comparison sparql_uniprot.py @ 23:478f5587f12a draft default tip

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	fileRes.close()

def sparqlwrap(proteinId, proteinName, geneName, organismName, diseaseAnnotation, domainName, similarityAnnotation, locationAnnotation, functionAnnotation, pharmaceuticalAnnotation, output):
	
	query = buildQuery(proteinId, proteinName, geneName, organismName, diseaseAnnotation, domainName, similarityAnnotation, locationAnnotation, functionAnnotation, pharmaceuticalAnnotation)
	print query

	# Creamos un objeto del tipo SPARQLWrapper indicando en que
	# direccion esta el servicio que recibe consultas en sparql
	# y responde a estas.
	sparql = SPARQLWrapper('http://sparql.uniprot.org/sparql')

	sparql.setReturnFormat(JSON)

	# Esta es la instruccion que realiza la consulta a
	# uniprot. Devuelve un objeto de python que hay que
	# tratar.
	print "Ejecutando query"
	results = sparql.query()

	# Con esto, convertimos el objeto devuelto por
	# el servicio al formato que especificamos antes.
	# En este caso, json.
	print "Conviertiendo a json"
	json = results.convert()
	print "Fin conversion a json"

	# Dentro de la variable results tenemos informacion
	# (metadatos) de lo que ha devuelto el servidor de
	# uniprot.
	print results.info()

	# Imprimir resultados
	printResults(json, output)

23:478f5587f12a

	fileRes.close()

def sparqlwrap(proteinId, proteinName, geneName, organismName, diseaseAnnotation, domainName, similarityAnnotation, locationAnnotation, functionAnnotation, pharmaceuticalAnnotation, output):
	
	query = buildQuery(proteinId, proteinName, geneName, organismName, diseaseAnnotation, domainName, similarityAnnotation, locationAnnotation, functionAnnotation, pharmaceuticalAnnotation)
	print (query)

	# Creamos un objeto del tipo SPARQLWrapper indicando en que
	# direccion esta el servicio que recibe consultas en sparql
	# y responde a estas.
	sparql = SPARQLWrapper('http://sparql.uniprot.org/sparql')

	sparql.setReturnFormat(JSON)

	# Esta es la instruccion que realiza la consulta a
	# uniprot. Devuelve un objeto de python que hay que
	# tratar.
	print ("Ejecutando query")
	results = sparql.query()

	# Con esto, convertimos el objeto devuelto por
	# el servicio al formato que especificamos antes.
	# En este caso, json.
	print ("Conviertiendo a json")
	json = results.convert()
	print ("Fin conversion a json")

	# Dentro de la variable results tenemos informacion
	# (metadatos) de lo que ha devuelto el servidor de
	# uniprot.
	print (results.info())

	# Imprimir resultados
	printResults(json, output)