTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTTATACCAATAATAATTGGAGGATTTGGCAATTGATTGGTTCCTTTAATATTAGGAGCCCCGGATATAGCATTTCCTCGCTTAAATAATATGAGATTTTGATTACTCCCTCCTGCTTTATGTTTACTTTTAGGGTCAGCAGCAGTAGAAAGAGGGGTAGGA---ACAGGATGAACTGTCTATCCTCCTTTAGCTAGAAATATCGCGCATGCTGGAGGCTCAGTA---GATTTAGCAATTTTTTCACTACATTTAGCTGGTGTTTCTTCTATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTACTACTGTATTTAATATACGTTGGAAAGGGATACAAATAGAACGATTACCGTTATTTGTCTGGTCAGTTAAAATTACAGCTGTATTATTACTTTTATCTTTACCTGTCTTAGCTGGGGGAATTACAATACTATTAACAGATCGAAATTTCAATACCGCATTTTTTGACCCTGCCGGAG--------------------------------- +>BCMOL281-12|Lepidozona interstincta|COI-5P|KF643404 +AACTCTTTACATTTTATTTGGAATCTGAGCAGGCTTAGTTGGAACAGCTTTAAGGTTATTAATTCGGGCTGAACTTGGCCAGCCTGGAGCTTTACTAGGAGATGAC---------CAACTATATAATGTCATTGTTACTGCTCACGCCTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTTATACCAATAATAATTGGAGGATTTGGCAATTGATTGGTTCCTTTAATATTAGGAGCCCCGGATATAGCATTTCCTCGCTTAAATAATATGAGATTTTGATTACTCCCTCCTGCTTTATGTTTACTTTTAGGGTCAGCAGCAGTAGAAAGAGGGGTAGGA---ACAGGATGAACTGTCTATCCTCCTTTAGCTAGAAATATCGCGCATGCTGGAGGCTCAGTA---GATTTAGCAATTTTTTCACTACATTTAGCTGGTGTTTCTTCTATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTACTACTGTATTTAATATACGTTGGAAAGGGATACAAATAGAACGATTACCGTTATTTGTCTGGTCAGTTAAAATTACAGCTGTATTATTACTTTTATCTTTACCTGTCTTAGCTGGGGGAATTACAATACTATTAACAGATCGAAATTTCAATACCGCATTTTTTGACCCTGCCGGAGGTGGAGATCCTATTTTATACCAACACTTATTT- +>BHAK2352-19|Lepidozona mertensii|COI-5P +TACTCTTTATATTTTATTTGGGATTTGGGCAGGCTTAGTTGGGACGGCTTTAAGATTATTAATTCGAGCTGAATTAGGACAGCCTGGAGCTTTGTTAGGAGACGATCAGCTTTATAATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTTATACCTATAATAATCGGGGGATTTGGTAATTGACTAGTTCCATTAATGTTAGGAGCTCCAGATATAGCATTTCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGATTGCTCCCTCCCGCGCTATGTTTACTTTTAGGGTCAGCAGCAGTAGAAAGAGGGGCTGGAACAGGATGGACTGTTTACCCTCCTTTAGCTAGAAATATTGCACATGCAGGAGGGTCAGTAGATCTGGCAATCTTTTCACTTCATTTAGCCGGAGTTTCTTCTATCTTAGGAGCTGTAAATTTCATTACTACAGTATTTAATATGCGCTGAAAAGGAATACAAATAGAACGATTGCCATTATTTGTGTGATCTGTTAAAATTACTGCTATTTTGTTATTACTATCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGGAATCACAATACTATTAACAGATCGAAATTTTAATACCGCGTTTTTTGACCCTGCAGGGGGAGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTT +>BMAR2096-21|Stenoplax limaciformis|COI-5P 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+TTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTGATACCTATAATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTGGTTCCTCTAATATTGGGAGCTCCTGATATAGCTTTCCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGATTGCTACCTCCTGCATTATGTTTATTGCTTGGGTCCGCAGCAGTTGAAAGTGGAGTAGGAACTGGGTGGACAGTGTATCCTCCTTTAGCAAGAAATATTGCACATGCGGGAGGAGCAGTTGACTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGGTATCTTCTATTCTTGGTGCAGTTAACTTTATTAC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- +>GBML0044-06|Ischnochiton elongatus|COI-5P|AY377708 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+---------------------------------------------------------------------------------------------TTATTAATCCGGGCTGAATTAGGACAGCCTGGAGCTTTATTAGGAGAC---GATCAGCTTTACAATGTAATTGTTACGGCCCATGCTTTTGTTATAATTTTTTTCTTAGTTATGCCCATAATGATCGGGGGATTTGGTAATTGACTAGTCCCATTAATATTAGGTGCTCCAGATATAGCATTTCCACGATTAAATAATATAAGGTTTTGGCTACTTCCTCCTGCACTGTGCTTATTACTAGGATCAGCAGCAGTAGAAAGAGGAGTTGGAACAGGATGAACTGTCTATCCTCCTTTAGCAAGTAATATTGCACATGCA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGGGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 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+GCTTACTAATCCGTGCAGAATTAGGACAGCCAGGGGCCCTGTTAGGGGATGACCAGCTCTATAATGTTATTGTCACAGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATGCCTATAATAATCGGGGGATTTGGAAATTGGCTAGTCCCTTTAATACTCGGGGCCCCTGATATAGCCTTCCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCCCCAGCTTTATGCCTTTTATTAGCTTCTGCTGCTGTTGAAAGAGGTGCCGGGACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCAAGAAATATCGCGCACGCAGGAGGCTCTGTAGATTTAGCAATTTTTTCCTTACATCTAGCAGGAGTTTCTTCTATCTTAGGCGCTGTAAATTTTATTACTACAGTTCTCAATATACGATGAAGTGGGATACAAATAGAGCGGCTACCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACAGCCATTTTACTATTACTCTCTTTACCTGTTCTCGCAGGAGGAATTACAATACTCCT +>NORCH050-22|Stenosemus|COI-5P 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+AACTTTATATATTTTATTTGGTATTTGGTCAGGTTTAGTAGGAACTGCTTTAAGCTTACTAATCCGTGCAGAATTAGGACAGCCAGGGGCCCTGTTAGGGGATGACCAGCTCTATAATGTTATTGTCACAGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATGCCTATAATAATCGGGGGATTTGGAAATTGGCTAGTCCCTTTAATACTCGGGGCCCCTGATATAGCCTTCCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCCCCAGCTTTATGCCTTTTATTAGCTTCTGCTGCTGTTGAAAGAGGTGCCGGGACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCAAGAAATATCGCGCACGCAGGAGGCTCTGTAGATTTAGCAATTTTTTCCTTACATCTAGCAGGAGTTTCTTCTATCTTAGGCGCTGTAAATTTTATTACTACAGTTCTCAATATACGATGAAGTGGGATACAAATAGAGCGGCTACCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACAGCCATTTTACTATTACTCTCTTTACCTGTTCTCGCAGGAGGAATTACAATACTCCTAACTGACCGTAATTTTAATACTGCATTTTTTGATCCTGCCGGGGGGGGAGACCCGATCTTATACCAGCATTTATTT +>ASGRD157-18|Stenosemus albus|COI-5P +AACTTTATATATTTTATTTGGTATTTGGTCAGGTTTAGTAGGAACTGCTTTAAGCTTACTAATCCGTGCAGAATTAGGACAGCCAGGGGCCCTGTTAGGGGATGACCAGCTCTATAATGTTATTGTCACAGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATGCCTATAATAATCGGGGGATTTGGAAATTGGCTAGTCCCTTTAATACTCGGGGCCCCTGATATGGCCTTTCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCCCCAGCTTTATGCCTTTTACTAGCTTCTGCTGCTGTTGAAAGAGGTGCCGGGACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCAAGAAATGTCGCGCACGCAGGAGGCTCTGTAGATTTAGCAATTTTTTCCTTACATCTAGCAGGAGTTTCTTCTATCTTAGGCGCTGTAAATTTTATTACTACAGTTCTCAATATACGATGAAGTGGGATACAAATAGAGCGGCTACCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACAGCCATTTTACTATTACTCTCTTTACCTGTTCTCGCAGGAGGAATCACAATACTCCTAACTGACCGTAATTTTAATACTGCATTTTTTGATCCTGCCGGGGGGGGAGACCCGATCTTATACCAGCATTTATTT +>BCMOL025-11|Lepidozona interstincta|COI-5P|KF643798 +AACTCTTTACATTTTATTTGGAATCTGAGCAGGCTTAGTTGGAACAGCTTTAAGGTTATTAATTCGGGCTGAACTTGGCCAGCCTGGAGCTTTACTAGGAGATGAT---------CAACTATATAATGTCATCGTTACTGCTCACGCCTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTTATACCAATAATAATTGGAGGATTTGGCAATTGATTGGTTCCTTTAATATTAGGAGCCCCGGATATAGCATTTCCTCGCTTAAATAATATGAGATTTTGATTACTCCCTCCTGCTTTATGTTTACTTTTAGGGTCAGCAGCAGTAGAAAGAGGGGTAGGA---ACAGGATGAACTGTCTATCCTCCTTTAGCTAGAAATATCGCGCATGCTGGAGGCTCAGTG---GATTTAGCAATTTTTTCACTACATTTAGCTGGTGTTTCTTCTATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTACTACTGTATTTAATATACGTTGGAAAGGGATACAAATAGAACGATTACCGTTATTTGTCTGGTCAGTTAAAATTACAGCTGTATTATTACTTTTATCTTTACCTGTCTTAGCCGGGGGAATTACAATACTATTAACAGATCGAAATTTCAATACCGCATTTTTTGACCCTGCCGGAGGNGGAGATCCTATTTTATACCAACACTTATTT- +>BMAR1742-21|Stenoplax limaciformis|COI-5P +TGCTGAGTTGGGGCAGCCAGGAGCTCTATTAGGAGATGACCAACTGTATAATGTCATTGTTACTGCCCATGCTTTCGTTATAATTTTTTTTTTGGTTATACCAATAATAATTGGAGGGTTTGGAAATTGGTTGGTTCCTTTAATATTGGGGGCCCCTGACATGGCTTTCCCACGACTAAATAATATAAGGTTTTGGTTATTACCACCAGCTTTATGCCTTTTATTAGGGTCCGCAGCTGTAGAAAGAGGAGTAGGGACAGGCTGAACGGTTTACCCTCCTTTAGCAAGAAATATTGCTCATGCAGGAGGGTCAGTTGACTTAGCAATTTTTTCTTTACATTTAGCCGGTGTTTCCTCTATTTTAGGGGCAGTGAATTTTATTACAACTGTTTTAAATATGCGGTGAAAAGGAATACAAATAGAACGATTACCTTTATTTGTTTGATCAGTAAAAATTACAGCTATTTTATTGCTATTATCATTACCTGTGTTAGCGGGGGGTATTACTATGTTACTGACAGACCGAAATTTTAATACAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- +>BMAR1763-21|Ischnochiton dispar|COI-5P +ATAATTTTTTTTTTAGTGATACCTATAATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTGGTTCCTCTAATATTGGGAGCTCCTGATATAGCTTTTCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTNGTTACTACCTCCTGCATTATGTTTATTGCTTGGATCCGCAGCAGTTGAGAGTGGAGTAGGGACTGGATGAACAGTGTATCCTCCTTTAGCAAGAAATATTGCACATGCGGGAGGAGCAGTTGACTTAGCTATTTTTTCTTTACATCTAGCTGGAGTATCTTCTATTCTTGGTGCAGTTAATTTTATTACAACTGTGTTTAATATACGATGAAAGGGAATACAACTGGAGCGGCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- +>BMAR1765-21|Ischnochiton dispar|COI-5P 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+TATATATTCTCTTTGGAATTAGATCTGGGTTAGTGGGGACAGCTTTAAGACTTTTAATTCGTGCTGAATTAGGTCAACCAGGTGCTTTATTAGGAGATGATCAACTCTATAATGTTATTGTTACCGCACATGCTTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTTATACCAATAATAATTGGAGGTTTTGGAAATTGGCTGGTTCCTCTTATGCTAGGTGCTCCTGATATAGCTTTTCCTCGATTAAATAACATAAGATTTTGGCTTTTGCCTCCGGCATTATGTTTATTGTTGGCATCATCAGCTGTAGAAAGAGGAGTTGGGACTGGGTGGACAGTTTATCCTCCTTTAGCAAGAAATATTGCTCATTCTGGGGGTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTTCATTTAGCAGGGGTATCTTCTATTTTAGGGGCTGTAAACTTTATTACTACTGTTTTAAATATACGTAGAATAGGAATACAAATAGAACGACTTCCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAGATTACTGCTATTTTGCTTCTGTTGTCTTTACCGGTTTTAGCTGGTGGAATCACAATATTATTAACTGATCGAAATTTCAATACTGCTTTTTTTGATCCTGCAGGAGGTGGAGATCCCATTTTGTATCAACACTTGTTTAGATTTTTTGGTCACC +>NORCH049-22|Stenosemus|COI-5P +TGCTTTAAGCTTACTAATCCGTGCAGAATTAGGACAGCCAGGGGCCCTGTTAGGGGATGACCAGCTCTATAATGTTATTGTCACAGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATGCCTATAATAATCGGGGGATTTGGAAATTGGCTAGTCCCTTTAATACTCGGGGCCCCTGATATAGCCTTCCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCCCCAGCTTTATGCCTTTTATTAGCTTCTGCTGCTGTTGAAAGAGGTGCCGGGACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCAAGAAATATCGCGCACGCAGGAGGCTCTGTAGATTTAGCAATTTTTTCCTTACATCTAGCAGGAGTTTCTTCTATCTTAGGCGCTGTAAATTTTATTACTACAGTTCTCAATATACGATGAAGTGGGATACAAATAGAGCGGCTACCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACAGCCATTTTACTATTACTCTCTTTACCTGTTCTCGCAGGAGGAATTACAATACTCCTAACTGACCGTAATTTTAATACTGCATTTTTTGATCCTGCCGGGGGGGGAGACCCGATCTTATACCAGCATTTATTT +>NORCH073-22|Stenosemus albus|COI-5P +AACTTTATATATTTTATTTGGTATTTGGTCAGGTTTAGTAGGAACTGCTTTAAGCTTACTAATCCGTGCAGAATTAGGACAGCCAGGGGCCCTGTTAGGGGATGACCAGCTCTATAATGTTATTGTCACAGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATGCCTATAATAATCGGGGGATTTGGAAATTGGCTAGTCCCTTTAATACTCGGGGCCCCTGATATAGCCTTCCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCCCCAGCTTTATGCCTTTTATTAGCTTCTGCTGCTGTTGAAAGAGGTGCCGGGACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCAAGAAATATCGCGCACGCAGGAGGCTCTGTAGATTTAGCAATTTTTTCCTTACATCTAGCAGGAGTTTCTTCTATCTTAGGCGCTGTAAATTTTATTACTACAGTTCTCAATATACGATGAAGTGGGATACAAATAGAGCGGCTACCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACAGCCATTTTACTATTACTCTCTTTACCTGTTCTCGCAGGAGGAATTACAATACTCCTAACTGACCGTAATTTTAATACTGCATTTTTTGATCCTGCCGGGGGGGGAGACCCGATCTTATACC +>OGLA094-09|Ischnochiton|COI-5P|GU667524-SUPPRESSED +TTATATATTTTGTTTGGGATTTGATCAGGACTAGTAGGGACTGCTTTAAGATTATTAATCCGAGCGGAACTAGGCCAACCTGGTGCCTTATTAGGGGATGATCAACTTTACAATGTCATTGTTACAGCCCATGCTTTTGTAATAATTTTCTTTTTAGTCATGCCTATGATAATTGGGGGGTTTGGAAATTGACTAGTTCCTTTAATACTTGGGGCTCCAGACATAGCTTTTCCTCGCTTAAATAATATAAGATTCTGACTCTTGCCTCCTGCTCTTTGCCTCCTTTTGGCTTCAGCTGCAGTTGAAAGAGGAGTTGGGACAGGCTGAACAGTGTACCCCCCATTAGCAAGCAACATTGCCCATGCTGGAGGTTCTGTAGATCTAGCTATTTTTTCCTTACATCTTGCAGGGGTATCTTCTATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTACCACCGTATTCAACATGCGATGAAAGGGAATACAATTAGAACGATTACCATTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACTGCAATTCTTTTGTTACTTTCTTTACCAGTACTTGCAGGGGGGATTACCATGTTATTAACAGATCGAAATTTCAACACCTCGTTCTTTGACCCTGCTGGGGGAGGGGACCCAATTTTGTATCAACAT---------- +>QPA011-16|Ischnochiton sp. AETG1|COI-5P +AACTTTATACATTTTATTTGGCATTTGGGCTGGTTTAGTAGGGACTGCTTTAAGTCTGTTAATTCGAGCAGAGTTGGGGCAGCCCGGCGCCTTGCTAGGGGATGACCAGCTCTACAATGTAATTGTAACTGCTCATGCATTTGTAATAATTTTTTTTCTTGTTATGCCCATAATAATTGGTGGTTTTGGCAACTGGCTTGTCCCTTTAATATTGGGAGCACCAGACATGGCTTTTCCTCGTTTAAATAATATAAGGTTTTGGTTGCTTCCCCCAGCTTTATGTTTATTACTAGGCTCAGCAGCAGTAGAGAGAGGTGTTGGGACCGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCTAGAAATATTGCCCATGCTGGGGGGGCTGTCGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCAGGCGTTTCCTCTATTTTAGGCGCAGTAAATTTTATTACAACTGTGTTTAATATACGATGGAAAGGAATGCAGCTAGAGCGGCTTCCCCTGTTTGTCTGATCAGTAAAAATTACTGCCATTCTTTTACTATTATCTCTTCCAGTATTAGCAGGCGGAATTACGATACTTCTAACTGACCGGAATTTTAATACTGCATTTTTTGATCCGGCGGGAGGAGGGGACCCTATCTTATACCAACATCTATTC +>ANGEN409-17|Ischnochiton australis|COI-5P +ATAGGATCCCCACCTCCAGCAGGATCAAAGAAAGAAGTGTTAAAATTTCGATCTGTCAATAGTATTGTGATTCCTCCCGCCAATACCGGCAGAGACAACAAAAGCAAAATAGCAGTAATTTTTACAGATCACACAAATAAAGGTAGACGTTCTATTTGTATCCCAACTCACCGTATATTAAGGACAGTAGTAATAAAATTTACAGCTCCTAAAATCGATGACACACCTGCCAAATGTAGAGAAAAAATAGCTAAATCTACAGATCCACCAGCATGAGCTACGTTCCTAGCCAAGGGGGGGTATACCGTTCAGCCTGTCCCCACTCCACTTTCAACTGCTGCTGACCCAAGAAGTAAACATAACGCAGGAGGCAGCAACCAAAATCTTATATTATTTAATCGAGGAAAATGCTATATCTGGGGCTCC +>ARCMI272-14|Stenosemus albus|COI-5P|MG422784 +AACTTTATATATTTTATTTGGTATTTGGTCAGGTTTAGTAGGAACTGCTTTAAGCTTACTAATCCGTGCAGAATTAGGACAGCCAGGGGCCCTGTTAGGGGATGACCAGCTCTATAATGTTATTGTCACAGCGCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATGCCTATAATAATCGGGGGATTTGGAAATTGGCTAGTCCCTTTAATACTCGGGGCCCCTGATATAGCCTTCCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCCCCAGCTTTATGCCTTTTATTAGCTTCTGCTGCTGTTGAAAGAGGTGCCGGGACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCAAGAAATATCGCGCACGCAGGAGGCTCTGTAGATTTAGCAATTTTTTCCTTACATCTAGCAGGAGTTTCTTCTATCTTAGGCGCTGTAAATTTTATTACTACAGTTCTCAATATACGATGAAGTGGGATACAAATAGAGCGGCTACCTTTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACAGCCATTTTACTATTACTCTCTTTACCTGTTCTCGCAGGAGGAATTACAATACTCCTAACTGACCGTAATTTTAATACTGCATTTTTTGATCCTGCCGGGGGGGGAGACCCGATCTTATACCAGCATTTATT +>BCMOL053-11|Lepidozona radians|COI-5P|KF643412 +AACTCTTTACATTTTATTTGGAATCTGAGCAGGCTTAGTTGGGACAGCTTTAAGGTTATTAATTCGGGCTGAACTTGGGCAACCTGGAGCTTTACTAGGAGATGAC---------CAACTATATAATGTCATTGTTACTGCTCACGCCTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTCATACCAATAATAATTGGAGGATTTGGTAACTGGCTGGTTCCTTTAATATTAGGAGCTCCAGATATAGCATTTCCTCGTTTAAATAATATAAGATTTTGATTGCTGCCTCCTGCTTTATGTTTACTTTTAGGATCGGCAGCAGTAGAAAGAGGGGTAGGG---ACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCTAGAAATATCGCGCATGCTGGAGGCTCAGTA---GATTTAGCAATTTTTTCACTACATTTNGCCGGTGTCTCTTCTATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTACCACTGTATTTAATATACGCTGGAAAGGAATACAAATAGAACGATTACCATTATTTGTCTGATCAGTTAAAATTACAGCTGTATTATTACTTTTATCTTTACCTGTCTTAGCCGGAGGAATTACAATACTATTAACAGATCGAAATTTCAATACCGCATTTTTTGACCCTG--------------------------------------- +>BCMOL056-11|Lepidozona radians|COI-5P|KF643671 +AACTCTTTACATTTTATTTGGAATCTGAGCAGGCTTAGTTGGGACAGCTTTAAGGTTATTAATTCGGGCTGAACGTGGGCAACCTGGAGCTTTACTAGGAGATGAC---------CAACTATATAATGTCATTGTTACTGCTCACGCCTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTCATACCAATAATAATTGGAGGATTTGGTAACTGGCTGGTTCCTTTAATATTAGGAGCTCCAGATATAGCATTTCCTCGTTTAAATAATATAAGATTTTGATTGCTGCCTCCTGCTTTATGTTTACTTTTAGGATCGGCAGCAGTAGAAAGAGGGGTAGGG---ACAGGATGAACTGTTTACCCTCCTTTAGCTAGAAATATCGCGCATGCTGGAGGCTCAGTA---GATTTAGCAATTTTTTCACTACATTTAGCTGGTGTCTCTTCTATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTACCACTGTATTTAATATACGCTGGAAAGGAATACAAATAGAACGATTACCATTATTTGTCTGATCAGTTAAAATTACAGCTGTATTATTACTTTTATCTTTACCTGTCTTAGCCGGAGGAATTACAATACTATTAACAGATCGAAATTTCAATACCGCATTTTTTGACCCTGCTGGAGGTGGAGATCCTATTCTATATCAACACTTATTT- +>BCMOL278-12|Lepidozona interstincta|COI-5P|KF643700 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+TACTCTTTATATTTTATTTGGGATTTGGGCAGGCTTAGTTGGGACGGCTTTAAGATTATTAATTCGAGCTGAATTAGGACAGCCTGGAGCTTTGTTAGGAGACGATCAGCTTTATAATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTTGTTATAATTTTTTTTTTAGTTATACCTATAATAATCGGGGGATTTGGTAATTGACTAGTTCCATTAATGTTAGGAGCTCCAGATATAGCATTTCCTCGATTAAATAATATAAGATTTTGATTGCTCCCTCCCGCGCTATGTTTACTTTTAGGGTCAGCAGCAGTAGAAAGAGGGGCTGGAACAGGATGGACTGTTTACCCTCCTTTAGCTAGAAATATTGCACATGCAGGAGGGTCAGTAGATCTGGCAATCTTTTCACTTCATTTAGCCGGAGTTTCTTCTATCTTAGGAGCTGTAAATTTCATTACTACAGTATTTAATATGCGCTGAAAAGGAATACAAATAGAACGATTGCCATTATTTGTGTGATCTGTTAAAATTACTGCTATTTTGTTATTACTATCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGGAATCACAATACTATTAACAGATCGAAATTTTAATACCGCGTTTTTTGACCCTGCAGGGGGAGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTT +>BHAK2393-19|Lepidozona mertensii|COI-5P 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MAZ_IV|COI-5P|MW396754 +CTTTAGATTATTAATTCGAGCTGCTTTGGGACAGCCGGGCGCTTTACTTGGAGATCTCCAATTGTATATTGTATTTGTTACTGCACATGGCTTTGTTATAATTTTTTTTCTGGTTATGCCAATAATAATTGGGGGATTTGGTAATTGCTTACTCCCTTTATTGTTACGGGCACCTCACATACCTTTTCCCGGCTTATATTATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCTGGTTTATGTTTTTTACTATGTTCTGCTCCTGTACAGAGAGGGGTACGTACTGGATGGACAGTGTATCCTCCACTGGCTTCAAATATTGCACATAGAGCGGGAGCAGTTGTTTTGGCTATTTTTTCTTTACATTTACCAGGAGTTTCTTCCATTCTTGGAGCAGTTAACTTTATTACATCAGTATTTATTATACGATGGAAAGGTATACAATTACAGCGTCTTCCTTTGTTTCTATGTTCTGTATATATTACAGCAATTTTGCTACTTCTTTCTTTACGTGTTTTACCAGGAGGATTTACAATACTGCTTAGG +>INTGS052-22|Tonicina zschaui|COI-5P 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+GACGTTGTATATTGTTTTTGGGATTTGATCTGGGTTAGTTGGTACTGCCTTAAGGTTATTAATTCGGGCAGAGTTAGGTCAGCCGGGGGCTTTGTTAGGGGACGATCAGCTGTATAATGTGATTGTTACTGCTCATGCCTTTGTTATAATTTTTTTTCTTGTGATGCCAATAATAATTGGTGGATTTGGAAATTGGCTGGTTCCGTTGATGTTGGGGGCGCCAGATATGGCTTTTCCTCGGTTAAATAATATAAGGTTCTGGCTTTTGCCTCCTTCTTTAACTCTTTTATTGGCTTCAGCAGCAGTAGAAAGGGGGGCTGGAACTGGGTGGACCGTGTATCCTCCTTTGGCTAGTAATATTGCTCATGCAGGAGGTTCGGTTGATTTGGCTATTTTTTCTTTACATCTTGCTGGGGTATCTTCTATTTTAGGTGCTGTTAATTTTATTACTACTATTGTTAATATGCGTTGGCGGGGGATGCAGTTAGAACGGGCACCATTATTTGTTTGATCTGTAAAAATTACTGCTATTTTATTATTACTTTCGTTGCCGGTTTTGGCTGGGGCGATTACTATATTGTTAACTGACCGAAATTTTAATACTGCTTTTTTTGATCCGGCAGGCGGGGGGGATCCAATTTTGTATCAGCATTTA- +>NORCH025-21|Leptochiton asellus|COI-5P 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