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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc commit 908fb9148a3a116dbf7ccd16e0992e7882e748c2
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--- a/hapcut2.xml Sun May 08 10:44:03 2022 +0000 +++ b/hapcut2.xml Tue Apr 30 08:38:15 2024 +0000 @@ -1,17 +1,16 @@ -<tool id="hapcut2" name="Hapcut2" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@+ga@GA_VERSION_SUFFIX@"> - <description> - haplotype assembly for diploid organisms</description> +<tool id="hapcut2" name="Hapcut2" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="23.2"> + <description>haplotype assembly for diploid organisms</description> + <macros> + <token name="@TOOL_VERSION@">1.3.4</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token> + <import>macros.xml</import> + </macros> <xrefs> <xref type="bio.tools">hapcut2</xref> </xrefs> - <macros> - <token name="@TOOL_VERSION@">1.3.3</token> - <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> - <token name="@GA_VERSION_SUFFIX@">1</token> - </macros> <requirements> - <requirement type="package" version="1.3.3">hapcut2</requirement> + <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">hapcut2</requirement> </requirements> - <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ ## Prep inputs @@ -19,23 +18,31 @@ ln -s '$input_bam' input.bam && ln -s '$input_vcf' input.vcf +## Set reference genome if required +#if $optimization.choice in ['pacbio', 'ont']: + #if $optimization.reference_genome.source == 'index': + #set $ref_genome_path = $optimization.reference_genome.index.fields.path + #else + #set $ref_genome_path = $optimization.reference_genome.fasta + #end if +#end if ## Run program ## ===================================================================== ## Extract variant fragments from alignment -&& extractHAIRS --bam input.bam --VCF input.vcf --out frags.dat +&& extractHAIRS --bam 'input.bam' --VCF 'input.vcf' --out frags.dat #if $optimization.choice == 'pacbio': --pacbio 1 - --ref '$optimization.reference_fasta' + --ref '$ref_genome_path' #elif $optimization.choice == 'ont': --ont 1 - --ref '$optimization.reference_fasta' + --ref '$ref_genome_path' #elif $optimization.choice == 'hic': --HiC 1 #end if #if $advanced.minIS ---minIS $advanced.minIS + --minIS $advanced.minIS #end if #if $advanced.maxIS @@ -47,13 +54,11 @@ #if $optimization.choice == 'hic': --HiC 1 #end if - ]]></command> <inputs> - <param name="input_bam" type="data" format="bam" label="Input BAM file"/> - <param name="input_vcf" type="data" format="vcf" label="Input VCF file"/> - + <param name="input_bam" argument="--bam" type="data" format="bam" label="Input BAM file" help="Coordinate-sorted BAM file"/> + <param name="input_vcf" argument="--VCF" type="data" format="vcf" label="Input VCF file" help="Variant file with genotypes for a single individual"/> <conditional name="optimization"> <!-- TODO: include 10X (requires extra processing step) --> <param name="choice" type="select" display="radio" label="Optimization"> @@ -62,71 +67,111 @@ <option value="ont">Oxford Nanopore</option> <option value="hic">Hi-C</option> </param> - + <when value="default"></when> <when value="pacbio"> - <param name="reference_fasta" type="data" format="fasta" - label="Reference genome fasta file" - help="The reference genome is required for long-read optimization." - /> + <expand macro="reference_genome_input"/> </when> - <when value="ont"> - <param name="reference_fasta" type="data" format="fasta" - label="Reference genome fasta file" - help="The reference genome is required for long-read optimization." - /> + <expand macro="reference_genome_input"/> </when> + <when value="hic"></when> </conditional> - <param name="output_phased" type="boolean" label="Output phased VCF file?" - checked="true" - help="Output variant calls on the haplotype assembly" - /> - <param name="output_fragments" type="boolean" label="Output fragments file?" - help="Output fragments collected by extractHAIRS" - /> - + <param name="output_phased" type="boolean" label="Output phased VCF file?" checked="true" help="Output variant calls on the haplotype assembly"/> + <param name="output_fragments" type="boolean" label="Output fragments file?" help="Output fragments collected by extractHAIRS"/> <section name="advanced" title="Advanced parameters"> - <param name="maxIS" type="integer" label="Maximum insert size" - optional="true" value="1000" - help="Maximum insert size for a paired-end read to be considered as a single fragment for phasing." - /> - - <param name="minIS" type="integer" label="Minimum insert size" - optional="true" value="0" - help="Minimum insert size for a paired-end read to be considered as a single fragment for phasing." - /> + <param argument="--maxIS" type="integer" label="Maximum insert size" optional="true" value="1000" min="0" help="Maximum insert size for a paired-end read to be considered as a single fragment for phasing"/> + <param argument="--minIS" type="integer" label="Minimum insert size" optional="true" value="0" min="0" help="Minimum insert size for a paired-end read to be considered as a single fragment for phasing"/> </section> </inputs> <outputs> - <data name="haplotype" format="txt" from_work_dir="haplotype.out" - label="${tool.name} on ${on_string}: Haplotype block" - /> - <data name="haplotype_phased" format="vcf" from_work_dir="haplotype.out.phased.VCF" - label="${tool.name} on ${on_string}: Phased haplotype VCF" - > + <data name="haplotype" format="txt" from_work_dir="haplotype.out" label="${tool.name} on ${on_string}: Haplotype block"/> + <data name="haplotype_phased" format="vcf" from_work_dir="haplotype.out.phased.VCF" label="${tool.name} on ${on_string}: Phased haplotype VCF"> <filter>output_phased</filter> </data> - <data name="frags" format="txt" from_work_dir="frags.dat" - label="${tool.name} on ${on_string}: Fragments" - > + <data name="frags" format="txt" from_work_dir="frags.dat" label="${tool.name} on ${on_string}: Fragments"> <filter>output_fragments</filter> </data> </outputs> <tests> + <!-- Defaults --> + <test expect_num_outputs="1"> + <param name="input_bam" ftype="bam" value="input.bam"/> + <param name="input_vcf" ftype="vcf" value="input.vcf"/> + <param name="output_fragments" value="0"/> + <param name="output_phased" value="0"/> + <conditional name="optimization"> + <param name="choice" value="default"/> + </conditional> + <output name="haplotype" ftype="txt" file="output_haplotype.out"/> + </test> + + <!-- Defaults with all outputs --> + <test expect_num_outputs="3"> + <param name="input_bam" ftype="bam" value="input.bam"/> + <param name="input_vcf" ftype="vcf" value="input.vcf"/> + <param name="output_fragments" value="1"/> + <param name="output_phased" value="1"/> + <conditional name="optimization"> + <param name="choice" value="default"/> + </conditional> + <output name="frags" ftype="txt" file="output_frag.dat"/> + <output name="haplotype" ftype="txt" file="output_haplotype.out"/> + <output name="haplotype_phased" ftype="vcf" file="output_haplotype.out.phased.vcf"/> + </test> + + <!-- Hi-C optimization --> <test expect_num_outputs="3"> <param name="input_bam" ftype="bam" value="input.bam"/> <param name="input_vcf" ftype="vcf" value="input.vcf"/> <param name="output_fragments" value="1"/> <param name="output_phased" value="1"/> - <param name="optimization" value="default"/> + <conditional name="optimization"> + <param name="choice" value="default"/> + </conditional> <output name="frags" ftype="txt" file="output_frag.dat"/> <output name="haplotype" ftype="txt" file="output_haplotype.out"/> <output name="haplotype_phased" ftype="vcf" file="output_haplotype.out.phased.vcf"/> </test> + + <!-- Pacbio optimization with ref genome --> + <test expect_num_outputs="3"> + <param name="input_bam" ftype="bam" value="input.bam"/> + <param name="input_vcf" ftype="vcf" value="input.vcf"/> + <param name="output_fragments" value="1"/> + <param name="output_phased" value="1"/> + <conditional name="optimization"> + <param name="choice" value="pacbio"/> + </conditional> + <conditional name="reference_genome"> + <param name="source" value="history"/> + </conditional> + <param name="fasta" ftype="fasta" value="ref.fasta"/> + <output name="frags" ftype="txt" file="output_frag.dat"/> + <output name="haplotype" ftype="txt" file="output_haplotype.out"/> + <output name="haplotype_phased" ftype="vcf" file="output_haplotype.out.phased.vcf"/> + </test> + + <!-- Oxford nanopore optimization with ref genome --> + <test expect_num_outputs="3"> + <param name="input_bam" ftype="bam" value="input.bam"/> + <param name="input_vcf" ftype="vcf" value="input.vcf"/> + <param name="output_fragments" value="1"/> + <param name="output_phased" value="1"/> + <output name="frags" ftype="txt" file="output_frag.dat"/> + <output name="haplotype" ftype="txt" file="output_haplotype.out"/> + <output name="haplotype_phased" ftype="vcf" file="output_haplotype.out.phased.vcf"/> + <conditional name="optimization"> + <param name="optimization" value="ont"/> + </conditional> + <conditional name="reference_genome"> + <param name="source" value="history"/> + </conditional> + <param name="fasta" ftype="fasta" value="ref.fasta"/> + </test> </tests> <help><![CDATA[ @@ -172,6 +217,7 @@ ]]></help> <citations> - <citation type="doi">https://doi.org/10.1101/gr.213462.116</citation> + <citation type="doi">10.1101/gr.213462.116</citation> </citations> + <expand macro="creator"/> </tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Tue Apr 30 08:38:15 2024 +0000 @@ -0,0 +1,30 @@ +<macro> + <xml name="reference_genome_input"> + <conditional name="reference_genome"> + <param name="source" type="select" label="Source for the reference genome" help="Built-in references were created using default options."> + <option value="indexed" selected="true">Use a built-in genome</option> + <option value="history">Use a genome from history</option> + </param> + <when value="indexed"> + <param name="index" type="select" label="Select a reference genome" help="If your genome of interest is not listed, contact the Galaxy team."> + <options from_data_table="fasta_indexes"> + <filter type="sort_by" column="2" /> + <validator type="no_options" message="No genomes are available for the selected input dataset" /> + </options> + </param> + </when> + <when value="history"> + <param name="fasta" type="data" format="fasta,fasta.gz" + label="Reference genome fasta file" + help="The reference genome is required for long-read optimization." + /> + </when> + </conditional> + </xml> + + <xml name="creator"> + <creator> + <organization name="Galaxy Australia" url="https://site.usegalaxy.org.au"/> + </creator> + </xml> +</macro> \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/ref.fasta Tue Apr 30 08:38:15 2024 +0000 @@ -0,0 +1,428 @@ +>NC_045512.2 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome +ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA +CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC +TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG +TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC +CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC +GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG +CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT +GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC +GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT +TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA +GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG +TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG +CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTG +TCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTG +CTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAA +ATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAA +CCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCAC +CAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCA +GACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACT +ACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAG +GACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCG +CACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCA +CGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACA +ACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA +GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGAT +TATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAG +GTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCG +TGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCC +GCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTG +ATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG +GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTT +AAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAA +TTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGT +AAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTA +GGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCC +TACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTT +AACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAA +GCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGT +ACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAA +GGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTT +GATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAA +ATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACC +ACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAA +TTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAG +AAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATT +TGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAA +CAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTC +AACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTT +AAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACA +GTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTA +CTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAG +TTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGT +GAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTAT +TATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAA +TGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGT +GAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTA +AACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAAC +TCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCA +GATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTG +ATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAAT +GCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAAT +GGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTA +TTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGC +AGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAA +TATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAA +CAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTA +TGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTT +TCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAG +AACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACA +ACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCAC +CTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTA +AGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGGACATGTCAATGACATATGGACA +ACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGT +AAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATGACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTG +ATCCTAGTTTTCTGGGTAGGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAA 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