# HG changeset patch
# User galaxyp
# Date 1681943866 0
# Node ID bf06d196e23dda89837034c391ede7ad5006f223
# Parent 2b1868ab3724a7b306e4270a7808213685ca30a5
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/cardinal commit eeeb69463a2037a6ee620b9223cb152fcc39f1b0
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/ComBat_results_Example_processed_file.ibd
Binary file test-data/ComBat_results_Example_processed_file.ibd has changed
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/ComBat_results_Example_processed_file.imzml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ComBat_results_Example_processed_file.imzml Wed Apr 19 22:37:46 2023 +0000
@@ -0,0 +1,340 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/ComBat_results_Example_processed_file.imzml.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ComBat_results_Example_processed_file.imzml.txt Wed Apr 19 22:37:46 2023 +0000
@@ -0,0 +1,4 @@
+imzML file:
+total 1648
+-rw-r--r-- 1 ubuntu ubuntu 1663576 Feb 15 11:25 ibd
+-rw-r--r-- 1 ubuntu ubuntu 18593 Feb 15 11:25 imzml
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/ComBat_results_Example_processed_file_preprocessing.pdf
Binary file test-data/ComBat_results_Example_processed_file_preprocessing.pdf has changed
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/Combat_40pixel.ibd
Binary file test-data/Combat_40pixel.ibd has changed
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/Combat_40pixel.imzML
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/Combat_40pixel.imzML Wed Apr 19 22:37:46 2023 +0000
@@ -0,0 +1,1240 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/Example_processed_ComBat_annotation.tabular
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/Example_processed_ComBat_annotation.tabular Wed Apr 19 22:37:46 2023 +0000
@@ -0,0 +1,10 @@
+spectra_names x_values y_values batch_id condition
+xy_1_1 1 1 B_1 A
+xy_2_1 2 1 B_1 B
+xy_3_1 3 1 B_1 A
+xy_1_2 1 2 B_1 B
+xy_2_2 2 2 B_2 A
+xy_3_2 3 2 B_2 B
+xy_1_3 1 3 B_2 A
+xy_2_3 2 3 B_2 B
+xy_3_3 3 3 B_2 A
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/annotation_40pixel.tabular
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotation_40pixel.tabular Wed Apr 19 22:37:46 2023 +0000
@@ -0,0 +1,41 @@
+xy_x_y x y TMA_Batch Sample Tissue
+xy_10_29 10 29 TMA_397 TMA_397_C-2_Tumor Tumor
+xy_22_14 22 14 TMA_402 TMA_402_C-3_Stroma Stroma
+xy_22_27 22 27 TMA_394 TMA_394_A-1_Stroma Stroma
+xy_23_7 23 7 TMA_402 TMA_402_C-3_Stroma Stroma
+xy_24_26 24 26 TMA_394 TMA_394_A-1_Stroma Stroma
+xy_24_6 24 6 TMA_402 TMA_402_C-3_Stroma Stroma
+xy_29_45 29 45 TMA_394 TMA_394_A-1_Tumor Tumor
+xy_2_10 2 10 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
+xy_33_41 33 41 TMA_394 TMA_394_A-1_Tumor Tumor
+xy_34_43 34 43 TMA_394 TMA_394_A-1_Tumor Tumor
+xy_34_5 34 5 TMA_400 TMA_400_A-4_Tumor Tumor
+xy_36_3 36 3 TMA_400 TMA_400_A-4_Tumor Tumor
+xy_38_3 38 3 TMA_400 TMA_400_A-4_Tumor Tumor
+xy_3_4 3 4 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
+xy_48_5 48 5 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
+xy_49_11 49 11 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
+xy_49_9 49 9 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
+xy_51_6 51 6 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
+xy_52_8 52 8 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
+xy_53_11 53 11 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
+xy_53_14 53 14 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
+xy_55_8 55 8 TMA_400 TMA_400_A-4_Stroma Stroma
+xy_5_24 5 24 TMA_397 TMA_397_C-2_Tumor Tumor
+xy_5_5 5 5 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
+xy_62_6 62 6 TMA_398 TMA_398_E-2_Tumor Tumor
+xy_64_9 64 9 TMA_398 TMA_398_E-2_Tumor Tumor
+xy_6_3 6 3 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
+xy_6_4 6 4 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
+xy_6_5 6 5 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
+xy_6_7 6 7 TMA_402 TMA_402_C-3_Tumor Tumor
+xy_71_8 71 8 TMA_398 TMA_398_E-2_Stroma Stroma
+xy_73_6 73 6 TMA_398 TMA_398_E-2_Stroma Stroma
+xy_73_7 73 7 TMA_398 TMA_398_E-2_Stroma Stroma
+xy_74_7 74 7 TMA_398 TMA_398_E-2_Stroma Stroma
+xy_7_53 7 53 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_8_55 8 55 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_8_56 8 56 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_9_52 9 52 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_9_53 9 53 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
+xy_9_56 9 56 TMA_397 TMA_397_C-2_Stroma Stroma
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.ibd
Binary file test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.ibd has changed
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.imzml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.imzml Wed Apr 19 22:37:46 2023 +0000
@@ -0,0 +1,1240 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.imzml.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.imzml.txt Wed Apr 19 22:37:46 2023 +0000
@@ -0,0 +1,4 @@
+imzML file:
+total 132
+-rw-r--r-- 1 ubuntu ubuntu 63648 Feb 7 17:01 ibd
+-rw-r--r-- 1 ubuntu ubuntu 66384 Feb 7 17:01 imzml
diff -r 2b1868ab3724 -r bf06d196e23d test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.pdf
Binary file test-data/preprocessing_results_combat_40pixel.pdf has changed