diff ExeFilteringRareLowabundSPGalaxy.r @ 0:2e45ae3b297a draft

"planemo upload for repository https://github.com/Alanamosse/Galaxy-E/tree/stoctool/tools/stoc commit f82f897ab22464de40c878e17616333855814e25"

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ExeFilteringRareLowabundSPGalaxy.r	Thu Apr 02 03:34:37 2020 -0400
@@ -0,0 +1,50 @@
+#!/usr/bin/env Rscript
+
+#####################################################################################################################
+############## FILTERING RARE AND LOW-ABUNDANCE SPECIES   function:filtreEspeceRare    ##############################
+#####################################################################################################################
+
+#### Based on Romain Lorrillière R script
+#### Modified by Alan Amosse and Benjamin Yguel for integrating within Galaxy-E
+
+
+suppressMessages(library(reshape2))
+
+
+###########
+#delcaration des arguments et variables/ declaring some variables and load arguments
+
+args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
+
+if (length(args)==0) {
+    stop("At least one argument must be supplied, dataset transformed by make table function (.tabular).", call.=FALSE) #si pas d'arguments -> affiche erreur et quitte / if no args -> error and exit1
+} else {
+    Datatransformedforfiltering_trendanalysis<-args[1] ###### Nom du fichier peut provenir de la fonction "MakeTableAnalyse" / file name , may result from the function "MakeTableAnalys"    
+    source(args[2])### chargement des fonctions / load the functions
+}
+
+##### Le tableau de données doit posséder 3 variables en colonne minimum avec 1 seule espèce et autant de colonne en plus que d'espèces en plus: les carrés ou sont réalisés les observatiosn ("carre"), la ou les années des observations ("annee"), 1 colonne par espèce renseignée avec les abondances correspondantes
+##### Data must be a dataframe with 3 variables in column: plots where observation where made ("carre"), year(s) of the different sampling ("annee"), and one column per species with its abundance
+
+
+#Import des données / Import data 
+tab <- read.table(Datatransformedforfiltering_trendanalysis,sep="\t",dec=".",header=TRUE) #  
+
+err_msg_tab="\nThe input dataset doesn't have the right format. It need to have the following 2 variables : \"carre\" and \"annee\" followed by at least one species"
+if(ncol(tab)<3 || !("carre" %in% names(tab)) || !("annee" %in% names(tab))){
+    stop(err_msg_tab,call.=FALSE)
+}
+
+
+
+
+#Do your analysis
+tab_filtred1<-filter_absent_species(tab)
+tab_filtred2<-filter_rare_species(tab) 
+
+#save the data in a output file in a tabular format
+filename <- "Datafilteredfortrendanalysis.tabular"
+write.table(tab_filtred2, filename,row.names=FALSE,sep="\t",dec=".")
+cat(paste("\nWrite table with data filtered for trend analysis. \n--> \"",filename,"\"\n")) 
+
+