# HG changeset patch # User ecology # Date 1715202347 0 # Node ID bcb6009d5af74298c18ccf99be0666fef007a83d # Parent 099d42f5804cea26dac328c4bdccd27bf346591a planemo upload for repository https://github.com/galaxyecology/tools-ecology/tree/master/tools/ogc_api_processes_wrapper commit e03f4d27ec44d873aacdf406d7a26ec8038e9b05 diff -r 099d42f5804c -r bcb6009d5af7 macros.xml --- a/macros.xml Mon May 06 09:09:43 2024 +0000 +++ b/macros.xml Wed May 08 21:05:47 2024 +0000 @@ -27,7 +27,7 @@ - This tool is a wrapper for OGC API Processes coming from the Zoo Project (https://zoo-project.github.io/docs/intro.html) and was created using the OGC-API-Process2Galaxy tool (https://github.com/AquaINFRA/OGC-API-Process2Galaxy). Check the README in the repository for more information. + This tool is a wrapper for OGC API Processes (OTB) coming from the Zoo Project (https://zoo-project.github.io/docs/intro.html) and was created using the OGC-API-Process2Galaxy tool (https://github.com/AquaINFRA/OGC-API-Process2Galaxy). Check the README in the repository for more information. @@ -37,8 +37,12 @@ - - + + + + + + @@ -51,9 +55,13 @@ - - - + + + + + + + diff -r 099d42f5804c -r bcb6009d5af7 ogc_api_processes_wrapper.R --- a/ogc_api_processes_wrapper.R Mon May 06 09:09:43 2024 +0000 +++ b/ogc_api_processes_wrapper.R Wed May 08 21:05:47 2024 +0000 @@ -5,7 +5,6 @@ cat("start generic wrapper service \n") getParameters <- function(){ - args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) con <- file("inputs.json", "r") line <- readLines(con, n = 1) json <- fromJSON(line) @@ -112,9 +111,9 @@ resultBody <- parseResponseBody(result$body) urls <- unname(unlist(lapply(resultBody, function(x) x$href))) urls_with_newline <- paste(urls, collapse = "\n") - sink(paste0(outputData, "_result_urls.txt")) - cat(urls_with_newline, "\n") - sink() + con <- file(outputData, "w") + writeLines(urls_with_newline, con = con) + close(con) } } else if (jobStatus == "failed") { status <- jobStatus @@ -141,7 +140,8 @@ inputParameters <- getParameters() -outputLocation <- inputParameters$outputData +args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) +outputLocation <- args[2] outputs <- getOutputs(inputParameters, outputLocation, server) diff -r 099d42f5804c -r bcb6009d5af7 zoo_project_ogc_api_processes.xml --- a/zoo_project_ogc_api_processes.xml Mon May 06 09:09:43 2024 +0000 +++ b/zoo_project_ogc_api_processes.xml Wed May 08 21:05:47 2024 +0000 @@ -1,5 +1,5 @@ - executes remote processes + executes remote OTB processes macros.xml @@ -14,7 +14,6 @@ - @@ -110,608 +109,7 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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