# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1502286868 14400 # Node ID e6c58243fb1cb1bdf99a7db00f91646016e7422b # Parent 03b4eeb48592f38c9faa602cb6446b3ce51e2c99 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 9a14ed1f2d3c9abdfb080251b3419dd9e0c52a14 diff -r 03b4eeb48592 -r e6c58243fb1c MascotAdapterOnline.xml --- a/MascotAdapterOnline.xml Wed Mar 01 12:55:38 2017 -0500 +++ b/MascotAdapterOnline.xml Wed Aug 09 09:54:28 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Annotates MS/MS spectra using Mascot. MascotAdapterOnline @@ -34,13 +34,23 @@ -Mascot_parameters:precursor_mass_tolerance $param_Mascot_parameters_precursor_mass_tolerance #end if #if $param_Mascot_parameters_precursor_error_units: - -Mascot_parameters:precursor_error_units $param_Mascot_parameters_precursor_error_units + -Mascot_parameters:precursor_error_units + #if " " in str($param_Mascot_parameters_precursor_error_units): + "$param_Mascot_parameters_precursor_error_units" + #else + $param_Mascot_parameters_precursor_error_units + #end if #end if #if $param_Mascot_parameters_fragment_mass_tolerance: -Mascot_parameters:fragment_mass_tolerance $param_Mascot_parameters_fragment_mass_tolerance #end if #if $param_Mascot_parameters_fragment_error_units: - -Mascot_parameters:fragment_error_units $param_Mascot_parameters_fragment_error_units + -Mascot_parameters:fragment_error_units + #if " " in str($param_Mascot_parameters_fragment_error_units): + "$param_Mascot_parameters_fragment_error_units" + #else + $param_Mascot_parameters_fragment_error_units + #end if #end if #if $param_Mascot_parameters_charges: -Mascot_parameters:charges "$param_Mascot_parameters_charges" @@ -71,7 +81,12 @@ #end for #end if #if $param_Mascot_parameters_mass_type: - -Mascot_parameters:mass_type $param_Mascot_parameters_mass_type + -Mascot_parameters:mass_type + #if " " in str($param_Mascot_parameters_mass_type): + "$param_Mascot_parameters_mass_type" + #else + $param_Mascot_parameters_mass_type + #end if #end if #if $param_Mascot_parameters_number_of_hits: -Mascot_parameters:number_of_hits $param_Mascot_parameters_number_of_hits @@ -114,7 +129,12 @@ -force #end if #if $adv_opts.param_Mascot_parameters_search_type: - -Mascot_parameters:search_type $adv_opts.param_Mascot_parameters_search_type + -Mascot_parameters:search_type + #if " " in str($adv_opts.param_Mascot_parameters_search_type): + "$adv_opts.param_Mascot_parameters_search_type" + #else + $adv_opts.param_Mascot_parameters_search_type + #end if #end if #if $adv_opts.param_Mascot_parameters_special_modifications: -Mascot_parameters:special_modifications "$adv_opts.param_Mascot_parameters_special_modifications" @@ -208,6 +228,7 @@ + @@ -230,6 +251,7 @@ + @@ -361,7 +383,6 @@ - @@ -386,23 +407,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -423,6 +449,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -434,6 +680,7 @@ + @@ -451,9 +698,11 @@ + + @@ -467,6 +716,7 @@ + @@ -488,6 +738,7 @@ + @@ -519,6 +770,7 @@ + @@ -529,6 +781,8 @@ + + @@ -621,7 +875,7 @@ - + @@ -631,6 +885,7 @@ + @@ -694,10 +949,16 @@ + + + + + + @@ -713,6 +974,7 @@ + @@ -780,6 +1042,7 @@ + @@ -790,6 +1053,7 @@ + @@ -804,6 +1068,7 @@ + @@ -844,13 +1109,16 @@ + + + + - - + @@ -920,48 +1188,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -990,6 +1563,7 @@ + @@ -1044,8 +1618,11 @@ + + + @@ -1075,7 +1652,6 @@ - @@ -1199,13 +1775,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1222,6 +1814,7 @@ + @@ -1253,6 +1846,8 @@ + + @@ -1302,6 +1897,7 @@ + @@ -1321,6 +1917,8 @@ + + @@ -1352,6 +1950,10 @@ + + + + @@ -1415,6 +2017,9 @@ + + + @@ -1436,6 +2041,8 @@ + + @@ -1457,9 +2064,6 @@ - - - @@ -1528,7 +2132,7 @@ - + @@ -1566,6 +2170,9 @@ + + + @@ -1587,6 +2194,8 @@ + + @@ -1678,6 +2287,7 @@ + @@ -1690,6 +2300,8 @@ + + @@ -1707,21 +2319,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1801,6 +2750,10 @@ + + + + @@ -1808,6 +2761,7 @@ + @@ -1830,6 +2784,7 @@ + @@ -1961,7 +2916,6 @@ - @@ -1986,23 +2940,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -2023,6 +2982,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2034,6 +3213,7 @@ + @@ -2051,9 +3231,11 @@ + + @@ -2067,6 +3249,7 @@ + @@ -2088,6 +3271,7 @@ + @@ -2119,6 +3303,7 @@ + @@ -2129,6 +3314,8 @@ + + @@ -2221,7 +3408,7 @@ - + @@ -2231,6 +3418,7 @@ + @@ -2294,10 +3482,16 @@ + + + + + + @@ -2313,6 +3507,7 @@ + @@ -2380,6 +3575,7 @@ + @@ -2390,6 +3586,7 @@ + @@ -2404,6 +3601,7 @@ + @@ -2444,13 +3642,16 @@ + + + + - - + @@ -2520,48 +3721,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2590,6 +4096,7 @@ + @@ -2644,8 +4151,11 @@ + + + @@ -2675,7 +4185,6 @@ - @@ -2799,13 +4308,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2822,6 +4347,7 @@ + @@ -2853,6 +4379,8 @@ + + @@ -2902,6 +4430,7 @@ + @@ -2921,6 +4450,8 @@ + + @@ -2952,6 +4483,10 @@ + + + + @@ -3015,6 +4550,9 @@ + + + @@ -3036,6 +4574,8 @@ + + @@ -3057,9 +4597,6 @@ - - - @@ -3128,7 +4665,7 @@ - + @@ -3166,6 +4703,9 @@ + + + @@ -3187,6 +4727,8 @@ + + @@ -3278,6 +4820,7 @@ + @@ -3290,6 +4833,8 @@ + + @@ -3307,21 +4852,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -3401,6 +5283,10 @@ + + + + diff -r 03b4eeb48592 -r e6c58243fb1c datatypes_conf.xml --- a/datatypes_conf.xml Wed Mar 01 12:55:38 2017 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,33 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 03b4eeb48592 -r e6c58243fb1c filetypes.txt --- a/filetypes.txt Wed Mar 01 12:55:38 2017 -0500 +++ b/filetypes.txt Wed Aug 09 09:54:28 2017 -0400 @@ -14,7 +14,7 @@ consensusXML consensusxml galaxy.datatypes.proteomics:ConsensusXML application/xml edta tabular galaxy.datatypes.tabular:Tabular featureXML featurexml galaxy.datatypes.proteomics:FeatureXML application/xml -idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXM application/xml +idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXML application/xml mzML mzml galaxy.datatypes.proteomics:MzML application/xml mzXML mzxml galaxy.datatypes.proteomics:MzXML application/xml pepXML pepxml galaxy.datatypes.proteomics:PepXml application/xml @@ -26,4 +26,4 @@ msp msp galaxy.datatypes.proteomics:Msp mzid mzid galaxy.datatypes.proteomics:MzIdentML application/xml png png galaxy.datatypes.images:Png image/png -mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf \ No newline at end of file +mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf diff -r 03b4eeb48592 -r e6c58243fb1c macros.xml --- a/macros.xml Wed Mar 01 12:55:38 2017 -0500 +++ b/macros.xml Wed Aug 09 09:54:28 2017 -0400 @@ -2,7 +2,7 @@ - openms + openms xtandem fido msgf_plus diff -r 03b4eeb48592 -r e6c58243fb1c readme.md --- a/readme.md Wed Mar 01 12:55:38 2017 -0500 +++ b/readme.md Wed Aug 09 09:54:28 2017 -0400 @@ -14,15 +14,29 @@ Generating OpenMS wrappers ========================== - * install OpenMS (you can do this automatically through the Tool Shed) + * install OpenMS (you can do this automatically through Conda) * create a folder called CTD - * inside of your new installed openms/bin folder, execute the following command: + * if you installed openms as a binary in a specific directory, execute the following command in the `openms/bin` directory: ```bash for binary in `ls`; do ./$binary -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; done; ``` - * `MetaProSIP.ctd` includes a not supported character: To use it, search for `²` and replace it (e.g. with `^2`). + * if there is no binary release (e.g. as with version 2.2), download and unpack the Conda package, find the `bin` folder and create a list of the tools as follow: + + ```bash + ls >> tools.txt + ``` + + * search for the `bin` folder of your conda environment containing OpenMS and do: + + ```bash + while read p; do + ./PATH/TO/BIN/$p -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; + done ``` - * In `PeakPickerHiRes.xml`, the parameter `report_FWHM_unit` has to be put in quotation marks. Look for the following line + + * In `IDFileConverter.xml` the following is needed in the command section at the beginning (check your file to know what to copy where): - -algorithm:report_FWHM_unit $param_algorithm_report_FWHM_unit - - and change it to + ``` + + ``` + + * In `IDFileConverter.xml` and `FileConverter.xml` add `auto_format="true"` to the output, e.g.: - + - `` + - `` * To add an example test case to `DecoyDatabase.xml` add the following after the output section. If standard settings change you might have to adjust the options and/or the test files. diff -r 03b4eeb48592 -r e6c58243fb1c tool.conf --- a/tool.conf Wed Mar 01 12:55:38 2017 -0500 +++ b/tool.conf Wed Aug 09 09:54:28 2017 -0400 @@ -6,13 +6,7 @@ -

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- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +

+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +

@@ -154,9 +154,7 @@ - -