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"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/diapysef commit d4b6dd6bf42d2e8faa335bcd77b681938e56a9e4"
author galaxyp
date Fri, 06 Mar 2020 07:16:26 -0500
parents
children
files diapysef.xml test-data/evidence_cut.tabular test-data/irtassays.tabular test-data/msms_cut.tabular test-data/rtcalibration1.pdf test-data/rtcalibration2.pdf
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+++ b/diapysef.xml	Fri Mar 06 07:16:26 2020 -0500
@@ -0,0 +1,111 @@
+<tool id="diapysef" name="diapysef library generation" version="0.3.5.0">
+    <description>generates spectral library for DIA analysis</description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="0.3.5">diapysef</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.0.1">pandas</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="aggressive">
+    <![CDATA[
+
+        python '${diapysef_script}'
+
+    ]]>
+    </command>
+    <configfiles>
+        <configfile name="diapysef_script"><![CDATA[
+
+import diapysef as dp
+import pandas as pd
+
+msms = pd.read_csv("$input_msms", sep="\t")
+evidence = pd.read_csv("$input_evidence", sep="\t")
+irt = pd.read_csv("$input_irtassays", sep="\t")
+ptsv = dp.pasef_to_tsv(evidence, msms, irt_file=irt, ion_mobility=None, rt_alignment="$alignment")
+ptsv.to_csv("$output_tabular", sep="\t", index=False)
+
+
+    ]]></configfile>
+    </configfiles>
+    <inputs>
+        <param name="input_msms" type="data" format="tabular" label="MaxQuant output file msms.txt" help="" />
+        <param name="input_evidence" type="data" format="tabular" label="MaxQuant output file evidence.txt" help="" />
+        <param name="input_irtassays" type="data" format="tabular" label="Retention time alignment peptides" help="tabular file containing peptides for the alignment, e.g. iRTs or ciRTs" />
+        <param name="alignment" type="select" display="radio" label="RT alignment method" help="" >
+            <option value="linear" selected="True">linear</option>
+            <option value="nonlinear">lowess</option>
+        </param>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output_tabular" format="tabular" label="${tool.name} on ${on_string}: spectral library" from_work_dir="mqout.tabular" />
+        <data name="output_pdf" format="pdf" label="${tool.name} on ${on_string}: RT calibration curves" from_work_dir="rtcalibration.pdf" />
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input_msms" value="msms_cut.tabular" ftype="tabular" />
+            <param name="input_evidence" value="evidence_cut.tabular" ftype="tabular" />
+            <param name="input_irtassays" value="irtassays.tabular" ftype="tabular" />
+            <param name="alignment" value="linear" />
+            <output name="output_pdf" file="rtcalibration1.pdf" compare="sim_size"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="input_msms" value="msms_cut.tabular" ftype="tabular" />
+            <param name="input_evidence" value="evidence_cut.tabular" ftype="tabular" />
+            <param name="input_irtassays" value="irtassays.tabular" ftype="tabular" />
+            <param name="alignment" value="nonlinear" />
+            <output name="output_pdf" file="rtcalibration2.pdf" compare="sim_size"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="input_msms" value="msms_cut.tabular" ftype="tabular" />
+            <param name="input_evidence" value="evidence_cut.tabular" ftype="tabular" />
+            <param name="input_irtassays" value="irtassays.tabular" ftype="tabular" />
+            <param name="alignment" value="nonlinear" />
+            <output name="output_tabular" >
+            <assert_contents>
+                <has_text text="transition_group_id" />
+                <has_text text="LibraryIntensity" />
+                <has_text text="(Acetylation)DGLDAASYYAPVR" />
+                <has_text text="sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion" />
+                <has_text text="sp|Biognosys_pep-k|iRT-Kit_WR_fusion" />
+                <has_n_columns n="11" />
+            </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+<![CDATA[
+
+
+Diapysef enables generating a DIA library. For more information: http://openswath.org/en/latest/docs/librarygeneration.html
+
+For most data-independent acquisition (DIA) analysis, a well-represented spectral library is required for precursors, peptide, and protein identifications. Currently, we support library generation with the diapysef package directly from a MaxQuant analysis of several DDA runs. 
+
+**Inputs**
+
+    - msms.txt and evidence.txt (output files from MaxQuant)
+    - peptides used for retention time alignment e.g. iRTs or ciRTs
+
+        - Tabular file with at least three columns for precursor charge, normalized retention time and modified peptide sequence
+        - The headers of the columns must be named "PrecursorCharge" "NormalizedRetentionTime" "ModifiedPeptideSequence"
+
+
+            ::
+
+              PrecursorCharge     NormalizedRetentionTime    ModifiedPeptideSequence
+                     2                       53.2                 ADVTPADFSEWSK
+                     3                       52.9                 ADVTPADFSEWSK
+                     2                       43.6                 DGLDAASYYAPVR
+                    ...
+                    ...
+
+
+**Potential next Steps**
+
+After generating the spectral library with diapysef, the tabular file can be imported into OpenSwathAssayGenerator and OpenSwathDecoyGenerator to refine the library.
+
+
+]]>
+    </help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1038/nbt.2841</citation>
+    </citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/evidence_cut.tabular	Fri Mar 06 07:16:26 2020 -0500
@@ -0,0 +1,253 @@
+Sequence	Length	Modifications	Modified sequence	Oxidation (M) Probabilities	Oxidation (M) Score Diffs	Acetyl (Protein N-term)	Oxidation (M)	Missed cleavages	Proteins	Leading proteins	Leading razor protein	Type	Raw file	Experiment	MS/MS m/z	Charge	m/z	Mass	Resolution	Uncalibrated - Calibrated m/z [ppm]	Uncalibrated - Calibrated m/z [Da]	Mass error [ppm]	Mass error [Da]	Uncalibrated mass error [ppm]	Uncalibrated mass error [Da]	Max intensity m/z 0	Retention time	Retention length	Calibrated retention time	Calibrated retention time start	Calibrated retention time finish	Retention time calibration	Match time difference	Match m/z difference	Match q-value	Match score	Number of data points	Number of scans	Number of isotopic peaks	PIF	Fraction of total spectrum	Base peak fraction	PEP	MS/MS count	MS/MS scan number	Score	Delta score	Combinatorics	Intensity	Reporter PIF	Reporter fraction	Reverse	Potential contaminant	id	Protein group IDs	Peptide ID	Mod. peptide ID	MS/MS IDs	Best MS/MS	Oxidation (M) site IDs
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN11	11	726.835815429688	2	726.835714	1451.65687	40804.6628538042	0.47975	0.0003487	-0.42588	-0.00030955	0.053864	3.9151E-05	726.835759737833	36.159	1.7086	36.159	35.604	37.313	0					330	80	6	0	0	0	4.8078E-17	3	16235	136.48	125.32	1	495900000					2316	81	275	290	1661;1662;1663	1662	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN12	12	726.835754394531	2	726.835714	1451.65687	40733.5039557695	0.28206	0.00020501	-0.326	-0.00023695	-0.043932	-3.1931E-05	726.835855182069	36.158	1.8394	36.111	35.499	37.338	-0.047638					315	84	6	0	0	0	2.3068E-25	3	15525	150.94	138.31	1	489410000					2317	81	275	290	1664;1665;1666	1665	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN12	12	484.893768310547	3	484.892901	1451.65687	51095.7993548774	0.71313	0.00034579	-0.18584	-9.0112E-05	0.52729	0.00025568	484.892685329051	36.134	0.50261	36.086	35.82	36.322	-0.047638					47	21	4	0	0	0	0.010643	1	15366	37.594	27.285	1	1296100					2318	81	275	290	1667	1667	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN13	13	726.8359375	2	726.835714	1451.65687	40891.9643909921	0.33925	0.00024658	-0.27471	-0.00019967	0.064533	4.6905E-05	726.835958778748	36.271	1.7322	36.121	35.55	37.282	-0.15025					349	86	6	0	0	0	8.4539E-18	2	15661	141.1	120.31	1	465130000					2319	81	275	290	1668;1669	1669	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN14	14	726.835876464844	2	726.835714	1451.65687	40698.3675005038	0.24084	0.00017505	-0.072029	-5.2354E-05	0.16881	0.0001227	726.836090026682	36.259	1.7324	36.213	35.616	37.348	-0.046562					315	80	6	0	0	0	2.3068E-25	3	16070	150.94	135.08	1	398680000					2320	81	275	290	1670;1671;1672	1671	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN15	15	484.893768310547	3	484.892901	1451.65687	51620.3679636657	0.71267	0.00034557	0.05977	2.8982E-05	0.77244	0.00037455	484.893022251297	36.108	0.60837	36.157	35.84	36.448	0.049464					43	29	2	0	0	0	0.049208	1	15764	24.964	17.599	1	1345800					2321	81	275	290	1673	1673	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN15	15	726.836059570313	2	726.835714	1451.65687	40737.6924372013	0.41759	0.00030352	-0.27897	-0.00020276	0.13862	0.00010076	726.835989270798	36.107	1.7198	36.157	35.599	37.318	0.049464					344	80	6	0	0	0	4.7965E-17	1	15921	136.49	121.15	1	442360000					2322	81	275	290	1674	1674	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN16	16	726.835632324219	2	726.835714	1451.65687	41294.9940127078	0.20003	0.00014539	-0.18379	-0.00013359	0.016238	1.1802E-05	726.83608277559	36.053	1.9616	36.206	35.526	37.487	0.15318					356	90	7	0	0	0	9.982E-34	2	15895	152.07	131.66	1	529730000					2323	81	275	290	1675;1676	1676	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN17	17	726.835693359375	2	726.835714	1451.65687	40779.6032358211	0.21606	0.00015704	-0.28166	-0.00020472	-0.065601	-4.7681E-05	726.836084051453	35.951	1.6837	36.204	35.67	37.354	0.25303					322	77	6	0	0	0	2.3068E-25	2	16273	150.94	139.45	1	537480000					2324	81	275	290	1677;1678	1678	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN18	18	726.835693359375	2	726.835714	1451.65687	40707.0399127058	0.29526	0.0002146	-0.2623	-0.00019065	0.032959	2.3955E-05	726.835858765806	35.935	1.79	36.187	35.65	37.44	0.25147					323	81	6	0	0	0	1.862E-25	2	16022	151.15	128.03	1	505420000					2325	81	275	290	1679;1680	1680	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN19	19	726.835876464844	2	726.835714	1451.65687	40376.6948201121	0.56086	0.00040765	-0.46329	-0.00033673	0.097568	7.0916E-05	726.835876282992	35.953	1.8095	36.202	35.63	37.439	0.24947					304	83	6	0	0	0	2.6592E-35	2	15290	161.67	127.48	1	513270000					2326	81	275	290	1681;1682	1682	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN20	20	726.835693359375	2	726.835714	1451.65687	40838.9328901659	0.079042	5.7451E-05	0.028235	2.0522E-05	0.10728	7.7973E-05	726.836305120478	35.766	1.7361	36.217	35.682	37.418	0.45065					349	83	6	0	0	0	1.7286E-45	2	16275	169.65	138.18	1	630310000					2327	81	275	290	1683;1684	1684	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MSMS	TN21	21	726.835998535156	2	726.835714	1451.65687	40900.0783808448	0.1682	0.00012225	-0.20963	-0.00015237	-0.041435	-3.0116E-05	726.835898374394	35.792	1.5973	36.249	35.72	37.317	0.45635					305	71	6	0	0	0	1.7892E-45	1	16184	169.58	149.5	1	548820000					2328	81	275	290	1685	1685	
+ADVTPADFSEWSK	13	Unmodified	_ADVTPADFSEWSK_			0	0	0	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	sp|Biognosys_pep-h|iRT-Kit_WR_fusion	MULTI-MATCH	TN11	11		3	484.892901	1451.65687	51472.8283317492	0.74104	0.00035933	-0.13589	-6.5893E-05	0.60515	0.00029343	484.892715476254	36.159	0.57456	36.159	35.879	36.453	-7.1054E-15	-0.036118	3.4813E-06	NaN	37.594	46	28	2	NaN	NaN	NaN	NaN	0		NaN	NaN	0	1284300					2329	81	275	290			
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