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"planemo upload for repository https://github.com/usegalaxy-au/tools-au/tree/master/tools/ipa commit a0de70c2d45cc307f303c82d30493c7d69e86604"
author galaxy-australia
date Mon, 13 Feb 2023 04:38:21 +0000
parents f78303e25f3e
children
files README.md ipa.xml test-data/final_purged_primary.fasta test-data/primary_ctg.fasta test-data/test.bam
diffstat 5 files changed, 6 insertions(+), 60 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/README.md	Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000
+++ b/README.md	Mon Feb 13 04:38:21 2023 +0000
@@ -28,5 +28,3 @@
 or 
 3. run planemo test  --update_test_data (i.e. planemo test --galaxy_root=/path/to/your/galaxy/folder ipa.xml) to update the test data
 or
-3. run planemoe test (i.e. planemo test --galaxy_root=/path/to/your/galaxy/folder ipa.xml)
-
--- a/ipa.xml	Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000
+++ b/ipa.xml	Mon Feb 13 04:38:21 2023 +0000
@@ -122,7 +122,7 @@
 	   </output>
 	   <output name="purged_primary" value="final_purged_primary.fasta" format="fasta">
 		 <assert_contents>
-			 <has_size value="80515"/>
+			 <has_size value="9497"/>
 		 </assert_contents>
 	   </output>
 	   <output name="purged_haplotig" value="final_purged_haplotigs.fasta" format="fasta">
@@ -132,7 +132,7 @@
            </output>
 	   <output name="primary_contig" value="primary_ctg.fasta" format="fasta">
                  <assert_contents>
-                         <has_size value="80515"/>
+                         <has_size value="9497"/>
                  </assert_contents>
            </output>
 	   <output name="alternative_contig" value="alternative_ctg.fasta" format="fasta">
--- a/test-data/final_purged_primary.fasta	Wed Feb 08 04:31:08 2023 +0000
+++ b/test-data/final_purged_primary.fasta	Mon Feb 13 04:38:21 2023 +0000
@@ -1,28 +1,2 @@
->ctg/p/l/000000/0 LN:i:9444 RC:i:16 XC:f:1.000000
-AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAGTTAAGGGACGTGTTTTATTTCATAGCTTTCTGCAAGCAAAATTGCTCTGATACAAAATGAGTTCAATGATACAGGTGCTACTGTCCACTCAAGCAAAAGAAAACCTCACATGTATATGAACGCACTTTATACTTATATTCTTACAGTATAATAGGTCTAATATCCAGGATGCCTCTGGCCTCATTGAAAGCAATGGCAGAGAAATGCTGCAAGGTACTTGAATATCATAGTACTGGCAAGTGCTTGAAGTAACTTCCTGTGAGTTCTCTGTCAGATACTGCAAAGACTGCGTGTGGGTGTGTTTGTCTTTTTGTCTTCCATCTTTTGGTTTACATTTAAATCATCTCAAAAAATATCCCCTGCATGTATCATTCAGCTTCTCAGAGTTTCCATAAAAACAGGAAAATGTCATGAGGTATCCCTAACGTCAGGGATTGATGTAGTGCTGTGGCTGTCAGAGAGGATGTAGACTTACCTGTAGGTACAGTAACTGAGTTTAGTGTGTGCCCGGCACGTTACAGTGCAGAAATGTTAGTTCATGTTAAACTTTTCCTCCTCACATATGATGTGACTTTAACCCCAGAATATCTGACAAAAAAAATTATACAGATAAAATAAAAAGACAAATACACAAATAAGGCCATCTGCAGAATTTTAAACTCGCCTCTTGCAATATTTCACAAGAATTTCTACACCATATTTTACATCGTTCAAACTTAAATAATAAATGCTCAAGGAAGGGCCTTGGTAGAACCAATTGCACTATCTCTTTGAGGACTTGTCCAATTTGCTGGCAGGTGATTTCCTCTGGGGCGTGGGGATTTTTGAAGGCTTCGCTGTGGATGGCCGAGAACCTGCTCGGGGTGTAGGTCTGTGTGTCTGGGGGACAGTTTCCACATCTGAGCACACGGACTGGATTTCTGAAATGTCAAAGTCTGATGCATCACTGCCTCGGCGGCTGCTGGCCCTGCTGCCAGCTTTGCTTCCAGCTCGACTTCCTGGTCGGCTGGGAGTCTTCTTGGAATCAGCAAACTGTGTTCGGACTCTGGCAGCTGCAGTTGTTATCAAGCCACTGTCCTCCCCAGAGTGGAAGCCTTTCCCTGATAAATATCCTGGAAGTCGAAGCTTGCTTCCTTGTATTGGCGTTCCCTCTGCAGATGGCACGGGAAAGTCTGAGCACTCTGCTGCTTTACAAGGAGTTGACATTTTGCTGTTTGTCAACCATGGTTTACCATAATTGCGTGTTAAAGGATGGAGAATCTTGGGTGTGGTGGTGGCAGGGACCTGTGGGGAGGCCGCCTGCGCAGCCTGACTGGACACAGAAGTGGATCTGTTGGGTGAAGCGCCTCGTGATGATGGCCGGGATCTTCGGCCTCGGGGTCGGAAAGCAGCCATACCCTGGCTGGCACCATCTGCTAAAATGAACTTCTCACGCAGTTCCATGTTTGTCCTTCCTTTGGCCCTGCAAGGATCATTTTTCACTAAGAACTCATCAAGTGCCATCCATCCACCTCCAACACGAACCATCACAGTACTCCGCAGGATCCGGACCAGTCGCAGTTGCTGGGAGTCTCCAAACTGATTTCCCAGGAAGAACCTGTATTTATTATCACCAATCTGCTCAACTTGAAATCGCTTTGCACATTTACACTTAGCTACCTGCCTTGTCACCTCATCTTCGATTTTGTCGGCATCTGTGATAGGTTTATATGCATCTTTATTTGGGTGAAGGGCTGCTACAAATTCATAGTAGTCAATATATCCATCGCCATCTCTGTCAAAGATGTCTGCAACTGCGCTCATCTCCAAGCGACTGGTTGGAAACTTTGAGGAAAGAATTCCATCAATAAATTCCTGCCGCGTTATTTTCCCATCCTGGTCTTTATCAATTCTCCTGAAGAAGTCCATCACTCGAGATTTCTTGTGATTCATCCATCGCATGTATTTTTTGCGCCAGATATCAAAATCAAAGTTAGCAAATTCCCTCAGCTCCTCTAGTCTGTCCAAGGCATCATTGAGTTTCCTCCTTCTTTCCAACGCCAGGAGCCAGACTTGCTGCCATTTGCTCACCAGTAAGTTTACCCTAGGATTTTTGGTTTCAATTTGTGTCTGTGACCCAGAGGGATACAAGCTTGATGCTGGAAAGCGTTTTCTTCCTGCTCGTCCCTTATCCAAGACTGGAATATGGGATTGTAATGAGGAAGGATCAGCAGCTCTCCTCTTATAGGTCTTCGTTACTTTATCAACATCAGGCTGTTTTCTGGTCATTTCCTCCATGAAGGTCTGGTGTTCTGCAATGAGTGCTTTCACCTCTTCGATCTCCTGGGGGATGACTTCTTTATCCTTATCAGTAAGTGTAGTTTCAGCCCATTGCAACCAAGCCAGCAAAGCTTCCAACAATTCCTGTTTGGCAATAAGCCCAGCCAGAGCACTTGCTAATCTCTGCTGATGTTGCTTTGCCCAGGCCAGCACCTCCTCAAACCTCGCCCGGATGATTGTTATCCAGTGCTTAATGGTAGTGATGGAGTCGGGGTGGCAGATAGCCAAAACGGTGTCGCCCATAGTGGTGGCTTTATTTAGTTCAGCTCTCTTTTCTTCCAGTTTCTTCATGAATTCTTTATGCTGATCAATGAGAGTCCGGAGAGCATCCTCATCATCTGGGAGGACACCATGGAAACGCAGGGTTTGCTCCGCCTCAGCCAGCCACTCCAAGAGGGCATGTACCACCGAGTGGAATTCCTCTGCCTGACGCAGGGCTGCTTCTAACCGTGTTTGCTTTGATATAGAAAGTGCACACACGGTCTCCCAGCGTGTGCTTAATTCCTGCATCTGGACCTTGACCCAGGAGGAGTCATCCCGACTGCCTTCTATGAGTTCTCGGGCTGAGCGCTTCAGGGCCTGCACACTGCTGGTCCTCTTCCCCAACTCTTTTTGGAAGGCCTTGTGATTATCGATCAGATTCATCACCAAATCAATGTCTCCATGAACAGGCTGGTCTTCTGCCAGCTGGGGTTCAACTCTATATAACCAATCAATGAGAGCCTGTAGGGCATCTGTGAATTGTCCAGAAAATAACAGGGCTTCCTCCAATTTGTTTTGTCTTTCCACAGATTTTCCACATATGGTATCCCATTTGTCTCTGAGTTCACTCAGCATGTCATCCAGTTTCAGGTTGTCATCAGCCAGGGAGGTTTTCTCCTTCAGAGAACGTCCAGTCCTGTTGGTGGTGTCGTAGACAGAATGCTTGGCTCCGAGTGATTTCTGAAACTCCTTATGTTGTGCAAGTTGTGTTTTTATTTTGTCTGGATCATTTGCGATTTCCAGTTCAGAATCCAAAGACTTTTCTGACTCTTCTAGCCACTCCATAAGTTTACTCCAAGCTTCATGGAACTGCTTGGCTCTCTTCCTTGCATCATCCAAAGATCTTCCTCTCTCTACCAACCGTTGAACCACTTTTTCCCATCGACTTTGTACACTGATAAGTAGATTCTTGATTAGAACAACATCTTGTTTCTGACTAAAATATTTTAGGTGGGTTCCAGTTTTGTCCAGCTCTATTATCTGCTCACGATGAGAATTTACTTCATTGGCAAAAACCTTGTGTTCGTCAATTTGAAATAAGACTGTGTCCAAGATGAGACTTGGCCGAGAAGCTACATTTAGGGTCTGTTCAGCCTGAGTAAGCCAGTTGATGAAGTCTTGGAGAGAATTGTGGAACTCCATTGCCAAGTTGAGAGCCTCTTCCAGTTTAGTTTTCCTTTCATTGAGTTTGGTTTCCACCGATTCCCATTTTTCTTTCAAGTTATTTATGTCTTGGTCAATATTTGTCTCTGCAGATTTTGGGCATCTTGCAAGCATCTGCTGGCCTTTCTGCATCAGACTCTTATATGTTTCTTCTTTAGCTTCAAAGGCAGCACAGACTTCCATATGGACATTAAGCTGCTCCTTGGCTGTTTCCGGTAAACCTCCCAGCGGTTTAGATGCCAACAGATGACGCTCCGTGTCAGTCAGCCACTGCTGCAAATCCTCAATTTCGCCATGGAACCCTTTGGCCTGGCGCAAGGCACCATCCAGCTGCTGCTTCCTTTGTTCTGTTTTTTCCAAAACATTTTGCCAGCGTTGATTTAAAACCTCTAGCTTGTTCTGAAGGTTGCTTGCTTCTTCTCCTGCACTTGATTCAATTAGATCATTTCCTGCTTTATTAACGGCTTCCACTGTGGACTGATGGGCTAATACATCATTTTGGAGCACATGATGCTTGGCAAGTTCAATTTCAATGGCTTTAGGGTCTCCTCCAACAGGTTTCTGCTCACTTAGCAAGCCCTCGGTGTGTGTCAGCCATGCCAGGAGCTCATCCAGGGCATGTTGGAACTGACCCAAGGCTAATAGAGCACCCTCCAGTTTATGCTGTCTGTTGATGATTCTCTCCTCCAGGCTATCCCATATCAATTTCAGTTCCATTAATGGGTCTTGAACAGTGTGTTTGTCACTCTCTTCTGTTACTTTCTTTAGCAAAAGCTCTGCTTGATGATTCAGTCTTTCCATTTCTATCTGCTGTTGATAGGCCTCAGACTTAAATTGCTTTAGCTCTTCAATCTGCTGCTTGACAGTTTCGAGATCTGTTCCAATTGGAGACATTGAAGCTAATTTACCACCTGCAATATCTACCCAGTCAAATACCGCCTGCAGTCCATCCTGGTACTGAACGGCAGCCTGCATTGCCTCCTCAAGTTTGTCAATCCGGTCTTTCCAAGCTTTATTTAGAGAATCCCATGCTGAATTTAACTCATCTATACTCTTCTTGACAATGGGTTTATCAGGCTCCCCACATGCCGCAATGAGTTCAGAACCTAGGTTAATAACTATATCCAGCTCCTCCTGTAGTCCATCTATTTCTTCCCTTATGGTCTCTGCTGCTTCTTGCTGTTGTTTTACTACTGAA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