# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1502285440 14400 # Node ID 6ae859b4f24337c37eb09b68fdb88838c840afa0 # Parent fd64fa0632abba318227683c430d08a53cb881bd planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 9a14ed1f2d3c9abdfb080251b3419dd9e0c52a14 diff -r fd64fa0632ab -r 6ae859b4f243 SimpleSearchEngine.xml --- a/SimpleSearchEngine.xml Wed Mar 01 12:40:37 2017 -0500 +++ b/SimpleSearchEngine.xml Wed Aug 09 09:30:40 2017 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ - + Annotates MS/MS spectra using SimpleSearchEngine. SimpleSearchEngine @@ -22,19 +22,34 @@ -out $param_out #end if #if $param_enzyme: - -enzyme $param_enzyme + -enzyme + #if " " in str($param_enzyme): + "$param_enzyme" + #else + $param_enzyme + #end if #end if #if $param_precursor_mass_tolerance: -precursor:mass_tolerance $param_precursor_mass_tolerance #end if #if $param_precursor_mass_tolerance_unit: - -precursor:mass_tolerance_unit $param_precursor_mass_tolerance_unit + -precursor:mass_tolerance_unit + #if " " in str($param_precursor_mass_tolerance_unit): + "$param_precursor_mass_tolerance_unit" + #else + $param_precursor_mass_tolerance_unit + #end if #end if #if $param_fragment_mass_tolerance: -fragment:mass_tolerance $param_fragment_mass_tolerance #end if #if $param_fragment_mass_tolerance_unit: - -fragment:mass_tolerance_unit $param_fragment_mass_tolerance_unit + -fragment:mass_tolerance_unit + #if " " in str($param_fragment_mass_tolerance_unit): + "$param_fragment_mass_tolerance_unit" + #else + $param_fragment_mass_tolerance_unit + #end if #end if #if $rep_param_modifications_fixed: @@ -89,26 +104,26 @@ + + + + + - - - - - - - - + + + + + + + + - + - - - - - - + @@ -122,6 +137,7 @@ + @@ -144,6 +160,7 @@ + @@ -275,7 +292,6 @@ - @@ -300,23 +316,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -337,6 +358,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -348,6 +589,7 @@ + @@ -365,9 +607,11 @@ + + @@ -381,6 +625,7 @@ + @@ -402,6 +647,7 @@ + @@ -433,6 +679,7 @@ + @@ -443,6 +690,8 @@ + + @@ -535,7 +784,7 @@ - + @@ -545,6 +794,7 @@ + @@ -608,10 +858,16 @@ + + + + + + @@ -627,6 +883,7 @@ + @@ -694,6 +951,7 @@ + @@ -704,6 +962,7 @@ + @@ -718,6 +977,7 @@ + @@ -758,13 +1018,16 @@ + + + + - - + @@ -834,48 +1097,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - 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@@ -1900,23 +2849,28 @@ + + + - + - - + + + + @@ -1937,6 +2891,226 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -1948,6 +3122,7 @@ + @@ -1965,9 +3140,11 @@ + + @@ -1981,6 +3158,7 @@ + @@ -2002,6 +3180,7 @@ + @@ -2033,6 +3212,7 @@ + @@ -2043,6 +3223,8 @@ + + @@ -2135,7 +3317,7 @@ - + @@ -2145,6 +3327,7 @@ + @@ -2208,10 +3391,16 @@ + + + + + + @@ -2227,6 +3416,7 @@ + @@ -2294,6 +3484,7 @@ + @@ -2304,6 +3495,7 @@ + @@ -2318,6 +3510,7 @@ + @@ -2358,13 +3551,16 @@ + + + + - - + @@ -2434,48 +3630,353 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2504,6 +4005,7 @@ + @@ -2558,8 +4060,11 @@ + + + @@ -2589,7 +4094,6 @@ - @@ -2713,13 +4217,29 @@ - + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -2736,6 +4256,7 @@ + @@ -2767,6 +4288,8 @@ + + @@ -2816,6 +4339,7 @@ + @@ -2835,6 +4359,8 @@ + + @@ -2866,6 +4392,10 @@ + + + + @@ -2929,6 +4459,9 @@ + + + @@ -2950,6 +4483,8 @@ + + @@ -2971,9 +4506,6 @@ - - - @@ -3042,7 +4574,7 @@ - + @@ -3080,6 +4612,9 @@ + + + @@ -3101,6 +4636,8 @@ + + @@ -3192,6 +4729,7 @@ + @@ -3204,6 +4742,8 @@ + + @@ -3221,21 +4761,358 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -3315,6 +5192,10 @@ + + + + @@ -3337,5 +5218,5 @@ Annotates MS/MS spectra using SimpleSearchEngine. -For more information, visit http://ftp.mi.fu-berlin.de/OpenMS/release-documentation/doxygen/parameters/output/UTILS_SimpleSearchEngine.html +For more information, visit http://ftp.mi.fu-berlin.de/pub/OpenMS/release-documentation/html/classSimpleSearchEngine.html diff -r fd64fa0632ab -r 6ae859b4f243 datatypes_conf.xml --- a/datatypes_conf.xml Wed Mar 01 12:40:37 2017 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,33 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r fd64fa0632ab -r 6ae859b4f243 filetypes.txt --- a/filetypes.txt Wed Mar 01 12:40:37 2017 -0500 +++ b/filetypes.txt Wed Aug 09 09:30:40 2017 -0400 @@ -14,7 +14,7 @@ consensusXML consensusxml galaxy.datatypes.proteomics:ConsensusXML application/xml edta tabular galaxy.datatypes.tabular:Tabular featureXML featurexml galaxy.datatypes.proteomics:FeatureXML application/xml -idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXM application/xml +idXML idxml galaxy.datatypes.proteomics:IdXML application/xml mzML mzml galaxy.datatypes.proteomics:MzML application/xml mzXML mzxml galaxy.datatypes.proteomics:MzXML application/xml pepXML pepxml galaxy.datatypes.proteomics:PepXml application/xml @@ -26,4 +26,4 @@ msp msp galaxy.datatypes.proteomics:Msp mzid mzid galaxy.datatypes.proteomics:MzIdentML application/xml png png galaxy.datatypes.images:Png image/png -mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf \ No newline at end of file +mgf mgf galaxy.datatypes.proteomics:Mgf diff -r fd64fa0632ab -r 6ae859b4f243 macros.xml --- a/macros.xml Wed Mar 01 12:40:37 2017 -0500 +++ b/macros.xml Wed Aug 09 09:30:40 2017 -0400 @@ -2,7 +2,7 @@ - openms + openms xtandem fido msgf_plus diff -r fd64fa0632ab -r 6ae859b4f243 readme.md --- a/readme.md Wed Mar 01 12:40:37 2017 -0500 +++ b/readme.md Wed Aug 09 09:30:40 2017 -0400 @@ -14,15 +14,29 @@ Generating OpenMS wrappers ========================== - * install OpenMS (you can do this automatically through the Tool Shed) + * install OpenMS (you can do this automatically through Conda) * create a folder called CTD - * inside of your new installed openms/bin folder, execute the following command: + * if you installed openms as a binary in a specific directory, execute the following command in the `openms/bin` directory: ```bash for binary in `ls`; do ./$binary -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; done; ``` - * `MetaProSIP.ctd` includes a not supported character: To use it, search for `²` and replace it (e.g. with `^2`). + * if there is no binary release (e.g. as with version 2.2), download and unpack the Conda package, find the `bin` folder and create a list of the tools as follow: + + ```bash + ls >> tools.txt + ``` + + * search for the `bin` folder of your conda environment containing OpenMS and do: + + ```bash + while read p; do + ./PATH/TO/BIN/$p -write_ctd /PATH/TO/YOUR/CTD; + done ``` - * In `PeakPickerHiRes.xml`, the parameter `report_FWHM_unit` has to be put in quotation marks. Look for the following line + + * In `IDFileConverter.xml` the following is needed in the command section at the beginning (check your file to know what to copy where): - -algorithm:report_FWHM_unit $param_algorithm_report_FWHM_unit - - and change it to + ``` + + ``` + + * In `IDFileConverter.xml` and `FileConverter.xml` add `auto_format="true"` to the output, e.g.: - + - `` + - `` * To add an example test case to `DecoyDatabase.xml` add the following after the output section. If standard settings change you might have to adjust the options and/or the test files. diff -r fd64fa0632ab -r 6ae859b4f243 tool.conf --- a/tool.conf Wed Mar 01 12:40:37 2017 -0500 +++ b/tool.conf Wed Aug 09 09:30:40 2017 -0400 @@ -6,13 +6,7 @@ -

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- - @@ -22,13 +16,17 @@ + + +

+ @@ -44,7 +42,6 @@ - @@ -62,12 +59,14 @@ + + @@ -78,6 +77,7 @@ +

@@ -154,9 +154,7 @@ - -