# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1502286693 14400 # Node ID c70264573191a514e5b58a0969da5528efcd67be # Parent 2b2a7551a857b68f961fbc7648dae884de1c8639 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 9a14ed1f2d3c9abdfb080251b3419dd9e0c52a14 diff -r 2b2a7551a857 -r c70264573191 MSGFPlusAdapter.xml --- a/MSGFPlusAdapter.xml Wed Mar 01 12:53:06 2017 -0500 +++ b/MSGFPlusAdapter.xml Wed Aug 09 09:51:33 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + MS/MS database search using MS-GF+. MSGFPlusAdapter @@ -12,29 +12,29 @@ - + @@ -177,6 +207,7 @@ + @@ -199,6 +230,7 @@ + @@ -330,7 +362,6 @@ - @@ -355,23 +386,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -392,6 +428,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -403,6 +659,7 @@ + @@ -420,9 +677,11 @@ + + @@ -436,6 +695,7 @@ + @@ -457,6 +717,7 @@ + @@ -488,6 +749,7 @@ + @@ -498,6 +760,8 @@ + + @@ -590,7 +854,7 @@ - + @@ -600,6 +864,7 @@ + @@ -663,10 +928,16 @@ + + + + + + @@ -682,6 +953,7 @@ + @@ -749,6 +1021,7 @@ + @@ -759,6 +1032,7 @@ + @@ -773,6 +1047,7 @@ + @@ -813,13 +1088,16 @@ + + + + - - + @@ -889,48 +1167,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - 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@@ -1955,23 +2919,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -1992,6 +2961,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2003,6 +3192,7 @@ + @@ -2020,9 +3210,11 @@ + + @@ -2036,6 +3228,7 @@ + @@ -2057,6 +3250,7 @@ + @@ -2088,6 +3282,7 @@ + @@ -2098,6 +3293,8 @@ + + @@ -2190,7 +3387,7 @@ - + @@ -2200,6 +3397,7 @@ + @@ -2263,10 +3461,16 @@ + + + + + + @@ -2282,6 +3486,7 @@ + @@ -2349,6 +3554,7 @@ + @@ -2359,6 +3565,7 @@ + @@ -2373,6 +3580,7 @@ + @@ -2413,13 +3621,16 @@ + + + + - - + @@ -2489,48 +3700,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - 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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 2b2a7551a857 -r c70264573191 filetypes.txt --- a/filetypes.txt Wed Mar 01 12:53:06 2017 -0500 +++ b/filetypes.txt Wed Aug 09 09:51:33 2017 -0400 @@ -14,7 +14,7 @@ consensusXML consensusxml galaxy.datatypes.proteomics:ConsensusXML application/xml edta tabular galaxy.datatypes.tabular:Tabular featureXML featurexml galaxy.datatypes.proteomics:FeatureXML application/xml -idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXM application/xml +idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXML application/xml mzML mzml galaxy.datatypes.proteomics:MzML application/xml mzXML mzxml galaxy.datatypes.proteomics:MzXML application/xml pepXML pepxml galaxy.datatypes.proteomics:PepXml application/xml @@ -26,4 +26,4 @@ msp msp galaxy.datatypes.proteomics:Msp mzid mzid galaxy.datatypes.proteomics:MzIdentML application/xml png png galaxy.datatypes.images:Png image/png -mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf \ No newline at end of file +mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf diff -r 2b2a7551a857 -r c70264573191 macros.xml --- a/macros.xml Wed Mar 01 12:53:06 2017 -0500 +++ b/macros.xml Wed Aug 09 09:51:33 2017 -0400 @@ -2,7 +2,7 @@ - openms + openms xtandem fido msgf_plus diff -r 2b2a7551a857 -r c70264573191 readme.md --- a/readme.md Wed Mar 01 12:53:06 2017 -0500 +++ b/readme.md Wed Aug 09 09:51:33 2017 -0400 @@ -14,15 +14,29 @@ Generating OpenMS wrappers ========================== - * install OpenMS (you can do this automatically through the Tool Shed) + * install OpenMS (you can do this automatically through Conda) * create a folder called CTD - * inside of your new installed openms/bin folder, execute the following command: + * if you installed openms as a binary in a specific directory, execute the following command in the `openms/bin` directory: ```bash for binary in `ls`; do ./$binary -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; done; ``` - * `MetaProSIP.ctd` includes a not supported character: To use it, search for `²` and replace it (e.g. with `^2`). + * if there is no binary release (e.g. as with version 2.2), download and unpack the Conda package, find the `bin` folder and create a list of the tools as follow: + + ```bash + ls >> tools.txt + ``` + + * search for the `bin` folder of your conda environment containing OpenMS and do: + + ```bash + while read p; do + ./PATH/TO/BIN/$p -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; + done ``` - * In `PeakPickerHiRes.xml`, the parameter `report_FWHM_unit` has to be put in quotation marks. Look for the following line + + * In `IDFileConverter.xml` the following is needed in the command section at the beginning (check your file to know what to copy where): - -algorithm:report_FWHM_unit $param_algorithm_report_FWHM_unit - - and change it to + ``` + + ``` + + * In `IDFileConverter.xml` and `FileConverter.xml` add `auto_format="true"` to the output, e.g.: - + - `` + - `` * To add an example test case to `DecoyDatabase.xml` add the following after the output section. If standard settings change you might have to adjust the options and/or the test files. diff -r 2b2a7551a857 -r c70264573191 tool.conf --- a/tool.conf Wed Mar 01 12:53:06 2017 -0500 +++ b/tool.conf Wed Aug 09 09:51:33 2017 -0400 @@ -6,13 +6,7 @@ -
- - -
- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +
+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +
@@ -154,9 +154,7 @@ - -