diff ExemakeTableAnalyseGalaxy.r @ 0:22a784d2b0e0 draft

"planemo upload for repository https://github.com/Alanamosse/Galaxy-E/tree/stoctool/tools/stoc commit f82f897ab22464de40c878e17616333855814e25"

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ExemakeTableAnalyseGalaxy.r	Thu Apr 02 03:33:29 2020 -0400
@@ -0,0 +1,42 @@
+#!/usr/bin/env Rscript
+
+##################################################################################################################
+################  Data transformation for population evolution trend analyses  function:makeTableAnalyse #########
+##################################################################################################################
+###########
+
+library(data.table)
+#delcaration des arguments et variables/ declaring some variables and load arguments
+
+args = commandArgs(trailingOnly=TRUE) #####   par defaut prends les arguments comme du texte !!!! / default behaviour is to take the arguments as text !!!
+
+if (length(args)==0) {
+    stop("At least one argument must be supplied, an input dataset file (.tabular).", call.=FALSE) #si pas d'arguments -> affiche erreur et quitte / if no args -> error and exit1
+
+} else {
+    ImportduSTOC<-args[1] ###### Nom du fichier importé depuis la base de données STOCeps avec son extension / file name imported from the STOCeps database with the file type ".filetype"    
+    source(args[2])### chargement des fonctions / load the functions
+
+}
+
+##### Le tableau de données doit posséder 4 variables en colonne: abondance ("abond"), les carrés ou sont réalisés les observatiosn ("carre"), la ou les années des observations ("annee"), et le code de ou des espèces ("espece")
+##### Data must be a dataframe with 4 variables in column: abundance ("abond"), plots where observation where made ("carre"), year(s) of the different sampling ("annee"), and the species code ("espece") 
+
+
+#Import des données / Import data 
+data<- fread(ImportduSTOC,sep="\t",dec=".",header=TRUE,encoding="UTF-8") # 
+vars_data<-c("carre","annee","espece","abond")
+err_msg_data<-"The input dataset filtered doesn't have the right format. It need to have the following 4 variables :\n- carre\n- annee\n- espece\n- abond\n"
+check_file(data,err_msg_data,vars_data,4)
+
+
+
+
+#########
+#Do your analysis
+tableAnalyse<-makeTableAnalyse(data) #la fonction a un 'return' il faut donc stocker le resultat dans une nouvelle variable
+#save the data in a output file in a tabular format
+filename <- "Datatransformedforfiltering_trendanalysis.tabular"
+write.table(tableAnalyse, filename,row.names=FALSE,sep="\t",dec=".",fileEncoding="UTF-8")
+
+cat(paste("\nWrite table with data transformed for filtering. \n--> \"",filename,"\"\n",sep=""))