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planemo upload for repository https://github.com/fubar2/microsatbed commit d952bc313f408735456747c3d33e09a3170c8f59-dirty
author fubar
date Wed, 17 Jul 2024 12:08:15 +0000 (5 months ago)
parents db5523378e5c
children 8406413cb4aa
files find_str.py humsamp.bed microsatbed.xml test-data/bed_sample test-data/dibed_sample test-data/dibed_wig_sample test.bw
diffstat 7 files changed, 18751 insertions(+), 18678 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/find_str.py	Wed Jul 17 07:40:00 2024 +0000
+++ b/find_str.py	Wed Jul 17 12:08:15 2024 +0000
@@ -1,4 +1,7 @@
 import argparse
+import shutil
+
+import pybigtools
 
 import pytrf  # 1.3.0
 from pyfastx import Fastx  # 0.5.2
@@ -8,6 +11,15 @@
 Designed to build some of the microsatellite tracks from https://github.com/arangrhie/T2T-Polish/tree/master/pattern for the VGP.
 """
 
+def getDensity(name, bed, len, winwidth):
+    nwin = int(len / winwidth)
+    d = [0.0 for x in range(nwin+1)]
+    for b in bed:
+        nt = b[5]
+        bin = int(b[1]/winwidth)
+        d[bin] += nt
+    dw = [(name,x*winwidth,(x+1)*winwidth,float(d[x])) for x in range(nwin+1) if (x+1)*winwidth <= len]
+    return dw
 
 def write_ssrs(args):
     """
@@ -18,11 +30,14 @@
     Sequence read bias might be influenced by GC density or some other specific motif.
     """
     bed = []
+    wig = []
+    chrlens = {}
     specific = None
     if args.specific:
         specific = args.specific.upper().split(",")
     fa = Fastx(args.fasta, uppercase=True)
     for name, seq in fa:
+        cbed = []
         for ssr in pytrf.STRFinder(
                 name,
                 seq,
@@ -43,24 +58,35 @@
             )
             # pytrf reports a 1 based start position so start-1 fixes the bed interval lengths
             if args.specific and ssr.motif in specific:
-                bed.append(row)
+                cbed.append(row)
             elif args.mono and len(ssr.motif) == 1:
-                bed.append(row)
+                cbed.append(row)
             elif args.di and len(ssr.motif) == 2:
-                bed.append(row)
+                cbed.append(row)
             elif args.tri and len(ssr.motif) == 3:
-                bed.append(row)
+                cbed.append(row)
             elif args.tetra and len(ssr.motif) == 4:
-                bed.append(row)
+                cbed.append(row)
             elif args.penta and len(ssr.motif) == 5:
-                bed.append(row)
+                cbed.append(row)
             elif args.hexa and len(ssr.motif) == 6:
-                bed.append(row)
-    bed.sort()
-    obed = ["%s\t%d\t%d\t%s_%d\t%d" % x for x in bed]
-    with open(args.bed, "w") as outbed:
-        outbed.write("\n".join(obed))
-        outbed.write("\n")
+                cbed.append(row)
+        bed += cbed
+        if args.bigwig:
+            chrlens[name] = len(seq)
+            w = getDensity(name, cbed, len(seq), args.winwidth)
+            wig += w
+    if args.bigwig:
+        wig.sort()
+        bw = pybigtools.open("temp.bw", 'w')
+        bw.write(chrlens,wig)
+        shutil.move("temp.bw", args.bed)
+    else:
+        bed.sort()
+        obed = ["%s\t%d\t%d\t%s_%d\t%d" % x for x in bed]
+        with open(args.bed, "w") as outbed:
+            outbed.write("\n".join(obed))
+            outbed.write("\n")
 
 
 if __name__ == "__main__":
@@ -80,6 +106,8 @@
     a("--monomin", default=2, type=int)
     a("-f", "--fasta", default="humsamp.fa")
     a("-b", "--bed", default="humsamp.bed")
+    a("--bigwig", action="store_true")
+    a("--winwidth", default=128, type=int)
     a("--specific", default=None)
     a("--minreps", default=2, type=int)
     args = parser.parse_args()
Binary file humsamp.bed has changed
--- a/microsatbed.xml	Wed Jul 17 07:40:00 2024 +0000
+++ b/microsatbed.xml	Wed Jul 17 12:08:15 2024 +0000
@@ -4,6 +4,7 @@
     <requirement version="3.12.3" type="package">python</requirement>
     <requirement version="2.1.0" type="package">pyfastx</requirement>
     <requirement version="1.3.0" type="package">pytrf</requirement>
+    <requirement type="package" version="0.1.4">pybigtools</requirement>
   </requirements>
    <required_files>
       <include path="find_str.py"/>
@@ -26,6 +27,10 @@
     --bed '$bed'
     #if $mode_cond.mode == "SPECIFIC":
     --specific '$mode_cond.specific'
+    #elif $mode_cond.mode == "SPECIFICBW":
+    --bigwig
+    --winwidth '$mode_cond.winwidth'
+    --specific '$mode_cond.specific'
     #else:
       #if "MONO" in $mode_cond.subset:
       --mono
@@ -52,6 +57,10 @@
     --tetramin '$tetramin'
     --pentamin '$pentamin'
     --hexamin '$hexamin'
+    #if $mode_cond.mode == "SPECIFICBW":
+    --bigwig
+    --winwidth '$mode_cond.winwidth'
+    #end if
   #end if
 ]]></command>
   <inputs>
@@ -73,24 +82,41 @@
     <conditional name="mode_cond">
     <param name="mode" type="select" label="Select patterns by motif length; or provide a specific motif pattern to report?" help="Choose *By length:* or *By pattern:* to configure STR selection mode">
       <option selected="True" value="ALL">By length: Report all motifs of one or more specified lengths (1-6nt) as bed features</option>
+      <option value="ALLBW">By length as windowed bigwig: Report all motifs of one or more specified lengths (1-6nt) as windowed density</option>
       <option value="SPECIFIC">By motif: Report one or more specific motifs (such as TCA,GC) as bed features</option>
+      <option value="SPECIFICBW">By motif as windowed bigwig: Report one or more specific motifs (such as TCA,GC) as windowed density</option>
       <option value="NATIVE">All exact STR: use the pytrf findstr native command to a create csv, tsv or gtf output</option>
     </param>
     <when value="ALL">
       <param name="subset" type="select" multiple="true" optional="false" label="Select at least 1 specific motif length to report" 
         help="Bed features will be output for every motif of the selected length(s) with the minimum required repeats or more">
       <option value="DI" selected="true">All dimers (AC,AG,AT,...)</option>
-      <option value="TRI">All trimers (ACG,..)</option>                                                                                                                          
-      <option value="TETRA">All tetramers (ACGT,..)</option>
+      <option value="TRI">All trimers (ACG,..)</option>
       <option value="PENTA">All pentamers (ACGTC,..)</option>
       <option value="HEXA">All hexamers (ACGTCG,..)</option>
       <option value="MONO">All monomers (A,C...). Warning! Can produce overwhelming numbers of bed features</option>
       </param>
     </when>
+    <when value="ALLBW">
+      <param name="subset" type="select" multiple="true" optional="false" label="Select at least 1 specific motif length to report" 
+        help="Bed features will be output for every motif of the selected length(s) with the minimum required repeats or more">
+      <option value="DI" selected="true">All dimers (AC,AG,AT,...)</option>
+      <option value="TRI">All trimers (ACG,..)</option>
+      <option value="PENTA">All pentamers (ACGTC,..)</option>
+      <option value="HEXA">All hexamers (ACGTCG,..)</option>
+      <option value="MONO">All monomers (A,C...). Warning! Can produce overwhelming numbers of bed features</option>
+      </param>
+      <param type="integer" min="5" name="winwidth" label="Window with for estimating STR bigwig density" value="128"/>
+    </when>
     <when value="SPECIFIC">
       <param name="specific" type="text" label="Supply a specific motif pattern. Separate multiple patterns with commas such as GA,GC" 
          help="Make bed features only for the nominated specific motifs." optional="false"/>
     </when>
+    <when value="SPECIFICBW">
+      <param name="specific" type="text" label="Supply a specific motif pattern. Separate multiple patterns with commas such as GA,GC" 
+         help="Make bed features only for the nominated specific motifs." optional="false"/>
+      <param type="integer" min="5" name="winwidth" label="Window with for estimating STR bigwig density" value="128"/>
+    </when>
     <when value="NATIVE">
       <param name="outformat" type="select" optional="false" label="Select the required output format" 
         help="Pytrf can create GFF, CSV or TSV output files. Documentation is linked in the help section below">
@@ -113,6 +139,8 @@
             <when input="mode_cond.outformat" value="gff" format="gff" />
             <when input="mode_cond.outformat" value="csv" format="csv" />
             <when input="mode_cond.outformat" value="tsv" format="tabular" />
+            <when input="mode_cond.mode" value="ALLBW" format="bigwig" />
+            <when input="mode_cond.mode" value="SPECIFICBW" format="bigwig" />
       </change_format>
     </data>
   </outputs>
@@ -168,6 +196,23 @@
       <param name="hexamin" value="2"/>
       <output name="bed" value="nativegff_sample" compare="diff" lines_diff="0"/>
     </test>
+    <test expect_num_outputs="1">
+      <conditional name="reference_genome">
+          <param name="genome_type_select" value="history"/>
+          <param name="fasta" value="humsamp.fa"/>
+      </conditional>
+      <conditional name="mode_cond">
+          <param name="mode" value="SPECIFICBW"/>
+          <param name="specific" value="GC"/>
+      </conditional>
+      <param name="monomin" value="20"/>
+      <param name="dimin" value="1"/>
+      <param name="trimin" value="20"/>
+      <param name="tetramin" value="20"/>
+      <param name="pentamin" value="20"/>
+      <param name="hexamin" value="20"/>
+      <output name="bed" value="dibed_wig_sample" compare="sim_size" delta="10"/>
+    </test>
   </tests>
   <help><![CDATA[
 
--- a/test-data/bed_sample	Wed Jul 17 07:40:00 2024 +0000
+++ b/test-data/bed_sample	Wed Jul 17 12:08:15 2024 +0000
@@ -1,990 +1,990 @@
-hpat1	506	526	TTTA_5	20
-hpat1	1962	1974	CCCCAC_2	12
-hpat1	2145	2163	AAAAAC_3	18
-hpat1	3033	3048	AAAAC_3	15
-hpat1	3235	3247	TTTTTT_2	12
-hpat1	4116	4128	GGCAGG_2	12
-hpat1	4310	4325	GTTTT_3	15
-hpat1	5471	5483	TTTTTG_2	12
-hpat1	5583	5595	AGCCCC_2	12
-hpat1	7238	7250	GAAAAA_2	12
-hpat1	8172	8184	AAAAAA_2	12
-hpat1	8302	8314	GAGAGA_2	12
-hpat1	8743	8755	GGAGGT_2	12
-hpat1	8827	8845	AGAAAA_3	18
-hpat1	9494	9506	GGAGGT_2	12
-hpat1	9570	9595	AAAAC_5	25
-hpat1	11622	11634	AGGGAA_2	12
-hpat1	11650	11662	AACAAC_2	12
-hpat1	12485	12497	CCTCTG_2	12
-hpat1	13456	13468	ACCCTA_2	12
-hpat1	13470	13488	CCCTAA_3	18
-hpat1	13488	13500	CCCCAA_2	12
-hpat1	13500	13518	CCCCAG_3	18
-hpat1	13522	13546	AACCCT_4	24
-hpat1	13558	13582	CCCTAA_4	24
-hpat1	13597	13609	ACCCTA_2	12
-hpat1	13611	13635	ACCCTA_4	24
-hpat1	13640	13658	AACCCC_3	18
-hpat1	13658	13670	AACCCT_2	12
-hpat1	13690	13708	ACCCTC_3	18
-hpat1	13720	13744	AACCCC_4	24
-hpat1	13746	13758	CCCAAC_2	12
-hpat1	13766	13778	CTCACC_2	12
-hpat1	14306	14318	GGCGCA_2	12
-hpat1	14335	14347	GGCGCA_2	12
-hpat1	14383	14395	GGCGCA_2	12
-hpat1	14471	14483	GGGGGG_2	12
-hpat1	16147	16159	GAGTGG_2	12
-hpat1	16546	16558	CTGAGG_2	12
-hpat1	17029	17041	CAGGCA_2	12
-hpat1	18071	18083	GTCTGG_2	12
-hpat1	18119	18131	TCGTCC_2	12
-hpat1	18794	18806	GCAGGC_2	12
-hpat1	19206	19218	TGCTCC_2	12
-hpat1	20147	20159	GGTGGT_2	12
-hpat1	22834	22846	GGGAGG_2	12
-hpat1	22938	22950	AAGCCA_2	12
-hpat1	24657	24669	AAAAAA_2	12
-hpat1	25689	25701	ATTCAC_2	12
-hpat1	26498	26510	CCCCTG_2	12
-hpat1	29329	29341	CCTCCA_2	12
-hpat1	30088	30100	CCAGGA_2	12
-hpat1	31903	31915	GTGTGT_2	12
-hpat1	32447	32459	GGAGGT_2	12
-hpat1	32997	33009	TTTTCT_2	12
-hpat1	35193	35205	GCCCAG_2	12
-hpat1	35990	36002	CTCTCC_2	12
-hpat1	36298	36310	TCTCTG_2	12
-hpat1	36310	36338	TCTC_7	28
-hpat1	36362	36374	TCTCTC_2	12
-hpat1	37141	37153	AAAAAA_2	12
-hpat1	37228	37240	ACACAC_2	12
-hpat1	38873	38885	AAAAAA_2	12
-hpat1	39405	39417	CATGTG_2	12
-hpat1	39488	39500	TTCTAG_2	12
-hpat1	40467	40482	TCTGT_3	15
-hpat1	40502	40514	GTACCA_2	12
-hpat1	43739	43764	TCCAT_5	25
-hpat1	43806	43826	CACTC_4	20
-hpat1	43854	43869	TCCAC_3	15
-hpat1	43964	43984	TCCAC_4	20
-hpat1	44029	44044	TCCAC_3	15
-hpat1	44254	44269	TCCAC_3	15
-hpat1	44371	44386	CATTC_3	15
-hpat1	44414	44429	TCCAC_3	15
-hpat1	44789	44804	TCCAC_3	15
-hpat1	44878	44903	TTCCA_5	25
-hpat1	44919	44934	TCCAC_3	15
-hpat1	45139	45154	TCCAT_3	15
-hpat1	45259	45274	TCCAT_3	15
-hpat1	45343	45368	TCCAT_5	25
-hpat1	45368	45383	TCCAC_3	15
-hpat1	45457	45472	CTCCA_3	15
-hpat1	45525	45545	CATTC_4	20
-hpat1	45553	45573	TCCAT_4	20
-hpat1	45608	45623	TCCAC_3	15
-hpat1	45742	45757	CTCCA_3	15
-hpat1	45873	45888	TCCAT_3	15
-hpat1	45888	45903	TCCAC_3	15
-hpat1	45998	46013	TCCAC_3	15
-hpat1	46016	46031	ACTCC_3	15
-hpat1	46138	46153	TCCAC_3	15
-hpat1	46298	46313	TCCAC_3	15
-hpat1	46362	46377	TTCCA_3	15
-hpat1	46415	46430	CACTC_3	15
-hpat1	46508	46523	TCCAC_3	15
-hpat1	46837	46852	CTCCA_3	15
-hpat1	46947	46967	TCCAT_4	20
-hpat1	47041	47056	CTCCA_3	15
-hpat1	47087	47102	TCCAT_3	15
-hpat1	47106	47131	TTCCA_5	25
-hpat1	47140	47160	ATTCC_4	20
-hpat1	47160	47175	ACTCC_3	15
-hpat1	47199	47214	CACTC_3	15
-hpat1	47217	47232	TCCAC_3	15
-hpat1	47302	47322	TCCAC_4	20
-hpat1	47437	47452	TCCAC_3	15
-hpat1	47487	47502	TCCAC_3	15
-hpat1	47530	47545	ACTCC_3	15
-hpat1	47597	47612	TCCAC_3	15
-hpat1	47776	47791	TCCAT_3	15
-hpat1	47951	47966	TCCAC_3	15
-hpat1	48074	48089	ATTCC_3	15
-hpat1	48517	48532	ACTCC_3	15
-hpat1	48545	48560	CATTC_3	15
-hpat1	48639	48654	CATTC_3	15
-hpat1	48672	48692	TCCAT_4	20
-hpat1	48757	48772	TCCAT_3	15
-hpat1	48805	48825	ATTCC_4	20
-hpat1	48825	48840	ACTCC_3	15
-hpat1	48840	48855	ATTCC_3	15
-hpat1	49026	49041	CTCCA_3	15
-hpat1	49265	49280	ACTCC_3	15
-hpat1	49347	49362	TCCAC_3	15
-hpat1	49403	49418	CCACT_3	15
-hpat1	49497	49512	TCCAC_3	15
-hpat1	49522	49537	TCCAC_3	15
-hpat1	49657	49672	TCCAT_3	15
-hpat1	49680	49700	ATTCC_4	20
-hpat1	49855	49875	ATTCC_4	20
-hpat1	50100	50115	TCCAT_3	15
-hpat1	50214	50229	TCCAT_3	15
-hpat1	50231	50246	CACTC_3	15
-hpat1	50314	50334	TCCAC_4	20
-hpat1	50361	50376	CACTC_3	15
-hpat1	50434	50449	TCCAC_3	15
-hpat1	50474	50489	TCCAC_3	15
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+hpat1	188601	188612	TTCTTT_2	12
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+hpat1	202828	202863	TGTG_9	36
+hpat1	202864	202883	TATA_5	20
+hpat1	203519	203530	ACCTCC_2	12
+hpat1	206032	206043	ACAAAT_2	12
+hpat1	206400	206419	AGGG_5	20
+hpat1	206623	206666	GGAA_11	44
+hpat1	211255	211266	CAGAAA_2	12
+hpat1	213725	213736	AGATAA_2	12
+hpat1	217138	217185	AAAT_12	48
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